桂報告書が示したのは、ES混入のあった実験成果物の調査結果です。その成果物がなぜ、その状態になっている？については、理研は調べていないのです。
2023/07/16
ため息ブログメンバー各人は、自らが抱える持論にこだわる人たちです。
自分自身が住むワールドでの価値観で、社会全体を理解してしまう傾向があるようです。
メンバー皆さんは、”理解不十分”を自覚しながら、対外的には、”理解十分”であるとパフォーマンスしたがる人たちのようです。
以下のようなつまらない反論をぶつけてくるDさんですね。Dさんのスモールワールドが良く出ています。
この方は、若山研究室に何らかの関連がある方なのでしょう。
＞因みに、若山先生はSTAP事件の時点で学位を取得されて20年経過しておりません。
それぞれ住む環境で、人々の捉える”新人”の考え方が違うのです。
それぞれの職種で”新人”はどこまで言うのかの考え方も違っていて、医学界、美術界は遅いです。
ESねつ造を信じている人たちは、ESねつ造は不可能という主張を理解しようとしません。
そして、積極的な反論もできないのです。
もともと、小保方単独行動であると、何がなんでも主張していくつもりの人たちでしょうからね。
Dさんは、小保方単独行動であると信じているのでしょうし、反論となる理論は理解しようとしません。
自身の”理解不十分”なる状態は自覚するが故に、科学についての反論は一切書かないとの戦法の人です。
あるいは今の職種の身分がバレるのがいやなのか？も知れません。
専門的な知識を書くと、その人の状態がバレますから。
澪標さんは、最近、STAP細胞科学に少し踏み込むようになったので、澪標さんの理解レベルが垣間見えました。
少しでも書いてくれると、その人の理解レベルがにじみ出てきます。
今のメンバーでは、ため息さん以上に理解している人はいないようです。
plusさんは、良いサポートをしていたのですが、ESねつ造説維持作業に限界を感じたのでしょう。
消えました。
ため息さんに忖度する限界を感じたのであれば、評価できますね。
ため息さんは、本音と建て前を混ぜて文章を書いているのでわかりにくいのですが、実際のところは、STAP細胞への理解はかなり進んだと思います。
転写因子の理解も進み、細胞理解が進んだと思います。学とみ子とのバトルの成果です。
そして、ため息さんは、小保方個人によるESねつ造が困難であることは理解しているでしょうが、困ったことに、文章には出しませんね。
相変わらずの他人罵倒の戦略を続けています。
「学とみ子は日本語ができない」「日本語がデタラメだから意味が通じない」とため息さんは言って、その先の議論を避けます。
百戦錬磨のため息特有戦略なのだから仕方ありません。
相手を根幹から否定して、自分自身の方に優位があると、周りに知らしめる戦略なのでしょう。
科学に疎いため息さんが行う学とみ子への攻撃の手法は、「学とみ子は日本語ができない」とするものですね。
それを聞いて、本気にする人たちがいるのだから、ため息戦略は有効なのです。
結局、議論の行方が分からない人にとっては、個人によるESねつ造無理でありとの学とみ子の主張が理解できません。
細胞はそんなふうな状態にはならない。
細胞は、そこでそうならず、こうなる。
もっと、具体的に言えば、冷凍ESはすぐには使えない。
ES,TSの能力を維持するには生きているだけではだめで、厳密な細胞管理を要するとかの知識です。
しかし、学とみ子の説明は、あくまで論文記載から割り出す非専門家の想像に過ぎません。
ですが、そうした想像を理解できない人たちは、ESねつ造を現実可能と思うのでしょう。
学とみ子の説明が理解できるのであれば、しかるべき反論もできるはずですが、ため息さんを始め、だれもまともな反論ができません。
基本的な細胞のあり方を知らない人にとっては、個人によるESねつ造は無理であるとの考え方は理解できないと思います。
ため息ブログは、小保方氏に単独で問題点を押し付けておきたい人たちだから、その方向性で、皆が一生けん命に書き合っている状態です。
Dさんは、その姿勢が一番良く見えますよ。
つまらないいい訳をしたりのつかみどころな無いDさんに対して、反論してしまう学とみ子ですから、そこが間違いだと感じますね。
STAP事件で一番、解明されなければならない問題には、理研も誰も手をつけていません。
桂報告書が示したのは、ES混入の指摘があった実験成果物を調査した結果です。
その成果物がなぜ、その状態になっている？については、調べていないのです。
なぜ、理研の調査チームが、多くの残存サンプルから、ES混入の細胞を選ぶことができたのかについては、詳細は明らかでないです。
129/GFP ESがなぜ、調査に選ばれたのか？などの経緯は興味深いことです。
やはり、内部情報でしょう。
この先の事実解明は、科学的事実というより、関係者の証言が大事な部分です。
しかし、理研は明らかにしていません。
STAP細胞実験を担当した関係者たちの証言は得られないのです。
桂調査委員も、実験関係者に対し、突っ込んで聞いて調査しませんでした。
桂調査委員たちは、ES混入の事実と、個人の実験作業の関連を明らかにしたくないのです。
調査しても、実験関係者たちは本当に大事な事は言わないことが、桂調査委員たちにわかるんでしょう。
桂調査委員たちにとっても、事件関係者に聞いてしまうと、話がまとめられなくなるのでしょう。
桂調査委員会は、印象操作をしずらくなるのです。
だから、事件関係者尋問でも、調査委員からの質問に答えるだけという形式だったのでしょうね。
だから、実際の現場では、誰が何をしたのかはわかりません。
理研は、STAP実験の一部がES混入によってなされたことを示せば、科学的に十分だと考えているでしょう。
それ以上はできないことを、予め委員たちは予想できていますから・・。
だから、同じ科学者として、シニア研究者を大事にしたということでしょう。
酸浴刺激で変化するSTAP細胞があったことは事実ですし、ES混入が一部サンプルで起きていた可能性が高いことも事実でしょう。
今後の事件の真相解明は、実験を担当したり、調査した関係者たちが何か語るのを待つだけです。
このような状態のSTAP事件において、現時点で、誰が何をしたとかの議論は不可能であると思います。
事件経緯を明らかにしたくない理研は、今後も、「解決した」としてとりあおうとはしないでしょう。
ですから、STAP事件の背景を調べたい人たちが、事件関係者の誰がどうしたという憶測はできるだけ避けるべきであろうと思います。
コメントにも、誰が犯人とかを書きこまないでくれることを望みます。
むしろ、科学としてのSTAP細胞を議論することにより、小保方氏作製のSTAP細胞の現実性を議論した方が建設的です。
その議論は、生命現象を学ぶことでもあります。
そうした議論の参考として、Dさん、ため息さんの発言は有用です。
ESねつ造説にこだわる人たちというのは、何が”理解不十分”なのか？どういう性癖の人たちなのか？がわかります。
なぜ、ため息ブログは、こんなに容易に他人をバカにするのか？ですけどね。
まず、自分自慢の人であり、自分の価値観を違う社会層にもあてはめるという人たちです。
結果、勝手な拡大解釈をして、つまらない屁理屈を書くという人たちです。
Dさん、
＞あなたの理屈では若山先生は「新人同様」扱いです。という事は若山先生は「シニアの研究者」ではなく、「新人同様」だったから「新人」に騙されても不思議ではないという事になりますなあ。自分で言った事が早速論理崩壊になってますなあ。
