詳細な実験をしている研究者でなくとも理解できる。全体の雰囲気を読み取ることはできるし無駄にはなりません。

京葉線の東京駅に東京フォーラムがあり、そこに相田みつを美術館があります。その中で、相田みつをはこのようなことを言っています.。

人の為と書いて、偽りという字になるんだといっています。
若くして天才的な書の能力を持ちながら、彼は、臨書に限界を感じ、新規の書の芸術を極めようとするあまり、もういかなる書も書けなくなっていったようです。

彼は戦争で二人の兄弟をなくしたようです。戦死した兄弟は、体もりっぱで健康だったゆえに徴兵されたとのことでした。残された相田みつをは虚無感に悩まされたようです。
戦争は、人のため、日本のためとして始まりました。
〇〇の為という言葉の偽善性を、彼は指摘しています。

imh*****様から、以下のコメントをいただきました。青字
本日はこれがお題です。

その良心を自ら手放した小保方氏を擁護する事は、果たして彼女にとってプラスになるのでしょうか?
因みに、小保方氏が理研の人事選考の際に提出した研究計画書にも不適切な画像掲載の疑義が出ていたということです。
STAP問題ではミスでは説明がつかない事柄があまりに多く、小保方氏しか知り得ない真実があります。
それが語られないことには、STAP問題の真相は明らかにされないのではないでしょうか。

STAP事件も、科学のため、正義のため、ねつ造は許さない、ねつ造は徹底的に解明させるべきとの追及がなされました。しかし、ねつ造の証拠などはないのです。
桂調査委員会も、結論を出しませんでした。

STAP事件では、小保方氏の知らないこと多くあり、知っていることには限界があります。
すべての実験データを出させようとしても、すべての中身は彼女のみ知ることです。
彼女が実験データだと思わない資料ば提出されません。
論文とは、著者の裁量権はすごく高いものであると思います。
論文作成者は、尊重され、一目置かれているのだと思います。

小保方氏の実験上でのミスは、いづれもねつ造疑惑に比べては小さなことです。

彼女の研究歴は、細胞に外的刺激を加えて、幼弱化を観察するとの研究でした。何度も何度も、くり返し、細胞や刺激を変えた実験をずっとしていたようです。
この部分に、それまでの研究歴のすべてを費やしていたのですから、他の部分まで手がまわりません。
酸浴実験では、世界中で実験している人は他にいないのでしょうから、小保方氏の独断場でしょう、
彼女はここではベテランでしょうが、その他の遺伝子やFACSの操作に未熟なミスが出ます。女性はしばしば機械に弱く不利なところがあります。

アーテイクル論文を読んでいると、この論文を仕上げるまでの著者らの努力を、いろいろ感じます。
論文には読者を引き込ませる力があります。

小保方氏は、論文で細胞が動くとか、突起を出すとか言っています。きっと、すごく集中して、細胞の動きを追っているのだろうと思います。顕微鏡下で、長時間、目をこらしながら、必死に細胞を追っていた様子が伺えます。

私たちの神経細胞も、機能に応じて突起をだしたり、突起を消したりしているようです。
だから、ピアノの演奏でもわかるように、練習をつめば神経が密に連携し合うようになります。
上手にすばやく指を左右別に動かせるようになるわけです。細胞は常に動的なのです。

細胞を混ぜた時は、遺伝子も混ぜた条件で測定できます。
誰かが偽装のため、ESとTSを混ぜて、1種類の細胞と言ったとします。
1種類の細胞が、ESとTSの遺伝子発現を持つとごまかすことができます。
しかし、その後に、この混ぜ物細胞を培養などでいじくりまわすと、細胞のせめぎあいが起こり、あったはずの細胞がいなくなってしまいます。ESとTSのそれぞれの最適培地や条件が違います。

アーテイクル論文に引用された写真、図表はすごく多彩ですし、実験の内容も多岐にわたっています。
そのアーテイクル論文で、細胞増殖曲線が、小保方氏の不在日なのに書き込まれているとか、メチル化図は書けるはずがないとか、エラーバーがおかしい、FACS使用法に慣れていないなどなど、それはそれは、小保方氏のミスの追及は激しいものでした。

厳しい実験成果を、自らにも他人にも追及する研究者はいるでしょうし、そこは尊敬できます。
しかし、実験者にミスがあっても魅力ある論文というのはあります。
しかし、論文ミスについて、マスコミをからませて新聞で議論することは望ましくはありません。

STAP細胞は新たに出来てくる細胞ではなく、リンパ球(体細胞)が変化して、幼弱化してくるのだというのが、STAP研究の主題です。
そうしたことが書かれている、アーテイクル論文を読んでいくと、ESねつ造では説明できない箇所が出てきます。

