チップセック実験は、STAP細胞、FI幹細胞、STAP幹細胞、ES,TS, CD45細胞と、主役の細胞が姸を競うデータです。
2023/09/16
前回記事を整理して、書き直してみました。
STAP論文を鑑賞していきましょう。
今、話題になっているのは、チップセック実験です。
チップセック実験は、STAP細胞、FI幹細胞、STAP幹細胞、ES,TS, CD45細胞と、STAP論文の主役の細胞が姸を競うデータとなっています。
この実験は、STAP細胞から人工的に誘導された各種の多能性細胞の遺伝子発現を比較しています。
つまり、STAP細胞の成果を端的に証明する実験です。
この実験図表がどのような経緯で作られたのかは、理研は公開していません。
桂報告書の説明には、歯切れの悪い表現がいろいろとみられています。
ここに潜む疑惑が問題になっています。
このチップセック実験に行く前に、STAP実験全体に目を向けてみましょう。
STAP論文の読者は、図表を見ながら、こんな実験をやっていたんだなあ～ということがわかります。
こういう誰もやったことのない実験は、研究者にとって究極のマイワールドだと思うから、ここで捏造なんて、研究者はしないでしょうね。
読む人も、ここで捏造したって、意味がないよなあ～とか、考えながら、STAP論文を読みます。
世界で誰もやったことのない実験ですから、他人の実験結果をまねるという作業もできません。
小保方氏がチャレンジして得たデータは「やってみたらこうなったのデータ」そのものです。
世界で初めて実験をやって、出た結果を素直に書いたという質のものが、STAP論文の小保方パートです。
ここに関しては、捏造判定は受けていません。
例えば、
アーテイクル論文ExtFig1dで、CD34陽性細胞は、Oct-GFP陽性細胞にはなりにくいとかあります。
CD34抗原と、酸浴刺激との関係なんて、誰も探ろうとしていませんね。
そこに、何らかの分子生物学機序があるのかもしれませんが、未知の領域です。
ExtFig5eでは、STAP細胞を14日培養して、この時ACTH入りES培地ではコロニーのできはB27+LIF培地より劣ると書いています。
あの日でも、小保方氏は、ACTH培地でSTAP細胞が幹細胞のようになるという観察には否定的であったと書いています。
ExtFig4eでは、Oct4-GFP-dim cells の遺伝子発現に注目しています。
Oct4-GFP細胞と、Oct4-GFP-dim の違いは、遺伝子発現が推移していく様子なのでしょうから、こうした観察結果を捏造で作ろうなどと、研究者は決して思わないでしょうね。
実は、キメラマウスの成功も「やってみたら得られたデータ」そのものです。
STAP細胞は分散培養ができない、継代能力が低いのですが、それは、人工培地ではそうであっても、注入胚ではキメラに寄与しました。
後で、これはES混入となったのですが、当時は、科学的機序がいろいろ考えられましたよね。
キメラはできたと、STAP論文著者らは思ったのです。
小保方氏の酸浴実験結果を読むと、ESとは違うと、盛んに書いています。
STAPメス細胞では、 X不活化が4割にある。H3K27me3-dense foci were found in 40% of female
JAK inhibitor MEK inhibitorへの反応がES細胞とは異なります。
STAP論文を読む時に注意したいのは、STAP細胞についての記述か？幹細胞についての記述か？をしっかりわけることです。
どこで、ES混入が起きてしまったのか？を想像しながら、ES混入前の実験か、ES混入後の実験かを、それぞれ区別して読み比べて行くことで、STAP論文理解が深まると思います。
また、ES混入が証明されたのは、STAP実験における一部の細胞解析においてであり、結果は限定的です。
この調査が、STAP実験の全貌ではないのです。
理研は、ES混入が疑われた細胞のみを調べ、その状況を報告しました。
どれがES混入細胞であるかは、理研の調査チームは、内部情報から知ることができたのでしょう。
さて、こうした実験の質から見ても、小保方氏が最初からES捏造を意図していたということは考えにくいのです。
では、チップセック実験に目をむけてみましょう。
チップセック解析の遺伝子発現の図はレター論文の以下で紹介されています。
Fig. b, ChIP-sequencing results of histone H3K4 (green) and H3K27 (red) trimethylation at the loci of pluripotent marker genes (left), bivalent pattern genes (middle) and trophoblast marker genes (right). Scale bars indicate 10 kb for pluripotency marker genes and trophoblast marker genes, and 20 kb for bivalent pattern genes.
679頁
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In conrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.
STAP幹細胞は、培養を繰り返していますから、たまたま、混入したESが幹細胞として残ったでしかないと思うのですよね。
だから、あまり意味がないと考えますが・・。
しかし、何といってもSTAP細胞のチップセック解析は問題あります。
桂報告書によると、小保方氏が、GRASに持ち込んだとありますが、時期ははっきりと書かれていません。
このチップセック実験では、疑問がいろいろあるのですが、そこを考えて行きましょう。
桂報告書は、15ページで以下のように書いている。
つまり、チップセックインプットデータで、 Acr-GFP/CAG-GFP が挿入されているのがわかっていたのだが、これはいつからわかっていたのか？
＞しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された
桂報告書は、17ページで以下のように書いている。
＞小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であるというのは、誰かの証言なのか？小保方氏が担当したとの事実はなぜわかるのか？の理由が、桂報告書には書かれていない。
小保方氏がこうした実験に手慣れているわけでなく、かなり専門性の高い実験であると思う。
「あの日」にも、若山研究室の先輩の研究員が、常に付き添って助言をくれたと書かれている。
また、遺伝子部門の専門家たちの献身的な協力があったとも書かれている。
若山氏は、チップセック実験を行っても良いが、インプットDNAデータのシークエンサー解析は禁じていたとも、「あの日」に書かれている。
このあたりのRNA-seq解析については、理研CDBの総力をつくした感があるが、そうした技術の詳細は、桂報告書から読み取ることができないのである。
チップセック実験における小保方氏の貢献と作業はどのようなレベルであったのか？この時の、実験ノートはなぜ出せないのか？について、桂報告書文章には参考になる記載はない。
ただ、やたら、小保方氏がGRASに持ち込んだとの事実を強調しているように見える。
小保方氏がGRASにRNA-seqサンプル持ち込んだのは、2012年8月、2013年1月、6月であって、若山氏が用意した特殊なマウスを使ったチップセック実験は、その前の実験で終了しているはずだ。
つまり、チップセック実験は、若山研究室での実験であるが、詳細は書かれていない。
つまり、桂報告書の書き方では、今ひとつ、一般人にわかりにくい。
とにかく、桂報告書は、上からのプレッシャーに対抗して、研究者が真実を伝えようとしたものだから、単純読解をしてはいけないと思う。行間を読むべきである。
ネーチャー論文クラスにとおる実験にするには、教える方が行う実験であって、小保方氏は、メインの実験者ではなく、まだまだ下働きに過ぎなかったと思う。チップセック実験に必要な大量のFI細胞、STAP幹細胞を十分量で確保できた若山研究室の業績だ。
小保方氏は、GRASにサンプルを持参し、最終論文にデータを入れた。
その行為を持って、小保方氏が全てのRNA解析実験をやった人であるかのように、桂報告書は印象操作をしている。
一方では、桂報告書は、同時に、実験材料を把握していない小保方氏の状況を書いて、小保方氏のES捏造の操作を否定している。
実際の実験の場では、ESの混入がないようにとのダブルチェックなどをしていたと思う。小保方氏が、ES混入させてると疑いが、周りの人たちに少しでもあれば、実験指導やら、協力なんてしてくれる先輩など現れるはずが無い。
チップセック実験においては、桂報告書記者会見での伊藤氏の説明が注目されている。
若山氏から大量にSTAP細胞を作るように言われて、小保方氏が大量にSTAP細胞を作製したと、伊藤氏は言っていましたね。
チップセック実験以外の目的であったとも、伊藤氏は言っていました。
チップセック実験のために、細胞をかき集めたという小保方氏の言葉は、数日かけて作製して培養中としたSTAP細胞を集めたのであろうと想像できる。
STAP細胞は、2週間は十分に維持できるようだから、そのあたりで集めたのではないだろうか？
会見での伊藤氏も、「ディッシュをかき集めた」と表現しています。
又、小保方氏は、来る日も来る日もSTAP細胞を作ったと伊藤氏も言っています。
小保方氏が、1回に作製できるSTAP細胞は多くないので、培養しておいた分を、翌日分に足し合わせていくというやり方をしていたので、かき集めるという表現になったのではないか？と思います。
しかし、この小保方氏の「寄せ集めた」という表現は、まるで、小保方氏が捏造していたかのような印象を世間に与えてしまったようだ。
伊藤氏は、「その時のストック」と言う言い方をしていますが、この意味がわかりにくいですね。
伊藤氏もさらに説明していません。
なぜ、STAP細胞のみインプットDNAが読めて、他のサンプルは残っていないのかがわかりませんね。
質問者の古田氏は、「増殖しないはずのSTAP細胞がなぜ、そんなに作れるのか？」と、驚いている様子でした。
いづれにしろ、STAP細胞が大量にできたというのは確かなことです。
実際のチップセック実験は、2012年の夏であり、小保方氏がその後にGRASに持ち込んだエピソードとは、関係がありません。
大事なことは、伊藤氏は、小保方氏が実験をやった本人であるとは言っていません。
古田氏によって使われた言葉は、「サンプル調整」なる語です。
実験を主体的にやったというような意味として、使われているのかはわかりにくいです。
サンプル調整という意味を、古田氏は、実験をやったという意味にとったかもしれませんね。
桂報告書も、小保方氏が持ち込んだ、解析したと言っています。でも、実態は書かれていません。
「サンプル調整」というあいまいな言葉では、勘違いがおきやすいと思います。
その後、若山研究室が無くなってから2013年、再度、GRASからの要請に対し、小保方氏は、チップセック実験用サンプルを調整ができませんでした。
その時の小保方氏の証言から、調査委員たちは、小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていないことがわかったと思いますよ。
チップセック実験は、材料を確保してから、その先は、手間暇と経験を要する技術だと思います。