ESねつ造説でこだわるこうしたタイプをいろいろ考察してみるというのも、一興ではないでしょうか？
澪標さんのコメントを参考に、桂調査委員会の立ち位置を考えてみる事にします。
＞②上記コメントに続く数パラグラフは久しぶりに楽しませてもらいました。
ⅰ 「あの日：Ppp128」より引用
ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられたサンプルは、若山研にいた時に提出したものと」、笹井研から提出したものが混在してしまっていた。若山研での実験の大半は、若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にそれらのマウス」は残されていなかったのでシーケンスに持ちるマウスの系統を揃えることができなかった。（「あの日：2016.1.28初版第1刷」）
ⅱ 桂委員会報告書16～17ページより引用（再掲）
第1回目のGRASによるRNA-seqデータ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS細胞1種類(TS2)およびFI幹細胞2種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施したFI幹細胞RNA-seqは、1種類がAcr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ129xB6へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう1種類が論文に採用されたOct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3種類のFI幹細胞RNA-seqデータは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。（研究論文に関する調査報告書：2014.12.25）
澪標さんが引用したのは、桂報告書の中でも、興味深く、突っ込んで考えてみる価値のある文章です。
小保方氏は書いています。
＞私にそれらのマウス」は残されていなかったのでシーケンスに持ちるマウスの系統を揃えることができなかった。
シーケンスに持ちいるマウスの系統を揃えることができないというのは、STAP細胞のことで、FI細胞は小保方氏には作れないと言ってますね。
そもそも、遺伝子発現の様相など、細胞によってばらつきます。
STAP細胞は、規定の培地で厳密に培養されたES,TS細胞の発現図とは性質の違うものです。
一般人はそういうことを知りません。
STAP細胞は作るたびに違う遺伝子発現状態の細胞となります。こうした解説が桂報告書にきちんと書かれていないのです。
でも、桂報告書は、樹形図がおかしいとの印象操作をしています。
DNA情報とは違って、RNA情報で言えることの限界を、桂調査委員はしっかり説明をしていないのです。
ここも一種の印象操作です。
遠藤さんの解析結果も、RNAサンプルだったから解析そのものが問題視されました。
STAP細胞のチップセック解析は、DNAデータを取得できたから、ものが言えるのです。
桂報告書16頁には、小保方氏がおかしなサンプルを持ち込んだとの印象操作がありますね。
でも、小保方氏と話した桂調査委員たちは、小保方氏は用いた細胞の背景を知らない状態にあったと理解していたのです。
だから、小保方氏に責任を問えないと書いています。
桂調査委員たちは、「小保方単独行動との印象操作をせよ！」との暗黙のプレッシャーがあったと思います。
誰も、口にはだしていなかったでしょうが・・・。空気を読んで、理研内はそうした雰囲気になっていたのでしょう。
調査委員たちは、皆、頭の良い人たちだから、誰が何を望むのか？は暗黙でわかるのです。
つまり、2012年1月、6月に、マウス系統を知らない小保方氏は、しかるべき細胞をGRASに持ち込めないのです。
誰も、必要な情報提供を小保方氏にしていないのです。
この時、困った小保方氏に対し、誰かアドバイスしたかもしれません。
TS混入した細胞を、小保方氏に渡したかもしれません。
でも、こうしたものは、皆、第三者憶測にすぎません。
大事なことは、小保方氏と話を交わした桂調査委員は小保方氏の説明をきちんと理解していた事実の方です。
小保方氏が捏造を意図していたのではないということは、プロならわかるはずです。
STAP細胞は作るたびに違う遺伝子発現状態の細胞になってしまうことは、プロの調査委員は当然、知っています。
桂調査委員たちは、各実験の担当者をある程度、把握できていたののだから、小保方氏の限界も見えます。
結局、小保方氏を取り囲む研究者たちが協力して、STAP論文の図表になっていると、調査委員は理解します。
ただ、その経緯のメリハリが書かれていなくて、一般人が理解できないようになっているのです。
そういうことを考えて、桂報告書文章を読む必要があります。
以下の文章も、何と何の中間なのかということをはっきり書いていません。
客観性に欠ける文章です。
＞これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
＞未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いると Letter Fig.2i は再現できない
こうした記載を読むと、知識のない一般人は、小保方氏と笹井氏が勝手にデータを処理したという印象操作に乗ってしまうことになります。
遺伝子発現図において、論文に示されたレター論文、Fig 2i 図、Ext Fig6dの中身をしっかり見て、ものを考える人など、ため息ブログにいませんね。
いままで、議論になったこともありません。
生物学領域の教授という肩書の人でも、この程度なのです。
とにかく、CDB上層の人たちがどのように説明をしていたのか？をよくよく理解していくことが大事なんです。
そこを間違えるため息ブログの言い分を知るのも、STAP論文理解に役に立つのです。
サラリーマン生活さん、
＞知人の記者が、科学コミュニティとマスコミ関係者と協同で「2014」（仮題）という本をいずれ出したいという構想を持ってるそうです（因みにこれは企業秘密でもなんでもありません。どんどん話していいと言われてます）。かの絶対音感の方と、皆さんのヒロインが二大テーマとのこと。
出せるかどうか分からない（早い話、関心持って買う人がいるか？ということ）が、私の言うところの「関係者の傷口が癒えたタイミング」を見計らいたいようです。
事件関係者や担当したマスコミ関係者にとって、「傷口が癒えたタイミング」の時は来ないと思います。
一生を通じてかかえていくつらい経験になっていると思います。
マスコミ記者などは、「私は誤解していたのではないか？」と内心は思っていても、「私はESねつ造説を信じています」と言い続けるしかないのではない立場でしょう。
研究者層も、問題発言はしないと思います。
サラリーマン生活さんのお知り合いの記者は、関係者各人の誰もが、重いものを抱えているという認識を十分に持った方が良いです。
その上で、担当記者は、それぞれの事件関係者各人が抱える悩みが解放される方向へと導くような取材方法を取らないと、記者は何らの関係者証言も得られないと思います。
＞「余波」の中で、マスコミ的視点から、手記などに翻弄された悲しき人間模様、
