STAP事件を論じる時に大事なのは、お互いに嘘をついているのでなく、誤解があるために生じている齟齬を把握することだと思います。

不毛なため息ブログとのバトルは止めなければいけないと思うのですが、両ブログの間には、科学的な認識の違いが大きいと思います。
相互間には、誤解に過ぎないものが多くあります。
そこについて、ため息ブログは、学とみ子の言い分を”嘘”ととらえます。

学とみ子は嘘をついている、小保方氏は嘘をついていると、ため息ブログは言ってきます。
「それは誤解ですから、こういう科学現象を学んでください」と、学とみ子は指摘しています。


学とみ子にとって、ため息さんの本心は読みにくいのですが、澪標さん、ハンニバルさんの言い分はわかりやすいです。
彼らが抱える科学的欠落が良くわかります。
人工的に初期化させた細胞が幹細胞になったり、キメラに寄与できるようになる現象を科学的に理解しているわけでないのです。
ESねつ造の難しさを考えるためには、こうした科学的細胞現象の理解が前提であり、必須だと思います。


たとえば、受精卵のままでは人工培養できませんが、ESは人工培養できます。無限に増やせます。
受精卵は凍結して保存することができますが、増やすことができません。
ESは分化の途中で人工的に止めた細胞であり、このES細胞は、同じ状態の細胞を増やすことができる(自己複製能)を持っています。

一般人には細胞初期化という現象をイメージすることが難しい人がいます。
しかし、一方で、容易に理解できる一般人もいます。

一言居士さんの核移植説ですが、彼の説は、分化細胞をES並みに戻すことの難しさを想定しているからこそ出てきた考え方です。
「核移植でもしなければ、分化細胞を一気にES細胞にすることなんか、出来るはずがない!」という考え方に基づくと思われます。
ある意味、細胞を良く理解した結果に出てきた説ということでもあります。ある意味、一言居士さんすごい!

こうした初期化への難しさの想定がため息ブログに全くないので、彼らはマスコミの広めたESねつ造説が正しいと信じてしまうことになってしまうのです。

「あの日」でも、小保方氏が幹細胞が作れないと何度も書いている理由について、読者がじっくり読む必要があります。
しかし、細胞現象を知らない、かつ想像力を欠く人からすると、小保方氏は理由にもならない理由をならべて、嘘をついている人とみなしてしまう事になります。

細胞移行の難しさを説いてくれる専門家がいないので、基本的な科学的前提を知らない一般人は、間違って理解していってしまうのです。
「私は無知だ!」という自覚の薄い一般人がこうなりやすいと思います。


STAP事件を論じる時に大事なのは、嘘ではなく、誤解があるために生じている齟齬について良く把握することだと思います。



科学の議論には、わかりにくい言葉使いは禁忌です。
興味あることに、ため息ブログは普段使いなれない言葉を使い合って、知識人をアピールする人たちなのです。

澪標さんは以下を書いています。
澪標さん
2023年7月10日 19:41
私の答 仮定部分の定義曖昧もしくは恒真問題の為トリヴィアル。


この読みにくい文章に対して、ハンニバルさんは、以下のような事を書きたがる人なのですね。

>学さん。まっ、このくだり、カンストならぬエンストな学さんには上の真意がわからなくても構いません。

学とみ子から見ると虚勢のパターンなんですけど、ハンニバルさんはこうした戦略の人なのでしょう。

ため息ブログは学とみ子をバカにすることが、ESねつ造説を守ることにつながると思うみたいです。
そして、彼らにとって、STAP擁護している憎い相手(学とみ子)をぎゃふんとさせて、相手の”バカさ”を知らしめたとの達成感をハンニバルさんは感じるのでしょう。

ハンニバルさんは、女性特有の素直さがあるから、ハンニバル志向は、学とみ子からすぐ読めてしまいます。
男性は書かないですね。学とみ子がすぐこう返してくるのを、男性は予想します。
このような女性のストレートさは、自分と同じ思考なので学とみ子は好きです。大事にしたいと思います。




ため息さんも朝一番で以下を書き続けたということは、学とみ子文章は、ため息さんにとっても困るということのようです。

「桂調査委員も、BCA論文を書いた理研の研究者たちも、ESねつ造は無理だと思っていても、表面的にはESねつ造があったかのように報告書を書く必要がありました。」と、何の根拠もない妄想を書き加えています。どうしてそのような必要があるのでしょ?


ため息ブログと当ブログの理解の違いについては、議論をしても成果がありません。
学とみ子の希望は、彼らが細胞理解を深めて欲しいと願うだけです。


ため息さん
「ESねつ造を否定したい調査員は、行間に書き込むようなタイプの作業をしたのです。」と言うわけですが、その行間とは桂調査委員会報告書のどこにあるのかを示すことはできないのです。妄想だからです。


桂報告書は、行間に盛り込むといより、もっと積極的に、ES混入原因について書きこんでいます。
以前に説明済ですね。一番は、13頁「よって・・・・」で出てくる文章でしょうね。
ESねつ造派は、ここを書かせてはいけなかったでしょう。

桂報告書 13頁(1)ES細胞混入の根拠
には大事なことがしっかり書かれていて、SNP解析でFES1が混入したのではなく、129/GFP ESが混入株であることもわかるようになっています。

すでにこうした大事な文章箇所を示していても、ため息さんは、学とみ子の論拠を認めません。問題点に気づいているんですね。
だからこそ、ため息さんは、各論には入らず、妄想、妄想で片づけないのです。
これはため息さんの戦略であって、澪標さん、ハンニバルさんにはまだこの戦略が無いのです。
澪標さん、ハンニバルさんは、ESねつ造説の現実性を信じています。



お互いに嘘をついているのでなく、誤解があるという状態ですから、そこをふまえて、それぞれ独自の戦略追及をしていけば良いでしょう。
ため息ブログは、ESねつ造真実論を世間に勧めて行けば良いでしょう。



ハンニバルさんにとって、澪標さんは頼りになる進化し続ける人なのだろうと思います。
>中途半端な学さんは成長停止画著しく、完璧とも謳われた澪標さんはまだまだ成長しつづけているんですよ。



でも、以下を並べてくる澪標さんのSTAP思考はまだまだなのですが、それは科学的想像力の欠如からくるものです。

 「ⅰ 笹井研寄留中もSTAP幹細胞の作成に成功していた。」 
生体内幹細胞は、生体内に分化を止める仕組みがある。人工処理では、それが無い。細胞分化を巻き戻し、かつ、途中で止めることの難しさの理解が無い。途中で止めるということはその状態で自己複製させることです。その能力が幹細胞ですが、多分、澪標さんはここの考えがつながらないのだと思います。
 「ⅱ 若山研在籍中作成または保存した細胞サンプルをSTAP幹細胞と勘違いして使用した」
なぜ、小保方氏が勘違いしたかの理由があるはずです。他人からアドバイスを受けた、他人からもらったなどの背景が隠されているかもしれません。小保方氏は他の人を巻き込むことを絶対にしたくないのです。
 「ⅲ 「あの日」の記述は糊塗するための言い訳」 小保方氏を嘘つきと決めている人には容易に思いつくが、そうでない人は考えません。
 「ⅳ 桂報告書側の虚偽記述」 こうしたことをすると世界中の専門家が反発するであろうと、澪標さんは想像しない。


ため息ブログは、新記事を立ち上げました。
>時間なのでここまで、続く
学とみ子は自説をもう十分に説明しました。
しかし、ため息ブログは、それを認めないということなんですね。
ため息さんは、STAP擁護を認めることがないのだから、学とみ子はいまさら、答えを書こうとは思いません。愚行はしません。

ため息さんの、「答えていない」「説明していない」「逃げている」とのため息印象操作の本質を、学とみ子は指摘していくだけです。

当ブログは、彼らの間違いに対し、ESねつ造説打破のコメントするだけです。







ため息ブログは、こうした基本を学んで欲しいです。

https://www.amed.go.jp/news/release_20180413-03.html

>池田隆研究員(京都大学CiRA未来生命科学開拓部門)、沖田圭介講師(同部門)および升井伸治講師(元CiRA同部門/現 京都府立医科大学特任准教授[産学公連携])らの研究グループは、分化した細胞がもつ細胞らしさ(細胞同一性)がどのようにして維持されているのか、そのメカニズムの一端を明らかにしました。

>ヒトのからだの中には200種類以上の細胞があると言われていますが、それらの細胞内で働く遺伝子の組み合わせはそれぞれ異なります。遺伝子の調節部位に修飾が行われて、必要な遺伝子のみが働き、不必要な遺伝子は働かないようになっているため、通常は一度役割の決まった(分化した)細胞は他の種類の細胞へと変化することはありません。つまり、遺伝子の働き方のパターンが、細胞らしさを表しているともいえます。一方でiPS細胞のように、少数の遺伝子を細胞に加えるだけで、さまざまな細胞へと分化できる受精卵に近い状態の細胞(多能性幹細胞)へと初期化できることが報告されていますが、なぜそのように細胞らしさを維持する機能が抑制されて初期化が起こるのか、あるいはさまざまな種類の細胞においてどのようにして細胞らしさを維持しているのか、その詳細なメカニズムは分かっていませんでした。



上記のプレスリリース文章には、

研究グループはこれまでに研究が行われていた線維芽細胞(マウス胎仔由来)の他に、神経の細胞(神経前駆細胞)および肝臓の細胞(肝芽細胞)を用いて、初期化を妨げている遺伝子を網羅的に調べました。それぞれの細胞において初期化を妨げる遺伝子は異なり、ほとんど一致しませんでした。一方で、ほぼすべての細胞で働いているβアクチンに注目し、βアクチンの働きを抑制した状態で初期化を行うと、通常よりも多くのiPS細胞コロニー注5)ができることがわかりました(図1)。


こうした文章を読むと、βアクチンの働きに異常がある細胞状態、すなわち、βアクチン関連遺伝子に異常のあるマウス細胞は、初期化に向かいやすい(STAP細胞になりやすい)とか考察してみるとかできますから、STAP細胞勉強の材料とする情報です。

他にも、Cagプロモーターを使った実験系では、初期化していく細胞では、その発現が弱くなるとの論文もあります。

どういう条件があると初期化しやすいか、STAP細胞はどういう状態だったのか?を考察してみるのも興味深いと思います。

いづれにしろ、STAP細胞が空集合であるとみなす人には、勉学をお勧めしません。

STAP細胞の問題点を軸に、専門家は、何を考えたか?を想像するためには、リプログラミング多様性の仕組みを学ぶと良いでしょう。

STAP細胞理解には、専門家の解説理解が一番です。ため息さんは、当たり前の事しか書きませんね。もう、一般人みんな知ってます。ため息さんは、いろいろ勉強して欲しいです。一般人に興味を、持ってもらう事が、STAP事件解決への道ですから。

ES細胞にこだわらず、アクチン蛋白のような細胞初期化の多様性に関連する物質について幅広く学びましょう。勉学材料は、無限です。



幹細胞樹立、キメラ能は、多能性の達成点であり、そうならない多能性(三胚葉分化、テラトーマなど)とくらべ、多能性の何が満たされると幹細胞、キメラ能へと進むのかで、議論してます。
しかし、ため息さんはいつも、同じ時点に留まる人です。

ため息さん、
STAP細胞に多能性があるという仮定にたったら、キメラや幹細胞になるための遺伝子条件はすでに満たされていることになるわけ・・・





ため息さん、大事なのでコピペしておきます。

2023年7月12日 13:25
>学とみ子曰く:多能性の何が満たされると幹細胞、キメラ能へと進むのか ← ???多能性はいくつものコンポーネントから成る物なの? そのコンポーネントのどれがそろったらキメラになるか?という意味??