小保方氏が単独でできる仕事ではありません。ただ、傍にいる人から教わればできるという種類のものでもないでしょうね。
経験と精度が必要な実験であると思います。やり慣れた人の手による実験です。
そうした大事な情報を、桂調査委員たちは、一般人にわかるような説明をしていないのですよね。
FI細胞、幹細胞についてもチップセック実験はやっていましたが、インプットのDNAのSNP解析はしていないと伊藤氏は、答えていますね。もう、残存サンプルはないけど、STAP細胞のみインプットDNAがあったということです。
RNAデータでは、読めるDNAは一部にすぎず、発現部位にSNP部位がある可能性が低いから、これでは、SNP解析はできないとも教えてくれました。
チップセック実験でのインプットは薄いという表現を使っていました。
なぜ、STAP細胞のみ、DNAインプットが残っていたのか？という疑問が残ることになります。
小保方氏も、相澤氏も、特殊なマウスで入手できないといってます。こんなことは、後からでも調べればわかります。
F１を作るとか、小保方氏自身では、しませんよね。
幹細胞は、単一性の高いものです。だから、SNP解析が可能なのです。STAP論文では、ACTH倍地を通した細胞と、単細胞化した細胞があり、どちらも幹細胞として扱われています。
系統樹は、GRASの専門家が作り、小保方氏は、それを論文にアップしただけです。この時、CDBの解析チームにいた複数の秀才研究者が、この時の事情を知ってますが、皆さん沈黙です。
伊藤氏に質問している古田さんも、STAP細胞を毎日作って足し合わせるというイメージが沸かないみたいです。
サンプル調整というあいまいな用語使いも、古田さんは意識的にやっているのでしょう。
結局、具体的に小保方氏の作業内容を公開してはいけないとの暗黙の了解が、マスコミとES捏造画策学者の間にあるのでしょう。マスコミは、小保方擁護の情報を出さないように気遣いしていると思います。
マスコミによってSTAP論文の不正を暴くという基本作業にマイナスになる情報を、マスコミは報じないのです。
サンプル調整なる言葉や、GRAS持ち込みを持って、小保方氏が、チップセック実験を担当していたかのように、一般人に印象操作をしているのです。
混ぜられていたサンプルは、小保方氏が持参したサンプルで、2013年に、リバイスの時期のものです。つまり、チップセック実験とは関係のないイベントです。
実際のチップセック実験は、2012年8月であると、伊藤氏は答えました。
小保方氏が先輩に教わりながら雑用係をしていたので、GRASに持ち込んだ人なのでしょうが、そのエピソードを、リバイス時に小保方氏が混合サンプルを持ち込んだ話と一緒に書かれています。
桂報告書の文章は、読者が良く読まないと、違う話であることがわからないのですね。
しかし、一方で、良く読む読者は違いがわかるのです。
つまり、桂報告書における印象操作です。
桂報告書は、小保方氏がESねつ造犯であるかのように一旦、書いてから、さりげなく、さらにその疑惑を否定しているのです。
記者会見の伊藤氏は多くの重要証言をしました。チップセック実験は、2012年8月であって、リバイス時の持ち込みとは異なる話であることを教えてくれました。
また、伊藤氏は、記者会見で、小保方氏は、毎日、毎日、せっせと作ったとの話を紹介していますが、これにより、連日作業によるSTAP細胞を培養し、小保方氏が多くのコロニーを集めていたとの事実がわかります。
寄せ集めたSTAP細胞コロニーをディッシュ上で集めて若山氏に渡していたのです。つまり、その先の実験の行方は小保方氏にわからないと想像できます。
小保方氏は、STAP細胞作製に忙しいですから、チップセック実験にまで手を出す余裕もないでしょうね。
チップセック実験の煩雑さを考えると、小保方氏は、主要な実験者ではないのでしょう。
若山研究室とGRASの共同研究の成果がチップセック実験ですよ。
以下のSTAP論文の方法論からもわかると思いますが、GRASに持ち込むまでに手間がかかる実験です。
また、伊藤氏は、RNAデータからSNP部位を読み取る作業の危険性を指摘しています。遠藤氏の論文批判ともとれますね。
STAP細胞のみ全ゲノムがジーナスにDNAインプットとして残存していたと、伊藤氏は答えています。
チップセック実験は、STAP幹細胞、FI幹細胞、CD45、ES, TSについて行っていました。
なぜ、STAP細胞だけサンプルが残っているのかも不思議です。
雑多なはずのSTAP細胞が、なぜ、単細胞パターンなのかも不思議です。
古田さんには、このあたりの状況について突っ込んで聞いてほしかったです。
小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていたかのような印象操作を、桂報告書はしています。
しかし、一方で、桂報告書は、小保方氏はチップセック実験の主要な実験者ではないことがわかるような記述もしていますね。
小保方氏の研究歴からしても、初期化細胞の高度な実験を担当する時間もありません。
結果、桂報告書は、小保方氏に責任を問えないと書いているのです。
ここでも、理研内に、ESねつ造派と、小保方擁護派の学者間の対立が見えます。
ESねつ造派やマスコミは、小保方氏がチップセック実験を担当したかのようにしたいようです。
古田氏は、STAP細胞の大量確保やら、無理なことがいろいろあるから、ES捏造だと言いたいようです。
ここを読み取ることがとても大事ですね。
理研は、チップセック実験についての実験ノートの開示はしていません。
以下に示したように、大変、手間暇がかかる実験であることは、素人でもわかります。熟練が必要でしょうね。
「サンプル調整」とは、最後の生成物をどう処理したかということなのでしょうかね？
それとも、「サンプル調整」なる語は、印象操作に便利だから使っているのでしょうか？
小保方氏が全てのデータを解析したという桂報告書の書き方と同じようです。
桂報告書の一部には、小保方氏が全実験を主体的に行っていたかのような印象を強引に世間に示そうとする書きぶりがあります。
それが、理研内のSTAP擁護派によって反論されている構図が、桂報告書です。
STAPアーテイクル論文にメソッドに記載されたチップセック実験の方法です。
ChIP-seq libraries were prepared from 20 ng input DNAs, 1 ng H3K4me3 ChIP DNAs, or 5 ng H3K27me3 ChIP DNAs using the KAPA Library Preparation kit(KAPA Biosystems). TruSeq adaptors were prepared in-house by annealing a TruSequniversal oligonucleotide and each of index oligonucleotides (59-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-39, and 59-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACXXXXXXATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-39; where X represents index sequences). Chromatin immunoprecipitation was performed as follows. Cells were fixed in PBS(-) containing 1% formaldehyde for 10 min at room temperature. Glycine was added to a final concentration of 0.25 M to stop the fixation. After washing the cells twice in ice-cold PBS(-), cells were further washed in LB1 (50 mM HEPESKOH pH 7.5, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10% glycerol, 0.5% NP-40, 0.25% Triton X-100) and LB2 (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM EGTA). Cells were then re-suspended in lysis buffer (50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM EDTA, 1% SDS). Lysates were prepared by sonication using Covaris S220 in a mini tube at duty cycle 5 5%, PIP 5 70, cycles per burst 5 200, and the treatment time of 20 min. Lysates from 2 3 106 cells were diluted in ChIP dilution buffer (16.7 mM Tris-HCl pH 8.0, 167 mMNaCl, 1.2 mM EDTA, 1.1% Triton X-100, 0.01% SDS). ChIP was performed using sheep anti-mouse IgG beads (Invitrogen) or protein A beads (Invitrogen) coupled with anti-histone H3K4me3 antibody (Wako, catalogue no. 307-34813) or anti-histone H3K27me3 antibody (CST, catalogue no. 9733), respectively. After 4–6 h of incubation in a rotator at 4 uC, beads were washed five times in low-salt wash buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), and three times in high-saltwash buffer (20 mM Tris-HCl pH 8.0, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS). Target chromatin was eluted off the beads in elution buffer (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 300 mM NaCl, 5 mM EDTA, 1% SDS) at room temperature for 20 min. Crosslink was reversed at 65 uC, and then samples were treated with RNaseA and proteinase K. The prepared DNA samples were purified by phenol-chloroform extraction followed by ethanol precipitation and dissolved in TE buffer.