”悲しい”とか記者が勝手に単純ストリー作りをするより、誰もが大変な戦略を駆使して生き延びている様を、客観的に描くことが良いのではないでしょうか？
事件関係者の競争を生き抜く人間模様を描くことが、「2014」の社会的評価につながると思いますよ。
科学界にはエリートたちの激しい競争があり、陰謀めいた策略とは戦わなければならない科学者各人の宿命、戦わないと潰される価値観、理解力の無い人たちが状況を複雑化する社会構造、いろいろな生き様のドラマが盛沢山です。
STAPの遺伝子発現は、毎回再現性はなく、ある程度に初期化遺伝子が発現していればOKでしょう。ですから、この再現性というのは、何を意味してるんですか？解析してグラフを作ったのはGRASでしょう？遺伝子発現をコンピューター処理してるんでしょ？勝手に中間の数値なんて引き出せないと思いますよ。ため息さん、このグラフって、人為的に都合良く作れるのでしょうか？
ため息さん
＞再現性がないから「真ん中のデータを使った」という勝手な基準で選んだデータを使ったという事実は印象操作ではなく、結論に合うような結果を採用したということで研究不正ではないかもしれませんが読者をだます行為で、
ため息さん
＞桂調査委員会報告書p17「なお、RNA-seqはライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており、GRAS内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRASに持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。」つまりGRASは解析結果を出しただけで何もしていない。結果に再現性がないのは小保方氏が持ち込んだサンプルのせいです。
シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないのは当たり前でしょう。
GRASの誰が混ぜるんですか？誰もそんなことしませんから、桂報告書は、何で、そんなことをわざわざ書く必要があるんですか？
小保方氏は、サンプル内容を知らずに混じった状態のDNAサンプルをGRASに提出してしまったのです。
幹細胞はESにおき代わっていたけど、小保方責任ではない。Oct細胞はTS混入してたけど、誰の責任かはわからない。
この出来事を持って、小保方氏のESねつ造をサポートするものではないと、桂調査委員会は判断したのです。
よって小保方氏の責任は問えないと、桂報告書は裁定したのです。
これでは、小保方ES混入TS混入の犯人と考える人は怒りますね。
ESねつ造派は、この出来事を持って、小保方捏造の証拠にしたかったのではないでしょうか？
小保方氏が、細胞種をどのようにGRASに申告していたのか？が、書かれていませんし、GRASが解析結果をどのように、小保方氏、若山研究室に伝えたかがわかりません。
GRAスタッフは、サンプルがおかしいと伝えたから、小保方氏も何度も提出したのです。
どのような会話があったのでしょうかね？ここも秘密になっています。
細胞が違っちゃっているのだから、再現性どころじゃないでしょう。
実験で使用したはずの細胞が、違う細胞になって保存されていて、それを著者が知らないのだから、皆、混乱しますよね。
ため息さん、
＞３回とも一致した結果ではないから、「サンプルの中で中間的なものを示そう」としたんですね。期待する値にならなかったから３回も解析したようです。何故再現性がない？小保方氏が「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めた同p17」からです。毎回異なったサンプルを集めたのでは再現性など期待できませんな。
小保方氏が、若山研究室からもらったり、預かった細胞をGRASに提出した結果、ESやTS混入細胞であったのです。
小保方氏は幹細胞を作れない（もともと、STAP細胞は、幹細胞になれる遺伝子状態になっていない）のだから、小保方氏の作製し保存できている細胞なんて無いです。
ため息さんは、こういうことも考えていないのじゃないかしら？
寄せ集めたというのは、混ぜたと誤解する人がいますが、それは間違いです。
細胞をまぜたらねつ造だから、混ぜたなんて、小保方氏はGRASに言うはずもありません。
ところが、ため息さんは細胞を知らないから、”寄せ集めた”を”混ぜた”と解釈してしまうのです。
ここも、一種の印象操作でしょうから、ため息さんは引っかかってしまうのです。
この時点で、GRASに持ち込まれた細胞について、どこまで遺伝子の異変が解明していたか、明らかにされてません。
GRASのスタッフたちが、小保方氏や若山研究室と、どのような会話を交わしたのか？桂報告書にはありません。
小保方氏に結果を伝え、若山研究室と相談したかったGRASスタッフもいたでしょうね。
いづれにしろ、小保方氏がサンプル中身を知らず、保存細胞の作成者でもないとの事実を、桂調査委員たちは把握できたと言うことでしょう。
以下の桂報告書文章部分は、断片的情報の寄せ集め見たいになっていて、ここはどうなの？こちらはどうなの？と、いろいろ突っ込みたくなる文章の連続です。
恐らく、この部分の書き手は、報告書読者に、いろいろ訴えたい事があるんじゃないかな？
桂報告書に出てくる分かりにくい文章って、隠された情報があると思いますよ。
学とみ子の勝手な私見では、ESねつ造派の学者は、GRASシークエンス再調査の結果を持って、小保方ねつ造の証拠にもっていきたかったのではないでしょうかね？
だから、そうはさせまいとするアンチねつ造派が、わかりにくい文章を書いたのでないかと当ブログは思ってます。
桂報告書
2012 年 8 月に第 1 回目として TS 細胞と FI 幹細胞の RNA-seq 用サンプル(TS1 と FI-SC1)が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残されたRNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 とも129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを 2013 年 1 月および 6 月に GRAS に提供し (TS細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用されたOct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
「中間的なものを出そうとした」と小保方氏が答えたと、桂報告書にありますが、質問者は小保方氏にどのような聞き方をしたのか？が書かれていません。
解析対象の細胞がおかしな状態になってしまっているのだから、それを知らずに持ち込んだ小保方氏を責めても意味がありません。
このような断片的情報しか桂報告書に書かないで、読者に誤解を誘うような文章です。
上記、桂報告書の文章の「複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）」も、不思議な文章ですよね。
小保方氏が混ぜたかも・・・と思うなら、追及をすることができたでしょうに・・・・。
調査委員会は、追い詰めることのできる立場にもかかわらず、小保方氏を追い詰めていません。
小保方氏を追い詰めると、理研にとって、何か困る事が出てきてしまうのかもしれませんね。
