小保方氏自身が想定とは違うと感じたとしっかり書くべきと思います。

議論を別立てにさせてください。

桂報告書の16頁 青字
 >小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。引用おわり

桂報告書の16頁を素直に読むと、主語は小保方氏なので、小保方氏がデータの再シークエンスを行ったと読めます。

データのシークエンスの作業は、DNA(RNA)の塩基の配列を調べる事、解析作業は、塩基の配列の欠損、重複、SNPsなどを調べて、細胞の起源を知る作業であると、学とみ子は理解しています。ここが違うのですか?

GRASは、調査委員会からの要請をうけて、残存する遺伝子データを使って新たな解析をしたのか?あるいは、シークエンスの作業そのものからやり直したのかどうかを確認したいです。

1回目の持ち込み検体の解析は、残存する遺伝子データを使ったと、桂報告書に明記してあるのに、2,3回目は、この部分を明確に書いてありません。主語が小保方氏であれば、小保方氏がデータのシークエンスもして、解析をしたという意味になります。

小保方氏は、若山氏から譲り受けた検体を、ご自身で遺伝子解析用となるよう調整し、GRASに持ち込み(助言をもらいながら)責任をもって解析したとなります。その検体が混ざりものであったのですから、ここをどう考えたらよいのでしょうか?

「あの日」で、GRASでの遺伝子解析を進めなかったことが悔やまれると小保方氏は、書いています。
つまり、この時は、混ざりもの検体であるとの情報が、小保方氏に入っていないのです。

もし、小保方氏なり、笹井氏なりが、遺伝子データがまざりものであることを知っていたら、公開データベースにアップしないと思います。
この部分は、ねつ造派の見解はどうなのでしょうか?

1回目の持ち込み検体のFI細胞もアクロシン入りだったわけにもかかわらず、小保方氏は、原因を追及しなかったわけですから、ここも謎です。

1-3回目の持ち込み検体の解析結果の異常性について、解析担当者と、小保方氏との間にどのようなやり取りがあったのかは謎ですね。

桂報告書 青字
16頁、第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し

桂報告書のこの部分の書き方ですが、最初のパラグラフは主語があいまいと感じます。
小保方氏を文章の最初にもってくるべきです。
ここは大事な点ですから、小保方氏自身が想定とは違うと感じたとしっかり書くべきと思います。
そうなると、小保方氏が想定と違うと感じたのはどこか?を明らかにしなければならないでしょう。
実際の遺伝子は、想定とは、全く違っているのですからね。
ここは、あいまいに処理するようなことではないはずです。

ねつ造派は、そんなの小保方氏に聞け!というだけすので、これからもこの大事な部分は明らかにならないかもしれません。
答えを想像するなら、小保方氏には、細胞の質について、解析者から十分な情報提供がされていなかっただろうということです。

ねつ造派は、小保方氏の未熟、無知のせいであるとすべてを片付けたいのであろうけど、それは無理と思います。




コメント(36)
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「小保方さんへの不正な報道を追求する有志の会」のコメントに若山研究室にSTAP細胞実験当時大田ES細胞が存在していたことが書かれていました。
調査報告書によると、当時若山研究室には存在しなかったとあります。
報告書の信憑性は無くなったということでしょうか。削除
2017/6/11(日) 午後 3:45[ クローン ]返信する

> クローン様、さっそくのコメントありがとうございます。報告書は、公的なものでしょうから、ここに基づいた議論が効率的でしょう。報告書が理屈にあわないと、報告書を問題視して行くつもりです。又、コメントをお願いします。削除
2017/6/11(日) 午後 4:29学とみ子
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> クローンさん
>コメントに若山研究室にSTA実験当時太田ES細胞が存在していたことが書かれていました。