澪標さん。
＞※GRASではなくGeNASを使用なさっているようです。
GRASの関連施設がGeNASではないのでしょうか？
そこに、疑惑の多いSTAP細胞のチップセックサンプルインプットDNAをデポジットした人は誰なんですかね？
一緒に実験されていた他の細胞のチップセック実験サンプルはなぜ、処分されてしまったのでしょうか？
若山研究室は、サンプルの名前を変えて持ち込んでいたと、桂報告書にも書かれています。
そういう大事な情報が一切、明らかにされていません。
デンドログラム作製も、遺伝子の専門家たちが作ったのでしょう？
小保方氏はそれをありがたくいただいたのでしょう。
論文に採用したのは小保方氏の選択だから、全責任があるという持ってき方は異常ですね。
生物学の実験をちょっと習えばできると勘違いしていませんか？これは共同研究なんです。
お互いに相手の仕事を尊重して論文に載せていくと思いますけど・・・。
oTakeさん
＞これは小保方側の問題であり、責任です。
極めて初歩的なくだらない問題です。
GRAS側の責任はありません。ただし、GRASのスタッフは、おかしいなあ～、困ったなあ～と思っていたでしょう。
こうしたエピソードを関係者が皆、黙っているのだということを、一般人は知ることができます。
いろいろ、理研CDB内の人たちには、複雑な事情があったのだろうと、一般人は想像します。
他人の仕事のチェックというのは、研究者であれば常にやっていることだろうと思いますし、桂氏も評価しています。
初歩的でくだらないとは思いません。
oTakeさん
＞そもそも Callus は酸浴後に形成された細胞であって、酸浴前の CD45+ 細胞ではありません。酸浴前の細胞に”Callus”と付けたり、酸浴後の細胞に”CD45+ 細胞”と付けたりしたら酸浴前の細胞なのか、酸浴後の細胞なのか区別がつかないという事態になるのは当たり前です。つまり、これは小保方側の問題であり、責任です。
oTakeさんの手法は、すべて、小保方氏が悪い、小保方犯行であると収束させたいのでしょう。
それはそれで、oTakeさんの立場はわかります。
大事なのは、桂報告書の以下の書き方です。
CD45+ 細胞サンプルと Callusに関する問題は一旦、終わらせてます。
もし、CD45+ 細胞サンプルと Callusに関する限定する問題なら、文章を続けて説明した方がわかりやすいです。
以下の文章を読む読者は、他のイベントでも書き換えがあったかもしれないと思うのです。
「CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。…」
桂報告書は、持ち込みサンプルのネーミングの問題点を指摘したいのだと思いますよ。
さりげなく、読者に気づかせたいのです。
桂委員会報告書p26の「CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+ 細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+ 細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。…」
澪標さん
＞学とみ子さん
＞クラスター分析は説明変数・従属変数型とはことなり、データ間の”距離”をベースにした極めて強力かつBrutalな分析手法ですので、分析ごとにデンドログラムが変化した場合は、極めて深刻な瑕瑾が存在する可能性が高くなります。
”Give me your answer. Have a method, will travel.”と揶揄される所以です。
ひとつの細胞でも、時間と周囲環境によって遺伝子発現は変化していきます。
だからこそ、シングルセル解析の意味があるのですよね。
そうした変化のどこを切り取り全体像をデータ化していくのかは、専門知識と経験だと思います。
澪標さんは、再現性に限界のある流動的な数値を扱ってデータ解析をしたことはあるのでしょうかね？
澪標さん
＞ ”Wet”な分野の研究者・院生の、統計処理についての相談に乗る/草稿査読がRAとしての職務だった時代があります
そうなんですか？お答えありがとうございます。
相手は専門家だから、澪標さんのアドバイスから必要な知識を選択することになるので、澪標さん自身がウエットデータ（不安定性）に配慮しなくても良い状況だと思います。
澪標さん、
＞樹形図の形が変わってしまうほどの変動がある場合には、”correlated error”の存在が強く疑われます。この可能性が排除されない限り、分析結果として使用すべきではありません。・・・＞桂委員会報告書16P～17P
樹形図の形はRNAデータ解析から作るものです。
ところが、小保方氏が持ち込んだ細胞がおかしいのはDNAです。
澪標さんは、その区別がついていないと思います。
桂報告書は、遺伝子発現がどうであったかについては書いていなくて、使用したマウスが論文とあわないと言っているだけなんですよ。
澪標さんは、そこを勘違いしていませんか？
小保方氏が持ち込んだ細胞がおかしいという話は、樹形図の形とは本来、関係がありません。
桂報告書17頁に以下のように書かれていますが、「関係があると書かれているじゃないか？」と一般人は思うかもしれませんね。でも、関係がない話です。
遺伝子発現と遺伝子構造をしっかり区別していない人には、関連しているように思うのかもしれませんが、単なる誤解です。
学とみ子に言わせると、小保方氏、笹井氏が不正に関係するかのような印象操作になっていると感じますね。
小保方氏は、論文のチップセック実験の実態がわからないで、細胞を持ち込んでしまったのだから、当然、Letter Fig.2iのデータなんて得られるわけがありませんね。
むしろ、以下の記載は、小保方氏は、論文チップセックを担当した実験者ではないということが見えてくると思います。
つまり、小保方氏擁護のための記載という見方もできると思います。
このように、桂報告書は一見、小保方氏を批判しているような書き方をして、実は、小保方氏を擁護していたりします。
誰を相手にするのかはわかりませんが、小保方氏が訴訟ということになれば、小保方氏にとっては有利に事が運ぶための情報というのも、しっかり、桂報告書は残しています。
理研CDBには当然、笹井派や小保方派もいたわけだから、そうした立場の秀才たちが究極の場面で示した落し処なのでしょうね。
わかりにくい文章ですよね。
こうしたわかりにくい桂報告書の文章部分は、実は、報告書の書き手が背後に秘めたメッセージがあるのだと思います。
＞これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった
チップセック実験を理解していない状態で、ため息さんはいろいろ言っていますの、以下にコピペしておきます。
ため息さん 2023年9月17日 11:24
・・・・・
＞「一緒に実験されていた他の細胞のチップセック実験サンプルはなぜ、処分されてしまったのでしょうか？」 ← 持ち込まれた調整されたサンプルは解析に使ってなくなっちゃうものでしょ。桂調査委員会が調べたのは機器に保存されていた（報告書p17、GRAS内に残されていたオリジナルデータ）デジタルデータでしょうね。GRASがサンプルを冷凍保存するとは思えませんな。
「論文に採用したのは小保方氏の選択だから、全責任があるという持ってき方は異常ですね。」 ← 小保方氏の責任の実験で小保方氏が担当したのだから当然です。
「生物学の実験をちょっと習えばできると勘違いしていませんか？これは共同研究なんです。お互いに相手の仕事を尊重して論文に載せていくと思いますけど・・・。」 ← 学とみ子は共同実験などしたことはないでしょ。学とみ子しかできない実験というのはないでしょ。共著の論文はすべて臨床報告で実験論文ではないでしょ。偉そうな事を言う資格があるのですか？共同研究は普通は相手を信頼するのがあたりまえですが、それでも互いにチェックします。STAP事件の場合、信頼した結果、そしてチェックが行われなかった結果、騙されてこんなことになったわけですね。
「ただし、GRASのスタッフは、おかしいなあ～、困ったなあ～と思っていたでしょう。」 ← 解析を依頼された側は、どのような実験なのかわからないわけですから、結果がおかしいかどうかは判断できません。おかしい、困ったなどと思うわけがありません。病理診断医は癌かどうかを判断するわけですが、渡された標本のみしかわからないわけで、患者さんのことを知らないわけですから結果がおかしいかどうか疑問に持つわけがありません。血液検査部あるいは血液検査会社は提供された血液を調べるだけで、その結果は患者さんと結びつかないので、よっぽどありえない値でない限りおかしい、困ったとは思わないですね。
「こうしたエピソードを関係者が皆、黙っている」 ← GRAS関係者がコメントを発する理由はありません。桂調査委員会の調査に協力しておしまいです。
「いろいろ、理研CDB内の人たちには、複雑な事情があったのだろう」 ← どんな事情があって、実はこうなんだけど、〜の関係者は話さないというのか、妄想するだけではだめで、根拠を添えてGRAS関係者は〜があるから〜であったという事実は話さないとか具体的に示せ。できないでしょ。白昼夢だからね。
「他人の仕事のチェックというのは、研究者であれば常にやっていることだろうと思いますし、桂氏も評価しています。」 ← 意味不明です。小保方氏の出した実験結果のチェックが不十分だったと、笹井氏と若山氏は責任を問われています。桂調査委員会委員長が何と評価したのでしょうか？引用しなさい。
ため息さん
＞「小保方氏がチップセック実験を主体的にやって」いなかったということを示す桂調査委員会報告書の記載はどこでしょ？書いてないことを書いてあるといういつもの嘘ですな。
小保方氏が実験をやったと書いてある部分がないですね。
小保方氏が実験をしたと明記せず、その実験ノートについて特定した記載も無いですね。
ただ、小保方氏は、「実験ノートを出さない」と書いて、どの実験について出さないのかを明記していません。
桂報告書に、明記したら問題になるから書けないのです。
後から、「小保方主体の実験ではない」なんての証言が出てきたら、理研は困るのです。
伊藤氏も、実験をやったと言ってません。持ち込んだと言っているだけです。
つまり、持ち込んだという行為をもって、小保方氏が実験を担当したと印象付けたいのでしょう。
ところが、伊藤氏は、小保方氏はSTAP細胞作製に忙しかったなんて、小保方氏の言葉を伝えてしまいました。
専門家なら、こうした状況の小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていたなんて考えないでしょうね。
練度が高く、手間暇もかかりますからね。
ただ、桂報告書は、サンプル調整をした、持ち込んだと言っているだけですね。
古田さんも、サンプル調整の中身を伊藤氏に聞こうとしませんね。
ため息さん
＞「結果、桂報告書は、小保方氏に責任を問えないと書いているのです。」 ← p17の（評価）の記述は小保方氏に責任があるという意味で、p30の総括でも「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏なので、この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。」と小保方氏に責任があると書いてあります。「責任が問えないと書いている」部分を示してください。
ため息さんは、チップセック実験をどのようにやるのか、インプットDNAとは何なのか？を少しは勉強したらどうでしょうか？
すると、小保方氏がチップセック実験の主たる実験者でないことがわかります。
