とにかく、実験の途中で若山氏が実質論文を放棄したことも、小保方氏を窮地に追い込んだ要因とつながっているようだ。
2017/05/25
おわび
2017/5/24(水) 午後 9:56 にkanso2様からいただきましたコメントが反映できません。
学とみ子側に問題があるのかもしれませんが、理由がわかりません。
2017/5/24(水) 午後 9:56 にkanso2様からいただきましたコメントが反映できません。
学とみ子側に問題があるのかもしれませんが、理由がわかりません。
この場をもっておわびします。
それでは、気を取り直して、以下に、学とみ子の本日の記事を書きます。
「あの日」では、２０１３年１２月２１日、ネイチャーから正式にアクセプトの知らせが来たとある。
小保方氏の遺伝子アップは、１１月５日であり、アクセプトよりだいぶ前となっている。
そして、遺伝子データの発表は論文発表後、３週間となっている。
一般的な論文スケジュールでは、本論文とほぼ同時期に遺伝子データも発表される事が多いそうだ。
この間、何か起きなかったのであろうか？
前回ブログで、やっぱり様からいただいたコメントで、桂報告書のコピーを書いていただいた。
ここには重要な記載があるため、再度、貼り付けることにします。桂報告書の貼り付けは青字
小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統やGFP挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
実は、私もこの部分のコピーを貼り付けて、以前の本ブログに以下のように書いている。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/14897556.html
2017/4/13(木) 午後 7:48
以下は、桂報告書からの引用である。この部分の重要性を重ねて強調したい。
引用開始 青字
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベー ス登録内容と異なっている ・・・・RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なって おり、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏に よりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き 取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られずノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった・・・、
・・・・・・・
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し・・・・
引用終わり
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/14897556.html
2017/4/13(木) 午後 7:48
以下は、桂報告書からの引用である。この部分の重要性を重ねて強調したい。
引用開始 青字
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベー ス登録内容と異なっている ・・・・RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なって おり、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏に よりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き 取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られずノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった・・・、
・・・・・・・
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し・・・・
引用終わり
この出来事に関しては、「あの日」では、小保方氏は次のように深い反省を書いているのである。
・・・この時に、次世代次世代シーケンサーによる解析を深めていればその後の疑義は起こらなかったと思うと悔やまれる。・・・
・・・この時に、次世代次世代シーケンサーによる解析を深めていればその後の疑義は起こらなかったと思うと悔やまれる。・・・
これとは別に、本ブログでは、４月９日の日付で、以下の引用も行っている。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/14890265.html
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/14890265.html
「あの日」では、どのように書かれているかというと（青字）、
１２６頁、ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられていサンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまった。
若山研での実験の大半は若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にはそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統をそろえる事ができなかった。
・・・・
リバイスの際の話し合いにおいては、今回の次世代シーケンサーの解析は解析としては浅い解析であり、細胞の性質の傾向をみるだけにすぎない。次の研究できちんとマウスの系統を揃えられた際に、より深く解析して細胞の性質を吟味し、特異的なマーカーなどを探索しようと言いうことになった。
