今後、小保方氏によって、実験の実態が明らかになっていってほしいと思っています。


若山氏は、アーティクル論文とレター論文では、幹細胞を樹立し、キメラマウス作製をしたと言いますが、実際に、誰が何をしたのかの実験内容についての責任体制は明らかにされていません。

小保方氏が実験を実際にやったのか?やっていないか?調査委員会は、実験実施の有無はわからず、データが無いので判断できないとしています。

しかし、実際の論文には実験データの記載が残っているのですから、誰かが実験をしてデータを取得しているはずです。理研は調べようと思えば、傍証的な事実からでも、調べられる立場にあります。証言を聞いたりもできる立場です。
しかし、調査委員会が調べるのはよろしくないと考えると、実験の実態は出てこないのですね。
実験ノートもかなりの部分が未公開とされています。

今回は、若干の疑問を皆さまに投げてみました。
何か、コメントありましたが、よろしくお願いいたします。

若山研究室でFI細胞実験が行われていた時、そこからGRASにサンプルを運んだ人は誰なのでしょうか?すでに実際のFI細胞実験が終了してから、理研の遺伝子解析担当者は、小保方氏らに再度、サンプルをGRASに提出をさせています。2012年8月、2013年1月および6月です。

しかし、実際の論文記載の実験が行われた時の遺伝子取得データの際には、小保方氏以外のの人が、GRASにサンプル提出していると想像します。

桂報告書の記載では
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) 、2013年1月および6月に(TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3)をGRASに提供したとありますので、これは実験中に得られたデータではありません。実験中には、若山研究室のスタッフが持ち込んでいるはずです。

実験の状況は、論文にはどのように触れているのか?気になる点を、少し紹介します。

Methodsの最後の2項目「STAP stem cell convertion culture」と「Karyotype analysisに書かれている記載内容に注目しました。
論文の訳は青字で書きます。

STAP細胞塊からSTAP幹細胞を作り、このSTAP幹細胞を細いガラスピペットで吸い取って1個、1個の細胞にして培養して増殖させ、以後の実験に使った。

STAP幹細胞を1個のレベルまで単離して、以後1個の細胞から増殖させていきます。
この実験を以下の3種のマウスごとに行っています。

Oct4-gfp を持つB6マウス
Rosa26-gfp を持つ129/Sv マウス
cag-gfp を持つ129/Sv×B6マウス

この実験では、細胞を1個1個のレベルで扱うためには、マニプレーターが必要でしょうから、この実験は小保方氏がやったものではないだろう?と考えます。
どなたか、ご意見あるでしょうか?

染色体検査のQバンド染色は、Chromocentre (Japan) で行ったとあります。
ここがどこなのわかりませんが、何か受託の検査研究所なのでしょうか?
ここにSTAP幹細胞を提出たところ、STAP幹細胞には、染色体異常は無いことが判明したとアーティクル論文に書かれていますので、ここは、どのようなところなのでしょうか?

問い合わせると何かわかるでしょうか?もちろん、一般人では無理でしょうが、桂委員会なら、実験担当者を確定するためにはやっても良い調査ではないでしょうか?

別の疑問提起です。

相澤論文でかかれていたマウスに関する疑問です。
相澤論文では、
①OCt入B6ホモと、
②Cag入りB6ホモとAC129の掛け合わせF1を、
細胞凝集実験に使っています。

キメラマウス作製では、
③CagホモB6(岡部マウス)と、
④Cag入りB6ホモとAC129の掛け合わせF1(Cagはヘテロ)
を使用しています。

CDBで維持されている岡部マウスは、Cagホモのマウスであるがアクロシン入りではなさそうです。
というのも、相澤氏らは、CDBで維持している岡部マウス(Octホモ入りB6)を使用したとあるが、ネーチャー元論文に使われたマウスは、相澤論文で使われたマウスとは異なると言っています。

そして、ネーチャー元論文で使われたマウスは相澤氏にはわからず、若山氏の作製によるものかも?と言っています。

一方、日経サイエンスの記載では岡部マウスはCagとアクロシン入りと書かれています。
若山氏がいた時のCDBでは、アクロシン有りと無しの2種類の岡部マウスを、維持していたのでしょうか?