STAP細胞が、ESとは異なる部分のアーテイクル論文の紹介です。

桂調査委員会は、本気でねつ造認定などをしようとしていたわけではありません。
桂調査委員会がES混入と追及しないでそのままで残った部分は多くありました。

刑事事件のような犯人逮捕のための徹底した調査など、論文審査では意味がないのです。
この部分でも、マスコミも全く間違えていたと思いますが、彼らはSTAP記事で、十分ペイしたでしょう。

The Oct4-GFP+ cells demonstrated a characteristic small cell size with little cytoplasm and also showed a distinct fine structure of the nucleus compared with that of parental CD45+ lymphocytes (Fig. 1g). The Oct4-GFP+ cells on day 7 were smaller than non-treated CD45+ cells (Fig. 1g, h and Extended Data Fig. 2c) and embryonic stem (ES) cells (Fig. 1h), both of which are generally considered to be small in size. The diameter of low-pH-treated CD45+ cells became reduced during the first 2 days, even before they started Oct4-GFP expression (Fig. 1f), whereas the onset of GFP expression was not accompanied by cell divisions. Consistent with this, no substantial 5-ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) uptake was observed in the Oct4-GFP+ cells after the stressor (Extended Data Fig. 2d).
Oct4-GFP +細胞は、細胞質の少ない特徴的な小さな細胞サイズを示し、元になったCD45 +リンパ球と比べて核の明確な微細構造を示した(図1g)。 7日目のOct4-GFP +細胞は、非処理CD45 +細胞(図1g、hおよび延長データ図2c)および胚性幹細胞(図1h)よりも小さく、両方とも一般に サイズが小さい。 低pHで処理したCD45 +細胞の直径は、Oct4-GFP発現を開始する前(図1f)であっても、最初の2日間は減少したが、GFP発現の開始は細胞分裂を伴わなかった。 ストレッサー後のOct4-GFP +細胞には、5-エチニル-2'-デオキシウリジン(EdU)取り込みは観察されなかった(拡張データ図2d)。


Comparative genomic hybridization array analysis of STAP cells indicated no major global changes in chromosome number (Extended Data Fig. 5c).
STAP細胞の比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイ分析は、染色体数に大きな変化がないことを示した(拡張データ図5c)。


STAP cells, unlike mouse ES cells, showed a limited capacity for self-renewal in the LIF-containing medium and did not efficiently form colonies in dissociation culture (Fig. 2f, g), even in the presence of the ROCK inhibitor Y-27632, which suppresses dissociation-induced apoptosis28, 29 (Fig. 2h). Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages. Furthermore, expression of the ES cell marker protein Esrrβ was low in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e). In general, female ES cells do not show X-chromosomal inactivation30 and contain no H3K27me3-dense foci (indicative of inactivated X chromosomes), unlike female CD45+ cells and EpiSCs. In contrast, H3K27me3-dense foci were found in ~40% of female STAP cells strongly positive for Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5f, g).

STAP細胞は、マウスES細胞とは異なり、LIF含有培地中での自己再生能が低下し、ROCK阻害剤Y-27632(解離誘発アポトーシスを抑制する28,29(図2h))の存在下の解離培養で、コロニー形成を欠いた(図2f、g)。STAP細胞数は2継代後に実質的に減少し始めた。 さらに、ES細胞マーカータンパク質Esrrβの発現は、STAP細胞では低かった(拡張データ図5d、e)。 一般に、雌のES細胞は、雌CD45 +細胞およびEpiSCとは異なり、H3K27me3-dense部分(不活性化X染色体を示す)を示さない。 対照的に、H3K27me3-dense部分は、Oct4-GFPの強いSTAP細胞の約40%に見出された(拡張データ図5f、g)。

In addition to their expandability, we noticed at least two other differences between STAP stem cells and parental STAP cells. First, the expression of the ES cell marker protein Esrrβ, which was undetectable in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e), was clearly seen in STAP stem cells (Fig. 5e). Second, the presence of H3K27me3 foci, which was found in a substantial proportion of female STAP cells, was no longer observed in STAP stem cells (Extended Data Figs 5f and 8k). Thus, STAP cells have the potential to give rise to expandable cell lines that exhibit features similar to those of ES cells.
我々はSTAP幹細胞と親STAP細胞との間に少なくとも2つの相違点があることに気づいた。 最初に、STAP細胞では検出されなかったES細胞マーカータンパク質Esrrβの発現が、STAP幹細胞において明らかに見られた(図5e)。 第2に、STAP幹細胞では、メス由来STAP細胞のかなりの部分に見出されたH3K27me3-dense部分はもはや観察されなかった(拡張データ図5fおよび8k)。 したがって、STAP細胞は、ES細胞と類似の特徴を示す細胞を生みだす能力を有する。

