科学的新規現象を正当に評価するために、何が優先すべき課題なのかが、理研の管理者たちにわからなかったということではないでしょうか?

議論渦巻く事件において、専門的知識と経験が共にある専門家がしかるべき判断をしてくれないと、世の中、こんなにおかしな判断がまかりとおるということです。


ため息ブログは、自惚れが強い人たちが、「我こそは」と、ESねつ造説を振り回すコミュニティーです。

ため息さんは、「私は教えられる人だ!」と、うぬぼれ、自分自慢が、どんどん病的になっていきます。
ため息自身の思い込みに、しかるべき意味があると、錯覚していく人です。細胞ABCなど、まさにそれです。

さらに、ため息周囲には、Root: Leaf: Node:とか言い出して、何の根拠もない細胞ABCを持ち上げる人もいます。

ため息さんがおかしな状態になっていることは、oTakeさんにはわかるはずですからね。
それでも、oTakeさんは、ため息さんに忖度しているみたいです。




これとは別になりますが、oTakeさんは、記者会見の書き起こしをしてくれてありがとうございました。
8時間、ご苦労様です
この書き起こしを参考に、当ブログは、さらにいろいろと考えてみたいと思います。



何はともあれ、結局、専門家が、一切、STAP事件に触れない事が、今日の混乱を招いています。


そうした状況ですから、本庶 佑 氏の、新潮への寄稿は、重要です。
日本分子生物学会からのサイトにPDFの形で、今も見ることができます。

https://www.mbsj.jp/admins/committee/ethics/20140704/...

ウェブ新潮社「新潮45」July 2014 p28〜p33 「STAP論文問題私はこう考える」 静岡県公立大学法人理事長 京都大学大学院医学研究科客員教授 本庶 佑 質問1 STAP細胞とはそも …

本庶先生は、とても大事な事を言っています。
ランキング形式で書いてみます。

①まず小保方はこれまであまり多くの論文発表をしていませんので、この論文の作成と実験、プロジェクトの企画にも係わっていた上司の責任は最も重いはずです。
②今回、多くの研究者は理研の対応は大学の対応と非常に違うという感覚を持ちました。基本的に論文発表の活動は研究者それぞれの活動ですから、研究者が責任を負うものです。まず、理研CDBが事実を解明し公表することです。
③客観的データを積み上げて論文全体の評価を行い、著者全員の貢献の内容に応じて責任を明確にさせる必要があります。
④責任所在の体制をはっきりさせることが必要です。
⑤その時点でこの特許の発明者として名前が挙がっている人は小保方のみならず、理研では若山、笹井、東京女子医大の大和、ハーバード大学のバカンティ兄弟、小島です。この方々はコンセプトや実験に係わったということです。例えば犯罪において実行者と指令者がいた時、実行者のみが責任を負うということはあり得ないので、論文の論理構成を行い、これに基づいて論文を書いた主たる著者には重大な責任があります。
⑥論文が発表された後、捏造を含む重大な誤りが見つかった場合には著者全員がその仕事の内容に応じて責任を負います。

特に大事なのは、以下の二点です。

①の上司の責任は最も重いはずです。
②の理研CDBが事実を解明し公表することです。



本庶先生は、研究を主催した上司の責任を問うています。
小保方氏の研究歴から、本庶氏には、彼女が持ち合わせる知識の見当がつくのです。
その見当に関連させて、研究室を管理する上司たちの資質を問題にしています。
次に大事なのは、「理研CDBが責任を持って解明すべき」の視点です。
これだけ専門的かつ先駆的研究であったSTAP論文については、理研CDBでないと、責任を持って解明することができないという事実を、事件発生早期から、本庶氏はしっかり持っているということです。


理研を管理する人たちの科学力が高いのですから、CDB内で解決することが最良であることがわかります。
桂報告書の重要科学的捜査は、CDB内研究者によるものです。
彼らが、ESねつ造に関して、小保方犯行を問えないと結論しているのです。

