理解が難しい部分は万人に共通的なものですから、一般人は同じところでつまづきます。 しかし、わかっているふりの先生には教えられません。

PCR反応の理解は、ネットで静かに独学していくものですね。
お互いに専門家でない者同士が、相手の理解、誤解を激しく攻撃しあうのは不毛です。

しかし、ため息ブログは、学とみ子の間違いさがしに血眼になっています。
彼らは、どうしてもESねつ造説を維持したいのです。


PCR反応による増幅はどのような仕組みか？について、ため息ブログは、その仕組みを知りませんでした。

私たちは、お互いにゲル図を普段、見ていない職種どうしですが、彼らは自信をもって攻撃してくるし、仲間同士でうなずき合っています。

幸い、STAP細胞理解に向けて、細胞学手法についての基本的解説は、ネットに溢れていますから、自分自身の知識レベルに合わせて最適なものを選ぶことができます。


ため息ブログの特徴は、自分自身ではわかっている人になってしまうということのようです。
なりきり症候群の人たちですから、わかったふりで学とみ子を攻撃してきます。
そして、自身の思い込みやら誤解をめったやたらに書いて来て、学とみ子が間違いであると大騒ぎをします。

さらに悪い事に、ため息さん、plusさんの言い分を、当ブログから反論されても、彼らは決して認めません。
自分たちが正しいのだと主張続けます。

しかし、こうしたバトルを見ながら、STAP細胞を知りたい人たちは、それなりに参考になる知見はあると思います。

つまり、彼らは何がわかっていないのか？、学びの途上では、人はどこでつまづくか？ということです。

ため息さんは、学者の肩書がありますが、このPCR反応におけるプライマーで挟む理論を熟知していませんでした。
plusさんの暴走を止められず、同意したりしてしまいました。
ため息さんにとっては、学とみ子を激しく罵倒をしてくれるplusさんは、大事、大事ですから、ヨイショしておきたいのです。

plusさんは、プライマーではさむという仕組みが理解できず、20塩基あれば、バラバラになっている遺伝子構造の特定部位を選ぶことができるのだから、それだけで十分なんだという極論になってしまいました。
しかし、plusさんは、その性癖上、自らのミスは決して認めません。

plusさんに、自身のミスを認めてもらう努力は、とても不毛でしょうから、plusさん自らで勉強してほしいです。


一般人がローカルブログに間違いを書きこんだとしても、何の責任も生じるわけでなく、被害もでるわけでもありません。
plusさんは、専門家なりきりを楽しむ人ですから、自らの間違いは認めません。
本人は間違いに知らん顔して、また、次の当ブログへの侮辱用語の書きこみを続けることができます。

でも、傍の人から見れば、なぜ、plusさんは誤解したのか？を知ることができますし、学びの道を進むことができます。



PCR反応について、いろいろな図がネットに登場していますが、学とみ子が提示した図は、プライマーで挟んだDNA配列が増幅できる仕組みについて、一般人が理解しやすく書けていると思います。

二重鎖をほどいて鋳型DNAの一方のそれぞれに、逆方向のプライマーをアニーリング（結合させ）、最初の反応では伸展が自由に進み、伸長はとまりません。
しかし、端に赤あるいは青部分が付いたDNA配列の構造体となれば、ポリメラーゼは、赤、あるいは青構造を感知して、そこで伸長反応をやめます。

ここの理解がやや難しいので、ため息ブログは理解できなかったのです。
他にもいろいろPCR反応説明図はありますが、この図が、「なぜ、挟めた部分のみが増幅するのか？」の理屈を良く説明できています。

プライマーで挟まれた部分が限定的にそこだけ増幅するとの理解には、ポリメラーゼの働き方の理解です。

しかし、プライマー構造も含みはさまれた部分が、なぜ選択的に増幅していくかをしらない人は多かったです。
伸長反応は、一方的に進むだけで、止まるには止まるための仕組みがあるとの基本知識を、ため息ブログはしらないのです。


