本庶先生の解説を別立て記事としました。
2023/09/19
本庶先生の解説を別立て記事としました。
本庶先生がこの文章を残してくれたのはありがたいですね。
新潮社「新潮 45」July 2014 p28〜p33
質問６
捏造があった場合には、著者の責任はどのように考えますか。
答え６
論文が発表された後、捏造を含む重大な誤りが見つかった場合には著者全員がその仕事の内容に応じて責任を負います。現時点では捏造であるということは誰も認めていません。これに関しては客観的な証拠で検証していく必要があります。筆頭著者だけが責任を負うというのは公正な判断ではありません。まず小保方はこれまであまり多くの論文発表をしていませんので、この論文の作成と実験、プロジェクトの企画にも係わっていた上司の責任は最も重いはずです。ネイチャー論文には誰が何をしたか明示されています。小保方と笹井は同じ役割です。つまり、論文を書き、実験を行い、プロジェクトを企画したと記されています。丹羽はプロジェクト企画を、若山は実験をしたと書いてあります。また、STAP 細胞作製法について 2013 年10 月 31 日に国際特許が申請されております。その時点でこの特許の発明者として名前が挙がっている人は小保方のみならず、理研では若山、笹井、東京女子医大の大和、ハーバード大学のバカンティ兄弟、小島です。この方々はコンセプトや実験に係わったということです。例えば犯罪において実行者と指令者がいた時、実行者のみが責任を負うということはあり得ないので、論文の論理構成を行い、これに基づいて論文を書いた主たる著者には重大な責任があります。
質問８
そもそも科学的に論文の評価をするということは、どのように行われるのでしょうか。
答え８
通常、科学的論文は世界中の研究者に見て評価してもらうために雑誌に投稿し出版します。雑誌には色々な種類がありまが、ネイチャーのような商業誌では、研究者が雑誌社の中におりませんので、出版に値するかどうかの評価を外部の研究者に無料奉仕で委託しております。通常２〜３名に頼み、そのコメントは著者に匿名で伝えられます。一方で学会が主体となって出版している雑誌では雑誌の編集委員と外部の評価者との両方の意見によって論文を出版するかどうかが決められます。STAP 細胞論文の評価をした人が誰かは知りませんが、極めて評価の基準が甘かったと言わざるを得ません。しかし論文は雑誌に公表されたら、高い評価が得られたということではありません。実際の評価は公表のあと、多くの研究者に読まれ、論理と実験の検証、追試、あるいは他の事実との整合性など様々な観点で評価が決まります。 私の大雑把な感覚では論文が公表されて１年以内に再現性に問題があるとか、実験は正しいけれども、解釈が違うとか、実験そのものに誤りがあるとか言った理由で誰も読まなくなる論文が半分はあります。2 番目のカテゴリーとしては、数年ぐらいはいろいろ議論がされ、まともに話題になりますが、やがてこの論文が先と同様に様々な観点から問題があり、やはり消えていくものが 30％ぐらいはあるでしょう。論文が出版されてから 20 年以上も生き残る論文というのはいわゆる古典的な論文として多くの人が事実と信じるようになる論文で、まず 20％以下だと考えております。中には最初誰も注目しなかったのに５～１０年と次第に評価が上がる論文もあります。 重要なことは雑誌に公表された論文をそのまま信じてはいけないと言うことです。私は大学院の指導教官であった西塚泰美先生(元神戸大学長)から「すべての論文は嘘だと思って読みなさい」と教えられました。まず、疑ってかかることが科学の出発点です。教科書を書きかえなければ科学の進歩はありません。しばしば秀才が陥る罠ですが論文に書いてあることがすべて正しいと思い一生懸命知識の吸収に励むあまり、真の科学的批判精神を失うという若者が少なくありません。
質問９
今回の STAP 論文不正疑惑に対する理研の対応についてどのように考えますか。
答え９
今回、多くの研究者は理研の対応は大学の対応と非常に違うという感覚を持ちました。基本的に論文発表の活動は研究者それぞれの活動ですから、研究者が責任を負うものです。まず、理研 CDB が事実を解明し公表することです。 全体的な印象でが、理研は科学者より官僚主導の組織として動いているような気がいたします。例えば、CDB に対する 2012 年 5 月の国際外部評価委員会の勧告書（英文）がホームページに掲載されていますが、その日本語版では英文勧告６項目中の以下の３項目が入っていません。（１）山中研と iPS 研究について協調的関係を構築すること（２）次期センター長の決定まで新たな独立研究者を採用しない（３）２名の副センター長体制を維持すること。CDB がこの三項目を守っていれば、小保方氏のユニットリーダー採用もなかったはずですが、恐らく日本語しか見ない人が統括しているのでしょう。大学ではまず日本語版を作らないでしょう。理研はほぼ一つの旧帝大クラスの予算と人員を持っております。理事長がすべての組織の中身まで掌握できるとは到底考えられまん。責任所在の体制をはっきりさせることが必要です。理研の体制的問題点については日経電子版(2014年5月 12‐15 日)に問題分析の詳細解説があります。 一方、大学の対応がすべて良いわけではありません。すでによく知られているように東京大学においては２年前にもっと大規模な類似の問題が発覚しましたが、教授は辞職したものの未だ最終報告もされていません。
ため息さん
＞意味を示さないほうが馬鹿ですな。
上記の記事で何が大事なのか？読解力の無いため息さんにはわからないようです。
専門的技術、知識、経験の習得には長い時間がかかり、小保方氏にそれを要求するのは無理だから、上司の責任が重いと。本庶先生が言っているのです。
小保方氏が短い研究期間で何ができたか？について、一般人、マスコミがわかるはずがないです。
ため息さんは、今、自身が持ち合わせている知識や経験を考えたら、小保方氏がなにもかも実験にかかわっていたとの説明などできないはずですよ。
ため息ブログは、そうしたおごった一般人の集まりであり、彼らの考え方がよくわかりますね。
キットさえあれば、実験は正確にできるはずだとか、再現性が得られなければ実験ではないとか、素人は勝手に想像するのです。
おごった一般人は、自身が理解できていなくても、他人を追及することが平気で、他人侮辱を嬉々としてやっているのです。
ため息さん
＞しかしながら、学とみ子にとって残念なことに、この本庶氏の記事は2014年７月という日付でまだ桂調査委員会の報告が出る前のことで、つまり論文の小保方氏による実験記録がないということが明らかにされる前の状況での記事です。今回問題となっている「２．ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義」に小保方氏だけが実験担当であったかどうかということに言及したものではありません。本庶氏は論文全体について経験の足りない実験実行者（小保方氏）と経験豊富な研究企画者（笹井氏）との責任のあり方について、当時は小保方氏に非難が集中していたことをふまえ、研究の世界で常識的な考えで、後者の責任が重大であるといっているのです。
＞一般人やマスコミにはわからないけれど、シニアの研究者が小保方氏が短い研究期間でできたと判断したから論文が完成したんですよ。学とみ子はどこまでボケればいいのでしょうか？
藪蛇みたいなため息さんのコメントですね。
この記事が、2014年７月というのは大事ですね。
プロが見れば、STAP細胞論文実験のどこが難しいのかがわかりますし、どの位の熟練度が必要なのかもわかります。
有名大学の教授たちが、一斉にESねつ造説を信じたのは、多くの実験を小保方氏が一人で担当したという噂によるものではないですかね？
そして、小保方氏が実験のほとんどエア実験で処理したという内容の噂だったと想像できます。
そうした実験形態でないと、ESねつ造なんて可能でないですからです。
幹細胞、キメラ作製、マウスの選択は若山先生、チップセック実験、RNA解析データは、小保方氏以外の人の手によるものでしょう。共同研究なんですから、何も不思議はないです。
むしろ、全部、小保方氏が一人でやったというなら、それこそ、捏造だろうということになるのです。
ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義は、本実験の全てを小保方氏に負わせようとの印象操作によるものです。
そして、ChIP-seqやRNA-seq実験の実態一切を、ブラックボックスに入れています。
調査委員たちは、これらの実験を誰がどう担当したのか知っています。
そして、小保方氏の責任を問えないと書いています。
しかし、一方で、桂報告書は、リバイス時に小保方氏が自身で作ったRNA-seqサンプルをGRASに持参した際、そのサンプルのDNA構造がおかしい、混合サンプルだったの事実をもって、小保方氏がここでも不正をしたという印象操作をしているのです。
桂調査委員会は、小保方氏が不正をしたという断定はできないと書いているのです。
小保方氏が細胞を入手し保存した時点にすでに、細胞に異変があったのかもしれない可能性があるのです。
ESに入れ替わってしまっていたとか、混入してしまっていたとかです。
小保方氏がすり替え操作したとかの証拠、証言はないし、小保方氏がすり替え操作ができる立場でなかったと、調査委員たちは、判断したのです。
後追い調査では、実際に何があったのかはわかりませんが、調査委員たちは、以下のように裁定しました。
桂報告書の17頁
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
plusさん
