桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。

長くなるので、続きをこちらに移します。

相変わらず、素人を惑わせる印象操作を書き続けているため息ブログですね。
桂報告書が仕掛けている印象操作に、ため息さんはそのまま乗っているのです。

桂報告書は、読者に印象操作させることを目的としている部分があります。
もちろん、一部の文章においてです。
桂報告書は、政治関係者、事件に関係した研究者たち、マスコミに忖度しているからですね。
マスコミやESねつ造画策学者に配慮して、桂報告書は文章をつないでいます。


印象操作の手法を簡単に言うと、
桂報告書は、①のことにしか触れていないのに、読者は勝手に①から⑩までの話だと誤解してくれるように書くとか、
桂報告書は、①②を同時に記載して、①に言及しているのに、読者は勝手に②に言及した話であると誤解してくれるように書くとか、

そうした読者の勘違いを誘う印象操作の手法が持ち込まれています。

さらに、一般読者の認識を攪乱させる言葉が使われています。
その代表が、”解析”と、”サンプル調整”です。
”解析”は、小保方氏が、論文に図表をアップした行為をもって、すべての実験に小保方氏がかかわったと、読者に思わせる。

”サンプル調整”は、小保方氏が細胞抽出サンプルをGRASに持ち込んだ行為を持って、小保方氏がチップセック実験など全遺伝子発現実験を担当したと思わせる。


ため息ブログメンバーは、サンプル調整なる語が、独立で存在する科学用語だと思っているみたいです。
ネット検索して満足する答えが得られなくても平気なのでしょう。ため息ブログメンバーは、物事をきちんと理解してから文章に書くとの習慣が無いのでしょう。
「私は知識人」「私は賢い」と思う人が、桂報告書の印象操作にのってしまうようです。

自身で書いている文章の意味がわからなくても、平気で書き連ねてしまう輩がため息ブログにいますね。
理解できない文章は思いつきでカバーするとのかつてのSNPデタラメ論の時と同じ手法ですね。

今回は、自己解釈によるチップセック実験の説明が書かれてますね。
各用語が結びつかず、実験の流れがわからないみたいです。
細胞成分の何と何を固定するのかがわからない、抗体はなぜ必要なのかわからない、IgGビーズの役割もわからない、
結局、用語だけが氾濫して、各作業で何をやっているのか?どう進んでいくのか?の見当がつかないようです。
抗体やら、IgGビーズ使用と、20ngのインプットDNA、1ngのH3K4me3 ChIP DNA、5ngのH3K27me3 ChIP DNAなる記載とのつながりがわからないようです。
「小さな断片の方が効果的なので」などの文言はどこから引き出されるのでしょうか?
まさに、落語「神代もきかず竜田川」風です。

ため息さんもわからないのでしょうから、このまま、解説文として持ち上げしまうのでしょう。

このplus文章も違います。
チップセック実験で何を言っているのか?RNAデータで何を言っているのかの区別ができていません。
どのデータで何を言っているのか区別ができていません。

こうして書き並べるならば、STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、


こうしたデタラメ文章を無批判に受け入れるのは、独裁国家のやり方です。
ESねつ造説をサポートする部下はとり立てる、ESねつ造説に反論する部下は排除するとの単純ワールドです。
これでは、新たな読者は獲得できません。



言論自由の日本では、STAP事件に興味を維持する一般人は、そんな単純ワールドには魅力は無いですね。
もちろん、しっかり桂報告書を読めば、日本人がそうした誤解はしないようには書いてあります。
以下の下線の部分が、桂報告書の裁定です。下線部分をしっかり読んで欲しいです。


桂報告書の17頁
(評価)
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと(故意か過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない





残念なことに、ため息さんは、STAP論文も、桂報告書も、しっかり読まない人なのです。
そして、何が何でも、小保方氏にESねつ造の汚名をきせたままにしたいのです。
そうすることで、仲間の研究者層を疑惑から救えると考えているようなのですね。


ため息さんのレスポンスを見てみましょう。
ため息さん

>学とみ子は「公共ベースや、論文との齟齬はあって当然でしょうね。」という応答です。なにが当然なんでしょね?

桂報告書は、論文に書かれたマウスと、実際に調査結果から得られたマウスが違っていると言っているのです。

桂報告書は、『論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑い』と言っているのですが、この責任を小保方個人に追及できないとも、言っているのです。桂報告書は、「小保方氏は実験の実態を知らないようだ」と言っているのです。それは、アクロシンGFP遺伝子入りや、混合サンプルを持ち込んでしまったからです。



ため息さん
実験ノートもない状況で本人が何をしたのか記憶していないので不正行為と断定できなかったということですよ。

実験の実態を知らない、使用マウスも知らない、アクロシンGFP遺伝子入りや、混合サンプルを持ち込んでしまった小保方氏は、捏造ができるような立場ではないということです。
認知症の小保方氏ではあるまいし、桂調査委員会は、小保方本人が自身が何をしたのか記憶していない人であるとは考えていませんよ。
ため息さんの上記の文章では、”小保方氏は犯行したのに、それを覚えていない”と、桂調査委員会が判断したようになってしまいます。
この文章は、破綻しているんですよ。



ため息さん

「小保方氏は、本実験においては、こうした実験まで手がまわらなかった、小保方氏が自身で混ぜた細胞なら、絶対、持ち込んだりしません、」 ← 根拠がない、すなわち妄想そのものですね。


ESとTSを混ぜた細胞集団を培養すれば、いつでも、ES,TS様の働きをすると単純に誤解してしまう素人向けに、小保方氏によるESを用いた捏造説が作られたのです。
TS,ESは厳密に条件付けされた培養でないと、本来の機能を発揮できないということが、一般人には知りませんでした。

この作り話によると、この方法を使えば、他者を騙せると小保方氏が考えたことになります。
小保方氏は、混ぜた細胞を堂々とGRASに持ち込めば、誰もが騙されるはずと、小保方氏が考えたということになります。
素人しか考えないインチキ話を、小保方氏もそう考えていたから実行したんだとの素人評価がまかり通ったのが、GRAS持ち込み事件です。

こんな素人じみた信じられないストリーを、ため息さんは否定しようとしません。
だから、この先も、ずっとため息さんは素人だましを言っていくでしょう。
STAP論文に書かれたES並みの多能性は、小保方氏のこうした不正行為の結果であると、ため息さんは、素人たちに思わせておきたいということでしょう。



ため息さん
「若山研究室のサポートが無いことが不思議」 ← 不思議でもなんでもないですな。GRASに持ち込むまでは小保方氏一人でできる操作だからですな。

>どこに小保方氏以外の誰かが行ったと書いてあるのでしょうか?


細胞のオリエンテーションがつかない小保方氏は、FIと書かれた細胞を解凍培養してRNAサンプルを得たのでしょう。
その時、そのFI細胞なるものは、どのような経緯で小保方氏の元にあったのか?はわかりませんね。
そして、混合サンプルと判断されたOct-GFP入りB6マウスのRNAパターンはどうだったのかも書かれていませんね。
桂報告書は細胞の多能性の背景を明らかにしていません。

小保方氏は、この細胞を、リバイス時に、臨時に誰から譲り受けたのかもしれません。
しかし、陰謀論を考えてもきりがないのです。
いつれにしろ、2012年、2013年に、小保方氏がGRASに持参した細胞は、公共ベースに載っている細胞パターンと同じになるはずがありません。


ため息さん、
「TSの混ざったFI幹細胞は、どういう経緯で小保方氏の手元にあったのでしょうか?大事なことですが、小保方氏は無言です。」 ← 無言なのはどうしてなのか推測しないの?

