伊藤氏は、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成する際の被覆率を問題にしたのではありません。
2023/10/14
分かっていない人は、自身がわかっていることだけでものを考え、相手がどこまでわかっている人なのかの想定することができません。
分かっていない人は、相手がわかっていない人と想定して文章を書いてしまいます。
その結果、分かっていない人は、初歩レベルなことをいくらでも書いてくるのです。
学とみ子にとってのため息ブログは、相手にしてはいけないと思って、かっぱえびせん提供を止めたのですが、残念ながら、何か、学とみ子はまた、もどっていますね。
やはり、学とみ子は、「やめてください！」と言いたくなのですね。
STAP事件勃発以来、10年間近くたっても、plusさんは、わからないままで書いています。
ため息ブログでは、正当な議論がされず、指導者がいるわけでもないのですから、一般人は迷走します。
学術者は、正しい理解を授けてくれずに、間違った方向へ、人心を向ける事を続けています。
こうした自称学術者のサイトにいる限り、plusさんの勉学は進まないと思います。
シークエンス、リードも、被覆率の意味は、もうみんな知ってますよね。
それぞれの単独の語の意味など、皆知っています。
単語の解説サイトを紹介しても、何の意味もありません。
STAP事件で登場する科学用語は、正当に理解しないといけません。
チップセック実験は、RNA-seqとの違いや、何を目的とするのか？をしり、実験の手順を理解しないといけないです。
専門家が説明しないので、正しく理解することが、一般人にとっては難しいのです。
plusさんはあいわからず、何を問題視されたのかがわからないのです。
自身に基礎体力がなくて、しっかりした科学力を身につけていないことは、plusさんが知っているはずです。
plusさんは、チップセック実験の意味について理解をすることができず、辻褄があう説明ができないのです。
つながるはずもない関係性のない説明を、整理付かないまま一つの文章内に入れ込んでしまうのです。
文章前半の説明と、後半説明とがまったくつながらないままの作文を書いてしまうのです。
それでも、plusさんは虚勢します。
plusさん
＞伊藤氏が被覆率がどうのと述べたのがどういう意味だか知りたい人は皆、とうの昔に調べたことなんですなあ。それ以前に、NGSとはいかなる物か？どういう原理？なにが調べられるの？ということを調べた人はみんな、リード数やら被覆率orカバレッジorデプスといった言葉に行き当たるんですなあ。だからSTAP関連でわいわいやっている人はみーんな、もうずーっと前から知っているわけです。
STAP論文に出てくるなんとかシークエンスというのは何？と思った人はとっくの昔にみーんな調べて知っていることなんですよ。
それぞれの単語の意味など関係ありません。STAP事件の理解には初歩レベルです。
plusさんは、自身の文章に関係性の無い説明同士を一緒にいれこんでしまい、結局、全体で意味をなさいものにさせています。
plusさんは、チップセック実験がわかっていないことを自覚していると思います。
それでも、plusさんは分かっている人にみせかけようと、関係のない説明文章を並べてしまうのです。
下記の文章は、学とみ子は抵抗を感じますし、それが正しいものであるかのように持ち上げるため息さんにも抵抗を感じます。
ため息さんは、全く、この周辺の知識を持ちませんから、素人のおかしな説明をきちんと修正する力がありません。
このplus文章は、意味がよくわからないまま、見せかけの説明を並べたものに過ぎないのです。
＞「なぜ、細胞そのものが多量に必要なのか」なんて、
「ChIP-seq 細胞量」
と検索するとすぐ「少ない細胞量からChIP-seq」というページがヒットしてすぐそこに書いてありますよ。
抗体のビーズと抗体の相互作用などなどを使い間接的な方法でデータを取得するからですな。
観察が間接的であればあるほど、夾雑物の特性が理想的ではなかったりばらつきがあったりでS/N比が下がるのはChIP-seqに限らない一般的な原理です。S/Nが低いなら、良好なデータを得るにはもとの情報すなわち細胞が多量に必要になる。
また、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
抗体のビーズによる沈降で問題になる夾雑物と、S/N比は関係がありません。
ウエット。ドライがごちゃごちゃです。
「少ない細胞量からChIP-seq」のページなど、関係ないですね。plusさんは、きちんと引用サイトを示していません。
そんなサイトを見ても、ChIP-seq疑惑につながりません。
plusさんは、あれこれ異なるサイトを見ては、plus自身で理解できたような気がしたサイトの文章を持ってきて並べるのでしょうね。
「抗体のビーズと抗体の相互作用などなどを使い間接的な方法でデータを取得するからですな。」
何が言いたいのかわからないですね。間接は何？直接は何？も示せてません。
「観察が間接的である」って、意味がわかりませんね。
ゲノム構造を人が知るためには、方法が必要なわけだから、そういう意味では、どの手法も「間接的な方法」です。
つまり、「間接的な方法」と書くなら、何が直接的なのかを示して、それに比べて、何が間接を説明すべきです。
＞観察が間接的であればあるほど、夾雑物の特性が理想的ではなかったりばらつきがあったりでS/N比が下がるのはChIP-seqに限らない一般的な原理です。S/Nが低いなら、良好なデータを得るにはもとの情報すなわち細胞が多量に必要になる。
また、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
ドライもウエットも、ごちゃごちゃです。
伊藤氏の説明が違っています。
分からない人が読んだら、科学が書いてあるのかと思うかもしれないけど、学とみ子が読むと、意味が通じませんね。
ChIP-seqの実験と他の遺伝子解析実験との違いについて、plusさんはわかっていない上に、DNAシークエンスとも混乱しています。
つまり、上の文章は、ChIP-seqの意味が分かっている人の文章ではないのです。
夾雑物なるものは、どこで何が生じるものなのかもわかっていないのです。
蛋白を沈降させた時に生じる夾雑物も、DNAシークエンスをする時のノイズが区別できていません。
つまり、ウエットである蛋白の実験も、ドライであるDNAシークエンスも何の区別もついていません。
ChIP-seqが何のための実験かがわからない人が書いた文章ですから、その弱点なんて、論じられるはずがありません。
チップセック実験の意味を勉強するのが先です。
plusさんは、平気でこうした虚勢をするんですよね。
そして、困ったことに、ため息さんは、学術者なのに、このplus思いつきを否定しないことなんですよ。
＞それ以前に、ChIP-seqに必要な細胞量がどうであるからES細胞の混入による捏造が難しくなるとか不可能であるとかは全然ないんですなあ。それは調査報告書の14Pがきちんと読めていればわかりますな。
同じように、plusさんの説明で登場する、ChIP-seqに必要な細胞量と、ES細胞の混入による捏造の話は、関連性が全くありません。
細胞が多いとか少ないとかは、蛋白複合物を沈降させた時のDNA量に関係する話であって、捏造問題と結びつきません。
なぜ、全く違う話を同じ文章内に入れ込むんでしょうね。
があるのでしょう。
こうしたつながりのないplusさん独自文章は、plusさんだけしかわからないストリーなんですよね。
＞報告書14Pを理解していればオボカタ氏が細胞を用意したことを持ってオボカタ氏の混入と決定されない理由が理解できますな。
時系列をきちんと考えれば、ChIP実験の行われた時期などの調査委がヒアリングして収集した情報を調査委発表の前に一介の記者である古田氏が知っているわけがないこともわかりますな。
記者の古田氏は、チップセック実験の時期を知ろうとすれば知れる立場にあったと思いますよ。
でも、ES捏造画策学者は、古田氏に情報をわたさなったと思いますね。
Zscan4の断片的情報から推測すると、ツイッターで、彼らは話をしていたみたいです。
Zscan4
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
@joodandesho @y_ohinata @caripso もしミトコンドリアが核の雌親と違うなどでntESであるとわかれば，自然交配のF1ではあり得ないんじゃないでしょうか。若山先生が4Nキメラを作って渡さない限り，仔マウスは得られません。
午前0:56 · 2014年10月29日 この線ぐらい... 2023/10/13
plusさん、
＞ChIP-seqの需要は最近ますます高まっており、こういう弱点は研究をする人の間で共有されており対策が講じられて克服されていく。ということはそれについて書いた「少ない細胞量からChIP-seq」のような情報がすぐ見つかるということなんですよ。
調べればものの10分で出てきますな。
チップセック実験は、小保方氏のリバイス時に実験可能であるタイプの実験ではないことは、プロならすぐわかると思います。
でも、古田氏は、チップセック実験が若山氏が移転した前にやられたことを知らなかったみたいですよね。
伊藤氏に、「確認できますか？」と聞いているのです。
伊藤氏は、わざわざ、古田氏に「リバイス時ではない」と言ってくれました。
リバイス時に小保方氏がGRASに幹細胞を持ち込んだとの情報から、小保方氏がすべての実験を行った証拠があると、古田氏はみなしていたのかもしれませんね。
＞DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
DNA量は十分あるにこしたことはありません。
しかし、伊藤氏は、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成する際の被覆率を問題にしたのではありません。そんな初歩レベルの技術の話などしてませんよ。