確かに、最初の理研調査では、ES混入調査は行われませんでした。
しかし、その後の経緯を見れば明らかなように、このまま、理研は、ES混入調査をうやむやにすることはできません。
なぜなら、理研内部の研究者たちの間から、ES混入の調査が必須であるとの要望が起きたからです。
すでに、理研内部では、ES混入の証拠を持っている人もいろいろいたわけです。



理研の内部の人で、小保方氏に接した事のある人は、いろいろにいます。そうした人たちが、情報を提供します。
小保方氏がサンプルをGRASに持参した時の様子、その時でかわした研究者間の会話の内容、小保方氏がどこで驚き、どこで喜び、どこでめげていたのかを、つぶさに見ている人たちもいるのですから、理研内には、多くの内部情報があります。

しかし、外部委員では、小保方氏に対し、たった3回の聞き取り調査にすぎませんから、もろもろの事情はわかりません。
桂氏の言葉からわかるように、桂氏は、理研のESねつ造説学者からいろいろ情報を得ています。
つまり、マスコミと同じように、強くESねつ造画策者からの影響を受けてしまう立場にあります。
記者会見でのメチル化実験、チップセック実験など、桂氏は詳しい状況を知りません。


いづれにしろ、外部の委員ができることは限界がありますし、実際に行われた調査委員たちの質問も、問題がありました。
記者会見で、桂氏は聞き取り調査の様子を言いました。
その質問とは、「あなたはESを混入させましたか?」などという、とって付けたものであったようです。
事件関係者の各人に対し、外部委員たちが、ESねつ造犯行を確かめるための質問は、意味が無いとすぐわかりますからね。
単に、報告書に書くために表面的な質問をしているだけです。


外部委員たちは、もっと、実態がわかるような方向で、質問をすることができないのでしょう。
桂調査委員会は、小保方犯行を全面に出す任務を負わされていましたから、小保方氏に本音を話されると困るのです。
結局、小保方氏が、ESねつ造を否定できる形にはならないようにと、質問スタイルを工夫しているのです。


外部委員による聞き取りは、効果的でないことが明らかでも、理研を管理する政府関係者は、外部委員会を作りました。
理研を管理する政府関係者は、外部委員のよる調査の方が、客観的であり世間の受けもよいはずと思ったのでしょう。
管理者は、論文トラブルを、一般的な会社トラブルと同じように、みなしたのでしょうかね?

桂氏も、専門外の質疑応答には、困っていました。
なぜ、外部委員会が、この人選だったのかは、理研も管理者も明らかにしません。


結局、理研の管理者の頭には、「理研内部の研究者でなければ、正しいことはわからないだろう」 との気持ちにならなかったということでしょう。
生物を扱う研究における判断の難しさを、理研の管理者は、わからなかったということなのでしょう。

理研の管理者が、外部委員による調査が望ましいと判断したのでしょうが、そこに、理研内の専門家集団が意見を言うことができなかったのは残念でした。ある意味で、管理体制の不備ですね。

結局、専門家の仕事を、非専門家が裁くという体制になったのです。
検証実験の方法も、非専門家が考案した手法でした。
理研の検証実験に参加した専門家たちにとって、成果があがるようには、やらせてもらえなかったのです。
責任者であるはずの相澤氏の主張は、通らなかったと思います。

こうした状況ですから、CDB研究者層は、理研CDBで見つけた科学の誤りを、理研CDBで解決したいと思ったでしょう。
内部で解決した方が、より真実に沿ったものになるとの自負が、CDB内にはあったと思います。

結局、その学術的な努力は、BCA論文にはなりましたが、一般人の手の届かない内容になっています。
これを解説してくれる専門家もいませんでした。

こうした事態が、本庶氏の言う、「理研は、大学とは管理体制が違う」ということの意味です。
理研とは、専門家の判断の上に、専門家でない人の判断があるということです。


ESねつ造説は、個々の実験の責任追及をせずに、全実験の責任を小保方氏に押し付けたものです。
つまり、「全実験について小保方氏が詳細に実験を把握しているはず」を前提しています。

