ES混入前の実験か、ES混入後の実験かを、それぞれ区別して読み比べて行くことで、STAP論文理解が深まると思います。

前回の当ブログの最後に、『一般人は、とにかく幅広い!いろいろな業種のノウハウが生かされます。最初は見当外れでも、やがて、学びによって修正され、大多数が、共通の落とし処に向かいます。学べない者は、悪口だけしか言えなくなります。』と書いた。

この共通の落とし処とは何ぞ?に、ため息さんは、「クソくらえ!」と言わんとばかりに反応した。

さて、共通の落し処の実態は?の問題であるが、ため息ブログは、当然、それが何かを書くことはできない。
ため息ブログは、STAP論文を丁寧に読んでいないのである。
ため息ブログの諸氏は、落し処を想像はすることはしても、それを文章化して解説するのは無理である。

ため息さんは、わざわざ新エントリー「共通の落とし処」 2023年9月13日を書いたが、内容はひどいものである。
反擁護とは省略が多すぎませんか?
反ESねつ造説のSTAP擁護派ですか?


反擁護のサイトは活動する意義もないから沈黙ですけどね。

桂調査委員会報告書というのを読めない理解できない科学的な素養のない、勉強する気がない、記者会見で騙された一般人の一部が、・・・・



書かれた文章内容が理解できない読者が、読後感想文を書いたような印象のため息文章だ。

とにかく、ため息さんは、STAP論文をしっかり読んでいないのだから、正当な読後感想文なんて書けるわけがない。

STAP論文をすみからすみまで読んで、内容を理解しようと努める気持ちなど、ため息ブログは最初から無い。
とにかく、ため息ブログは、ES捏造オンリーの事件と主張し、それ以外の何物でもないと、ため息ブログは最初から最後まで突き進むつもりの集団だ。

STAP論文に書かれている実験など、隅から隅までデタラメであると、ため息ブログは言う。
ため息ブログが、そういうのは勝手なのだが、それで人心を引き付けておけるのかはどうかは疑問である。
「自らは学術界の人なり」と曲がりにも言っているため息ブログが、そんな情けないことで良いの?となる。


ため息さんは、STAP論文擁護者を以下のようにけなす。

①桂調査委員会報告書というのを読めない理解できない ②科学的な素養のない、③勉強する気がない、④記者会見で騙された一般人
と、①②③④の特徴をあげていますが、STAP論文擁護者から見れば、ため息さん自身が、①②③をそのまま持ち合わせる人でしかありません。
ですから、ため息さんは、自身を反省して、書いた文章なのでしょう。


一般人が、ため息ブログ主張に一番驚いたのは、①②③を兼ね備えた学術層がいるという現実だったと思います。
ため息ブログに寄りあう人たちの言い分を聞くと、まさに、①②③の人たちなのです。
勉強していくことがおっくうなのでしょうね。
ため息さんは、学術的な話になると、自分の文章を作らずに、学とみ子文章に寄っかかて引用しけなすことしかできません。




STAP事件というのは、不思議なことに、一般人の熱心な読み手が、怠け者の学術者より、よりよく論文を理解してしまったという逆転現象が見られたことではないでしょうか?
一般人の抱える潜在力のすごさです。


一般人には馴染み無いSTAP論文が華々しく登場した時、当初、一般人は、学術界の人が言う事を全面的に信用したと思います。
マスコミは、華々しくSTAP論文を登場させ、さらに、マスコミ主導による転落ストリーをしつらえ、人気の出る記事を拡散させる結果となりました。

実際、(ES捏造ありき)の噂は、専門家組織から出てきた話でしたね。
学術界から、(ES捏造ありき)が出てきたことで、ES捏造ありきの信憑性は一気に広まったのですね。
ES捏造ありきを信じた一般人は少なくなかったでしょう。

しかし、(ES捏造ありき)となると、事件関係者には、騙した人と、騙された人が登場するということになるわけです。
事件関係者の明暗が分かれるのです。
そうなると、事件における対局の構図に気付いた一般人は敏感になりますね。