伊藤氏は、RNA-seqのデータでは、SNP解析はできず、危険であると言っているのです。
RNA-seqでSNP解析するのは危険だという話です。
つまり、遠藤氏の行った解析を批判しているんですよ。
桂報告書をplus流に解釈することはいくらでもできます。
しかし、その解釈は、plusさんだけが正しいと思うだけのものです。
plusさんは、plusレベルで、桂報告書を理解しているにすぎません。
ため息さんも、迷える一般人を正道に導いたりはせずに、そのまま、放置するんですよね。
plusさん
＞NGSというのは、シークエンサーがDNAを読みながら目的のDNAをより分けてくれるのではないですからね、それは人が行うわけです。
ある物質に結合する分子だけ取り出すと、それが目的に合致したDNAであるというのですからRNA-seqもChIP-seqも間接的なわけですなあ。それを機械に読ませるんですな。
RNA解析の方が歴史が長いから、2011、2年当時には使う薬品や粉砕の程度や容器サイズ温度管理等のノウハウ等、選択の手法が確立しており、少ない量の細胞から良好なデータが得られる方法が確立していたというだけの話ですな。
2012年当時には歴史が浅いChIP-seqの方法はまだS/N比がよくなかった、という話ですよ。
上記で検索すればそれがわかるという話ですな。
plusさんは、結局、こうした科学からはかけ離れた文章しか書けません。
＞調べなかったということは学とみ子は伊藤氏がなにを言っているのか理解できないまま放っておいたということでしかないんなあ。
ChIP-seqの実験詳細を述べて見よとかほざいたのは誰でしたっけねえ。おお、恥ずかしいこと。
＞伊藤氏が被覆率がどうのと述べたのがどういう意味だか知りたい人は皆、とうの昔に調べたことなんですなあ。それ以前に、NGSとはいかなる物か？どういう原理？なにが調べられるの？ということを調べた人はみんな、リード数やら被覆率orカバレッジorデプスといった言葉に行き当たるんですなあ。だからSTAP関連でわいわいやっている人はみーんな、もうずーっと前から知っているわけです。
STAP論文に出てくるなんとかシークエンスというのは何？と思った人はとっくの昔にみーんな調べて知っていることなんですよ。
初歩的知識をデタラメに並べて、必要な知識の習得ができていないことがバレバレになっていても、そこが気付けないのです。
伊藤氏の説明を聞いても、上記のようにplusさんは、正しく理解できないでいるということがわかりました。
やはり、plusさんにとっては、理解に至らないとても難しい伊藤氏の説明なんだなと感じました。
つまり、伊藤氏の説明のメインはRNA-seqのデータでは、SNP解析しないという話であって、これを聞いた人たちは、誰もが共通の理解ができていると学とみ子は思っていましたが、そうではないことが良くわかりました。
つまり、分からない人の中には、その人の中で勝手な理屈をこねくりだし、分かった人になっている気分でいる人がいるのだということもわかりました。
古田氏の伊藤氏への質問は、チップセック実験も小保方氏が行ったと確認したかったのだと思うのですが、それが若山氏の移転前の実験であるとわかって、古田氏は混乱しました。
古田氏は、毎日作ったSTAP細胞を培養継続してため込むという作業ができるとは想像していなかったと思います。
だから、「増えないSTAP細胞だから、チップセック実験の材料になりえない、つまりＥＳだよ」との、情報提供を受けていたのではないでしょうか？
このように、古田氏は、作成後のSTAP細胞をため込むという作業がどのような状態かについて、情報提供を受けていないのですよね。
伊藤氏が「とにかく良く作れた！と小保方氏は言ってました」と言った時に、古田氏は、笑いましたよね。
古田氏は、小保方氏がESを培養して周りをごまかしていたと信じていたと思います。
小保方氏ESねつ造ありきが最初の出発点なのです。
恐らく、伊藤氏がわざわざ、「チップセック実験は若山転出前である」と言ったのは、伊藤氏は、チップセック実験がリバイス時に行われた実験と当時、言われていたのを知って、伊藤氏は訂正したかったのだと思います。
チップセック実験のSTAP細胞が単細胞パターンであったことから、小保方氏がチップセック実験をやったことにしたい人たちがいるのです。
それこそ、インプットDNAは正当なるサンプルか？が、問われることは理研の誰も望みません。
桂調査委員会は、こうした大事な問題を追及しないのです。
伊藤氏は、小保方氏が若山氏からの要求に応じて、来る日も来る日も、STAP細胞つくりに追われていたと証言しています。
つまり、この時期に小保方氏がチップセック実験を同時にやるのは無理ということも記者たちに伝えたかったのだと思います。
結局、記者からの質問で、「小保方氏がES混入に関与したということは言えるのか？」に対し、桂氏は、「ES混入は証明できたが、誰が関与したのかはわからない！が結論だ」と言ってましたね。
この時、記者から、強い反論がありませんでした。
本来なら、記者たちは、「それでは、小保方氏以外の誰か？たとえば、小保方氏あるいは若山氏に恨みを持つ者のしわざであるとかの可能性もあるのか？」となるのに、そうした質問にはならないのです。
記者全員が、小保方犯人であってほしいからですね。そうした報道をしてきたからですね。
記者たちは、「小保方氏が怪しいが、桂調査委員会は決められない」との裁定になってほしいとの希望があるから、それが崩れるような質問は何も言わないのですね。
普通は、チップセック実験がわからないレベルの人はあまり自身の考えを外には発信しないと思うのですが、plusさんはそこに抵抗が無いみたいです。
plusさん的には、私（plus）の想像がはずれりゃ、はずれたまでだ！と終わるのでしょう。
まあ、plusさんは、「理解が正しくても、間違っていても、私の知った事か！匿名一般人だから、怖いものは何もない！」との居直りなのでしょう。
こうした素人のデタラメ書きを読んでも、ため息さんは、何が間違っているのかもわからない学術者なんです。
参考ですが、以下のサイトを見つけました。
学とみ子の主張のように、チップセック実験が手間暇、熟練を要することが書かれていました。
＞ChIP-seqやChIP-qPCR等、クロマチン免疫沈降を用いた実験手法は手順が多く、経験やノウハウの積み上げが実験の成功を左右します。
STAP論文レター論文にのった図表を作製するには、CD45、ES TS STAP-SC, FI-SC、STAP とこんなに多くの細胞についてのてまひまのかかるチップセック実験を繰り返す必要があります。
Figure 4 | Differentiation potential and epigenetic state of STAP and STAP-derived stem cells.
古田さんが、伊藤氏に聞くべきことは、小保方多忙な時期に、この実験は誰が行ったのかを聞くことだったのではないでしょうかね？
古田さんは、チップセック実験が他のRNA-seqと、何が違うのかの説明を理解していなかったと思います。
ChIP was performed using sheep anti-mouse IgG beads (Invitrogen)or protein A beads (Invitrogen) coupled with anti-histone H3K4me3 antibody (Wako, catalogue no. 307-34813) or anti-histone H3K27me3 antibody (CST, catalogue no. 9733), respectivel
plusさんも、このキモの部分を全く理解していません。
plusさんは、抗体を用いたDNA沈降反応について、なぜ、沈降するのか？何のために沈降させるのか、まったくわかっていなかったですね。
plusさんは、基礎を固めるという気がないですからね。自身が理解できていないという意識が希薄なのです。
しかし、plus自身は理解できているとパフォーマンスできるのですから、まともな人は、こうした人（plusさん）の図々しさに負けてはいけません。
相変わらず、plusさんは、夜中まで、自身の理解と、学とみ子への侮辱を書いています。
ここまでくると、ご苦労様となります。
STAP細胞議論にふれず、自身の自慢のためにため息ブログに来るだけの他の人たちにくらべ、plusさんは、エネルギッシュに追及心が旺盛な人であるとのポジティブ解釈もありなのでしょう。
でも、チップセック実験における沈降の目的がやはりわかっていないのですね。
わからない実験は、結果の図を見ていろいろ学べると思うのですが、plusさんは、そうした経過をとらず、ネット情報を強引に自身のアイデアにあてはめるという作業をしています。
レター論文Fig4の、 H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を見ての、実験方法を発想をしてませんね。
plusさんは、生の実験データから考えずに、自身のアイデア優先のようです。
自身のアイデアの主張と、他人への侮辱は、飽くなきマインドで書き続けることができる人なのでしょう。
高齢者の学とみ子にはお相手するには無理ですね.。
さすがのため息さんも、科学も非科学も、論理も思いつきもごちゃごちゃなplus縦横無尽さには、すぐ反応ができないようです。
plusさんの言い分は、議論の精度も深さも皆無で、このタイプの文章を読む素人は、ただ、混乱するだけですし、プロなら、すぐ打ち捨てます。
ネット情報を不消化のまま、断片的に引用しても、実際のSTAP論文、専門家の言い分を、正当に理解できるようになるまでには大いなるギャップがありますね。
そのギャップをいまだに越えられない状態でいるのがplusさんです。
こうしたplusスタイルをみていると、間違っていても平気で公開文章を書いてしまう気質の人は、専門知識も獲得できないことがわかります。
@caripsoが、kahoの日記の遠藤氏であることくらい、皆、知っているのですが、plusさんは、自分だけが知っていると思ってしまうようです。