図（再掲）を見ると、赤と青で示されたプライマーがどのように作業していくのか、この図を見ればわかります。
図からは、青と赤で挟まれたDNA配列だけが増幅している仕組みがわかりますね。

最初は、鋳型となる一本鎖DNAには、赤か青の一方のプライマーしかないので、プライマーの先のDNAが鋳型DNAに沿って塩基が選ばれ、伸びていくのですが、この伸長反応は一方的に進み、ストップがかかりません。
しかし、次に再生されたDNA鎖において、赤あるいは青部分があれば、ここで伸長反応は止まります。
お互いに逆方向の伸長反応が赤、青の部分でとまり、その結果、赤と青で挟まれた部分のみ増幅することになります。






ため息ブログは、バラバラになったDNAしかイメージできないようでしたし、PCR反応では、キロベース長いDNAをそのまま増幅させていくとの理屈も知りませんでした。
端にプライマー部分があれば、伸長反応は、その構造を感知して止まるという理屈を、彼らは知らなかったのです。
挟まないと伸長反応が止まらないという理屈を知らなかったのです。

もともと、彼らは、DNAバンドがどのような物質の集合で人の目に見えるようになるのかの理屈を知らなかったのです。
ですから、長いDNA配列と、短いDNA配列がなぜ、同じように見えるのかという学とみ子の最初の疑問も理解できていませんでした。
ため息ブログが理解できないことは、相手の学とみ子がすべてバカバカ、デタラメだからというのが、ため息ブログの主張です。



ため息さん、2023年11月6日 21:28

ため息ブログは、「学とみ子がPCRを全く理解できていない」とコメントします。
plusさんの思い付きを擁護しますね。

＞この学とみ子の反論に対するplus99%さんの以下のコメントは正しいのですが、学とみ子には理解できないでしょう。

plusさんの勝手な思いつきを支持してしまいます。

＞plus99%さんのコメント：挿入だから数kbもある分子を作らなければいけない理由などないのですねえ。に対し
学とみ子曰く：遺伝子全部を増幅する必要はありません。どこまでDNA鎖を伸長できるかはポリメラーゼの能力、実験条件でしょうし、長さは一定ではありませんが、キロベースでは伸長できます。フィデリテイを増したまま、長いDNAを、PCRで増幅させれば、産物の質量も大きくなりますす。というのは、今回の松崎氏らの解析方法を全く理解できていないことを示しています。


＞実際に松崎氏等がどのように実施したのかはわかりませんので、教科書的な方法から推察します。当方は素人ですから間違いがあるかもしれませんが大筋はこんな感じだと思ってください。

＞PCRでは forward primer と　reverse primer の２つのそれぞれ２０塩基程度からなるDNA１本鎖を設計します。目的のDNAの塩基配列は明らかになっていなければできません。forward primer は目的のDNA鎖を増幅して得る際の目的DNA鎖に相補的に結合して特定のDMA部分を増幅するためのものです。ですから目的とするDNAの塩基配列によって一義的に決まるものです。一方reverse primerはforward primerから100塩基程度離れた部分に相補的なこれも20程度の塩基からなるDNA１本鎖です。このforward primer と　reverse primerに挟まれた部分（学とみ子が引用した図にあるでしょ）をDNAポリメラーゼがDNA鎖を合成（＝PCR増幅）します。forward primer は一義的に決められますが、reverse primer は増幅されるDNAの末端を決めることになり、primer の最適条件（Tm とかCGの割合とか）で決めます。これをプライマーの設計といいます。繰り返すことによりforward primer と　reverse primermの間のDNA鎖が指数関数的に増えるわけです。


上記は、初心者向けに教科書説明の形をとっていますが、ため息さんは、不要な説明を入れ込んでいます。
ため息さんは、「繰り返すことによりforward primer と　reverse primermの間のDNA鎖が指数関数的に増えるわけです。」と書いていますが、こんなことは誰でもすぐに理解できますから、無駄な説明です。
特に、下線部分の100bpにこだわる記載は不要です。