小保方氏は、誰かに迷惑がかかってはいけないとの配慮でしょうね。



ため息さん

「上記の桂報告書は、 『意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。』と、結論している」 ← 学とみ子が引用した桂調査委員会報告書に「同(小保方)氏本人の記憶しかない」と書いてあるからさ。刑事事件ではないし警察のような権限がないから断定できる証拠を得られなかっただけなのがわからないの?


多くの人もため息さん同様に考える方向へと向かうように、桂報告書は、印象操作をしているのですね。
思慮浅い人であったり、単純思考の人に向けての印象操作です。




ため息さん
「当然、これ(意図的な捏造)はESねつ造画策学者たちにとっては、受け入れがたく、学者間での激しい攻防だったと思いますよ。」 ← そんな攻防があったという根拠は?誰がどのように発言したの?妄想でしょ。


表面的には静かだったと思います。研究者の皆さん、内に秘めたる思いです。

調査にあたった理研の研究者のうち、誰がESねつ造説に好意的なのか、誰が対抗的だったのかは、傍目には簡単にはわからなかったのではないでしょうか?
ただ、研究者の皆さんは専門家ですから、「小保方ESねつ造説は印象操作は許されても、裁定するのはまずい!」という認識でいたのではないでしょうか?
全ての実験を個人で担当できなければ、このタイプのESねつ造工作は難しいとの認識は、調査にあたる研究者たちに共通していたでしょう。



ため息さん

「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」たのだから、細胞を寄せ集めたという手順が実験なんでしょうが。

細胞を寄せ集めたとの話は、STAP細胞を大量に得る時と、リバイス時に小保方氏がGRASに持ち込んだ時のエピソードです。
しかし、その時とは関係無く、桂報告書は、このエピソードを印象操作として利用しました。
桂報告書は、「小保方氏は寄せ集めの人」とのレッテル貼りをしました。
その印象操作に、またも乗っているというため息さんです。


ため息さん
「STAP論文疑惑が出た当初、小保方氏が全ての実験をやったという噂が流れて」 ← 噂の根拠を示したら?そんな噂がたったとして、12月には桂調査委員会報告書が出て、ここに「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏なので、この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。」「図の作成や実験を行った小保方氏の責任」等の記述があり、ほとんどが小保方氏の実施した実験で間違いではなかったわけですな。


すべて、小保方氏の責任にしたいため息さんのまとめの言葉です。
STAP論文にかかれたデータを作製するのは大変ですから、それが一人でもできると考える思慮浅い人なら、上記を受け入れてくれるでしょう。
しかし、社会生活をしている標準的日本人が対象なら、無理な論理です。




ため息ブログには、本当に特殊な人たちが残っていますね。

plusさん
けけけ。お望み通り、チップセック実験の手順に沿って書いてあげましたよ。

plusさんは、理解できなくても、敢て、自身の考えを書きたがる人なのでしょう。
あるいみ、消化不良のまま、自虐的に書いた感のある文章です。
それでも、plusさんは書きたいのですね。
間違った科学を書いていても、plusさんの日常には何の影響もありませんから、書き放題です。
学者なる人が、正しい説明であるかのようにplus説を持ち上げてくれるのですから、plusさんもやめられません。

plusさんは、RNA-seqもチップセックも理解できていないことは自覚していると思うのですが、そんな自身の状態とは関係がないのでしょうかね。
自虐的な感のある上記文章ですが、「分かっていない俺がかわいそう」みないな気持ちなのかもしれませんね。
これを書くために、plusさんがどの位の作業時間をかけたのかが、気になります。
努力するなら、効率よく正確にを心がけたら良いと思いますよ。

以前の一研究者のブログのように多くの人が集まり、デタラメを言えば、いろいろな批判がすぐ返ってくる環境ではないですから、plusさんもデタラメ書きに何の抵抗もないのでしょう。

plusさんは、他人から間違いを指摘されれば、そこを口実として、さらなる他人攻撃へとつなげます。
他人侮辱を嬉々として愉しみ、何度もおいしい体験になるということのようです。


いづれにしろ、ネット上でも、間違った情報を出さないようにしたいという気持ちなど、plusさんはさらさらないようです。
他人侮辱、他人威嚇をするのが大好きということなのでしょう。
こんな暴力行為をしているplusさんに注意しようとする人もため息ブログに皆無なのですね。

全員が、小保方ねつ造説で突き進むために集まっているのだから、仕方ないと言えば仕方ない事です。




plusさんは、何を間違えているのかが自身では気づけない人です。
基礎を学ぶ気持ちが全くなくて、間違いを書くのに抵抗がないのです。
今回も、わかったふりでやみくもに思いつき文章を書いているのです。
何を問題視されているのかがわからないようですね。

つながらないはずの科学的事実を、plusさんは、かってにつなげてしまうのですよ。
先日は、ジャームライントランスミッションと雄雌をつなげてしまったし、今度も以下に、つながらない話をつなげています。
5-10%程度のアレル頻度と、チップセック実験はつながらないし、2-3-1-1(d)では、別の検索法でSNP解析しているのですが、plusさんの頭は理解できていなくて、ごちゃごちゃなんです。
ため息さんだって、よくわからないのでいるのだから、plusさんがさらに話を混乱させるのはまずくないの?

plusさん
こうして書き並べるならば、STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、調査報告書の述べる「さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により(2-3-1-1(d)参照のこと)CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」となるためには、「ES細胞の混入」が起こり得るのは細胞の固定よりもはるか前ということになるのですな。つまり細胞を用意した時点ではすでに「完全にES細胞」であったということなんですなあ。


plusさんは、何を注意されているのが気付けずに、学とみ子側が間違いだとパフォーマンスする人です。

という文章がまるきり理解できていないだけみたいですけどねえ。

学とみ子から指摘されて間違いを認めたことがないですからね。虚勢を張り続けるつもりなのでしょう。
ため息さんのように、plusさんを持ち上げる人がいるのだから、plusさんも、物知り一般人を演じたいのでしょう。
さすれば、もっと基礎を学んで、できるだけ正当なる説明ができるようになって欲しいです。
plusさんは、手っ取り早く、ネット情報だけをさぐっていても、科学読解力は身に付きません。
デタラメを書くことは、誰のためにもなりません。




plusさんは、どの実験方法から何を得たのかを整理して理解する必要があります。
2-3-1-2に書かれた小保方持ち込みの混合サンプルは、RNA-seqです。
5-10%程度のアレル頻度の意味をしっかり把握してください。
15頁にはチップセックインプットのFIやSTAP幹細胞、STAP細胞の説明があり、2-3-1-1-dとは違う方法ですから、何から何を得たのかを知る必要があります。

それぞれの検査から何がわかるのかを知らなければ、書けないはずですよ。
でも、plusさんは書いてしまいます。わからないことと、わからないことを強引につないで書いてしまうのです。
そして、plusさんは、「ESだった」の結論につなげて、「結論が正しきゃいいや!」という人なのです。
STAPやFI細胞が完全にES細胞であったという結論が問題になっているわけでは無いことに、plusさんは気付きません。

plusさんは、途中の説明過程の間違いに気づかず、「結論は正しい!」と居直るんです。

学とみ子は、こんな丁寧に間違いを指摘しました。
これ以上は、plusさん自身で勉強しましょう。
突っ張るplusさんに対し、学とみ子が説明しても非効率ですからね。
plusさんも、罵倒する相手から教わろうと考えない方が良いです。