こうした明暗を分ける構図というのは、一般人は、裏に何かあるかも・・・と敏感になると思います。
騙した人は本当にいるのか?騙した人にされてしまったのではないか?という冤罪疑惑が、当然、社会に広がります。



「騙した人は本当にいるんだ!」と主張する人に対して、ES捏造の正当を主張する根拠は何か?が問われます。
「騙した人は本当にいるんだ!」と主張する人は、実際の証言や証拠を提示しないといけません。

ES捏造を叫ぶ人たちは、相変わらず「騙した人は本当にいるんだ!騙された人は気の毒なんだ!」と、叫びます。
しかし、実際には、理研は、ES混入を科学的に示しただけで、捏造については、実際の証言や証拠は無いのですね。
ですから、関係者証言の無い事件に対しては、「騙した人も、騙された人もいないのでは・・・・」についての疑惑が消えていかないのです。

一般人が学びを進めた結果、ますます、ESねつ造の実行の難しさを知ることになったのです。
一般人は、幅広い社会常識がある人たちですから、なぜ、学術界は沈黙しているのか?について考えます。
やはり、関係者は何も言えない状態にあることを、一般人は想像していくのです。
事件当事者に対し、配慮しなければならないことを、一般人は悟るのです。
事件関係者は、「もはや事を今更に荒立てて欲しくない」、「そっとしておいて欲しい」との状態であることを、一般人は理解しているのです。
だから、一般人は、静かに自身の学びを進めているという状態になっているのだと思います。


大局的に見れば、STAP事件を通じて、人はいろいろな科学的、社会的側面を学ぶことができます。
相変わらず、学術界は、沈黙を守っていますが、一般人の自らの学びは進みます。

やがて学術界にも、世代が変わり、現役教授が交代になる頃になると、学術界から、自発的に、何らかの反省の動きも生じてくる可能性が高いです。

つまり、時が熟するのを待つという状態です。
今の「落し処」の状態とは、こうしたものではないでしょうか?



性質が少し、違いますが、ジャニーズ事務所の問題も、BBC放送を契機に一気に、業界内から反省色が高まり、自浄に向けて激しく動きました。
言いたくでも言えない性加害者問題で、多くの人が傷ついていたと思いますが、人々は何とか、良い方向へ向かうように頑張ろうとします。
試行錯誤しながら、より良い解決に向けての努力は続くのです。

同様な展開は、STAP事件でも起きると思います。


この静かな時が続いている状況で、一般人は、独学を進めるのです。
STAP論文を鑑賞していきましょう。
小保方氏が積極的に行ったのは、STAP酸浴実験です。さまざまな種類の細胞を酸浴しています。



STAP論文の読者は、図表を見ながら、こんな実験をやっていたんだなあ~ということがわかります。
こういう誰もやったことのない実験は、研究者にとって究極のマイワールドだと思うから、ここで捏造なんて、研究者はしないでしょうね。
読む人も、ここで捏造したって、意味がないよなあ~とか、考えながら、STAP論文を読みます。
世界で誰もやったことのない実験ですから、他人の実験結果をまねるという作業もできません。


小保方氏がチャレンジして得たデータは「やってみたらこうなったのデータ」そのものです。
世界で初めて実験をやって、出た結果を素直に書いたという質のものが、STAP論文の小保方パートです。
ここに関しては、捏造判定は受けていません。

例えば、
アーテイクル論文ExtFig1dで、CD34陽性細胞は、Oct-GFP陽性細胞にはなりにくいとかあります。
CD34抗原と、酸浴刺激との関係なんて、誰も探ろうとしていませんね。
そこに、何らかの分子生物学機序があるのかもしれませんが、未知の領域です。

ExtFig5eでは、STAP細胞を14日培養して、この時ACTH入りES培地ではコロニーのできはB27+LIF培地より劣ると書いています。
あの日でも、小保方氏は、ACTH培地でSTAP細胞が幹細胞のようになるという観察には否定的であったと書いています。