若山研究室にSTAP細胞実験当時太田ES細胞が存在していたと書いたのはマカロンさん、あなたですよ。自分の考えを通したいからと言ってそういう下らないことをするのはおやめなさい。削除
2017/6/11(日) 午後 8:40[ aio**oso* ]返信する
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> aio**oso*様、コメントありがとうございます。
コメントしていただいたのに恐縮ですが、こうしたコメントは、学とみ子はあまり好きでないです。私も悪口を書かれますが、悪口を書く人には目的があります。その目的がみえれば、悪口も納得できます。所詮、ネットの世界の出来事です。
ネットの世界って、物事を決める力はありませんが、世の中に何らかの影響を期待して、皆、意見を言い合うために参加していると思います。だから、名前をかえて同一人が違う意見を言っても、スルーですよ。皆、身分や立場をかくしているのですから・・・。
太田細胞が若山研究室にないと、この事件はおきないでしょう?むしろ、太田氏が、何からの公式コメントをだしてくれたらうれしいですね。ES1とES2がなんで、遺伝子がそんなに違うの?に回答してくれるとか・・・。削除
2017/6/11(日) 午後 9:48学とみ子
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続き
科学界は、スモールワールドなことが、STAP事件でも良くわかりましたね。医学界よりずーっとスモールワールドです。小保方氏がこんなにひどい目にあっているのに、専門家たちが、調査委員会の問題点を指摘する公的コメントを出さないのですからね。早稲田の学位取り消しだって起きないはずです。削除
2017/6/11(日) 午後 9:49学とみ子
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「名前を変えて違う意見」ではありません。
この人は自分の意見を「○○というコメントがありました」と第三者のコメントであるかのように紹介しているのですよ。客観性を偽装してデマを撒くのは問題です。
そういう偽装は下らないからやめなさいと忠告するのが悪口ですか?削除
2017/6/11(日) 午後 10:15[ aio**oso* ]返信する
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当時の若山研に大田ES細胞があったと言うのはあり得る話だと思います。小保方さんの保管boxに小保方さんが「全く分からない」とコメントしている「129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05」という試料がありますが、ラベルからみて大田さんが顕微授精して作ったES細胞だと思われます。これがあるのなら授精卵の大田ES細胞があってもおかしくないですね。大田さんが全て引き上げたと言ったのは自分の試料についてであり、若山研を離れる前に株分けしていた可能性があります。削除
2017/6/11(日) 午後 11:38[ はちべえ ]返信する
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>データのシークエンスの作業は、DNA(RNA)の塩基の配列を調べる事、解析作業は、塩基の配列の欠損、重複、SNPsなどを調べて、細胞の起源を知る作業であると、学とみ子は理解しています。ここが違うのですか?

違います。
小保方氏が行なったRNA-seqとCHIP-seqは遺伝子の発現量、発現パターンを測定する解析なので、細胞の起源を知る作業ではありません。
繰り返し解析を行なった理由は、解析データが混ざりものだと想定したからではなく、遺伝子の発現パターンが想定とは異なったからです。(おそらく、ES細胞のマーカーやTS細胞マーカーの発現が見られなかった)。

一方で報告書では、サンプルの全ゲノムをを改めて解析し、その解析データと小保方氏の解析データを照らし合わせて細胞の起源を調べた訳です。その結果、小保方氏の解析データが混ざり物であったと判明したのです。削除
2017/6/12(月) 午前 0:12[ STAP ]返信する

> aio**oso*様、お気にさわったらごめんなさい。同じ人かはネットでは証拠ないですし…。削除
2017/6/12(月) 午前 6:29学とみ子
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> 学とみ子さん

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/c69226aefc6bc01a2f083e50770f3062#comment-list

この難波氏のブログを荒らしているのもクローン氏です。以前、「E」というHNで擁護ブログや研究者ブログをアク禁になっています。一人で何十個ものHNを使用している人物です。
証拠はありませんが、内容を読めばわかることです。削除
2017/6/12(月) 午前 6:43[ tak***** ]返信する
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> 学とみ子さん
>小保方氏がこんなにひどい目にあっているのに、専門家たちが、調査委員会の問題点を指摘する公的コメントを出さないのですからね。

小保方氏が酷い目に合っているから、正しいと思っている報告書を間違っていると言えを言うのはおかしいですね。
小保方氏へのバッシングが度を越しているかどうかはわかりませんが、専門家は調査報告書を正しいと考えているから指摘しないだけです。あなたは医師にも拘わらず、専門家の意見を否定するのですか?

また、悪口が嫌い、ということですが、あなたの想像による若山氏への批判も酷い悪口だと思いますが、、、。削除
2017/6/12(月) 午前 6:52[ tak***** ]返信する

> STAP様、コメントありがとうございます。細胞の起源を調べるという言葉に幅広い解釈はできませんか?解析する目的は、いろいろでしょうし、法医学的に使われるという学者もいます。他人の論文チェックですね。削除
2017/6/12(月) 午前 6:54学とみ子
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>細胞の起源を調べるという言葉に幅広い解釈はできませんか?解析する目的は、いろいろでしょうし、法医学的に使われるという学者もいます。

そのような解釈は出来ません。
RNA-seqとCHIP-seqは遺伝子の発現パターンを解析する事を目的とした手法だからです。
全ゲノムの解析と異なり、ゲノムの一部しか解析出来ないので、その解析データをもって、細胞の起源を知る事は大変困難です。
そこで調査委は、新たに全ゲノム解析を行なった後、小保方氏の既存のデータと照らし合わせた結果、混ざり物であるという真実に結びついたのです。削除
2017/6/12(月) 午前 8:34[ STAP ]返信する
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一言で「遺伝子解析」といって、その中身が理解できていないから、いつまでも可笑しな妄想をしてしまうのでしょうね。