１２６頁、ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられていサンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまった。
若山研での実験の大半は若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にはそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統をそろえる事ができなかった。
・・・・
リバイスの際の話し合いにおいては、今回の次世代シーケンサーの解析は解析としては浅い解析であり、細胞の性質の傾向をみるだけにすぎない。次の研究できちんとマウスの系統を揃えられた際に、より深く解析して細胞の性質を吟味し、特異的なマーカーなどを探索しようと言いうことになった。
多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された。論文のデータとして使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChip（クロマチン免疫沈降）は行っても良いが、シーケンサーによる解析は行わないように指示がだされているものもあった。Chipの実験では特定のタンパク質の発言しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。
学とみ子は、「あの日」に書かれた上記の文章を読んで、以下のコメントした。
小保方氏は、なぜ、孤独にも、GRASでの検査用検体として、マウスの選択を独自でしなければならなかったのか？この検体検査におけるマウスの選択に、若山氏はなぜ、協力していないのか？
小保方氏は、実験者の協力が無い状態で、なぜ実験に使用した細胞を持ち込まなければいけなかったのか？
挙句の果てに、小保方氏は、後でさんざん無能者呼ばわりされなければならないのか？
実験動物の選択や幹細胞については、小保方氏の責任範囲を逸してることではないのか？
桂調査委員会の文章を読むと、遺伝子解析された細胞については、ねつ造、不正というようなレベルで評価できず、その以前の問題であると言っているようだ。
つまり、検体の集め方、出し方の根本的ミスを指摘している。
調査委員会は、小保方氏がそうした状況に陥った理由をヒアリングしているのか？
共同研究者の非協力に問題があることを指摘しないのか？
調査委員会のタスクとして、窮地に陥っている実験者でもフェアに扱うべきで、特に実験に慣れない新人実験者を守るためのスタンスは必要であったと思う。
小保方氏は、共著者間でのトラブルが解決せず、孤独で苦しい状況で行われた実験の実態を、「あの日」に書いている。
とにかく、論文作製の途中で、若山氏が実質論文を放棄したことが、小保方氏を窮地に追い込んだ要因とつながっているように思う。
スポンサーサイト
コメント
No title
yap*ari*w*katt*na* さん、続きです。
私個人としては、データに基づいて可能性は判断したいと考えます。常識で考える場合もありますが、常識に一致しないデータが再現性を持って得られれば、常識の方を疑います。このケースでは、データがないので不明なのです。例えば、CTSが初回解析サンプルFI-SC1とすれば、その後のサンプルは、CDBで凍結保存されていた、他のFI幹細胞サンプル（Call TS11～TS13）のいずれかに由来する可能性が高く、これらを解析したデータがあれば、判断はかなり容易になると考えます。
仮にTS混入だったとして、その時期として、（１）小保方さんがSTAP細胞を若山先生に渡すまでの間、（２）若山先生がFI幹細胞を樹立し、小保方さんに株分けするまでの間、（３）小保方さんにFI幹細胞が株分けされて以降、の可能性があり、前二者の場合は、凍結チューブ内に混入したTS細胞が検出できるはずですね。B6 Oct4-GFPの有無も合わせ、調べるべきだったと思います。
私個人としては、データに基づいて可能性は判断したいと考えます。常識で考える場合もありますが、常識に一致しないデータが再現性を持って得られれば、常識の方を疑います。このケースでは、データがないので不明なのです。例えば、CTSが初回解析サンプルFI-SC1とすれば、その後のサンプルは、CDBで凍結保存されていた、他のFI幹細胞サンプル（Call TS11～TS13）のいずれかに由来する可能性が高く、これらを解析したデータがあれば、判断はかなり容易になると考えます。
仮にTS混入だったとして、その時期として、（１）小保方さんがSTAP細胞を若山先生に渡すまでの間、（２）若山先生がFI幹細胞を樹立し、小保方さんに株分けするまでの間、（３）小保方さんにFI幹細胞が株分けされて以降、の可能性があり、前二者の場合は、凍結チューブ内に混入したTS細胞が検出できるはずですね。B6 Oct4-GFPの有無も合わせ、調べるべきだったと思います。
No title
yap*ari*w*katt*na* さん
CD1系統のコンタミについては、複数の独立した解析で示されており、異論はありません。公共データベースに登録されたRNAseqのデータから、STAPで用いられたTS細胞に特異的な変異（一般に知られるCD1のSNPとは異なる変異）を抽出して調べ、FI-SC3で一致する結果が得られているのであれば、TS細胞のコンタミと言えると思いますが、そのような検討を行ったとは記載されておらず、解析データも提示されていません。基本的に、RNAseqからのSNP解析なので、ゲノムのごく一部しかカバーできてないと思われ、CD1 SNPではないTS特異的な変異がどれくらいあるのか、まずはそこから明らかにする必要がありますね。
CD1系統のコンタミについては、複数の独立した解析で示されており、異論はありません。公共データベースに登録されたRNAseqのデータから、STAPで用いられたTS細胞に特異的な変異（一般に知られるCD1のSNPとは異なる変異）を抽出して調べ、FI-SC3で一致する結果が得られているのであれば、TS細胞のコンタミと言えると思いますが、そのような検討を行ったとは記載されておらず、解析データも提示されていません。基本的に、RNAseqからのSNP解析なので、ゲノムのごく一部しかカバーできてないと思われ、CD1 SNPではないTS特異的な変異がどれくらいあるのか、まずはそこから明らかにする必要がありますね。