plusさん、ハチャメチャデタラメコメントが少しは整理がついたの？
plusさんは、何を間違っているのか、4時間の経過で何かわかりましたか？
いつまでも突っ張る人ですね。
plusさん
＞寄せ集めがどうのというのは、最初からSTAP細胞のChIP-seqのことではないのですなあ。
デタラメなお話を作ってごまかさないようにねえ。
最初から、STAP細胞チップセック実験では、単細胞パターンなのはわかっていることです。
plusさんが同じことを何度も言うことは、わかっていないからです。
チップセック実験の材料確保の際に、小保方氏が寄せ集めたのはSTAP細胞です。
同じ系統内といえど、オスのコロニー、メスのコロニーからそれぞれ持ってくるけど、F1は毎回、減数分裂で遺伝子が混じってしまうけど、plusさんはその整理がついていないみたいね。
SNP解析での5-10%の意味もわかっていなかったのね。
小保方氏が持参した、混合サンプルについて、すこし理解が進んだみたいね。
しかし、この記載はどうしようもなく、デタラメだったのに少しは気づいたのかしら
いづれにしろ、このplusコメントは、はひどかったわね。
＞「ここは5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」「ここは25-50%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」などなどが多く認められる状態になるはずですな。
以下の9月19日 10:00のplusコメントは、朝なのに、独創性が高いから、コピペしておきますね。
一部と言わずに、全部、すごかったです。
plus99%さん
2023年9月19日 10:00
＞plusさんは、どの実験方法から何を得たのかを整理して理解する必要があります。
2-3-1-2に書かれた小保方持ち込みの混合サンプルは、RNA-seqです。
5-10%程度のアレル頻度の意味をしっかり把握してください。
15頁にはチップセックインプットのFIやSTAP幹細胞、STAP細胞の説明があり、2-3-1-1-dとは違う方法ですから、何から何を得たのかを知る必要があります。
学とみ子 2023/09/19
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-2223.html
けけけ。
やっぱり学とみ子は桂報告がなにを述べているのか何一つ理解できていないのですなあ。
桂報告には
「小保方氏がCDBゲノム資源解析ユニット（以下「GRAS」という）に持参し残されていたSTAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」
と書いてあるのですな。
「ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析」するんですよ。理解できますかぁ？
RNA-seqは
「FI幹細胞のRNA -seqデータとNGS解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られたSNPsデータを詳細に解析」
と書いてあるのですなあ。
Chip-seqインプットについての調査では、Chip-seqインプットデータを、全ゲノムに当てはめて再構成して、全ゲノム遺伝子解析に「相当する」データを作ったということですなあ。
全ゲノムのどのくらいをカバーしているのかは知りませんけどね。
RNA-seqに関する調査では、存在する遺伝子データはカバーされている範囲が狭いので、全ゲノム解析のデータと、同じ箇所と言えるところのみを「比較解析した」ということですねえ。
理解できますかぁ？学とみ子さん。
できないのだろうなあ。頭悪すぎるからなあ。学とみ子さんは。
RNA-seqにおいて、調査委員会は「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」ことをもって、2種類の個体の細胞の混合物であると判断しているんですなあ。
B6とCD1の雑種ではなく、B6とCD1それぞれ別個体であるということですね。
これは理解できますかぁ？
STAP細胞のChIP-seqインプットの遺伝子構成は、本来であれば、STAP細胞ディッシュ1枚当たり数匹の子から成りますがこれは一組の両親から得られたわけですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子からなりますなあ。ChIP-seqのためにオボカタ氏は何十皿もSTAP細胞を作ったと述べており、すなわち百組以上の遺伝子が出てきなければいけないわけですねえ。実際にはマウスの繁殖コロニーは兄妹交配をするのでそうはならず、同じ代のコロニー内の子はすべて一組のペアの子ですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子がかなり均等に出てくる状態に近づくと予想できますな。「ここは5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」「ここは25-50%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」などなどが多く認められる状態になるはずですな。
ところが「STAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。」つまり1個体分の、一組の遺伝子しかなかったということなんですなあ。
ここの箇所の闕失がある遺伝子とない遺伝子が半々であるとか、ここのSNPsがある遺伝子とない遺伝子が半々という部分がないということなんですなあ。
それにより、複数個体の脾臓から作ったということが否定されるということなんですよ。
全部一つの個体の細胞に由来するので、よってES細胞であろうという推定がなされるということですなあ。
けけけけ。何から何を得たのかをきちんと中学生にでもわかるように説明してみましたよ。
学とみ子さんのオツムが理解可能かは知りませんけどねえ。
学とみ子は桂報告が理解できている、そしてplus99%の述べていることはおかしいというなら、具体的にどこがおかしいと指摘してみ。
やってみ。
澪標さん 2023年9月19日 17:35
＞「研究不正」の定義
A＜桂委員会適用ルール＞
科学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成２４年９月１３日規程第６１号）・・・
研究不正のルール変更は関係がないのです。
いかにもルール変更と関係があるかのように説明する人がいますが、ルールの変更があろうがあるまいが、調査委員たちは、小保方氏に、ESねつ造不正の追及はできないと判断したのです。
それは、科学的な理由であって、ルールは関係ありません。
桂調査委員たちは、小保方氏の実験への関わり合い方を知っているから、彼女がESねつ造をするのは無理だと判断しているのです。
桂調査委員会は、STAP実験の実態を知っています。
誰が何をできるのか？はわかっています。そして、あちこちに忖度し、自分たちの研究者仲間からこれ以上の犠牲者を出したくないのです。
だから、この事件の全貌は明らかにならないし、小保方氏が動くとか、側近者が告白するとか、将来に期待するしかありません。
ただ、一般人は、陰謀論から離れて、事件の真相を勉強してほしいと思いますね。
桂調査委員も、小保方氏にESねつ造を問えないと判断したし、桂調査委員会に調査結果を提供した理研CDBの研究者たちの結論も、小保方氏がESをつかってSTAP細胞を操作したのは不可能と判断しているのです。
澪標さんがこの考えを受け入れなくてもかまいませんよ。
そちらでデタラメばらまきグループにいて、小保方ESねつ造で進みたいのでしょうから。
それはそれでいいのじゃないでしょうか？
但し、デタラメを武器に相手を攻撃するplus手法には、澪標さんも、批判的であって欲しいと思います。
plus流手法は、独自のデタラメ理解と記述を書きこんだ後に、最後に桂報告書引用して、plusは正しい理解をしているんだと持ってきます。
plusさんは、系統別のSNP理解ができていませんし、両親からのアレル分布の伝わり方と、SNPの伝わり方の違いがわかっていません。
インプットDNAの意味も、チップセック実験の手法も知りません。
plusさんは、攻撃手段として、自らの無知までも利用するやり方をする人です。
無知がばれても怖くないから、何でも言えるのです。
正しい知識を求めているのではなく、plus自身が周りの人から正しい人と見なされば、それでplusさんは満足なのです。
plusさんは、「元広告屋の意見は明快ですなあ。」とまで言う自信家ですから、ため息さんがSTAP実験について何も言えない状態を見て、plusさんは、楽しんでいるんだと思いますよ。
知識（人）をあざ笑っているんです。
もし、ため息さんが、「plusさん、そこは間違っているよ」とか、「そこは、学とみ子が正しいよ」とかいう立場であれば、plusさんの空威張り自信は消えていくと思います。
ESねつ造説を騒いでくれる人がいるなら、どんなデタラメな科学説明をしても、正しいとみなすため息ブログなので、そこに付け込まれているのではないですか？
だから、plusさんも、どんどん増長してしまうのだと思います。
おちょくり、罵倒用語をふんだんに使ったplusコメントを次々に書かせているため息さんが、plusさんに負けていると思いますよ。
澪標さん
2023年9月19日 21:57
それは、個人の見解でしかありません。
ES捏造行為の正当性、現実性について、何ら説得力のあることを、澪標ば書けていません。それで他人を説得するのは無理です。世の中、規則、命令では動きません。