>「幹細胞樹立、キメラ能は、多能性の達成点」
「そうならない多能性(三胚葉分化、テラトーマなど)」

>意味不明です。多能性に段階があってテラトーマになる段階とキメラになる段階があると学とみ子は考えているのかしらん?

>そんなことは議論していないのですけどね。


>STAP細胞に多能性があるという仮定にたったら、キメラや幹細胞になるための遺伝子条件はすでに満たされていることになるわけで澪標さんがおっしゃるように恒真命題、トートロジーになります。つまり仮定することに意味はありません。




そもそも、ため息さんは多能性に種類があることを忘れています。意識的かもしれませんけど、ええっとなる文章です。一般人のplusさんだって、多能性の違いは押さえていたのに。キメラより、三胚葉分化を先にやるべきと言ってました。

でも、小保方氏は、過去にデータをすでに出してます。

多能性の実態が未知なので、そこをはっきりさせないと議論の意味がないと主張する人たちが、多能性についてのこうした知識を持たないから、やり取りが進みません。議論といえるような状態になりません。多能性の違いが、遺伝子周りの状態に関連するとの論拠が、今一つ結びつかないのでしょう。これは独学で習得していく領域です。

分化した細胞が機能する細胞として存在できるのか?或いは、周囲組織との協調性を欠く目的のない分化増殖にすぎないのか?と、細胞の多能性各種の違いについては、長い間、議論してきました。その違いを、まだ、イメージできないため息さんです。



Ooboeさん、コメントありがとうございます。

STAP論文通りの初期化細胞の状態について、プロはどう想像したのか?そしてプロが当初、想像したSTAP細胞は、若山氏がSTAP細胞を否定し論文撤回を呼び掛けた時から、プロの想像上のSTAP細胞は無くなりました。

プロが一時的にしろSTAP細胞はあると思い、すぐ無いと思うようになったのか?その変化を考えても見るのが興味深いです。



実験結果は、研究室内で議論します。腰掛け研究者に、評判を落とされたら困りますからね。腰掛けの研究者がちょっとでもおかしな実験結果を出したり、あれっとなる説明をしたら、警戒されるでしょう。笹井先生、丹羽先生、相澤先生、若山先生の皆、小保方氏の説明に納得してたんです。新人がおかしな事を言ったら、シニア研究者にはすぐバレます。
分子生物学会の教授たちは、小保方氏と話してないでしょうから、彼女を噂で判断したのです。桂調査委員たちは、小保方氏と直接話して、彼女の説明に矛盾が無いと判断したのです。わからない事をわからないと、小保方氏は答えたと思います。わからない事をわかったふりをすると、上級者にはすぐバレます。

ため息さん、
>STAP論文に掲げた「実験的証拠」は根拠になりません。正しいかどうか、小保方氏しか分からず、小保方氏は実験事実の詳細を開示していないので、もし実験事実がホントであると声明しても信頼できませんからね。



Dさん、

>大体、ユニットリーダーと言う肩書きが新人に務まるとでも?何度も言うようだけれど、学位取得して数年たっているから「新人」じゃないですよ。若葉マークを引っ提げていているとでもいうのですかねえ。

ため息さんは卒後50年経っても転写因子を知らなかった。丹羽先生が登場するまで、TCRを知らない人たちが全員だった。オールマイティーに知識を持つ人はいない。理系、医系知識にギャップがある。そんな連想しない人たちが小保方バッシングの中核だ。

ユニットリーダーにふさわしくないと書くのは、「飛んで火に入る夏の虫」発言ですね。どうしてそうした発想がなく、Dさんは火にはいっちゃうのかしら?

STAP論文の何もかも嘘だ!とするため息ブログの発想も短絡的です。ため息ブログにとっては、テラトーマ、三胚葉分化位まで認めた方が得策でしょう。何もかも否定するには論拠が必要となる。酸浴実験の結果も、桂調査委員会が認めてはならぬとの論理になるから、桂報告書否定となる。桂報告書による、せっかくの小保方捏造の印象操作が無駄になる。

ましてや、Octの発現なんていろいろな条件で起こり得るから、ため息ブログは、細胞現象の何もかも否定する作業をやらざるを得なくなる。しかし、ため息ブログにはそうした連想すらない。他人否定が、大好きな人たちに過ぎない。

結局、噂を論拠に、小保方否定に燃える人たちであると、ため息ブログは自白している。


STAP細胞に起きた科学的変化は、人類未知の現象であり、更なる研究成果で解釈は変化する。そうした領域は、「空論」なる概念は通用しない。文系枠組みを持ち出して、意味が無いと説き伏せようとする人がいる。それでも、こうした人も人類未知なるSTAP現象には興味があるのだろう。理系に対する挑戦だろう。ただ、まだ知識についていけないみたいだ。

ため息さん、
>学とみ子が小保方氏を新人というのは誤りだろと言っているのがわからないらしい。

新人だとか、ユニットリーダーにふさわしくないとの表現分けしてもむなしい。Dさんが言いたいことは、ユニットリーダーにふさわしくないとのバッシングだ。遠藤さんの「私は理研職員としてのプライドがある」との台詞と共通の差別感情だ。日本人じゃ無いようなつまらない言い訳をする連中のようだ。学とみ子は日本語ができないとか、どこまで他人を侮辱すれば気の済む連中なんだ。



Ooboeさん、
>桂調査報告書は、出処証明出来ない調査サンプルによる結論であり、物証資格のないサンプルによるものでした。

物証資格が無いとの主張は、科学界全てを敵に回す考え方です。科学界は、小保方反撃の機会を与えたと思うのです。

すでにSTAP関係者が選択作業をした後の状態になっていて、ES捏造説に有利な状態が残されたと思うのです。桂調査委員会は、ES捏造説学者から圧力をかけられていましたが、小保方無罪は証明してます。

誰かが、物証資格のないと言い出したら、理研の調査全体が意味が無くなります。

分化済み細胞から、酸浴+ACTHだけで幹細胞になったり、キメラ能力を獲得させたとの結果だけが、問題です。

桂報告書の裁定を尊重した方が、STAP擁護に有利でしょうね。桂報告書から、印象操作による表現を除いていくと、一部画像ミスを除き、小保方無罪になります。

一般人が桂報告書を”小保方無罪”の方向性で読まないようにするために、ため息ブログは嫌がらせを続けています。
「学とみ子は日本語も読めない」とする説を、ため息ブログは広げているのです。


このDさんの投稿も見当がずれていますね。

「何度も言うようだけれど、学位取得して数年たっているから「新人」じゃないですよ。」まで引用していてこの発言は「学とみ子は日本語が理解できません。」と言っているようなものですなあ。



別にDさんが「新人じゃない!」と言ったって、小保方氏は若山研究室にとっては新人です。
若山研究室の仕事をやっていた人ではないですし。学とみ子が新人であると認識しているということです。
Dさんの認識とは違うということを持って、「学とみ子は日本語が理解できません。」と言うDさんはおかしな人です。

専門領域では卒業10年では新人であるというのが、学とみ子の認識ですし、卒後20年位までは新人同様でしょうね。
学とみ子は、ため息ブログ全員が差別が好きな人たちと感じますね。
小保方氏がユニットリーダーにふさわしくないというのも差別です。

ESねつ造説の人は、差別的で他人をけなすのが大好き人間であると、学とみ子は問題視してます。
そうした状況で、Dさん自らが「ふさわしくない」との差別的発言をするから、Dさんは飛んで火にいる夏の虫状態であると学とみ子は言ってます。
「やっぱり、ため息ブログは意地悪な人たちだな」と、誰にでもわかるということです。

そうした言動をDさんはしているのです。
Dさんは自らの問題行動を理解できないから、わざわざ辞書をだしてくるのかしら?
Dさんは学とみ子の言いたい事を理解できてないのじゃないの?

そもそも、「飛んで火に入る夏の虫」の意味を知らない人なんているの?

Dさん、
因みに、「飛んで火に入る夏の虫」の意味は以下の通りです。
https://domani.shogakukan.co.jp/698519

>自ら災難や災いに向かって飛び込んでいくことや、自ら滅亡を招くことを表すことわざ。


わざわざこうした誰でも知っている説明を書くこと自体が、他人を無知扱いする軽率言動なのです。
Dさんも、小保方ESねつ造を信じているんだから、「ユニットリーダーと言う肩書きが新人に務まるとでも?」の文章は「ふさわしくない」という意味にとられてもしかたないですね。
差別や意地悪が丸出しになっているDさんだから、自ら火に入る夏の虫なんです。

以下のように、Dさんが、いまさらとりつくろってどうなるものでもないでしょう。
小保方ESねつ造を信じているDさんだから、全ての疑惑を小保方氏個人に帰するESねつ造を維持すべく、小保方バッシングにがんばれば良いじゃないですか?
もともと、sighさんは、道徳的で標準的な人ではないですからね。
その姿を人々は見て、ESねつ造説はやはり問題だ!と思うのです。

Dさん
2023年7月15日 17:30
sighさんのおっしゃる通り、当方は一度も「ふさわしくない」とは書いておりません。あなたの発言はいつもそうやって擁護の対象の人を盾にする情けない行動ですなあ。

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コメント

Ooboeさんへ

一言居士
日本の特許出願分はまだリトラクトされている二報論文のデータが残されたままになっています。

①実施例の2である【0218】から【0264】



②米国では[00212]から[00261]

に対応していますが、米国側は全部抹消されています。


ただし、御承知の通り、抹消されてもこちらの分はまだ認可はされていません。今回認可されたのは別提出分でかなり絞り込まれた分です。そしてそれは認可されていないものに近い。同じような特許はダブっては認められないので、これはヴァカンティ氏が取り下げる可能性もあります。
日本側でも、リトラクトした論文論旨やデータは著者自身が無かったことにしてくれと申し入れているものですから、当然【0218】から【0264】は抹消されなければなりませんが、手続きがまだそこまで行ってないのだと推測されます。それに、そもそも、これは抹消しても日本では認可されないであろう理由に関しては既述しています。


では。




Ooboeさんへ

一言居士
みつけました。
>>
【0282】
キメラマウス形成および解析。STAP幹細胞、F4I細胞およびES細胞の注入には、従来の胚盤胞注入法を用いた。STAP細胞注入には、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、STAP細胞クラスターを一括して注入した。STAP球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、STAPコロニーの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した。

Ooboeさんの引用。
>>
❝キメラマウス形成および解析。STAP幹細胞、F4I細胞およびES細胞の注入には、従来の胚盤胞注入法を用いた。STAP細胞注入には、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、
STAP細胞クラスターを一括して注入した。
STAP球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、STAPコロニーの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した。


全く同じですね。私が以下だと勘違いしたんですね。失礼しました。私の疑問は晴れました。
>>
【0213】
キメラマウス形成および解析。二倍体キメラおよび四倍体キメラの作製。ICR系雌とICR雄との交配から二倍体胚を入手し、BDF1系雌とBDF1雄との交配から四倍体胚を入手した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した17。この試験では、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、ACC球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、ACCの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。


Ooboeさんへ

一言居士
無理なさらないで下さい。私も米国認可特許を調べています。今更急ぐようなこともありませんからゆっくりやってます。

日本の出願は<J-Plat Patに入って2022-004335入力>のやつですね。これをスマホでスクロールするのは大変ですね。PCで印刷してもらって読んだ方がいいと思いますよ。ページ数は打たれていませんが【発明の詳細な説明】の【0001】から始まって【0339】で終わっている。その中のどこかに書かれているものでしょうね。記憶で書かれているんでしょう。どこか分からなければ分からないで構いません。何れ私も時間ができたら調べますから。
何れにせよこの日本での出願はまだ認可されていません。