論文作成時に行ったRNA-seq は、抽出されたRNAの解析
不正調査委員会が行ったのは、全ゲノムの解析

まさかと思うけど、医師免許があるのなら、DNAとRNAの関係くらい判りますよね。削除
2017/6/12(月) 午前 8:50[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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一言で「遺伝子解析」といって、その中身が理解できていないので、間違った妄想をしてしまうのでしょうね。

例えば、
小保方氏が論文作成のために行った RNA-seq は、RNAの解析
不正調査委員会が残存資料の分析のために行ったのは、全ゲノム解析

まさかと思いますが、医師免許をお持ちなら、DNAとRNAの違いはご存知ですよね??削除
2017/6/12(月) 午前 9:06[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学とみ子さん こんにちは!

報告書(17頁)の、この部分を読めていますか?

===
これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)が変わることが確認さ れた。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹 井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そう と考えたとのことであった。
===

「小保方氏の想定」が、ここに書かれているようにも思いますけど。削除
2017/6/12(月) 午後 5:26[ みずどり ]返信する
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> みずどり様、コメントありがとうございます。
引用いただいた文ですが、
>サンプルの中で中間的なものを示そう と考えたとのことであった。
この文の意味はどういうことですか?FI-SC1、FI-SC1、FI-SC3は、1,2は129xB6、3はB6ホモの親からでTSの混ざりもの、これで細胞の関連性について何が言えるのですか?26頁に、系統樹はGRASのメンバーが担当したと書いてあります。彼らの責任はどうして問われないのですか?
もし、何か情報あれば、教えてください。
小保方氏は、1000枚をこえる画像を、若山氏の解説なくただ渡されたとのことですが、これを考えただけでも、小保方氏の苦しい状態がわかりますね。削除
2017/6/12(月) 午後 7:36学とみ子
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> STAP様、コメントありがとうございます
>そのような解釈は出来ません。

出来ないのは、なぜなのでしょうか?疑問があります。RNAを調べて細胞の機能(遺伝子発現)を調べる以上に、さらなる細胞の構造解析にも利用されているではないですか?それは、オーソドックスな利用法ではないのかもしれませんが、STAPの場合は、そのように利用されたでしょう?
RNA-seqは、親マウスの同定や、他の細胞の混ざりもの検出に使われています。
遠藤氏が、この公開データから、幹細胞がまざりものであることをみつけたのでしょう。すぐ、若山氏が遠藤解析をサポートした。
HMSのパーク氏だって、この公開データから解読したと理解しましたが・・・。
世界中で、公開データからSTAPのESねつ造暴露がされました。この公開データに皆が飛びついたのだろうと思いますけど・・・。
もし、RNAを調べただけではわからず、全ゲノム解析までしないと、ものが言えないのなら、それこそ、公開データベース以上のさらなる遺伝子情報が世界中に漏れていたことが証明されることになるのでは・・・。削除
2017/6/12(月) 午後 8:22学とみ子
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> yap*ari*w*katt*na*様、コメントありがとうございます。6月9日午後0:06のやっぱり様のコメントでは、FI-SC3は残存検体の遺伝子解析をしたわけではないと書いています。小保方氏が公共ベースに登録したRNA-seqを解析したと言っています。今回コメントとは、違うのですか?

学とみ子以外のこのブログの読者にも、かみついていますね。
やっぱり様は、研究所の方とお見受けしますが、普段、職場では、未熟な部下の教育、研究室の財政的、人的な拡大に努力されているのでしょう。ご自身も論文を書かかれるでしょうから、他人の論文批判はほどほどですか?優等生の実生活でたまるストレスや我慢を、ブログで発散させるのかな?と、学とみ子は懸念します。削除
2017/6/12(月) 午後 8:49学とみ子
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学とみ子さん

>今回コメントとは、違うのですか?

別に違いませんが?
6月9日午後0:06のコメントの意味が理解できないのでしょうか?
「残存検体」という表現は細胞や組織を指すとして、「FI-SC3」という細胞は残存する検体ではない、ということなのですが。

>学とみ子以外のこのブログの読者にも、かみついていますね。

かみつくなんて、随分と下劣な表現ですね。相手が誰であれ、おかしな事を書いていると思えば指摘する、ということは普通のことでしょうに。

それを噛みつくというのなら、例えばpat✳✳✳氏の場合は、まともな根拠も無く先に噛みついてきたのは先方なんですけど。 理解されてますか?削除
2017/6/12(月) 午後 9:30[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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>RNAを調べて細胞の機能(遺伝子発現)を調べる以上に、さらなる細胞の構造解析にも利用されているではないですか?