澪標さん
＞当時の規定に従って、「研究不正」とは認定できないと結論したもので、「捏造の有無」について判断したものではありません。
専門家の判断は、科学調査と聞き取り調査によるものです。そこを考慮できない専門家判断なんて意味が無いです。
澪標さんは、なぜ、専門家が、小保方ES捏造を否定しているかが、理解できないと思います。
規則が無いから、ES捏造を追及できないと主張したいなら、小保方ES捏造の事実をもっと追及したら良いと思います。
STAP細胞チップセックとか、混合サンプル問題、マウス尻尾TCRっぽいゲル像とか、いろいろES捏造にからむ疑惑があるんです。
専門家が追及しようと思えば、いくらでもできるんです。でも、実際には、追及がされていない。
その理由は、ES捏造説の印象操作ができなくなり、画策に不利になってしまうからでしょう。だから、ブラックボックスです。
澪標さんは、plusさんと一緒に、小保方不正に科学的に踏み込んで追及したらいかがですか？
＞当該研究の下働きですか？
チップセック実験においてはです。機器の取り扱いについても修行中でしょう。しかし、酸浴実験周りの実験では、世界で一番です。
一つの実験に熟達するには、他の実験手技は、手薄になります。ご自身だって生涯をかけて蓄積してきた知識は限定的なものに過ぎないと自覚されていると思いますが、それと同様です。
ため息さんの日本語読解力低下が目立ちますね。
ため息さんは、「この「藪蛇」の意味はなんでしょね？」なんて言っていますよ。
ため息さん
＞どこを叩くとこんなデタラメが出てくるのでしょうかね？
ため息さんは、デタラメであるとの根拠を示せない自分自身に気付けないから、plusさんに、ブログのクオリティを落とされるような大暴れをされてしまうのです。ケッケケーは、ため息さんにも向けられれるかも…と懸念してください。
こうした上から目線は、意味が無いです。ため息さんも真実ではないか？と懸念するから、潰したいのでしょう。
ため息さん
＞すべて学とみ子のデタラメ・嘘でしょ。いい加減に騙されたことに気づきなさいよ。
ため息さんは、先に進めず、振り出し戻りしかできません。
plusさん
＞オボカタ氏の行った実験には科学的価値がなかった
と調査委はきちんとカタをつけていますなあ。
オボカタ氏の行った実験ではなく、STAP実験には、ES混入の可能性が高いから、科学的価値が無いと調査委員会はいってます。小保方不正は、上からの圧力のかかった２点の画像問題だけです。
plusさんが、デタラメ日本語訳を書いてしまったら、他の事を調べて別なるコメントをしても、plus発のすべてのメッセージが、信用されなくなる事を、plusさんは考えないといけないです。
plusさんは、本当に十分理解してからコメントした方が良いですよ。
ため息さんにもわからない専門知識なのだから、まともな人ならデタラメ書きなどしませんね。
うぬぼればかりのコメントは、誰も読みません。
otakeさん、やぶ蛇です。
＞桂委員長は「手を加えれば作成できる」、分子生物学会の研究者「3次元培養的に細胞塊を形成すれば容易に作れる」等、私と同様の事実認識です。
小保方氏が、いつもそうした作業を熱心にやってたら、目立ちますね。いろいろ証人も出てくるし、周りの人に見られて、途中でポシャンです。ESが、勝手に分化していかないようにES状態を保たないといけませんね。
oTakeさん
＞TCR 遺伝子再構成のある細胞群とTCR 遺伝子再構成のない細胞群の二種類があれば、その組み合わせでいくらでも使用した試料のところからねつ造できます。
ラベルを１個、ずらせば良いのです。
どのような手口であるかの解明は、科学ではなくて証言です。STAP事件って、捏造の証人がいません。
夜遅くの作業とか、一目につかない場所の作業とか、決め手とならないものばかりです。印象操作です。
研究者の将来に影響する言葉ですから、ES捏造の目撃証言するなら、顔出しして、しっかり証言しましょう。マスコミや、石川氏にやらせないで、目撃した人が責任持って証言しましょう。
今時、LIFを知らない人はいない。普通の培地によるものでなく、特殊な形態になるような培養をしてたら、目立つはずです。ため息さんは、振り出しにすぐ戻ってしまいます。今さらに、LIFを出してくるため息さんは、なんて低レベルなのでしょう。
ため息さん
＞論文にはLIF（leukemia inhibitory factor）を含んだ培養液で培養している記述があちこちあるよ。なぜだと思うの？
oTakeさん
＞学とみ子がため息先生に対して低レベルだと言ったら、みんながそう思ってくれるとでも思っているのかしら（笑）
そちらの人は、ため息さんに対して、そんな言い方をするわけないじゃないですか？
でも、「いまさらにLIFの役割は何？」 だなんて言うのは、学者として低レベルと言わざるをえませんね。
ため息さんは、日本語、英語読解力も低く、大事な議論を全く覚えていないです。
多分、以前はそんなことはなかったと思います。アルコール依存のせいだと思います。
もちろん、ため息ブログの皆さんは、ソーダソーダなんて言いません。
しかし、plusさんが安心して、いくらでも、デタラメ書きができるのですから、ため息ブログの皆さん、やっつけ仕事の人たちであるのは明らかですよね。
誰でも自身の文章にはプライドを持って書いてます。plusさんも、自らの無知に気付いていても、正解に当たれば儲けものの人だから、自身の不消化理解に寛容なのです。それでも、ため息ブログメンバーは、plus論が明らかな間違いであるとかはわからないし、ため息さんは、一般人の解説が勉強になるとは考えません。だから、ため息さんは、わからない文章は、一生懸命には読みません。そんな状況で、plusさんは、「俺はすごい！何でもわかるんだ！」とかきまくってます。つまり、plus自身の思い付きを書いてます。学術者のブログなのだから、ブログ主及びメンバーは、もう少しましな説明を追加しなければいけないのに、誰もそれをしていません。論文のメソッドにあるのだから、ため息さんは、その説明をしないといけないのです。
あるいは、ため息さんは、plusさんに質問して、答えを聞く必要があるのです。ブログ内での議論が、全く起きないから、plusさんの空想が広がってしまうのです。plusさんて、そういう自信過剰な人なのです。
わかっていない人がわかったつもりになって書いてしまう文章は、別の人が読んだ時、努力が必要です。相手のレベルに戻って想像するという作業を要します。
非専門家同士なのですから、他人の間違いを知るためには、その相手の書いた文章を集中して読む作業が必要です。
相手(今回はplusさん)の科学理解の間違いが、次なる間違いに繋がっていくからです。相手は、自身の勘違いに基づいて次なる文章を書いていきますから、読み手(学とみ子)は、その連携を探る必要があります。
相手の勘違いを解きほぐすには、集中力が必要ですが、今のため息さんは集中力が無いのです。
基本、学者は、他人の指導が出きるはずの人と見なされています。
だから、無作為でいるブログ主及びメンバーは、やっつけ仕事の人、付け焼き刃の人だと言っているのです。
ため息さん
＞「plusさんがデタラメを書きができる」から他の方々が
「やっつけ仕事の人たちである」という論理はどうやったら成り立つのでしょ？
plusさん、
＞plus99%の間違いを正したらいいじゃないですか。
けけけけ。
やってみ。
残念ですが、plusさんは自分で気づくしかありませんね。
＞それなのにため息氏にplus99%の間違いを正せと要求しているのですなあ。それは不可能なことを要求していることになりますなあ。
上記文章は、ため息さんは無知だから、わかるはずが無いという意味ですか？
誰かが、plusさんに、ひとつ説明すれば、激しくからんできて、次なる説明をさせられることになります。それの繰り返しです。
基礎がわかっていない人が、自らを隠そうとすると、対立姿勢になります。
果てしなく説明の渦が大きくなっていきます。お互いの説明に感謝するという状態ではないですからね。
plusさんは基礎を学ぶ気がないし、将来は何か獲得できるかもしれませんが、今は、見かけだけで満足しています。
plusさんは、良く知っている人たちと議論を繰り返す必要があります。良く知っている人たちに感謝しないといけません。
今までのplusさんは、専門家たちと好意的に付き合うのではなく、対立する人としてみなしてきたのではないですか？
plusさんは、仕事上でつきあってきた他分野の専門家たちをへこませることを汲々としてやってきた人ではないのかなあ～。
そんなplusさんは、専門領域の奥深さはわかっているから、簡単には専門分野に到達できなりことは知っています。
だから、生物学に関しては、「目先でも、専門家の気分になれればいいや！」と思っていると思います。
ため息さんも批判しないから、大得意なんですね。
そういうタイプの人に、ものを教えようとしたら、教える側は、繰り返し不愉快な思いをさせられます。
すでに、学とみ子は多くの罵倒を受けてきましたし、plusさんに時間を使うのも大変だから、当ブログは、plusさんに、「消化不良の理解は書かないようにね」 という助言だけに留めます。
plusさん、ご自身で学びなさいな。
こんなデタラメも言ってはいけませんよ。以下を、学とみ子は言ったことはありません。
＞だから、ワカヤマがアクロシン入りマウスを渡したことを黙っているのだ、アクロシン入りの特殊なマウスだけがSTAP細胞になるのだ、などというとんでも理論をずーっと唱えていたんですなあ。
これが、plus流の処世訓です。物事を正確に知ろうと努力する必要はなく、空威張りでも十分に世間では通用するという考え方ですね。