plusさん、のデタラメが続きますね。
Zscan4さん引用した文章も、遠藤氏論文内容とは関係がありません。
plusさんには、遠藤論文はわからないのですが、わかった人になってしまいます。
傍から、plus虚勢を批判されようがplusさんは意に介さず、瞬時でも、自身の優越感が優先します。
科学とはなれて、いくらでも、自身の思い込みを書き続けてしまうようになったのも、ため息さんの影響なのでしょう。
＞だからこの会話は遠藤氏の行った解析に関する会話なんですなあ。
ため息さんも、遠藤論文を読むような人ではないから、plusさんのデタラメもわからないままでしょう。
以下のような、勝手な作り話をしてしまうplusさんに対し、さすが「行き過ぎた！」と、ため息さんは思わないのでしょうかね。
＞クロマチン沈降したものを観測するということは、生きて動いているDNAを観測しているのとはイコールではないんですよ。試薬が結合することと、DNAが働くためにある状態にあることとはイコールではないのですよ。クロマチン沈降で得られるDNAは、実験にどの試薬を使用するか、どんな温度で、どんな作用時間で、どの程度寸断するか、などなどのパラメータで左右されるんですなあ。結局得られるものは「機能しているDNA」の代替物でしかないわけですよ。それは高品質な代替物であったり低品質な代替物であったりするわけですなあ。
わっかりますかあ？
＞ここで言う「ウエット」とは、「ドライ」である次世代シークエンスをするための装置に最適なライブラリを作っているんですなあ。
この場合はドライの実験が目的なのであり、ウエットの部分はドライに奉仕するためにあるのですなあ。ドライの解析を行う機械が高いS／N比のデータを作ってくれるようにライブラリを調整するんですよ。そして、結果的に全体のS／N比が高くなるんですな。あったりまえの話ですな。
ウエットにS/Nがあるんじゃないんですよ。S/Nはウエットとドライ両方を含んだ実験全体に対して発生するんですな。
そのために、S?Nが高くなるような工夫の塊であるNGSの専用キットを使いましたと論文にわざわざ書いているんですなあ。学とみ子は自分で引用したことが読めていないんですな。間抜けですなあ。
全部が全部この調子。バカの塊。書いていること全体がゴミ。
上記のplus文章には、不消化なままの用語が並んでいます。
plus文章をたまたま読んだ幼稚園児が、専門的文章であると勘違いする事を意図して書かれています。
学とみ子も、ため息ブログもだませない文章である事が、plusには予想できないのです。
ウエットの材料には、ドライに持っていくだけでなく、他にも、メタボローム解析などに供されます。
ウエットの中身などは、plusさんは考えが及びません。
＞「夾雑物なるものは、どこで何が生じるものなのかもわかっていない」などと書くバカは調べていないというだけなんですなあ。
ネット情報の不消化理解の人が、いくら調べても理解できることは限られています。
センスのない人は、その人自身で調べれば調べる程に、間違っていきます。
夾雑物が何か？の基本が、plusさんにありません。DNAも蛋白も、plusさんは区別できません。
前回話題になった臨床検体でのコロナウイルス抗原検出でも、夾雑物が議論されました。
その時の夾雑物なるもの、今回の夾雑物なるもの、plusさんにとっては皆一緒ですね。
精度が改良したとのネットコマーシャル情報を得たら、すぐ、plusさんは何でもできるようになったと思ってしまう人です。
つまり、plusさんは、自身の目の前に現れた情報が全てなんです。批判やら反論を考えるための知識がplusさんに無いのです。
自身が知っている聞きかじり知識を寄せ集めて、いくらでもplusワールドが広がっていきます。
「だって、私（plus）は素人なんだから、間違って何が悪い！」というplusさんの居直りです。
批判されても平気というplusさんのスタンスは、トランブと同じですね。
どこにもいつでも、自己主張がとても強い人がいて、こうした人は影響力を発揮しようと頑張ります。
トランプは、国家機密と言って良いようなネタニヤフ首相の言動をしゃべって、マスコミは大騒ぎをしています。
米国民は、さすがに最近のトランブ言動には警戒心が出てきていると思います。
声の大きな人に振り回されないためには、一般人による知識の獲得です。
ため息さんは、こうしたフェイク展開をどう処理していくのでしょうかね。
うっかりコメントすると、自身の無知がバレるから静観ですかね。
ため息さんの今朝のコメントを見ると、plusさんの解説などはため息さんにとってはどうでも良くて、ただ、STAP論文がフェイクであるという主張に終始するだけですね。
嫌がらせ行為しかできないため息さんです。
＞学とみ子は偉いのです。経験者や専門家に勝るほと偉いのです。
まあ、必死で科学にチャレンジしようとするplusさんの強引な言動に対し、ため息さんは学術者としてのアドバイスしたりはしませんね。
ため息さんは、チップセック実験も知らないし、STAP論文理解に必要な知識を持ち合わせていません。
plusさんが試行錯誤して科学知識にチャレンジする姿を見ても、科学知識には知らんぷりです。
ため息さんが言うのは、学とみ子の悪口だけです。
まあ、plusさんはある意味で、純粋で、ため息さんは自身の保身のための言動しか無いということです。
plusさんは以下のように書いています。
＞報告書に書いてありますなあ。調査委はオボカタ氏にヒアリングをしたと書いてあり、オボカタ氏は答えなかった。誰でも読めますなあ。
読めないのは学とみ子だけですなあ。
これを引用して、ため息さんが書いています。
＞両ブログの読者はどちらの言い分を採用するでしょうか？
調査委員会は、チップセック実験を誰がやったのか？には触れていません。
調査委員会は、若山研究室で誰がどの実験をやったのかは、明らかにしていません。
小保方氏は、若山研究室の成果を譲り受けただけです。
当時、チップセック実験の時期がわかっていませんから、古田氏が混乱したのですからね。
plusさんがチップセック実験を理解していない事は、抗体ビーズがどこの部分に反応するのかをplusさんは知らないことから、あきらかです。
専門家が書いたように見せかけて、一般人（plusさん）がオリジナル知識を書くのは無理なんですよ。
STAP事件を追っている人たちは、plusさんの不十分理解は文章からすぐ察しますよ。
plusさんは抗体抗原反応という言葉を知っていても、それが実際の実験のどこの現象なのかがわからないのです。
なぜ、沈降するのかがわかりません。基礎がないから、用語だけが独り歩きをしてしまうのです。
だから、図表を見ても、そこから実験の実態を想像していく作業が、plusさんにはできません。
一方、真面目に基礎を独学した一言居士さんは、しっかり図表を読み取っています。
和モガさんも、このチップセック実験をいろいろ論評してますよ。
一言居士さんも、和モガさんも、自身がプロでないことを読者にわからせながら文章を書いています。
ため息さんは、学術者を名乗りながら、こうしたSTAP論文資料を読んでいません。
図表を読み取りません。
これは、専門であるとか専門でないという問題ではなく、科学に対して誠実なのか、不誠実なのかの問題です。
専門でない、勉強する気もないなら、STAP議論を続けないことです。
専門で無くとも、興味ある人は独学してから、STAP論議に参加しているのです。
しかし、ため息さんは、今更に、何をあきれたことを言い出すんですかね。驚くほどに、正直な感想ですよね。
STAP論文の図表を見て、そこから自然に読み取れる能力がため息さんには無いということですか？
＞当方は科学の研究の末端に属することになりますが、専門は全く異なります。
ため息さんは、今までの議論をまったく追えていないのですね。
ため息さん
＞桂調査委員会報告書には「どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られずp15」「どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないp17」等の記述があり、小保方氏がRNA-seq、ChIP-seqの実験の実施者、責任者であるのはあきらかですから、伊藤委員の発言とか他の事実と照らし合わせ、小保方氏だけが実施したのではない、小保方氏だけではできない、という論を作ればいいのです。具体的に説明することなく、小保方氏以外が実験操作をしたなどと根拠なく言ってないで、具体的に小保方氏単独ではできないことを説明してみろよ。
小保方氏がサンプルを用意したのは、リバイス時です。p15はその時に様子を書いています。
桂報告書は、2012年夏の若山研究室でのチップセック実験時でも、小保方氏がサンプルを持ち込んだと言っています。
しかし、サンプル持ち込みと、2012年夏の主要実験担当者は同じではありません。伊藤氏が証言しました。
p15の桂報告書は、小保方氏によるサンプル持参の事実をもって、小保方氏がチップセック実験をやったかのように印象操作をしています。
つまり、桂報告書は、小保方氏が不正なサンプルを提供したと、社会を誤解する方向へ誘導しているのです。
桂報告書は、論文作成時に解析された結果を論文に選んだ小保方氏の行動を拡大解釈して、全責任を押し付けています。
小保方氏が全実験に関与したと読者を誤解させているのです。
これに対し、伊藤氏は、明白に事実を話ました。
伊藤氏は、小保方氏がSTAP作製で多忙である時期に、チップセック実験もやられたと言ったのです。
そして、その言葉は、古田氏を混乱させました。
こうしたことを何度も書いているのに、ため息さんは無視をするのです。
そして、ため息さんは、学とみ子は説明をしていないと言い続けているのです。
でも、今回、ため息さんから「専門家ではない」との発言を引き出せたことは、一つの成果でした。
専門家でもない、STAP論文に出てくる図表の意味もわからないレベルの学術者でも、ESねつ造は本物だ！と言い続けていることがわかりました。