詳細な実験をしている研究者でなければ理解できないわけではありません。全体の雰囲気を読み取ることは無駄にはなりません。

STAP細胞、STAP幹細胞、ES細胞が、それぞれに異なる細胞であると言っていることが、一般人でもかぎとることはできると思います。





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>STAP事件も、科学のため、正義のため、ねつ造は許さない、ねつ造は徹底的に解明させるべきとの追及がなされました。しかし、ねつ造の証拠などはないのです。
>桂調査委員会も、結論を出しませんでした。

桂調査委員会は、アーティクル論文の「細胞増殖曲線(Fig.5c) 」「メチル化図( Fig.2c) 」については、明確に<ねつ造>という結論を出しています。削除
2017/6/23(金) 午後 0:24[ みずどり ]返信する
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学さん
>細胞を混ぜた時は、遺伝子も混ぜた条件で測定できます。
>誰かが偽装のため、ESとTSを混ぜて、1種類の細胞と言ったとします。
>1種類の細胞が、ESとTSの遺伝子発現を持つとごまかすことができます。
>しかし、その後に、この混ぜ物細胞を培養などでいじくりまわすと、細胞のせめぎあいが起こり、あったはずの細胞がいなくなってしまいます。ESとTSのそれぞれの最適培地や条件が違います。

何も細胞を一緒に培養しなくても、まづ各々の細胞からDNAやRNAサンプルを調整してから、後でそれらを混ぜ合わせて一つのサンプルとして遺伝子解析にかけると、両細胞の混ざったデータが取れますね。

>STAP細胞が、ESとは異なる部分のアーテイクル論文の紹介です。

これらの違いを示すデータは、今となれば、どのようにして取られたのかとても興味深いです。削除
2017/6/23(金) 午後 6:51[ みずどり ]返信する
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> みずどり様、コメントありがとうございます。
>何も細胞を一緒に培養しなくても、まづ各々の細胞からDNAやRNAサンプルを調整してから、後でそれらを混ぜ合わせて一つのサンプルとして遺伝子解析にかけると、両細胞の混ざったデータが取れますね。

こういう話を聞くとね、小保方氏はこれをやられた可能性があるのかもと思う人がでてきますよ。みずとり様はどのようなお立場かは知りませんが、こんなこと言って大丈夫ですか。どのような細胞状態で小保方氏がサンプルとしてGRASに運んだのでしょうかね?そして、その結果がどのように議論されたのかについて、当事者は、皆、隠していますね。削除
2017/6/23(金) 午後 8:13学とみ子
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>これらの違いを示すデータは、今となれば、どのようにして取られたのかとても興味深いです。
STAPがESとすると、STAP論文2編とも、STAPがESと違うと書かれた部分がすべてねつ造になります。FIはすべてねつ造です。図表も多くが、両者の違いに触れています。こうした部分をすべてねつ造判定をしなかったのは、片手落ちでした。たった2図だけ、ねつ造判定してもらっても、全体の論文は相変わらず、ES、STAP、STAP幹の違いの実験結果と説明に満ち満ちています。なぜ、もっと桂調査委員に、図表や文章の否定を要望しなかったのですか?これらの問題について、ねつ造派の方々の間では議論したのですかね?ねつ造裁定のさらなる要望など、桂調査委員との交渉やバトルもあったのですか?削除
2017/6/23(金) 午後 8:43学とみ子
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> 学とみ子さん
>こういう話を聞くとね、小保方氏はこれをやられた可能性があるのかもと思う人がでてきますよ。

学さんはそう思われるのですか?
学さんが実験技術上不可能のようなことを書いておられるので、
それは可能であるということを示したまでです。

>どのような細胞状態で小保方氏がサンプルとしてGRASに運んだのでしょうかね?

それについては、桂報告書ではこう書かれています(17頁)。
「なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエン スしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に 計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段 階で混入していたと考えるのが妥当である」

小保方氏が細胞からRNAを抽出してシークエンスできる状態にまで準備したものをGRASに運んでいます。GRASは遺伝子配列を決めて、その解析をしただけですね。削除
2017/6/23(金) 午後 9:14[ みずどり ]返信する
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> 学とみ子さん
>STAPがESとすると、STAP論文2編とも、STAPがESと違うと書かれた部分がすべてねつ造になります。FIはすべてねつ造です。

これは違います。

STAPがESと違うと書かれたところは<ねつ造>ではなく、「誤り」というべきですね。Flと書かれたところも「誤り」です。もし言うならばですが。

>たった2図だけ、ねつ造判定してもらっても、全体の論文は相変わらず、ES、STAP、STAP幹の違いの実験結果と説明に満ち満ちています。

STAP=ESと実証した桂調査報告書に従えば、それと相いれない実験結果や、その説明はことごとく「誤り」です。

撤回されていて良かったです。削除
2017/6/23(金) 午後 10:34[ みずどり ]返信する
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つづきです。

>なぜ、もっと桂調査委員に、図表や文章の否定を要望しなかったのですか?