対して米国の分は認可されてしまっていますから、どういう内容で認可されたのかは知っておきたいものですよね。今図表の検討を終えてDETAILD DESCRIPTIONに入ったところですが、まあ当然ですがのっけからキメラが出来たと書かれています。三誌論文時の実験結果がクレームされているわけです。

キメラは事実として出来ています。

キメラはこの三誌論文実験時点では

①ES細胞
②ntES細胞
③iPS細胞
④STAP細胞

からしかできません。③はサンプルの全解析が行われていて山中因子が組み込まれていたら分かりますからありません。

ES細胞(桂報告書説、ため息説[故意]←バトル→学説[事故])

バトル

ntES細胞(一言居士説[リクルート動機に若山独自実験と胎盤蛍光原因の勘違いによるリトラクション]

バトル

ACCs<STAP細胞>(米国特許庁説、<当初の笹井さん説、Ooboeさんとパートナー氏説>)

のどれかでできているわけです。

面白いですね。

んじゃ、また。

Ooboe
一言居士さん

>その他の文章に関して、それが何処から引いてこ
られたのか、或いはOoboeさんの理解した文章なのかを教えてください。

>できたら請求項ナンバーまで指定していただけたらこちらの理解も早い


私の閲覧している長大な明細書にはページ表示が
有りませんので、一旦閉じると
もう一度さがすのに、下へ下へ
スクロールして見つけるんです。
ですので、ごめんなさい。
今日も、長大な明細書を読んでましたが
眼が限界、〜〜〜です
お休みなさいませ〜   明日また

Ooboe
一言居士さん

睡魔に襲われてます。
お尋ねの件
明日にします。

Ooboeさんへ

一言居士
一つ言い忘れていました。
>>
この場合バカンティ氏は、特許に無関係になった若山教授キメラ作製法を無断で採用していることになりませんか?


なりません。三誌論文は若山さんはリトラクトしていない。というのもアクセプトされていないからです。アクセプトされていなければリトラクトの意志表示もできないわけです。三誌論文は未発表論文ですから、ヴァカンティ氏は論文発表しないままに特許出願したのです。
三誌論文は書き上げられて共著者に若山さんもその名を連ねている。この実験結果を使って二報論文が書かれてアクセプトされた後に若山さんはそれをリトラクトしたのです。従って、日本では三誌論文時の実験も桂報告書の記載によって、ESコンタミであると結論されていることになるので、若山さんとしては自分の三誌論文時の結論は間違っていたのだと主張したことになるのです。

しかし、米国特許庁は桂報告書(BCA報告論文)の結論は正しいとは証明されていないと判断して、特許を認可したのです。なにしろ、細胞に証拠能力がないことは自明です。

これは誰でも気づくことで竹市さんも最初に注意したことですし、佐藤貴彦さんも『STAP細胞細胞 残された謎』の104Pに「(三)証拠保全がなされていない」という項目で指摘している。
>>
・・・以上のことは、この事件に限らず、ごく一般論として言えることである。すなわち、STAP細胞に関する調査そのものが、法的・制度的に大きな欠陥を抱えているのである。



これは佐藤氏に限らず大人の社会人なら誰にでも理解できることですね。マスメディアにはマスメディアの社会的働きというのは無論あるのですが、他方で、マスゴミは所詮騒いで幾らになるかという商売でもあって、明治以来羽織ゴロツキという異名がありますよねえ。島崎藤村ではないが、生まれ出づる悩みで、みな生きて行かなければなりませんからねえ。まあ、せめてルールには従って生きて行けよということです。

日米での判断の対立ですが、米国、オーストラリア、ロシアの誰かがこの特許出願事項に虚偽があって損害を被ったと賠償を求めると対立が表面化する。誰も何も言わなければ20年間で消滅します。

若山さんはヴァカンティ氏に直接あのキメラはESコンタミだったとは言ってないでしょう。言うとその証拠なり根拠を求められる。まして、桂報告書は「小保方さんがポトリ」を仄めかしているのですから、その真偽を巡って、ヴァカンティ氏と若山さん間で訴訟になるわけです。藪蛇になるから何も言ってないんですよ。
その結果2年前に特許が成立したのです。

以上です。



Ooboeさんへ

一言居士
②その他の文章に関して、それが何処から引いてこられたのか、或いはOoboeさんの理解した文章なのかを教えてください。

私も日本の特許はまだそこまで手が回っていないのでよく読んでいないのです。できたら請求項ナンバーまで指定していただけたらこちらの理解も早いです。0241には以下のようにあって、トリコスタチンAは李の細胞サンプルにも<TSA ntES-1~8 2011.7.8>と書かれているものですよね。
>>
【0241】
CD45+細胞からSTAP細胞への転換は、少なくともHDAC阻害剤(例えば、トリコスタチンA)による処理にも5-アザ-シチジンによる処理にも実質的に影響を受けることはなかった。



因みにOoboeさんは『手記』105Pの以下の記載に気づかれていますか。
>>
「・・・バラバラにして注入するとキメラにならないなら、この二つの方法を同時に行い結果を比較することなどが考えられる。若山先生の行っていた実験に関してはそのようなコントロール実験は行われていないようだった。・・・」


https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/3/c353fea6.png


ありますよね。小保方さんは特許に関して何も知らなかったか、知らなかったふりをしているのか、知って、何かを知らせようとしているのか。


いずれにせよ、おっしゃりたいことは良く分かりますし、私自身も疑念は共有しています。私はもう少し考えてみます。

以上です。




Ooboeさんへ

一言居士
①まずACCsをSTAPと書き替えられた理由を教えてください。

これは認可された米国特許では小保方さんの酸浴細胞をSTAP stem cellsとしていて、二報論文の、若山さんが誘導して笹井さんがそう名付けたSTAP Stem Cellsとは定義が違っているので紛らわしいので確認しています。
また、日本の特許出願はまだ二報論文の影響が残っていて、その請求項が認可された米国の特許の請求項と微妙に異なっているのです。認可された米国特許は最初の形からアメンドメントが積み重なって最終形となっていますが、日本での出願請求項はまだそこまで絞り込まれていません。ヴァカンティ氏が続けるのならこれから徐々に認可された米国特許と同じところまで絞りこまれていくのではないかと予想しますが、私は最終的には日本では認可されないと思います。
その理由は自分のブログで書いて居ますが、桂報告書は文科省の管轄下で提出されていて、日本の特許庁は経産省の外局で、どちらも行政の中で処理されているからです。
これは日米の法律の建付けの違いです。
日本では論文不正は文科省管轄で処理されることになっている。論文不正は社会秩序維持に関して別に大した犯罪だとは考えられていないから、学会の中で自分たちで始末しなさいという法律になっている。
米国では警察が入って、司法判断が入ります。三権分立原則が適用されている。論文不正は国家の安全保障を脅かすかも知れない重大案件に関係するかも知れないと認識されている。それは米国が世界の軍事力を支配していて、それを脅かす事柄に関して科学技術の流出に関してとても神経を使っているからです。対して、日本はその善悪判断は別として敗戦以来安全保障を米国におんぶにだっこしてきた。軍事技術に関しての認識がとても甘くてスパイ天国になっていることは周知の事実です。米国も戦後直後と比べると他国が復興してきて、世界に占める相対的な力は落ちてきているわけですから、平和維持の観点からも先進国は認識を共有しなければならないのですが、日本にはまだまだ後進性が残っているわけです。
そのいい事例として、若山さんも西川さんも共同研究協約書も交わさずに、厳しい言い方をすれば"とっちゃん坊や"していたわけでしょ。そもそも日本はその程度なんですよ。それほど威張った玉でもないんですけど、それでも先進国の仲間ではあって、もっと酷い後進国はたくさんあるので、そんなことは今のロシアと中共を見てたら分かるわけです。

日本の特許出願はまだ認められていない。OoboeさんがACCをSTAPと書き換えて、二報論文のSTAPと混同されると、米国で認可されたACCsの特許と紛らわしくなるので確認しています。


Ooboeさんへ

一言居士
今調査中ですので、お返事が遅れていますが、お問い合わせの件、いろいろと互いの誤解があるようです。

まず最初に文献の確認です。以下のように整理してお書きになっている。
>>
❝キメラマウス形成および解析。STAP幹細胞、F4I細胞およびES細胞の注入には、従来の胚盤胞注入法を用いた。STAP細胞注入には、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、
STAP細胞クラスターを一括して注入した。
STAP球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、STAPコロニーの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した。


私は今米国側の資料を確認中ですので日本側の資料はざっと目を通しただけです。あなたの取りまとめられた文章は請求項0213が中心になっているようです。
>>
【0213】
キメラマウス形成および解析。二倍体キメラおよび四倍体キメラの作製。ICR系雌とICR雄との交配から二倍体胚を入手し、BDF1系雌とBDF1雄との交配から四倍体胚を入手した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した17。この試験では、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、ACC球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、ACCの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。


Ooboe
続きです  
   ♠STAPキメラ作製はされていた♠
   その状況根拠の数々からの有力性
        (その三)

小保方手記【あの日】102pより

♥2012年8月になると、
❝若山先生は幹細胞株化の特許申請の手続きを開始された。若山先生は後に「STAP幹細胞」と名前がつけられる、増殖性の低いスフェアから増殖するように変化させた幹細胞株化の仕事は若山先生の研究成果であり、アメリカの研究室にはなんら権利はないと主張していた。

❝実際に、若山先生は、若山先生に51%、私に39%、バカンティ先生と小島先生に5%ずつの特許配分を理研の特許部門に提案した。

❝当時の理研の特許部門の担当者に若山先生から送られたメールの中には、「若山研のラボのメンバーはスフェアの作製も細胞株化もまあまあできる」「いつでも再現できる」
【iPS細胞よりすごいものを作った】などと記されていた。

下記は
この小保方手記記述の居士さんの捉え方です。

★これは小保方さんが若山さんを観察していて見た世界を描いているわけで、裏で若山先生とヴァカンティ研とのやり取りが当然ある。無ければこんな勝手な特許出願手続きはできません。

★この研究には理研とハーヴァード大との間で共同研究協約書が締結されていないことを思い出していただきだきたい。細胞の権利は小保方さんがハーヴァードに留学した時の約定に記載されているのです。

★若山さんが理研の知財に対して何を言ってもハーヴァードに対して自分の何らかの権利を主張することはできないのです。理研の知財は当然ハーヴァードのブリガム病院のヴァカンティ研に相談することになる。その結果として若山さんの理研の知財での手続きはまったく進んでいないわけです。ハーヴァードが拒絶するからです。若山さんには何も権利はないのです。

居士さん
経緯は理解できます。

しかし、居士さんは経緯に詳しすぎて、
単純シンプルで明解重大な事実に眼が止まらず
流されしまっているように感じます。

♦2012年8月頃からSTAP幹細胞化の特許申請の
手続きを、若山教授が主導して開始したこと!

