「あの日」の記載では、幹細胞関連の実験はほとんど若山氏がやったと書かれています。

yap*ari*w*katt*na*さんが以下の桂報告書(青字)を貼り付けてくれたのですが、この部分は何度も過去に議論の対象になっています。

FI幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと(故意か過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。

小保方氏(ら)によるサンプルの持ち込みは、2012年8月、2013年1月、6月ですが、この時、小保方氏は、FI実験をしていたとは考えにくいです。「あの日」(後述)の記載では、幹細胞関連の実験はほとんど若山氏がやったと書かれています。しかし、論文に記載されたOct入りFI細胞は作っていないとの若山氏の話でした。

FI細胞の実験はいつやられたものなのでしょうか?理研はこれを空実験と位置付けているのでしょうか?

ここは、いままでもたびたび話題にしてきました。2017年4月9日にも、関連記事があります

このブログでの見解は以下です。
小保方氏がサンプルを持ち込んだのは、すでに実験が終わってから、公開データベース提出用の遺伝子発現データの提出を求められ、サンプル調整のみ行った。

もし、小保方氏がES混入犯であれば、解析すればねつ造がバレてしまうのだから、それでもわざわざ持ち込むのか?おかしいではないか?です。
すなわち、小保方氏自ら持ち込んでしまった事実は、逆に彼女の無実を証明するものであろうと過去の本ブログに書いています。

その部分を引用します。青字

もし、親の遺伝子と合わない結果が出たら、著者らにとって、すでにこの時点で大変な話であろうし、若山氏にとっても一大事になるのではないか?と思われるのである。
GRASでの解析でどのようなことまでわかったのか?この顛末について情報がある方がいらしたら教えて欲しいと思う。
さらに、不思議に思うのは、リバイス時に求められた実験用マウスの選択に、若山氏が協力していない点である。
若山研が引っ越したのは、2013年3月である。GRASにおけるNGS検査をした2013年1月には、若山研はまだ理研にいたが、6月にはすでにいない。

ここについて、「あの日」では、どのように書かれているかというと(茶字)、126頁、

ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられていたアンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまった。

若山研での実験の大半は若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にはそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統をそろえる事ができなかった。

リバイスの際の話し合いにおいては、今回の次世代シーケンサーの解析は解析としては浅い解析であり、細胞の性質の傾向をみるだけにすぎない。次の研究できちんとマウスの系統を揃えられた際に、より深く解析して細胞の性質を吟味し、特異的なマーカーなどを探索しようと言いうことになった。

 多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された。論文にデータとして使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChip(クロマチン免疫沈降)は行っても良いが、シーケンサーによる解析は行わないように指示がだされているものもあった。Chipの実験では特定のタンパク質の発現しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。

体内時計さんは、
>小保方氏が論文のストーリーに合うようにサンプル調整をした。
とおしゃっていますが、情報がありましたら実験の時期を教えていただけますか?

小保方氏(ら)サンプルの持ち込みは、2012年8月、2013年2月、6月ですが、この時に、論文に結果が載っているFI実験が小保方氏により行われた可能性もあるのでしょうか?
それとも、実験中にGRASで解析されて結果が論文データになったものとは別に、論文アップに向けて再度遺伝子データが取り直されたとの理解でよろしいでしょうか?

若山氏の非協力や”突然の責任放棄”と「あの日」に書かれた背景について知りたいです。

「あの日」に書かれた、”多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された”との記載の真実性はいかがでしょうか?
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コメント

No title

学とみ子
> ぷっ()さん、医学部の方ですか?現実を良くご存じで…
医学論文は毎日の仕事で小さな気付きを積み重ねて文献検索していくと論文になります。このブログも私の発見があります。日々賢くなりたいです。

No title

ぷっ()
医学部の博士号なんて、教授に取り入る能力があれば誰でも取れるからなぁ。

皆さん誤解してるけど、床に落ちて踏まれた飯粒程度の価値しかないのよ(ヾノ・∀・`)ね。

小保方も医学博士狙えば良かったのにね。

No title

m
> 独り言さん

>ま、小保方さんという人はどこかの企業のホームページから写真をパクってきて堂々と自分のD論に載せる人ですからね。

あなたは、その「どこかの企業」の方ですか?ならばしっかりと「肖像権を主張し小保方さんに謝罪を求めればよい。
自分は、小保方さんが肖像権で揉めたとと言う話は一切、耳にしていないがおかしいですね。

わかりやすく言えば、仮に学さんが青く光る例の画像をブログに貼り付けたら「どこかの企業のホームページから写真をパクってきて」と批判するのですか?普通は有りえませんが。


>高校時代の有名な虚言も然り。
現実と想像の区別がつかない人、ってことかもしれませんな。

いまだに、マスゴミのデタラメを信じ、言いふらすのは関心できませんね。



>小保方さんがSTAP幹細胞を作らなかったり、FI幹細胞を作っても解析に出さなかったのはもしバレたら全部若山さんのせいにしてしまう為だった、と思えば辻褄が合う、ってことですわ。
ーーーーー
妄想です


正に、おとぎ話し以上の妄想ですね(笑)

No title

独り言
> 学とみ子さん

>そうしたリスクを犯してまでして論文書きますか?