ESねつ造ストリーの創作した専門家グループが、最初から、研究者一人の責任になるように作ったからです。
全ての実験が、小保方氏の管理下にあったとされました。
これが、学術界に広がった噂でしょうし、広げた理研研究者たちがいました。
こういう人がいたから、他大学の教授などの人々は、ESねつ造説を信じたんですね。


この「全実験の責任は小保方にあり」のコンセントは、最後まで、桂報告書に引き継がれました。
だから、幹細胞やキメラをつくった人は若山氏であるとか、メチル化実験は若山研究室スタッフであるとかの事実と、小保方単独実験との関係の整合性が取れなくなったのです。
しかし、整合性に関わらず、桂報告書には、小保方氏が全実験の責任であるとの文言が書きこまれました。

記者会見でも、記者らは、小保方犯行の証拠を得ることに熱心で、それ以外の事を質問しなかったのです。

記者たちは桂氏に聞くべきでした。
「その実験は、本当に小保方氏がやった実験なんですか?小保方氏がやった実験でないから、彼女は、結果を知らなかったり、実験ノートをだせなかったのではないですか?」
など、STAP実験実態に迫る質問などは、記者は一切、しませんでした。




しかし、専門家であれば、見ている人はきちんと見ています。

上記の本庶文章で明らかなように、まだ、十分にSTAP事件の問題が明らかになっていない時点で、本庶氏は、実験の責任の所在をはっきりさせることの重要性を指摘しています。
上記②④の「責任所在の体制をはっきりさせることが必要です。」です。

致死的な刺激を与えた細胞が、どの後にどのような分化をきたす可能性があるのか?を、ある程度に予想できる人が、理研の管理者の中にいなかったということです。

ですから、本庶氏も言っていますが、STAP論文の疑惑については、理研のCDBが全責任をもって解明すべきだったのです。
そして、理研内の情報も持っている彼らが記者会見をやれば、小保方氏への追及範囲はどこまでなのか?について、記者も一般人も知ることができました。

CDB上層部は、そうした正当なことをやれる実力もあり、専門家もいるにもかかわらず、彼らは桂報告書の下書きをして、桂調査委員会に渡すまでしかできなかったのです。

外部者で構成された調査委員会は、一般的な会社不正などでは、うまく機能することはあるのかもしれませんが、STAP調査には専門性が高いです。
ESを扱っている真の研究者でなければ、どこで誰が間違ったのか?を知ることが難しいのです。

理研を管理する人たちに、外部委員による調査の限界と精度についての意識が薄かったのではないでしょうか?

研究室を管理する人たちに、しっかり論文評価を見極めることのできる人がいなかったということです。

科学的現象の正当評価とは何か?、どこが優先すべき課題なのか?について、理研の管理者に決める力が必要だっと思います。


oTakeさん、

ES 細胞として使えるようにした際の変異発生等を考慮に入れておらず、凍結細胞の解凍、ES 細胞を培養する際に相対差として既に 0.4~0.6 % 程度の不一致率が生じているということがすっかり抜けています。この部分を無理矢理、長期培養とか言ってこじつけているんですね。


一般論より、他のFES1関連細胞で、SNP変異がどうであるかが参考になります。他の細胞が、SNP変異を保っています。核移植細胞も近似性を保っています。しかし、FES1のみ、他と大幅に塩基変異が起きています。oTakeさんは、ここを認めたくないのが分かるけど、一般人でも、FES1だけ外れているのは理解できてしまいます。翻訳ソフトがあるから、誰でもわかってしまう時代ですよ。SNP解析の精度を無視した理論を無視してのごり押しは難しいから、やるなら、根拠となる論文を示すことが必要です。






Zascan-4さんのご紹介の論文です。ありがとうございます。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33733429/

Expression of SSEA-4 and Oct-4 from somatic cells in primary mouse gastric cell culture induced by brief strong acid
Yuli Hu et al. Mol Cell Biochem. 2021 Jul.