♦ハーバ―ドの研究室には
なんら権利はない。と理研知財に主張していた
事実は、メ―ルという根拠があります。
これは、強力な本心から確信的主張と捉えれます

そして、以後2ヶ月
 107Pに亘る様々な若山教授の事象記述は
10月の若山研決別決意にいたることになった
若山教授の変容していく姿は小保方さんにとっての
重い事実になりました。
♦小保方さんに主観的観察に映った世界というものだけでなく、実際の若山氏を突き動かした
確信的動機による特許配分主張の事実があったからと 私はシンプルに捉えることができるのです、

その確信的動機は何と言っても、やはり
理研知財へのメ―ルですね
  ♥ips細胞より凄いものを作った♥
 腹の底からの本心のシンプルな主張でしょうね
  
  ♠STAPキメラは作製されていた♠
  ことの有力な状況根拠の一つです。





Ooboe
続きです。
   ♠STAPキメラは作製されていた♠
   その状況根拠の数々からの有力性
       (その三)

居士さん指摘の
今回の認可特許には若山教授は無関係。とありますが

しかし明細書にはキメラ作製表と下記のように
若山キメラ作製法が根拠採用されてます。

❝キメラマウス形成および解析。STAP幹細胞、F4I細胞およびES細胞の注入には、従来の胚盤胞注入法を用いた。STAP細胞注入には、トリプシン処理によりキメラ化が低下したため、
STAP細胞クラスターを一括して注入した。
STAP球状コロニーを顕微鏡下でマイクロナイフを用いて小片に切り分けた後、STAPコロニーの小さいクラスターを大きいピペットで4.5日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を偽妊娠2.5日目の雌に移植した。2細胞胚の電気融合により四倍体胚を作製した。

以上
若山キメラ作製法と、キメラ作製成果表が
記載されてます。

この場合
バカンティ氏は、特許に無関係になった若山教授キメラ作製法を無断で採用していることになりませんか?

以前に提供されていたからといって
採用する場合でも若山教授の了承はいるのでは?
または、了承得た場合でも、若山提供の明示は
されるべきでしょう。または、

若山氏は、それは、STAPからの作製でなく
私が発見した小保方スフェア核を使用した
ntES細胞によりキメラ作製したものであり、
特許明細書に提示してはならないものである。と

申し入れすべき筋となりませんか。

いずれにしろ、今回認可の明細書には
若山教授のSTAPによるキメラ実験結果表と、
作製法が厳然と採用されているのです。

もし明細書に採用されていることを知らない場合
や若山氏が特許認可された、との情報を知らない
場合はともかく、

もし伝えられていたのであれば
一年経った現在なんのアクションも取ってないならば、ご自分のSTAPキメラ成果の採用を結果的に
追認していることになりますね。

続きます









Ooboe
一言居士さん
反証応答ありがとうございます。

全文引用したいのですが、簡潔に絞ることを
お許し下さい。

〈私Ooboeの下記のこの主張〉は混同しているのでないかとの居士さんの指摘がありました。

「若山教授は、この特許明細書にもSTAP細胞からのキメラ作製法や寄与説明をされ作製成果の図表も提出している。」

居士さんです
★まず特許に関しての私とOoboeさんとの認識の違いに関して指摘しておきます。

あ)❝米国で提出されている特許は以下の二件で(2)が今回認可されました。(1)はまだです
1.ハーバード大B&W病院/V-CELL社による出願<14/397080>
2.バカンティ氏と小島氏による出願(追加プロトコルを元にした出願)<15/269,077>

か)❝次にどこの国の分であれ、理研での二報論文がリトラクトされて後は、その論文に書き込まれていたことは図も含めて全て抹消されています。

さ)❝二報論文の特許申請時には幾分若山さんも手伝ったり相談を受けたりしたかもしれませんが、その関係のデータは全部抹消されていていて、若山さんも特許の発明者からは降りていますから、現在無関係です。

た)❝「若山教授は」「提出している」とあるのは、その経緯と混同されていないかと危惧します。

な)❝現在の認可特許も出願特許も全て三誌論文時の実験結果に基づいているので、その報告は論文も含めて小保方さんがヴァカンティ氏側に報告したものです。

は)❝そのデータをもとに出願書類を提出したのはヴァカンティ氏側なので、特許庁からの処罰があるとしたらまずはヴァカンティ氏側にくるのです。若山さんは米国出願特許には関係ありません。

ま)❝ヴアカンティ氏側はその実験をしたのは若山さんで、若山さんから受けている報告なのですから、それが嘘なら、ヴァカンティ氏が若山さんに対して損害賠償訴訟を起こすことになるのです。

以上略しながら引用ですが
私の理解と解釈をコメントしたいと思います。

認識していない部分がありました
ご指摘の内容ありがとうございます。

続きます


Ooboe
   ♠STAPキメラは作製されていた♠
   その状況根拠の数々からの有力性
       (その三)
一言居士さん

私は、桂調査報告書の捏造指摘は端から信用
してませんでしたから、内容をスルーしてました。

手記にあるよう、ストリーに合うデータを求められてのものだったのね。
しかし、
もし本当にSTAPキメラが出来ていたのなら、この時の小保方さんの実験は、細胞の揺らぎだった
可能性もあり得るのでは、と思います。
笹井先生は若山先生がSTAP再現に失敗してしまうことの嘆きに、
「小保方さんでさえ沢山作製を失敗してますよ」と励ます場面がありました。

そうしますと、
若山教授は、この特許明細書にも
STAP細胞からのキメラ作製法や寄与説明をされ
作製成果の図表も提出しているのですが

居士さんのntES説がもし真実なら
若山教授は
米国特許違反の虚偽データによる取得となりますね。スフェア細胞でなくntES方法で作製した
キメラなのに巨額の罰則リスクも厭わない行為を
とっている事になります。
御自分の幹細胞化の権利を51%も主張するなどの
動機の強烈さは
特許違反のntES細胞によるのを隠しながらという恐ろしい魂胆となります。いくらなんでも、それは
考えられません。

この強烈な主張は、まさに歴史的なスフエア細胞から、俺が幹細胞を作製したんだよ!と
小保方スフエア細胞から出来たからこその主張であると捉えるのが、普通 自然でしょう。

私達が以前から指摘してきたのは
この当時の若山教授の舞い上がり方は、
分化しきった体細胞による初期化を証明したから
こその、STAP細胞の歴史的偉業によるものと
人間考察してます。

ntES細胞でのキメラ作製、胎盤寄与という
成果なら これまでの延長線上の一定の貢献では
ありますが、人間性が変容してしまうほどには
ならないでしょう。

若山教授が51%の特許配分を理研特許部門に提案し
✜「iPS細胞より凄いものを作った」と特許部門に
メールしたと、手記にあります。

このような主張をなぜしてしまうのか、その根拠
はまさしく、
ノ―ベル賞のiPS細胞より凄いもの、STAP細胞による幹細胞を作った!からです。

ntES細胞での成果ぐらいならノ―ベル賞のips細胞を超えるとは主張出来ないでしょう。
まして、その詐欺にあたることを隠しての主張など
研究者として到底できるもんじゃないでしょう。

このことから
特許に提示した、キメラ作製表は
ntES細胞法を隠しての詐欺によるものでなく、
STAPの真正なものであると、捉えるべきです。

パトナーが最も重視した人間所作洞察からも
  ♠STAPキメラは作製されていた♠
   の有力状況根拠と捉えています。





一言居士
②小保方さんは自分の行った実験結果である脱メチル化していないという事実を重んじるなら、実はキメラは出来てない筈だと気づかなければならないが、気づけなかったから捏造する結果になったのです。小保方さんは若山さんのキメラが出来たという言葉を"信じたかった"から信じ、そして自分がその目で確認した事実を捨てたのです。これは若かったでしょうね。


Ooboeさんは「小保方さん自身がSTAPを否定したことになりませんか?これ、何かの勘違いでは?」と仰る。逆です。
小保方さんはキメラができたという"STAP"を否定できずに、自分の観察した「脱メチル化していなかった」事実を自分の間違いとして否定したのです。

1.「小保方さん自身が」キメラが出来たという「STAPを否定」できていたら事件は起こっていなかったでしょう。
2.笹井さんが小保方さんから、「脱メチル化していなかった」事実を、自分では幹細胞ができなかったという事実と共に、同時に知らされていたら、二報論文の提出は無かったでしょう。


脱メチル化実験に関しての桂報告書スライドの指摘は以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/5/e/5e87e718.png

右縦列が実際の結果です。脱メチル化しているサンプルは僅かだった。それを小保方さんは沢山脱メチル化している図に捏造したのです。事実の通りに表示したらどうなるかというと、"初期化遺伝子"がわずかに発現しているが、キメラが出来るほどではない。つまり、ES細胞のようには脱メチル化していないということになる。それではナイフ切り分けでキメラが出来たと書けない。そもそもリジェクトしてもらおうと思って書かせているが、そんな矛盾を抱えたままでは論文自体を書くことすらできない。馬鹿かと思われてしまう。一応ヴァカンティ氏も若山さんも名のある人です。流石にそれほど愚かな論文は提出させられない。
脱メチル化していて、だからキメラが出来たと書いているのです。

以上です。





一言居士
私の説は、小保方さんが若山さんからキメラが出来たと聞かされていたので、脱メチル化していなかったらキメラは出来るはずがないのであるから、小保方さんは自分のデータの取り方が悪いのだと思って、結果的に捏造してしまったのだと考えているわけです。
そして、脱メチル化していないことはキメラが初めて出来た2011年11月以前に既に調べられていて、ラボ内のプログレスレポートで報告もされているのですから、若山さんも知っていたのです。知っていて、脱メチル化していないという小保方さんの報告に対して、「それでは論文に使えないね」と言ったのですから普通なら若山さんの捏造教唆ということになるが、しかし、これが行われたのは二報論文が書かれる前のことですから、二報論文に関する捏造なり、捏造教唆ではないというのはちゃんと時系列の整理できている人には自明の筈です。

では、なぜ若山さんは脱メチル化していないのにキメラが作れたのかは、私のntES仮説では何の不思議もないわけです。ナイフ切り分けなんかで作られてはいない。ntES化されているのですからその幹細胞は当然脱メチル化していて、キメラもできるのであって、小保方さんの酸浴細胞のままでは脱メチル化もしていないし、当然キメラもできないわけです。

2012年4月に投稿された最初のネイチャー論文はヴァカンティ氏が論文を書かせるまでは小保方さんを手放さないと言っているから仕方なく小保方さんに書かせているので、それはナイフ切り分けでキメラが出来たという論文趣旨になっているのですから、小保方さんの酸浴細胞が脱メチル化していなかったと書いたら、キメラが出来たと書いていることと矛盾するわけです。だから「それでは論文にならないね」と捏造教唆したのです。
無論、こんな論文がアクセプトされるなんて若山さんは思ってないのです。絶対に通らないと思っている論文に関して捏造教唆して捏造させた。それは単なるいたずらです。小保方さんをリクルートしたいという動機から行われている悪戯であるとともに、同時に小保方さんに対する若山さんからのテストにもなっていたわけです。


Ooboeさんへ

一言居士
私は脱メチル化していなかったからキメラは出来なかった筈だと書きました。
整理しましょう。

Ooboeさんは脱メチル化していないのであるなら、"初期化遺伝子"は発現できてなかったことになると書かれているが、それは同語反復論理になっています。「脱メチル化していない」というのは「"初期化遺伝子"が発現していない」ということと同義です。

ここで"初期化遺伝子"と仰っているのはOct4とNanog遺伝子ですよね。論文のメチル化実験の結果は、そのOct4とNanog遺伝子のプロモーター部位が脱メチル化していると表示されていて、それはOct4とNanog遺伝子という"初期化遺伝子"が発現しているという意味です。

①桂報告書はこの図が捏造だと指摘していて、かつ、小保方さんはそれを認めているのです。

Ooboeさんは桂報告書20Pのこの箇所をお忘れになったのでしょうか。
>>
(4)小保方氏の聞き取り調査から、メチル化のデータを取りまとめる際に、仮説を支 持するデータとするために意図的な DNA 配列の選択や大腸菌クローンの操作を行っ たことが確認された。この点について、小保方氏から誇れるデータではなく、責任を 感じているとの説明を受けた。