No title
もう少し分かり易くいうと、、、
ある事象の理由として、ＡとＢが考えられるとします。（ＡかＢか、真実はどちらかであり、他にはありえないとします。）
論理的な考察から、Ａである可能性は99.9％、Ｂである可能性は0.1％であったとしましょう。 （あくまで確からしさを示す仮の数値であり、分布確率ではない。）
さて、このことを「真実はＡに決まってる」と決めつけるのは、論理的にも間違いですし、乱暴な表現とも言えます。
一方、「ＡかＢかは不明としか言いようがない」というのは、どうでしょうか？
論理的には間違いではありませんが、考察に基づく確からしさの情報がまるで無視されており、この表現だけを見たら、Ｂの可能性が同等であるかのように誤解する人も出るであろうと考えると、この表現も乱暴だと思いまますよ、ということです。
ある事象の理由として、ＡとＢが考えられるとします。（ＡかＢか、真実はどちらかであり、他にはありえないとします。）
論理的な考察から、Ａである可能性は99.9％、Ｂである可能性は0.1％であったとしましょう。 （あくまで確からしさを示す仮の数値であり、分布確率ではない。）
さて、このことを「真実はＡに決まってる」と決めつけるのは、論理的にも間違いですし、乱暴な表現とも言えます。
一方、「ＡかＢかは不明としか言いようがない」というのは、どうでしょうか？
論理的には間違いではありませんが、考察に基づく確からしさの情報がまるで無視されており、この表現だけを見たら、Ｂの可能性が同等であるかのように誤解する人も出るであろうと考えると、この表現も乱暴だと思いまますよ、ということです。
No title
Ｌさん 短く文章をまとめる能力に乏しいので、２つになってしまい申し訳ありません。
「不明としか言いようがない」という表現ですが、元のＬさんの記載だと、「チューブ内で既に混ざっていた」「ライブラリー調整時に混ざった」という可能性が等価のように誤解される恐れがあります。
研究者の常識として、、「チューブ内で既に混ざっていた」という可能性は非常に低いと思うのですが。（保存されていたFI幹細胞CTSが初回解析サンプルFI-SC1と推定され、その結果が希望のものではなかったために若山研移転後に解析に出したサンプルが、論文のストーリーに合うような混合物としてチューブの保管されていた？？？）
不正調査報告書では、GRASの記録や小保方氏を含む関係者への聞き取り調査から、先に書いたような再解析の経緯も踏まえて、「不正の可能性が示される」としており、しかし、「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」ので、捏造と認定しなかったのです。
もちろん、「小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける」のは乱暴ですが、科学的な考察を経た可能性を無視するのも乱暴だと思っております。
「不明としか言いようがない」という表現ですが、元のＬさんの記載だと、「チューブ内で既に混ざっていた」「ライブラリー調整時に混ざった」という可能性が等価のように誤解される恐れがあります。
研究者の常識として、、「チューブ内で既に混ざっていた」という可能性は非常に低いと思うのですが。（保存されていたFI幹細胞CTSが初回解析サンプルFI-SC1と推定され、その結果が希望のものではなかったために若山研移転後に解析に出したサンプルが、論文のストーリーに合うような混合物としてチューブの保管されていた？？？）
不正調査報告書では、GRASの記録や小保方氏を含む関係者への聞き取り調査から、先に書いたような再解析の経緯も踏まえて、「不正の可能性が示される」としており、しかし、「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」ので、捏造と認定しなかったのです。
もちろん、「小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける」のは乱暴ですが、科学的な考察を経た可能性を無視するのも乱暴だと思っております。
No title
Ｌさん、ご確認いただき、ありがとうございます。
研究者であるＬさんには、釈迦に説法のようで大変おこがましいのですが、、 研究者は非常に厳密な表現を使われますよね。
100％間違いなく一致すると科学的に断定できない場合には、まず一致するとは書かない。
不正調査報告書には、「少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」とあるように、「酷似」としていますが、研究者が「酷似」という場合は、（相違点を明示しない限り）、一般人の「ほぼ一致」と同様の意味があると考えます。
しかも、同時期にTS細胞のデータも公共データベースに登録されておりますので、「TS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」という表現は、単純なCD-1系統SNPだけではないレベルでの比較をした結果ではないでしょうか？ 研究者感覚としていかがですか？
研究者であるＬさんには、釈迦に説法のようで大変おこがましいのですが、、 研究者は非常に厳密な表現を使われますよね。
100％間違いなく一致すると科学的に断定できない場合には、まず一致するとは書かない。
不正調査報告書には、「少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」とあるように、「酷似」としていますが、研究者が「酷似」という場合は、（相違点を明示しない限り）、一般人の「ほぼ一致」と同様の意味があると考えます。
しかも、同時期にTS細胞のデータも公共データベースに登録されておりますので、「TS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」という表現は、単純なCD-1系統SNPだけではないレベルでの比較をした結果ではないでしょうか？ 研究者感覚としていかがですか？
No title