STAP=ESというロジックが自ずと否定するもの(図や表)を否定するからです。

>これらの問題について、ねつ造派の方々の間では議論したのですかね?

ねつ造派というものが何を示しているかは知りませんが、科学者であるなら、科学的批判に耐えうる客観的真実を明らかにすればよいだけだったのではないかと思います。

>ねつ造裁定のさらなる要望など、桂調査委員との交渉やバトルもあったのですか?

それは知りません。
ただ、桂調査委員会には法律の専門家もいますので、科学者だけの世界では当然なかったでしょうね。削除
2017/6/23(金) 午後 10:42[ みずどり ]返信する
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ES、ESっておっしゃいますけど、それが本当にESなのか怪しいものです。129/GFP ESなんて誰もESであることを証明してないんですから。小保方さん所有の保管リストで129/GFP ESのすぐ上に129ESって試料があり、小保方さんのコメントでは「FLS→129ESと書いていた」です。それなら129/GFP ESがFLSである可能性だってありますよ。2つが極似なのは当たり前ってことになりますね。129/GFP ESを勝手にESとしたのは誰でしょうね。削除
2017/6/23(金) 午後 10:44[ はちべえ ]返信する
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> はちべえさん
>129/GFP ESなんて誰もESであることを証明してないんですから。

それは違います。桂調査委員会が証明しました。

桂報告書には「129/GFP ES」についてこう記載されています。
(6頁)

「従って、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同 一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。」削除
2017/6/24(土) 午前 10:30[ みずどり ]返信する
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STAP=ESというのは証明されてません。それを証明するためには少なくともどのようにしてSTAPがESになったかを示す必要があります。ESの混入かすり替えなのかを明らかにする必要があるとも言えますが。現時点で言えるのはSTAPと同じES細胞とラベルが貼られた試料があるというだけです。削除
2017/6/24(土) 午前 11:48[ はちべえ ]返信する
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> はちべえさん
>ESの混入かすり替えなのかを明らかにする必要があるとも言えますが。
桂調査報告書では、残存試料へのESの混入を実証しています。そして、このようにまとめられています。

「第一は、本調査により、STAP 細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定され た問題である。その証拠となるべき STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラ、テラトーマは、すべ て ES 細胞の混入に由来する、あるいはそれで説明できることが科学的な証拠で明らかにな った。」(30頁)削除
2017/6/24(土) 午後 2:51[ みずどり ]返信する
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> はちべえ様、
桂委員会というのは、理研から出てきた問題を裁定する委員会だったようです。つまり、理研が正しいサンプルとしたものは、正しいと判断するとのスタンスです。つまり、サンプルに問題があっても関与せず、裁定したら解散し、責任もゼロになる(後は理研の責任に移る)らしいです。桂委員会の裁定は、理研や若山氏の提出したサンプルが正当であるとの限定付で、ES細胞の混入に由来すると言っているだけなんですね。削除
2017/6/24(土) 午後 3:01学とみ子
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ESの混入は実証してないですよ。STAP幹細胞にESというラベルを貼っておなじ調査をさせると調査委員会はESの混入だといいますよ。ほら、実証したことにはならないのが分かるでしょ。調査委員会はESとラベルされたものはESだという前提に立ってます。だから、ESの混入だとしSTAP細胞はないという結論を出した。しかし、ESとラベルされた試料が実際にはSTAP幹細胞だった可能性もありますね。すると結論はひっくり返ることになります。削除
2017/6/24(土) 午後 5:45[ はちべえ ]返信する
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> みずどり様、詳細で丁寧なご説明ありがとうございます。

ESやTSは、一定の条件で継代培養可能で、ES,TSの形態を維持し、RNA遺伝子プロファイルもあらかじめわかっています。一方、STAP細胞はどういう質の細胞かはわからないし、RNAの変化も不明です。STAP細胞が無いと、培地の条件でどんな変化をしてくるのかは闇の中で、想像で細胞を混ぜ合わせても、どこまで行っても、ES+TSのままですよね。培養して遺伝子発現の変化を観察するといった実験系では使えませんね。削除
2017/6/24(土) 午後 5:52学とみ子
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> はちべえさん
桂報告書は、その膨大なデータと共に、検証可能な英文になって[STAP cells are derived from ES cells]というタイトルで世界中の科学者たちに対して発せられましたね。