このような良く知らない人(ため息)の説明は、一般人が知りたいことは書いていません。教える側のため息さんは、PCR反応の難解部分を説明できず、誰でもわかる仕組みと、勝手なため息思い込みを書いているだけです。


新しい知識を獲得する時には、簡単に理解できる部分と理解が難しい部分が出てきます。
理解が難しい部分は、ある程度、万人に共通的なものですから、一般人は同じところでつまづきます。
しかし、わかっているふりの先生は、先生本人もわかっていないので、難解部分の説明ができず、易しい事だけを書きます。


ため息さん、
＞①まず、Acr/CAG-GFP という遺伝子挿入があることを証明するPCRの方法ですが、挿入した遺伝子全部をPCRで増幅する必要はありません。Acr/CAG-GFPのどこかの２０程度の塩基配列を選びforward primerを決め、100塩基程度はなれたとろからreverse primerを決めます。これでPCRを実行すれば、AcrpCAG-GFP遺伝子の一部の100塩基対（bp）が大量に作られることになります。長さは一定なのです。PCRの結果を電気泳動すると１本のバンドしかできないことになります。実際はもっと長い鎖とか短いのもありますが量は圧倒的に少ないので電気泳動では薄いバンドになるでしょうけど、これはゴミです。


FES1のアクロシンプロモーターコピーは20個ありますね。長すぎるゲノムは増幅できませんが、しっかりその部分を挟んだ方が精度が良いです。伸長反応にはミスが起こりますから、大事な目的とするDNA配列をしっかり選べるようなプライマー設計が求められます。
ため息さんは、いろいろな解説書は読まないで、100bpになるから、図も似た形になると説明しています。
100bpにこだわっています。


ため息さんの独自論の続き

＞②欠失部の場合。
②−１欠失部の塩基配列がわかっているからここからforward primer と　reverse primerを設計します。これを使って問題のDNAサンプルからPCRを実行します。
もしこのDNAサンプルから欠失部の100bpが多量にできたら、サンプルには欠失部のDNAがあったことになります。欠失があることがFES1の特徴ですから、欠失部のDNAができた＝欠失部を持っているということになり、このDNAサンプルはFES1由来でないことになります。
②−２　同様にしたら欠失部のDNA鎖の100bpができなかったとします。これはサンプルに欠失部のDNAがなかったということですからFES1の特徴です。しかし、増幅されなかったということは、「ない」から増幅されなかったのか、PCRの操作ミスので増幅できなかったとのかもしれませんので、「ない」ことは証明としては弱いことになります。
③欠失した染色体はその前後が結合して一本の染色体になっています。つまり結合部があるはずです。この結合部を桂調査委員会の記者会見のスライド１５ではJunctionといっています。傷口ですね。このJunction部の前後１１塩基、合計２２塩基配列をもとにforward primer をつくります。reverse primerは　100塩基程度離れた配列から20塩基配列を選び作成します。この条件でPCRを実施しますと　Junction を起点とした100bp程度の長さのDNA鎖が大量にできることになります。これがあったら染色体にJuntionがあった、つまり欠失があったということになります。

＞はいこのようなPCR産物を電気泳動しますと、設計が100bp程度なのでどの場合もおなじような位置にバンドが出現するでしょう。９ケのキメラ子それぞれにAcr/CAG、染色体３番と８番の欠失の有無を電気泳動する必要があります。想定される増幅されたDNA鎖の長さは設計通りならほぼおなじ、サイクル回数もおなじなら、バンドはおなじような場所におなじような太さでできることが期待されます。しかし電気泳動は全く同じ条件でも再現性が乏しいので、別々の電気泳動の結果のバンドの太さを単純に比較できません。

＞DNAのバンドは染色して、モノクロ写真になるわけで、そのコントラスを変えるとバンドの見かけ上の太さは変化しますので、同じ電気泳動ならいざしらず、別の実験との比較は慎重にする必要があります。

＞また、この実験では、目的のDNA鎖が大量にできるわけで、電気泳動で出てきた薄いバンドはゴミです。おなじような太さのバンドが複数でてきたら、PCRでうまく目的のDNAだけを増幅できなかったことになり結果は信頼できません。PCR産物の電気泳動の結果はAll or Nothing なのです。