素人思いつき解説がまかりとおるため息ブログ、勉強しない学術者が管理するため息ブログの実態が明らかになったと思います。
このplus99%さん文章 2023年10月15日 11:59
＞学とみ子の追記も100％ゴミですなあ。
この記事には、科学事項が全く消えています。
学とみ子はヒントを出しているのに、その焦点に向かわないで、他の話題に移すのも素人の特徴です。
焦点事項が大事だから知りたいとの自覚が希薄なのです。
科学未知を知りたいとの情熱が無いのですね。
plusさんは、いくらでも、ネット検索して「科学のお話」を続けるのかと思いきや、plusさんの投了宣言ですね。
上記のコメントに反応したのか、plusさんは、少し気を取り直して書きました。
plusさん、チップセック実験理解を進めているようです。
plusさんの理解は、どの位進むでしょうか？
plusさんの理解が完了すれば、最初から分かっていた人を演じるので、その経緯を見ていきましょう。
とにかく、plusさんは、STAP論文の図表をみて、何を語っているのかを知ってください。
ネット検索による専門用語つまみ食いレベルを、早く突破してください。
＞「レター論文Fig4の、 H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を見ての、実験方法を発想をしてませんね。」
などという発言をする学とみ子は幼稚園児並みということです。
けけけけ。
H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を別々に沈降させる事がミソです。plusさんは、学べましたね。そんなこと、幼稚園児だって知ってる！とplusさんは、言いそうですね。plusさんにとって、幼稚園児知識と大人知識が逆でしょうね。
oTakeさんの書き起こしとても参考になります。ありがとうございます。
＞伊藤：えーっと、とにかくたくさんできる時期があったと、ご本人がおっしゃっていて、
ここで、伊藤氏が、STAP細胞をため込む方法を披露したら、記者たちは納得できます。でも、伊藤氏は、小保方氏によるSTAP細胞の多量取得の方法を言わなかった。
STAP細胞が確実に取得できるようになった以降は、STAP細胞をため込むことは容易になったのです。しかし、実験に供したらそこで終わりです。新たに作れば、マウスが違うし、STAP細胞の能力も違うから、STAP細胞の遺伝子構造も発現も同じにならない。こういう大事な話を、調査委員たちはしないのです。遠藤氏ですら、把握してない。能力の低いSTAP細胞は出来上がる、これこそ、STAP細胞の正体です。実際に能力の低いRNA解析結果もあるのだから、STAP細胞の始まりは、ESとは違うのです。ところが培養やら、生体内で別の細胞に置き換わってしまう。調査委員たちにはわかっているのです。ESとは違う動態のSTAP細胞の存在意義は大きいのです。
小保方氏自身に説明の機会を与えれば、記者たちは大事な話を理解出きるのです。しかし、理研は、その機会も与えず、ES捏造の印象操作をし続けました。
STAP細胞培養についての情報が、全く出ていない。STAP細胞は、数週内なら培養ができるから、そこの時期にもES混入リスクはあり得ることを記者たちは知らない。培養中、培地交換は何度もやってるんですが、そこでのES混入リスクは毎回あります。しかし、調査委員たちは記者にそのリスクを言わない。
論文では、STAP細胞の培養継続について書いてあるが、専門家は、ここを説明しない。だから、古田さんは、増殖しないSTAP細胞を大量に得ることが難しいと公言してしまいます。古田さんの頭は、最初から小保方ES捏造ありきなのだと思います。
最終的にはごく微量な量を扱うことになるチップセック実験は、難しいです。この実験の、手間隙、熟練度について、調査委員は、説明しない。
小保方氏が、やったとの印象操作にしたいのでしょう。
最終的サンプルを持ち込んだ事実をもって、全部小保方責任にしたいのです。
個々の実験に触れず、全体でまとめて、全責任を小保方氏に押し付けるための「解析」なる語句の乱用です。
古田さんは、他のRNAセックと同じような手間隙だと考えている。サンプル調整などと言って、チップセック実験の手間隙と難しさを知らないのです。調査委員に、なぜ、チップセック実験が、可能だったのか？を質問するに至りません。細胞のままで残ってもRNA解析はできないです。
このチップセック実験は、基礎的実験のプロがやったもので、小保方氏は補助でしょう。DNAインプットが、だれの手によってジーバスに保存されたのかだって、公開されてません。小保方氏が、ES混入犯というならなら、ここをしっかり追及すべきなのに、調査委員会は、調査してません。
この伊藤証言は、重要です。しかし、伊藤氏は、誰が何をやったとは一言も言ってませんから、上記は、当ブログの想像でしかないです。
ため息さんは、どこに何が書いてあるのかを知らない。
ため息さん、
＞「リバイス時に小保方氏がGRASに幹細胞を持ち込んだとの情報」
← そんな情報はどこにあるの。桂調査委員会報告書ではGRASに持参したのは小保方氏とあるだけで時期を特定していません。ｐ１７「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」とあります。つまり時期に関係なくすべて小保方氏が持参したわけです。書いてないからリバイス前と後では異なるなどと言うな。無いものを根拠にするな。
2013年リバイス時に小保方氏は、STAP幹細胞を持ち込んでいる。もう、STAP実験は終っている。
この時の事が書かれている16頁を、ため息さんはみていないのである。
若山研究室から譲り受けたSTAP幹細胞を解凍培養してサンプル調整して、GRASに持参したけで、チップセック実験とは関係ない。
ｐ１７は、項目だてを変えて、実験全体を評価したものに過ぎない。「解析」なる語句を使って、実験全体を小保方責任との印象操作がされている。「解析」なる語句の一人歩きである。
「解析」なる語句は、実験をした人ではない。
すでにチップセック実験は終わっており、リバイス時に、小保方氏が調整したサンプルを持参した事実をもって、小保方氏がチップセック実験もやったと社会を誤解させたい人たちがいて、そこからの圧力が、桂調整委員会にあったのだろう。
さすがにまずいと思った伊藤氏は、リバイス時の実験ではないと明言しました。
そして、桂報告書は「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」との「評価」を一旦書いてから、小保方氏にはその責任を問えないとしたのです。
桂報告書は、文章を最後まで読まないと真意がわかりません。ES捏造画策学者たちからの、「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」なる文章を入れろとの圧力があったと思います。実際に要請があったかはわかりませんが、桂調査委員たちは感じたと言うことです。
以下のやり取りをみても、マスコミの誘導質問に、伊藤氏は協力してますよね。しかし、伊藤氏は、チップセック実験での小保方氏の関与には言及してません。
＞古田氏：「サンプル調製とその依頼をしたのは小保方さん一人であるいうことは推定できますか？」
伊藤氏：「ご本人が持ち込まれた、ご本人もそのように証言されています。」
小保方本人が持ち込み、持ち込み証言したのは、2013年のSTAP幹細胞持ち込みについてです。
とにかく、伊藤氏が、時期を特定させないのは、科学者としては珍しいのですが、小保方ES捏造印象操作には協力してるのです。
桂報告書
＞小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通
じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
桂調査委員会は、小保方氏が、幹細胞、チップセック実験についての実験実態を知らない事がわかったから、責任を問えないと判断したのです。リバイス時に、小保方氏が、STAP幹細胞持ち込みに四苦八苦している様子を見れば、桂調査委員たちはいろいろ気付くと思います。
とりあえず、ES捏造で騒いでしまった学会、政治家、取り巻き学者、マスコミに配慮した理研の裁定でした。そして、実際に小保方氏が、訴訟に出て、ひっくり返ることになっても、理研が複数部署に配慮した事実は残りますから、理研にとっては、印象操作をすれば十分なのです。
plusさん、
＞ChIP実験の手順など知るつもりもないですなあ
抗体で別々に沈降させることの意味が、plusさんにわかって良かったです。まだ長い道のりだけど、論文読解スキルは上がっていきますよ。それより、ため息さんは学術者なのに学ぶ気が無いのがわかったでしょう？つまり、学ぶ一般人が、怠け者を越えるのは、案外簡単だと思わない？
情報の世の中だもの。情報は、他人を納得させることが何より大事だわね。
参考サイト
メタボローム解析の目的
メタボローム解析を行う目的は、分野によってさまざまです。ここでは、メタボローム解析を「ターゲット解析」と「ノンターゲット解析」に大きく分けて解説します。
ターゲット解析とは、解析する代謝物をある程度絞り込み、正確かつ定量的に測定する方法です。解糖系やTCA回路など代謝経路が解明されていて、そのうちどの代謝物の量が変化しているのか知りたいときに向いています。例えば、がん細胞では、酸素の存在下でもTCA回路により酸化的リン酸化よりも解糖系によってエネルギーを得る傾向が強い「ワールブルグ効果」が知られています。どの代謝物の存在量が変化しているのかを調べることで、がん細胞特有の代謝を理解することにつながります。
もう一つのノンターゲット解析は、ターゲット解析よりも幅広い代謝物を測定します。生命現象を解明するためには未知の分子にも着目する必要があります。その際、先入観を持たずに網羅的に解析できるノンターゲット解析は強い味方となります。膨大なデータから仮説を組み立てる「データ・ドリブン」な方法といえます。疾患のバイオマーカーの探索にも向いています。