これを叫びながら、plusさんは、世の無常に泣くのでしょう。
＞学とみ子の述べていることがデタラメであるとわかるにはチップセック実験のやり方などを詳しく知る必要などないのですなあ。
＞学とみ子がデタラメであることを見破るのには、チップセック実験について無知であろうとぜーんぜん差し支えないのですよ。
つまり2.3の簡単な検索ができて中学をきちんと卒業できるオツムがあれば十分なんですよ。
かーがく？けけけ。どこも科学の問題などではないのですなあ。
ため息さん
＞「上記文章は、ため息さんは無知だから、わかるはずが無いという意味ですか？」と返してきました。バカ丸出しですね。
・・・
＞このplus99%さんの発言の前に「ため息氏はチップセック実験をオボカタ氏一人でできるという意見の人なんですよ。plus99%もそういう意見なわけですなあ。」と書いてあるのです。つまり「同じ意見なのに間違いを正せというのはできるわけがないだろうが」ということが理解できないのです。
plusさんの間違いは、チップセック実験だけではないですからね。
チップセック実験の詳細など知らなくても良い、中学生知識で十分、理解できるというplus説に、学術者も同意するということのようです。
ため息さんは、plus説明のすべて正しいと考えるということですね。
plus説明は、F1マウスのSNP状態と、ホモのマウスの1部に別系統マウスが混じったSNP状態とが、ごちゃごちゃになってますが、ため息さんもそれで正解ということなのでしょう。
一般人の知識によって、学術者が教わったという流れになります。
学術者が一般人から教わっても、正しければ問題ないですが、今回はそうしたものではありません。
plusさんは、おかしな文章を書いてはいけないという意識もないのでしょうね。
plus99%さん
2023年9月18日 13:42
＞より知識につながるチップセック実験の方法をネット検索で調べた方が意味があるのに、ため息ブログの誰もチップセック実験に触れようとしませんね。
正直、不思議です。
けけけ。
CHIP-seqの手順は学とみ子が自分で引用した文章内に書いてあるでしょ。
細胞を溶解して特異的抗体で免疫沈降する。その後KAPA社のライブラリー調整キットを使用してシーケンサーに突っ込める仕様にしたと書いてあるのですなあ。
免疫沈降は
細胞の固定は1%ホルムアルデヒドを含むPBS(-)中で室温で10分間ですと。
細胞の溶解は溶解液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ８．０、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、１％ ＳＤＳ）に再懸濁したのちより小さな断片の方が効果的なので超音波処理しましたと、
免疫沈降は希釈液がこれ、抗体はこれ、IgGビーズはこれを使用、インキュベーションは4-6時間
ビーズからの溶出にはこの溶出緩衝液を使いましたと
DNA精製は古典的なフェノール-クロロホルム抽出、エタノール沈殿、TEバッファーで溶解ですと。
このように読めますなあ。
おおよそ、いろんなCHIPに関しての解説ページの方々のおすすめ通りの、つまり普通にどこでも行われている方法のようですなあ。
そののちKAPAライブラリー調製キット(KAPA Biosystems)を使用して、20ngのインプットDNA、1ngのH3K4me3 ChIP DNA、または5ngのH3K27me3 ChIP DNAから調製しましたと。
ライブラリ調整の手順が論文に記載がないということは、キットの説明書きに従いましたということであると思いますなあ。
ここでの各パラメータはこの後シークエンスに使用する機械の要請に従うということなんですなあ。
なんのためにライブラリ調整をするのかといえば、シーケンサーという機械にセットして読み込ませるためですからね。
ということで調整されたライブラリーをGRASに運び、シーケンサーにセットすると。
あとはGRASのインフォマティシャンが機械の操作、データ化、解析データのアウトプットをしてくれるということですなあ。
その時にGRASにあった装備がイルミナ社の現行品と同様なら、DNA精製まで行ったCHIPサンプルをシーケンサーにセットすればライブラリ用の容器に分注して試薬を加え洗浄してアダプタラゲーションしてインキュベーションして云々といった細々とした作業は機械にやってもらうこともできたかもしれませんなあ。
調査報告書のRNA-seqの項に「ライブラリ調製の前 までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており」という記述は、そういうことを意味している可能性もありますな。
そうであるなら、ますますお一人で無理なくCHIP-seq実験ができるということですな。
こうして書き並べるならば、STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、調査報告書の述べる「さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」となるためには、「ES細胞の混入」が起こり得るのは細胞の固定よりもはるか前ということになるのですな。つまり細胞を用意した時点ではすでに「完全にES細胞」であったということなんですなあ。
CHIP-seqの結果が「STAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルは129B6 F1ES1から取得された」ことにGRASには何一つ責任はなく、免疫沈降の実験に携わった人の責任でもないのですなあ。細胞を用意した人の責任なのですな。
免疫沈降やライブラリ調整がいかに細かい作業の連続であろうとも、手分けが必要だと学とみ子が述べようとも、細胞を溶解したのちに別の細胞が混入したのでは、調査報告がのべるような解析結果にならないのですなあ。
そんなことはチップセックの手順をおさらいしなくても考えればわかるのですなあ。
plus99%さん
2023年9月18日 20:22
＞・・・
けけけ。
つまらない負け惜しみですなあ。
チップセックの手順とかいうものを議論すると、「オボカタ氏には責任がない」ということがでてくるというならどこからそのようなことが出てくるのか、述べてみ。
ほうら。やってみ。
学とみ子にはひとつもできていませんなあ。
学とみ子は議論についてこられなくなると、他人の話を「独自科学」であるとか「独自解釈」などということしかできなくなるのですなあ。
間違っているというなら、ここが間違っていると具体的にのべたらどーう？
できるものならやってみ。
けけけけけけ。
＞「小さな断片の方が効果的なので」
ごくごく初歩のCHIPの教科書にでもChIPに最適なクリマチン断片のサイズについて書いてありますよ。溶解液による断片化だけよりソニケーションの方が小さい断片が得やすいということも書いてあると思いますなあ。学とみ子さんは知らないんですか？左様で。
＞抗体をなにに使うのかなどというのは「CHIP-seq」という言葉を検索すれば出てくるんですなあ。
DNA-タンパク質複合体を免疫沈降させるのに使うのですなあ。
各種ビーズはこの沈降してきた抗体とDNAの複合体を補足するのですなあ。
そうして目的のDNAが補足されているので、補足されていないクロマチンを洗浄して取り除くことができるのですなあ。
H3なんちゃら、IgGビーズまたはプロティンAビーズなどはメチル化、ヒストン装飾に関して異なる複数のChIPデータを得ようということですねえ。これを重ね合わせて解析してさまざまなことを調べようということですね。。
＞それでなあに？
＞学とみ子はどれほど立派にチップセック実験を論じられるというんですかぁ？
けけけけ。やってみ。
出来もしないことを言うんじゃありませんなあ。
＞＞どのデータで何を言っているのか区別ができていません。
＞＞チップセック実験で何を言っているのか？RNAデータで何を言っているのかの区別ができていません。
＞けけけ。
これは学とみ子とかいうバカはplus99%が書いた
＞「STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、調査報告書の述べる「さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」となるためには、「ES細胞の混入」が起こり得るのは細胞の固定よりもはるか前ということになる」
＞という文章がまるきり理解できていないだけみたいですけどねえ。
もう一度読んだらいかがかねえ。
その上でまだ「チップセック実験で何を言っているのか？RNAデータで何を言っているのかの区別ができていません。」などというなら、
チップセックINPUTからは、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」というようなことはデータから読み取れるわけがないというなら、その理由を述べてごらん。
けけけ。やってみ。
またそのとき、チップセックINPUTからは原理的にそのようなデータが得られることがないとき、調査委員会はあ、いかなるロジックで「129B6 F1ES1から取得された」と断言できるんですかぁ？
調査委員会が断言できた理由を述べてみ。
けけけ。やってみ。
＞どこを読んでも学とみ子はチップセックがどうの、桂報告がどうのと語れるオツムの持ち主とは思えませんなあ。
＞まあかわいそうな中学生並みのオツムだからなあ。
本庶先生がこの文章を残してくれたのはありがたいですね。
新潮社「新潮 45」July 2014 p28〜p33
質問６