＞「こまでDNA鎖を伸長できるかはポリメラーゼの能力、実験条件でしょう」　といいつつ、PCRのDNA増幅の図を掲載しているわけです。絵の意味がわかってないのがばればれです。増幅さえたDNA鎖の長さは一定で、DNAポリメラーゼの能力に依存してないことがわからないのでしょうかね。


ため息さんは、理解できない人のみをターゲットにして、印象操作に精を出します。ご苦労様と言う感じですが、ES捏造説サポーター学者のお決まりの手法です。

ため息さん、
＞プライマーはPCR産物のDNA塩基鎖をどれも同じような長さになるよう設計するから、問題が挿入された遺伝子だろうと欠失の傷口だろうとOCR産物は同じ長さのDNA鎖になると言っています。だからマーカーと比較してどちらも同じような位置に出現しているとしています。

＞反論できないから、理解できないからといって「お前のかーちゃんデベソ」発言はいい加減に止めてちょうだい。



「私は専門家だから正しいです。」というように、桂氏も記者会見でオーラを示していましたね。
でも、彼は、メチル化実験も、チップセック実験も詳しくありませんでした。

もちろん、専門家だからと言って全て熟知しているわけではありません。
しかし、一般人が十分の知識があればあるほど、専門家は自然体になります。
わからないことはわからないと言ってくれるのです。
虚勢、印象操作は、専門家であっても、多数の知識ある聴衆のいる場ではできないのです。
誰かがもっと確かな真実を知っているからです。

だから、記者会見では、記者たちは、桂氏に「そこは、わからないです。」と言わせていくことが大事です。
桂氏から、自然体のレスポンスを引き出せるかどうかが、記者のスキルです。
実際に、桂氏に噛みついた記者らは、「おかしいぞ、もっと追及しろ！」のニュアンスでした。
でも、残念ながら、記者たちも、小保方ESねつ造説をはずすことが許されないのですね。

そうした状況であった事が、今、問題になっているのです。




ため息さんの紹介した動画はわかりやすかったです。
初心者でも一発でわかります。ため息さんも理解できたでしょう。
静止画では、ため息さんの想像力をかきたてることができないようです。
ため息さんは、学とみ子の文章が理解できないのです。

＞理解できてない証拠です。赤、青の構造体とはなんだかわかりませんが、そんなのはありません。


ため息さん紹介の動画では、学とみ子が説明したとおりの反応が起きています。
ため息さんが、最初からこの動画を見ていれば、おかしな書き込みをしないですんだでしょう。
挟んだDNA配列がそのままDNA配列を維持したまま増幅されることが、ため息ブログにわかったでしょう。

当ブログが紹介したのは静止画でしたが、プライマー部位（学とみ子の説明図では、赤と青色で示された部分）には、ポリメラーゼ連鎖反応がとまります。ポリメラーゼは、端のプライマー部位から伸長反応が始め、鋳型DNA配列のプライマー部位で伸長反応を止めるのです。

どんなにデタラメ書きの証拠を示されてても、ため息ブログは反省がありません。
相変わらず、学とみ子が間違った！自分たちは正しい！と言っていく人たちなんです。
ため息ブログは、自らがデタラメ書きをしたことを認めません。
ホント、相手にしてはいけません。

赤と青の矢印は、プライマーを示すと既に説明があっても、ため息さんは理解できない。

学とみ子は、その前に赤と青とは何か？を書いてます。図にも、赤と青は、プライマーと書かれています。

＞図（再掲）を見ると、赤と青で示されたプライマーがどのように作業していくのか、この図を見ればわかります。



ため息さんは、動画で相補的DNAの図を見ながら、動く図になって初めて、PCR反応を理解する。

ため息さんは、文章からでは、知らない科学的反応をイメージできないのだ。だから、学とみ子がデタラメを書いているとしか、ため息さんには感じられない。ため息自身の側に問題あるとは決して思わない。