ため息ブログでは、他の人たちはコメントしていないですよね。
plusさんは、ため息さんやoTakeさんから言われれば、素直に受け入れるのだから、その方法で理解を進めてください。
oTakeさんも、専門家から情報を得ていろいろ書いてくれるかもしれません。
そちらの人たちも理解を深める必要があるのだから、ため息ブログ内で議論してください。

plusさんの文章で正しい記述は、桂報告書引用だけです。plusさんが自身で文章を作ると、外れていってしまいます。
チップセックは本実験の結果だから寄せ集めなんて無いのです。plusさんは、小保方氏が後からGRASに持ち込んだサンプルと、本実験のサンプルの区別がついてません。
桂報告書は、素人が誤解してくれるように印象操作をしています。混合サンプルは、どれなのか、plusさんはわかりません。



小保方氏が寄せ集めたのは、STAP細胞同士を合わせた事はあっても、リバイス持に持ち込んだRNAサンプルにおいて、小保方氏が混ぜたという証拠はありません。結果として、リバイス持のRNA解析に混合サンプルがあったというだけです。さんざん、学とみ子が、説明しているのに、plusさんは混合サンプルの意味を理解してません。ましてやチップセックは、本実験での成果です。ごちゃごちゃなのに、plusさんはわからないのです。

桂報告書は、たった1混合サンプルをもって、小保方氏が、本実験でも不正をしていたかのような印象操作をしてるのです。どれがどれからの結果であるかを知らない一般人、マスコミに向けての印象操作です。



plusさんは、印象操作に乗ってるだけです。混合サンプルがどれだかわからないのです。


plusさん
「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」たのだから、細胞を寄せ集めたという手順が実験なんでしょうが。

解析という言葉は、実験をやったのでないです。


plusさん

小保方氏がCDBゲノム資源解析ユニット(以下「GRAS」という)に持参し残されていたSTAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。


何で、何度も当たり前のことを書いてしまうの?plusさんは、わかってないから繰り返してしまうのよ。

これは、本実験のチップセックから得られたデータであり、本実験時、下働きの小保方氏が持ち込んだ事実をもって、小保方氏が本実験をしたかのような印象操作なんですよ。混合サンプルとは別の話です。

plusさんは、しっかり引用文を理解して、正しいことを書くか、あるいは、引用以外のplus自身の文章は書かないようにしたらどうでしょうか?その方が勉強になりますよ。




以下もデタラメです。どうして、勝手に話を作るんですか?

相手の学とみ子が、何に基づいて説明をしてるのか?、plusさんは見当がつかないのです。当たり前のことを何度も繰り返してしまうのです。

「ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析」するんですよ。理解できますかぁ?


plusさん
Chip-seqインプットについての調査では、Chip-seqインプットデータを、全ゲノムに当てはめて再構成して、全ゲノム遺伝子解析に「相当する」データを作ったということですなあ。
全ゲノムのどのくらいをカバーしているのかは知りませんけどね。


以下は、伊藤氏説明の不消化書き起こしですね。

plusさん
RNA-seqに関する調査では、存在する遺伝子データはカバーされている範囲が狭いので、全ゲノム解析のデータと、同じ箇所と言えるところのみを「比較解析した」ということですねえ。



plusさんは、きちんと理解できてないのです。混合サンプルが、どこにあるのか?その性状をしっかり把握できて無いのです。

他の方は、理解できない事を自覚するから、何も書かないのです。そのうち、このやり取りを通じて、ため息さんが、この領域を理解したら、最初から知ってたと、ため息さんはパフォーマンスするのです。

plusさんは、ため息パフォーマンスのために利用されてるのです。


それでもめげず、plusワールド全開となりました。
SNP論と同じカオス状態です。


STAP細胞のChIP-seqインプットの遺伝子構成は、本来であれば、STAP細胞ディッシュ1枚当たり数匹の子から成りますがこれは一組の両親から得られたわけですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子からなりますなあ。ChIP-seqのためにオボカタ氏は何十皿もSTAP細胞を作ったと述べており、すなわち百組以上の遺伝子が出てきなければいけないわけですねえ。実際にはマウスの繁殖コロニーは兄妹交配をするのでそうはならず、同じ代のコロニー内の子はすべて一組のペアの子ですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子がかなり均等に出てくる状態に近づくと予想できますな。「ここは5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」「ここは25-50%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」などなどが多く認められる状態になるはずですな。
ところが「STAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。」つまり1個体分の、一組の遺伝子しかなかったということなんですなあ。
ここの箇所の闕失がある遺伝子とない遺伝子が半々であるとか、ここのSNPsがある遺伝子とない遺伝子が半々という部分がないということなんですなあ。
それにより、複数個体の脾臓から作ったということが否定されるということなんですよ。
全部一つの個体の細胞に由来するので、よってES細胞であろうという推定がなされるということですなあ。







スポンサーサイト



コメント

MX88さんへ

一言居士
昔は小文字のxでしたが今回大文字のXに変えられた理由はありますか。

渋野さんはあの優勝をしたとき、強いパッティングでアンジュレーションに負けないあの打ち方がたまたまその時の自然条件にマッチしていていた幸運もあったんでしょうね。その後、少しスランプ気味ですね。あの打ち方が何処でもいつでも最適なら皆がそうしますから、グリーンの条件が変わるとやはり流し込む打ち方の方が安全なんでしょうかね。華々しい優勝経験をするとそれが逆に迷いを作りますよね。

私は釣りと庭の草取りとへぼな接待ゴルフを並行させると腰が最悪状態になるというマンデル・フレミングのトリレンマに気づいて以来、隠居後にやっとゴルフから撤退できて久しいです。しかし、見るのは腰を痛めないです。

ひひ。


学さんへ

一言居士
論証もなく実証もない報告書、これを称して桂虚偽報告書と言ってます。みなまで言うな、言わせるなということです。つまんない話です。

以上です。

一言居士
検査の結果、AC129=129B6F1 ES1は証明されたのですが、そもそもAC129ってなんだ、129B6F1 ES1ってなんだという定義の確認は何も行われていないわけです。定義しない論証ってあり得ませんから、これは馬鹿話にしかなりません。

例えば129でもSTAPができるかということを胎盤が光ったなんて大騒ぎした後でやることかという疑義は当然起こる。2011年にGL作っていて、2011/11/28に129/B6ヘテロの4Nキメラを作っている。翌年春にはもう一度GOFで作り、129B6ホモでも作り、BDF1でもキメラを作っていて、その後に胎盤が光り、更にTCR再構成確認のために2Nキメラを作ってやっていて、3誌リジェクト近辺で129でもできるかってことはないでしょということになる。この近辺でやるなら細胞追跡だから129/Sv carrying Rosa26-gfpなんていう言葉が論文に書き込まれたりするんでしようがということになる。

つまりそもそも話そのものが本当かということですよね。実験ノートにどう書いてあるかということも確認できないでは論じようがないということです。論理構成して行くための言葉の一つ一つに定義が与えられていないということです。

学さんへ

一言居士
そもそもAC129の実験が何であったのかは桂報告書の以下の記載の他に何の説明も示されていません。9P。
>>
STAP 幹細胞株樹立に遺伝的背景が及ぼす影響を調べる実験が、若山氏により2012年夏から秋にかけて行われ、2012年9月4日にSTAP幹細胞AC129-1およびAC129-2が樹立された。若山氏が交配した129/Sv-CAG-GFP マウス(CAG-GFP遺伝子が第18染色体に挿入されたホモ接合体)由来の脾臓CD45陽性細胞を材料とし、小保方氏がSTAP細胞を作製し、それを用いて若山氏がSTAP幹細胞としてAC129を樹立した。この細胞ストックはCDB若山研が山梨大へ移転する際に山梨大へ運ばれ、また一部は小保方研へ分与され、 それぞれフリーザーに保管されていた。このうち、小保方研フリーザーに保管されてい た STAP幹細胞AC129-1 について、SNPsマーカーのTaqMan PCR 法による解析を行い、さらに NGS により全ゲノム DNA 配列を解析した。