少なくとも小保方氏が関与した論文では、そのように利用されていません。遺伝子プロファイルを解析する事にのみ利用されています。詳しくは論文をご参照ください

>RNA-seqは、親マウスの同定や、他の細胞の混ざりもの検出に使われています。
遠藤氏が、この公開データから、幹細胞がまざりものであることをみつけたのでしょう

RNA-seqの解析データをそのような目的で応用したのは、遠藤氏が初です。
その結果、「RNA-seqのデータから、親マウスの同定や、混ざり物も特定できる」といった新規性が評価され、論文がアクセプトされたと伺ってます。

>全ゲノム解析までしないと、ものが言えないのなら、それこそ、公開データベース以上のさらなる遺伝子情報が世界中に漏れていたことが証明されることになるのでは・・・。

公開データベースから判明した事は、その時点ではあくまでも「その可能性が高い」という事です。
その後の調査委の報告書によって、再現性が認められ、その可能性が削除
2017/6/12(月) 午後 9:57[ STAP ]返信する

学とみ子さん

せっかくコメントで考えるヒントを示したのに、まるで脳内に入らなかったようですね。

RNA-seq解析と全ゲノム解析、何が違うのか、各々どのような情報が得られるのか、少しくらいは自分で調べてみるといいと思いますよ。
学ぶのに遅すぎることはない、と言いますしね。削除
2017/6/12(月) 午後 10:12[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん
>この文の意味はどういうことですか?
報告書では後ろで「これについて、小保方氏の説 明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置 するものを最終的に作図に用いたとのことであった」とありますが、だとすれば、論文にあるFig2iの系統樹の作製方法はかなり危ういものですね。

しかし、もし、一回目のRNA-seq解析で出されたデータ(FI-SC1)を用いて、論文のFig2iの系統樹に類したものが描かれれば、再解析はなかったと思うのです。

つまり、小保方氏あるいは笹井氏の頭の中には、すでに、Fig2iの系統樹に類したものがあらかじめあって(これが想定です)、それと比べて、最初のFI-SC1が大きく外れていることを、小保方氏は「想定していたものと異なっていると 」と言ったのではないかと思います。削除
2017/6/13(火) 午前 9:36[ みずどり ]返信する
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> 学とみ子さん
>26頁に、系統樹はGRASのメンバーが担当したと書いてあります。彼らの責任はどうして問われないのですか?

GRASのメンバーが、小保方氏から供給されたサンプルを取り違えたり、出て来たデータを改竄したり、執筆者との相談なく勝手な系統樹を作成していたとすれば、責任は取らされるでしょうが、そのようなことはなかったのだと思いますよ。

ただ、報告書では「また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図 を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものでは なかった。」と指摘されていますね。出て来たデータを、自身の科学的な目を頼りに、論文執筆者と平等な雰囲気の中で議論される環境ではなかったのではないかと推測します。削除
2017/6/13(火) 午前 10:01[ みずどり ]返信する
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> 学とみ子さん
>小保方氏は、1000枚をこえる画像を、若山氏の解説なくただ渡されたとのことですが、これを考えただけでも、小保方氏の苦しい状態がわかりますね。

1000枚を超える画像を、一度に、しかも何ら説明なしに渡すっていうことが、もしあったとしたら、それは、破棄しても構わない画像ということしか、わたしには思いつきません。

重要であれば、そんな大量の画像は、フォルダごとに分けられて入れられていて、そのフォルダには、その画像内容を示すタイトルが表示されているものです。

それは、確かな事実なのでしょうかね。削除
2017/6/13(火) 午後 0:15[ みずどり ]返信する
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やっぱりさん
僭越ながら、ものには言い方というのがあると思いますよ。研究室のなかではお山の大将でいられたとしても、世間でそれが通用するとは限りませんから。
生物学の素人から言わせてもらうと、逆に、そういうものの言い方は一般人の信頼を失います。警察でも検察でも威圧的で一方的なのは、批判されますよね?裁判官にもヒラメ裁判官というのがいて、専門家だから100%正しい判決を出すなどと世間の人は思っていません。(真実と良心にしたがって判決を出したら左遷されるなどという話は頻繁にあります。行政がらみなどは、とくにそうでしょう?)
そうすると、やはり専門家や権力者であればあるほど、謙抑性や公正さを人は見ることになります。
法治国家において、謙抑性のない専門家や権力者ほど、有害なものはありませんから。(北朝鮮をみてください)
また、司法職員や警察職員にも証拠を捏造したり、改ざんしたりする事件がしばしばあります。専門家や権力側が常に正しいとする見方は危険です。
これと同じように、理研や報告書側を絶対的なものとして、高圧的、威圧的に行うと、素人や一般人の信頼性を失うと思います。削除
2017/6/13(火) 午後 0:28[ ブータン ]返信する
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つづき