ExtFig4eでは、Oct4-GFP-dim cells の遺伝子発現に注目しています。
Oct4-GFP細胞と、Oct4-GFP-dim の違いは、遺伝子発現が推移していく様子なのでしょうから、こうした観察結果を捏造で作ろうなどと、研究者は決して思わないでしょうね。


実は、キメラマウスの成功も「やってみたら得られたデータ」そのものです。
STAP細胞は分散培養ができない、継代能力が低いのですが、それは、人工培地ではそうであっても、注入胚ではキメラに寄与しました。

後で、これはES混入となったのですが、当時は、科学的機序がいろいろ考えられましたよね。
キメラはできたと、STAP論文著者らは思ったのです。


小保方氏の酸浴実験結果を読むと、ESとは違うと、盛んに書いています。
STAPメス細胞では、 X不活化が4割にある。H3K27me3-dense foci were found in 40% of female
JAK inhibitor MEK inhibitorへの反応がES細胞とは異なります。



ES捏造主義者は、そうした丁寧な議論など、まったく興味が無いようです。
彼らは、議論にはのってきません。

撤回された論文なんて、「読み直すことに何も意味もない」、「何ら新しいものは無い」とため息さんは言います。
まあ、虚勢ですね。しっかり、論文を読むことをしない怠け者の強がりです。

STAP論文を読む時に注意したいのは、STAP細胞についての記述か?幹細胞についての記述か?をしっかりわけることです。
どこで、ES混入が起きてしまったのか?を想像しながら、ES混入前の実験か、ES混入後の実験かを、それぞれ区別して読み比べて行くことで、STAP論文理解が深まると思います。

また、ES混入が証明されたのは、STAP実験における一部の細胞解析においてであり、結果は限定的です。
この調査が、STAP実験の全貌ではないのです。
理研は、ES混入が疑われた細胞のみを調べ、その状況を報告しました。
どれがES混入細胞であるかは、理研の調査チームは、内部情報から知ることができたのでしょう。



以下の質問は、学とみ子がコメント欄で書いたものですが、再度、以下に書いておきます。
チップセック解析の遺伝子発現の図はレター論文の以下で紹介されています。

Fig. b, ChIP-sequencing results of histone H3K4 (green) and H3K27 (red) trimethylation at the loci of pluripotent marker genes (left), bivalent pattern genes (middle) and trophoblast marker genes (right). Scale bars indicate 10 kb for pluripotency marker genes and trophoblast marker genes, and 20 kb for bivalent pattern genes.

679頁

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In conrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.







学とみ子のコメントの再掲
STAP幹細胞は、培養を繰り返していますから、たまたま、混入したESが幹細胞として残ったでしかないと思うのですよね。
だから、あまり意味がないと考えますが・・。

しかし、何といってもSTAP細胞のチップセック解析は問題あります。
桂報告書によると、小保方氏が、GRASに持ち込んだとありますが、時期ははっきりと書かれていません。
そのサンプルがGRASに残っていたので、調査チームが、inputDNAについてNGS解析をしたと理解していますが、それでよいのでしょうか?


つまり、小保方氏が最終サンプルをGRASに持ち込んだとしても、そこに至る経緯がわかりません。
STAP細胞を大量確保してRNAデータ取得に至る方法論や、その時期が明らかにされていないように思えますが・・・。

結局、調査チームは、ここを明確にできないので、桂報告書の以下の文章「その責任は小保方氏だが、故意か過失か決定できない」となるのでしょうか?




このチップセック実験では、疑問がいろいろある。

桂報告書は、15ページで以下のように書いている。
つまり、チップセックインプットデータで、 Acr-GFP/CAG-GFP が挿入されているのがわかっていたのだが、これはいつからわかっていたのか?


しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された



桂報告書は、17ページで以下のように書いている。

小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと(故意か過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。



RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であるというのは、誰かの証言なのか?小保方氏が担当したとの事実はなぜわかるのか?の理由が、桂報告書には書かれていない。
小保方氏がこうした実験に手慣れているわけでなく、かなり専門性の高い実験であると思う。

「あの日」にも、若山研究室の先輩の研究員が、常に付き添って助言をくれたと書かれている。
また、遺伝子部門の専門家たちの献身的な協力があったとも書かれている。

若山氏は、チップセック実験を行っても良いが、インプットDNAデータのシークエンサー解析は禁じていたとも、「あの日」に書かれている。

このあたりのRNA-seq解析については、理研CDBの総力をつくした感があるが、そうした技術の詳細は、桂報告書から読み取ることができないのである。

チップセック実験における小保方氏の貢献と作業はどのようなレベルであったのか?この時の、実験ノートはなぜ出せないのか?について、桂報告書文章には参考になる記載はない。
ただ、やたら、小保方氏がGRASに持ち込んだとの事実を強調しているように見える。


チップセック実験のために、細胞をかき集めたという小保方氏の言葉は、数日かけて作製して培養中としたSTAP細胞を集めたのであろうと想像できる。STAP細胞は、2週間は十分に維持できるようだから、そのあたりで集めたのではないだろうか?
しかし、この小保方氏の「寄せ集めた」という表現は、まるで、小保方氏が捏造していたかのような印象を世間に与えてしまったようだ。

小保方氏がGRASにRNA-seqサンプル持ち込んだのは、2012年8月、2013年1月、6月であって、若山氏が用意した特殊なマウスを使ったチップセック実験は、その前の実験で終了しているはずだ。
つまり、チップセック実験は、若山研究室での実験であるが、詳細は書かれていない。
つまり、桂報告書の書き方では、今ひとつ、一般人にわかりにくい。


何も知らない一般人向けに、大事なところを言わずに、印象操作で、小保方問題アリと言っている。チップセックは、慣れないと難しい実験だから、小保方氏は、必死で先輩から教わっていた立場だろう。そんな状態で捏造などできない。そういう背景がわからず、桂報告書の表面的文章にすっかり惑わされているplusさんだ。

勉強が進まないと、桂報告書の真意はわからないだろう。

とにかく、桂報告書は、上からのプレッシャーに対抗して、研究者が真実を伝えようとしたものだから、単純読解をしてはいけないと思う。行間を読むべきである。

plusさんが書けば、plusさんがイメージする実験像がいかなるものかがわかる。

ネーチャー論文クラスにとおる実験にするには、教える方が行う実験であって、小保方氏は、メインの実験者ではなく、まだまだ下働きに過ぎなかったと思う。チップセック実験に必要な大量のFI細胞、STAP幹細胞を十分量で確保できた若山研究室の業績だ。

小保方氏は、GRASにサンプルを持参し、最終論文にデータを入れた。
その行為を持って、小保方氏が全てのRNA解析実験をやった人であるかのように、桂報告書は印象操作をしている。

一方では、桂報告書は、同時に、実験材料を把握していない小保方氏の状況を書いて、小保方氏のES捏造の操作を否定している。

実際の実験の場では、ESの混入がないようにとのダブルチェックなどをしていたと思う。小保方氏が、ES混入させてると疑いが、周りの人たちに少しでもあれば、実験指導やら、協力なんてしてくれる先輩など現れるはずが無い。


一般人でも、学びによって、桂報告書の言わんとした事がわかるが、ため息さんたちは、一般人が進化できないように画策している。


plusさんは、チップセック実験の問題点を何ひとつ理解していない。
plusさんは、見当はずれな悪口しか繰り出せないようだ。
チップセック実験で、何が問題になるのかイメージできないのだろう。

まあ、ため息さんは気づかないふりをしているのだろうけど・・・。素人を躍らせて、ため息自身は何も言わない。
ため息さんが、事を十分把握せずに、うっかり何か発言すると藪蛇だろうから黙っているのか?。
oTakeさんも、藪蛇にならないように慎重だろう・・・。

残念なことに、バリバリES捏造画策グループの懸念などは、plusさんは予想できないようだ。





澪標さんは、真面目にこの問題に取り組みたいようですね。2023年9月15日 18:12

再度、注意喚起してくれたのはありがたいのですが、すでに議論されています。
特に、伊藤氏の発言のある動画については、以前から注目されていて、議論がつくされています。
すでに考察は終わっていると思いますよ。
澪標さんが、このあたりのことをもっと勉強したら、ため息ブログの議論がいかなるレベルなのか?がわかると思いますよ。
むしろ、そちらできちんとした議論するよう、澪標さんが指導してください。