研究不正は世界中どこでもあることで、別段、驚くべきことではないのですが、ある研究者たちの論文や残存試料を、他の研究者たちがチームを組んで徹底的に調べ上げるという、このような調査は特別なことです。
わたしはそこには、日本の現時点での「科学力」と呼ばれるものが表現されていると思うのです。その科学力は単に専門知識や技術力というものだけではなく、日々科学的真実に向きあおうとしている日本の研究者たちの常識や良心が顕わとなっていると思うのです。削除
2017/6/24(土) 午後 8:15[ みずどり ]返信する
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> 学とみ子さん
その話は「誰かが偽装のため」という言葉に反応して思わず書いてしまいましたが、「ねつ造」の方法指南となっていますので、お詫びして撤回いたします。削除
2017/6/24(土) 午後 8:48[ みずどり ]返信する
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調査委員の報告では凍結保存されていたFI細胞はES細胞と断定されましたが、TS細胞が混ざっているとは言われませんでした。つまり、培養時は混ざっていなかった事が分かります。みずどりさんがおっしゃったように、RNAを抽出後混ぜた可能性が非常に高いですね。削除
2017/6/24(土) 午後 9:17[ STAP ]返信する
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ゲノム解析だけしかしてないので、調査委員会のロジックからするとESとなってしまいます。もし、遺伝子の発現量を調べていたら、ESとTSの特異遺伝が両方発現してFI幹細胞と分かった可能性もあります。削除
2017/6/24(土) 午後 11:17[ はちべえ ]返信する
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桂報告書の構成は以下の三つに分かれます。
①残存試料の解析②公開データに関する疑義③論文の図表や本文等に関する疑義。
③として、Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6についてOct4-GFPのFI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点が疑義として取り上げられました。ところが、桂報告書の結論は、Oct-GFP挿入のFI幹細胞樹立実験は行われたが樹立途中でOct4-GFPのないFES1が混入したものとされました。混入は若山氏にSTAP細胞が渡され後にも行われたことになり、小保方氏は無実と言えるのではないでしょうか。そもそも、なぜ存在しない細胞がFES1であると言えるのか不思議ではあります。削除
2017/6/24(土) 午後 11:54[ tsu*isa*u*15 ]返信する
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CTS1は、解凍され論文通りのTS培地(Fgf4)で培養されたのちゲノム解析に回されています。(サプリインフォ) キメラ実験まではされなくとも、顕微撮影や多少の解析は行ってないんでしょうか? 普通、ちょっと調べたくなると思うのですが。まあ、他のESの証拠やTSの混入の証拠があれば報告書に載ってくるでしょう。ゲノムの酷似以上の証拠はなかったということですかね。削除
2017/6/25(日) 午後 0:03[ Ts.Marker ]返信する
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学氏は小保方母とお知り合いですか?削除
2017/6/26(月) 午前 0:44[ 正義の使者 ]返信する
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>CTS1は、解凍され論文通りのTS培地(Fgf4)で培養されたのちゲノム解析に回されています。(サプリインフォ)
それなのにCTS1の解析結果はアクロシン入りES細胞でした。理研検証実験報告における丹羽発言では「ES細胞をTS培地(Fgf4)で培養すると死滅する」とされました。上記記述と桂報告は矛盾します。削除
2017/6/26(月) 午前 0:48[ tsu*isa*u*15 ]返信する

> みずどり様、コメントありがとうございます。みずとり様にとって正論と思いますが、論文の持つ力を感じとると、正論が正論ではなくなります。嘘ではここまでの論文は書けないです。削除
2017/6/26(月) 午前 6:56学とみ子
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そうですよね。調べたくなりますよ、目の前にFI幹細胞があれば。遺伝子の発現量を調べればFI幹細胞なるものがESだったと証明できるのですから。調査委員会がこれをしなかったというのはちょっと信じられません。①調べたがFI幹細胞の遺伝子発現があったのでその結果を握り潰した②調査委員会はそんな発想もない間抜けな委員会だった。やっぱり①でしょうね。削除
2017/6/26(月) 午前 9:01[ はちべえ ]返信する
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久々に覗いてみたら、またまた先祖がえりの議論ですか。
学さんの脳内には、学習ということは不可能なのでしょうか?