仮定の話ですが、この事件がもし政治家が表にたった事件であれば、マスコミはまったく逆の論陣をはったのではないかと推測します。

今回の場合、生物学という日常生活とは直結しない専門分野であったことから、なんとなく国民が体制側にけむにまかれてしまいました。

要するに、この事件の場合、政治のような分野と比べて、一般人との共通言語がほとんどありません。でてくる用語が日常生活とは関係ないものばかりなので、専門家がこういっているといえば、国民はふーんと反応するしかないのです。

そこをうまく利用して、マスコミを使ってケムに巻いた人たちがいるという感が強くあります。

これがもし介護問題であったり学校認可問題であったりすれば、理研は、国民からもっと激しい追求をうけたはず。

一人の故意責任で決着させたい人たちに、将棋でいう穴熊戦法が多いのも、日常生活に直結する共通言語がないフィールドで戦いたいからでしょう。削除
2017/6/13(火) 午後 0:42[ ブータン ]返信する
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> STAP様、コメントありがとうございます。
>RNA-seqの解析データをそのような目的で応用したのは、遠藤氏が初です

今は、RNA-seqの解析能力はすごく高くなったのではありませんか?日進月歩の世界でしょう。論文の本来のRNA-seqの使用目的とは別に、他の人による論文チェックに利用されてしまいます。ライバル研究者がやりそうですが、あまり堂々とやるものではないですよね。秘密にやって、噂を流すとかの策略に利用されないように、そういう時代であればこそのルールつくりとかしないのですか?削除
2017/6/13(火) 午後 9:05学とみ子
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> ブータン様、応援をありがとうございます。
まあ、仮想の世界ですから、あきらめましょう。それより研究者層の実態暴露ということかもしれませんよ。
頭の良い子供を持つ親が、攻撃的な研究者を見て、研究所に娘や息子を行かせないようになるとか位の影響はあるかも・・・。研究者は業績を上げるには、人格と信用は必須でしょうから、実生活なら相手を侮辱すると不利でしょう。そもそも、ブログのコメンテイターの実態は不明ですから、実生活はすごく違うかもしれないって考えると、まあいいかと思います。いつでも、ボールはこちら側です。
これにこれず、又コメントをお願いします。削除
2017/6/13(火) 午後 9:25学とみ子
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>今は、RNA-seqの解析能力はすごく高くなったのではありませんか?
勘違いされているようですが、RNA-seqやCHIP-seqというのは、次世代シーケンサーを用いた解析手法の一つです。正しくは、「シーケンサーの解析能力が高くなった」という事です。したがって、解析能力が高くなったとしても、RNA-seqによるデータからは限られた情報しか得られません。

>他の人による論文チェックに利用されてしまいます。ライバル研究者がやりそうですが、あまり堂々とやるものではないですよね。

遠藤氏の真の功績はここにあると思っております。つまり、RNA-seqの限定的なデータを応用することで、ここまで情報を得る事が出来た、という事です。
第三者によるチェックが入る事で、今後同じような捏造を防ぐ抑止力になるのではないかと思っております。削除
2017/6/13(火) 午後 9:47[ STAP ]返信する

> STAP様、小保方氏のねつ造は、無いです。臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。それをチェックする方法も一過性の手段でしかないでしょう。むなしく無いですか?削除
2017/6/14(水) 午前 6:52学とみ子
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> 学とみ子さん
>臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。それをチェックする方法も一過性の手段でしかないでしょう。むなしく無いですか?

人の命に携わる医師の発言とは思えないですね。
今でもstapを信じて再現を願っている難病患者さんたちのことをあなたはどう考えてるんですか?削除
2017/6/14(水) 午前 8:53[ rin***** ]返信する
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>小保方氏のねつ造は、無いです。

週刊新潮2月26日号
「ことの発端は、13年3月に米国の著名科学誌『セル・ステム・セル』に掲載された論文でした。筆頭著者は若山先生の奥様で、先生と小保方さんも共著者に名を連ねていた。論文では、ある電気泳動の実験を小保方さんが担当しており、その画像が“不正データではないか”と、STAP細胞の騒動が勃発した時と同じく、世界中の科学者が閲覧するサイトで問題にされ始めたのです」(同)削除
2017/6/14(水) 午前 10:10[ S ]返信する
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(つづき)

最終的には“不自然だが、完全な不正とは確認できない”といった結論に落ち着いたものの、
「不安に思った若山先生は、念のため小保方さんにメールをしました。“正しい実験から導かれたデータなのですよね?”と、これまで通りCCで関係者にも送る形で確認をしたのです」(同)