実際には、2013年1月、6月の再度、細胞をGRASに持ち込んだ時の様子について、桂調査委員と、小保方氏は、会話をしていますが、その内容は公開されていないのです。
ただ、その一部だけでも、伊藤氏が明らかにしてくれたので、小保方氏は大量のSTAP細胞に忙殺されたいた様子であったことがわかりました。
ESねつ造派やマスコミは、小保方氏がチップセック実験を担当したかのようにしたいようですが、さすがに、桂調査委員会はそこまで忖度、協力はできないという感じだったと思います。
ため息さん、
＞「チップセック実験の煩雑さを考えると、小保方氏は、主要な実験者ではないのでしょう。」 ← これが小保方氏以外の方がチップセック実験を担当したという根拠なんですか？plus99%さんがコメントされているように、培養細胞等を使う実験での操作が常識としてできる方には、理研GRASの提供するマニュアル通り行えば問題なくサンプルの調整ができるようですね。
plusさんのような一般人が、操作が常識的にできるとか、チップセック実験の熟練度なんて言える立場であるわけないじゃないですか？
マニュアル通り行えば実験が可能であるなら、多くの人がネーチャー論文を書くことができますよ。
ため息さんは、学術層の人なんだから、こんな素人みたいなことを言ってはいけませんよ。
以下のため息記載も、学術者のものとは思えませんよ。
小保方氏だけに疑惑を押し付けたい意図がミエミエです。ESねつ造説って、所詮、そういうものなのです。
手のうちを全部見せてしまった！ということなんですね。
＞誰が考えても当然ですけどね。〜キットというのはそれを専門にしている方でなくてもできるようにセットされた材料道具等が揃った一式セットですね。なんちゃら栽培キットなどいうのがいくらでも市販されていて、種、土、容器、光源がそろっていて水だけ供給すればいいわけです。「ChIP-seq キット」で検索したらいろいろでてくるよ。
＞学とみ子には経験がないでしょうけど、癌かどうかの病理診断は学とみ子はできないから、患者さんからサンプルを採取して検査に回すのでしょ？癌診断を依頼するのに患者さん本人（培養細胞）を病理診断部（GRAS）に連れて行く（持っていく）わけじゃないでしょ。患者さんから手術の際あるいは内視鏡等で生きた細胞を取り出しホルマリンに浸して病理検査部へ持って行くのでしょ。ホルマリンに浸すのが「サンプル調製」なわけですな。GRASに持ち込むためのサンプルはこんな一つの操作だけではないでしょうけど、同じことですな。病理検査部は持ち込まれたホルマリン標本をパラフィン切片にして染色して顕微鏡で覗いて判断するわけですが、病理検査部には持ち込まれたサンプル自体に責任はない、つまり誤った人のサンプルだったとしても病理検査部には責任がないのは当たり前ですな。GRASに持ち込む調整されたサンプルは小保方氏に責任があるわけで、調整されたサンプルに他の細胞のパーツが混ざっていてもGRASに責任があるわけでもないし、笹井氏にも若山氏にも責任はなく、「サンプル調整」した小保方氏にだけに責任があるのは自明です。
澪標さん 2023年9月17日 15:10
＞桂委員会報告スライド20/24をご参照ください
＊STAP細胞由来ChiP-seq(input)については第3項
＊樹形図については第4項
スライド20の3項 STAP細胞が、単一DNAパターンではないはずです。
スライド20の4項 αの混じったFIでは、fig2iの再現なんてできるわけないです。
澪標さんが今指摘していることは、学とみ子はずっと前から理解した上でものを言ています。
澪標さんは、そう思わないということですか？
なぜ、今更に主張されるのでしょうか？
澪標さん
＞第4項表の”RNA-‐seq(2013.1:最終)”は、報告書本文と照合すると”RNA-‐seq(2013.6)”の誤りである可能性が大です。
報告書では、2013年、1月6月をわけて論じていないので、第三者にはわからないと思いますけど・・・。
STAP細胞のインプットDNAがなぜ単一パターンなのか？、
他の細胞のインプットDNAはなぜないのか？
どういう状態でインプットDNAがGeNASにデポジットされていたのか？は、未知ですね。
徹底的にここをなぜ、理研は調べないのでしょうかね？
それこそ、理研内部の人なら、何度も入れるとかの情報もどうなんてすかね？
ため息さんは、チップセック実験法をしっかり勉強して、小保方氏のサンプル調整はどこからどこまで何をしたのか書いてみよ！
他の細胞もどうやって準備、処理したのかを書いてみよ！
澪標さん
＞この辺り色々と論文記載内容と公共データベース登録内容の間に齟齬があります。
小保方氏が、後になって調整してGRASに持ち込んだRNAサンプルは、若山研究室の時に使用した細胞とは違っているのだから、Fig2iと同じ樹状図にはならないのは当たり前ではありませんか？
公共ベースや、論文との齟齬はあって当然でしょうね。
小保方氏は、本実験においては、こうした実験まで手がまわらなかったのだと思いますよ。
それこそ、STAP細胞ばかりをつくる担当であったと思うし、何といっても共同研究ですからね。
短期間で、皆さん、がんばったと思いますよ。
むしろ、リバイスの時期に、小保方氏が混合サンプルを持ち込んでしまった背景を調べるべきだったと思いますよ。
小保方氏が自身で混ぜた細胞なら、絶対、持ち込んだりしませんからね。
むしろ、リバイスの時に、小保方氏がひとりで苦労しているのに、離れているとは言え、若山研究室のサポートが無いことが不思議ですよね。
桂報告書の17頁が大事ですね。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエンスしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。
学とみ子の推論ですが、STAP本実験において、RNA-seqを担当したのは、恐らく若山研究室スタッフでしょうね。
小保方氏は、STAP細胞作製に忙しかったでしょうから、時間配分から推定した推論するとそうなります。
チップセック実験は、手間暇がかかり、熟練を要するでしょうから、若山研究室とGRASの共同の成果ですね。
リバイスの時の実験ではないと、伊藤氏が証言してくれたのはありがたかったですね。
古田さんもメモしてました。
小保方氏は、若山氏がどのような実験の指示をスタッフに出していたかについての情報やらデータは持っている可能性があるだろうと考えます。
「あの日」の出版にあたり、講談社も実験実態の内情を一部、知っているでしょう。
もちろん、小保方氏は、先輩たちの行うRNA-seqを習って、自身でも実験するようになっていたでしょうから、2012年8月、2013年1月6月には、保存していたFI幹細胞を解凍して培養し、RNA-seqサンプルをGRASに持ち込んだと思います。
TSの混ざったFI幹細胞は、どういう経緯で小保方氏の手元にあったのでしょうか？大事なことですが、小保方氏は無言です。
しかし、小保方氏は、桂調査委員には、何か話したのかもしれず、桂調査委員たちは、小保方氏の言い分をある程度、了解しているからこそ、小保方氏の行為に対し、上記の桂報告書は、 『意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。』と、結論しているのです。
桂調査委員は、他の関係者の聞き取り調査も参考にして、実際にかかわった人たちと話をしているのですから、STAP関係者の誰がどの程度の実験経験であるかもよくわかっていたと思います。
また、桂調査委員は、実際に実験を行った理研内部の調査員たちとも会話したでしょうし、STAP論文を取り巻く人々の意見を参考に、『意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。』と結論しているのです。
当然、これはESねつ造画策学者たちにとっては、受け入れがたく、学者間での激しい攻防だったと思いますよ。
一方で、桂報告書は、小保方犯行であるかのような印象操作もしています。
上記の文章でも書かれているように、小保方氏は、ChIP-seq 解析をしたと書いています。
実験をしたという意味ではないでしょう。
小保方氏が、もろもろの実験結果を論文に採用した行為をもって、桂報告書は、小保方氏が全てを解析したと書いていますね。
同じように、ChIP-seq 実験においても、「解析」なる語を使っています。
なぜ、こうした記載になっているのかを想像すると、桂報告書は、いろいろな立場の人たちに配慮しているということではないでしょうか？
STAP論文疑惑が出た当初、小保方氏が全ての実験をやったという噂が流れて、教授クラスが皆、それを信じてしまったのでしょう。他にもマスコミ、政治家、官僚の皆さん、こぶしをあげてしまいました。
こうしたこぶしをあげたいろいろな人たちの立場に、桂報告書は配慮したということなんですかね？
でも、実際の桂報告書は、小保方氏が全ての実験をやったのではないことを明記しました。
幹細胞、キメラは若山氏の実験成果であったことを、桂報告書ははっきり示しました。
ES混入は幹細胞作成の過程でおきたとも書きました。
でも、桂報告書は、いろいろな忖度、しがらみもあり、「解析」という言葉を使って、小保方氏が全ての実験にかかわったかのような印象操作をしているのだと思います
調整サンプルも同じような使い勝手となっていて、誰が何をしたのかをわかりにくくしているのだと思います。
究極、桂報告書は、STAP実験の実態をぼかしました。
各実験に関連する責任者をブラックボックスにしています。
澪標さん
＞今一文意が理解できませんが、桂委員会調査報告スライド14/24Pご参照ください。
桂報告書という同じ文章を前に、澪標さんは、自身と学とみ子が違うことを考えているとの認識のようです。
学とみ子は、樹形図をどのように統計処理して作るのかについて語っていません。
ただ、桂報告書は、樹形図に元になる細胞が違い、同じ樹形図にはならないと、言ってだけではないですか？
この点は、澪標さんも納得されると思います。
桂報告書17頁を再掲しますが、この文章が桂調査委員会の判断を示しています。
桂調査委員会は、小保方氏が混合幹細胞サンプルをを持ち込んだ、チップセック実験の実情を知らないとの状況を確認して、小保方氏の関与を判断しています。
一般人でも、理解できるようには書かれていますね。
でも、ESねつ造説で頭が一杯で読解力の無い人には、真意を読もうとしないのでしょう。
桂報告書の17頁が大事ですね。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエンスしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。
結局、ため息ブログは、実験方法論について議論しようとしませんね。
ため息ブログは、桂調査委員会がどのような判断をしているのかについて、桂報告書の印象操作に簡単に乗ってしまうのです。調査委員たちの理解を想像してみるということが、ため息ブログにはできないようです。
ネット検索の限界なんですかね？彼らは、あるレベルから全く進まなくなるのです。
ため息ブログは、「サンプル調整」なる語をネット検索しても何の意味も無いとは思わないのでしょうか？見当外れとは思わないのでしょうか？そうした境界の無いあいまいな言葉は、印象操作で効果が出る言葉です。
ため息ブログメンバーは、実験の中身を理解せず、サンプル調整なる語が、独立で存在する科学用語だと思うのでしょう。ネット検索して満足する答えが得られなくても平気なのでしょう。ため息ブログメンバーは、物事をきちんと理解してから文章に書くとの習慣が無いのでしょう。