メタボローム解析は、動物以外にも行われています。腸内細菌叢の代謝分析や、農作物やアルコール飲料の産地・生産工場の差異分析にもメタボローム解析が使われています。
分かっていない人は、相手がわかっていない人と想定して文章を書いてしまいます。
その結果、分かっていない人は、初歩レベルなことをいくらでも書いてくるのです。
学とみ子にとってのため息ブログは、相手にしてはいけないと思って、かっぱえびせん提供を止めたのですが、残念ながら、何か、学とみ子はまた、もどっていますね。
やはり、学とみ子は、「やめてください！」と言いたくなのですね。
STAP事件勃発以来、10年間近くたっても、plusさんは、わからないままで書いています。
ため息ブログでは、正当な議論がされず、指導者がいるわけでもないのですから、一般人は迷走します。
学術者は、正しい理解を授けてくれずに、間違った方向へ、人心を向ける事を続けています。
こうした自称学術者のサイトにいる限り、plusさんの勉学は進まないと思います。
シークエンス、リードも、被覆率の意味は、もうみんな知ってますよね。
それぞれの単独の語の意味など、皆知っています。
単語の解説サイトを紹介しても、何の意味もありません。
STAP事件で登場する科学用語は、正当に理解しないといけません。
チップセック実験は、RNA-seqとの違いや、何を目的とするのか？をしり、実験の手順を理解しないといけないです。
専門家が説明しないので、正しく理解することが、一般人にとっては難しいのです。
plusさんはあいわからず、何を問題視されたのかがわからないのです。
自身に基礎体力がなくて、しっかりした科学力を身につけていないことは、plusさんが知っているはずです。
plusさんは、チップセック実験の意味について理解をすることができず、辻褄があう説明ができないのです。
つながるはずもない関係性のない説明を、整理付かないまま一つの文章内に入れ込んでしまうのです。
文章前半の説明と、後半説明とがまったくつながらないままの作文を書いてしまうのです。
それでも、plusさんは虚勢します。
plusさん
＞伊藤氏が被覆率がどうのと述べたのがどういう意味だか知りたい人は皆、とうの昔に調べたことなんですなあ。それ以前に、NGSとはいかなる物か？どういう原理？なにが調べられるの？ということを調べた人はみんな、リード数やら被覆率orカバレッジorデプスといった言葉に行き当たるんですなあ。だからSTAP関連でわいわいやっている人はみーんな、もうずーっと前から知っているわけです。
STAP論文に出てくるなんとかシークエンスというのは何？と思った人はとっくの昔にみーんな調べて知っていることなんですよ。
それぞれの単語の意味など関係ありません。STAP事件の理解には初歩レベルです。
plusさんは、自身の文章に関係性の無い説明同士を一緒にいれこんでしまい、結局、全体で意味をなさいものにさせています。
plusさんは、チップセック実験がわかっていないことを自覚していると思います。
それでも、plusさんは分かっている人にみせかけようと、関係のない説明文章を並べてしまうのです。
下記の文章は、学とみ子は抵抗を感じますし、それが正しいものであるかのように持ち上げるため息さんにも抵抗を感じます。
ため息さんは、全く、この周辺の知識を持ちませんから、素人のおかしな説明をきちんと修正する力がありません。
このplus文章は、意味がよくわからないまま、見せかけの説明を並べたものに過ぎないのです。
＞「なぜ、細胞そのものが多量に必要なのか」なんて、
「ChIP-seq 細胞量」
と検索するとすぐ「少ない細胞量からChIP-seq」というページがヒットしてすぐそこに書いてありますよ。
抗体のビーズと抗体の相互作用などなどを使い間接的な方法でデータを取得するからですな。
観察が間接的であればあるほど、夾雑物の特性が理想的ではなかったりばらつきがあったりでS/N比が下がるのはChIP-seqに限らない一般的な原理です。S/Nが低いなら、良好なデータを得るにはもとの情報すなわち細胞が多量に必要になる。
また、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
抗体のビーズによる沈降で問題になる夾雑物と、S/N比は関係がありません。
ウエット。ドライがごちゃごちゃです。
「少ない細胞量からChIP-seq」のページなど、関係ないですね。plusさんは、きちんと引用サイトを示していません。
そんなサイトを見ても、ChIP-seq疑惑につながりません。
plusさんは、あれこれ異なるサイトを見ては、plus自身で理解できたような気がしたサイトの文章を持ってきて並べるのでしょうね。
「抗体のビーズと抗体の相互作用などなどを使い間接的な方法でデータを取得するからですな。」
何が言いたいのかわからないですね。間接は何？直接は何？も示せてません。
「観察が間接的である」って、意味がわかりませんね。
ゲノム構造を人が知るためには、方法が必要なわけだから、そういう意味では、どの手法も「間接的な方法」です。
つまり、「間接的な方法」と書くなら、何が直接的なのかを示して、それに比べて、何が間接を説明すべきです。
＞観察が間接的であればあるほど、夾雑物の特性が理想的ではなかったりばらつきがあったりでS/N比が下がるのはChIP-seqに限らない一般的な原理です。S/Nが低いなら、良好なデータを得るにはもとの情報すなわち細胞が多量に必要になる。
また、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
ドライもウエットも、ごちゃごちゃです。
伊藤氏の説明が違っています。
分からない人が読んだら、科学が書いてあるのかと思うかもしれないけど、学とみ子が読むと、意味が通じませんね。
ChIP-seqの実験と他の遺伝子解析実験との違いについて、plusさんはわかっていない上に、DNAシークエンスとも混乱しています。
つまり、上の文章は、ChIP-seqの意味が分かっている人の文章ではないのです。
夾雑物なるものは、どこで何が生じるものなのかもわかっていないのです。
蛋白を沈降させた時に生じる夾雑物も、DNAシークエンスをする時のノイズが区別できていません。
つまり、ウエットである蛋白の実験も、ドライであるDNAシークエンスも何の区別もついていません。
ChIP-seqが何のための実験かがわからない人が書いた文章ですから、その弱点なんて、論じられるはずがありません。
チップセック実験の意味を勉強するのが先です。
plusさんは、平気でこうした虚勢をするんですよね。
そして、困ったことに、ため息さんは、学術者なのに、このplus思いつきを否定しないことなんですよ。
＞それ以前に、ChIP-seqに必要な細胞量がどうであるからES細胞の混入による捏造が難しくなるとか不可能であるとかは全然ないんですなあ。それは調査報告書の14Pがきちんと読めていればわかりますな。
同じように、plusさんの説明で登場する、ChIP-seqに必要な細胞量と、ES細胞の混入による捏造の話は、関連性が全くありません。
細胞が多いとか少ないとかは、蛋白複合物を沈降させた時のDNA量に関係する話であって、捏造問題と結びつきません。
なぜ、全く違う話を同じ文章内に入れ込むんでしょうね。
があるのでしょう。
こうしたつながりのないplusさん独自文章は、plusさんだけしかわからないストリーなんですよね。
＞報告書14Pを理解していればオボカタ氏が細胞を用意したことを持ってオボカタ氏の混入と決定されない理由が理解できますな。
時系列をきちんと考えれば、ChIP実験の行われた時期などの調査委がヒアリングして収集した情報を調査委発表の前に一介の記者である古田氏が知っているわけがないこともわかりますな。
記者の古田氏は、チップセック実験の時期を知ろうとすれば知れる立場にあったと思いますよ。
でも、ES捏造画策学者は、古田氏に情報をわたさなったと思いますね。
Zscan4の断片的情報から推測すると、ツイッターで、彼らは話をしていたみたいです。
Zscan4
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
@joodandesho @y_ohinata @caripso もしミトコンドリアが核の雌親と違うなどでntESであるとわかれば，自然交配のF1ではあり得ないんじゃないでしょうか。若山先生が4Nキメラを作って渡さない限り，仔マウスは得られません。
午前0:56 · 2014年10月29日 この線ぐらい... 2023/10/13
plusさん、
＞ChIP-seqの需要は最近ますます高まっており、こういう弱点は研究をする人の間で共有されており対策が講じられて克服されていく。ということはそれについて書いた「少ない細胞量からChIP-seq」のような情報がすぐ見つかるということなんですよ。
調べればものの10分で出てきますな。
チップセック実験は、小保方氏のリバイス時に実験可能であるタイプの実験ではないことは、プロならすぐわかると思います。
でも、古田氏は、チップセック実験が若山氏が移転した前にやられたことを知らなかったみたいですよね。
伊藤氏に、「確認できますか？」と聞いているのです。
伊藤氏は、わざわざ、古田氏に「リバイス時ではない」と言ってくれました。
リバイス時に小保方氏がGRASに幹細胞を持ち込んだとの情報から、小保方氏がすべての実験を行った証拠があると、古田氏はみなしていたのかもしれませんね。
＞DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成するのにも被覆率も高い方が安全だからここでも必要な細胞数は増えることになる。これは調査委会見で伊藤氏が述べていますな。
DNA量は十分あるにこしたことはありません。
しかし、伊藤氏は、DNAを断片化して読みそれらから長いDNA鎖全体をコンピュータ内で再構成する際の被覆率を問題にしたのではありません。そんな初歩レベルの技術の話などしてませんよ。
伊藤氏は、RNA-seqのデータでは、SNP解析はできず、危険であると言っているのです。
RNA-seqでSNP解析するのは危険だという話です。