捏造があった場合には、著者の責任はどのように考えますか。
答え６
論文が発表された後、捏造を含む重大な誤りが見つかった場合には著者全員がその仕事の内容に応じて責任を負います。現時点では捏造であるということは誰も認めていません。これに関しては客観的な証拠で検証していく必要があります。筆頭著者だけが責任を負うというのは公正な判断ではありません。まず小保方はこれまであまり多くの論文発表をしていませんので、この論文の作成と実験、プロジェクトの企画にも係わっていた上司の責任は最も重いはずです。ネイチャー論文には誰が何をしたか明示されています。小保方と笹井は同じ役割です。つまり、論文を書き、実験を行い、プロジェクトを企画したと記されています。丹羽はプロジェクト企画を、若山は実験をしたと書いてあります。また、STAP 細胞作製法について 2013 年10 月 31 日に国際特許が申請されております。その時点でこの特許の発明者として名前が挙がっている人は小保方のみならず、理研では若山、笹井、東京女子医大の大和、ハーバード大学のバカンティ兄弟、小島です。この方々はコンセプトや実験に係わったということです。例えば犯罪において実行者と指令者がいた時、実行者のみが責任を負うということはあり得ないので、論文の論理構成を行い、これに基づいて論文を書いた主たる著者には重大な責任があります。
質問８
そもそも科学的に論文の評価をするということは、どのように行われるのでしょうか。
答え８
通常、科学的論文は世界中の研究者に見て評価してもらうために雑誌に投稿し出版します。雑誌には色々な種類がありまが、ネイチャーのような商業誌では、研究者が雑誌社の中におりませんので、出版に値するかどうかの評価を外部の研究者に無料奉仕で委託しております。通常２〜３名に頼み、そのコメントは著者に匿名で伝えられます。一方で学会が主体となって出版している雑誌では雑誌の編集委員と外部の評価者との両方の意見によって論文を出版するかどうかが決められます。STAP 細胞論文の評価をした人が誰かは知りませんが、極めて評価の基準が甘かったと言わざるを得ません。しかし論文は雑誌に公表されたら、高い評価が得られたということではありません。実際の評価は公表のあと、多くの研究者に読まれ、論理と実験の検証、追試、あるいは他の事実との整合性など様々な観点で評価が決まります。 私の大雑把な感覚では論文が公表されて１年以内に再現性に問題があるとか、実験は正しいけれども、解釈が違うとか、実験そのものに誤りがあるとか言った理由で誰も読まなくなる論文が半分はあります。2 番目のカテゴリーとしては、数年ぐらいはいろいろ議論がされ、まともに話題になりますが、やがてこの論文が先と同様に様々な観点から問題があり、やはり消えていくものが 30％ぐらいはあるでしょう。論文が出版されてから 20 年以上も生き残る論文というのはいわゆる古典的な論文として多くの人が事実と信じるようになる論文で、まず 20％以下だと考えております。中には最初誰も注目しなかったのに５～１０年と次第に評価が上がる論文もあります。 重要なことは雑誌に公表された論文をそのまま信じてはいけないと言うことです。私は大学院の指導教官であった西塚泰美先生(元神戸大学長)から「すべての論文は嘘だと思って読みなさい」と教えられました。まず、疑ってかかることが科学の出発点です。教科書を書きかえなければ科学の進歩はありません。しばしば秀才が陥る罠ですが論文に書いてあることがすべて正しいと思い一生懸命知識の吸収に励むあまり、真の科学的批判精神を失うという若者が少なくありません。
質問９
今回の STAP 論文不正疑惑に対する理研の対応についてどのように考えますか。
答え９
今回、多くの研究者は理研の対応は大学の対応と非常に違うという感覚を持ちました。基本的に論文発表の活動は研究者それぞれの活動ですから、研究者が責任を負うものです。まず、理研 CDB が事実を解明し公表することです。 全体的な印象でが、理研は科学者より官僚主導の組織として動いているような気がいたします。例えば、CDB に対する 2012 年 5 月の国際外部評価委員会の勧告書（英文）がホームページに掲載されていますが、その日本語版では英文勧告６項目中の以下の３項目が入っていません。（１）山中研と iPS 研究について協調的関係を構築すること（２）次期センター長の決定まで新たな独立研究者を採用しない（３）２名の副センター長体制を維持すること。CDB がこの三項目を守っていれば、小保方氏のユニットリーダー採用もなかったはずですが、恐らく日本語しか見ない人が統括しているのでしょう。大学ではまず日本語版を作らないでしょう。理研はほぼ一つの旧帝大クラスの予算と人員を持っております。理事長がすべての組織の中身まで掌握できるとは到底考えられまん。責任所在の体制をはっきりさせることが必要です。理研の体制的問題点については日経電子版(2014年5月 12‐15 日)に問題分析の詳細解説があります。 一方、大学の対応がすべて良いわけではありません。すでによく知られているように東京大学においては２年前にもっと大規模な類似の問題が発覚しましたが、教授は辞職したものの未だ最終報告もされていません。
ため息さん
＞意味を示さないほうが馬鹿ですな。
上記の記事で何が大事なのか？読解力の無いため息さんにはわからないようです。
専門的技術、知識、経験の習得には長い時間がかかり、小保方氏にそれを要求するのは無理だから、上司の責任が重いと。本庶先生が言っているのです。
小保方氏が短い研究期間で何ができたか？について、一般人、マスコミがわかるはずがないです。
ため息さんは、今、自身が持ち合わせている知識や経験を考えたら、小保方氏がなにもかも実験にかかわっていたとの説明などできないはずですよ。
ため息ブログは、そうしたおごった一般人の集まりであり、彼らの考え方がよくわかりますね。
キットさえあれば、実験は正確にできるはずだとか、再現性が得られなければ実験ではないとか、素人は勝手に想像するのです。
おごった一般人は、自身が理解できていなくても、他人を追及することが平気で、他人侮辱を嬉々としてやっているのです。
ため息さん
＞しかしながら、学とみ子にとって残念なことに、この本庶氏の記事は2014年７月という日付でまだ桂調査委員会の報告が出る前のことで、つまり論文の小保方氏による実験記録がないということが明らかにされる前の状況での記事です。今回問題となっている「２．ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義」に小保方氏だけが実験担当であったかどうかということに言及したものではありません。本庶氏は論文全体について経験の足りない実験実行者（小保方氏）と経験豊富な研究企画者（笹井氏）との責任のあり方について、当時は小保方氏に非難が集中していたことをふまえ、研究の世界で常識的な考えで、後者の責任が重大であるといっているのです。
＞一般人やマスコミにはわからないけれど、シニアの研究者が小保方氏が短い研究期間でできたと判断したから論文が完成したんですよ。学とみ子はどこまでボケればいいのでしょうか？
藪蛇みたいなため息さんのコメントですね。
この記事が、2014年７月というのは大事ですね。
プロが見れば、STAP細胞論文実験のどこが難しいのかがわかりますし、どの位の熟練度が必要なのかもわかります。
有名大学の教授たちが、一斉にESねつ造説を信じたのは、多くの実験を小保方氏が一人で担当したという噂によるものではないですかね？
そして、小保方氏が実験のほとんどエア実験で処理したという内容の噂だったと想像できます。
そうした実験形態でないと、ESねつ造なんて可能でないですからです。
幹細胞、キメラ作製、マウスの選択は若山先生、チップセック実験、RNA解析データは、小保方氏以外の人の手によるものでしょう。共同研究なんですから、何も不思議はないです。
むしろ、全部、小保方氏が一人でやったというなら、それこそ、捏造だろうということになるのです。
ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義は、本実験の全てを小保方氏に負わせようとの印象操作によるものです。
そして、ChIP-seqやRNA-seq実験の実態一切を、ブラックボックスに入れています。
調査委員たちは、これらの実験を誰がどう担当したのか知っています。
そして、小保方氏の責任を問えないと書いています。
しかし、一方で、桂報告書は、リバイス時に小保方氏が自身で作ったRNA-seqサンプルをGRASに持参した際、そのサンプルのDNA構造がおかしい、混合サンプルだったの事実をもって、小保方氏がここでも不正をしたという印象操作をしているのです。
桂調査委員会は、小保方氏が不正をしたという断定はできないと書いているのです。
小保方氏が細胞を入手し保存した時点にすでに、細胞に異変があったのかもしれない可能性があるのです。
ESに入れ替わってしまっていたとか、混入してしまっていたとかです。
小保方氏がすり替え操作したとかの証拠、証言はないし、小保方氏がすり替え操作ができる立場でなかったと、調査委員たちは、判断したのです。
後追い調査では、実際に何があったのかはわかりませんが、調査委員たちは、以下のように裁定しました。
桂報告書の17頁
（評価）
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
plusさん
plusさん、ハチャメチャデタラメコメントが少しは整理がついたの？
plusさんは、何を間違っているのか、4時間の経過で何かわかりましたか？
いつまでも突っ張る人ですね。
plusさん