若山氏から大量にSTAP細胞を作るように言われて、小保方氏が大量にSTAP細胞を作製したと、伊藤氏は言っていましたね。
チップセック実験以外の目的であったとも、伊藤氏は言っていました。
小保方氏も作ったと、調査員に答えています。
伊藤氏は、「その時のストック」と言っていますが、この意味がわかりにくいですね。伊藤氏もさらに説明していません。

質問者の古田氏は、「増殖しないはずのSTAP細胞がなぜ、そんなに作れるのか?」と、驚いている様子でした。
いづれにしろ、STAP細胞が大量にできたというのは確かなことです。
どうして大量STAP細胞がとれたかの方法論は、動画では語られていません。

しかし、学とみ子の想像では、培養STAP細胞の数日分をストックしたのであろうです。
小保方氏が、1回に作製できるSTAP細胞は多くないので、培養しておいた分を、翌日分に足し合わせていくというやり方をしていたので、かき集めるという表現になったのではないか?と思います。
会見での伊藤氏も、「デッシュをかき集めた」と表現しています。
又、小保方氏は、来る日も来る日もSTAP細胞を作ったと言っています。つまり、連日的に作製して、最後に寄せ集めたということかもしれません。



実際のチップセック実験は、2012年の夏であり、小保方氏がその後にGRASに持ち込んだエピソードとは、関係がありません。

大事なことは、伊藤氏は、小保方氏が実験をやった本人であるとは言っていません。
使われた言葉は、「サンプル調整」です。
実験を主体的にやったというような意味として、使われているのかはわかりにくいです。
サンプル調整という意味を、古田氏は、実験をやったという意味にとったかもしれませんね。
桂報告書も、小保方氏が持ち込んだ、解析したと言っています。でも、実態は書かれていません。
「サンプル調整」というあいまいな言葉では、勘違いがおきやすいと思います。


その後、若山研究室が無くなってから2013年、再度、GRASからの要請に対し、小保方氏は、チップセック実験用サンプルを調整ができませんでした。
その時の小保方氏の証言から、調査委員たちは、小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていないことがわかったと思いますよ。

チップセック実験は、材料を確保してから、その先は、手間暇と経験を要する技術だと思います。
小保方氏が単独でできる仕事ではありません。ただ、傍にいる人から教わればできるという種類のものでもないでしょうね。
経験と精度が必要な実験であると思います。やり慣れた人の手による実験です。
そうした大事な情報を、桂調査委員たちは、一般人にわかるような説明をしていないのですよね。

FI細胞、幹細胞についてもチップセック実験はやっていましたが、インプットのDNAのSNP解析はしていないと伊藤氏は、答えていますね。もう、残存サンプルはないけど、STAP細胞のみインプットDNAがあったということです。
RNAデータでは、読めるDNAは一部にすぎず、発現部位にSNP部位がある可能性が低いから、これでは、SNP解析はできないとも教えてくれました。
チップセック実験でのインプットは薄いという表現を使っていました。
なぜ、STAP細胞のみ、DNAインプットが残っていたのか?ということになります。



小保方氏も、相澤氏も、特殊なマウスで入手できないといってます。こんなことは、後からでも調べればわかります。
F1を作るとか、小保方氏自身では、しませんよね。



oTakeさん
>小保方は若山先生ら共著者に FI 幹細胞を作成したと話をしています。

これも、小保方氏が、FI幹細胞を作成した状況が、それ以上には何も書かれていないのです。小保方氏の行動に問題あるなら、もっと書けるはずです。幹細胞であるとのSTAP論文の定義も、あいまいですね。

幹細胞は、単一性の高いものです。だから、SNP解析が可能なのです。STAP論文では、ACTH倍地を通した細胞と、単細胞化した細胞があり、どちらも幹細胞として扱われています。