ところが、これに対し、

「彼女からは“若山先生の論文でも、不正が見つかれば私は撤回を呼びかけますので”などと、脅しとも挑発とも取れる内容の返信があったのです。先生が心配したのはもちろん小保方さんの担当したパートだったわけで、全く的外れな物言いだったのですが、メールを受け取った先生は、言葉を失っていました」(同)


捏造してないならそう言えばいいだけなのに、恩師を脅すってどういう神経なのですかね?削除
2017/6/14(水) 午前 10:12[ s ]返信する

> 学とみ子さん

>臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。

だから、STAP研究は消えて行ったわけですね。削除
2017/6/14(水) 午前 10:53[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学とみ子先生
一点教えて下さい。
>データのシークエンスの作業は、DNA(RNA)の塩基の配列を調べる事、解析作業は、塩基の配列の欠損、重複、SNPsなどを調べて、細胞の起源を知る作業であると、学とみ子は理解しています。ここが違うのですか?

これに関して、小保方氏が行なったRNA-seqやCHIP-seqは、遺伝子発現プロファイルを調べる事にのみ使われ、細胞の起源を知る事には使われていない、と私から意見させて頂きましたが、先生のご理解は変わっておりませんでしょうか?削除
2017/6/14(水) 午後 7:27[ STAP ]返信する



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コメント

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

>臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。

だから、STAP研究は消えて行ったわけですね。

No title

s
(つづき)

最終的には“不自然だが、完全な不正とは確認できない”といった結論に落ち着いたものの、
「不安に思った若山先生は、念のため小保方さんにメールをしました。“正しい実験から導かれたデータなのですよね?”と、これまで通りCCで関係者にも送る形で確認をしたのです」(同)

ところが、これに対し、

「彼女からは“若山先生の論文でも、不正が見つかれば私は撤回を呼びかけますので”などと、脅しとも挑発とも取れる内容の返信があったのです。先生が心配したのはもちろん小保方さんの担当したパートだったわけで、全く的外れな物言いだったのですが、メールを受け取った先生は、言葉を失っていました」(同)


捏造してないならそう言えばいいだけなのに、恩師を脅すってどういう神経なのですかね?

No title

S
>小保方氏のねつ造は、無いです。

週刊新潮2月26日号
「ことの発端は、13年3月に米国の著名科学誌『セル・ステム・セル』に掲載された論文でした。筆頭著者は若山先生の奥様で、先生と小保方さんも共著者に名を連ねていた。論文では、ある電気泳動の実験を小保方さんが担当しており、その画像が“不正データではないか”と、STAP細胞の騒動が勃発した時と同じく、世界中の科学者が閲覧するサイトで問題にされ始めたのです」(同)

No title

rin*****
> 学とみ子さん
>臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。それをチェックする方法も一過性の手段でしかないでしょう。むなしく無いですか?

人の命に携わる医師の発言とは思えないですね。
今でもstapを信じて再現を願っている難病患者さんたちのことをあなたはどう考えてるんですか?

No title

学とみ子
> STAP様、小保方氏のねつ造は、無いです。臨床応用に向かうような研究は、ねつ造なら消えて行くだけです。それをチェックする方法も一過性の手段でしかないでしょう。むなしく無いですか?

No title

STAP
>今は、RNA-seqの解析能力はすごく高くなったのではありませんか?
勘違いされているようですが、RNA-seqやCHIP-seqというのは、次世代シーケンサーを用いた解析手法の一つです。正しくは、「シーケンサーの解析能力が高くなった」という事です。したがって、解析能力が高くなったとしても、RNA-seqによるデータからは限られた情報しか得られません。

>他の人による論文チェックに利用されてしまいます。ライバル研究者がやりそうですが、あまり堂々とやるものではないですよね。

遠藤氏の真の功績はここにあると思っております。つまり、RNA-seqの限定的なデータを応用することで、ここまで情報を得る事が出来た、という事です。
第三者によるチェックが入る事で、今後同じような捏造を防ぐ抑止力になるのではないかと思っております。

No title

学とみ子
> ブータン様、応援をありがとうございます。
まあ、仮想の世界ですから、あきらめましょう。それより研究者層の実態暴露ということかもしれませんよ。
頭の良い子供を持つ親が、攻撃的な研究者を見て、研究所に娘や息子を行かせないようになるとか位の影響はあるかも・・・。研究者は業績を上げるには、人格と信用は必須でしょうから、実生活なら相手を侮辱すると不利でしょう。そもそも、ブログのコメンテイターの実態は不明ですから、実生活はすごく違うかもしれないって考えると、まあいいかと思います。いつでも、ボールはこちら側です。
これにこれず、又コメントをお願いします。

No title

学とみ子
> STAP様、コメントありがとうございます。
>RNA-seqの解析データをそのような目的で応用したのは、遠藤氏が初です

今は、RNA-seqの解析能力はすごく高くなったのではありませんか?日進月歩の世界でしょう。論文の本来のRNA-seqの使用目的とは別に、他の人による論文チェックに利用されてしまいます。ライバル研究者がやりそうですが、あまり堂々とやるものではないですよね。秘密にやって、噂を流すとかの策略に利用されないように、そういう時代であればこそのルールつくりとかしないのですか?