結果、小保方氏が混ぜたと言う証拠は、どこからも引き出せません。
また、小保方氏は、サンプルの中身を知らないと言う状況だったと思うのですよね。
だから、中間のものを示すとの小保方主張とは、どのような内容だったのかが、桂報告書には書かれてません。
理研が「責任を問えない」と裁定するまでに、どのような経緯があったのか？読者はわかりません。
でも、桂報告書は、小保方氏の故意なる行動では無いと結論しました。
遺伝子発現図を、ため息さんのいうように勝手に作図するのはできないと思いますよ。
GRASという別の研究スタッフもからみますからね。特に、小保方氏のような外部の人に対しては、理研全体でチェックが入るでしょう。評判を落とされたら困りますからね。若山氏が、小保方氏を甘やかしても、若山研究室スタッフを含め、理研全体の監視の目は、厳しいです。
ため息さん、
＞「ため息さん、このグラフって、人為的に都合良く作れるのでしょうか？」 ← グラフなんだから、自在に作れます。細胞増殖曲線やメチル化の図がそうでしょ。間抜けだからできた図のマークを改竄したようですが、普通、捏造するのなら、元の表の数値を改竄するでしょうね。
樹形図は、関連遺伝子発現を見て各細胞間の近似性を見るものであり、複数の研究者が絡む作業だから、勝手に捏造図を作ることは難しい。白丸と黒丸を入れ換えるのと違う。周りも見てみぬふりをする必要がある。だから、この類いのES捏造は、書き換え作業は多くなり周りにバレるから、個人では無理です。
でも、ため息さんは、いくらでも何でもできると説く。どうぞ、お続けください。ところで、ため息さんは、樹形図は小保方氏が作ったとして良いのかな？
ため息さん
＞表の数値を改竄するでしょうね。
数値だとますます、バレちゃいます。一人でやる実験じゃあないですからね。古い研究組織の理研は、チェックも厳しいでしょう。お互いに、足元すくいを皆でやりあってるし、それはある意味、理研の自己点検力でしょう。ただ、論文を書く人と、書かない人の間の対立はあると思います。
再掲です。
＞ため息さんは、樹形図は小保方氏が作ったとして良いのかな？
Ooboeさん、コメントありがとうございます。
STAP細胞は、酸浴刺激で、自立的に初期化に向かったようです。メチル化、脱メチル化に関わる酵素が自立的に進んでいくのでしょう。以下のような機能蛋白反応が、進むのでしょう。しかし、生存に向けてはコントロール不可となっていきます。
ウイキペデアです。https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC
メチル化は大抵DNA中の核酸塩基もしくはタンパク質中のアミノ酸で起こる。メチルトランスフェラーゼはメチル基の供与体としてS-アデノシルメチオニン(SAM)の硫黄原子に結合した活性メチル基を用いる。
DNAメチル化は主にオリジナルのDNA配列の変更無しに遺伝子発現の制御に利用される。このメチル化はシトシン上で起こる。DNAメチル化は哺乳動物では胚形成期からの正常な発育のために必要である場合がある。
＞脱メチル化はデメチラーゼによって触媒される。この酵素はN-メチル基を酸化するが、これはヒストンといくつかのDNAで起こる。
遺伝子発現は、不安定なものです。
澪標さんはそうした勉強をもっとして欲しいです。統計的データ処理が曖昧なのは、実験上の精度、再現性を求めても意味がないからです。細胞の性質を知らない人は、STAP細胞の論文の意味が結局わからずに、評価を間違えます。場違いコメントになります。
ため息ブログには、STAP論文を標準的で正当な評価ができる人がいません。
論文の理屈を理解できないみたいです。
ため息ブログは、他人をけなすのが大好きな人間の寄り合い場所になってます。メンバー各人が、自分自身を開示する必要もないから、気の済むまで人間否定を続ける人たちです。そうしたタイプが、ES捏造説を信じるのでしょう。
ため息さんは、STAP論文に登場する各種の図の意味を正しく理解できてません。これは一般人にとっては、信じられないようなことではないでしょうか？
マスコミに出て解説する学者も、STAP細胞を正しく理解しておらず、ES捏造説に反対の人はマスコミに登場しませんでした。学者の肩書があっても、STAP論文の実験内容を知らないままでした。ため息さんも、STAP論文を読んでいませんでした。ため息さんは、学者間の口コミによる情報入手でした。
しっかり論文を読み図表を理解しておきたいとの気持ちもないのですよね。
ため息さん
＞どのような方法で作成される図なのかがよくわからないので、いい加減な発言でした。
ため息さんは、どんなデータに基づき、図表が作られているかを知らないから、小保方氏が勝手に自由線を引いて樹形図を作ったと言いたいようです。
澪標さんは、そうした状態のため息さんをバラしてしまいました。ため息さんに上記発言をさせた、澪標さんはエライ！
桂報告書の文章です。
＞小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
小保方氏が、うっかり「中間的」という言葉を吐いてしまったがために、この言葉が悪用されました。つまり「混ぜた」との意味として利用されてしまいました。
小保方氏「中間的」なる説明は、どのような状況で発せられたか？が、不明です。小保方氏が、何かの説明で使った「中間的」なる語の前後が省かれてしまい、読者に、「混ぜた証拠となる語句だ！」と誤解させます。これも印象操作です。
小保方氏が、何と何の中間だと言いたかったのか？学とみ子にはわかりませんが、前後の説明があるはずです。
桂報告書の悪質なる省略文章です。
樹形図は、STAP細胞がCD45細胞よりESに近いという図が書ければ十分だと思います。それを再現性とか言い出してきて、まるで元の実験結果と同じでないといけないとか、同じでないから捏造の証拠になるとかのように、読者に誤解させてしまいます。
とにかく、小保方氏がわたされた細胞のラベルはどうなっていて、誰から渡されたか？が、明らかになるべきです。
論文に書かれた実験と、再検査での細胞種類が違っているのだから、当時、そこに気付いていた人、疑問を持った人がいるはずです。そこが全部、隠されてます。
これも印象操作です。
澪標さん、
＞だれが樹形図を作ったかを問うのは無意味です。
GRASのスタッフが作ったということですけど、なぜ、誰が作ろうが意味がないのでしょうか？
もしかすると、誰が作ろうと同じ図になると考えているのでしょうか？
澪標さん、
＞同一入力データ、同一統計パッケージ、同一メソッドなら階層クラスタリングの結果は、だれがやろうと同じ答えになります。
澪標さんが手掛けてきた経験を、遺伝子発現データに適用できません。
まず、情報のソースが細胞遺伝子発現データであれば、同一統計パッケージ、同一メソッドは期待できても、対象となる細胞における同一入力データは得られません。
遺伝子発現は細胞ごとに不安定であると、澪標さんが聞かされたら、同一入力データは得られないとすぐ連想できるようになって欲しいです。
生命の不確実性を考えたら、容易に細胞実験の不確実性が予想できるはずです。
ネーチャー論文なのにいいかげんな処理をしているとあきれる澪標さんは、そう考える前に、ご自身が細胞音痴であることに気付いてください。
澪標脳が細胞理解脳に切り替え済になるまでは、学とみ子に語りかけていただいても、お返事はしません。