ここで分かるのは、

①目的が129でも幹細胞ができるかという確認。
②2012年夏から秋にかけて(細胞培養開始2012/8/13とリストにある)行われ、樹立が2012/9/4だということ。21日間なので7継代も確認したということになる。
③AC129-1,2の二株だけが樹立された。
④使われたマウスは「僕のマウス」の片親の129で当然18番染色体にホモでCAG-GFPが入っている。
⑤小保方さんが129の白マウスの赤ちゃんマウスを受け取って酸浴細胞を作った。
⑥若山さんがそれを小保方さんにはできないプロトコルに従ってES培地で幹細胞化させた。
⑦これは2013年3月の引っ越し時に分株して理研と山梨に分けた。
⑧理研にあったAC129-1を全解析してみた。

と、こういうことで、誰に何を確認したのかの説明もなく、実験ノートに書かれているのならその写しも何も提示されていない。まして、理研に残されていたボックスに関して(リスト外)と書かれていたことに関する説明もその記載の存在すら隠しているくらいなのだから当然行っていない。




学さんへ

一言居士
和モガさんのSNSs解析しているところは松崎の行った解析とは別次元の話で、その背景マウスのマウスコンタミによる配偶子を介したSNPs分布の違いの話です。
ジャクソン研究所でのマウスコンタミの影響はバ感想が指摘している通りです。そもそも若山研の129X1にはジャクソン研究所でのマウスコンタミ影響があったもので、それは以下の最下段二列の「僕のマウス」の親のSNPs解析で分かります。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/a/f/afad08bf.png

下から2段目の「僕のマウス」の片親たる129X1にあるピンクの痕跡がジャクソン研究所でのB6の飛び込みによるマウスコンタミ影響です。
AC129-1、「僕のマウス」ES-6、チップシックコントロールのピンクパターンが共通していることが分かる。6番染色体だけでなく17、18、19、X染色体に大量のコンタミ痕があるので一目瞭然ですね。
それに対してntESG1,G2の129はterですから、ピンクパターンはほとんどない。これはもともとが岡部研究室の129マウスで作られているものですよね。

まず、和モガさんの指摘している6番染色体のピンクパターンの違いは若山研内での配偶子の乗り換えによって細かい違いが出ているのだということは桂報告書の説明しているところです。9P。
>>
4)他の細胞株における遺伝的不均一性
この遺伝的不均一性は、129CAG-GFPマウスに由来する他の細胞株にも反映していた。 若山氏により129B6F1CAG-GFPマウスの独立した胚より複数の受精卵ES細胞株が樹立されているが(129B6 F1ES1~6、2012年5月作製)、いずれも第6染色体中程にB6ホモ領域を有していた。しかし、このB6ホモ領域と129/B6ヘテロ領域の境界は129B6 F1ES1 ~6の間で異なっていた。このばらつきは、129CAG-GFPマウスの配偶子が形成される際、減数分裂の過程で、B6と129の染色体の組換えによって生じた可能性が高いと考えられる。ただし、細胞株樹立時の体細胞分裂における染色体組換えがこの多様性に寄与した可能性もある。

この時点で桂報告書はバ感想の指摘したジャクソン研究所のマウスコンタミに関して触れていないが、マウスの専門家もいますから、知らないこともないはずなので説明が煩雑になるから触れなかったものかも知れない。「細胞株樹立時の体細胞分裂」というのは培養中の突然変異を言ってますが、シャーレの中の細胞が全部そろうということもありませんから、これはほとんど配偶子形成時の違いです。



学さんへ

一言居士
>>129B6F1 ES1は全ゲノム解析していないから、SNP解析はできていません。

そうです。その代わりに松崎が129B6F1 ES6の全ゲノム解析結果をつけているわけですから、私は金は掛かっても129B6F1 ES1も全解析してたらよかったでしょと指摘しているわけです。

しかし、それはそれとして、AC129=129B6F1 ES1は松崎の遺伝子欠失重複の解析で堅い証明だと判断しています。
これは取りようによっては若山さん犯人を示唆しているような証明です。若山擁護の松崎はこのラインまで分かったという結果には困ったのではないかと思っていますが、キメラや幹細胞が出来たのはESだったからという証明はしなければなりませんから、129B6F1 ES1の入手先を黙っていることで誤魔化そうとしたんですね。この誤魔化しは木星さんやパートナー氏の理研内部資料である保全リストや事後MTAリストの公開請求によって明らかにされました。彼らの努力が無かったら桂の虚偽は世に表れることがなかったでしょうね。

桂報告書の虚偽証明は彼らの功績に依るところ大でした。彼らの事実提示無しには何事も起こり得なかったことですね。

無論、桂が報告書の虚偽をなぜ構えたかに関しては、科学的な問題とは関係が無く、これは記者会見当初から胡散臭くて、大人の日本人なら誰でも所謂「落としどころ」だなと最初から直感しているわけです。将棋でいう所謂形づくり投了というやつで、「誰も悪くないという形づくり」して終わらせようとしているのだと分かる。これはいろんな科学的な疑問が素人には自分で解消できないという問題とは全く無関係に、最初から皆に分かっているんですね。なぜならば、「日本人だから」ということです。どんな社会組織も日本では日本人が作っているので、同じ構造になっているから、分かることがあるわけで、みなまで言うな、言わせるなということですよね。つまんない話です。

一言居士さん

MX88
>今回のあなたの書き込みは学とみこHNブログに書き込まれた。どうして私のブログではないのかをお答えください。

答えは2つあります。1つは、これが最大の理由ですが、あなたのブログに対してコメントする文字制限数が少なくて、長文のコメント、質問等ができません。
それに、余計なお世話だと言われそうですが、ブログがとても読みにくいです。
返事が遅れていたのは、ここ数年、ゴルフ仲間とLPGAのとある日本人女子選手の応援のためにツアー転戦の追っかけをしていて、やっと来週からアメリカ2連戦応援観戦の為の渡米準備が整ったところです。学氏やあなたのブログを覗くのが途切れ途切れで読ませて頂いていて、疑問や質問等を一気に書けない私の環境をお察しください。

そんな中でもこのSTAP問題については関心を持ち続けているので、疑問に思ったことが未だに解消されずに今に至っています。もう一つは、あなたのことは、前から知っていますし、今の立ち位置も把握しています。ただ、老婆心と言えば失礼かも知れませんが、今のブログに孤軍奮闘されているような感慨を持っていますので、学氏のブログから私が質問することによってコメントされるのではないかと期待して質問しました。ご回答ありがとうございます。

以前、あなたのブログで幾つか質問させて頂きましたが、昔の事件を考える時は、私は時系列で纏めたものがある訳でもなく、記憶を辿る作業に時間がかかり、文字数制限のために個別に質問することに煩わしさを感じ、結果、単純な事を聞いていることに不快感を感じられたら、あいすみません。ただ、数年前に医学生物学関係する業界から退きましたが、FACSや電気泳動のゲル切り出し、プライマー設計等やったことがあるのでズブの素人ではありません。
私はROSA26マウスが理研CDBに導入記録が無いと報告書に書かれていて、嘘つくな。デタラメを書くなと根拠を示しただけです。文脈を推敲することなく、取り急ぎ返信しました。

そうです。渋野日向子さんです。(笑)



Re: 学とみこさん、Ts.Markerさん、MX88さんへ②

学とみ子
一言居士さん、

大事なことは、和モガさんも言っていますが、STAP細胞は、毎回、できが違うという問題がありますね。
整然とした”メチル化はずし”は、各細胞の能力に依存する感じですね。