yap*ari*w*katt*na* さん
どうも有難うございます。見落としていたようで、すいません。DaleyのNature BCAと同じ結論で、B6(90%)とCD1(10%)の混合物である事は確かなのでしょう。RNAseqで用いられたサンプルでは、TSだけがCD1なので、これらのサンプル内でのコンタミであれば、TS混入の可能性が高いですが、SNPで言えるのは系統だけですので、CD1系統の細胞混入とまでしか、断定的には言えないですよね。遠藤氏の解析では発現レベルまで踏み込んでいるのでもう少し物が言えると思いますが、TSとしては矛盾するデータも少し入っているようです。
実験ノートの記録がなく、不確かな記憶に基づく証言からは結論できないが故、「不明としか言いようがない」という事です。記録があるかどうかと、真実がどこにあるかは、別問題と思っています。逆に、この記載から小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける方が、乱暴と思います。
どうも有難うございます。見落としていたようで、すいません。DaleyのNature BCAと同じ結論で、B6(90%)とCD1(10%)の混合物である事は確かなのでしょう。RNAseqで用いられたサンプルでは、TSだけがCD1なので、これらのサンプル内でのコンタミであれば、TS混入の可能性が高いですが、SNPで言えるのは系統だけですので、CD1系統の細胞混入とまでしか、断定的には言えないですよね。遠藤氏の解析では発現レベルまで踏み込んでいるのでもう少し物が言えると思いますが、TSとしては矛盾するデータも少し入っているようです。
実験ノートの記録がなく、不確かな記憶に基づく証言からは結論できないが故、「不明としか言いようがない」という事です。記録があるかどうかと、真実がどこにあるかは、別問題と思っています。逆に、この記載から小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける方が、乱暴と思います。
No title
Lさん
＞ ESとTSの混合物の件ですが、桂報告書にはそのような具体的な記載はないと思います。
桂報告書の16頁の上の方；
２）FI幹細胞の RNA-seqデータは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する
の（調査結果）に下記の記載がありますよ。
（少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している）
＞小保方氏がサンプルにした時に混ざったのかは、不明としか言いようがありません。
問題のサンプル「FI-SC3]は、一回目のRNA-seqデータ解析結果（FI-SC1）が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏によって再度2013年6月（若山研移転後）にGRASに提供されたものであり、どのようにサンプルを用意したかは実験ノートなどの記録もなく、小保方氏本人の記憶しかないというものです。
「不明としか言いようがない」という一言は、あまりに乱暴だと思いますよ。
＞ ESとTSの混合物の件ですが、桂報告書にはそのような具体的な記載はないと思います。
桂報告書の16頁の上の方；
２）FI幹細胞の RNA-seqデータは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する
の（調査結果）に下記の記載がありますよ。
（少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している）
＞小保方氏がサンプルにした時に混ざったのかは、不明としか言いようがありません。
問題のサンプル「FI-SC3]は、一回目のRNA-seqデータ解析結果（FI-SC1）が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏によって再度2013年6月（若山研移転後）にGRASに提供されたものであり、どのようにサンプルを用意したかは実験ノートなどの記録もなく、小保方氏本人の記憶しかないというものです。
「不明としか言いようがない」という一言は、あまりに乱暴だと思いますよ。
No title
ESとTSの混合物の件ですが、桂報告書にはそのような具体的な記載はないと思います。この結論は、DaleyのNature BCAや遠藤氏の論文で示されたものですよね？ 桂報告書では、「複数細胞種を混ぜた可能性が高い」と記載されていますが、これについても、FI幹細胞として凍結保存されていたチューブ内で既に混ざっていたのか、ライブラリー調整時に混ざったのか、全く記載されていません。よって、若山氏がFI幹細胞を作成した時点で混ざっていたのか、小保方氏がサンプルにした時に混ざったのかは、不明としか言いようがありません。
No title
> imh*****さん
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
馬脚を現しましたね。
この言明のどこに科学的根拠があるのですか？
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
馬脚を現しましたね。
この言明のどこに科学的根拠があるのですか？
No title
>imh*****さん
Harvard の記事は読んでいます。
あの記事の中に、" 性別が異なる細胞" " ES+Placental stem cells"があったと言う事について、私は小保方さんが作成したSTAP細胞ではないと考えています。
何方の味方というのでなく、論文を正しく読むということでは、同意いただけると思います。
スタップ細胞の有無は第三者追試の成功によって担保されます。
小保方さんが作成した細胞を若山さんが使っているか否かも含めての考察が必要です。
実験は小保方さんだけでなく、若山研究室のスタッフも行なっているということ、それらをこれから議論していけばよいのではないでしょうか。
Harvard の記事は読んでいます。