Abstract
Environmental changes can stress and alter biology at the molecular and cellular level. For example, metal-protein interaction is a classic physic and biological property of nature, which is fundamentally influenced by acidity. Here, we report a unique cellular reprogramming phenomenon in that a brief strong acid treatment induced the expression of pluripotent stem cell (PSC) markers. We used strong acid to briefly challenge mix-cultured gastric cells, and then subcultured survived cells in a normal cell culture medium. We found that survival acid-treated cells expressed PSC markers detected by commonly used pluripotent antibodies such as SSEA-4 and Oct4. In addition, we observed that the survived cells from the acid challenge grew faster during the second and third weeks of subculture and had a relative short doubling time (DT) than the controls. PSC marker-labeled 'older' cells also presented immature cell-like morphology with some having marker Oct4 in the nucleus. Finally, the expression of the markers appeared to be sensitive to metal ion chelation. Removal of the metals during a brief acid treatment reduced pluripotent marker-positive cells, suggesting the dissociation of metals from metal-binding proteins may be a factor involved in the induction of stem cell markers. Our findings reveal that somatic cells appear to possess a plasticity feature to express pluripotent marker proteins or to select cell subpopulations that express pluripotent marker proteins when cells are transiently exposed to strong acid. It opens new directions for understanding conserved regulatory mechanisms involved in cellular survival under stressful stimulation.


この論文のみそは、以下です。遺伝子領域で、金属と蛋白質が離れて、構造変化が起きるというストーリーです。

Removal of the metals during a brief acid treatment reduced pluripotent marker-positive cells, suggesting the dissociation of metals from metal-binding proteins may be a factor involved in the induction of stem cell markers.

この現象は、ストレス下の細胞研究における新領域を開くとあります。

It opens new directions for understanding conserved regulatory mechanisms involved in cellular survival under stressful stimulation.



ため息さんは、大事な事が分からないのです。学者として恥ずかしいのですけど、自覚がない。ため息さんは、精度の意味する現象をイメージできないのです。それを、学とみ子側の問題と思ってしまうので、ハッピーですね。

>意味不明。「より評価の精度が高い」とはなんですかね?日本語ができないから意味不明にしかならないです。

ため息さん、
意味のわかる方がいるのでしょうか?

みんな分かるから、何も言いません。近い時点で作られた細胞であれば、培養液が違っていても、細胞同士のSNP近似率が高いことが証明されているという事です。細胞ごとのSNPが、めったやたらにあちこちと変異していないとの証明です。精度が高いというのは、SNP解析の正確性、再現性が高いという意味です。


ため息さん、
当方の理解力がないのではなく「学とみ子側の問題」だと思うのは当方だけでしょうか?

SNP解析の手法について、ずいぶん議論しましたよね。皆、分かっているけど、ため息さんに遠慮してます。

oTakeさんは、SNP変異の確率は、細胞ごとにまちまちであると言ってます。しかし、STAPに関連する細胞のSNP変異は、測定ミスも含めて、この位の精度で維持されることが証明されてる。ここの変異率数値を前提に比較すると、FES1のSNP変異は、はるかに大きい。


遺伝子領域における金属と蛋白質の関係について、分かりやすい解説です。転写因子とDNAの構造変化が、酸性刺激によって起きる可能性です。この自律的変化が整然と進めば、分化細胞が、ES並みになるかもの研究があっても良い。又、ES並みでなくても、酸浴細胞における臨床応用の道を探っても良いだろう。

https://numon.pdbj.org/mom/87?l=ja

日本語説明が、推理小説のようにうまくかかれている。



凍結では、塩基変異しない。
細胞分裂するときのコピーミスが重なり、塩基変異が起きる。だから、「時間が違う」の意味は、「培養している時間が違う」の意味に決まっている。培養してない時間を、なぜ考慮に入れるの?