6月5日のコメントですが、再掲しますね。

横から失礼しますが、、 FI幹細胞について議論する際には、注意が必要です。
NATURE論文にある「STAP細胞をFGF含有培地で培養して作成したというFI幹細胞」と「胎盤が光るキメラマウスを作成したFI幹細胞」が同じであるかどうかも不明です。
ましてや、小保方氏が「FI幹細胞」と称してGRASに解析依頼したものは3種類もあり、これが論文記載のものかどうかも不明というシロモノです。
なお、2種類の細胞の混合物とされた「FI-SC3」ですが、これはRNA-seq解析なので、おそらくは抽出RNAの形で解析に出されたと思われるので、2つの細胞が混ざるの混ざらないのという別の疑惑とは無関係にサンプル調整は可能だったと思われます。削除
2017/6/26(月) 午前 9:50[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> tsu*isa*u*15さん

>。ところが、桂報告書の結論は、Oct-GFP挿入のFI幹細胞樹立実験は行われたが樹立途中でOct4-GFPのないFES1が混入したものとされました。

出鱈目ばかり書かないように。

その可能性は低いけど否定できないということで併記されていますが、
Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった。Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株として論文に記載されていたものは、Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株であった可能性の方が高いとか考えられます。
更に言えば、小保方氏は若山氏から(Oct4-GFPを有する)GOFマウスを渡されたものと思っていたので、論文作成時にArc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞だとは確認せず、Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株として記載したものと考える方がリーズナブルです。削除
2017/6/26(月) 午前 11:56[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学さん、 本記事についてのコメントです。

>STAP細胞、STAP幹細胞、ES細胞が、それぞれに異なる細胞であると言っていることが、一般人でもかぎとることはできると思います。

学さんが訳してくれた部分を読む限り、STAP細胞とES細胞は異なる、STAP細胞とSTAP幹細胞は異なる、という記載はありますが、STAP幹細胞とES細胞は異なるという趣旨の記載はありません。
むしろ最後の行のは、STAP細胞から生み出されるSTAP幹細胞はES細胞と同様の特徴を有するという意味に取れます。

そして、まさにSTAP幹細胞として保存されていたサンプルを解析した結果、その正体はES細胞だとが判明したということと一致したわけですね。削除
2017/6/26(月) 午後 0:07[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん
>みずとり様にとって正論と思いますが、

この文章には主語がないのですが、主語は何ですか?

>論文の持つ力を感じとると、正論が正論ではなくなります。

論文の持つ力とは、確固たる実験データと、それに基づく論理展開が
、美しく、論文の結論を証明している時に感じるものですね。

今、学さんが感じているものの中に、この2つがしっかりとした位置を占めていますか?

また学さんは「正論」という言葉を出されましたが、そもそも「正論」というどこか曖昧な倫理観念を含むものから、科学論文は眺められるものではありません。

>嘘ではここまでの論文は書けないです。

そうですよ。

この論文の実質的執筆者は、集められたデータに嘘がある、すなわち、<ねつ造>されたデータが含まれてあるとは夢にも思っていません。

桂報告書の内容は、そんな彼にとって2つの意味で仰天する内容です。

一つは<ねつ造>認定された図、そして、もう一つは「STAP=ES」との結論。 悲しいことです。削除
2017/6/26(月) 午後 0:54[ みずどり ]返信する
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>yap*ari*w*katt*na*さん
「可能性がある」が抜けていましたね。誤解を与えてしまい申し訳ありません。
調査委員会は、結局、Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6に使われたFI幹細胞は若山氏が樹立したAcr-GFP/CAG-GFP挿入のES細胞であると判断したことになります。しかし、ブログ主も示唆するようにFI幹細胞がES細胞なら、上記レターの図表のような現象は決して現れず、これらの図表は捏造ということになってしまいます。削除
2017/6/26(月) 午後 8:59[ tsu*isa*u*15 ]返信する
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>>つづき

そして、そのCTSを使い若山研の誰かはキメラ実験をおこない論文用のデータを小保方さんに渡した。(光る胎盤)
揺るがない事実だと思うが。遺伝子発現データは、Acrが見つかったFI-SC、ChiP-seqの登録NGSデータに残っているはず..。
調査報告でも調べたとは書いてあるが、結果は公表されていない。削除
2017/6/26(月) 午後 9:08[ Ts.Marker ]返信する
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話は変わりますが、2014年6月16日の若山会見では第三者解析の結果が発表されましたが、なぜかFI幹細胞CTSについては触れられていません。もしこれがES細胞由来となればレターがぶっ飛ぶからでしょうか。削除
2017/6/26(月) 午後 9:33[ tsu*isa*u*15 ]返信する
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> みずどり様、コメントありがとうございます。もう少し、先まで書いていただかないと、水面にただようみずとり様のお気持ちがわかりませんが・・・。削除
2017/6/26(月) 午後 9:57学とみ子
返信する
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> tsu*isa*u*15様、コメントありがとうございます。
STAP細胞から幹細胞とFI細胞が、それぞれ別の培養系で作られているのです。STAPが無ければ、その変化の経過を論文に書けないですよね。なにしろ、「ほら、こんな風に変わっていくよ」と謳うように書いてあるのですから。削除
2017/6/26(月) 午後 10:03学とみ子
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> Ts.Marker様、コメントありがとうございます。
有用なご示唆をありがとうございます。
若山研究室は、研究室員総出でデータを作ったのですよね。それを若山研究室が否定してしまった・・・。でも、細胞を扱う研究者たちは、論文に書かれたことを信じているのではないでしょうか?削除
2017/6/26(月) 午後 10:11学とみ子
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コメント