ため息さんはこういうことを言いませんから、ため息さんと楽しく議論していたら良いと思います。
自分自身が住むワールドでの価値観で、社会全体を理解してしまう傾向があるようです。
メンバー皆さんは、”理解不十分”を自覚しながら、対外的には、”理解十分”であるとパフォーマンスしたがる人たちのようです。
以下のようなつまらない反論をぶつけてくるDさんですね。Dさんのスモールワールドが良く出ています。
この方は、若山研究室に何らかの関連がある方なのでしょう。
＞因みに、若山先生はSTAP事件の時点で学位を取得されて20年経過しておりません。
それぞれ住む環境で、人々の捉える”新人”の考え方が違うのです。
それぞれの職種で”新人”はどこまで言うのかの考え方も違っていて、医学界、美術界は遅いです。
ESねつ造を信じている人たちは、ESねつ造は不可能という主張を理解しようとしません。
そして、積極的な反論もできないのです。
もともと、小保方単独行動であると、何がなんでも主張していくつもりの人たちでしょうからね。
Dさんは、小保方単独行動であると信じているのでしょうし、反論となる理論は理解しようとしません。
自身の”理解不十分”なる状態は自覚するが故に、科学についての反論は一切書かないとの戦法の人です。
あるいは今の職種の身分がバレるのがいやなのか？も知れません。
専門的な知識を書くと、その人の状態がバレますから。
澪標さんは、最近、STAP細胞科学に少し踏み込むようになったので、澪標さんの理解レベルが垣間見えました。
少しでも書いてくれると、その人の理解レベルがにじみ出てきます。
今のメンバーでは、ため息さん以上に理解している人はいないようです。
plusさんは、良いサポートをしていたのですが、ESねつ造説維持作業に限界を感じたのでしょう。
消えました。
ため息さんに忖度する限界を感じたのであれば、評価できますね。
ため息さんは、本音と建て前を混ぜて文章を書いているのでわかりにくいのですが、実際のところは、STAP細胞への理解はかなり進んだと思います。
転写因子の理解も進み、細胞理解が進んだと思います。学とみ子とのバトルの成果です。
そして、ため息さんは、小保方個人によるESねつ造が困難であることは理解しているでしょうが、困ったことに、文章には出しませんね。
相変わらずの他人罵倒の戦略を続けています。
「学とみ子は日本語ができない」「日本語がデタラメだから意味が通じない」とため息さんは言って、その先の議論を避けます。
百戦錬磨のため息特有戦略なのだから仕方ありません。
相手を根幹から否定して、自分自身の方に優位があると、周りに知らしめる戦略なのでしょう。
科学に疎いため息さんが行う学とみ子への攻撃の手法は、「学とみ子は日本語ができない」とするものですね。
それを聞いて、本気にする人たちがいるのだから、ため息戦略は有効なのです。
結局、議論の行方が分からない人にとっては、個人によるESねつ造無理でありとの学とみ子の主張が理解できません。
細胞はそんなふうな状態にはならない。
細胞は、そこでそうならず、こうなる。
もっと、具体的に言えば、冷凍ESはすぐには使えない。
ES,TSの能力を維持するには生きているだけではだめで、厳密な細胞管理を要するとかの知識です。
しかし、学とみ子の説明は、あくまで論文記載から割り出す非専門家の想像に過ぎません。
ですが、そうした想像を理解できない人たちは、ESねつ造を現実可能と思うのでしょう。
学とみ子の説明が理解できるのであれば、しかるべき反論もできるはずですが、ため息さんを始め、だれもまともな反論ができません。
基本的な細胞のあり方を知らない人にとっては、個人によるESねつ造は無理であるとの考え方は理解できないと思います。
ため息ブログは、小保方氏に単独で問題点を押し付けておきたい人たちだから、その方向性で、皆が一生けん命に書き合っている状態です。
Dさんは、その姿勢が一番良く見えますよ。
つまらないいい訳をしたりのつかみどころな無いDさんに対して、反論してしまう学とみ子ですから、そこが間違いだと感じますね。
STAP事件で一番、解明されなければならない問題には、理研も誰も手をつけていません。
桂報告書が示したのは、ES混入の指摘があった実験成果物を調査した結果です。
その成果物がなぜ、その状態になっている？については、調べていないのです。
なぜ、理研の調査チームが、多くの残存サンプルから、ES混入の細胞を選ぶことができたのかについては、詳細は明らかでないです。
129/GFP ESがなぜ、調査に選ばれたのか？などの経緯は興味深いことです。
やはり、内部情報でしょう。
この先の事実解明は、科学的事実というより、関係者の証言が大事な部分です。
しかし、理研は明らかにしていません。
STAP細胞実験を担当した関係者たちの証言は得られないのです。
桂調査委員も、実験関係者に対し、突っ込んで聞いて調査しませんでした。
桂調査委員たちは、ES混入の事実と、個人の実験作業の関連を明らかにしたくないのです。
調査しても、実験関係者たちは本当に大事な事は言わないことが、桂調査委員たちにわかるんでしょう。
桂調査委員たちにとっても、事件関係者に聞いてしまうと、話がまとめられなくなるのでしょう。
桂調査委員会は、印象操作をしずらくなるのです。
だから、事件関係者尋問でも、調査委員からの質問に答えるだけという形式だったのでしょうね。
だから、実際の現場では、誰が何をしたのかはわかりません。
理研は、STAP実験の一部がES混入によってなされたことを示せば、科学的に十分だと考えているでしょう。
それ以上はできないことを、予め委員たちは予想できていますから・・。
だから、同じ科学者として、シニア研究者を大事にしたということでしょう。
酸浴刺激で変化するSTAP細胞があったことは事実ですし、ES混入が一部サンプルで起きていた可能性が高いことも事実でしょう。
今後の事件の真相解明は、実験を担当したり、調査した関係者たちが何か語るのを待つだけです。
このような状態のSTAP事件において、現時点で、誰が何をしたとかの議論は不可能であると思います。
事件経緯を明らかにしたくない理研は、今後も、「解決した」としてとりあおうとはしないでしょう。
ですから、STAP事件の背景を調べたい人たちが、事件関係者の誰がどうしたという憶測はできるだけ避けるべきであろうと思います。
コメントにも、誰が犯人とかを書きこまないでくれることを望みます。
むしろ、科学としてのSTAP細胞を議論することにより、小保方氏作製のSTAP細胞の現実性を議論した方が建設的です。
その議論は、生命現象を学ぶことでもあります。
そうした議論の参考として、Dさん、ため息さんの発言は有用です。
ESねつ造説にこだわる人たちというのは、何が”理解不十分”なのか？どういう性癖の人たちなのか？がわかります。
なぜ、ため息ブログは、こんなに容易に他人をバカにするのか？ですけどね。
まず、自分自慢の人であり、自分の価値観を違う社会層にもあてはめるという人たちです。
結果、勝手な拡大解釈をして、つまらない屁理屈を書くという人たちです。
Dさん、
＞あなたの理屈では若山先生は「新人同様」扱いです。という事は若山先生は「シニアの研究者」ではなく、「新人同様」だったから「新人」に騙されても不思議ではないという事になりますなあ。自分で言った事が早速論理崩壊になってますなあ。
ESねつ造説でこだわるこうしたタイプをいろいろ考察してみるというのも、一興ではないでしょうか？