Ooboeさんへ

一言居士
私は特許書類は読んでいますよ。引用されている部分も知っています。
これから説明しますので、応答はその後でお願いします。

Ooboe
一言居士さん

今回、特許認可された(JP2022043344)
バカンティ、小島、出願明細書にも、
確か記述があったのを探しました。ページがないので2時間もかかりました。今11時.目がかすんでますが、、

❝バイサルファイトシーケンシングを実施して、
ACCのOct4遺伝子およびNanog遺伝子プロモーターのメチル化状態を明らかにした。
対照試料である天然のリンパ球および培養リンパ球では、両プロモーターに広範囲にわたるメチル化がみられたのに対し、ACCでは、ES細胞にみられるものとほぼ同じ領域に広範囲にわたる脱メチル化がみられた。したがって、哺乳動物体細胞が外部ストレスによってリプログラムングされたことをしめしている。





Ooboe
一言居士さん、コピーできました。
    段落をつけますね
明細書でのSACという記号は、STAPの別称ですね

❝SACは、胚性幹細胞に通常伴ういくつかのマーカーを発現した。SACはES細胞と等価な分化能力を示し、キメラマウスの生成に寄与し、そして4N胚盤胞中に注入したときに胎児全体を生成する能力を有した。
❝このようにして生成された細胞は、最初に、細胞ベースの損傷防御機構の誘導に通常伴う低いミトコンドリア活性および他の状態を示した。

❝それらは、次いで、Oct4およびNanog遺伝子プロモーターの脱メチル化を示した。ストレス変化細胞のリプログラミングは間葉-上皮移行を介して誘導されるようであった。

❝この知見は、損傷(外部刺激)に応答しての、植物カルス中に含有される細胞の記述と一致している。植物カルスは、細胞の、クローン体(clonalbody)を形成する能力を有する
多能性植物幹細胞へのストレス誘導転換から形成される。重大な外部刺激に応答して、成熟し完全に分化した体細胞性哺乳動物細胞から生成される、そのような球状コロニーを、本明細書において動物カルスといい、そのようなコロニーまたはカルス中に含有されるストレス変化細胞を「動物カルス細胞」(ACC)またはSACという。

以上の他にも、記述がございます。

特許明細書には、もう、とても重要な情報が
満載で、興味つきませんね。
キメラ作製や胎盤寄与の実験結果の記述もありますので、追ってコピー考察したいです。
ただ、居士さんのようにアクセス能がない私
このネットコピーでは、ページ表記がないので
閉じてしまうと、また探すのが大変、、、

Ooboe
一言居士さん、

いろいろ応答ありがとうございます
取り敢えず、居士さん所見、
>小保方氏自身が、酸浴STAP細胞が脱メチル化していないと証言していた。ことを根拠にされておられますが、

であるなら、初期化遺伝子は発現できてなかった
ことになり、小保方さん自身がSTAPを否定したことになりませんか?これ、何かの勘違いでは?

最新STAP特許明細書(JP2023002805)より
脱メチル化の記述がありますので

コピーしますね
あれれ〜失敗、もう一度検索してきますね
お待ち下さいませ、

Ooboeさんへ

一言居士
私の見るところ、この事件は捏造事件なんかではないのです。二人とも捏造なんてしていません。
自分のブログには書いて居るのでここでは繰り返さないが、程度の差こそあれ、こういう行き違いというのは人間社会ではよくあることで珍しくないと思っています。

ただ、私の説はなぜ、幹細胞は一度キメラ胚に入れたものを再度取り出したものでなければならないのかの説明ができていません。私の勉強にもなりますので、最後まで説明を続けていただきたい。
今のところの網羅事項は和モガさんやTs.Markerさんの説も含めて、私の説でも説明できていますよね。これは、つまり、まだどちらが事実なのかが決められていないということです。

全部の説明が終わる時に脱メチル化実験に関するOoboeさんたちの見解も教えてくださいね。

以上。

Ooboeさんへ

一言居士
私が小保方さんの酸浴細胞からはキメラは出来ないと思っている根拠は、その酸浴細胞が脱メチル化していないことを小保方さん自身の証言で知ったからです。小保方酸浴細胞からキメラができないのなら、現実に出来ているキメラは、

①ES細胞のコンタミ
②ntES化

のどちらかだから出来たのだということになる。自然胚から作られているES細胞は胎盤貢献はしない。胎盤が光ったのならそれは②だということになる。

だから若山さんは事件化後に「光ってない」と主張したのです。自分ではなく、小保方さんが光ったと言ったからだとして逃げたのです。
桂は相澤さんからの報告でリクルート事情を知っていて、その後に報告書をまとめたのです。胎盤が光っていては収拾がつかない段階まで来ていたわけです。

Ooboeさんへ

一言居士
ntESというのはクローン胚なので、体細胞からリプログラムされている核です。自然胚とは完全に同じではない。成功して正常に生まれたクローンの胎盤は当然光ります。しかし、成功しない方が圧倒的に多いから、一旦ntESにしてから、4Nキメラを作ってそのキメラ樹立率を高めることができるという事実を応用して、畜産実用目的の手法として確立しているわけです。このキメラ同士の交配から畜産面での優れた遺伝子を残すという手法です。

ntESはクローン胚の胚盤胞段階のインナーセルマスですから、成功しているキメラの胎盤は光りません。胚盤胞はインナーセルマスとトロフォブラストに分化しています。トロフォブラストが胎盤寄与するのですから、インナーセルマスは胎盤にはならない。しかし、このクローン胚の胚盤胞はそのままでは1、2%しか正常に生まれ育つことはできない。ntES化して4Nキメラを作製してさえ2割程度しか正常に生まれ育つことは無いのです。裏返すと大半が成功しないのです。そしてその樹立できない最大の原因が胎盤異常によるのです。ntESキメラの胎盤が何故光ったのかの原因は、インナーセルマスがまだ完全分化していなくて、この後に更にトロフォブラストに分化する不完全な未分化細胞が含まれているからだと推測しています。
若山さんはこれを発見したのだと思っています。

Ooboeさんへ

一言居士
そして事件化して後にこれに気づいたのが自分であることを若山さんは隠そうとしましたよね。桃子本の107Pに明らかで、また、記者会見でも誰が最初に見つけたのかという記者の問いに「忘れた」と答えましたね。107P。
>>
時期は不明だが、STAP細胞が胎児だけではなく、胎盤にも分化する、という「発見」もあった。ある関係者は、そのときのことを次のように記憶している。
「小保方さんが持ってきた試料を見ると、確かに胎盤が光っているので皆『おおっ』と驚きました。でも、胎児の血液が流れ込んで光っている可能性もあるので、ちゃんと胎盤の切片を作って分析すべきだ、と数人が指摘しました。そうしたら彼女が後から『GFPがポジティブ(陽性)でした』と報告してきたんです」


山梨大に引っ越した後の取材ですから、この「ある関係者」というのは奥さんです。時期を桃子に言わず、「小保方さんが持ってきた試料」と、あたかも小保方さんが発見したような言い方をしていますが、試料を先に切り出して光ってることを示唆したのは若山さんに決まっていますし、『あの日』にも書かれている。99P。
>>
若山先生が、スフィア細胞からのキメラは胎児だけではなく胎盤も形成しているようだと報告された。ES細胞細胞はキメラマウスを作製しても胎児の組織を形成することはできるが、胎盤の組織は形成することができないため、若山先生の発見はスフィア細胞がES細胞の多能性を越える分化能を有している事を示唆していた。スフェアからのキメラマウスの胎盤だというものをいくつか渡され、「(スフェア由来の細胞が胎盤に存在しているかを証明するために)組織学的に解析してほしい」と指示を受けた。・・・

Ooboeさんへ

一言居士
「解析結果を待つことなく」と書かれているところは私もパートナー氏と同じことを感じましたね。最初に胎盤が光っていることを観察したのは若山さんに決まっています。胎児を帝王切開して、その写真を撮影するのは若山さんだからです。

ここまでのところ、Ooboeさんの展開している論理は「二報論文通りのSTAPキメラはあった」というご自分の説と、私の「小保方酸浴細胞核使用ntES実験キメラ」という説のどちらでも説明できているということは確認されておいてくださいね。

私の説では、若山さんは、今まで胎盤が光っているということに注意して観察したことは無かったのです。なぜならntESであれ、インナーセルマス由来なのですからES細胞と同じだという思い込みがあったからで、胎盤貢献なんてしているわけがないと思っていて、今までそんなところを見ようとしたことすらなかったのです。
小保方酸浴細胞核を使ってどこが違うかというテーマを持って実験したこの時に初めて、マジマジと観察し、胎盤が光っていることに気づいたのです。「光らないと思い込んでいた」胎盤が光ったのであって、「今まで光ってなかった」胎盤が光ったのではない。「今まで光っていなかった」ことを観察したことは無かったのです。
そして、そのことに気づかずに、これは小保方酸浴細胞を使った結果だと即断して舞い上がったのです。

Ooboe
続きです。

  ♠STAP由来キメラは作製されていた♠    
   その状況根拠の数々からの有力性  
     (その二)和モガ解析より

❴G❵
前コメに於いて、若山先生は、小保方さんの
解析結果をまたず、TS細胞様の幹細胞株も樹立出來るのではないかと実験を開始した。そして
その実験によって樹立されたのが【FI幹細胞】
この樹立は、STAP細胞、STAP幹細胞、
STAPキメラの成功をも裏付ける成果となりました

このサンプルは桂調査報告によりES由来とされた
しかし、数々の状況根拠によりSTAPにより
作製されていたことは有力であり、更に和モガ解析がその作製成果の根拠を有力に
裏付けてくれてます。

❴H❵
和モガさんの解析による、
STAP細胞、STAP幹細胞、STAPキメラ 
FI幹細胞。が作製されていたとする根拠

その解析説明に当たる 和モガブログタイトル
《あ》
2017年/3/9
〔STAP細胞も、キメラも、STAP幹細胞も
         FI幹細胞もすべてある。〕
《い》
2017年/7/8
〔桂調査報告結論が一発で吹き飛んだ解析デタ〕
《う》
2017年/7/11
[FI幹細胞の存在を証明する解析]
2017年/8/6
《え》
[FI幹細胞の遺伝子発現パターン]
《お》
2018年1/4
[改めてFI幹細胞の存在を確認した]

私は、和モガ解析の図表を見ただけで拒否反応してしまいましたが、その遺伝子発現量の多少
発現パターンの違い、比較は理解できるように
いなりました

笹井先生の記者会見での説明にありました。

❝STAP細胞の遺伝子発現パターンはES細胞など
他のものとは、明確に違う。
現在、簡単に解析出来る研究、技術があります。

笹井先生は、解析専門家から当然確認された上での説明ですから世界の笹井の説明は重いものです

学とみ子さんは、遺伝子発現解析は再現性が
不安定という所見ですので、和モガ解析を重視されていないようです。

仮に学所見の不安定というものであったとしても
傾向比較差異は読み取れるものでしょう
うん万とES細胞を扱って来られた笹井先生です、
その細胞の❝ゆらぎなど、押さえた上での
遺伝子発現パターン違い比較の明確な説明です。
この会見説明を軽く捉えるべきではないでしょう。

その視点から、和モガさんの解析説明も
捉えていくことが大切とパトナー氏

そういう観点から図表を観覧しますと
STAP関連株とES試料とは、発現量、パターンの
違いが十分読み取れます。
もし、❝ゆらぎの不安定さがあったとしても!