あの記事の中に、" 性別が異なる細胞" " ES+Placental stem cells"があったと言う事について、私は小保方さんが作成したSTAP細胞ではないと考えています。
何方の味方というのでなく、論文を正しく読むということでは、同意いただけると思います。
スタップ細胞の有無は第三者追試の成功によって担保されます。
小保方さんが作成した細胞を若山さんが使っているか否かも含めての考察が必要です。
実験は小保方さんだけでなく、若山研究室のスタッフも行なっているということ、それらをこれから議論していけばよいのではないでしょうか。
No title
> gen**ronさん
>>『あの日』には次のように書かれています。
科学的に根拠のないものについて議論する気持ちはありません。
> ブータンさん
>>科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
若山氏を擁護するつもりはありません。
調査報告書を読めば、こう理解できる、ということです。小保方氏と若山氏の対立構造なども興味ありません。
小保方氏に対する報道が行き過ぎていたことには同意しますが、それで彼女の不正が消えるわけではないと思います。
英語が読めるようでしたら一読をお薦めします。
https://hms.harvard.edu/news/final-word-stap
>>『あの日』には次のように書かれています。
科学的に根拠のないものについて議論する気持ちはありません。
> ブータンさん
>>科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
若山氏を擁護するつもりはありません。
調査報告書を読めば、こう理解できる、ということです。小保方氏と若山氏の対立構造なども興味ありません。
小保方氏に対する報道が行き過ぎていたことには同意しますが、それで彼女の不正が消えるわけではないと思います。
英語が読めるようでしたら一読をお薦めします。
https://hms.harvard.edu/news/final-word-stap
No title
imhさん、想像や印象操作を加えられて、許される範囲をこえた攻撃を受けているのは小保方さんのほうでは？
若山氏を擁護するのは悪いことではありませんが、バランスを欠いていると言わざるを得ません。もっとも小保方アンチと目される方の、しばしば見られる特徴ではありますが。
この現象は非常に不幸なことですが、そもそもなぜ若山か小保方かという二項対立的構図が生まれてしまったのかを考えるべきたです。科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
若山氏を擁護するのは悪いことではありませんが、バランスを欠いていると言わざるを得ません。もっとも小保方アンチと目される方の、しばしば見られる特徴ではありますが。
この現象は非常に不幸なことですが、そもそもなぜ若山か小保方かという二項対立的構図が生まれてしまったのかを考えるべきたです。科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
No title
> imh*****さん
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
『あの日』には次のように書かれています。
提出したのは小保方氏かもしれませんが、STAP細胞騒動もFI幹細胞も、作製したのは若山氏ということですね。
「私は若山先生が作製したキメラマウスなど論文の主題となる実験結果の補佐となる細胞の遺伝子解析などを任されていたが、解析に用いる幹細胞は培養を担当していた若山先生から受け取り実験を行うようになっていた（後のＳＴＡＰ細胞の調査の段階で知らされたことによると、若山先生は私を含む若山研の解析担当者らに細胞を渡していたが、培養中の細胞を手渡していたため、複数種の培養されていた細胞の中で、どの細胞を解析者に渡したかについての記録は残されていなかったという）。」（『あの日』、101ページ）
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
『あの日』には次のように書かれています。
提出したのは小保方氏かもしれませんが、STAP細胞騒動もFI幹細胞も、作製したのは若山氏ということですね。
「私は若山先生が作製したキメラマウスなど論文の主題となる実験結果の補佐となる細胞の遺伝子解析などを任されていたが、解析に用いる幹細胞は培養を担当していた若山先生から受け取り実験を行うようになっていた（後のＳＴＡＰ細胞の調査の段階で知らされたことによると、若山先生は私を含む若山研の解析担当者らに細胞を渡していたが、培養中の細胞を手渡していたため、複数種の培養されていた細胞の中で、どの細胞を解析者に渡したかについての記録は残されていなかったという）。」（『あの日』、101ページ）
No title
> クローンさん
>>2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書スライドP.20の右下の「RNA-seq(2013.1:最終)」は「RNA-seq(2013.6:最終)」のミスでしょうね。
>>報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
はっきりそう書かれていませんが、調査報告書を読めばそう理解できる、ということです。もう一度丹念に読み返されることをお薦めします。P.26辺りだったと思います。
>>FI幹細胞は若山さんが作成しました。
散々色々な方が説明されていますが、ご理解されていないのでしょうか？「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
>>2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書スライドP.20の右下の「RNA-seq(2013.1:最終)」は「RNA-seq(2013.6:最終)」のミスでしょうね。
>>報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