澪標さんのコメントを参考に、桂調査委員会の立ち位置を考えてみる事にします。
＞②上記コメントに続く数パラグラフは久しぶりに楽しませてもらいました。
ⅰ 「あの日：Ppp128」より引用
ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられたサンプルは、若山研にいた時に提出したものと」、笹井研から提出したものが混在してしまっていた。若山研での実験の大半は、若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にそれらのマウス」は残されていなかったのでシーケンスに持ちるマウスの系統を揃えることができなかった。（「あの日：2016.1.28初版第1刷」）
ⅱ 桂委員会報告書16～17ページより引用（再掲）
第1回目のGRASによるRNA-seqデータ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS細胞1種類(TS2)およびFI幹細胞2種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施したFI幹細胞RNA-seqは、1種類がAcr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ129xB6へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう1種類が論文に採用されたOct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3種類のFI幹細胞RNA-seqデータは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。（研究論文に関する調査報告書：2014.12.25）
澪標さんが引用したのは、桂報告書の中でも、興味深く、突っ込んで考えてみる価値のある文章です。
小保方氏は書いています。
＞私にそれらのマウス」は残されていなかったのでシーケンスに持ちるマウスの系統を揃えることができなかった。
シーケンスに持ちいるマウスの系統を揃えることができないというのは、STAP細胞のことで、FI細胞は小保方氏には作れないと言ってますね。
そもそも、遺伝子発現の様相など、細胞によってばらつきます。
STAP細胞は、規定の培地で厳密に培養されたES,TS細胞の発現図とは性質の違うものです。
一般人はそういうことを知りません。
STAP細胞は作るたびに違う遺伝子発現状態の細胞となります。こうした解説が桂報告書にきちんと書かれていないのです。
でも、桂報告書は、樹形図がおかしいとの印象操作をしています。
DNA情報とは違って、RNA情報で言えることの限界を、桂調査委員はしっかり説明をしていないのです。
ここも一種の印象操作です。
遠藤さんの解析結果も、RNAサンプルだったから解析そのものが問題視されました。
STAP細胞のチップセック解析は、DNAデータを取得できたから、ものが言えるのです。
桂報告書16頁には、小保方氏がおかしなサンプルを持ち込んだとの印象操作がありますね。
でも、小保方氏と話した桂調査委員たちは、小保方氏は用いた細胞の背景を知らない状態にあったと理解していたのです。
だから、小保方氏に責任を問えないと書いています。
桂調査委員たちは、「小保方単独行動との印象操作をせよ！」との暗黙のプレッシャーがあったと思います。
誰も、口にはだしていなかったでしょうが・・・。空気を読んで、理研内はそうした雰囲気になっていたのでしょう。
調査委員たちは、皆、頭の良い人たちだから、誰が何を望むのか？は暗黙でわかるのです。
つまり、2012年1月、6月に、マウス系統を知らない小保方氏は、しかるべき細胞をGRASに持ち込めないのです。
誰も、必要な情報提供を小保方氏にしていないのです。
この時、困った小保方氏に対し、誰かアドバイスしたかもしれません。
TS混入した細胞を、小保方氏に渡したかもしれません。
でも、こうしたものは、皆、第三者憶測にすぎません。
大事なことは、小保方氏と話を交わした桂調査委員は小保方氏の説明をきちんと理解していた事実の方です。
小保方氏が捏造を意図していたのではないということは、プロならわかるはずです。
STAP細胞は作るたびに違う遺伝子発現状態の細胞になってしまうことは、プロの調査委員は当然、知っています。
桂調査委員たちは、各実験の担当者をある程度、把握できていたののだから、小保方氏の限界も見えます。
結局、小保方氏を取り囲む研究者たちが協力して、STAP論文の図表になっていると、調査委員は理解します。
ただ、その経緯のメリハリが書かれていなくて、一般人が理解できないようになっているのです。
そういうことを考えて、桂報告書文章を読む必要があります。
以下の文章も、何と何の中間なのかということをはっきり書いていません。
客観性に欠ける文章です。
＞これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
＞未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いると Letter Fig.2i は再現できない
こうした記載を読むと、知識のない一般人は、小保方氏と笹井氏が勝手にデータを処理したという印象操作に乗ってしまうことになります。
遺伝子発現図において、論文に示されたレター論文、Fig 2i 図、Ext Fig6dの中身をしっかり見て、ものを考える人など、ため息ブログにいませんね。
いままで、議論になったこともありません。
生物学領域の教授という肩書の人でも、この程度なのです。
とにかく、CDB上層の人たちがどのように説明をしていたのか？をよくよく理解していくことが大事なんです。
そこを間違えるため息ブログの言い分を知るのも、STAP論文理解に役に立つのです。
サラリーマン生活さん、
＞知人の記者が、科学コミュニティとマスコミ関係者と協同で「2014」（仮題）という本をいずれ出したいという構想を持ってるそうです（因みにこれは企業秘密でもなんでもありません。どんどん話していいと言われてます）。かの絶対音感の方と、皆さんのヒロインが二大テーマとのこと。
出せるかどうか分からない（早い話、関心持って買う人がいるか？ということ）が、私の言うところの「関係者の傷口が癒えたタイミング」を見計らいたいようです。
事件関係者や担当したマスコミ関係者にとって、「傷口が癒えたタイミング」の時は来ないと思います。
一生を通じてかかえていくつらい経験になっていると思います。
マスコミ記者などは、「私は誤解していたのではないか？」と内心は思っていても、「私はESねつ造説を信じています」と言い続けるしかないのではない立場でしょう。
研究者層も、問題発言はしないと思います。
サラリーマン生活さんのお知り合いの記者は、関係者各人の誰もが、重いものを抱えているという認識を十分に持った方が良いです。
その上で、担当記者は、それぞれの事件関係者各人が抱える悩みが解放される方向へと導くような取材方法を取らないと、記者は何らの関係者証言も得られないと思います。
＞「余波」の中で、マスコミ的視点から、手記などに翻弄された悲しき人間模様、
”悲しい”とか記者が勝手に単純ストリー作りをするより、誰もが大変な戦略を駆使して生き延びている様を、客観的に描くことが良いのではないでしょうか？
