ここらあたりに、小保方氏が書きたくても書けなかったSTAP事件の真相があるのかもしれない。

2012年8月、STAP実験中にGRASにRNA-seq用サンプルが持ち込まれた時、GFPの位置など、遺伝子型がおかしいことがわかってしまった。つまり、これらのデータ等が流出してしまえば、ねつ造の疑いが広く学会まで噂として広まったとしてもうなずける点である。
と、前回のブログに書いた。

しかし、報告書では、STAP細胞のChIP-seqについて、疑問の残る書き方である。

報告書では、16頁下から四行目に(青字)、以下のように書かれている。

第一回の「GRASSによるRNA-seqデータ解析が想定しているものと異なっているとの理由により、小保方氏からは、再度サンプルを2013年、1月及び6月に提出し・・・・

「あの日」によると、論文に採用されたSTAP細胞検体は、若山氏から提供されたマウスではないようである。
論文に採用されたChIP-seq用STAP細胞そのものを、小保方氏がGRASに持ち込んだのは、若山研の引っ越し以後のように読める。

幹細胞やTS細胞がGRASに持ち込まれた時期は、報告書に2012年8月、2013年の1月、6月の3回と書かれている。これらの時点で、マウスの遺伝子が想定と合わないことがどこでわかったのか?
その情報は、どこまで、著者の小保方氏や若山研究室にバックされたのか?
これは、大きな問題点ではないだろうか?

もし、親の遺伝子と合わない結果が出たら、著者らにとって、すでにこの時点で大変な話であろうし、若山氏にとっても一大事になるのではないか?と思われるのである。

GRASでの解析でどのようなことまでわかったのか?、この顛末について情報がある方がいらしたら教えて欲しいと思う。

あくまで、想像の域を出ないが、この時点で、小保方氏に無断でChIP-seqがさらにくわしく解析され、その結果が、STAPねつ造の根拠となりはじめたかもしれない。

くりかえしになるが、予めの想定結果と合わない(親マウスが違う)結果が、なぜ、この時点で問題にならなかったのであろうか?
報告書では、後で残っていたサンプルで、再度NGS解析をしている。
その結果は、マウスのGFPも親マウスも、論文とは違っていたと、さらりと書かれている。
この書きぶりは不思議な気がする。

さらに、不思議に思うのは、リバイス時に求められた実験用マウスの選択に、若山氏が協力していない点である。

若山研が引っ越したのは、2013年3月である。GRASにおけるNGS検査をした2013年1月には、若山研はまだ理研にいたが、6月にはすでにいない。
GRASの研究員は、遺伝子解析結果がおかしいのはわかっていたわけだから、何度も検体提出を小保方氏に要求しているのである。

このについて、「あの日」では、どのように書かれているかというと(青字)、
126頁、

ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられていたアンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまった。
若山研での実験の大半は若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にはそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統をそろえる事ができなかった。

リバイスの際の話し合いにおいては、今回の次世代シーケンサーの解析は解析としては浅い解析であり、細胞の性質の傾向をみるだけにすぎない。次の研究できちんとマウスの系統を揃えられた際に、より深く解析して細胞の性質を吟味し、特異的なマーカーなどを探索しようと言いうことになった。

 多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された。論文おデータとして使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChip(クロマチン免疫沈降)は行っても良いが、シーケンサーによる解析は行わないように指示がだされているものもあった。Chipの実験では特定のタンパク質の発言しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。

小保方氏は、なぜ、孤独にも、GRASでの検査用検体として、マウスの選択を独自でしなければならなかったのか?この検体検査におけるマウスの選択に、若山氏はなぜ、協力していないのか?
このGRASSに持ち込まれた遺伝子検査は、若山氏の反対があったのか?
「あの日」では、小保方氏が若山氏から了解をとったとあるが、GRASがさらに解析してしまったのか?
研究者間での深い溝の元なのか?
なぜ、調査委員会は、前後関係や顛末を、もっとはっきり書いていないのか?。

結局、こうした小保方氏のよる作業は、落とし穴のように、後の彼女のねつ造疑惑につながることになるのである。

ここらあたりに、小保方氏が書きたくても書けなかったSTAP事件の真相があるのかもしれない。
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