独り言の妄想に返信いただき有難うございます。
ま、小保方さんという人はどこかの企業のホームページから写真をパクってきて堂々と自分のD論に載せる人ですからね。
高校時代の有名な虚言も然り。
現実と想像の区別がつかない人、ってことかもしれませんな。
小保方さんがSTAP幹細胞を作らなかったり、FI幹細胞を作っても解析に出さなかったのはもしバレたら全部若山さんのせいにしてしまう為だった、と思えば辻褄が合う、ってことですわ。
ーーーーー
妄想です。

No title

学とみ子
> Ooboeさん
ヤフーブログはコメントの字数制限は厳しいようです。こちらには届いていません。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん 2017/11/14(火) 午前 8:54

>保存されてしまうと後で解析されて混入がバレますね。
>そうしたリスクを犯してまでして論文書きますか?

この理屈でいうなら、若山氏が混入犯だとしたら「保存できて、あとから解析されたらバレる幹細胞」を作成するはずはない、ですね。


前にも書いたかもしれませんが、、、
小保方氏は4月の記者会見において、STAP細胞は何回作成したかの質問に対して、 例の200回と答えたのに続いて、聞かれてもいないのに 「現存するSTAP幹細胞については、全て若山先生が樹立した」とSTAP幹細胞について答えているんですよね。

穿った見方をするなら、保存サンプルがないSTAP細胞は後で調べられることはないが、STAP幹細胞は保存サンプルを調べられる可能性があるので、自分は関係ないと予防線を張ったのかもしれませんね。

No title

Ooboe
学さん

ひとつ前にコメント3点してますが
アップされてませんが、エラ-だった
のでしょうか?確認お願いします。
有志の会で6月26日、和光本部に提出した、方針書の書き写しをしました。

No title

学とみ子
> 独り言さん、秀逸なるコメントありがとうございます。皮肉ではないです。学とみ子は、ES混入説は無い!との立場から一歩も出れないので、発想が限定されてしまいます。そこに、小保方氏にとって幹細胞樹立は困った事になるとのご見解をいただきました。なるほどです。
保存されてしまうと後で解析されて混入がバレますね。
そうしたリスクを犯してまでして論文書きますか?
やはり、ESねつ造を一般人を納得させるには難しいと思います。

No title

yap*ari*w*katt*na*
補足です。

>親の遺伝子と合わないことなどがバレることはないと考えてもおかしくありません

と書きましたが、そもそも、SNPまで細かく解析すれば親の系統まで判明するということを知らなかった可能性もありますし、

あの日の記載が正しいのなら、「今回の次世代シーケンサーの解析は解析としては浅い解析であり、細胞の性質の傾向をみるだけにすぎない」ということで、親の系統まで調べないという前提だったのかもしれませんね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

>もし、親の遺伝子と合わない結果が出たら、著者らにとって、すでにこの時点で大変な話であろうし、

これまた、何度も説明されたはずなのに、まだ判ってないようですね。
GRASに解析依頼したのは、例えばLetter論文のFig.4のような、ES細胞やTS細胞に特徴的な遺伝子の発現パターンを調べることだったと考えられます。
この手の通常の解析では、Cdx2とかSox2の遺伝子が発現しているかを見るだけで、マウスの系統まで見ることはないので、親の遺伝子と合わないことなどがバレることはないと考えてもおかしくありません。

不正調査報告では、さらに細かい塩基配列まで調べて、同じSox2の遺伝子であってもマウスの系統で異なるSNPの特徴から、B6マウス由来と129マウス由来などの解析まで行ったため、異なるマウス由来の細胞の混合物とまで分析できたのです。

No title

yap*ari*w*katt*na*
(字数制限のため、続きです)

しかしながら、Nature論文には、ガッツリと「Oct-GFP入りFI幹細胞」として多くの記載がなされていますが、、

これらは、まるっきり空実験というよりも、若山氏から渡されたCAG-GFP入りFI幹細胞について、小保方氏が様々な実験を行ったものを、論文記載の際に間違って(?)、全て「Oct-GFP入りFI幹細胞」として記載したと考える方が妥当かと思われます。

ただし、このFI幹細胞(CTS)は、実はFES1細胞であったので、GRASに出した解析結果では、遺伝子発現の特徴はES細胞と同じになっていて、それではストーリーに合わないので、TS細胞を混ぜたサンプルを再度GRASに解析依頼して、その結果を樹系図作成に使ったと見られているのです。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

>論文に記載されたOct入りFI細胞は作っていないとの若山氏の話でした。
>FI細胞の実験はいつやられたものなのでしょうか?理研はこれを空実験と位置付けているのでしょうか?