より知識につながるチップセック実験の方法をネット検索で調べた方が意味があるのに、ため息ブログの誰もチップセック実験に触れようとしませんね。
正直、不思議です。
STAP論文を鑑賞していきましょう。
今、話題になっているのは、チップセック実験です。
チップセック実験は、STAP細胞、FI幹細胞、STAP幹細胞、ES,TS, CD45細胞と、STAP論文の主役の細胞が姸を競うデータとなっています。
この実験は、STAP細胞から人工的に誘導された各種の多能性細胞の遺伝子発現を比較しています。
つまり、STAP細胞の成果を端的に証明する実験です。
この実験図表がどのような経緯で作られたのかは、理研は公開していません。
桂報告書の説明には、歯切れの悪い表現がいろいろとみられています。
ここに潜む疑惑が問題になっています。
このチップセック実験に行く前に、STAP実験全体に目を向けてみましょう。
STAP論文の読者は、図表を見ながら、こんな実験をやっていたんだなあ～ということがわかります。
こういう誰もやったことのない実験は、研究者にとって究極のマイワールドだと思うから、ここで捏造なんて、研究者はしないでしょうね。
読む人も、ここで捏造したって、意味がないよなあ～とか、考えながら、STAP論文を読みます。
世界で誰もやったことのない実験ですから、他人の実験結果をまねるという作業もできません。
小保方氏がチャレンジして得たデータは「やってみたらこうなったのデータ」そのものです。
世界で初めて実験をやって、出た結果を素直に書いたという質のものが、STAP論文の小保方パートです。
ここに関しては、捏造判定は受けていません。
例えば、
アーテイクル論文ExtFig1dで、CD34陽性細胞は、Oct-GFP陽性細胞にはなりにくいとかあります。
CD34抗原と、酸浴刺激との関係なんて、誰も探ろうとしていませんね。
そこに、何らかの分子生物学機序があるのかもしれませんが、未知の領域です。
ExtFig5eでは、STAP細胞を14日培養して、この時ACTH入りES培地ではコロニーのできはB27+LIF培地より劣ると書いています。
あの日でも、小保方氏は、ACTH培地でSTAP細胞が幹細胞のようになるという観察には否定的であったと書いています。
ExtFig4eでは、Oct4-GFP-dim cells の遺伝子発現に注目しています。
Oct4-GFP細胞と、Oct4-GFP-dim の違いは、遺伝子発現が推移していく様子なのでしょうから、こうした観察結果を捏造で作ろうなどと、研究者は決して思わないでしょうね。
実は、キメラマウスの成功も「やってみたら得られたデータ」そのものです。
STAP細胞は分散培養ができない、継代能力が低いのですが、それは、人工培地ではそうであっても、注入胚ではキメラに寄与しました。
後で、これはES混入となったのですが、当時は、科学的機序がいろいろ考えられましたよね。
キメラはできたと、STAP論文著者らは思ったのです。
小保方氏の酸浴実験結果を読むと、ESとは違うと、盛んに書いています。
STAPメス細胞では、 X不活化が4割にある。H3K27me3-dense foci were found in 40% of female
JAK inhibitor MEK inhibitorへの反応がES細胞とは異なります。
STAP論文を読む時に注意したいのは、STAP細胞についての記述か？幹細胞についての記述か？をしっかりわけることです。
どこで、ES混入が起きてしまったのか？を想像しながら、ES混入前の実験か、ES混入後の実験かを、それぞれ区別して読み比べて行くことで、STAP論文理解が深まると思います。
また、ES混入が証明されたのは、STAP実験における一部の細胞解析においてであり、結果は限定的です。
この調査が、STAP実験の全貌ではないのです。
理研は、ES混入が疑われた細胞のみを調べ、その状況を報告しました。
どれがES混入細胞であるかは、理研の調査チームは、内部情報から知ることができたのでしょう。
さて、こうした実験の質から見ても、小保方氏が最初からES捏造を意図していたということは考えにくいのです。
では、チップセック実験に目をむけてみましょう。
チップセック解析の遺伝子発現の図はレター論文の以下で紹介されています。
Fig. b, ChIP-sequencing results of histone H3K4 (green) and H3K27 (red) trimethylation at the loci of pluripotent marker genes (left), bivalent pattern genes (middle) and trophoblast marker genes (right). Scale bars indicate 10 kb for pluripotency marker genes and trophoblast marker genes, and 20 kb for bivalent pattern genes.
679頁
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In conrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.
STAP幹細胞は、培養を繰り返していますから、たまたま、混入したESが幹細胞として残ったでしかないと思うのですよね。
だから、あまり意味がないと考えますが・・。
しかし、何といってもSTAP細胞のチップセック解析は問題あります。
桂報告書によると、小保方氏が、GRASに持ち込んだとありますが、時期ははっきりと書かれていません。
このチップセック実験では、疑問がいろいろあるのですが、そこを考えて行きましょう。
桂報告書は、15ページで以下のように書いている。
つまり、チップセックインプットデータで、 Acr-GFP/CAG-GFP が挿入されているのがわかっていたのだが、これはいつからわかっていたのか？
＞しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された
桂報告書は、17ページで以下のように書いている。
＞小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であるというのは、誰かの証言なのか？小保方氏が担当したとの事実はなぜわかるのか？の理由が、桂報告書には書かれていない。
小保方氏がこうした実験に手慣れているわけでなく、かなり専門性の高い実験であると思う。
「あの日」にも、若山研究室の先輩の研究員が、常に付き添って助言をくれたと書かれている。
また、遺伝子部門の専門家たちの献身的な協力があったとも書かれている。
若山氏は、チップセック実験を行っても良いが、インプットDNAデータのシークエンサー解析は禁じていたとも、「あの日」に書かれている。
このあたりのRNA-seq解析については、理研CDBの総力をつくした感があるが、そうした技術の詳細は、桂報告書から読み取ることができないのである。
チップセック実験における小保方氏の貢献と作業はどのようなレベルであったのか？この時の、実験ノートはなぜ出せないのか？について、桂報告書文章には参考になる記載はない。
ただ、やたら、小保方氏がGRASに持ち込んだとの事実を強調しているように見える。
小保方氏がGRASにRNA-seqサンプル持ち込んだのは、2012年8月、2013年1月、6月であって、若山氏が用意した特殊なマウスを使ったチップセック実験は、その前の実験で終了しているはずだ。
つまり、チップセック実験は、若山研究室での実験であるが、詳細は書かれていない。
つまり、桂報告書の書き方では、今ひとつ、一般人にわかりにくい。
とにかく、桂報告書は、上からのプレッシャーに対抗して、研究者が真実を伝えようとしたものだから、単純読解をしてはいけないと思う。行間を読むべきである。
ネーチャー論文クラスにとおる実験にするには、教える方が行う実験であって、小保方氏は、メインの実験者ではなく、まだまだ下働きに過ぎなかったと思う。チップセック実験に必要な大量のFI細胞、STAP幹細胞を十分量で確保できた若山研究室の業績だ。
小保方氏は、GRASにサンプルを持参し、最終論文にデータを入れた。
その行為を持って、小保方氏が全てのRNA解析実験をやった人であるかのように、桂報告書は印象操作をしている。
一方では、桂報告書は、同時に、実験材料を把握していない小保方氏の状況を書いて、小保方氏のES捏造の操作を否定している。
実際の実験の場では、ESの混入がないようにとのダブルチェックなどをしていたと思う。小保方氏が、ES混入させてると疑いが、周りの人たちに少しでもあれば、実験指導やら、協力なんてしてくれる先輩など現れるはずが無い。
チップセック実験においては、桂報告書記者会見での伊藤氏の説明が注目されている。
若山氏から大量にSTAP細胞を作るように言われて、小保方氏が大量にSTAP細胞を作製したと、伊藤氏は言っていましたね。
チップセック実験以外の目的であったとも、伊藤氏は言っていました。
チップセック実験のために、細胞をかき集めたという小保方氏の言葉は、数日かけて作製して培養中としたSTAP細胞を集めたのであろうと想像できる。
STAP細胞は、2週間は十分に維持できるようだから、そのあたりで集めたのではないだろうか？
会見での伊藤氏も、「ディッシュをかき集めた」と表現しています。
又、小保方氏は、来る日も来る日もSTAP細胞を作ったと伊藤氏も言っています。
小保方氏が、1回に作製できるSTAP細胞は多くないので、培養しておいた分を、翌日分に足し合わせていくというやり方をしていたので、かき集めるという表現になったのではないか？と思います。
しかし、この小保方氏の「寄せ集めた」という表現は、まるで、小保方氏が捏造していたかのような印象を世間に与えてしまったようだ。
伊藤氏は、「その時のストック」と言う言い方をしていますが、この意味がわかりにくいですね。
伊藤氏もさらに説明していません。
なぜ、STAP細胞のみインプットDNAが読めて、他のサンプルは残っていないのかがわかりませんね。
質問者の古田氏は、「増殖しないはずのSTAP細胞がなぜ、そんなに作れるのか？」と、驚いている様子でした。
いづれにしろ、STAP細胞が大量にできたというのは確かなことです。
実際のチップセック実験は、2012年の夏であり、小保方氏がその後にGRASに持ち込んだエピソードとは、関係がありません。
大事なことは、伊藤氏は、小保方氏が実験をやった本人であるとは言っていません。
古田氏によって使われた言葉は、「サンプル調整」なる語です。
実験を主体的にやったというような意味として、使われているのかはわかりにくいです。
サンプル調整という意味を、古田氏は、実験をやったという意味にとったかもしれませんね。
桂報告書も、小保方氏が持ち込んだ、解析したと言っています。でも、実態は書かれていません。
「サンプル調整」というあいまいな言葉では、勘違いがおきやすいと思います。
その後、若山研究室が無くなってから2013年、再度、GRASからの要請に対し、小保方氏は、チップセック実験用サンプルを調整ができませんでした。
その時の小保方氏の証言から、調査委員たちは、小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていないことがわかったと思いますよ。
チップセック実験は、材料を確保してから、その先は、手間暇と経験を要する技術だと思います。