No title

学とみ子
> Ts.Marker様、コメントありがとうございます。
有用なご示唆をありがとうございます。
若山研究室は、研究室員総出でデータを作ったのですよね。それを若山研究室が否定してしまった・・・。でも、細胞を扱う研究者たちは、論文に書かれたことを信じているのではないでしょうか?

No title

学とみ子
> tsu*isa*u*15様、コメントありがとうございます。
STAP細胞から幹細胞とFI細胞が、それぞれ別の培養系で作られているのです。STAPが無ければ、その変化の経過を論文に書けないですよね。なにしろ、「ほら、こんな風に変わっていくよ」と謳うように書いてあるのですから。

No title

学とみ子
> みずどり様、コメントありがとうございます。もう少し、先まで書いていただかないと、水面にただようみずとり様のお気持ちがわかりませんが・・・。

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tsu*isa*u*15
話は変わりますが、2014年6月16日の若山会見では第三者解析の結果が発表されましたが、なぜかFI幹細胞CTSについては触れられていません。もしこれがES細胞由来となればレターがぶっ飛ぶからでしょうか。

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Ts.Marker
>>つづき

そして、そのCTSを使い若山研の誰かはキメラ実験をおこない論文用のデータを小保方さんに渡した。(光る胎盤)
揺るがない事実だと思うが。遺伝子発現データは、Acrが見つかったFI-SC、ChiP-seqの登録NGSデータに残っているはず..。
調査報告でも調べたとは書いてあるが、結果は公表されていない。

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tsu*isa*u*15
>yap*ari*w*katt*na*さん
「可能性がある」が抜けていましたね。誤解を与えてしまい申し訳ありません。
調査委員会は、結局、Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6に使われたFI幹細胞は若山氏が樹立したAcr-GFP/CAG-GFP挿入のES細胞であると判断したことになります。しかし、ブログ主も示唆するようにFI幹細胞がES細胞なら、上記レターの図表のような現象は決して現れず、これらの図表は捏造ということになってしまいます。

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みずどり
> 学とみ子さん
>みずとり様にとって正論と思いますが、

この文章には主語がないのですが、主語は何ですか?

>論文の持つ力を感じとると、正論が正論ではなくなります。

論文の持つ力とは、確固たる実験データと、それに基づく論理展開が
、美しく、論文の結論を証明している時に感じるものですね。

今、学さんが感じているものの中に、この2つがしっかりとした位置を占めていますか?

また学さんは「正論」という言葉を出されましたが、そもそも「正論」というどこか曖昧な倫理観念を含むものから、科学論文は眺められるものではありません。

>嘘ではここまでの論文は書けないです。

そうですよ。

この論文の実質的執筆者は、集められたデータに嘘がある、すなわち、<ねつ造>されたデータが含まれてあるとは夢にも思っていません。

桂報告書の内容は、そんな彼にとって2つの意味で仰天する内容です。

一つは<ねつ造>認定された図、そして、もう一つは「STAP=ES」との結論。 悲しいことです。

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yap*ari*w*katt*na*
学さん、 本記事についてのコメントです。

>STAP細胞、STAP幹細胞、ES細胞が、それぞれに異なる細胞であると言っていることが、一般人でもかぎとることはできると思います。

学さんが訳してくれた部分を読む限り、STAP細胞とES細胞は異なる、STAP細胞とSTAP幹細胞は異なる、という記載はありますが、STAP幹細胞とES細胞は異なるという趣旨の記載はありません。
むしろ最後の行のは、STAP細胞から生み出されるSTAP幹細胞はES細胞と同様の特徴を有するという意味に取れます。

そして、まさにSTAP幹細胞として保存されていたサンプルを解析した結果、その正体はES細胞だとが判明したということと一致したわけですね。

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yap*ari*w*katt*na*
> tsu*isa*u*15さん

>。ところが、桂報告書の結論は、Oct-GFP挿入のFI幹細胞樹立実験は行われたが樹立途中でOct4-GFPのないFES1が混入したものとされました。

出鱈目ばかり書かないように。

その可能性は低いけど否定できないということで併記されていますが、
Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった。Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株として論文に記載されていたものは、Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株であった可能性の方が高いとか考えられます。
更に言えば、小保方氏は若山氏から(Oct4-GFPを有する)GOFマウスを渡されたものと思っていたので、論文作成時にArc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞だとは確認せず、Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株として記載したものと考える方がリーズナブルです。

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yap*ari*w*katt*na*
久々に覗いてみたら、またまた先祖がえりの議論ですか。
学さんの脳内には、学習ということは不可能なのでしょうか?