No title

ブータン
つづき

仮定の話ですが、この事件がもし政治家が表にたった事件であれば、マスコミはまったく逆の論陣をはったのではないかと推測します。

今回の場合、生物学という日常生活とは直結しない専門分野であったことから、なんとなく国民が体制側にけむにまかれてしまいました。

要するに、この事件の場合、政治のような分野と比べて、一般人との共通言語がほとんどありません。でてくる用語が日常生活とは関係ないものばかりなので、専門家がこういっているといえば、国民はふーんと反応するしかないのです。

そこをうまく利用して、マスコミを使ってケムに巻いた人たちがいるという感が強くあります。

これがもし介護問題であったり学校認可問題であったりすれば、理研は、国民からもっと激しい追求をうけたはず。

一人の故意責任で決着させたい人たちに、将棋でいう穴熊戦法が多いのも、日常生活に直結する共通言語がないフィールドで戦いたいからでしょう。

No title

ブータン
やっぱりさん
僭越ながら、ものには言い方というのがあると思いますよ。研究室のなかではお山の大将でいられたとしても、世間でそれが通用するとは限りませんから。
生物学の素人から言わせてもらうと、逆に、そういうものの言い方は一般人の信頼を失います。警察でも検察でも威圧的で一方的なのは、批判されますよね?裁判官にもヒラメ裁判官というのがいて、専門家だから100%正しい判決を出すなどと世間の人は思っていません。(真実と良心にしたがって判決を出したら左遷されるなどという話は頻繁にあります。行政がらみなどは、とくにそうでしょう?)
そうすると、やはり専門家や権力者であればあるほど、謙抑性や公正さを人は見ることになります。
法治国家において、謙抑性のない専門家や権力者ほど、有害なものはありませんから。(北朝鮮をみてください)
また、司法職員や警察職員にも証拠を捏造したり、改ざんしたりする事件がしばしばあります。専門家や権力側が常に正しいとする見方は危険です。
これと同じように、理研や報告書側を絶対的なものとして、高圧的、威圧的に行うと、素人や一般人の信頼性を失うと思います。

No title

みずどり
> 学とみ子さん
>小保方氏は、1000枚をこえる画像を、若山氏の解説なくただ渡されたとのことですが、これを考えただけでも、小保方氏の苦しい状態がわかりますね。

1000枚を超える画像を、一度に、しかも何ら説明なしに渡すっていうことが、もしあったとしたら、それは、破棄しても構わない画像ということしか、わたしには思いつきません。

重要であれば、そんな大量の画像は、フォルダごとに分けられて入れられていて、そのフォルダには、その画像内容を示すタイトルが表示されているものです。

それは、確かな事実なのでしょうかね。

No title

みずどり
> 学とみ子さん
>26頁に、系統樹はGRASのメンバーが担当したと書いてあります。彼らの責任はどうして問われないのですか?

GRASのメンバーが、小保方氏から供給されたサンプルを取り違えたり、出て来たデータを改竄したり、執筆者との相談なく勝手な系統樹を作成していたとすれば、責任は取らされるでしょうが、そのようなことはなかったのだと思いますよ。

ただ、報告書では「また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図 を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものでは なかった。」と指摘されていますね。出て来たデータを、自身の科学的な目を頼りに、論文執筆者と平等な雰囲気の中で議論される環境ではなかったのではないかと推測します。

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みずどり
> 学とみ子さん
>この文の意味はどういうことですか?
報告書では後ろで「これについて、小保方氏の説 明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置 するものを最終的に作図に用いたとのことであった」とありますが、だとすれば、論文にあるFig2iの系統樹の作製方法はかなり危ういものですね。

しかし、もし、一回目のRNA-seq解析で出されたデータ(FI-SC1)を用いて、論文のFig2iの系統樹に類したものが描かれれば、再解析はなかったと思うのです。

つまり、小保方氏あるいは笹井氏の頭の中には、すでに、Fig2iの系統樹に類したものがあらかじめあって(これが想定です)、それと比べて、最初のFI-SC1が大きく外れていることを、小保方氏は「想定していたものと異なっていると 」と言ったのではないかと思います。

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yap*ari*w*katt*na*
学とみ子さん

せっかくコメントで考えるヒントを示したのに、まるで脳内に入らなかったようですね。

RNA-seq解析と全ゲノム解析、何が違うのか、各々どのような情報が得られるのか、少しくらいは自分で調べてみるといいと思いますよ。
学ぶのに遅すぎることはない、と言いますしね。

No title

STAP
>RNAを調べて細胞の機能(遺伝子発現)を調べる以上に、さらなる細胞の構造解析にも利用されているではないですか?