小保方氏が単独でできる仕事ではありません。ただ、傍にいる人から教わればできるという種類のものでもないでしょうね。
経験と精度が必要な実験であると思います。やり慣れた人の手による実験です。
そうした大事な情報を、桂調査委員たちは、一般人にわかるような説明をしていないのですよね。
FI細胞、幹細胞についてもチップセック実験はやっていましたが、インプットのDNAのSNP解析はしていないと伊藤氏は、答えていますね。もう、残存サンプルはないけど、STAP細胞のみインプットDNAがあったということです。
RNAデータでは、読めるDNAは一部にすぎず、発現部位にSNP部位がある可能性が低いから、これでは、SNP解析はできないとも教えてくれました。
チップセック実験でのインプットは薄いという表現を使っていました。
なぜ、STAP細胞のみ、DNAインプットが残っていたのか？という疑問が残ることになります。
小保方氏も、相澤氏も、特殊なマウスで入手できないといってます。こんなことは、後からでも調べればわかります。
F１を作るとか、小保方氏自身では、しませんよね。
幹細胞は、単一性の高いものです。だから、SNP解析が可能なのです。STAP論文では、ACTH倍地を通した細胞と、単細胞化した細胞があり、どちらも幹細胞として扱われています。
系統樹は、GRASの専門家が作り、小保方氏は、それを論文にアップしただけです。この時、CDBの解析チームにいた複数の秀才研究者が、この時の事情を知ってますが、皆さん沈黙です。
伊藤氏に質問している古田さんも、STAP細胞を毎日作って足し合わせるというイメージが沸かないみたいです。
サンプル調整というあいまいな用語使いも、古田さんは意識的にやっているのでしょう。
結局、具体的に小保方氏の作業内容を公開してはいけないとの暗黙の了解が、マスコミとES捏造画策学者の間にあるのでしょう。マスコミは、小保方擁護の情報を出さないように気遣いしていると思います。
マスコミによってSTAP論文の不正を暴くという基本作業にマイナスになる情報を、マスコミは報じないのです。
サンプル調整なる言葉や、GRAS持ち込みを持って、小保方氏が、チップセック実験を担当していたかのように、一般人に印象操作をしているのです。
混ぜられていたサンプルは、小保方氏が持参したサンプルで、2013年に、リバイスの時期のものです。つまり、チップセック実験とは関係のないイベントです。
実際のチップセック実験は、2012年8月であると、伊藤氏は答えました。
小保方氏が先輩に教わりながら雑用係をしていたので、GRASに持ち込んだ人なのでしょうが、そのエピソードを、リバイス時に小保方氏が混合サンプルを持ち込んだ話と一緒に書かれています。
桂報告書の文章は、読者が良く読まないと、違う話であることがわからないのですね。
しかし、一方で、良く読む読者は違いがわかるのです。
つまり、桂報告書における印象操作です。
桂報告書は、小保方氏がESねつ造犯であるかのように一旦、書いてから、さりげなく、さらにその疑惑を否定しているのです。
記者会見の伊藤氏は多くの重要証言をしました。チップセック実験は、2012年8月であって、リバイス時の持ち込みとは異なる話であることを教えてくれました。
また、伊藤氏は、記者会見で、小保方氏は、毎日、毎日、せっせと作ったとの話を紹介していますが、これにより、連日作業によるSTAP細胞を培養し、小保方氏が多くのコロニーを集めていたとの事実がわかります。
寄せ集めたSTAP細胞コロニーをディッシュ上で集めて若山氏に渡していたのです。つまり、その先の実験の行方は小保方氏にわからないと想像できます。
小保方氏は、STAP細胞作製に忙しいですから、チップセック実験にまで手を出す余裕もないでしょうね。
チップセック実験の煩雑さを考えると、小保方氏は、主要な実験者ではないのでしょう。
若山研究室とGRASの共同研究の成果がチップセック実験ですよ。
以下のSTAP論文の方法論からもわかると思いますが、GRASに持ち込むまでに手間がかかる実験です。
また、伊藤氏は、RNAデータからSNP部位を読み取る作業の危険性を指摘しています。遠藤氏の論文批判ともとれますね。
STAP細胞のみ全ゲノムがジーナスにDNAインプットとして残存していたと、伊藤氏は答えています。
チップセック実験は、STAP幹細胞、FI幹細胞、CD45、ES, TSについて行っていました。
なぜ、STAP細胞だけサンプルが残っているのかも不思議です。
雑多なはずのSTAP細胞が、なぜ、単細胞パターンなのかも不思議です。
古田さんには、このあたりの状況について突っ込んで聞いてほしかったです。
小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていたかのような印象操作を、桂報告書はしています。
しかし、一方で、桂報告書は、小保方氏はチップセック実験の主要な実験者ではないことがわかるような記述もしていますね。
小保方氏の研究歴からしても、初期化細胞の高度な実験を担当する時間もありません。
結果、桂報告書は、小保方氏に責任を問えないと書いているのです。
ここでも、理研内に、ESねつ造派と、小保方擁護派の学者間の対立が見えます。
ESねつ造派やマスコミは、小保方氏がチップセック実験を担当したかのようにしたいようです。
古田氏は、STAP細胞の大量確保やら、無理なことがいろいろあるから、ES捏造だと言いたいようです。
ここを読み取ることがとても大事ですね。
理研は、チップセック実験についての実験ノートの開示はしていません。
以下に示したように、大変、手間暇がかかる実験であることは、素人でもわかります。熟練が必要でしょうね。
「サンプル調整」とは、最後の生成物をどう処理したかということなのでしょうかね？
それとも、「サンプル調整」なる語は、印象操作に便利だから使っているのでしょうか？
小保方氏が全てのデータを解析したという桂報告書の書き方と同じようです。
桂報告書の一部には、小保方氏が全実験を主体的に行っていたかのような印象を強引に世間に示そうとする書きぶりがあります。
それが、理研内のSTAP擁護派によって反論されている構図が、桂報告書です。
STAPアーテイクル論文にメソッドに記載されたチップセック実験の方法です。
ChIP-seq libraries were prepared from 20 ng input DNAs, 1 ng H3K4me3 ChIP DNAs, or 5 ng H3K27me3 ChIP DNAs using the KAPA Library Preparation kit(KAPA Biosystems). TruSeq adaptors were prepared in-house by annealing a TruSequniversal oligonucleotide and each of index oligonucleotides (59-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-39, and 59-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACXXXXXXATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-39; where X represents index sequences). Chromatin immunoprecipitation was performed as follows. Cells were fixed in PBS(-) containing 1% formaldehyde for 10 min at room temperature. Glycine was added to a final concentration of 0.25 M to stop the fixation. After washing the cells twice in ice-cold PBS(-), cells were further washed in LB1 (50 mM HEPESKOH pH 7.5, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10% glycerol, 0.5% NP-40, 0.25% Triton X-100) and LB2 (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM EGTA). Cells were then re-suspended in lysis buffer (50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM EDTA, 1% SDS). Lysates were prepared by sonication using Covaris S220 in a mini tube at duty cycle 5 5%, PIP 5 70, cycles per burst 5 200, and the treatment time of 20 min. Lysates from 2 3 106 cells were diluted in ChIP dilution buffer (16.7 mM Tris-HCl pH 8.0, 167 mMNaCl, 1.2 mM EDTA, 1.1% Triton X-100, 0.01% SDS). ChIP was performed using sheep anti-mouse IgG beads (Invitrogen) or protein A beads (Invitrogen) coupled with anti-histone H3K4me3 antibody (Wako, catalogue no. 307-34813) or anti-histone H3K27me3 antibody (CST, catalogue no. 9733), respectively. After 4–6 h of incubation in a rotator at 4 uC, beads were washed five times in low-salt wash buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), and three times in high-saltwash buffer (20 mM Tris-HCl pH 8.0, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS). Target chromatin was eluted off the beads in elution buffer (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 300 mM NaCl, 5 mM EDTA, 1% SDS) at room temperature for 20 min. Crosslink was reversed at 65 uC, and then samples were treated with RNaseA and proteinase K. The prepared DNA samples were purified by phenol-chloroform extraction followed by ethanol precipitation and dissolved in TE buffer.