この観点から和モガ解析を素直に受け止めると
その図表からFI幹細胞の存在の有力性が確認出来
そのFI幹細胞の存在がSTAPキメラの作製根拠とも
なってきます。

続きます







Ooboe
  ♠STAP由来キメラは作製されていた♠
   その状況根拠資料の数々による有力性
       (その一)の続き

前コメの須田著のSTAP胎盤エピソードの流れ
に関わるので小保方手記100pの記述を引用します

❝(若山先生)からスフェアからのキメラマウスの
胎盤だというものをいくつか渡され
《スフェア由来の細胞が胎盤に存在しているかを証明するため》組織学的に解析してほしいと
指示を受けた。

❝若山先生は私に依頼した解析結果を待つことなく

ご自身の発見から着想を得たようで、2012年4月頃
には、TS細胞と呼ばれる、胎盤を形成する能力のある幹細胞株を樹立する培地でスフェアを培養すれば、TS細胞様の幹細胞株も樹立出来るのでは
ないか、と、

❝すでに実験を開始されていたようだった。

この小保方手記場面は
須田著場面に繋がりますね。
若山先生から渡された
この胎盤試料を小保方さんは
複数の若山研スタッフにも見せて皆が「おおっ」と驚いた。とあるのです。

この関連する二つの資料からも
STAP由来キメラと胎盤の作製成果の有力な
状況根拠となります。

更に、この小保方手記の記述の中でとても
重要な箇所を私スルーしてたのですが、
バトナーは
❝解析結果を待つことなく❞とある箇所からは
もうすでに若山教授はSTAPの胎盤寄与能力
ES細胞よりも、分化能力が有ることを確信して
いたからこその次の実験への対応だった
と間接的に示唆していると!

続きます

Ooboe
♠STAP由来キメラは作製されていた♠
 その状況的根拠の数々からの有力性
    (その一)の続き

❴F❵
須田記者の著書より
須田記者の
若山研スタッフと思われる関係者からの聞き取り
「小保方さんが持って来た試料をみると、確かに胎盤が光っているので皆「おおっ」と驚きました。
でも胎児の血液が流れこんでいる可能性があるので、ちゃんと胎盤の切片を作って分析すべきだ。と数人が指摘しました。そしたら彼女が後から
《GFPがポジティブでした》と報告してきた」

この須田記者の記事で重要なのは

若山研スタッフの複数人が光る胎盤を見て
「おおっ」とおどろいたシ―ンの臨場感に
於いて、複数人が確認したことから、
光る胎盤の真実性が伝わってきます。
小保方STAPが胎盤分化に寄与していたことを
示唆している貴重な記事です。

一言居士説では、小保方STAP細胞核利用ntES細胞による胎盤寄与をしめす記事と捉えてます。

いずれにしろ、光る胎盤は作製されていた事実に
変わりないです。その胎盤試料を小保方研に
保存していたのに、若山会見後日、消失されて
いたのが発覚、このSTAP寄与の胎盤の切片を解析されてはまずい!とする
何者かの存在があったことを示す画策事象は
逆にSTAPキメラの作製成功の
状況根拠となるものです。

続きます







Ooboe
 ♠STAP由来キメラは作製されていた。♠
 その状況的根拠の数々からの有力性について
        (その一)

一言居士さん
お待たせいたしました。

まず箇条書きしていきますね。
❴A❵
今回 米国特許認可にキメラデ―タ資料が明細書に
添付された事。
❴B❵
STAP論文の胎盤画像
❴C❵
丹羽先生の須田毎日記者へのメ―ル回答より。
✜STAPキメラの胎盤組織切片を
丹羽先生自身の眼で顕微鏡観察、
その胎盤分化パターンは〔TS細胞〕とは
❝全く❞ことなるパターンであったとの回答
かつ、明確にSTAP細胞由来の細胞が在ることが
確認できた。
❴D❵
歴史的STAPキメラ作製成功の記念的キメラが
大切に残されず、消失の不自然
❴E❵
手記あの日、第12章
「仕組まれたES混入スト―リ」では
2014年6月若山記者会見の後
勝手に保全サンプルを解析された恐怖から
まだ小保方研に残されている保全を
竹市センター長に願い出たところ
大切に箱に保存していた4Nキメラのホルマリン
漬けなどが消失していた事
記述にはないが、4月の小保方会見での記者質問に答えた時点では、胎盤は固定器に保全されている
と、、消失にまだ気付いていない、

このような事象から、何者かのその画策により
これらキメラや胎盤サンプルが存在しては
ならない!という強い動機が有り、
その動機そのものが、すなわち
STAPキメラ作製成功の間接状況根拠を示している

また桂調査委員長への記者による胎盤質問に
のらりくらり、はぐらかし応答せざる得なかった
ことからも、STAP胎盤保全の間接状況根拠と
捉えれます。

続きます。


Ooboe
一言居士さんへ

私のオツムの中では、大枠は纏まってはいるのですが、脳内資料では不正確ですから、根拠資料検索に手間どってます、おまけにスマホ書き込みは
超のろいので、資料情報を纏めるのに
まずノートに箇条書きをしているところです。

居士さんや学さんみたいな記憶力や資料UP能力で
流れるようにすらすら書き込めれない私です。
もうしばらくお待ちくださいね、、、

Ooboeさんへ

一言居士
了解しました。ご意見楽しみに待ってます。私は私で論考を続けます。いつか青の洞門の真ん中でお会いできるといいですね。

では。

Ooboe
一言居士さん

おはようございます
昨晩は時間とれませんでした。
お尋ねのキメラのことですが、
まずは、とりあえず、簡単にお応えします。
❝若山先生は、
STAPキメラの作製に成功していた。
との私達の所見は
今回の特許明細書をはじめ
沢山の資料情報の状況的総合の根拠により、
現在もその所見は変わっていません。

居士さん所見の
STAPキメラ否定的な視点の存在も承知してますが
それには同意できない私達の根拠も存在してます。
居士さんによる、キメラ否定根拠には
それは何かの事情による不明点として
今の所私達は保留しております。そして
その否定根拠に対し、私達のキメラ肯定根拠の
存在の方をより有力と捉えています。

私達のSTAPキメラ肯定の総合的状況根拠を
出来れば今晩、展開したいと思います。





Ooboe
一言居士さん

コメントありがとうございます。
時間あれば、今晩応答しますね。

Ooboeさんへ

一言居士
キメラは小保方酸浴細胞のインジェクションでできているということが認められたのです。その根拠の一つがTable1なのですからこの実験を行った若山さんのクレジットになっているわけです。再現できなければならないのは若山さんですが、若山さん側は無論「ES細胞がポトリされた」のだという主張です。
米国ではそもそも不正事件や捏造事件は警察が捜査しますから必ず司法の場に持ち込まれて係争される。しかし、日米の国内法の違いで、ヴァカンティ氏側は抗弁する機会を与えられないままに自主的退職の形に追い込まれましたが、特許問題になると国際法下での係争が可能になるわけです。
裁判になれば、若山さん側の「ES細胞がポトリされた」のだという主張に対しての反論がヴァカンティ氏側から提出できることになる。口先の言い合いではなく、公の場で決着がつけれられるので、ヴァカンティ氏は名誉回復の機会を与えられることになるわけです。

キメラが出来ているのは事実です。再現実験でキメラは出来てませんよ。キメラはESをポトリか、私のntES仮説以外では出来ません。


Ooboeさんはまだ二報論文通りのやり方でキメラは出来たのだとお考えですか?
なぜできているものを若山さんが主導してリトラクトしたのかの理由に思い至りましたか?


今日は病院に薬を貰いに行く日ですので、では。


Ooboeさんへ

一言居士
キメラが出来ている代表的な根拠データは以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/0/20b32d88.png

これは認可論文にちゃんと添付されています。



Ooboeさんへ

一言居士
①STAPという概念は二報論文によって定義されていますから、曰く付きではあれ、若山さんが騒いで竹市さんが要請し、若山さんが中心となって共著者全員の同意を取りまとめた結果リトラクトされたので、その意味ではSTAP細胞という概念は今は世界のいわゆるコミュニティーと言われている同業研究者仲間の中では存在していない科学概念である。ここは了解済みだと思われる。

②今回米国で特許認可された研究技術はティシュー論文から始まり理研での三誌論文作成に至る過程で行われた実験が根拠となっていて、小保方さんの作製細胞はここではナイフ切り分けでキメラが出来た細胞として認可されています。ですから、根拠論文としては二報論文は破棄されたのでコミュニティー内での科学概念としてはSTAP細胞はありませんが、その実験事実としてのSTAP細胞はあったと認められているわけです。STAPという言葉は使えませんからACCsやSACsに戻しているわけですが、その報告事実の根幹であるキメラが出来たという部分は認められたうえで認可されている。

③BCA報告書は認可特許に参考文献として挙げられていて、特に英文ですから読みやすかったと思われますが、これはタイトルにある通り、ESコンタミだという主張ですから、米国特許庁にも理解はすぐにできるものです。読んだ上でその主張は退けられて認可されたのです。BCA報告論文の主張が正しいと判断されたら認可はされるわけがないですが、BCA報告論文というのは誰が読んでも調査試料の証拠能力調査が全く行われていない一雑誌論文に過ぎませんから歯牙にもかけられていないわけです。若山さんが作ったキメラはナイフ切り分けでできていると米国特許庁に認定されているのです。




Ooboeさんへ

一言居士
お元気そうで何よりです。パートナー氏もお変わりありませんか。私の方は今は元の生活に戻れました。尤も暑いので釣りはお休みです。へへへ。

私は、自分のブログに、

再現実験でキメラは出来てませんよ。キメラはESをポトリか、私のntES仮説以外では出来ません。

と書いた。でも、Ooboeさんは今でも、二報論文のSTAP細胞はあったのだとお考えなのでしょうか?

Ooboe
特許明細書から一部引用した❨a〜f❩に対応する
クレー厶(特許権の請求項として)に
細胞質を40%除去する方法や
ミトコンドリアを40%も除去する方法などが
下記に、特許権範囲として入れられてます。

(項目36)
ストレスが、細胞質の少なくとも約40%を細胞から除去すること含む、項目1~34のいずれか1項記載の方法

(項目41)
ストレスが、ミトコンドリアの少なくとも
約40%を細胞から除去すること含む、
項目1~40のいずれか1項記載の方法

これらの特許請求項の方法に繋がった
小保方さんの実験成果により
先に引用した(a〜f)の洞察が深まって行ったの
でしょう。
この(a〜f)の洞察は
亜致死的ストレスに晒して細胞質内ミトコンドリアの40%も細胞外へ意図的に放出させる
小保方実験方法から得たものでしょう。
放出された、ミトコンドリアと他の細胞質小器官が相互応答しあって、細胞膜とまた再び融合しえる
よう数億年前の寄生本能を呼び起こした
ミトコンドリアが核へも
おそらく指示を出していると、
捉えているのではないかな?

学さん紹介のatp結合βアクチンと初期化の関連や
ミトコンドリア研究の中田先生の報告にあります細胞質内でのミトコンドリアの
小胞体などとストレス応答協力関係などなどの
最新研究もあります。

そう想うとミクロのダイナミック世界にロマンが
湧いて来て、楽しみが増えました!でも時間が、、、

ところで、STAP特許事案については、
気になりつつも、ややこしそうでスルーしてきましたが、興味が涌いてきてます。しかし、
その独特書式とページナンバーのないネット表示は、一度閉じるともう大変です。、、!