系統樹は、GRASの専門家が作り、小保方氏は、それを論文にアップしただけです。複数の秀才が、事情を知ってますが、皆さん沈黙です。

ため息ブログは、小保方嘘つき、学とみ子デタラメと騒ぐだけしかできませんね。
学術層の一部が、STAP擁護論を嘘つきデタラメで処理すれば、知識不十分の一般人を引き込めるのです。

古田さんも、STAP細胞を毎日作って足し合わせるというイメージが沸かないみたいです。サンプル調整というあいまいな用語使いも、古田さんは意識的にやっているのでしょう。

結局、具体的に小保方氏の作業内容を公開してはいけないとの暗黙の了解が、マスコミとES捏造画策学者の間にあるのでしょう。マスコミは、小保方擁護の情報を出さないように気遣いしていると思います。

マスコミによってSTAP論文の不正を暴くという基本作業にマイナスになる情報を、マスコミは報じないのです。

サンプル調整なる言葉や、GRAS持ち込みを持って、小保方氏が、チップセック実験を担当していたかのように、一般人に印象操作をしているのです。




ため息ブログで、チップセック実験の問題に、oTakeさんはナーバスになっているし、澪標さんは大事だと思っているようです。
ところがその意味をわからないため息さんと、plusさんですね。

ため息さん

plus99%さんもおっしゃっているように学とみ子が問題にしている「チップセック実験の問題点」とは何なのでしょうね?

ため息さんは、plusさんに何が最重要点かを書き出してもらったらどうでしょうかね?
今まで、plusさんが騒ぎまわっていることは、重要点でも何でもない見当はずれなコメントですね。

桂報告書の文章には、知ったかぶりをする素人がESねつ造を信じてくれるようにかかれば部分があります。
良く考える人であれば、素人でも気づくような印象操作ですが、知ったかぶりをするタイプの人は、それ以上のことを推察する力もないので、そのまま印象操作を信じ、消化不良の情報を発信します。
その消化不良の情報を正しいこととして、ため息さんも持ち上げています。
ため息さのターゲットは、良く考える人たちではなく、印象操作のままを信じてくれるタイプの人ですから、ため息さんは、そういう人たちさえ、騙しておけば成功なのだと思います。

多くの研究者は桂調査委員会報告書のp17の「RNA-seqはライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており、GRAS内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRASに持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。」という記述で、何も問題にしていないわけです。

混ぜられていたサンプルは、小保方氏が持参したサンプルで、2013年に、リバイスの時期のものです。つまり、チップセック実験とは関係のないイベントです。

実際のチップセック実験は、2012年8月です。小保方氏が先輩に教わりながら雑用係をしていたので、GRASに持ち込んだ人なのでしょうが、そのエピソードを、リバイス時に小保方氏が混合サンプルを持ち込んだ話と一緒に書かれています。

この文章は、読者が良く読まないと、違う話であることがわからないのですね。つまり、印象操作です。
しかし、一方で、良く読む読者は違いがわかるのです。

記者会見の伊藤氏は多くの重要証言をしました。チップセック実験は、2012年8月であって、リバイス時の持ち込みとは異なる話であることを教えてくれました。

また、毎日、毎日、せっせと小保方氏が作ったとの話を紹介していますが、連日作業によるSTAP細胞を小保方氏が寄せ集めていたとの事実がわかります。
ディッシュにコロニーを集めて若山氏に渡していたのです。つまり、その先の実験の行方は小保方氏にわかりません。
小保方氏は、STAP細胞作製に忙しいですから、チップセック実験にまで手を出す余裕もないでしょうね。つまり、小保方氏は、主要な実験者ではないのです。
若山研究室とGRASの共同研究ですよ。以下のSTAP論文の方法論からもわかると思いますが、GRASに持ち込むまでに大変な手間がかかる実験です。

また、伊藤氏は、RNAデータからSNP部位を読み取る作業の危険性を指摘しています。遠藤氏の論文批判ともとれますね。
STAP細胞のみ全ゲノムがジーバスにDNAインプットとして残存していたと、伊藤氏は答えています。
チップセック実験は、STAP幹細胞、FI幹細胞、CD45、ES, TSについて行っていました。
なぜ、STAP細胞だけサンプルが残っているのかも不思議です。
雑多なはずのSTAP細胞が、なぜ、単細胞パターンなのかも不思議です。
古田さんには、このあたりの状況について突っ込んで聞いてほしかったです。