澪標さん。
＞※GRASではなくGeNASを使用なさっているようです。
GRASの関連施設がGeNASではないのでしょうか？
そこに、疑惑の多いSTAP細胞のチップセックサンプルインプットDNAをデポジットした人は誰なんですかね？
一緒に実験されていた他の細胞のチップセック実験サンプルはなぜ、処分されてしまったのでしょうか？
若山研究室は、サンプルの名前を変えて持ち込んでいたと、桂報告書にも書かれています。
そういう大事な情報が一切、明らかにされていません。
デンドログラム作製も、遺伝子の専門家たちが作ったのでしょう？
小保方氏はそれをありがたくいただいたのでしょう。
論文に採用したのは小保方氏の選択だから、全責任があるという持ってき方は異常ですね。
生物学の実験をちょっと習えばできると勘違いしていませんか？これは共同研究なんです。
お互いに相手の仕事を尊重して論文に載せていくと思いますけど・・・。
oTakeさん
＞これは小保方側の問題であり、責任です。
極めて初歩的なくだらない問題です。
GRAS側の責任はありません。ただし、GRASのスタッフは、おかしいなあ～、困ったなあ～と思っていたでしょう。
こうしたエピソードを関係者が皆、黙っているのだということを、一般人は知ることができます。
いろいろ、理研CDB内の人たちには、複雑な事情があったのだろうと、一般人は想像します。
他人の仕事のチェックというのは、研究者であれば常にやっていることだろうと思いますし、桂氏も評価しています。
初歩的でくだらないとは思いません。
oTakeさん
＞そもそも Callus は酸浴後に形成された細胞であって、酸浴前の CD45+ 細胞ではありません。酸浴前の細胞に”Callus”と付けたり、酸浴後の細胞に”CD45+ 細胞”と付けたりしたら酸浴前の細胞なのか、酸浴後の細胞なのか区別がつかないという事態になるのは当たり前です。つまり、これは小保方側の問題であり、責任です。
oTakeさんの手法は、すべて、小保方氏が悪い、小保方犯行であると収束させたいのでしょう。
それはそれで、oTakeさんの立場はわかります。
大事なのは、桂報告書の以下の書き方です。
CD45+ 細胞サンプルと Callusに関する問題は一旦、終わらせてます。
もし、CD45+ 細胞サンプルと Callusに関する限定する問題なら、文章を続けて説明した方がわかりやすいです。
以下の文章を読む読者は、他のイベントでも書き換えがあったかもしれないと思うのです。
「CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。…」
桂報告書は、持ち込みサンプルのネーミングの問題点を指摘したいのだと思いますよ。
さりげなく、読者に気づかせたいのです。
桂委員会報告書p26の「CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+ 細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+ 細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。…」
澪標さん
＞学とみ子さん
＞クラスター分析は説明変数・従属変数型とはことなり、データ間の”距離”をベースにした極めて強力かつBrutalな分析手法ですので、分析ごとにデンドログラムが変化した場合は、極めて深刻な瑕瑾が存在する可能性が高くなります。
”Give me your answer. Have a method, will travel.”と揶揄される所以です。
ひとつの細胞でも、時間と周囲環境によって遺伝子発現は変化していきます。
だからこそ、シングルセル解析の意味があるのですよね。
そうした変化のどこを切り取り全体像をデータ化していくのかは、専門知識と経験だと思います。
澪標さんは、再現性に限界のある流動的な数値を扱ってデータ解析をしたことはあるのでしょうかね？
澪標さん
＞ ”Wet”な分野の研究者・院生の、統計処理についての相談に乗る/草稿査読がRAとしての職務だった時代があります
そうなんですか？お答えありがとうございます。
相手は専門家だから、澪標さんのアドバイスから必要な知識を選択することになるので、澪標さん自身がウエットデータ（不安定性）に配慮しなくても良い状況だと思います。
澪標さん、
＞樹形図の形が変わってしまうほどの変動がある場合には、”correlated error”の存在が強く疑われます。この可能性が排除されない限り、分析結果として使用すべきではありません。・・・＞桂委員会報告書16P～17P
樹形図の形はRNAデータ解析から作るものです。
ところが、小保方氏が持ち込んだ細胞がおかしいのはDNAです。
澪標さんは、その区別がついていないと思います。
桂報告書は、遺伝子発現がどうであったかについては書いていなくて、使用したマウスが論文とあわないと言っているだけなんですよ。
澪標さんは、そこを勘違いしていませんか？
小保方氏が持ち込んだ細胞がおかしいという話は、樹形図の形とは本来、関係がありません。
桂報告書17頁に以下のように書かれていますが、「関係があると書かれているじゃないか？」と一般人は思うかもしれませんね。でも、関係がない話です。
遺伝子発現と遺伝子構造をしっかり区別していない人には、関連しているように思うのかもしれませんが、単なる誤解です。
学とみ子に言わせると、小保方氏、笹井氏が不正に関係するかのような印象操作になっていると感じますね。
小保方氏は、論文のチップセック実験の実態がわからないで、細胞を持ち込んでしまったのだから、当然、Letter Fig.2iのデータなんて得られるわけがありませんね。
むしろ、以下の記載は、小保方氏は、論文チップセックを担当した実験者ではないということが見えてくると思います。
つまり、小保方氏擁護のための記載という見方もできると思います。
このように、桂報告書は一見、小保方氏を批判しているような書き方をして、実は、小保方氏を擁護していたりします。
誰を相手にするのかはわかりませんが、小保方氏が訴訟ということになれば、小保方氏にとっては有利に事が運ぶための情報というのも、しっかり、桂報告書は残しています。
理研CDBには当然、笹井派や小保方派もいたわけだから、そうした立場の秀才たちが究極の場面で示した落し処なのでしょうね。
わかりにくい文章ですよね。
こうしたわかりにくい桂報告書の文章部分は、実は、報告書の書き手が背後に秘めたメッセージがあるのだと思います。
＞これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった
チップセック実験を理解していない状態で、ため息さんはいろいろ言っていますの、以下にコピペしておきます。
ため息さん 2023年9月17日 11:24
・・・・・
＞「一緒に実験されていた他の細胞のチップセック実験サンプルはなぜ、処分されてしまったのでしょうか？」 ← 持ち込まれた調整されたサンプルは解析に使ってなくなっちゃうものでしょ。桂調査委員会が調べたのは機器に保存されていた（報告書p17、GRAS内に残されていたオリジナルデータ）デジタルデータでしょうね。GRASがサンプルを冷凍保存するとは思えませんな。
「論文に採用したのは小保方氏の選択だから、全責任があるという持ってき方は異常ですね。」 ← 小保方氏の責任の実験で小保方氏が担当したのだから当然です。
「生物学の実験をちょっと習えばできると勘違いしていませんか？これは共同研究なんです。お互いに相手の仕事を尊重して論文に載せていくと思いますけど・・・。」 ← 学とみ子は共同実験などしたことはないでしょ。学とみ子しかできない実験というのはないでしょ。共著の論文はすべて臨床報告で実験論文ではないでしょ。偉そうな事を言う資格があるのですか？共同研究は普通は相手を信頼するのがあたりまえですが、それでも互いにチェックします。STAP事件の場合、信頼した結果、そしてチェックが行われなかった結果、騙されてこんなことになったわけですね。
「ただし、GRASのスタッフは、おかしいなあ～、困ったなあ～と思っていたでしょう。」 ← 解析を依頼された側は、どのような実験なのかわからないわけですから、結果がおかしいかどうかは判断できません。おかしい、困ったなどと思うわけがありません。病理診断医は癌かどうかを判断するわけですが、渡された標本のみしかわからないわけで、患者さんのことを知らないわけですから結果がおかしいかどうか疑問に持つわけがありません。血液検査部あるいは血液検査会社は提供された血液を調べるだけで、その結果は患者さんと結びつかないので、よっぽどありえない値でない限りおかしい、困ったとは思わないですね。
「こうしたエピソードを関係者が皆、黙っている」 ← GRAS関係者がコメントを発する理由はありません。桂調査委員会の調査に協力しておしまいです。
「いろいろ、理研CDB内の人たちには、複雑な事情があったのだろう」 ← どんな事情があって、実はこうなんだけど、〜の関係者は話さないというのか、妄想するだけではだめで、根拠を添えてGRAS関係者は〜があるから〜であったという事実は話さないとか具体的に示せ。できないでしょ。白昼夢だからね。
「他人の仕事のチェックというのは、研究者であれば常にやっていることだろうと思いますし、桂氏も評価しています。」 ← 意味不明です。小保方氏の出した実験結果のチェックが不十分だったと、笹井氏と若山氏は責任を問われています。桂調査委員会委員長が何と評価したのでしょうか？引用しなさい。
ため息さん
＞「小保方氏がチップセック実験を主体的にやって」いなかったということを示す桂調査委員会報告書の記載はどこでしょ？書いてないことを書いてあるといういつもの嘘ですな。
小保方氏が実験をやったと書いてある部分がないですね。
小保方氏が実験をしたと明記せず、その実験ノートについて特定した記載も無いですね。
ただ、小保方氏は、「実験ノートを出さない」と書いて、どの実験について出さないのかを明記していません。
桂報告書に、明記したら問題になるから書けないのです。
後から、「小保方主体の実験ではない」なんての証言が出てきたら、理研は困るのです。
伊藤氏も、実験をやったと言ってません。持ち込んだと言っているだけです。
つまり、持ち込んだという行為をもって、小保方氏が実験を担当したと印象付けたいのでしょう。
ところが、伊藤氏は、小保方氏はSTAP細胞作製に忙しかったなんて、小保方氏の言葉を伝えてしまいました。
専門家なら、こうした状況の小保方氏がチップセック実験を主体的にやっていたなんて考えないでしょうね。
練度が高く、手間暇もかかりますからね。
ただ、桂報告書は、サンプル調整をした、持ち込んだと言っているだけですね。
古田さんも、サンプル調整の中身を伊藤氏に聞こうとしませんね。
ため息さん
＞「結果、桂報告書は、小保方氏に責任を問えないと書いているのです。」 ← p17の（評価）の記述は小保方氏に責任があるという意味で、p30の総括でも「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏なので、この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。」と小保方氏に責任があると書いてあります。「責任が問えないと書いている」部分を示してください。
ため息さんは、チップセック実験をどのようにやるのか、インプットDNAとは何なのか？を少しは勉強したらどうでしょうか？
すると、小保方氏がチップセック実験の主たる実験者でないことがわかります。
実際には、2013年1月、6月の再度、細胞をGRASに持ち込んだ時の様子について、桂調査委員と、小保方氏は、会話をしていますが、その内容は公開されていないのです。