結局、キメラができたということで、STAP細胞の能力への期待が、一気に高まってしまいました。
酸浴が自律的に、整然と初期化を進めるだろうと期待されてしまいましたね。

ES並みになれないと、キメラ貢献はできませんから、STAP細胞はES並みになったとされたのでしょう。
細胞が本来内在する脱メチル化能が、すみやかに進行していくはずと想定されたのでしょう。

小保方氏の能力の及ばない技術において、小保方氏は責任をとらされたのですね。

Re: 学とみこさん、Ts.Markerさん、MX88さんへ

学とみ子
一言居士さん、

129B6F1ES1に関しては、わからないことが多いですね。

和モガ氏(http://wamoga.blog.fc2.com/blog-date-201602.html)にもありますが、幹細胞AC129-1、129B6F1ES6,STAPlysateが、皆SNPが違うと言っています。
129B6F1 ES1は全ゲノム解析していないから、SNP解析はできていません。


PCR法では、幹細胞AC129-1(小保方研)と129B6F1ES1は一致していますが、129B6F1ES1と129B6F1ES6では違っています。
その違っている129B6F1ES6の方をNGS解析を解析しているのだから、幹細胞AC129-1と同一ESがあるかはわからないままになっているということですね。
6番染色体のSNP状態が、幹細胞AC129-1と129B6F1ES1の間でどうなのか?は、もうわからないままですね。

一方で、STAP細胞は、いろいろな重複、欠損パターンが混じっているはずなのに、129B6F1ES1とほぼ同一細胞由来と、桂報告書16頁にあります。
”ほぼ同一”との表現は、NGS解析の結果ではないからですね。

一方、桂報告書6ページの、全部、NGS解析をやったFLS3、CTS1、129/GFP ESの場合は、”ほぼ”が抜けて、同一の細胞由来とあります。


ここで、精度が違うということは大事でしょうね、


学とみこさん、Ts.Markerさん、MX88さんへ

一言居士
ということなんです。興味は尽きませんが、和モガさんやOoboeさんのパートナー氏が理研に調査のやり直しを要請しましたが理研から正式に「やり直しはしない」という回答が来ていますので、誰も訴訟しない以上、国内法的にはこれで終わっている問題です。国際的にはヴァカンティ氏の特許がナイフ切り分けでキメラが出来たという形で認可されているということです。一応特許権は20年で消滅しますね。

無論、自分で更にあれこれ調べてもう少し深堀り出来るかなというのは個人の趣味ですね。桂報告書が虚偽報告書であるのは既に明確です。

では。

一言居士
これで、

AC129-1=「僕のマウス」ES1(or「僕のマウス」ES6)=STAP ChIP lysate=⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)

だという主張が構成されているのです。

GFPに関しては、

(1) AC129は129/B6で18番染色体にホモで入っている。

(2) 「僕のマウス」ES1(or「僕のマウス」ES6)も129/B6で18番染色体にホモで入っている。

(3) STAP ChIP lysateは129/B6でGFPがどこに入っているのか、ホモかヘテかも明らかにされていない。

(4) ⑫SRR1171584 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/SvはB6/129と登録されているが、実際には桂報告書には129/B6でGFPはCAGだとのみ記されていて、どの染色体にあるのか、ホモかヘテロかも記されていない。

(1)=(2)の証明は確実な証明です。(3)は(1)=(2)とマウス背景は同じ129/B6で、SNPsパターンは似ているが、GFP位置の確認がなされていない。また、本当にこんなものが存在していたのかということに関して、伊藤の証言があるだけで、客観的な証拠書類は提出されていない。

更に、(4)の登録されているマウス背景と中身が雌雄逆になっていて、小保方さんは2013/11/5に理研にこれを提出していて、理研はNCBIに2014/2/13に提出しているが、この時に、「小保方さんは登録しなければならないということを知らなかったので記者会見後に人に言われて慌ててて出したのだ」という嘘の噂をネットに流した奴がいて恐らく大日向であろうが、ここで内部の工作者が何か手を加えた可能性があるんですね。
また、このGFPに関しては報告書15Pに以下のように書かれている。
>>
・・・ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+ 細胞は Oct4-GFP が 挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテ ロ系統由来であることが強く示唆された。・・・


ここの「CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテ ロ系統」という書き方が曖昧で へテ ロ系統というのがF1だと言っているのか、GFPがヘテロに入っているのかが分からないように書いて居る。GFPがヘテロに入っていたのなら無論(3)(4)は(1)=(2)とは違うものだいうことになる。しかし、「CD45+ 細胞は Oct4-GFP が 挿入された B6 ホモ系統」というのはB6でF1ではないという意味にもなるし、近交系マウスですからGFPもホモ決まっていますから曖昧な書き方です。
ですから要するに分からないように書いて居るわけです。inputには全DNAがありますから「強く示唆された」なんて言うことは無くて、どちらかに断定できる筈のものです。なにしろ登録データはデータですから変質しませんし、ライサーテという生試料もあると言っているわけです。生試料をSNPs解析出来ているということは全解析するとGFPがヘテロなら人工遺伝子の入っている並びと入っていない並びが有りますから区別できる。全解析はやらないままに「強く示唆された」なんて言ってるわけです。

一言居士
どうしてES6なのか、どうしてAC129-1,2とFLS-T1,T2と同一であると証明された筈のES1でないのかということは、最初にES-6を怪しいとして全解析していたので予算の都合だとも考えられるが、そうでない可能性は保留しておかなければなりません。

また、STAP ChIP-seq controlというのは桂報告書(スライド)のSTAP ChIP lysateの事でライセートというのは溶液の事です。STAP細胞をチップシックに供する前にホルマリン液につけてDNAとそれに付着しているヒストン蛋白質を結合架橋させたもので、この後にこれを小さく切断して免疫沈降させるわけですが、何とこの原液が残されていたと伊藤は記者会見で説明しましたよね。その証拠は示していませんが、はっきりとあったと言ったのです。2年近く前の生データなのですから当然凍結されていたということです。

そしてまた、これは当然、NCBIに登録されている以下の⑫のinputの原液だと主張しているのです。
>>
⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)

学とみこさん、Ts.Markerさん、MX88さんへ

一言居士
カップの縁に当てて入れる人は渋野日向子プロで、Mx88さんは追っかけで海外にまで応援に行ってる人ですね。

AC129の問題についてもう少し検討しておきましょう。

まず、桂報告書のスライド説明です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/3/f317e351.png

AC129は「僕のマウス」ES1だと言ってますね。これは見事な解析ですが、ES1を持っていたのは若山さんだけでしたね。松崎は理研には無かったから若山さん経由の細胞を解析したのです。まず疑われるべきは若山さんですね。
そして次にそれらはSTAP ChIP lysateともSNPパーターンが似ているとした。ここにあるのは6番染色体です。

松崎はBCA報告書に全染色体のSNPパータン解析をつけている。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/a/f/afad08bf.png

AC129-1と「僕のマウス」ES-6とSTAP ChIP-seq controlが比較されている。




学とみ子さんへ

一言居士
>>
論文にあるので、129 carrying ROSA26 GFPマウスの実験をしたのだと思います。
後になって、関係者が無いと主張しているマウスですね。
Oct-GFPのFI細胞もそうですよね。
画像の取り違えも、全部、小保方氏に責任になっています。
小保方氏はいろいろな疑惑の責任をとらされましたが、彼女の関与は明らかにされていません。

おっしゃる通りですが、ただ、論文には129 carrying ROSA26 GFPとのみ書かれていて、何かとのF1であるとは書かれていない。また、Epi-SCは129/Svですから、ここにいろんな実験が重なっていて、小保方さんの思い違いもありそうですし、何よりも、登録データは小保方さんが理研に提出していたもので、実際のNCBIへの提出は論文公表後で、ここで一度書き直されている疑いもあるということです。