質問が難しい話題になってしまいましたが、いづれにしろ、今後、小保方氏によって、実験の実態が明らかになっていってほしいと思っています。

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コメント

No title

plus99%
ooboeさん
読んでわかる通り、前のコメントはあなた宛ではないですよ。
あなたのコメントに惑わされてしまいそうな通りすがりの方にあてているのです。
おつむの程度が並かそれ以上の人は一度は惑わされたとしても、私の指摘で、体内時計氏の指摘を覆すような隠された事実をあなたが握っているとしたら、それを書かずに当該箇所の認識が混乱している、またはその振りをしているセイヤ氏に意見を求めるのは阿呆または台無しな行為だとわかるでしょう。
誰のコメントに対してコメントするときも、実はそのくらいはわかる人に読んでもらうために発信していますからご心配なく。

No title

Ooboe
plus99%さん

私が煙に巻くそれなりのおつむの
程度の人間という、私への
貴方の認識の程度については
よくわかりましたよ。

まぁ、以前コメントしたと思いますが
貴方達の揚げ足とり名人達には
とても、私では、かないません!からと
ここからサヨナラしたつもりだったの
ですが、、、
もっと、おつむ程度の高い方を
お相手されたらいかが?

私の主旨は
こちらの今現在のこのような展開に
ながれてしまっていること、そのものが
示している通り、学さんテ-マから
ずれてしまうから
セイヤさんと「有志の会」で
会話したかったのね、

そんな私の思いからのセイヤさんへの
呼び掛けという流れを理解できない
揚げ足取り名人とは、サヨナラですわ

tai*****さん

立場は違いますが
誠意のハ-トが感じらる反証をされる
tai******さん、には
私も、いずれ総合的反証でお応えしたいと思ってます。
いまは、私の事情で保留にしておいて
下さいませ。

No title

plus99%
誰かに意見を求めるその問いかけの文中の間違いを指摘されて、その指摘への反論が長くなるから、というのはナンセンスだな。意見を求められた者は見当違いのことに答えを求められていることになるからね。指摘に反論するような内容が手元がある、というのなら、そもそも問いかけが違う内容になるのだな。
質問者と回答者の間に、この場では明かされていない認識が共有されているというなら話は別だが、そういった別の場があるのなら、そこでこの質問をすればよいのだな。その場合でも質問は違う形になるだろうね。
だから反論の内容はないようだね。
煙にまくというのはそれなりにおつむの程度をさらすものではあるよ。

No title

Ts.Marker
そうそうFI-SCsも解凍後、論文どおりに培養したんだったな。(BCA サプリ)
ESには厳しい環境のはずだが、その報告はなかった。

No title

Ooboe
tai*****さん、

この事案は、セイヤさんの視点に
さらなるセイヤさんの考察への参考にと
私が投げ掛けたものです。
学さんの、ここでのテ-マから
ずれていく展開になるので
「有志の会」で考察をお願いしたのです

貴方への反証もありますが、
ここでは、控えさせていただきます。
重要な、事案であり様々な資料に基づく総合的な考察を記述しなければ
ならないので、長くなります。

貴方への反証も大切ですが
現在、私には優先作業があります。
反証に当たる考察はいずれ
「有志の会」で展開いたしますので
ご理解くださいませ。

No title

tai*****
「運営・改革モニタリング委員会評価書(参考資料)」66頁から抜粋します。

・帰属が明らかになった保存試料を論文と同じ方法で増殖させ、4月30日から遺伝子予備解析を開始した。
・6月2日にGFPの挿入位置が論文と異なるとの結果が判明(略)
・6月6日から9日にかけて、CAG-GFP挿入に関して検証を実施した結果、異なる2種類のGFP挿入系統があることが判明し、6月16日に「STAP幹細胞に関する解析結果」として理研ホームページで公表(略)

参考:http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_1.pdf

No title

tai*****
Ooboeさん
>大田FESを取り寄せる(6月末)より
前(6月2日)(6月16日)の事案でした。
6月2日には、小保方さん立ち会いさせず
勝手に129╱GFP.ESラベル容器を
解析していました。

plus99%さんがご指摘されていますが、小保方氏が「知らない」と言った細胞を理研が解析することに何の問題があるのか理解に苦しみます。
もう一度、「運営・改革モニタリング委員会評価書(参考資料)」http://www3.riken.jp/stap/j/s9document30.pdf を読まれ、冷静になられたら如何ですか?