つまり、遠藤氏の行った解析を批判しているんですよ。
桂報告書をplus流に解釈することはいくらでもできます。
しかし、その解釈は、plusさんだけが正しいと思うだけのものです。
plusさんは、plusレベルで、桂報告書を理解しているにすぎません。
ため息さんも、迷える一般人を正道に導いたりはせずに、そのまま、放置するんですよね。
plusさん
＞NGSというのは、シークエンサーがDNAを読みながら目的のDNAをより分けてくれるのではないですからね、それは人が行うわけです。
ある物質に結合する分子だけ取り出すと、それが目的に合致したDNAであるというのですからRNA-seqもChIP-seqも間接的なわけですなあ。それを機械に読ませるんですな。
RNA解析の方が歴史が長いから、2011、2年当時には使う薬品や粉砕の程度や容器サイズ温度管理等のノウハウ等、選択の手法が確立しており、少ない量の細胞から良好なデータが得られる方法が確立していたというだけの話ですな。
2012年当時には歴史が浅いChIP-seqの方法はまだS/N比がよくなかった、という話ですよ。
上記で検索すればそれがわかるという話ですな。
plusさんは、結局、こうした科学からはかけ離れた文章しか書けません。
＞調べなかったということは学とみ子は伊藤氏がなにを言っているのか理解できないまま放っておいたということでしかないんなあ。
ChIP-seqの実験詳細を述べて見よとかほざいたのは誰でしたっけねえ。おお、恥ずかしいこと。
＞伊藤氏が被覆率がどうのと述べたのがどういう意味だか知りたい人は皆、とうの昔に調べたことなんですなあ。それ以前に、NGSとはいかなる物か？どういう原理？なにが調べられるの？ということを調べた人はみんな、リード数やら被覆率orカバレッジorデプスといった言葉に行き当たるんですなあ。だからSTAP関連でわいわいやっている人はみーんな、もうずーっと前から知っているわけです。
STAP論文に出てくるなんとかシークエンスというのは何？と思った人はとっくの昔にみーんな調べて知っていることなんですよ。
初歩的知識をデタラメに並べて、必要な知識の習得ができていないことがバレバレになっていても、そこが気付けないのです。
伊藤氏の説明を聞いても、上記のようにplusさんは、正しく理解できないでいるということがわかりました。
やはり、plusさんにとっては、理解に至らないとても難しい伊藤氏の説明なんだなと感じました。
つまり、伊藤氏の説明のメインはRNA-seqのデータでは、SNP解析しないという話であって、これを聞いた人たちは、誰もが共通の理解ができていると学とみ子は思っていましたが、そうではないことが良くわかりました。
つまり、分からない人の中には、その人の中で勝手な理屈をこねくりだし、分かった人になっている気分でいる人がいるのだということもわかりました。
古田氏の伊藤氏への質問は、チップセック実験も小保方氏が行ったと確認したかったのだと思うのですが、それが若山氏の移転前の実験であるとわかって、古田氏は混乱しました。
古田氏は、毎日作ったSTAP細胞を培養継続してため込むという作業ができるとは想像していなかったと思います。
だから、「増えないSTAP細胞だから、チップセック実験の材料になりえない、つまりＥＳだよ」との、情報提供を受けていたのではないでしょうか？
このように、古田氏は、作成後のSTAP細胞をため込むという作業がどのような状態かについて、情報提供を受けていないのですよね。
伊藤氏が「とにかく良く作れた！と小保方氏は言ってました」と言った時に、古田氏は、笑いましたよね。
古田氏は、小保方氏がESを培養して周りをごまかしていたと信じていたと思います。
小保方氏ESねつ造ありきが最初の出発点なのです。
恐らく、伊藤氏がわざわざ、「チップセック実験は若山転出前である」と言ったのは、伊藤氏は、チップセック実験がリバイス時に行われた実験と当時、言われていたのを知って、伊藤氏は訂正したかったのだと思います。
チップセック実験のSTAP細胞が単細胞パターンであったことから、小保方氏がチップセック実験をやったことにしたい人たちがいるのです。
それこそ、インプットDNAは正当なるサンプルか？が、問われることは理研の誰も望みません。
桂調査委員会は、こうした大事な問題を追及しないのです。
伊藤氏は、小保方氏が若山氏からの要求に応じて、来る日も来る日も、STAP細胞つくりに追われていたと証言しています。
つまり、この時期に小保方氏がチップセック実験を同時にやるのは無理ということも記者たちに伝えたかったのだと思います。
結局、記者からの質問で、「小保方氏がES混入に関与したということは言えるのか？」に対し、桂氏は、「ES混入は証明できたが、誰が関与したのかはわからない！が結論だ」と言ってましたね。
この時、記者から、強い反論がありませんでした。
本来なら、記者たちは、「それでは、小保方氏以外の誰か？たとえば、小保方氏あるいは若山氏に恨みを持つ者のしわざであるとかの可能性もあるのか？」となるのに、そうした質問にはならないのです。
記者全員が、小保方犯人であってほしいからですね。そうした報道をしてきたからですね。
記者たちは、「小保方氏が怪しいが、桂調査委員会は決められない」との裁定になってほしいとの希望があるから、それが崩れるような質問は何も言わないのですね。
普通は、チップセック実験がわからないレベルの人はあまり自身の考えを外には発信しないと思うのですが、plusさんはそこに抵抗が無いみたいです。
plusさん的には、私（plus）の想像がはずれりゃ、はずれたまでだ！と終わるのでしょう。
まあ、plusさんは、「理解が正しくても、間違っていても、私の知った事か！匿名一般人だから、怖いものは何もない！」との居直りなのでしょう。
こうした素人のデタラメ書きを読んでも、ため息さんは、何が間違っているのかもわからない学術者なんです。
参考ですが、以下のサイトを見つけました。
学とみ子の主張のように、チップセック実験が手間暇、熟練を要することが書かれていました。
＞ChIP-seqやChIP-qPCR等、クロマチン免疫沈降を用いた実験手法は手順が多く、経験やノウハウの積み上げが実験の成功を左右します。
STAP論文レター論文にのった図表を作製するには、CD45、ES TS STAP-SC, FI-SC、STAP とこんなに多くの細胞についてのてまひまのかかるチップセック実験を繰り返す必要があります。
Figure 4 | Differentiation potential and epigenetic state of STAP and STAP-derived stem cells.
古田さんが、伊藤氏に聞くべきことは、小保方多忙な時期に、この実験は誰が行ったのかを聞くことだったのではないでしょうかね？
古田さんは、チップセック実験が他のRNA-seqと、何が違うのかの説明を理解していなかったと思います。
ChIP was performed using sheep anti-mouse IgG beads (Invitrogen)or protein A beads (Invitrogen) coupled with anti-histone H3K4me3 antibody (Wako, catalogue no. 307-34813) or anti-histone H3K27me3 antibody (CST, catalogue no. 9733), respectivel
plusさんも、このキモの部分を全く理解していません。
plusさんは、抗体を用いたDNA沈降反応について、なぜ、沈降するのか？何のために沈降させるのか、まったくわかっていなかったですね。
plusさんは、基礎を固めるという気がないですからね。自身が理解できていないという意識が希薄なのです。
しかし、plus自身は理解できているとパフォーマンスできるのですから、まともな人は、こうした人（plusさん）の図々しさに負けてはいけません。
相変わらず、plusさんは、夜中まで、自身の理解と、学とみ子への侮辱を書いています。
ここまでくると、ご苦労様となります。
STAP細胞議論にふれず、自身の自慢のためにため息ブログに来るだけの他の人たちにくらべ、plusさんは、エネルギッシュに追及心が旺盛な人であるとのポジティブ解釈もありなのでしょう。
でも、チップセック実験における沈降の目的がやはりわかっていないのですね。
わからない実験は、結果の図を見ていろいろ学べると思うのですが、plusさんは、そうした経過をとらず、ネット情報を強引に自身のアイデアにあてはめるという作業をしています。
レター論文Fig4の、 H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を見ての、実験方法を発想をしてませんね。
plusさんは、生の実験データから考えずに、自身のアイデア優先のようです。
自身のアイデアの主張と、他人への侮辱は、飽くなきマインドで書き続けることができる人なのでしょう。
高齢者の学とみ子にはお相手するには無理ですね.。
さすがのため息さんも、科学も非科学も、論理も思いつきもごちゃごちゃなplus縦横無尽さには、すぐ反応ができないようです。
plusさんの言い分は、議論の精度も深さも皆無で、このタイプの文章を読む素人は、ただ、混乱するだけですし、プロなら、すぐ打ち捨てます。
ネット情報を不消化のまま、断片的に引用しても、実際のSTAP論文、専門家の言い分を、正当に理解できるようになるまでには大いなるギャップがありますね。
そのギャップをいまだに越えられない状態でいるのがplusさんです。
こうしたplusスタイルをみていると、間違っていても平気で公開文章を書いてしまう気質の人は、専門知識も獲得できないことがわかります。
@caripsoが、kahoの日記の遠藤氏であることくらい、皆、知っているのですが、plusさんは、自分だけが知っていると思ってしまうようです。
plusさん、のデタラメが続きますね。
Zscan4さん引用した文章も、遠藤氏論文内容とは関係がありません。