以上です。

Ts.Markerさんへ

一言居士
ChIP-seqは8月頃に提出されていて、所謂AC129の当たりなんですよね。小保方さんはC57BL/6x129/Sv と書いて理研に提出していた。検査の結果はCAG-GFPだった。仰る通りAcr-CAGではなかったわけです。これは正に129 carrying ROSA26 GFP マウスでもあり得るわけです。クレマウスがB6ならB6/129マウスになりますよね。毛色では分かりません。

一方でAC129は松崎の解析で「僕のマウス」ES-1だと突き止められていて、これは山梨の若山さんしか持っていなかった。「僕のマウス」はCAG(ホモ)です。
AC129は理研の保全リストの妙な場所に入っていた。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/4/e4aec31e.png
(クリックしたら図が表示されます。)

リスト以外とはどういう意味か。保全命令の後のリスト作成後に挿入されたとしたら、フライデーの石川の主張を思い出しますね。事後MTAのどさくさに紛れて内部の仲間が小保方さんが何かしているから称して鍵を付け替えたと言ってましたが、その時に滑り込ませたものではありませんかね。

以上です。




Ts.Markerさんへ

一言居士
先の書き込みにもお返事差し上げておきましょう。自分のブログで検討していますからくだくだしくはここでは述べません。
*********
>>
「STAP細胞 見えてきた実態」

 ...若山氏の実験ノートに記されていた実験計画。

ChIP-seqのSTAPはAcr入りが何故か使えなかった。
2023/09/11 URL 編集

**********
データだけ示しておきましょう。

⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書 AC129実験?)






Ts.Markerさんへ

一言居士
>>
129 carrying ROSA26 GFPマウス
そのESがあれば "子ネズミ"いつでも。

ご意図はよく分かりませんが、

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/6/5/659a66aa.png
(クリックしたら図が表示されます。)

この図のトランスジェニックマウスの交配の部分で左のアルブミンクレマウスは所謂旧来のトランスジェニックマウスで、これは作るのはそんなに時間はかからない。受精卵に打ち込んで発生させるだけです。でも右のローザロックスPマウスは広い意味ではトランスジェニックマウスですが、所謂ノックインマウスですから、入ったかどうかの確認に3か月から半年かかるわけですね。ですから、このES細胞があれば作製は早いわけですし、その下の交配種であるROSA-Loxp-H2BEGFP TgマウスもES細胞保存は出来ますよね。

そういう御意図で仰ってるんですかね?

MX88さんへ

一言居士
そういうわけですから、

「…なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。」

をどう解するかを私は今検討しているのです。

あなたはご自分の間違いを全部訂正された後にこれをどう解釈されますか?

今のところ私は取り敢えずレトリックによるごまかしだなとみていますけどね。というのも理研CDBの動物資源開発室にある似たようなマウスの名前が<129/Sv carrying Rosa26-gfp> という名前でなければ無かったと言えますからね。それに丹羽さんが使った時にはあったわけです。丹羽さんがこれを一から作ろうとすると半年かかります。予定を記者会見で発表した時には必要なマウスはあったのです。

以上ですが、こんなところでいいですか? 私の質問にも答えて置いてくださいね。

一言居士
<2011年12月12日「ライブイメージングに適した新たな蛍光マウスを開発」>に関しては既に当時私が指摘しています。これは丹羽さんが検証実験で使ったマウスではなく、もっと進んで三色に色の区別ができるマウスです。そもそもクレロックスシステムマウスというのはもっと以前に作製されているもので、2011年2月の睦論文でも筋肉細胞のリプログラミング過程を追跡するのに使われていますし、今私が検討している、Friedrich and Sorianoの論文は1991/7/1のアクセプト論文です。しかもこれにも先駆者があります。ですから何も珍しいマウスではありません。当然似たようなマウスは相澤さんのCDBの動物資源開発室に以前からあるに決まっています。緑もできないのにピンクと黄色なんてできないでしょ。「既に汎用されているCre-loxPシステムを発現制御系に用いている」と書かれている通りです。

MX88さんへ

一言居士
>>ニ報のマテメソに129/Sv carrying Rosa 26-gfpという特殊なマウスの記載が出来るのは、小保方氏に論文作成を指導した笹井氏辺りしかない

笹井さんは若山研で行われた実験に関して小保方さんが報告した事しか書いて居ません。AC129の培養開始日は若山さんの事後MTA細胞リストや桂報告書の細胞リストによれば、2012/8/13です。笹井さんは当時この実験に関して何も知りません。論文の論理を通してやって英文の添削をしているだけですから、自分が知りもしない129/Sv carrying Rosa 26-gfpという言葉を入れる動機もないですね。

笹井さんが殊更に(2 of 2)が129/Sv carrying Rosa 26-gfpであったとしたかったのだとあなたが「思う」理由を述べていただけますか?

MX88さんへ

一言居士
因みに論文に書かれたローザGFPの2株がAC129であるとは当然誰も確言はしていないが、論文には全てキメラ確認されていると書かれているところ、若山さんはAC129のキメラは作ってないと言っているんです。小保方さんはこれがAC129であるとは書いて居ませんね。ですから、若山さんの言葉は(2/2)がAC129ならキメラは作ってないと言ってることになるわけで、そもそも129/Sv carrying Rosa26-gfpなんて知らないと言っているのです。

ローザGFPというのは普通はCAG-GFPが連結されているのですが、それをローザGFPというのは挿入箇所がローザローカスだからです。
若山研のマウスはトランスジェニックマウスと言って、トランスポゾン配列の中に人工構造遺伝子を組み込んだヴィルスベクターをトランスキナーゼのmRNAとともに核の中に打ち込むと、ランダムな場所に入ります。
対してローザGFPはローザ部位という特定の箇所に人工遺伝子を打ち込む手法で、ノックイン技術といいます。相同組み換えという原理を使って確率的に目的箇所に入れるのですが、入ったかどうかを確認する手法としてPGKneobpAなどが利用されているわけです。

MX88さんへ

一言居士
次に、今回のあなたの書き込みは学とみこHNブログに書き込まれた。どうして私のブログではないのかをお答えください。

その上で、今回のあなたの書き込みの間違いを指摘しておきます。
>>
これがデタラメだと言っているんです。

もし、あなたがMx88さんであるなら、私も自分の疑問だと既に答えていますよね。謎だから今自分のブログで考察しています。私の今の考察経過はお読みになってませんか? ローザ・クレロックスシステムの仕組みの理解から、更に人工構造遺伝子内のPGKneobpAの仕組みまで理解できているところで、更にLoxpを使う以前のローザローカスのイントロン部位に挿入する手法の理解に進もうとしているところです。

>>
丹羽氏がこのマウスを使う理由は、論文に記載されていたマウスで条件を整える必要があるから、検証実験に使うマウスは、論文ニ報に使われた同じマウスでないと検証実験の意味を持たないので使用したと思います。

「思う」のは自由ですが、事実ではない。むしろ間違いです。
既に書いているように細胞追跡を完全にするためです。なぜならローザ・クレロックスシステムで作られたと論文に書かれているのは(2/2)の二株だけです。その他は全部Oct4-GFPもしくは普通のCAG-GFPマウスです。論文に記載されていたマウスで条件を整えるのなら、Oct4-GFPや普通のCAG-GFPマウスでも行わなければならない。
「思う」のは自由ですが、間違いだということを認識されてください。

このどうやらAC129ではないかと思わせられている2株のGFPに関して何故か小保方さんが129/Sv carrying Rosa26-gfpと書いている理由を今私のブログで追及しているわけです。

MX88さんへ

一言居士
私の確認質問に答えてください。

次に、私の知っているMx88さんの質問は以下でした。
>>
少し教えてくれませんか?
① 最初のGOFマウスとは何ですか?それを使う理由を含めて
② 129B6F1マウスを使った経緯
③ テラトーマはどのマウスを使ってますか?
④ 論文の129Carrying Rosa26マウスはいつ使ってますか?