はっきりそう書かれていませんが、調査報告書を読めばそう理解できる、ということです。もう一度丹念に読み返されることをお薦めします。P.26辺りだったと思います。
>>FI幹細胞は若山さんが作成しました。
散々色々な方が説明されていますが、ご理解されていないのでしょうか？「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
No title
>imh*****さん
2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
FI幹細胞はES細胞とTS細胞の両方の性質を持つので、mRNAを調べるとそういうデータになったと考えます。
遠藤さん達のツイッターは個人の見解で、公式のものではありません。
FI幹細胞は若山さんが作成しました。
論文採用のFI-SC3は解析に出されているのに残存ストックも無く、作成された記録不明と報告書にあります。
2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
FI幹細胞はES細胞とTS細胞の両方の性質を持つので、mRNAを調べるとそういうデータになったと考えます。
遠藤さん達のツイッターは個人の見解で、公式のものではありません。
FI幹細胞は若山さんが作成しました。
論文採用のFI-SC3は解析に出されているのに残存ストックも無く、作成された記録不明と報告書にあります。
No title
2013 年6月のデータは掲載されていないのでは？
丹羽研由来と言っているのは遠藤さん達で、調査報告書にはないのでは？
丹羽研由来と言っているのは遠藤さん達で、調査報告書にはないのでは？
No title
> 学とみ子さん
>>将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
そうですね。真相は不明なのですから、学さんも想像で若山氏を非難するのはやめられたらいかがですか？
ほぼ確実に言えることは、RNAデータを公共データベースに登録するために小保方氏が提出した「FI幹細胞」は、ESとTSの混合物だったということです。そして調査報告書を読むと、混ざったTS細胞は丹羽研由来であるということが推測できます。これは若山氏の協力が必要だったとか、そういうレベルの話ではないと思いますが。
もう一度報告書スライドP.20の「ChIP-seqやRNA-seqなど公開データに関する疑義」を読まれたらいかがでしょうか。
言うまでもありませんが、これらのデータはすべて小保方氏が作成したものです。
http://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdf
>>将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
そうですね。真相は不明なのですから、学さんも想像で若山氏を非難するのはやめられたらいかがですか？
ほぼ確実に言えることは、RNAデータを公共データベースに登録するために小保方氏が提出した「FI幹細胞」は、ESとTSの混合物だったということです。そして調査報告書を読むと、混ざったTS細胞は丹羽研由来であるということが推測できます。これは若山氏の協力が必要だったとか、そういうレベルの話ではないと思いますが。
もう一度報告書スライドP.20の「ChIP-seqやRNA-seqなど公開データに関する疑義」を読まれたらいかがでしょうか。
言うまでもありませんが、これらのデータはすべて小保方氏が作成したものです。
http://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdf
No title
>imh*****さん
調査報告書のどちらでしょうか？
調査報告書のどちらでしょうか？
No title
> R様、添削をありがとうございます。わかりやすくマイルドな表現になりました。私の文章は強くて荒削りです。他人を説得したいと思う時は、わかりやすくマイルドな表現の方が良いですね。
それと似たようなことだと思いますが、論争の相手をけなしすぎると、聞いている他の人たちは引きますね。私は高齢者なので、悪口は言われ慣れています。悲しいことだけど・・・。
それと似たようなことだと思いますが、論争の相手をけなしすぎると、聞いている他の人たちは引きますね。私は高齢者なので、悪口は言われ慣れています。悲しいことだけど・・・。
No title
> imh*****様、コメントをありがとうございました。kanso氏のコピーありがとうございます。kanso氏への当方からの返信が反映されません。他にもコメントが２重になったりなどのトラブルがあり、皆様にご迷惑をおかけしています。
将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
>>[ kanso2 ] 2017/5/24(水) 午後 9:56
（つづき）
また、このような人達は、論文著者として加わることで支援の結果が自身の業績（筆頭著者に比べるとずっと扱いは小さいですが）にもなります。ＳＴＡＰ論文には２人の名前が入っています。研究を邪魔したり、不利になるようなことをする理由はありません。また、だからといって、このような末端の補助を行う人が主導して捏造をすることなど出来ないでしょう。
ＧＲＡＳの問題についてこれ以上のことについては、支援を依頼・研究を主導した小保方さんに聞けばよいのではないでしょうか。
小保方氏は、実験者の協力が無い状態で、なぜ実験に使用した細胞を持ち込まなければいけなかったのか？
小保方氏が2回目3回目にGRASへ細胞サンプルを提出した時、彼女は笹井研にいたはずですから、笹井氏、丹羽氏に指導を受けていたのではないでしょうか？
3回目のサンプルには丹羽研由来のTS細胞が混入していたと言われていますね。
おかしいですね。せめて
>仮に、論文作製の途中で、若山氏が実質論文を放棄したのであるなら、小保方氏を窮地に追い込んだ要因とつながっているのかもしれない。
程度に書くことができないのでしょうか？
あなたの書く記事は「想像」「妄想」「憶測」ではなく、明らかに「悪意」です。
医師である前に人間として非常に問題だと思います。