plusさんには、遠藤論文はわからないのですが、わかった人になってしまいます。
傍から、plus虚勢を批判されようがplusさんは意に介さず、瞬時でも、自身の優越感が優先します。
科学とはなれて、いくらでも、自身の思い込みを書き続けてしまうようになったのも、ため息さんの影響なのでしょう。
＞だからこの会話は遠藤氏の行った解析に関する会話なんですなあ。
ため息さんも、遠藤論文を読むような人ではないから、plusさんのデタラメもわからないままでしょう。
以下のような、勝手な作り話をしてしまうplusさんに対し、さすが「行き過ぎた！」と、ため息さんは思わないのでしょうかね。
＞クロマチン沈降したものを観測するということは、生きて動いているDNAを観測しているのとはイコールではないんですよ。試薬が結合することと、DNAが働くためにある状態にあることとはイコールではないのですよ。クロマチン沈降で得られるDNAは、実験にどの試薬を使用するか、どんな温度で、どんな作用時間で、どの程度寸断するか、などなどのパラメータで左右されるんですなあ。結局得られるものは「機能しているDNA」の代替物でしかないわけですよ。それは高品質な代替物であったり低品質な代替物であったりするわけですなあ。
わっかりますかあ？
＞ここで言う「ウエット」とは、「ドライ」である次世代シークエンスをするための装置に最適なライブラリを作っているんですなあ。
この場合はドライの実験が目的なのであり、ウエットの部分はドライに奉仕するためにあるのですなあ。ドライの解析を行う機械が高いS／N比のデータを作ってくれるようにライブラリを調整するんですよ。そして、結果的に全体のS／N比が高くなるんですな。あったりまえの話ですな。
ウエットにS/Nがあるんじゃないんですよ。S/Nはウエットとドライ両方を含んだ実験全体に対して発生するんですな。
そのために、S?Nが高くなるような工夫の塊であるNGSの専用キットを使いましたと論文にわざわざ書いているんですなあ。学とみ子は自分で引用したことが読めていないんですな。間抜けですなあ。
全部が全部この調子。バカの塊。書いていること全体がゴミ。
上記のplus文章には、不消化なままの用語が並んでいます。
plus文章をたまたま読んだ幼稚園児が、専門的文章であると勘違いする事を意図して書かれています。
学とみ子も、ため息ブログもだませない文章である事が、plusには予想できないのです。
ウエットの材料には、ドライに持っていくだけでなく、他にも、メタボローム解析などに供されます。
ウエットの中身などは、plusさんは考えが及びません。
＞「夾雑物なるものは、どこで何が生じるものなのかもわかっていない」などと書くバカは調べていないというだけなんですなあ。
ネット情報の不消化理解の人が、いくら調べても理解できることは限られています。
センスのない人は、その人自身で調べれば調べる程に、間違っていきます。
夾雑物が何か？の基本が、plusさんにありません。DNAも蛋白も、plusさんは区別できません。
前回話題になった臨床検体でのコロナウイルス抗原検出でも、夾雑物が議論されました。
その時の夾雑物なるもの、今回の夾雑物なるもの、plusさんにとっては皆一緒ですね。
精度が改良したとのネットコマーシャル情報を得たら、すぐ、plusさんは何でもできるようになったと思ってしまう人です。
つまり、plusさんは、自身の目の前に現れた情報が全てなんです。批判やら反論を考えるための知識がplusさんに無いのです。
自身が知っている聞きかじり知識を寄せ集めて、いくらでもplusワールドが広がっていきます。
「だって、私（plus）は素人なんだから、間違って何が悪い！」というplusさんの居直りです。
批判されても平気というplusさんのスタンスは、トランブと同じですね。
どこにもいつでも、自己主張がとても強い人がいて、こうした人は影響力を発揮しようと頑張ります。
トランプは、国家機密と言って良いようなネタニヤフ首相の言動をしゃべって、マスコミは大騒ぎをしています。
米国民は、さすがに最近のトランブ言動には警戒心が出てきていると思います。
声の大きな人に振り回されないためには、一般人による知識の獲得です。
ため息さんは、こうしたフェイク展開をどう処理していくのでしょうかね。
うっかりコメントすると、自身の無知がバレるから静観ですかね。
ため息さんの今朝のコメントを見ると、plusさんの解説などはため息さんにとってはどうでも良くて、ただ、STAP論文がフェイクであるという主張に終始するだけですね。
嫌がらせ行為しかできないため息さんです。
＞学とみ子は偉いのです。経験者や専門家に勝るほと偉いのです。
まあ、必死で科学にチャレンジしようとするplusさんの強引な言動に対し、ため息さんは学術者としてのアドバイスしたりはしませんね。
ため息さんは、チップセック実験も知らないし、STAP論文理解に必要な知識を持ち合わせていません。
plusさんが試行錯誤して科学知識にチャレンジする姿を見ても、科学知識には知らんぷりです。
ため息さんが言うのは、学とみ子の悪口だけです。
まあ、plusさんはある意味で、純粋で、ため息さんは自身の保身のための言動しか無いということです。
plusさんは以下のように書いています。
＞報告書に書いてありますなあ。調査委はオボカタ氏にヒアリングをしたと書いてあり、オボカタ氏は答えなかった。誰でも読めますなあ。
読めないのは学とみ子だけですなあ。
これを引用して、ため息さんが書いています。
＞両ブログの読者はどちらの言い分を採用するでしょうか？
調査委員会は、チップセック実験を誰がやったのか？には触れていません。
調査委員会は、若山研究室で誰がどの実験をやったのかは、明らかにしていません。
小保方氏は、若山研究室の成果を譲り受けただけです。
当時、チップセック実験の時期がわかっていませんから、古田氏が混乱したのですからね。
plusさんがチップセック実験を理解していない事は、抗体ビーズがどこの部分に反応するのかをplusさんは知らないことから、あきらかです。
専門家が書いたように見せかけて、一般人（plusさん）がオリジナル知識を書くのは無理なんですよ。
STAP事件を追っている人たちは、plusさんの不十分理解は文章からすぐ察しますよ。
plusさんは抗体抗原反応という言葉を知っていても、それが実際の実験のどこの現象なのかがわからないのです。
なぜ、沈降するのかがわかりません。基礎がないから、用語だけが独り歩きをしてしまうのです。
だから、図表を見ても、そこから実験の実態を想像していく作業が、plusさんにはできません。
一方、真面目に基礎を独学した一言居士さんは、しっかり図表を読み取っています。
和モガさんも、このチップセック実験をいろいろ論評してますよ。
一言居士さんも、和モガさんも、自身がプロでないことを読者にわからせながら文章を書いています。
ため息さんは、学術者を名乗りながら、こうしたSTAP論文資料を読んでいません。
図表を読み取りません。
これは、専門であるとか専門でないという問題ではなく、科学に対して誠実なのか、不誠実なのかの問題です。
専門でない、勉強する気もないなら、STAP議論を続けないことです。
専門で無くとも、興味ある人は独学してから、STAP論議に参加しているのです。
しかし、ため息さんは、今更に、何をあきれたことを言い出すんですかね。驚くほどに、正直な感想ですよね。
STAP論文の図表を見て、そこから自然に読み取れる能力がため息さんには無いということですか？
＞当方は科学の研究の末端に属することになりますが、専門は全く異なります。
ため息さんは、今までの議論をまったく追えていないのですね。
ため息さん
＞桂調査委員会報告書には「どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られずp15」「どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないp17」等の記述があり、小保方氏がRNA-seq、ChIP-seqの実験の実施者、責任者であるのはあきらかですから、伊藤委員の発言とか他の事実と照らし合わせ、小保方氏だけが実施したのではない、小保方氏だけではできない、という論を作ればいいのです。具体的に説明することなく、小保方氏以外が実験操作をしたなどと根拠なく言ってないで、具体的に小保方氏単独ではできないことを説明してみろよ。
小保方氏がサンプルを用意したのは、リバイス時です。p15はその時に様子を書いています。
桂報告書は、2012年夏の若山研究室でのチップセック実験時でも、小保方氏がサンプルを持ち込んだと言っています。
しかし、サンプル持ち込みと、2012年夏の主要実験担当者は同じではありません。伊藤氏が証言しました。
p15の桂報告書は、小保方氏によるサンプル持参の事実をもって、小保方氏がチップセック実験をやったかのように印象操作をしています。
つまり、桂報告書は、小保方氏が不正なサンプルを提供したと、社会を誤解する方向へ誘導しているのです。
桂報告書は、論文作成時に解析された結果を論文に選んだ小保方氏の行動を拡大解釈して、全責任を押し付けています。
小保方氏が全実験に関与したと読者を誤解させているのです。
これに対し、伊藤氏は、明白に事実を話ました。
伊藤氏は、小保方氏がSTAP作製で多忙である時期に、チップセック実験もやられたと言ったのです。
そして、その言葉は、古田氏を混乱させました。
こうしたことを何度も書いているのに、ため息さんは無視をするのです。
そして、ため息さんは、学とみ子は説明をしていないと言い続けているのです。
でも、今回、ため息さんから「専門家ではない」との発言を引き出せたことは、一つの成果でした。
専門家でもない、STAP論文に出てくる図表の意味もわからないレベルの学術者でも、ESねつ造は本物だ！と言い続けていることがわかりました。
素人思いつき解説がまかりとおるため息ブログ、勉強しない学術者が管理するため息ブログの実態が明らかになったと思います。
このplus99%さん文章 2023年10月15日 11:59