④に対する私の答えは以下でした。
>>
④AC129の実験でこの時に使われたマウスが129Carrying Rosa26であると小保方さんは聞いていたようです。私がまで[だ:タイプミス]解けないでいる未解明問題がこの問題ともう一つXistの問題です。
これでよろしいか。私のブログは長々と繋がっているので読むのは大変でしょうから、もう何度もくりかえし書いてきたことですが、今暇だから、繰り返しました。


MX88さんへ

一言居士
私は最初に「まず先にお尋ねしますがMX88さんはカップの背面に当てて入れる人をご存じですか。」と問うている。私の知っているMx88さんなら即答できますよね。

一言居士さん

MX88
>若山さんはその2年前の2012年夏から秋頃に小保方さんに129 carrying ROSA26 GFPを渡してSTAP細胞をつくらせたようですが、若山さんはそんなマウスは知らないと言ってますし、桂調査チームも当時そんなマウスの使用記録はないと言っている。

桂報告書10Pの調査報告の問題箇所
「…なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。」

これがデタラメだと言っているんです。丹羽氏がこのマウスを使う理由は、論文に記載されていたマウスで条件を整える必要があるから、検証実験に使うマウスは、論文ニ報に使われた同じマウスでないと検証実験の意味を持たないので使用したと思います。しかし、調査報告書で理研CDBに導入された記録や飼育記録がないと結論づけるとなると矛盾していると指摘しているんです。
そこで、このマウスが本当に当時理研に存在しないマウスなのか?を調べてみると、実はありました。そもそも、論文ニ報のマテメソに129/Sv carrying Rosa 26-gfpという特殊なマウスの記載が出来るのは、小保方氏に論文作成を指導した笹井氏辺りしかないことから、当時のCDBの実験環境を熟知して記載させたということになります。以下は当時のCDBの実験環境を証明するものです。

独立行政法人 理化学研究所 神戸研究所 発生・再生科学総合研究センター
2011年12月12日

「ライブイメージングに適した新たな蛍光マウスを開発」

発生過程において組織や器官が形成されていく仕組みを知るためには、個々の細胞の振る舞いを調べる必要がある。蛍光ライブイメージングは、生きたままの胚において特定の細胞や細胞内の構造を可視化し、その動きを追跡することができる技術である。マウスにおいても蛍光ライブイメージングが可能だが、多くの場合、蛍光遺伝子を染色体にランダムに導入しているため、発現部位を厳密に制御できない、発現量にバラツキがある、複数の構造を同時に標識できないなどの問題を抱えていた。
理研CDBの動物資源開発室(相澤慎一室長)は、核や細胞膜など7種類の細胞内小器官を条件特異的に蛍光標識できる12系統のマウスを開発した。ライブイメージングに適した十分な蛍光シグナルが得られ、また、二重標識も可能であることが確認された。既に汎用されているCre-loxPシステムを発現制御系に用いているため、容易に発現部位を限定できる。この研究成果はGENESIS 誌の7月号に掲載され、同室はこれらのマウスの配布を開始している。

これまでの手法が抱える問題を解決するために、彼らは染色体上のROSA26遺伝子座に着目した。この領域に導入された遺伝子はほぼ全ての組織で発現することが知られ、しかも、ホモに変異を導入しても異常を生じない。そこで、ROSA26領域へ蛍光遺伝子を導入し、それをCre-loxPシステムで組織特異的に発現させれば、ライブイメージングに適した汎用性の高いレポーターマウスを作成できると考えた。

掲載された論文 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/dvg.20758/abstract;jsessionid=
969DFCF952E1817F42D4A0959C79C5B0.d02t04
Copyright (C) CENTER FOR DEVELOPMENTAL BIOLOGY All rights reserved.

少なくとも、2011年6月頃以前にはCDB内の研究室で必要な研究室に配布されていたのです。笹井氏は、それを知っているからSTAP論文のマテメソに反映させていた。2011年の早くても6月頃には相澤氏らがこのマウスを理研CDB内に配布していることを発表論文で明示しているのに、導入記録や飼育記録がないと報告書に書く杜撰さ。これで桂報告書を信用しろとは無理ですよ。



Zscan4
129 carrying ROSA26 GFPマウス

そのESがあれば "子ネズミ"いつでも。

一言居士さん、MX88さん、コメントありがとうございます。

学とみ子
一言居士さん
>若山さんはその2年前の2012年夏から秋頃に小保方さんに129 carrying ROSA26 GFPを渡してSTAP細胞をつくらせたようですが、若山さんはそんなマウスは知らないと言ってますし、桂調査チームも当時そんなマウスの使用記録はないと言っている。でも、どうして言われもしないマウス名を小保方さんが書いていて、事件化後まで責任著者である若山さんが何も言わなかったのかということを考えればここに何かあるというのは誰でも気づくことです。それは今私が自分のブログで検討していることです。


論文にあるので、129 carrying ROSA26 GFPマウスの実験をしたのだと思います。
後になって、関係者が無いと主張しているマウスですね。
Oct-GFPのFI細胞もそうですよね。
画像の取り違えも、全部、小保方氏に責任になっています。

小保方氏はいろいろな疑惑の責任をとらされましたが、彼女の関与は明らかにされていません。



129 carrying ROSA26 GFPをつかって、TCRマーカー以外にキメラ寄与が見える実験を、丹羽氏が計画していたと発表されてましたね。

Albumin‐CreのTgマウスと、Rosa‐loxP‐STOP‐loxP‐GFP Tgマウスのかけ合わせマウスにおいて、アルブミン産生時にGFP遺伝子を光らせる肝細胞標識化によって、STAP細胞のキメラ寄与を見る実験が考えられていたんですよね。


MX88さんへ

一言居士
そういう経緯で結局幹細胞とキメラの再現検証実験は事件化後に行われることになって、どうせ行うなら厳密にやろうとして、丹羽さんはTCR再構成確認手法を廃して、もっと厳密な手法として、ローザクレマウス手法を採用しようとしたのですが、小保方さんの酸浴細胞、及び丹羽さんの酸浴細胞から、論文のプロトコル通りには、幹細胞も、キメラもできなかったので、確認の仕様がなかったのです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/6/5/659a66aa.png


これは、あなたのおっしゃる129 carrying ROSA26 GFP マウスの問題とは別ですね。129 carrying ROSA26 GFP マウスというのは二報論文に書かれている実験ですから、若山さんの幹細胞化実験です。丹羽さんは2014年7月以降の再現検証実験でこのマウスを使おうとした。若山さんはその2年前の2012年夏から秋頃に小保方さんに129 carrying ROSA26 GFPを渡してSTAP細胞をつくらせたようですが、若山さんはそんなマウスは知らないと言ってますし、桂調査チームも当時そんなマウスの使用記録はないと言っている。でも、どうして言われもしないマウス名を小保方さんが書いていて、事件化後まで責任著者である若山さんが何も言わなかったのかということを考えればここに何かあるというのは誰でも気づくことです。それは今私が自分のブログで検討していることです。