少なくとも小保方氏が関与した論文では、そのように利用されていません。遺伝子プロファイルを解析する事にのみ利用されています。詳しくは論文をご参照ください

>RNA-seqは、親マウスの同定や、他の細胞の混ざりもの検出に使われています。
遠藤氏が、この公開データから、幹細胞がまざりものであることをみつけたのでしょう

RNA-seqの解析データをそのような目的で応用したのは、遠藤氏が初です。
その結果、「RNA-seqのデータから、親マウスの同定や、混ざり物も特定できる」といった新規性が評価され、論文がアクセプトされたと伺ってます。

>全ゲノム解析までしないと、ものが言えないのなら、それこそ、公開データベース以上のさらなる遺伝子情報が世界中に漏れていたことが証明されることになるのでは・・・。

公開データベースから判明した事は、その時点ではあくまでも「その可能性が高い」という事です。
その後の調査委の報告書によって、再現性が認められ、その可能性が

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yap*ari*w*katt*na*
学とみ子さん

>今回コメントとは、違うのですか?

別に違いませんが?
6月9日午後0:06のコメントの意味が理解できないのでしょうか?
「残存検体」という表現は細胞や組織を指すとして、「FI-SC3」という細胞は残存する検体ではない、ということなのですが。

>学とみ子以外のこのブログの読者にも、かみついていますね。

かみつくなんて、随分と下劣な表現ですね。相手が誰であれ、おかしな事を書いていると思えば指摘する、ということは普通のことでしょうに。

それを噛みつくというのなら、例えばpat✳✳✳氏の場合は、まともな根拠も無く先に噛みついてきたのは先方なんですけど。 理解されてますか?

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学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*様、コメントありがとうございます。6月9日午後0:06のやっぱり様のコメントでは、FI-SC3は残存検体の遺伝子解析をしたわけではないと書いています。小保方氏が公共ベースに登録したRNA-seqを解析したと言っています。今回コメントとは、違うのですか?

学とみ子以外のこのブログの読者にも、かみついていますね。
やっぱり様は、研究所の方とお見受けしますが、普段、職場では、未熟な部下の教育、研究室の財政的、人的な拡大に努力されているのでしょう。ご自身も論文を書かかれるでしょうから、他人の論文批判はほどほどですか?優等生の実生活でたまるストレスや我慢を、ブログで発散させるのかな?と、学とみ子は懸念します。

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学とみ子
> STAP様、コメントありがとうございます
>そのような解釈は出来ません。

出来ないのは、なぜなのでしょうか?疑問があります。RNAを調べて細胞の機能(遺伝子発現)を調べる以上に、さらなる細胞の構造解析にも利用されているではないですか?それは、オーソドックスな利用法ではないのかもしれませんが、STAPの場合は、そのように利用されたでしょう?
RNA-seqは、親マウスの同定や、他の細胞の混ざりもの検出に使われています。
遠藤氏が、この公開データから、幹細胞がまざりものであることをみつけたのでしょう。すぐ、若山氏が遠藤解析をサポートした。
HMSのパーク氏だって、この公開データから解読したと理解しましたが・・・。
世界中で、公開データからSTAPのESねつ造暴露がされました。この公開データに皆が飛びついたのだろうと思いますけど・・・。
もし、RNAを調べただけではわからず、全ゲノム解析までしないと、ものが言えないのなら、それこそ、公開データベース以上のさらなる遺伝子情報が世界中に漏れていたことが証明されることになるのでは・・・。

No title

学とみ子
> みずどり様、コメントありがとうございます。
引用いただいた文ですが、
>サンプルの中で中間的なものを示そう と考えたとのことであった。
この文の意味はどういうことですか?FI-SC1、FI-SC1、FI-SC3は、1,2は129xB6、3はB6ホモの親からでTSの混ざりもの、これで細胞の関連性について何が言えるのですか?26頁に、系統樹はGRASのメンバーが担当したと書いてあります。彼らの責任はどうして問われないのですか?
もし、何か情報あれば、教えてください。
小保方氏は、1000枚をこえる画像を、若山氏の解説なくただ渡されたとのことですが、これを考えただけでも、小保方氏の苦しい状態がわかりますね。

No title

みずどり
学とみ子さん こんにちは!

報告書(17頁)の、この部分を読めていますか?

===
これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)が変わることが確認さ れた。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹 井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そう と考えたとのことであった。
===

「小保方氏の想定」が、ここに書かれているようにも思いますけど。
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