＞学とみ子の追記も100％ゴミですなあ。
この記事には、科学事項が全く消えています。
学とみ子はヒントを出しているのに、その焦点に向かわないで、他の話題に移すのも素人の特徴です。
焦点事項が大事だから知りたいとの自覚が希薄なのです。
科学未知を知りたいとの情熱が無いのですね。
plusさんは、いくらでも、ネット検索して「科学のお話」を続けるのかと思いきや、plusさんの投了宣言ですね。
上記のコメントに反応したのか、plusさんは、少し気を取り直して書きました。
plusさん、チップセック実験理解を進めているようです。
plusさんの理解は、どの位進むでしょうか？
plusさんの理解が完了すれば、最初から分かっていた人を演じるので、その経緯を見ていきましょう。
とにかく、plusさんは、STAP論文の図表をみて、何を語っているのかを知ってください。
ネット検索による専門用語つまみ食いレベルを、早く突破してください。
＞「レター論文Fig4の、 H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を見ての、実験方法を発想をしてませんね。」
などという発言をする学とみ子は幼稚園児並みということです。
けけけけ。
H3K4me3部分と、 H3K27me3部分を別々に沈降させる事がミソです。plusさんは、学べましたね。そんなこと、幼稚園児だって知ってる！とplusさんは、言いそうですね。plusさんにとって、幼稚園児知識と大人知識が逆でしょうね。
oTakeさんの書き起こしとても参考になります。ありがとうございます。
＞伊藤：えーっと、とにかくたくさんできる時期があったと、ご本人がおっしゃっていて、
ここで、伊藤氏が、STAP細胞をため込む方法を披露したら、記者たちは納得できます。でも、伊藤氏は、小保方氏によるSTAP細胞の多量取得の方法を言わなかった。
STAP細胞が確実に取得できるようになった以降は、STAP細胞をため込むことは容易になったのです。しかし、実験に供したらそこで終わりです。新たに作れば、マウスが違うし、STAP細胞の能力も違うから、STAP細胞の遺伝子構造も発現も同じにならない。こういう大事な話を、調査委員たちはしないのです。遠藤氏ですら、把握してない。能力の低いSTAP細胞は出来上がる、これこそ、STAP細胞の正体です。実際に能力の低いRNA解析結果もあるのだから、STAP細胞の始まりは、ESとは違うのです。ところが培養やら、生体内で別の細胞に置き換わってしまう。調査委員たちにはわかっているのです。ESとは違う動態のSTAP細胞の存在意義は大きいのです。
小保方氏自身に説明の機会を与えれば、記者たちは大事な話を理解出きるのです。しかし、理研は、その機会も与えず、ES捏造の印象操作をし続けました。
STAP細胞培養についての情報が、全く出ていない。STAP細胞は、数週内なら培養ができるから、そこの時期にもES混入リスクはあり得ることを記者たちは知らない。培養中、培地交換は何度もやってるんですが、そこでのES混入リスクは毎回あります。しかし、調査委員たちは記者にそのリスクを言わない。
論文では、STAP細胞の培養継続について書いてあるが、専門家は、ここを説明しない。だから、古田さんは、増殖しないSTAP細胞を大量に得ることが難しいと公言してしまいます。古田さんの頭は、最初から小保方ES捏造ありきなのだと思います。
最終的にはごく微量な量を扱うことになるチップセック実験は、難しいです。この実験の、手間隙、熟練度について、調査委員は、説明しない。
小保方氏が、やったとの印象操作にしたいのでしょう。
最終的サンプルを持ち込んだ事実をもって、全部小保方責任にしたいのです。
個々の実験に触れず、全体でまとめて、全責任を小保方氏に押し付けるための「解析」なる語句の乱用です。
古田さんは、他のRNAセックと同じような手間隙だと考えている。サンプル調整などと言って、チップセック実験の手間隙と難しさを知らないのです。調査委員に、なぜ、チップセック実験が、可能だったのか？を質問するに至りません。細胞のままで残ってもRNA解析はできないです。
このチップセック実験は、基礎的実験のプロがやったもので、小保方氏は補助でしょう。DNAインプットが、だれの手によってジーバスに保存されたのかだって、公開されてません。小保方氏が、ES混入犯というならなら、ここをしっかり追及すべきなのに、調査委員会は、調査してません。
この伊藤証言は、重要です。しかし、伊藤氏は、誰が何をやったとは一言も言ってませんから、上記は、当ブログの想像でしかないです。
ため息さんは、どこに何が書いてあるのかを知らない。
ため息さん、
＞「リバイス時に小保方氏がGRASに幹細胞を持ち込んだとの情報」
← そんな情報はどこにあるの。桂調査委員会報告書ではGRASに持参したのは小保方氏とあるだけで時期を特定していません。ｐ１７「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」とあります。つまり時期に関係なくすべて小保方氏が持参したわけです。書いてないからリバイス前と後では異なるなどと言うな。無いものを根拠にするな。
2013年リバイス時に小保方氏は、STAP幹細胞を持ち込んでいる。もう、STAP実験は終っている。
この時の事が書かれている16頁を、ため息さんはみていないのである。
若山研究室から譲り受けたSTAP幹細胞を解凍培養してサンプル調整して、GRASに持参したけで、チップセック実験とは関係ない。
ｐ１７は、項目だてを変えて、実験全体を評価したものに過ぎない。「解析」なる語句を使って、実験全体を小保方責任との印象操作がされている。「解析」なる語句の一人歩きである。
「解析」なる語句は、実験をした人ではない。
すでにチップセック実験は終わっており、リバイス時に、小保方氏が調整したサンプルを持参した事実をもって、小保方氏がチップセック実験もやったと社会を誤解させたい人たちがいて、そこからの圧力が、桂調整委員会にあったのだろう。
さすがにまずいと思った伊藤氏は、リバイス時の実験ではないと明言しました。
そして、桂報告書は「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」との「評価」を一旦書いてから、小保方氏にはその責任を問えないとしたのです。
桂報告書は、文章を最後まで読まないと真意がわかりません。ES捏造画策学者たちからの、「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行った」なる文章を入れろとの圧力があったと思います。実際に要請があったかはわかりませんが、桂調査委員たちは感じたと言うことです。
以下のやり取りをみても、マスコミの誘導質問に、伊藤氏は協力してますよね。しかし、伊藤氏は、チップセック実験での小保方氏の関与には言及してません。
＞古田氏：「サンプル調製とその依頼をしたのは小保方さん一人であるいうことは推定できますか？」
伊藤氏：「ご本人が持ち込まれた、ご本人もそのように証言されています。」
小保方本人が持ち込み、持ち込み証言したのは、2013年のSTAP幹細胞持ち込みについてです。
とにかく、伊藤氏が、時期を特定させないのは、科学者としては珍しいのですが、小保方ES捏造印象操作には協力してるのです。
桂報告書
＞小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通
じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
桂調査委員会は、小保方氏が、幹細胞、チップセック実験についての実験実態を知らない事がわかったから、責任を問えないと判断したのです。リバイス時に、小保方氏が、STAP幹細胞持ち込みに四苦八苦している様子を見れば、桂調査委員たちはいろいろ気付くと思います。
とりあえず、ES捏造で騒いでしまった学会、政治家、取り巻き学者、マスコミに配慮した理研の裁定でした。そして、実際に小保方氏が、訴訟に出て、ひっくり返ることになっても、理研が複数部署に配慮した事実は残りますから、理研にとっては、印象操作をすれば十分なのです。
plusさん、
＞ChIP実験の手順など知るつもりもないですなあ
抗体で別々に沈降させることの意味が、plusさんにわかって良かったです。まだ長い道のりだけど、論文読解スキルは上がっていきますよ。それより、ため息さんは学術者なのに学ぶ気が無いのがわかったでしょう？つまり、学ぶ一般人が、怠け者を越えるのは、案外簡単だと思わない？
情報の世の中だもの。情報は、他人を納得させることが何より大事だわね。
参考サイト
メタボローム解析の目的
メタボローム解析を行う目的は、分野によってさまざまです。ここでは、メタボローム解析を「ターゲット解析」と「ノンターゲット解析」に大きく分けて解説します。
ターゲット解析とは、解析する代謝物をある程度絞り込み、正確かつ定量的に測定する方法です。解糖系やTCA回路など代謝経路が解明されていて、そのうちどの代謝物の量が変化しているのか知りたいときに向いています。例えば、がん細胞では、酸素の存在下でもTCA回路により酸化的リン酸化よりも解糖系によってエネルギーを得る傾向が強い「ワールブルグ効果」が知られています。どの代謝物の存在量が変化しているのかを調べることで、がん細胞特有の代謝を理解することにつながります。
もう一つのノンターゲット解析は、ターゲット解析よりも幅広い代謝物を測定します。生命現象を解明するためには未知の分子にも着目する必要があります。その際、先入観を持たずに網羅的に解析できるノンターゲット解析は強い味方となります。膨大なデータから仮説を組み立てる「データ・ドリブン」な方法といえます。疾患のバイオマーカーの探索にも向いています。
メタボローム解析は、動物以外にも行われています。腸内細菌叢の代謝分析や、農作物やアルコール飲料の産地・生産工場の差異分析にもメタボローム解析が使われています。
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