>医師である前に人間として非常に問題だと思います。
この程度のブログ記事で、そのような中傷をするあなたのほうが人としてよほど問題だと感じます。
>丹羽研由来のTS細胞が混入していた
ソースを教えてください。
https://twitter.com/caripso/status/692632088969785345
調査報告書を読めばわかります
返信する
将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
返信する
それと似たようなことだと思いますが、論争の相手をけなしすぎると、聞いている他の人たちは引きますね。私は高齢者なので、悪口は言われ慣れています。悲しいことだけど・・・。
返信する
調査報告書のどちらでしょうか？
>>将来的に、小保方氏が話をするかはわかりませんね。真相は不明であり、若山氏も小保方氏も訴訟を考慮して沈黙しているのかもしれませんね。
そうですね。真相は不明なのですから、学さんも想像で若山氏を非難するのはやめられたらいかがですか？
ほぼ確実に言えることは、RNAデータを公共データベースに登録するために小保方氏が提出した「FI幹細胞」は、ESとTSの混合物だったということです。そして調査報告書を読むと、混ざったTS細胞は丹羽研由来であるということが推測できます。これは若山氏の協力が必要だったとか、そういうレベルの話ではないと思いますが。
もう一度報告書スライドP.20の「ChIP-seqやRNA-seqなど公開データに関する疑義」を読まれたらいかがでしょうか。
言うまでもありませんが、これらのデータはすべて小保方氏が作成したものです。
http://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdf
丹羽研由来と言っているのは遠藤さん達で、調査報告書にはないのでは？
2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
FI幹細胞はES細胞とTS細胞の両方の性質を持つので、mRNAを調べるとそういうデータになったと考えます。
遠藤さん達のツイッターは個人の見解で、公式のものではありません。
FI幹細胞は若山さんが作成しました。
論文採用のFI-SC3は解析に出されているのに残存ストックも無く、作成された記録不明と報告書にあります。
>>2013年6月のデータは掲載されていません。
報告書スライドP.20の右下の「RNA-seq(2013.1:最終)」は「RNA-seq(2013.6:最終)」のミスでしょうね。
>>報告書には丹羽研由来のTS細胞とはありません。
はっきりそう書かれていませんが、調査報告書を読めばそう理解できる、ということです。もう一度丹念に読み返されることをお薦めします。P.26辺りだったと思います。
>>FI幹細胞は若山さんが作成しました。
散々色々な方が説明されていますが、ご理解されていないのでしょうか？「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
『あの日』には次のように書かれています。
提出したのは小保方氏かもしれませんが、STAP細胞騒動もFI幹細胞も、作製したのは若山氏ということですね。
「私は若山先生が作製したキメラマウスなど論文の主題となる実験結果の補佐となる細胞の遺伝子解析などを任されていたが、解析に用いる幹細胞は培養を担当していた若山先生から受け取り実験を行うようになっていた（後のＳＴＡＰ細胞の調査の段階で知らされたことによると、若山先生は私を含む若山研の解析担当者らに細胞を渡していたが、培養中の細胞を手渡していたため、複数種の培養されていた細胞の中で、どの細胞を解析者に渡したかについての記録は残されていなかったという）。」（『あの日』、101ページ）
若山氏を擁護するのは悪いことではありませんが、バランスを欠いていると言わざるを得ません。もっとも小保方アンチと目される方の、しばしば見られる特徴ではありますが。
この現象は非常に不幸なことですが、そもそもなぜ若山か小保方かという二項対立的構図が生まれてしまったのかを考えるべきたです。科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
>>『あの日』には次のように書かれています。
科学的に根拠のないものについて議論する気持ちはありません。
> ブータンさん
>>科学がわからなくても報道でおかしいと感じるポイントはいくつもあります。
若山氏を擁護するつもりはありません。
調査報告書を読めば、こう理解できる、ということです。小保方氏と若山氏の対立構造なども興味ありません。
小保方氏に対する報道が行き過ぎていたことには同意しますが、それで彼女の不正が消えるわけではないと思います。
英語が読めるようでしたら一読をお薦めします。
https://hms.harvard.edu/news/final-word-stap
Harvard の記事は読んでいます。
あの記事の中に、" 性別が異なる細胞" " ES+Placental stem cells"があったと言う事について、私は小保方さんが作成したSTAP細胞ではないと考えています。
何方の味方というのでなく、論文を正しく読むということでは、同意いただけると思います。
スタップ細胞の有無は第三者追試の成功によって担保されます。
小保方さんが作成した細胞を若山さんが使っているか否かも含めての考察が必要です。
実験は小保方さんだけでなく、若山研究室のスタッフも行なっているということ、それらをこれから議論していけばよいのではないでしょうか。
> 「ESとTSの混合物」と解析されたのは、若山氏作成のFI幹細胞ではなく、小保方氏が「FI幹細胞です」と称してGRASに提出したサンプルのRNAデータです。
馬脚を現しましたね。
この言明のどこに科学的根拠があるのですか？
＞ ESとTSの混合物の件ですが、桂報告書にはそのような具体的な記載はないと思います。
桂報告書の16頁の上の方；
２）FI幹細胞の RNA-seqデータは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する