＞寄せ集めがどうのというのは、最初からSTAP細胞のChIP-seqのことではないのですなあ。
デタラメなお話を作ってごまかさないようにねえ。
最初から、STAP細胞チップセック実験では、単細胞パターンなのはわかっていることです。
plusさんが同じことを何度も言うことは、わかっていないからです。
チップセック実験の材料確保の際に、小保方氏が寄せ集めたのはSTAP細胞です。
同じ系統内といえど、オスのコロニー、メスのコロニーからそれぞれ持ってくるけど、F1は毎回、減数分裂で遺伝子が混じってしまうけど、plusさんはその整理がついていないみたいね。
SNP解析での5-10%の意味もわかっていなかったのね。
小保方氏が持参した、混合サンプルについて、すこし理解が進んだみたいね。
しかし、この記載はどうしようもなく、デタラメだったのに少しは気づいたのかしら
いづれにしろ、このplusコメントは、はひどかったわね。
＞「ここは5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」「ここは25-50%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」などなどが多く認められる状態になるはずですな。
以下の9月19日 10:00のplusコメントは、朝なのに、独創性が高いから、コピペしておきますね。
一部と言わずに、全部、すごかったです。
plus99%さん
2023年9月19日 10:00
＞plusさんは、どの実験方法から何を得たのかを整理して理解する必要があります。
2-3-1-2に書かれた小保方持ち込みの混合サンプルは、RNA-seqです。
5-10%程度のアレル頻度の意味をしっかり把握してください。
15頁にはチップセックインプットのFIやSTAP幹細胞、STAP細胞の説明があり、2-3-1-1-dとは違う方法ですから、何から何を得たのかを知る必要があります。
学とみ子 2023/09/19
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-2223.html
けけけ。
やっぱり学とみ子は桂報告がなにを述べているのか何一つ理解できていないのですなあ。
桂報告には
「小保方氏がCDBゲノム資源解析ユニット（以下「GRAS」という）に持参し残されていたSTAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」
と書いてあるのですな。
「ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析」するんですよ。理解できますかぁ？
RNA-seqは
「FI幹細胞のRNA -seqデータとNGS解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られたSNPsデータを詳細に解析」
と書いてあるのですなあ。
Chip-seqインプットについての調査では、Chip-seqインプットデータを、全ゲノムに当てはめて再構成して、全ゲノム遺伝子解析に「相当する」データを作ったということですなあ。
全ゲノムのどのくらいをカバーしているのかは知りませんけどね。
RNA-seqに関する調査では、存在する遺伝子データはカバーされている範囲が狭いので、全ゲノム解析のデータと、同じ箇所と言えるところのみを「比較解析した」ということですねえ。
理解できますかぁ？学とみ子さん。
できないのだろうなあ。頭悪すぎるからなあ。学とみ子さんは。
RNA-seqにおいて、調査委員会は「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」ことをもって、2種類の個体の細胞の混合物であると判断しているんですなあ。
B6とCD1の雑種ではなく、B6とCD1それぞれ別個体であるということですね。
これは理解できますかぁ？
STAP細胞のChIP-seqインプットの遺伝子構成は、本来であれば、STAP細胞ディッシュ1枚当たり数匹の子から成りますがこれは一組の両親から得られたわけですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子からなりますなあ。ChIP-seqのためにオボカタ氏は何十皿もSTAP細胞を作ったと述べており、すなわち百組以上の遺伝子が出てきなければいけないわけですねえ。実際にはマウスの繁殖コロニーは兄妹交配をするのでそうはならず、同じ代のコロニー内の子はすべて一組のペアの子ですから、つまり2匹分の、すなわち2組の遺伝子がかなり均等に出てくる状態に近づくと予想できますな。「ここは5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」「ここは25-50%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所」などなどが多く認められる状態になるはずですな。
ところが「STAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。」つまり1個体分の、一組の遺伝子しかなかったということなんですなあ。
ここの箇所の闕失がある遺伝子とない遺伝子が半々であるとか、ここのSNPsがある遺伝子とない遺伝子が半々という部分がないということなんですなあ。
それにより、複数個体の脾臓から作ったということが否定されるということなんですよ。
全部一つの個体の細胞に由来するので、よってES細胞であろうという推定がなされるということですなあ。
けけけけ。何から何を得たのかをきちんと中学生にでもわかるように説明してみましたよ。
学とみ子さんのオツムが理解可能かは知りませんけどねえ。
学とみ子は桂報告が理解できている、そしてplus99%の述べていることはおかしいというなら、具体的にどこがおかしいと指摘してみ。
やってみ。
澪標さん 2023年9月19日 17:35
＞「研究不正」の定義
A＜桂委員会適用ルール＞
科学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成２４年９月１３日規程第６１号）・・・
研究不正のルール変更は関係がないのです。
いかにもルール変更と関係があるかのように説明する人がいますが、ルールの変更があろうがあるまいが、調査委員たちは、小保方氏に、ESねつ造不正の追及はできないと判断したのです。
それは、科学的な理由であって、ルールは関係ありません。
桂調査委員たちは、小保方氏の実験への関わり合い方を知っているから、彼女がESねつ造をするのは無理だと判断しているのです。
桂調査委員会は、STAP実験の実態を知っています。
誰が何をできるのか？はわかっています。そして、あちこちに忖度し、自分たちの研究者仲間からこれ以上の犠牲者を出したくないのです。
だから、この事件の全貌は明らかにならないし、小保方氏が動くとか、側近者が告白するとか、将来に期待するしかありません。
ただ、一般人は、陰謀論から離れて、事件の真相を勉強してほしいと思いますね。
桂調査委員も、小保方氏にESねつ造を問えないと判断したし、桂調査委員会に調査結果を提供した理研CDBの研究者たちの結論も、小保方氏がESをつかってSTAP細胞を操作したのは不可能と判断しているのです。
澪標さんがこの考えを受け入れなくてもかまいませんよ。
そちらでデタラメばらまきグループにいて、小保方ESねつ造で進みたいのでしょうから。
それはそれでいいのじゃないでしょうか？
但し、デタラメを武器に相手を攻撃するplus手法には、澪標さんも、批判的であって欲しいと思います。
plus流手法は、独自のデタラメ理解と記述を書きこんだ後に、最後に桂報告書引用して、plusは正しい理解をしているんだと持ってきます。
plusさんは、系統別のSNP理解ができていませんし、両親からのアレル分布の伝わり方と、SNPの伝わり方の違いがわかっていません。
インプットDNAの意味も、チップセック実験の手法も知りません。
plusさんは、攻撃手段として、自らの無知までも利用するやり方をする人です。
無知がばれても怖くないから、何でも言えるのです。
正しい知識を求めているのではなく、plus自身が周りの人から正しい人と見なされば、それでplusさんは満足なのです。
plusさんは、「元広告屋の意見は明快ですなあ。」とまで言う自信家ですから、ため息さんがSTAP実験について何も言えない状態を見て、plusさんは、楽しんでいるんだと思いますよ。
知識（人）をあざ笑っているんです。
もし、ため息さんが、「plusさん、そこは間違っているよ」とか、「そこは、学とみ子が正しいよ」とかいう立場であれば、plusさんの空威張り自信は消えていくと思います。
ESねつ造説を騒いでくれる人がいるなら、どんなデタラメな科学説明をしても、正しいとみなすため息ブログなので、そこに付け込まれているのではないですか？
だから、plusさんも、どんどん増長してしまうのだと思います。
おちょくり、罵倒用語をふんだんに使ったplusコメントを次々に書かせているため息さんが、plusさんに負けていると思いますよ。
澪標さん
2023年9月19日 21:57
それは、個人の見解でしかありません。
ES捏造行為の正当性、現実性について、何ら説得力のあることを、澪標ば書けていません。それで他人を説得するのは無理です。世の中、規則、命令では動きません。
澪標さん
＞当時の規定に従って、「研究不正」とは認定できないと結論したもので、「捏造の有無」について判断したものではありません。
専門家の判断は、科学調査と聞き取り調査によるものです。そこを考慮できない専門家判断なんて意味が無いです。