あらら、何度も説明されたはずなのに、まだ判っていないのでしょうか????

STAP細胞は、実験の狙いによって、様々なマウスの細胞から作成されていました。(マウスの提供は若山氏、STAP細胞作製は小保方氏)
例えば、Oct-GFPマウスの細胞からSTAP細胞を作成するのは、Octが発現したらGFP蛍光が見られるので、ライブセルイメージングの実験に用いられたと思われますし、
CAG-GFPマウス由来のSTAP細胞は、常に蛍光を示すのでキメラマウスの実験に適しています。(キメラなら紫外線当てればマダラに蛍光が見える)

若山氏は、CAG-GFPマウス由来のSTAP細胞からFI幹細胞を作成したことはあるが、Oct-GFPマウス由来のSTAP細胞からFI幹細胞を作成した記憶はない、と言われているのです。

No title

独り言
自分が見つけた「息子」が世の中の人の助けになるかもしれない。
ここはどうしても論文を通さなければならない。
バカンティ先生の期待に応えなきゃ!
このES細胞、129とかGFPとか書いてある。これ使えるかな?
やっとキメラができた!
ありゃ、若山先生ったら幹細胞まで作っちゃったよ。余計なことをしてくれちゃって。
幹細胞は保存ができちゃうから、私は作らないでおこうっと!

ーーーーーー
妄想です。

No title

独り言
> 多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された

ほう。つまり、小保方さんはリバイスの時に提出したサンプルも若山さんが作ったのだと言いたいわけですかな?若山さんが樹立した複数なFI幹細胞の中で、たまたま3回目に出したやつがESとTSの交ざり物で、たまたま論文著者の主張と合っていた、そういうことですな(笑
どこまで自分の捏造を若山さんのせいにしたいのだろうね。

No title

独り言
>もし、小保方氏がES混入犯であれば、解析すればねつ造がバレてしまうのだから、それでもわざわざ持ち込むのか?おかしいではないか?

解析しただけではES細胞とはわからないのでは?今回わかったのはFES1というE S細胞があったからですよ

No title

nte*****
学さん
>>若山研での実験の大半は若山先生が用意してくれた特殊な掛け合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にはそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統をそろえる事ができなかった。(「あの日」からの引用部分)

Natureに解析結果を提出するのは、本当は論文再投稿時(2012年4月)ではなかったでしょうか。遅れた事情はわかりませんが必要があればマウスを準備しなければならないことはわかっていただろうし、論文は採用されたので、解析に若山研のマウスを使えなかったことは問題視されなかったのでは。

問題はどの研究室のマウスを使ったかというよりも、若山研でも笹井研でもSTAP関連の実験に(保存できないのでその場その場で作るSTAP細胞の実験にも)ES細胞混入があったということと、笹井研にいる時に彼女がSTAP細胞を再現できていたかというとその証拠もないということだと思います。

No title

nte*****
混入犯はばれるとは思っていなかったか、ばれる心配はあったけれど論文のためのサンプルが必要で論文完成が優先事項だったから混入したということも考えられます。

過去の不正事件から見ても、研究成果が欲しかったという動機はあり得ます。ばれるから、と踏みとどまっていれば不正事件にはなっていないでしょう。

No title

nte*****
学さん
>もし、小保方氏がES混入犯であれば、解析すればねつ造がバレてしまうのだから、それでもわざわざ持ち込むのか?おかしいではないか?です。

ねつ造や改ざんをしたらばれてしまうと考えてそれがブレーキになれば不正はしないでしょう。しかし彼女は捏造、改ざんをしています。倫理観によってブレーキが利かなかったからでは。

混入犯が彼女とは確定していませんが意図的に混入した人がいたわけで、ばれるとわかっているのだからしないはず、という論理は通用しません。それが通るなら、ばれて捕まった犯罪者はみんな無罪になっています。
実際、外部から指摘されるまで捏造、改ざんが発覚しなかったのは、彼女がばれないように気をつけていてそれが成功していたからです。

学位論文など過去の論文にも不正や疑義があったことがわかっています。ずっとばれずにやってきたけれど、今回はSTAP細胞が広く知られることになり厳しい目で精査する人が現れてばれたのだと思います。

No title

アホかいな
学さん
実験記録もほとんどない、生データやPCのデータも出さない(出せない)ひとの書いたもの(つまり言葉だけで証拠は一切示されていない)と、若山氏やGRASの遺伝子解析をした人の実験ノートを確認し、小保方氏を若山氏、丹羽氏、その他関係者に聞き取りを重ねて結論を出した調査報告書とどちらが信頼性が高いか常識が有れば解るはずです。医師だ、博士号持ちだと言う以前に社会人としての学さんの常識が疑われます。
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