事件関係者の競争を生き抜く人間模様を描くことが、「2014」の社会的評価につながると思いますよ。
科学界にはエリートたちの激しい競争があり、陰謀めいた策略とは戦わなければならない科学者各人の宿命、戦わないと潰される価値観、理解力の無い人たちが状況を複雑化する社会構造、いろいろな生き様のドラマが盛沢山です。
STAPの遺伝子発現は、毎回再現性はなく、ある程度に初期化遺伝子が発現していればOKでしょう。ですから、この再現性というのは、何を意味してるんですか？解析してグラフを作ったのはGRASでしょう？遺伝子発現をコンピューター処理してるんでしょ？勝手に中間の数値なんて引き出せないと思いますよ。ため息さん、このグラフって、人為的に都合良く作れるのでしょうか？
ため息さん
＞再現性がないから「真ん中のデータを使った」という勝手な基準で選んだデータを使ったという事実は印象操作ではなく、結論に合うような結果を採用したということで研究不正ではないかもしれませんが読者をだます行為で、
ため息さん
＞桂調査委員会報告書p17「なお、RNA-seqはライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており、GRAS内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRASに持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。」つまりGRASは解析結果を出しただけで何もしていない。結果に再現性がないのは小保方氏が持ち込んだサンプルのせいです。
シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないのは当たり前でしょう。
GRASの誰が混ぜるんですか？誰もそんなことしませんから、桂報告書は、何で、そんなことをわざわざ書く必要があるんですか？
小保方氏は、サンプル内容を知らずに混じった状態のDNAサンプルをGRASに提出してしまったのです。
幹細胞はESにおき代わっていたけど、小保方責任ではない。Oct細胞はTS混入してたけど、誰の責任かはわからない。
この出来事を持って、小保方氏のESねつ造をサポートするものではないと、桂調査委員会は判断したのです。
よって小保方氏の責任は問えないと、桂報告書は裁定したのです。
これでは、小保方ES混入TS混入の犯人と考える人は怒りますね。
ESねつ造派は、この出来事を持って、小保方捏造の証拠にしたかったのではないでしょうか？
小保方氏が、細胞種をどのようにGRASに申告していたのか？が、書かれていませんし、GRASが解析結果をどのように、小保方氏、若山研究室に伝えたかがわかりません。
GRAスタッフは、サンプルがおかしいと伝えたから、小保方氏も何度も提出したのです。
どのような会話があったのでしょうかね？ここも秘密になっています。
細胞が違っちゃっているのだから、再現性どころじゃないでしょう。
実験で使用したはずの細胞が、違う細胞になって保存されていて、それを著者が知らないのだから、皆、混乱しますよね。
ため息さん、
＞３回とも一致した結果ではないから、「サンプルの中で中間的なものを示そう」としたんですね。期待する値にならなかったから３回も解析したようです。何故再現性がない？小保方氏が「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めた同p17」からです。毎回異なったサンプルを集めたのでは再現性など期待できませんな。
小保方氏が、若山研究室からもらったり、預かった細胞をGRASに提出した結果、ESやTS混入細胞であったのです。
小保方氏は幹細胞を作れない（もともと、STAP細胞は、幹細胞になれる遺伝子状態になっていない）のだから、小保方氏の作製し保存できている細胞なんて無いです。
ため息さんは、こういうことも考えていないのじゃないかしら？
寄せ集めたというのは、混ぜたと誤解する人がいますが、それは間違いです。
細胞をまぜたらねつ造だから、混ぜたなんて、小保方氏はGRASに言うはずもありません。
ところが、ため息さんは細胞を知らないから、”寄せ集めた”を”混ぜた”と解釈してしまうのです。
ここも、一種の印象操作でしょうから、ため息さんは引っかかってしまうのです。
この時点で、GRASに持ち込まれた細胞について、どこまで遺伝子の異変が解明していたか、明らかにされてません。
GRASのスタッフたちが、小保方氏や若山研究室と、どのような会話を交わしたのか？桂報告書にはありません。
小保方氏に結果を伝え、若山研究室と相談したかったGRASスタッフもいたでしょうね。
いづれにしろ、小保方氏がサンプル中身を知らず、保存細胞の作成者でもないとの事実を、桂調査委員たちは把握できたと言うことでしょう。
以下の桂報告書文章部分は、断片的情報の寄せ集め見たいになっていて、ここはどうなの？こちらはどうなの？と、いろいろ突っ込みたくなる文章の連続です。
恐らく、この部分の書き手は、報告書読者に、いろいろ訴えたい事があるんじゃないかな？
桂報告書に出てくる分かりにくい文章って、隠された情報があると思いますよ。
学とみ子の勝手な私見では、ESねつ造派の学者は、GRASシークエンス再調査の結果を持って、小保方ねつ造の証拠にもっていきたかったのではないでしょうかね？
だから、そうはさせまいとするアンチねつ造派が、わかりにくい文章を書いたのでないかと当ブログは思ってます。
桂報告書
2012 年 8 月に第 1 回目として TS 細胞と FI 幹細胞の RNA-seq 用サンプル(TS1 と FI-SC1)が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残されたRNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 とも129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを 2013 年 1 月および 6 月に GRAS に提供し (TS細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用されたOct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
「中間的なものを出そうとした」と小保方氏が答えたと、桂報告書にありますが、質問者は小保方氏にどのような聞き方をしたのか？が書かれていません。
解析対象の細胞がおかしな状態になってしまっているのだから、それを知らずに持ち込んだ小保方氏を責めても意味がありません。
このような断片的情報しか桂報告書に書かないで、読者に誤解を誘うような文章です。
上記、桂報告書の文章の「複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）」も、不思議な文章ですよね。
小保方氏が混ぜたかも・・・と思うなら、追及をすることができたでしょうに・・・・。
調査委員会は、追い詰めることのできる立場にもかかわらず、小保方氏を追い詰めていません。
小保方氏を追い詰めると、理研にとって、何か困る事が出てきてしまうのかもしれませんね。
結果、小保方氏が混ぜたと言う証拠は、どこからも引き出せません。
また、小保方氏は、サンプルの中身を知らないと言う状況だったと思うのですよね。