澪標さんは、なぜ、専門家が、小保方ES捏造を否定しているかが、理解できないと思います。
規則が無いから、ES捏造を追及できないと主張したいなら、小保方ES捏造の事実をもっと追及したら良いと思います。
STAP細胞チップセックとか、混合サンプル問題、マウス尻尾TCRっぽいゲル像とか、いろいろES捏造にからむ疑惑があるんです。
専門家が追及しようと思えば、いくらでもできるんです。でも、実際には、追及がされていない。
その理由は、ES捏造説の印象操作ができなくなり、画策に不利になってしまうからでしょう。だから、ブラックボックスです。
澪標さんは、plusさんと一緒に、小保方不正に科学的に踏み込んで追及したらいかがですか？
＞当該研究の下働きですか？
チップセック実験においてはです。機器の取り扱いについても修行中でしょう。しかし、酸浴実験周りの実験では、世界で一番です。
一つの実験に熟達するには、他の実験手技は、手薄になります。ご自身だって生涯をかけて蓄積してきた知識は限定的なものに過ぎないと自覚されていると思いますが、それと同様です。
ため息さんの日本語読解力低下が目立ちますね。
ため息さんは、「この「藪蛇」の意味はなんでしょね？」なんて言っていますよ。
ため息さん
＞どこを叩くとこんなデタラメが出てくるのでしょうかね？
ため息さんは、デタラメであるとの根拠を示せない自分自身に気付けないから、plusさんに、ブログのクオリティを落とされるような大暴れをされてしまうのです。ケッケケーは、ため息さんにも向けられれるかも…と懸念してください。
こうした上から目線は、意味が無いです。ため息さんも真実ではないか？と懸念するから、潰したいのでしょう。
ため息さん
＞すべて学とみ子のデタラメ・嘘でしょ。いい加減に騙されたことに気づきなさいよ。
ため息さんは、先に進めず、振り出し戻りしかできません。
plusさん
＞オボカタ氏の行った実験には科学的価値がなかった
と調査委はきちんとカタをつけていますなあ。
オボカタ氏の行った実験ではなく、STAP実験には、ES混入の可能性が高いから、科学的価値が無いと調査委員会はいってます。小保方不正は、上からの圧力のかかった２点の画像問題だけです。
plusさんが、デタラメ日本語訳を書いてしまったら、他の事を調べて別なるコメントをしても、plus発のすべてのメッセージが、信用されなくなる事を、plusさんは考えないといけないです。
plusさんは、本当に十分理解してからコメントした方が良いですよ。
ため息さんにもわからない専門知識なのだから、まともな人ならデタラメ書きなどしませんね。
うぬぼればかりのコメントは、誰も読みません。
otakeさん、やぶ蛇です。
＞桂委員長は「手を加えれば作成できる」、分子生物学会の研究者「3次元培養的に細胞塊を形成すれば容易に作れる」等、私と同様の事実認識です。
小保方氏が、いつもそうした作業を熱心にやってたら、目立ちますね。いろいろ証人も出てくるし、周りの人に見られて、途中でポシャンです。ESが、勝手に分化していかないようにES状態を保たないといけませんね。
oTakeさん
＞TCR 遺伝子再構成のある細胞群とTCR 遺伝子再構成のない細胞群の二種類があれば、その組み合わせでいくらでも使用した試料のところからねつ造できます。
ラベルを１個、ずらせば良いのです。
どのような手口であるかの解明は、科学ではなくて証言です。STAP事件って、捏造の証人がいません。
夜遅くの作業とか、一目につかない場所の作業とか、決め手とならないものばかりです。印象操作です。
研究者の将来に影響する言葉ですから、ES捏造の目撃証言するなら、顔出しして、しっかり証言しましょう。マスコミや、石川氏にやらせないで、目撃した人が責任持って証言しましょう。
今時、LIFを知らない人はいない。普通の培地によるものでなく、特殊な形態になるような培養をしてたら、目立つはずです。ため息さんは、振り出しにすぐ戻ってしまいます。今さらに、LIFを出してくるため息さんは、なんて低レベルなのでしょう。
ため息さん
＞論文にはLIF（leukemia inhibitory factor）を含んだ培養液で培養している記述があちこちあるよ。なぜだと思うの？
oTakeさん
＞学とみ子がため息先生に対して低レベルだと言ったら、みんながそう思ってくれるとでも思っているのかしら（笑）
そちらの人は、ため息さんに対して、そんな言い方をするわけないじゃないですか？
でも、「いまさらにLIFの役割は何？」 だなんて言うのは、学者として低レベルと言わざるをえませんね。
ため息さんは、日本語、英語読解力も低く、大事な議論を全く覚えていないです。
多分、以前はそんなことはなかったと思います。アルコール依存のせいだと思います。
もちろん、ため息ブログの皆さんは、ソーダソーダなんて言いません。
しかし、plusさんが安心して、いくらでも、デタラメ書きができるのですから、ため息ブログの皆さん、やっつけ仕事の人たちであるのは明らかですよね。
誰でも自身の文章にはプライドを持って書いてます。plusさんも、自らの無知に気付いていても、正解に当たれば儲けものの人だから、自身の不消化理解に寛容なのです。それでも、ため息ブログメンバーは、plus論が明らかな間違いであるとかはわからないし、ため息さんは、一般人の解説が勉強になるとは考えません。だから、ため息さんは、わからない文章は、一生懸命には読みません。そんな状況で、plusさんは、「俺はすごい！何でもわかるんだ！」とかきまくってます。つまり、plus自身の思い付きを書いてます。学術者のブログなのだから、ブログ主及びメンバーは、もう少しましな説明を追加しなければいけないのに、誰もそれをしていません。論文のメソッドにあるのだから、ため息さんは、その説明をしないといけないのです。
あるいは、ため息さんは、plusさんに質問して、答えを聞く必要があるのです。ブログ内での議論が、全く起きないから、plusさんの空想が広がってしまうのです。plusさんて、そういう自信過剰な人なのです。
わかっていない人がわかったつもりになって書いてしまう文章は、別の人が読んだ時、努力が必要です。相手のレベルに戻って想像するという作業を要します。
非専門家同士なのですから、他人の間違いを知るためには、その相手の書いた文章を集中して読む作業が必要です。
相手(今回はplusさん)の科学理解の間違いが、次なる間違いに繋がっていくからです。相手は、自身の勘違いに基づいて次なる文章を書いていきますから、読み手(学とみ子)は、その連携を探る必要があります。
相手の勘違いを解きほぐすには、集中力が必要ですが、今のため息さんは集中力が無いのです。
基本、学者は、他人の指導が出きるはずの人と見なされています。
だから、無作為でいるブログ主及びメンバーは、やっつけ仕事の人、付け焼き刃の人だと言っているのです。
ため息さん
＞「plusさんがデタラメを書きができる」から他の方々が
「やっつけ仕事の人たちである」という論理はどうやったら成り立つのでしょ？
plusさん、
＞plus99%の間違いを正したらいいじゃないですか。
けけけけ。
やってみ。
残念ですが、plusさんは自分で気づくしかありませんね。
＞それなのにため息氏にplus99%の間違いを正せと要求しているのですなあ。それは不可能なことを要求していることになりますなあ。
上記文章は、ため息さんは無知だから、わかるはずが無いという意味ですか？
誰かが、plusさんに、ひとつ説明すれば、激しくからんできて、次なる説明をさせられることになります。それの繰り返しです。
基礎がわかっていない人が、自らを隠そうとすると、対立姿勢になります。
果てしなく説明の渦が大きくなっていきます。お互いの説明に感謝するという状態ではないですからね。
plusさんは基礎を学ぶ気がないし、将来は何か獲得できるかもしれませんが、今は、見かけだけで満足しています。
plusさんは、良く知っている人たちと議論を繰り返す必要があります。良く知っている人たちに感謝しないといけません。
今までのplusさんは、専門家たちと好意的に付き合うのではなく、対立する人としてみなしてきたのではないですか？
plusさんは、仕事上でつきあってきた他分野の専門家たちをへこませることを汲々としてやってきた人ではないのかなあ～。
そんなplusさんは、専門領域の奥深さはわかっているから、簡単には専門分野に到達できなりことは知っています。
だから、生物学に関しては、「目先でも、専門家の気分になれればいいや！」と思っていると思います。
ため息さんも批判しないから、大得意なんですね。
そういうタイプの人に、ものを教えようとしたら、教える側は、繰り返し不愉快な思いをさせられます。
すでに、学とみ子は多くの罵倒を受けてきましたし、plusさんに時間を使うのも大変だから、当ブログは、plusさんに、「消化不良の理解は書かないようにね」 という助言だけに留めます。
plusさん、ご自身で学びなさいな。
こんなデタラメも言ってはいけませんよ。以下を、学とみ子は言ったことはありません。
＞だから、ワカヤマがアクロシン入りマウスを渡したことを黙っているのだ、アクロシン入りの特殊なマウスだけがSTAP細胞になるのだ、などというとんでも理論をずーっと唱えていたんですなあ。
これが、plus流の処世訓です。物事を正確に知ろうと努力する必要はなく、空威張りでも十分に世間では通用するという考え方ですね。
これを叫びながら、plusさんは、世の無常に泣くのでしょう。
＞学とみ子の述べていることがデタラメであるとわかるにはチップセック実験のやり方などを詳しく知る必要などないのですなあ。
＞学とみ子がデタラメであることを見破るのには、チップセック実験について無知であろうとぜーんぜん差し支えないのですよ。