小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていたかのような印象操作を、桂報告書はしています。
しかし、一方で、桂報告書は、小保方氏はチップセック実験の主要な実験者ではないことがわかるような記述もしていますね。
結果、桂報告書は、小保方氏に責任を問えないと書いているのです。

ここでも、理研内に、ESねつ造派と、小保方擁護派の学者間の対立が見えます。
ここを読み取ることがとても大事ですね。
もちろん、ため息さんはそう読ませないように、学とみ子バカデタラメをやみくもに叫んでいます。




ため息さん

小保方氏しかサンプル調整を担当しなかったから「小保方氏に聞いたところ、記録が全くない」と報告書に書いてあるわけですな。他の関係者にこのサンプル調整を含めた様々なことを聞いているわけで、その前提があって小保方氏に聞いた結果が書いてあるということは小保方氏だけがサンプル調整の担当者であったことがわかるわけですな。


理研は、チップセック実験についての実験ノートの開示はしていません。
以下に示したように、大変、手間暇がかかる実験であることは、素人でもわかります。熟練が必要でしょうね。

「サンプル調整」とは、最後の生成物をどう処理したかということなのでしょうかね?
それとも、「サンプル調整」なる語は、印象操作に便利だから使っているのでしょうか?

小保方氏が全てのデータを解析したという桂報告書の書き方と同じようです。
桂報告書の一部には、小保方氏が全実験を主体的に行っていたかのような印象を強引に世間に示そうとする書きぶりがあります。
それが、理研内のSTAP擁護派によって反論されている構図が、桂報告書です。


ChIP-seq libraries were prepared from 20 ng input DNAs, 1 ng H3K4me3 ChIP DNAs, or 5 ng H3K27me3 ChIP DNAs using the KAPA Library Preparation kit(KAPA Biosystems). TruSeq adaptorswere prepared in-house by annealing a TruSequniversal oligonucleotide and each of index oligonucleotides (59-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-39, and 59-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACXXXXXXATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-39; where X represents index sequences). Chromatin immunoprecipitation was performed as follows. Cells were fixed in PBS(-) containing 1% formaldehyde for 10 min at room temperature. Glycine was added to a final concentration of 0.25 M to stop the fixation. After washing the cells twice in ice-cold PBS(-), cells were further washed in LB1 (50 mM HEPESKOH pH 7.5, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10% glycerol, 0.5% NP-40, 0.25% Triton X-100) and LB2 (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM EGTA). Cells were then re-suspended in lysis buffer (50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM EDTA, 1% SDS). Lysates were prepared by sonication using Covaris S220 in a mini tube at duty cycle 5 5%, PIP 5 70, cycles per burst 5 200, and the treatment time of 20 min. Lysates from 2 3 106 cells were diluted in ChIP dilution buffer (16.7 mM Tris-HCl pH 8.0, 167 mMNaCl, 1.2 mM EDTA, 1.1% Triton X-100, 0.01% SDS). ChIP was performed using sheep anti-mouse IgG beads (Invitrogen) or protein A beads (Invitrogen) coupled with anti-histone H3K4me3 antibody (Wako, catalogue no. 307-34813) or anti-histone H3K27me3 antibody (CST, catalogue no. 9733), respectively. After 4–6 h of incubation in a rotator at 4 uC, beads were washed five times in low-salt wash buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), and three times in high-saltwash buffer (20 mM Tris-HCl pH 8.0, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS). Target chromatin was eluted off the beads in elution buffer (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 300 mM NaCl, 5 mM EDTA, 1% SDS) at room temperature for 20 min. Crosslink was reversed at 65 uC, and then samples were treated with RNaseA and proteinase K. The prepared DNA samples were purified by phenol-chloroform extraction followed by ethanol precipitation and dissolved in TE buffer.

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