こんな説明でいいでしょうか。以上です。





MX88

一言居士
対してヴァカンティ氏が米国で仮出願していた特許の期限は2013/4/24でしたが、笹井さんの交渉を経て、ハーヴァード、理研、東京女子医大の三者共同出願となりました。出願日は無論連続していなければなりませんから、2013/4/24で本出願国際特許です。公開日が2013/10/31です。以下はし自己点検委員会報告。ただし、交渉は最初から西川さんと笹井さんが間に入っています。そうでないと何の利益もなく理研はこんな外国に対する手伝いは出来ませんからね。
>>
⑨2013年4月24日、米国特許庁に国際出願した。この出願書類には、上記⑤の投稿論文からのデータが追加された。本特許は、笹井GDを発明者に加えて、2013年10月31日に公開された(特許書類 WO 2013/163296)。なお、当初は、ハーバー ド大学が中心になって 2012年4月24日に仮出願していた特許とは別に、上記⑤ のデータを基にCDB を中心とする特許出願も考慮されていたが、ハーバード大学と理研の知財担当者とが交渉し、一つの特許として米国特許庁に国際出願した。

因みに小保方さんの採用は竹市所長、西川副所長、相澤副所長の時代に採用試験が行われていて、笹井さんが単独の副所長になったのは2013/4/1からです。それまでは笹井さんは予算担当の一GDですね。本庶氏は確か笹井さんが亡くなった後にノーベル賞を受賞していましたかね。

MX88さんへ

一言居士
そういう経緯で論文が書かれ、3月10日に小保方さんは笹井さんの見てくれた二報論文をネイチャー誌に再投稿したわけです。そして4月4日にネイチャー誌からリヴァイズ通知が来たのです。
その後9カ月間三人はリヴァイズ実験をいろいろと行ったのですが、その中に幹細胞再作成と4Nキメラ再作成して後のTCR再構成確認実験を行ったかと言うと、査読要請が多くて多忙すぎたということと、肝心の若山さんが作ってくれないからできなかったという両方の理由で、行ってないのです。これを行っていたら論文発表は無かったでしょうが、若山さんは言を左右にして皆の見ている前で幹細胞の再作成とキメラ再作成はやらなかったでしょうから、この件はこのまま、事件化後の再現検証実験に持ち込まれたのです。そこでも若山さんは幹細胞化実験とキメラ実験に参加しなかったことは相澤さんの記者会見で明らかにされている。

MX88さんへ

一言居士
そこで丹羽さんは今はヴァカンティ氏の特許仮出願有効期限も迫っていて時間が無いから、この実験は論文原稿作成後にもう一度ちゃんとやり直して確認すればいいと笹井さんにアドヴァイスしたわけです。そしてそのときに同時に最初はつけられていたキメラマウス尾部のTCR再構成ゲル写真も外させたのです。
というのも幹細胞と同様に2Nキメラの実験も、TCR再構成があれば証明終わりなのですが、無かったときにはいろいろな原因が考えられるわけです。そもそも2Nキメラの尾部を検査したのですが、理屈からしてキメラマウス尾部にドナー細胞が行っていればTCR再構成はあり得るのですが、行ってなかったらそれはリシピエントのインナーセルマスが尾部になったのかもしれませんから、ES細胞だったのだという証明にもなってないわけです。
一方実際にはGel2を見るとキメラにラダーがあるわけです。しかしそれならドナー細胞が尾部になったのだと言い切れるかというと、実は2Nキメラのリシピエントが血液細胞になっていたら、尾部にもそのリンパ球が浸透していることになるのです。すると尾部をPCRしたときに血液を完全除去できているかという技術的な問題もあるのです。
丹羽さんは幹細胞のTCR再構成がないということも相まって、キメラのTCR再構成検査結果のゲル写真も外させたのです。
尾部にリシピエントのリンパ球があることを心配する点では、4Nキメラで行っていればその問題点だけは解消されるでしょうが、TCR再構成が無かったときに、だからES細胞であると言えないところが、西川さんのアドヴァイスの不完全なところだったわけです。
でも、当時細胞は見事に沢山光ってるし、若山さんも使えるESなんて当時自分の周りには無かったと言ってるし、キメラは事実できているわけですから、これならTCR再構成はあるだろうと予測したわけです。つまりやれば大抵大丈夫だと考えただけで、もっと深くあらゆる可能性を考えているわけではないのです。

そして事実あったわけです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/f/ef461c37.png

MX88さんへ

一言居士
戻りました。続きです。

三誌リジェクト後に若山さんが幹細胞化の実験も合わせてネイチャーに再提出しようという打ち合わせになっていたものを、途中経緯があって、理研がその仕事を引き受けることになった。そのときに幹細胞のTCR再構成証明写真も必要になった。
8月から翌年の初頭までの何時の時期に行ったかは知らないが、小保方さんが自分でやってみたらTCR再構成バンドが無かったと笹井さんと丹羽さんに報告した。多分9月か10月でそれ以降は渡米してヒト細胞の実験をしていましたからそんな暇はない。
理研が引き受けて後ならそれは笹井さんと丹羽さんの確認指示によるものでしょうが、『あの日』の書きぶりですとやはりまだ若山研に居る時の話のようです。いずれにせよ、実物は有りますから検査は何度でもやり直せますので、無かったことは間違いない。
あったと聞いていたものが無かったのならこれは培養バイアスで消えたと考えるしかないわけです。しかし、原因はそもそも最初から無かった可能性も残されているわけです。白血球からのFACS選別ですから選別は完全ではない。何が幹細胞になったのかは厳密には証明されていない。

MX88さんへ

一言居士
ちと病院へ。後ほどまた書き込みましょう。

MX88さんへ

一言居士
でも、私でも知ってますからお答えしますと、小保方さんはリンパ球を酸浴させてOct4-GFPのよく光っているクラスターを若山さんに渡してキメラを作ってもらいました。細胞塊をトリプシンでバラして一個ずつ胚盤胞内に入れるとうまくできなかったので、ナイフで小片に切り分けて塊のまま入れたらキメラが出来たとされていて、論文にそう書いてネイチャー誌に提出したらES細胞のコンタミでしょと歯牙にもかけられずにリジェクトされた。
そこで、若山さんのメンターであった西川副所長のところに行って一緒に相談したらTCR再構成証明を付けなさいとアドヴァイズされた。リンパ球を使っているのだからその中にはT細胞も何割かは含まれている。それがキメラ胚に入れば、そのキメラマウスの細胞にはT細胞受容体再構成細胞が含まれているでしょうから、マウスの尻尾を切って細胞を集めてPCRに掛けてみればTCR再構成バンドののラダーが見えるでしょということです。そうすればES細胞ではないことが証明されるという論理です。
そしてCD45陽性/CD90陽性細胞、つまりほとんどT細胞ばかりの細胞をFACSで集めて酸浴前と酸浴後のバンドを見たら当たり前ですがどちらもラダーが見られた。そしてそれを若山さんに渡して2Nキメラ胚に入れてキメラマウスを作ってもらってその尻尾を切ってPCRに掛けたらやはりラダーがあったので、今度はセル誌に出したが、リジェクトされ、更にサイエンスに出したが又リジェクトされた。
2Nキメラの証明はGel1とGel2という内部資料にもありますし、三者共同出願の特許図にも当初掲載されていました。

ここまではご存じなんでしょ?


MX88さんへ

一言居士
まず先にお尋ねしますがMX88さんはカップの背面に当てて入れる人をご存じですか。

ご質問の答えはこの界隈のお方たちは誰でも知ってるので私でなくても、例えばTCR再構成に関して一番詳しいブログ主にお聞きになればよろしかったですね。

一言居士さん

MX88
検証実験で丹羽氏が129 carrying ROSA26 GFP マウスを使った理由を説明してくれませんか?
非公開コメント