つまり2.3の簡単な検索ができて中学をきちんと卒業できるオツムがあれば十分なんですよ。
かーがく？けけけ。どこも科学の問題などではないのですなあ。
ため息さん
＞「上記文章は、ため息さんは無知だから、わかるはずが無いという意味ですか？」と返してきました。バカ丸出しですね。
・・・
＞このplus99%さんの発言の前に「ため息氏はチップセック実験をオボカタ氏一人でできるという意見の人なんですよ。plus99%もそういう意見なわけですなあ。」と書いてあるのです。つまり「同じ意見なのに間違いを正せというのはできるわけがないだろうが」ということが理解できないのです。
plusさんの間違いは、チップセック実験だけではないですからね。
チップセック実験の詳細など知らなくても良い、中学生知識で十分、理解できるというplus説に、学術者も同意するということのようです。
ため息さんは、plus説明のすべて正しいと考えるということですね。
plus説明は、F1マウスのSNP状態と、ホモのマウスの1部に別系統マウスが混じったSNP状態とが、ごちゃごちゃになってますが、ため息さんもそれで正解ということなのでしょう。
一般人の知識によって、学術者が教わったという流れになります。
学術者が一般人から教わっても、正しければ問題ないですが、今回はそうしたものではありません。
plusさんは、おかしな文章を書いてはいけないという意識もないのでしょうね。
plus99%さん
2023年9月18日 13:42
＞より知識につながるチップセック実験の方法をネット検索で調べた方が意味があるのに、ため息ブログの誰もチップセック実験に触れようとしませんね。
正直、不思議です。
けけけ。
CHIP-seqの手順は学とみ子が自分で引用した文章内に書いてあるでしょ。
細胞を溶解して特異的抗体で免疫沈降する。その後KAPA社のライブラリー調整キットを使用してシーケンサーに突っ込める仕様にしたと書いてあるのですなあ。
免疫沈降は
細胞の固定は1%ホルムアルデヒドを含むPBS(-)中で室温で10分間ですと。
細胞の溶解は溶解液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ８．０、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、１％ ＳＤＳ）に再懸濁したのちより小さな断片の方が効果的なので超音波処理しましたと、
免疫沈降は希釈液がこれ、抗体はこれ、IgGビーズはこれを使用、インキュベーションは4-6時間
ビーズからの溶出にはこの溶出緩衝液を使いましたと
DNA精製は古典的なフェノール-クロロホルム抽出、エタノール沈殿、TEバッファーで溶解ですと。
このように読めますなあ。
おおよそ、いろんなCHIPに関しての解説ページの方々のおすすめ通りの、つまり普通にどこでも行われている方法のようですなあ。
そののちKAPAライブラリー調製キット(KAPA Biosystems)を使用して、20ngのインプットDNA、1ngのH3K4me3 ChIP DNA、または5ngのH3K27me3 ChIP DNAから調製しましたと。
ライブラリ調整の手順が論文に記載がないということは、キットの説明書きに従いましたということであると思いますなあ。
ここでの各パラメータはこの後シークエンスに使用する機械の要請に従うということなんですなあ。
なんのためにライブラリ調整をするのかといえば、シーケンサーという機械にセットして読み込ませるためですからね。
ということで調整されたライブラリーをGRASに運び、シーケンサーにセットすると。
あとはGRASのインフォマティシャンが機械の操作、データ化、解析データのアウトプットをしてくれるということですなあ。
その時にGRASにあった装備がイルミナ社の現行品と同様なら、DNA精製まで行ったCHIPサンプルをシーケンサーにセットすればライブラリ用の容器に分注して試薬を加え洗浄してアダプタラゲーションしてインキュベーションして云々といった細々とした作業は機械にやってもらうこともできたかもしれませんなあ。
調査報告書のRNA-seqの項に「ライブラリ調製の前 までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており」という記述は、そういうことを意味している可能性もありますな。
そうであるなら、ますますお一人で無理なくCHIP-seq実験ができるということですな。
こうして書き並べるならば、STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、調査報告書の述べる「さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」となるためには、「ES細胞の混入」が起こり得るのは細胞の固定よりもはるか前ということになるのですな。つまり細胞を用意した時点ではすでに「完全にES細胞」であったということなんですなあ。
CHIP-seqの結果が「STAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルは129B6 F1ES1から取得された」ことにGRASには何一つ責任はなく、免疫沈降の実験に携わった人の責任でもないのですなあ。細胞を用意した人の責任なのですな。
免疫沈降やライブラリ調整がいかに細かい作業の連続であろうとも、手分けが必要だと学とみ子が述べようとも、細胞を溶解したのちに別の細胞が混入したのでは、調査報告がのべるような解析結果にならないのですなあ。
そんなことはチップセックの手順をおさらいしなくても考えればわかるのですなあ。
plus99%さん
2023年9月18日 20:22
＞・・・
けけけ。
つまらない負け惜しみですなあ。
チップセックの手順とかいうものを議論すると、「オボカタ氏には責任がない」ということがでてくるというならどこからそのようなことが出てくるのか、述べてみ。
ほうら。やってみ。
学とみ子にはひとつもできていませんなあ。
学とみ子は議論についてこられなくなると、他人の話を「独自科学」であるとか「独自解釈」などということしかできなくなるのですなあ。
間違っているというなら、ここが間違っていると具体的にのべたらどーう？
できるものならやってみ。
けけけけけけ。
＞「小さな断片の方が効果的なので」
ごくごく初歩のCHIPの教科書にでもChIPに最適なクリマチン断片のサイズについて書いてありますよ。溶解液による断片化だけよりソニケーションの方が小さい断片が得やすいということも書いてあると思いますなあ。学とみ子さんは知らないんですか？左様で。
＞抗体をなにに使うのかなどというのは「CHIP-seq」という言葉を検索すれば出てくるんですなあ。
DNA-タンパク質複合体を免疫沈降させるのに使うのですなあ。
各種ビーズはこの沈降してきた抗体とDNAの複合体を補足するのですなあ。
そうして目的のDNAが補足されているので、補足されていないクロマチンを洗浄して取り除くことができるのですなあ。
H3なんちゃら、IgGビーズまたはプロティンAビーズなどはメチル化、ヒストン装飾に関して異なる複数のChIPデータを得ようということですねえ。これを重ね合わせて解析してさまざまなことを調べようということですね。。
＞それでなあに？
＞学とみ子はどれほど立派にチップセック実験を論じられるというんですかぁ？
けけけけ。やってみ。
出来もしないことを言うんじゃありませんなあ。
＞＞どのデータで何を言っているのか区別ができていません。
＞＞チップセック実験で何を言っているのか？RNAデータで何を言っているのかの区別ができていません。
＞けけけ。
これは学とみ子とかいうバカはplus99%が書いた
＞「STAP細胞のCHIP-seqにおいて、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」のようにはならず、調査報告書の述べる「さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析により（２－３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG- GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。」となるためには、「ES細胞の混入」が起こり得るのは細胞の固定よりもはるか前ということになる」
＞という文章がまるきり理解できていないだけみたいですけどねえ。
もう一度読んだらいかがかねえ。
その上でまだ「チップセック実験で何を言っているのか？RNAデータで何を言っているのかの区別ができていません。」などというなら、
チップセックINPUTからは、「5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。」というようなことはデータから読み取れるわけがないというなら、その理由を述べてごらん。
けけけ。やってみ。
またそのとき、チップセックINPUTからは原理的にそのようなデータが得られることがないとき、調査委員会はあ、いかなるロジックで「129B6 F1ES1から取得された」と断言できるんですかぁ？
調査委員会が断言できた理由を述べてみ。
けけけ。やってみ。
＞どこを読んでも学とみ子はチップセックがどうの、桂報告がどうのと語れるオツムの持ち主とは思えませんなあ。
＞まあかわいそうな中学生並みのオツムだからなあ。
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