上記で、ため息plusデタラメ記載を引用されていようとも、彼らは意に介さない。こんな二人をサポートする学術者はいないだけの話だ。さすがにoTakeさんも、今回はだんまりだ。

ため息さんは、plusさんがそこで学とみ子悪口を書き続けて欲しいから、デタラメなplus言い分をヨイショする。

ため息さん、
＞その調べ方について学とみ子はほとんど理解できておらず、無駄口与太郎も間違えていることを、当方やplus99%さんが指摘してきたところです。




この大張ったりの虚偽性に気づかずして、otakeさんもよう言うよ。

ため息ブログが、PCR反応の何も理解しないままで、素人の思い付きを堂々と書いて、間違いを指摘されても、知らぬ存ぜぬを突き通す。一緒に、otakeさんも印象操作に加担する。

これがES捏造説の本態だと思うから、ES捏造画策者全員で、その虚偽性をさらしている。

つまり、わかったふりのため息ブログ全員が、STAP論文に登場する図表が読めるような人たちでは無いことが証明されたと思う。


plusさんは、いろいろ知りたいみたいで、頑張っているみたいだから努力を続けて欲しいです。一生懸命考えて、そちらに書き続ければ、自ずと答えが出るかも…。

＞バンドが太くなるのは主として実験手順の問題と実験環境の問題だ、
と述べているのですなあ。

＞ほうら。どこが間違っているのか述べてみ。
欠失の質量がバンドの太さに影響するというのが学とみ子の説ですなあ。



挿入と欠失が同じようなバンドとして見える理由は、学とみ子はこのレベルで、納得しました。

縦軸MマーカーのDNA質量が対数であるし、上の方にあるDNAと下の方のDNAでは集まり方が違い、こうした条件が違いが総合的にバンドの見え方に影響する。

plusさんの考え方と理解度は、plus独自のものだから、あれこれ想像しながら答を出すのは自身だ。


今回は、さらにplus独走が極まった。遺伝子は、メンデル法則、バラバラにしてから解析する、塩基20個あれば特定部位を選ぶことができるとの、plus流の断片的、初歩的知識のセレクションだ。plusさんは、plus独自の科学ストーリーを書き上げる。そのデタラメさを指摘されても、plusさんは悪びれる様子もなければ、間違いも認めない。
plusさんは、他人から得た知識を取り入れて、すぐに相手攻撃に使う。頭隠して尻隠さずなる状態もなく、頭も尻も出しっぱなしの人のようだ。

こうしたplus文章が、多くのおちょくり語句に満ちてしまうのは、やはり、plusさんは、反省を含めた恥ずかさの感情と、先手を制したいとの攻撃性を、合いまって持ちあわせしまうため、plusさんは、自身で自身の感情コントロールが難しいのだ。

plusさんは、相手の勉学、知識を否定し、他人に勝ちたいとの気持ちがとても強いのだろう。

一流人は、隠す感情だけど、ため息ブログは、自身に競争力がなくても、知識があるかのように見せかける虚勢の人たちの集まりだ。

理解できない事を、理解できたかのように説明する。ため息ブログは、焦点に触れず、周りをグルグル回るだけだ。そのグルグル回るりだけでも、ため息ブログは、既に間違う。

ため息ブログは、間違いを指摘されれば、激しく侮辱で返して来る。plusさんは、特に、侮辱文章を作るのが大好きだ。好きでなければ、こんなにはやれない。

人々の行動原理を考える時、ため息ブログの言動には参考になるものが多い。

ムリクリES捏造説維持が、ため息ブログを不幸にしている。
ため息さんは、今回も、わかったふりの先生役を大いに演じてしまったと思う。

ため息さんは、間違いだらけであることを明記されても居直る。

ため息さんは、しかるべきトレーニングを受けていないし、独学能力も低いのだ。それをごまかせていると思うから、以下のように居直れるのだ。


ため息さん、
＞学とみ子が当方等の記載のどこに間違いがあると指摘したのだろうか？