ため息さん、
FES1のSNPsの測定を何回も実施して再現性がある・ないなど誰が何処で議論したの?

そんな話しはしてません。測定回ごとのばらつきは議論になったけど、FES1のデータなどないです。


oTakeさんのご努力ありがとうございます。ここも重要発言がいろいろありましたので、書き起こしてくれてありがたいです。年度末で忙しい中、ありがとうございます。
外部委員会というものをわざわざ設置した言い訳のようなものを理事が言ってます。専門家による調査を、非専門家が説明することになってしまい、真の責任体制では無かったという事ですね。

川合理事

>科学的解析などに研究所の責任として、組織をあげて取り組み、その結果を調査委員会に提供するなど、調査に全面的に協力してまいりました。

>川合:若山さんも、あの、内容は了解したというふうに仰ってると聞いております。あの、書いたコメントはいただいてませんので、今後、出てくるようであれば公開させていただきます。


その後、もうこれで終わってしまいましたね。


oTakeさんの書き起こしには、次々と重要点が出てきます。

川合理事

>その決定的な証拠をきちっとそろえた上で調査をしていただきたいと考えておりましたので、その試料の解析から客観的事実が出てくることが明確になったところで、あの、本調査をはじめさせていただいたということです。

NGS解析をしたのは理研であって、桂調査委員会ではありません。桂調査委員会は、理研の科学的解析結果をもらって、その上に、私見じみた事を書き込んだのです。委員会3人の学術者の同意はとったと思いますが、この私的判断部分を、理研研究者も学術界も、スルーしたのです。専門家の学術者であれば、若山研究室の協力無くしての個人によるES捏造は、無理である事が分かりますから。理研は、これでは、小保方側から反論がでると予想したと思います。でも、理研は、学術界の顔が潰れない配慮に、最大努力したとの形はとれるから、それで十分だと思います。理研と、調査委員会は、学術界と、研究者を守る事を最優先したのです。この裁定に文句ある者は、「各個人が一人で戦え!」とのメッセージがあるように思います。


oTakeさん、以下のような主張は的外れですよ。

保管している間にも細胞は増殖率はかなり低いもののわずかながら死滅や増殖が起こっているのでわずかな”変異”は発生しています。

保管、凍結融解による細胞ダメージは、培養中に現れると思いますよ。白玉、赤玉のどちらかを拾う話も、培養中細胞に起きるイベントです。培養中に、塩基変異が広がる必要があるのです。


ため息さんは、どうやら、自分だけがわかっている人と勘違いをしてしまうようですね。
何をいまさらに書くのでしょう。
桂報告書を読んだ時に、皆わかったし、具体的数値をBCA論文で確かめたということですよ。
こんな話を理解するために、細胞A,B,Cを設定する必要など、どこにもありません。

意味があるのは、FLS3,CTS1,129/GFP ESが類似していてFES1とは離れているということだけだと思います。



澪標さんも、無駄なことを書きますね。
伊藤氏は、記者会見での説明を聞けば、彼がNGS解析判断に参加しているのは明らかでしょう。
そういうことを、学とみ子が見逃しているとみなす澪標さんが異常なんですよ。
澪標さんが正しく、STAP事件を把握できていないのは明らかなのに、澪標思考は、相手のミスに帰す思考です。



ため息ブログは、意識的に、学とみ子否定を行っている。
澪標さんは、その策略に乗じて、学とみ子否定に参加して楽しんでいる。
最近の澪標さんは、学とみ子否定にしか興味を示さない。
「自身(澪標)は正しく把握しており、学とみ子は間違っている」を指摘することを、澪標さんはやりたい。


”general”の訳など、澪標さんがマニアックに騒げば、ため息ブログはすぐ利用する。
澪標さんは、それがうれしくてやっている。
すでに、科学とは離れた、澪標さんの楽しみ方だ。
この資質は、残念ですね。
すでに、以前にも、伊藤氏がBCA論文に入っているとの議論があったのに、澪標さんは忘れている。



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