ただ、その一部だけでも、伊藤氏が明らかにしてくれたので、小保方氏は大量のSTAP細胞に忙殺されたいた様子であったことがわかりました。
ESねつ造派やマスコミは、小保方氏がチップセック実験を担当したかのようにしたいようですが、さすがに、桂調査委員会はそこまで忖度、協力はできないという感じだったと思います。
ため息さん、
＞「チップセック実験の煩雑さを考えると、小保方氏は、主要な実験者ではないのでしょう。」 ← これが小保方氏以外の方がチップセック実験を担当したという根拠なんですか？plus99%さんがコメントされているように、培養細胞等を使う実験での操作が常識としてできる方には、理研GRASの提供するマニュアル通り行えば問題なくサンプルの調整ができるようですね。
plusさんのような一般人が、操作が常識的にできるとか、チップセック実験の熟練度なんて言える立場であるわけないじゃないですか？
マニュアル通り行えば実験が可能であるなら、多くの人がネーチャー論文を書くことができますよ。
ため息さんは、学術層の人なんだから、こんな素人みたいなことを言ってはいけませんよ。
以下のため息記載も、学術者のものとは思えませんよ。
小保方氏だけに疑惑を押し付けたい意図がミエミエです。ESねつ造説って、所詮、そういうものなのです。
手のうちを全部見せてしまった！ということなんですね。
＞誰が考えても当然ですけどね。〜キットというのはそれを専門にしている方でなくてもできるようにセットされた材料道具等が揃った一式セットですね。なんちゃら栽培キットなどいうのがいくらでも市販されていて、種、土、容器、光源がそろっていて水だけ供給すればいいわけです。「ChIP-seq キット」で検索したらいろいろでてくるよ。
＞学とみ子には経験がないでしょうけど、癌かどうかの病理診断は学とみ子はできないから、患者さんからサンプルを採取して検査に回すのでしょ？癌診断を依頼するのに患者さん本人（培養細胞）を病理診断部（GRAS）に連れて行く（持っていく）わけじゃないでしょ。患者さんから手術の際あるいは内視鏡等で生きた細胞を取り出しホルマリンに浸して病理検査部へ持って行くのでしょ。ホルマリンに浸すのが「サンプル調製」なわけですな。GRASに持ち込むためのサンプルはこんな一つの操作だけではないでしょうけど、同じことですな。病理検査部は持ち込まれたホルマリン標本をパラフィン切片にして染色して顕微鏡で覗いて判断するわけですが、病理検査部には持ち込まれたサンプル自体に責任はない、つまり誤った人のサンプルだったとしても病理検査部には責任がないのは当たり前ですな。GRASに持ち込む調整されたサンプルは小保方氏に責任があるわけで、調整されたサンプルに他の細胞のパーツが混ざっていてもGRASに責任があるわけでもないし、笹井氏にも若山氏にも責任はなく、「サンプル調整」した小保方氏にだけに責任があるのは自明です。
澪標さん 2023年9月17日 15:10
＞桂委員会報告スライド20/24をご参照ください
＊STAP細胞由来ChiP-seq(input)については第3項
＊樹形図については第4項
スライド20の3項 STAP細胞が、単一DNAパターンではないはずです。
スライド20の4項 αの混じったFIでは、fig2iの再現なんてできるわけないです。
澪標さんが今指摘していることは、学とみ子はずっと前から理解した上でものを言ています。
澪標さんは、そう思わないということですか？
なぜ、今更に主張されるのでしょうか？
澪標さん
＞第4項表の”RNA-‐seq(2013.1:最終)”は、報告書本文と照合すると”RNA-‐seq(2013.6)”の誤りである可能性が大です。
報告書では、2013年、1月6月をわけて論じていないので、第三者にはわからないと思いますけど・・・。
STAP細胞のインプットDNAがなぜ単一パターンなのか？、
他の細胞のインプットDNAはなぜないのか？
どういう状態でインプットDNAがGeNASにデポジットされていたのか？は、未知ですね。
徹底的にここをなぜ、理研は調べないのでしょうかね？
それこそ、理研内部の人なら、何度も入れるとかの情報もどうなんてすかね？
ため息さんは、チップセック実験法をしっかり勉強して、小保方氏のサンプル調整はどこからどこまで何をしたのか書いてみよ！
他の細胞もどうやって準備、処理したのかを書いてみよ！
澪標さん
＞この辺り色々と論文記載内容と公共データベース登録内容の間に齟齬があります。
小保方氏が、後になって調整してGRASに持ち込んだRNAサンプルは、若山研究室の時に使用した細胞とは違っているのだから、Fig2iと同じ樹状図にはならないのは当たり前ではありませんか？
公共ベースや、論文との齟齬はあって当然でしょうね。
小保方氏は、本実験においては、こうした実験まで手がまわらなかったのだと思いますよ。
それこそ、STAP細胞ばかりをつくる担当であったと思うし、何といっても共同研究ですからね。
短期間で、皆さん、がんばったと思いますよ。
むしろ、リバイスの時期に、小保方氏が混合サンプルを持ち込んでしまった背景を調べるべきだったと思いますよ。
小保方氏が自身で混ぜた細胞なら、絶対、持ち込んだりしませんからね。
むしろ、リバイスの時に、小保方氏がひとりで苦労しているのに、離れているとは言え、若山研究室のサポートが無いことが不思議ですよね。
桂報告書の17頁が大事ですね。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエンスしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。
学とみ子の推論ですが、STAP本実験において、RNA-seqを担当したのは、恐らく若山研究室スタッフでしょうね。
小保方氏は、STAP細胞作製に忙しかったでしょうから、時間配分から推定した推論するとそうなります。
チップセック実験は、手間暇がかかり、熟練を要するでしょうから、若山研究室とGRASの共同の成果ですね。
リバイスの時の実験ではないと、伊藤氏が証言してくれたのはありがたかったですね。
古田さんもメモしてました。
小保方氏は、若山氏がどのような実験の指示をスタッフに出していたかについての情報やらデータは持っている可能性があるだろうと考えます。
「あの日」の出版にあたり、講談社も実験実態の内情を一部、知っているでしょう。
もちろん、小保方氏は、先輩たちの行うRNA-seqを習って、自身でも実験するようになっていたでしょうから、2012年8月、2013年1月6月には、保存していたFI幹細胞を解凍して培養し、RNA-seqサンプルをGRASに持ち込んだと思います。
TSの混ざったFI幹細胞は、どういう経緯で小保方氏の手元にあったのでしょうか？大事なことですが、小保方氏は無言です。
しかし、小保方氏は、桂調査委員には、何か話したのかもしれず、桂調査委員たちは、小保方氏の言い分をある程度、了解しているからこそ、小保方氏の行為に対し、上記の桂報告書は、 『意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。』と、結論しているのです。
桂調査委員は、他の関係者の聞き取り調査も参考にして、実際にかかわった人たちと話をしているのですから、STAP関係者の誰がどの程度の実験経験であるかもよくわかっていたと思います。
また、桂調査委員は、実際に実験を行った理研内部の調査員たちとも会話したでしょうし、STAP論文を取り巻く人々の意見を参考に、『意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。』と結論しているのです。
当然、これはESねつ造画策学者たちにとっては、受け入れがたく、学者間での激しい攻防だったと思いますよ。
一方で、桂報告書は、小保方犯行であるかのような印象操作もしています。
上記の文章でも書かれているように、小保方氏は、ChIP-seq 解析をしたと書いています。
実験をしたという意味ではないでしょう。
小保方氏が、もろもろの実験結果を論文に採用した行為をもって、桂報告書は、小保方氏が全てを解析したと書いていますね。
同じように、ChIP-seq 実験においても、「解析」なる語を使っています。
なぜ、こうした記載になっているのかを想像すると、桂報告書は、いろいろな立場の人たちに配慮しているということではないでしょうか？
STAP論文疑惑が出た当初、小保方氏が全ての実験をやったという噂が流れて、教授クラスが皆、それを信じてしまったのでしょう。他にもマスコミ、政治家、官僚の皆さん、こぶしをあげてしまいました。
こうしたこぶしをあげたいろいろな人たちの立場に、桂報告書は配慮したということなんですかね？
でも、実際の桂報告書は、小保方氏が全ての実験をやったのではないことを明記しました。
幹細胞、キメラは若山氏の実験成果であったことを、桂報告書ははっきり示しました。
ES混入は幹細胞作成の過程でおきたとも書きました。
でも、桂報告書は、いろいろな忖度、しがらみもあり、「解析」という言葉を使って、小保方氏が全ての実験にかかわったかのような印象操作をしているのだと思います
調整サンプルも同じような使い勝手となっていて、誰が何をしたのかをわかりにくくしているのだと思います。
究極、桂報告書は、STAP実験の実態をぼかしました。
各実験に関連する責任者をブラックボックスにしています。
澪標さん
＞今一文意が理解できませんが、桂委員会調査報告スライド14/24Pご参照ください。
桂報告書という同じ文章を前に、澪標さんは、自身と学とみ子が違うことを考えているとの認識のようです。
学とみ子は、樹形図をどのように統計処理して作るのかについて語っていません。
ただ、桂報告書は、樹形図に元になる細胞が違い、同じ樹形図にはならないと、言ってだけではないですか？
この点は、澪標さんも納得されると思います。
桂報告書17頁を再掲しますが、この文章が桂調査委員会の判断を示しています。
桂調査委員会は、小保方氏が混合幹細胞サンプルをを持ち込んだ、チップセック実験の実情を知らないとの状況を確認して、小保方氏の関与を判断しています。
一般人でも、理解できるようには書かれていますね。
でも、ESねつ造説で頭が一杯で読解力の無い人には、真意を読もうとしないのでしょう。
桂報告書の17頁が大事ですね。
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエンスしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。
結局、ため息ブログは、実験方法論について議論しようとしませんね。
ため息ブログは、桂調査委員会がどのような判断をしているのかについて、桂報告書の印象操作に簡単に乗ってしまうのです。調査委員たちの理解を想像してみるということが、ため息ブログにはできないようです。
ネット検索の限界なんですかね？彼らは、あるレベルから全く進まなくなるのです。
ため息ブログは、「サンプル調整」なる語をネット検索しても何の意味も無いとは思わないのでしょうか？見当外れとは思わないのでしょうか？そうした境界の無いあいまいな言葉は、印象操作で効果が出る言葉です。
ため息ブログメンバーは、実験の中身を理解せず、サンプル調整なる語が、独立で存在する科学用語だと思うのでしょう。ネット検索して満足する答えが得られなくても平気なのでしょう。ため息ブログメンバーは、物事をきちんと理解してから文章に書くとの習慣が無いのでしょう。
より知識につながるチップセック実験の方法をネット検索で調べた方が意味があるのに、ため息ブログの誰もチップセック実験に触れようとしませんね。
正直、不思議です。
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