明細書ページのある居士さん案内の検索の仕方が
出来ない私、でも新たな発見もありますから、、、

さて、特許と論文の関係ですが
米国では虚偽データでの特許取得は厳罰とのこと
著名米国大学教授が日本で講演したとき
学生には論文より、特許取得を重視するよう
指導しているそうです。
日本でも、特許法11章197条に3年以下の懲役、
300万以下の罰金だそうです。

このたびバカンティ小島出願のSTAP関連米国特許が取得されました。そのデータが虚偽であるなら
出願など、到底出来るもんじゃないでしょう。
特許取得の虚偽違反実刑がある特許出願の重みは
米国教授講演のように、論文より重いと言えます。

このたびの特許取得に於いて、明細書の
参考文献として、理研BCA論文が挙げられてます。
【STAP細胞はES細胞に由来する】今野論文を
参考しこの特許の拒絶審査判断に採用されていたのなら特許は認可されなかったでしょう。

すなわち、BCA論文は米国審査に於いて、
STAP関連特許の取得拒絶判断の根拠とは
採用されなかったことを、表しています。













Ooboe
引用ミスしました。
誘導できる→誘導される。に訂正

Ooboe
続きですが、前引用の❨f❩が途切れてますので
引用しなおします。

❨f❩これは、細胞に、増殖および複製に必要な細胞内成分を提供するが、細胞はエピジェネティック制御を失っており、それゆえ、より原始的な(例えば、より多能性の)状態が誘導できる。

Ooboe
学とみ子さん、一言居士さん

特許明細書の中で、興味深い記述がありました。
手記【あの日】77p〜80pでの
【幹細胞化は細胞質の減少が鍵ではないか?】
小保方さんの独創的考察を特許明細書では
実験に於いて更に考察展開されている
記述がありました。

以下ですが、おそらく、明細書作成に小保方さんも参加されておられたのでは?と、伺えてきます。
✜一部引用します。

◆ミトコンドリア(および他のオルガネラ)が細胞の再構成を指示できることが考えられる。
❨a❩小さなサイズ、単純さ、細胞分化を指示する能力、および原核生物様の性質の故に、ミトコンドリアは、親細胞に致死的となるストレスを生き延び得る。
❨b❩ミトコンドリアは細胞から遊離して放出され、膜中に被包され、そして/または他の細胞成分に結合され得る。
あるいは、理論に結び付けられることは望まないが、
❨c❩核は、インタクトなまま、細胞膜中に被包され得、細胞膜はいくつかのミトコンドリアを含み得る。
❨d❩非常に少しの細胞質および非常に少しのオルガネラ(これらは核のエピジェネティック制御を失っている)しか有しないこれらの損傷された細胞は、
❨e❩次いで、押し出されたオルガネラと相互作用し、そしておそらく融合し得る。
❨f❩これは、細胞に、増殖および複製に必要な細胞内成分を提供するが、細胞はエピジェネティック制御を失っており、それゆえ、より原始的な

コピーすむせん、途切れました。

以上の中で、
私が注目しているのは、、、❨dとe❩です。

今晩続けます。




Ooboe
一言居士さん

私のコメント編集ありがとうございます。
それから
お身内の看病 お見舞いもうしあげます。

一言居士さんコメントです。

>私は今身内に病人を抱えてしまっているので多忙ですから、なかなか進捗しません。どんどん先に進んでおいてもらいたいですね。

💓❴幹細胞化は細胞質の減少が鍵なのではないか❵

というのはOoboeさんの直感でもあるんでしよう
ね。若山さんのクローン胚は受精卵の細胞質が移植された体細胞核をリプログラムしてしまう現象です。この時に重要なのは体細胞核をリプログラムしているのは受精卵の細胞質だということで、受精卵の細胞質はもともとまだ分化前の核と連結していたものです。

この居士さんコメントに関連するでしょうか
学とみ子さんが❝受精卵の細胞質の感受性❞という
独特の表現で考察されてたのを想い起こしました

あちらの、国語の先生が、感受性?なんじゃいな
と連想力のない石頭コメントしてましたね。





Ooboe
STAP特許明細書、詳細説明引用の続きです。

❝本明細書に、特定の環境ストレス(限定するものではないが、細胞における細胞質および/またはミトコンドリアの量を低下させるストレスを含む)での細胞の処理が、ミトコンドリア活性を低下させ、脱分化に関連するゲノムの領域を脱メチル化し、細胞に既知の脱分化経路のマーカーを提示させることができることを実証する実験を記載する。

❝従って、いくつかの実施態様において、本明細書に、細胞から多能性細胞を生成する方法であって、細胞質および/またはミトコンドリアの少なくとも約40%を細胞から除去すること、および多能性または多能性マーカーを示す細胞を選択することを含み、ここで、細胞は組織中に存在しない、方法を提供する。細胞から多能性細胞を生成することができる他のストレス処理も本明細書に
記載する。

以上一部引用でした

このSTAP特許明細書での沢山の実験成果は
須田記者に伝えていた、笹井先生、丹羽先生も
その実験研究者として天才性によるものでしょう
特に私が振り返り思うに
小保方手記【あの日】77p〜80pでの小保方さんの
独創的研究心の着眼考察から生まれたんだなあ、
と改めて感心させられています。

【あの日】より

Oct4陽性の小さな細胞が出来てくるストレスに共通しているのは、細胞膜に損傷が加わりやすいと
いうことだった。

この発見は、私に新たな観点からの着想を与えて
くれた。幹細胞は細胞質が小さい。幹細胞になる
細胞は細胞膜が損傷する。細胞質が外に漏れだすために小さくなるのだろうか。(略)

分化過程に起こるエピジェネティクスによって
細胞の運命は決定される。(略)
細胞の司令塔である核は核膜に覆われている
通常では、核からの指令によって細胞の運命は
決定されると考えられているが、
実は細胞質の中に分化を決定しその状態を安定させる因子が含まれているのではないだろうか。
これは真逆の発想だったが(略)

体細胞の細胞質中に細胞の分化状態を維持する因子が含まれていて、
💓❴幹細胞化は細胞質の減少が鍵なのではないか❵

以上【あの日】より

このような柔軟な着想思考から、特許明細書項目にある様々な実験結果を得たものだったのですね




Ooboe
Zscan4さんの超短い(失礼)解説を
お待ちしていますが、その間に
特許明細書の一部を引用してみます。

【詳細な説明】
❝本明細書に記載の技術の局面は、細胞からの多能性細胞の産生または生成に関する。本明細書に記載の技術の局面は、

❝外来遺伝子、転写物、タンパク質、核成分もしくは細胞質を細胞に導入する必要なしに、または細胞融合の必要なしに、ストレスが細胞からの多能性幹細胞の産生を誘導できるという本発明者らの知見に基づく。

❝いくつかの実施態様において、ストレスは、
細胞における細胞質および/またはミトコンドリアの量の低下を誘導し;脱分化プロセスを惹起し、そして多能性細胞を生じる。

❝いくつかの実施態様において、ストレスは、例えば、ストレスに曝露された細胞の少なくとも
10%において、細胞膜の破壊を引き起こす。
これらの多能性細胞は、3つの胚葉の各々に分化する能力(インビトロおよび/またはインビボ)、
インビボでのテラトーマ様細胞塊の生成、および生存胚および/またはキメラマウスを生成する
能力の一つ以上によって特徴付けられる。

以上一部引用続けます。



Ooboe
Zscan4さん、

私が以前報告いたしましたが

細胞質内では、単量体アクチンの多くがATPと
結合し、ATP結合型アクチンとして存在している
とのことでした。
STAP特許明細書では、
亜致死的ストレスを与え、細胞膜に穴をあけ
細胞質のミトコンドリアを40%放出させる
とあります。

こんなに放出されたら
ミトコンドリアが発電する、ATPに結合していた
アクチンも当然影響をもろに受けて、
その働きが抑制された状態になり、
学さん紹介の研究のように、初期化し易くなる。
に通じますね。

今回のZscan4さんの解析では、
30%の減とありますから、
特許明細書のミトコンドリア40%放出方法に
通じますね、いかがですか?

Ooboe
Zscan4さん
解析情報ありがとうございます

★Tru-seqのActbは、
ESに比べSTAPは3割減のようでした。

疎い私ですが、Actbというのは
βアクチンのことですよね、

この短文の意味ですが
stap細胞の細胞質内を満たしているβアクチンの
量が、ES細胞の量と比較して
3割減の存在だった。と解釈してよろしいですか

Zscan4
ちなみにXistもあるSMARTerのSTAPではESと同じ。
Day0からDay7までの変化があるのかも...

Zscan4
Tru-seqのActbは、ESに比べSTAPは3割減のようでした。

訂正

一言居士
勘違いしてました。以下は間違いです。

>>ただし、ここにあるEarly publication のDownload PDFの内容は私もずっと追っていた分ですが、今はこの14/397,080になっているようですが、以前は15/269,077にあったものと同じです。

もともと二つあったものでしたね。もう忘れていました。根本さんの指示通りにしてたものでした。
>>
①ハーバード大B&W病院/V-CELL社による出願
14/397080 とアプリケーションナンバーに入力し、imagefilewrapper タブをクリック。
②バカンティ氏と小島氏による出願(追加プロトコルを元にした出願)
15/269,077 とアプリケーションナンバーに入力。

ただ、内容が似ていることに関しては今確認中です。

Ooboe
久しぶりにあちら少し覗きましたが、やはり
特許取得情報に対しあちらため息gの反応は、私の予想通うりでしたわ、

ハンニバル氏です

作動しない反重力装置でも特許は取れます。
だからどうした?

ため息
2023年7月15日 06:07
ハンニバル・フォーチュンさん

おっしゃるように「反重力」「特許」で検索するといろいろ出てきますね。永久機関もそうですけど、皆さん真面目に申請するんでしょうね。

私はこんなため息反応は予想してました
❝特許が取得されてもStapの証明にはならんのだ!

貴方達のスルーしたいお気持ちは
よくよくわかりますよ!

日本での取得は、論文撤回と桂調査報告書が
ネックでしょうが、

バカンティ、小保方さんが撤回に同意したのは

★知り合い知人の個人解析だったのを
第三機関解析です!と権威付け偽称していたからであり、その解析もミスが判明しました。

★桂調査報告書は、出処証明出来ない調査サンプルによる結論であり、物証資格のないサンプルによるものでした。

こんな結果となる見事な画策の成功でしたが
いずれ、メッキは剥がれるでしょう。
パトナーは、この2件の画策資料を
小島先生に送付したそうです。


Ooboe
学とみ子さん

下記仰る通うりですね

★笹井先生、丹羽先生、相澤先生、若山先生の皆、小保方氏の説明に納得してたんです。新人がおかしな事を言ったら、シニア研究者にはすぐバレます。
分子生物学会の教授たちは、小保方氏と話してないでしょうから、彼女を噂で判断したのです。

日本の先生だけでなく
私Ooboeは、バカンティ先生の
下記のこの一事だけで、小保方さんは優れた才能の持ち主であることが理解できたのです。

そもそも、バカンティ先生が留学期限迫る
小保方さんのプレゼンテーションを聞き、
留学延長出来るよう手配するだけでなく
「これから先の留学にかかる生活費、渡航費は
僕が援助する」とまで、言わしめたことなど、
普通では考えられない、評価なんですよね!
アンチ小保方ES捏造派はこの事など含め
まったく無視スルーしてしまいますね!

さて、論文発表のすぐ後
竹市センター長に❝小保方は悪質な研究不正を行うので、信用しないように❞の
分子生物学会の偉いさん達が信じ切って
連名メールしたのは、それなりの権威幹部級のCDB反笹井陣営からの吹き込みがあったからです。その大元はHO氏を経由したもので.ヒッポ氏と思われます。PCRゲル写真の一件をはじめに把握しています

また論文発表前の流出事案も、
同じルートであったことは
パトナーが把握しています。

この
分子生物学会の偉いさんへの、吹き込みは
噂によるメールではなく、悪意の確信的伝達行為を根拠としてのものだったのです。









Ooboe
一言居士さん

私がたまたまヒットできたJp2022175459の
【多能性細胞のデノボ生成】明細書への検索は、
このワド入力では、2015年分がupされます。

最新分へは、【脱メチル化stap】と
入力しますとUPされます。
たまたまstapの脱メチル化の検索をしていて
ヒットしたんです。

琢磨雅子氏は、2017年に頑張って特許を否定していましたが。請求範囲が変更され、もうSTAP細胞
じゃないことになると、息巻いてコメントしたのはどの分かしら?