だから、中間のものを示すとの小保方主張とは、どのような内容だったのかが、桂報告書には書かれてません。
理研が「責任を問えない」と裁定するまでに、どのような経緯があったのか？読者はわかりません。
でも、桂報告書は、小保方氏の故意なる行動では無いと結論しました。
遺伝子発現図を、ため息さんのいうように勝手に作図するのはできないと思いますよ。
GRASという別の研究スタッフもからみますからね。特に、小保方氏のような外部の人に対しては、理研全体でチェックが入るでしょう。評判を落とされたら困りますからね。若山氏が、小保方氏を甘やかしても、若山研究室スタッフを含め、理研全体の監視の目は、厳しいです。
ため息さん、
＞「ため息さん、このグラフって、人為的に都合良く作れるのでしょうか？」 ← グラフなんだから、自在に作れます。細胞増殖曲線やメチル化の図がそうでしょ。間抜けだからできた図のマークを改竄したようですが、普通、捏造するのなら、元の表の数値を改竄するでしょうね。
樹形図は、関連遺伝子発現を見て各細胞間の近似性を見るものであり、複数の研究者が絡む作業だから、勝手に捏造図を作ることは難しい。白丸と黒丸を入れ換えるのと違う。周りも見てみぬふりをする必要がある。だから、この類いのES捏造は、書き換え作業は多くなり周りにバレるから、個人では無理です。
でも、ため息さんは、いくらでも何でもできると説く。どうぞ、お続けください。ところで、ため息さんは、樹形図は小保方氏が作ったとして良いのかな？
ため息さん
＞表の数値を改竄するでしょうね。
数値だとますます、バレちゃいます。一人でやる実験じゃあないですからね。古い研究組織の理研は、チェックも厳しいでしょう。お互いに、足元すくいを皆でやりあってるし、それはある意味、理研の自己点検力でしょう。ただ、論文を書く人と、書かない人の間の対立はあると思います。
再掲です。
＞ため息さんは、樹形図は小保方氏が作ったとして良いのかな？
Ooboeさん、コメントありがとうございます。
STAP細胞は、酸浴刺激で、自立的に初期化に向かったようです。メチル化、脱メチル化に関わる酵素が自立的に進んでいくのでしょう。以下のような機能蛋白反応が、進むのでしょう。しかし、生存に向けてはコントロール不可となっていきます。
ウイキペデアです。https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC
メチル化は大抵DNA中の核酸塩基もしくはタンパク質中のアミノ酸で起こる。メチルトランスフェラーゼはメチル基の供与体としてS-アデノシルメチオニン(SAM)の硫黄原子に結合した活性メチル基を用いる。
DNAメチル化は主にオリジナルのDNA配列の変更無しに遺伝子発現の制御に利用される。このメチル化はシトシン上で起こる。DNAメチル化は哺乳動物では胚形成期からの正常な発育のために必要である場合がある。
＞脱メチル化はデメチラーゼによって触媒される。この酵素はN-メチル基を酸化するが、これはヒストンといくつかのDNAで起こる。
遺伝子発現は、不安定なものです。
澪標さんはそうした勉強をもっとして欲しいです。統計的データ処理が曖昧なのは、実験上の精度、再現性を求めても意味がないからです。細胞の性質を知らない人は、STAP細胞の論文の意味が結局わからずに、評価を間違えます。場違いコメントになります。
ため息ブログには、STAP論文を標準的で正当な評価ができる人がいません。
論文の理屈を理解できないみたいです。
ため息ブログは、他人をけなすのが大好きな人間の寄り合い場所になってます。メンバー各人が、自分自身を開示する必要もないから、気の済むまで人間否定を続ける人たちです。そうしたタイプが、ES捏造説を信じるのでしょう。
ため息さんは、STAP論文に登場する各種の図の意味を正しく理解できてません。これは一般人にとっては、信じられないようなことではないでしょうか？
マスコミに出て解説する学者も、STAP細胞を正しく理解しておらず、ES捏造説に反対の人はマスコミに登場しませんでした。学者の肩書があっても、STAP論文の実験内容を知らないままでした。ため息さんも、STAP論文を読んでいませんでした。ため息さんは、学者間の口コミによる情報入手でした。
しっかり論文を読み図表を理解しておきたいとの気持ちもないのですよね。
ため息さん
＞どのような方法で作成される図なのかがよくわからないので、いい加減な発言でした。
ため息さんは、どんなデータに基づき、図表が作られているかを知らないから、小保方氏が勝手に自由線を引いて樹形図を作ったと言いたいようです。
澪標さんは、そうした状態のため息さんをバラしてしまいました。ため息さんに上記発言をさせた、澪標さんはエライ！
桂報告書の文章です。
＞小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
小保方氏が、うっかり「中間的」という言葉を吐いてしまったがために、この言葉が悪用されました。つまり「混ぜた」との意味として利用されてしまいました。
小保方氏「中間的」なる説明は、どのような状況で発せられたか？が、不明です。小保方氏が、何かの説明で使った「中間的」なる語の前後が省かれてしまい、読者に、「混ぜた証拠となる語句だ！」と誤解させます。これも印象操作です。
小保方氏が、何と何の中間だと言いたかったのか？学とみ子にはわかりませんが、前後の説明があるはずです。
桂報告書の悪質なる省略文章です。
樹形図は、STAP細胞がCD45細胞よりESに近いという図が書ければ十分だと思います。それを再現性とか言い出してきて、まるで元の実験結果と同じでないといけないとか、同じでないから捏造の証拠になるとかのように、読者に誤解させてしまいます。
とにかく、小保方氏がわたされた細胞のラベルはどうなっていて、誰から渡されたか？が、明らかになるべきです。
論文に書かれた実験と、再検査での細胞種類が違っているのだから、当時、そこに気付いていた人、疑問を持った人がいるはずです。そこが全部、隠されてます。
これも印象操作です。
澪標さん、
＞だれが樹形図を作ったかを問うのは無意味です。
GRASのスタッフが作ったということですけど、なぜ、誰が作ろうが意味がないのでしょうか？
もしかすると、誰が作ろうと同じ図になると考えているのでしょうか？
澪標さん、
＞同一入力データ、同一統計パッケージ、同一メソッドなら階層クラスタリングの結果は、だれがやろうと同じ答えになります。
澪標さんが手掛けてきた経験を、遺伝子発現データに適用できません。
まず、情報のソースが細胞遺伝子発現データであれば、同一統計パッケージ、同一メソッドは期待できても、対象となる細胞における同一入力データは得られません。
遺伝子発現は細胞ごとに不安定であると、澪標さんが聞かされたら、同一入力データは得られないとすぐ連想できるようになって欲しいです。
生命の不確実性を考えたら、容易に細胞実験の不確実性が予想できるはずです。
ネーチャー論文なのにいいかげんな処理をしているとあきれる澪標さんは、そう考える前に、ご自身が細胞音痴であることに気付いてください。
澪標脳が細胞理解脳に切り替え済になるまでは、学とみ子に語りかけていただいても、お返事はしません。
ため息さんはこういうことを言いませんから、ため息さんと楽しく議論していたら良いと思います。
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