6月5日のコメントですが、再掲しますね。

横から失礼しますが、、 FI幹細胞について議論する際には、注意が必要です。
NATURE論文にある「STAP細胞をFGF含有培地で培養して作成したというFI幹細胞」と「胎盤が光るキメラマウスを作成したFI幹細胞」が同じであるかどうかも不明です。
ましてや、小保方氏が「FI幹細胞」と称してGRASに解析依頼したものは3種類もあり、これが論文記載のものかどうかも不明というシロモノです。
なお、2種類の細胞の混合物とされた「FI-SC3」ですが、これはRNA-seq解析なので、おそらくは抽出RNAの形で解析に出されたと思われるので、2つの細胞が混ざるの混ざらないのという別の疑惑とは無関係にサンプル調整は可能だったと思われます。

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はちべえ
そうですよね。調べたくなりますよ、目の前にFI幹細胞があれば。遺伝子の発現量を調べればFI幹細胞なるものがESだったと証明できるのですから。調査委員会がこれをしなかったというのはちょっと信じられません。①調べたがFI幹細胞の遺伝子発現があったのでその結果を握り潰した②調査委員会はそんな発想もない間抜けな委員会だった。やっぱり①でしょうね。

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学とみ子
> みずどり様、コメントありがとうございます。みずとり様にとって正論と思いますが、論文の持つ力を感じとると、正論が正論ではなくなります。嘘ではここまでの論文は書けないです。

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tsu*isa*u*15
>CTS1は、解凍され論文通りのTS培地(Fgf4)で培養されたのちゲノム解析に回されています。(サプリインフォ)
それなのにCTS1の解析結果はアクロシン入りES細胞でした。理研検証実験報告における丹羽発言では「ES細胞をTS培地(Fgf4)で培養すると死滅する」とされました。上記記述と桂報告は矛盾します。

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正義の使者
学氏は小保方母とお知り合いですか?

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Ts.Marker
CTS1は、解凍され論文通りのTS培地(Fgf4)で培養されたのちゲノム解析に回されています。(サプリインフォ) キメラ実験まではされなくとも、顕微撮影や多少の解析は行ってないんでしょうか? 普通、ちょっと調べたくなると思うのですが。まあ、他のESの証拠やTSの混入の証拠があれば報告書に載ってくるでしょう。ゲノムの酷似以上の証拠はなかったということですかね。

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tsu*isa*u*15
桂報告書の構成は以下の三つに分かれます。
①残存試料の解析②公開データに関する疑義③論文の図表や本文等に関する疑義。
③として、Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6についてOct4-GFPのFI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点が疑義として取り上げられました。ところが、桂報告書の結論は、Oct-GFP挿入のFI幹細胞樹立実験は行われたが樹立途中でOct4-GFPのないFES1が混入したものとされました。混入は若山氏にSTAP細胞が渡され後にも行われたことになり、小保方氏は無実と言えるのではないでしょうか。そもそも、なぜ存在しない細胞がFES1であると言えるのか不思議ではあります。

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はちべえ
ゲノム解析だけしかしてないので、調査委員会のロジックからするとESとなってしまいます。もし、遺伝子の発現量を調べていたら、ESとTSの特異遺伝が両方発現してFI幹細胞と分かった可能性もあります。

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STAP
調査委員の報告では凍結保存されていたFI細胞はES細胞と断定されましたが、TS細胞が混ざっているとは言われませんでした。つまり、培養時は混ざっていなかった事が分かります。みずどりさんがおっしゃったように、RNAを抽出後混ぜた可能性が非常に高いですね。

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みずどり
> 学とみ子さん
その話は「誰かが偽装のため」という言葉に反応して思わず書いてしまいましたが、「ねつ造」の方法指南となっていますので、お詫びして撤回いたします。

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みずどり
> はちべえさん
桂報告書は、その膨大なデータと共に、検証可能な英文になって[STAP cells are derived from ES cells]というタイトルで世界中の科学者たちに対して発せられましたね。

研究不正は世界中どこでもあることで、別段、驚くべきことではないのですが、ある研究者たちの論文や残存試料を、他の研究者たちがチームを組んで徹底的に調べ上げるという、このような調査は特別なことです。
わたしはそこには、日本の現時点での「科学力」と呼ばれるものが表現されていると思うのです。その科学力は単に専門知識や技術力というものだけではなく、日々科学的真実に向きあおうとしている日本の研究者たちの常識や良心が顕わとなっていると思うのです。
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