の（調査結果）に下記の記載がありますよ。
（少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している）
＞小保方氏がサンプルにした時に混ざったのかは、不明としか言いようがありません。
問題のサンプル「FI-SC3]は、一回目のRNA-seqデータ解析結果（FI-SC1）が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏によって再度2013年6月（若山研移転後）にGRASに提供されたものであり、どのようにサンプルを用意したかは実験ノートなどの記録もなく、小保方氏本人の記憶しかないというものです。
「不明としか言いようがない」という一言は、あまりに乱暴だと思いますよ。
どうも有難うございます。見落としていたようで、すいません。DaleyのNature BCAと同じ結論で、B6(90%)とCD1(10%)の混合物である事は確かなのでしょう。RNAseqで用いられたサンプルでは、TSだけがCD1なので、これらのサンプル内でのコンタミであれば、TS混入の可能性が高いですが、SNPで言えるのは系統だけですので、CD1系統の細胞混入とまでしか、断定的には言えないですよね。遠藤氏の解析では発現レベルまで踏み込んでいるのでもう少し物が言えると思いますが、TSとしては矛盾するデータも少し入っているようです。
実験ノートの記録がなく、不確かな記憶に基づく証言からは結論できないが故、「不明としか言いようがない」という事です。記録があるかどうかと、真実がどこにあるかは、別問題と思っています。逆に、この記載から小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける方が、乱暴と思います。
研究者であるＬさんには、釈迦に説法のようで大変おこがましいのですが、、 研究者は非常に厳密な表現を使われますよね。
100％間違いなく一致すると科学的に断定できない場合には、まず一致するとは書かない。
不正調査報告書には、「少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」とあるように、「酷似」としていますが、研究者が「酷似」という場合は、（相違点を明示しない限り）、一般人の「ほぼ一致」と同様の意味があると考えます。
しかも、同時期にTS細胞のデータも公共データベースに登録されておりますので、「TS細胞の RNA-seqデータ（CD1系統）と酷似している」という表現は、単純なCD-1系統SNPだけではないレベルでの比較をした結果ではないでしょうか？ 研究者感覚としていかがですか？
「不明としか言いようがない」という表現ですが、元のＬさんの記載だと、「チューブ内で既に混ざっていた」「ライブラリー調整時に混ざった」という可能性が等価のように誤解される恐れがあります。
研究者の常識として、、「チューブ内で既に混ざっていた」という可能性は非常に低いと思うのですが。（保存されていたFI幹細胞CTSが初回解析サンプルFI-SC1と推定され、その結果が希望のものではなかったために若山研移転後に解析に出したサンプルが、論文のストーリーに合うような混合物としてチューブの保管されていた？？？）
不正調査報告書では、GRASの記録や小保方氏を含む関係者への聞き取り調査から、先に書いたような再解析の経緯も踏まえて、「不正の可能性が示される」としており、しかし、「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」ので、捏造と認定しなかったのです。
もちろん、「小保方さんが意図的に混ぜたと決めつける」のは乱暴ですが、科学的な考察を経た可能性を無視するのも乱暴だと思っております。
ある事象の理由として、ＡとＢが考えられるとします。（ＡかＢか、真実はどちらかであり、他にはありえないとします。）
論理的な考察から、Ａである可能性は99.9％、Ｂである可能性は0.1％であったとしましょう。 （あくまで確からしさを示す仮の数値であり、分布確率ではない。）
さて、このことを「真実はＡに決まってる」と決めつけるのは、論理的にも間違いですし、乱暴な表現とも言えます。
一方、「ＡかＢかは不明としか言いようがない」というのは、どうでしょうか？
論理的には間違いではありませんが、考察に基づく確からしさの情報がまるで無視されており、この表現だけを見たら、Ｂの可能性が同等であるかのように誤解する人も出るであろうと考えると、この表現も乱暴だと思いまますよ、ということです。
CD1系統のコンタミについては、複数の独立した解析で示されており、異論はありません。公共データベースに登録されたRNAseqのデータから、STAPで用いられたTS細胞に特異的な変異（一般に知られるCD1のSNPとは異なる変異）を抽出して調べ、FI-SC3で一致する結果が得られているのであれば、TS細胞のコンタミと言えると思いますが、そのような検討を行ったとは記載されておらず、解析データも提示されていません。基本的に、RNAseqからのSNP解析なので、ゲノムのごく一部しかカバーできてないと思われ、CD1 SNPではないTS特異的な変異がどれくらいあるのか、まずはそこから明らかにする必要がありますね。
私個人としては、データに基づいて可能性は判断したいと考えます。常識で考える場合もありますが、常識に一致しないデータが再現性を持って得られれば、常識の方を疑います。このケースでは、データがないので不明なのです。例えば、CTSが初回解析サンプルFI-SC1とすれば、その後のサンプルは、CDBで凍結保存されていた、他のFI幹細胞サンプル（Call TS11～TS13）のいずれかに由来する可能性が高く、これらを解析したデータがあれば、判断はかなり容易になると考えます。
仮にTS混入だったとして、その時期として、（１）小保方さんがSTAP細胞を若山先生に渡すまでの間、（２）若山先生がFI幹細胞を樹立し、小保方さんに株分けするまでの間、（３）小保方さんにFI幹細胞が株分けされて以降、の可能性があり、前二者の場合は、凍結チューブ内に混入したTS細胞が検出できるはずですね。B6 Oct4-GFPの有無も合わせ、調べるべきだったと思います。