No title

tai*****
セイヤさん
>若山研の現場にあったのなら、若山照彦さんは会見で「FLSと一致するES細胞は若山研にはない」と言っていたので「嘘」をついていたことになり、若山清香さんの物なら清香さんも「嘘」をついたことになります。

時系列を把握されていない様です。
若山氏が6月16日に「FLSと一致するES細胞は若山研にはない」と言われたのは、放医研によるFLSの解析結果が15番染色体にGFP遺伝子が入っていた、という結果によるものです。同日、これについてはCDBもFLSを解析し同様の結果を得ています。
両者ともタンパク質遺伝子周辺の染色体の配列を読んでいるつもりがアクロシンプロモーターの配列を読んでしまった、という誤認からであり、このことを理解していれば「嘘」というような認識にはならないはずですが。

No title

plus99%
Ooboeさん

>6月2日には、小保方さん立ち会いさせず
>勝手に129╱GFP.ESラベル容器を
>解析していました。

桂報告書P14-15によれば、小保方氏は「129/GFP ES」 と書かれた試料を「全く知らない」と回答している。
小保方氏は所有権を主張していないので、立ち会うも「勝手に解析した」もないでしょう。

改革モニタリング委の評価書の参考試料P65によれば、研究室のロックアウトは3/18、帰属が明確な試料の解析は4/30に始まっている。帰属が確定したものから順次解析、帰属が最終的に確定するのは7/19までかかっている。
関係者全員が「知らない」と言った、つまり誰も所有を主張していない細胞が、他の試料の帰属の確認にかかっている間に、すなわち早い順番で解析にかけられてもなんの不思議もないように思いますけれどね。

どこの順番が不審なの?

No title

Ooboe
セイヤさん

セイヤさんなりの考察ありがとう
ございました。
大田FESを取り寄せる(6月末)より
前(6月2日)(6月16日)の事案でした。
6月2日には、小保方さん立ち会いさせず
勝手に129╱GFP.ESラベル容器を
解析していました。
「あの日」12章
仕組まれた、ES混入スト-リ
での、この事案の記述と照らして
くださいませ。

No title

セイヤ
> Ooboeさん
>この報道と、6月2日解析文書とを照らしますと、NHkがES発見とした、ES細胞容器は129╱GFP.ES手書きラベル容器の ことを指していた訳です。

この事実は、小保方さんが盗んで使ったとされる「ES細胞」が若山研にあったという証拠となりますね。また、理研との共犯という可能性も高いですね。

他の証拠としては、Nature論文の撤回理由書ですが、事態を収拾するために著者全員が論文撤回に同意した内容が、ネイチャー誌に掲載される直前、若山さんによって修正されていたことです。STAP幹細胞について「若山研究室になかったマウスに由来する」との記述を削除し、修正後は「若山研にFLSと同じマウスとES細胞が存在していた」となっているそうです。これが今でも残っていれば証拠になると思います。
以上、素人の考えですが一応、お伝えしておきます。

No title

plus99%
学とみ子さん

とても素敵な推察ですねー(棒)。

あなたの仮説によれば、
アクロシン入り細胞のみがSTAP細胞になれる。
ということでいいのかな。

つまり
正常に分化分裂をしてきた体細胞は、細胞質への外部刺激だけでは、やっぱり初期化させることはできませんでしたあ。

ということ。

STAP細胞をつくるにはアクロシンGFPの挿入などの遺伝子改変が必須であると。
または核移植ES細胞にするなど遺伝子の制御が異常になるような操作が必須である、も付け加えるので?

そしてついでに。それが真だとしたら何か事態が変わるの?
認定された4件の不正や人事上の処分はそれとは全く関係がないのでそのままですね。
研究倫理や研究上の常識等の欠如も、博士論文がああなったのでそのままと世間は見ていることでしょうし。これにも影響を与えるわけではないですね。

なにより論文の主張は間違いで確定ということになる。
もともと異常のある細胞に刺激を与えたらこんなんでました、ということで。
正常細胞は変化しませんでした。ちゃんちゃん。


ご苦労様なことで。

No title

学とみ子
> tai*****さん
キメラやテラトーマが作れたのはアクロシン入り細胞です。

他のマウス由来の細胞は、幹細胞にはなったけど、多能性は無いか、低かったかもしれません。
幹細胞化しない細胞もあったでしょう。

それこそ、和もがのビー玉説です。細胞の能力に依存する実験結果でしょうね。

若山ストーリーに沿った細胞のみ、残したのでは…と想像しますね。ストーリーに一番合う実験結果を示すのは当然ですので。

No title

gen**ron
STAP細胞研究の最大の成果は、iPS細胞のような遺伝子改変を伴わずに、分化した細胞を初期化する可能性を示したことにあると思います。
遺伝子改変ではなく、物理化学的な外部ストレスを細胞に加え、細胞質に変化を与え(エピジェネティクスが絡むのでしょうが)、細胞分裂を伴わずに細胞を初期化するという可能性ですね。

『あの日』に次のような一節があります。
おそらく次の研究テーマになったと思われますが、残念ながら中断したままですね。

「通常では、核からの指令によって細胞の運命は決定されていると考えられているが、実は細胞質の中に分化を決定しその状態を安定させる因子が含まれているのではないだろうか。
・・・
この時に浮かんだ細胞質を操作して幹細胞化するというアイデアに私は強く引き付けられていた。」(『あの日』)

No title

plus99%
学とみ子さん

どうやら
小保方氏はなにを研究していたのだったか?