さて最新版では、
★分化した、または成体の細胞からデノボで
多能性細胞を生成または産生する方法を提供する
(略)
本発明は細胞をストレスに供する工程を含む
多能性細胞を生成する方法を提供する。
とあります。

今回のバカンテイ、小島申請の特許成立の
明細書もこの最新版【多能性〜デノボ】の
資料集からアクセス出来ました。

こちらも、頑張って読破したいですが、
とりあえず居士さんの簡潔解説を待ちますね、

一言居士
仰っているのがGENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVOなら以下ですが、2023/5/9時点で判断待ちですね。これは向こうのブログにApplicatio#を書いてくれているので入力して知った。

https://patentcenter.uspto.gov/applications/14397080


ただし、ここにあるEarly publication のDownload PDFの内容は私もずっと追っていた分ですが、今はこの14/397,080になっているようですが、以前は15/269,077にあったものと同じです。
いずれにせよ、今はヴァカンティ兄弟と小島さんが発明者として残っているが、他は二報論文のリトラクトを受けて全員降りてしまいましたので、特に二報論文に関する記述は全部削除されて、アメンドに次ぐアメンドで、実はほぼMETHODS RELATING TO PLURIPOTENT CELLSと同じところまで変更されていました。

何故アプリケーションナンバーが変わったのかの仕組みはよく知りません。
15/269,077の元はExample1-4までありましたが1以外は全部削除されていました。現在の15/269,077はExample1-5まであって、パテント成立しているのですから当然ですが全部生きている。その中の4が新しく加わっている実験です。2月以降はチェックしていなかったのでその1年間に何があったのかを知らないし、根本さんが入り方を教えてくれていたサイトはもう変更されてしまっているので確認できません。

ただ、今まで追っていて、知っていたクレームは全部入っています。

なにしろ三誌論文でのキメラは出来ていることになって特許成立しているようです。虚偽だと賠償問題が発生する。
Ooboeさんはキメラは論文通りに出来ていたんだという推定ですからいいですが、私はこれは訳ありだったとしていますから、先が思いやられる。

もう少し落ちついて全部確認します。まだ読めてないです。

では。







Ooboe
一言居士さん

居士さん、ブログの壁紙編集43
の特許文書Up閲覧しました。
失礼しました、錯誤ではありませんでしたね。
UPありがとうございました。
ほんと、全然話題になりませんでしたね。

ところで
この特許申請は
【多能性細胞に関する方法】のバカンテイ、小島氏申請の分ですね、
【多能性細胞のデノボ生成】の方では
ないですね。

一言居士
https://patentcenter.uspto.gov/

ここのapplication#に15/269,077を入れると以下になる。

https://patentcenter.uspto.gov/applications/15269077

ここの上段のpatent#のDownload PDFをクリックすると以下の公開書類になる。

https://image-ppubs.uspto.gov/dirsearch-public/print/downloadPdf/11242508

実験ノートの以下のrscはreprogrammed stem cellsなのかなと思っていたら、回答が書かれているのに今気づいた。
>>
2月27日
CD45+カルスのテラトーマ切る
Ac or rsc or sacs・・・
AFP
βⅢ   1:200
αSM

rscはここではrejuvenated stem cells(RSCs)<若返り幹細胞>と説明されている。

Issued - 02/08/2022と書かれているし、US 11,242,508 B2というナンバーも与えられているし、本文のパラグラフ毎の番号が消されてもいるので、認可されているのだと思いますが、特許法は別に詳しいわけではないので分かりません。
ミトコンドリアに関しても書かれていますね。ゆっくり読んでみます。

では。

Ooboe
一言居士さん、

確認作業ありがとうございます。
確認作業に錯誤がなければ、
とても、喜ばしく、感動ものです!

私が注文している、細胞質でのミトコンドリアをはじめとした因子の知られざる挙動を、今回学さん紹介研究のように、
他の研究者の意図せぬ成果から、STAP現象が
明らかにされていくのではと、楽しみになります。

仰るとうり、ひょっとして小保方さんも参加されているかも、、

Ooboeさんへ

一言居士
あなたのご覧になったのは日本での出願のようですね。
日本では桂報告書とBCA報告書を根拠にリジェクトが続いていますが、気になったので確認したら米国では2022/2/8に特許が成立しています。ウクライナ問題に気を取られている間に成立していたようです。ニューズにもならなかったので誰も気づかなかったようですね。オーストラリア、ロシアに続いて米国でも成立した。

この中には例の小保方さんのメチル化実験結果がそのまま採用されていますし、三誌論文に表示されていたBDF1シングルでの実験結果の表も採用されたままですから、無論ナイフ切り分けでキメラが出来たということを認めている特許です。
又、Example 4として新たに実験が加えられていて、これは米国で行われた実験ですが、ここではリトラクトされている二報論文のSTAP細胞定義が呼び変えられていて、小保方さんの酸浴細胞はAdult STAP Stem Cellsと命名されて、それ自体が幹細胞という概念になっている。無論二報論文で若山さんが作ってプロトコルの伝えられたらしい笹井さん定義のSTAP Stem Cellsとは違う概念です。どうも、小保方さんも参加している臭い。







Ooboeさんへ
Ooboeさん、米国で特許成立してないですか。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/7/6/76617f31.png

Hidetarouさんに確認されていただけませんかね。

Ooboe
特許出願明細書の引用の続きの内容も注目してます

続きを引用します。

♦️あるいは、理論に結び付けられることは望まないが、核は、インタクトなまま、細胞膜中に被包され得、細胞膜はいくつかのミトコンドリアを含み得る。非常に少しの細胞質および非常に少しのオルガネラ(これらは核のエピジェネティック制御を失っている)しか有しないこれらの損傷された細胞は、次いで、押し出されたオルガネラと相互作用し、そしておそらく融合し得る。これは、細胞に、増殖および複製に必要な細胞内成分を提供するが、細胞はエピジェネティック制御を失っており、それゆえ、より原始的な(例えば、より多能性の)状態が誘導される。


ミクロの世界のダイナミックに
感動します。

Ooboe
ながぁ〜いSTAP特許出願明細書のほぼ終わり辺り
学さん考察案内に関わる箇所を下記引用します。


◆実施例3
理論に結び付けられることは望まないが、本明細書に記載の方法は、アポトーシスまたは、制御細胞死に関連するプロセスを活性化していることが考えられる。

◆細胞に対する軽度の傷害は、修復遺伝子の活性化を誘導し得る。細胞に対する苛酷な傷害は以前に規定されていない生存機構を活性化し得る。細胞が本明細書に記載のストレスのような重大なストレスに曝露されるときに、細胞成分(例えば、ミトコンドリア、小胞、核、リボソーム、小胞体、エキソソーム、エンドソーム、細胞膜、ミトコンドリア、リソソーム、ATP、タンパク質、酵素、炭水化物、脂質など)が損傷細胞から「セリュー」("cellieu")中に放出されることが考えられる。

◆本明細書に記載のデータは、この「セリュー」が細胞の生存を再構成および/または促進でき得ることを示す。

♦️さらに、理論に結び付けられることは望まないが、ミトコンドリア(および他のオルガネラ)が細胞の再構成を指示できることが考えられる。小さなサイズ、単純さ、細胞分化を指示する能力、および原核生物様の性質の故に、ミトコンドリアは、親細胞に致死的となるストレスを生き延び得る。ミトコンドリアは細胞から遊離して放出され、膜中に被包され、そして/または他の細胞成分に結合され得る。

私Ooboeの所感

学さんご紹介のβアクチンの働きを抑制して初期化を行うと、通常より多くのipsコロニーが出来た。
とあります。

βアクチン遺伝子は
200種の分化しきった体細胞殆どに存在していて
それら細胞毎に於ける
❝細胞らしさ❞を維持させている遺伝子群を
SRfという転写因子を介して調節しているとの事ですが、このβアクチンのこの働きを抑制、または
働かなくさせれば、初期化現象が起き易くなるとも取れそうです。

これは、βアクチンが働かなくなればsrf転写因子も
狂いだし、それぞれ分化細胞らしさ維持の
遺伝子群もスイッチoffとなってしまうのかな?で
初期化遺伝子の導入でipsONと成り易くなった
のでは、であるなら、外部からのストレス刺激に
STAP現象が発生した場合に於いても、βアクチンが
そのストレス刺激により、働かなくなり
Offされていた初期化遺伝子達がONに成りやすく
なるのでは?

そこで、特許明細書にありますよう、
刺激ストレスにより、ミトコンドリアをはじめ
細胞質内の大変動が起こりますが、
このβアクチンは細胞質内には単量体アクチンの
多くは、【ATPと結合した状態で存在】しているとのことです。この外部からの大変動を受け
ミトコンドリアが40%も流出するなか
ミトコンドリアが発電するATPに結合した
βアクチンももろに影響を受けることでしょうね

特許出願明細書引用にありますよう、
この致死的状況のなか、ミトコンドリアはその
原核生物様の性質の故、細胞の再構成を指示できる事が考えられる。とあります。

小保方さんは、手記【あの日】において、
細胞質、特にミトコンドリアに初期化の鍵があるのでは!と睨んでいたことを記述してます。
ATPストレスに晒すこと、や、細胞膜の修復には
ATPを使うことなど、など、

このATPと結合して、βアクチンが細胞質内に存在
し、❝分化細胞らしさ❞、を維持させる役割を
担っている中、致死的状況になった時、生き延びるためミトコンドリアは宿主細胞の再構成指示を出し初期化指示により、βアクチンをATP結合から
切り離し、その分化維持機能の抑制指示を出すのではと、、、考察可能と思えてきました。

学とみ子さん、
楽しみな考察ヒントありがとうございます







Ooboe
学とみ子さん

時間がなく
途切れ途切れのコメント参加になってますが、
下記学さん視点、興味が湧きます。

★こうした文章を読むと、βアクチンの働きに異常がある細胞状態、すなわち、βアクチン関連遺伝子に異常のあるマウス細胞は、初期化に向かいやすい(STAP細胞になりやすい)とか考察してみるとかできますから、STAP細胞勉強の材料とする情報です。

★他にも、Cagプロモーターを使った実験系では、初期化していく細胞では、その発現が弱くなるとの論文もあります。

★どういう条件があると初期化しやすいか、STAP細胞はどういう状態だったのか?を考察してみるのも興味深いと思います。

★STAP細胞の問題点を軸に、専門家は、何を考えたか?を想像するためには、リプログラミング多様性の仕組みを学ぶと良いでしょう。

私Ooboeは、最近たまたま他の検索中、
STAP特許出願の明細書のUPに遭遇しました。
長い長い明細書文を初めて眼にしました。
大雑把にザァーと下へ下へと、スクロールし
眼に止まった箇所がありました、この度引用
させて頂いた学さん考察案内に繋がるりそうなので、その箇所を、後ほど引用して
私なりの所感をコメントしたいと思います。

たまたま眼にしましたのが、
昨年のSTAP特許出願明細書で、タイトルは、
【多能性細胞のデノボ生成】
JP2022043344A
APPlcation 2022 11 01
Pulication 2023 01 10

特許の事案の流れについては、まったく、疎い
私ですが一度しっかり眼を通してみたいものです










小保方さんははめられた

(笑)
小保方さんは、アホな学者にはめられた可愛そうな方だと思います。

正直、残念ですね!

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