STAP細胞とは何か?

STAP細胞が存在したならば、何がありがたいのか

全く見失っていらっしゃるようで。

遺伝子制御が狂った細胞で、特殊で限定的な初期化が起こるというのはどうありがたいので?
それは論文で主張されたこととはどんな関係がある現象なの?
未知の現象「遺伝子制御が狂った細胞で、特殊で限定的な初期化が起こる」に行き当たったとしても、違う現象「体細胞を刺激で初期化できる」が起こったと思い込み、そう論文に書いたのならば、「遺伝子制御が狂った細胞で、特殊で限定的な初期化が起こる」を発見したのでも、研究したのでもないのですが。「遺伝子制御が狂った細胞で、特殊で限定的な初期化が起こる」が目の前で起こっている、と気づくことに価値があるではないですかね。
「体細胞を刺激で初期化できる」という研究は的外れな場所をつついていただけだった、論文が撤回となったのは妥当であった、ということになるだけですな。

No title

tai*****
>129/GFP ES細胞からつくられたマウスがコンタミした可能性を考えます。したらば掲示板でも、そうした推理を紹介しています。マウスが最初にいれば、どんなマウスが使われていたとしても、STAP現象の結果は出したということです。

STAP細胞、STAP幹細胞に使用されていたES細胞は129/GFP ESだけではありません。
FLS、CTSを樹立する際には129/GFP ES細胞からつくられたマウスを使用し、GLS、AC129、FTSの樹立の際にはGOF-ESや129B6 F1ES1がコンタミしていたというのでしょうか?

No title

学とみ子
> セイヤさん

>若山研究室でAcrosinを持つ129/GFP ES細胞を培養して秘密の実験等が行われていたとしたら

129/GFP ES細胞からつくられたマウスがコンタミした可能性を考えます。したらば掲示板でも、そうした推理を紹介しています。マウスが最初にいれば、どんなマウスが使われていたとしても、STAP現象の結果は出したということです。

近交系マウスや、ES化後のマウスは、遺伝子制御も狂っていますよね。特殊で限定的な細胞初期化反応が起きるのはありでしょう。

調査委員会は、実験者たちを切り捨てず、事を荒立てないで収束させるための理論選択がいろいろありましたね。

桂委員会の選択肢として、小保方氏だけを切り捨てるとの最終判断でした。しかし、同時に、彼女が異議申し立てができるための書き方もしていました。

当時の理研の主流派は、彼女を研究失格者にする必要があったようです。権力抗争事件だったからではないでしょうか?

No title

d( ̄  ̄)
>理研のガバナンスとしては「嘘」でもいいから「事故コンタミ」として収拾を図るべきだったと思います。
私もそれはひとつの解決策と思います。

って、舐めとんか…

No title

plus99%
学とみ子さん

「事故コンタミとして収拾する」ということは、
論文記載の実験結果は「事故コンタミによるもの」であるから「正しくない」ということを認めることであって、つまり論文を撤回するということなのね。

撤回に抵抗するということは
論文の記載が「正しい」と主張し続けることなのね。
寄せられる疑義に、データを示しきちんと答え続けるということね。
小保方氏が真っ先に放棄したことをするということ。つまり現実にはこの選択肢を本人が選択しなかったということ。

かけらも論理性がなくなってしまったようですね。

No title

学とみ子
> セイヤさん

>理研のガバナンスとしては「嘘」でもいいから「事故コンタミ」として収拾を図るべきだったと思います。
私もそれはひとつの解決策と思います。

論文撤回もしなくてよかった。ネーチャー誌にも、いろいろ圧力がかかっていると思いますが、バカンティ氏にがんばってもらって、撤回に抵抗するとの選択肢もあったかと、残念だったことはいろいろあります。

誰が何を言おうが、負けないで主張することが大事ですね。
これからも、彼女にはアピールしてほしいです。

小保方氏は与えられた細胞を変化させて、その細胞でいろいろ実験をしたのは確かですからね。
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