太田論文記載の親マウスのオスメス表記が桂調査委員会報告書ではオスメス表記が逆になっているという事らしいですね。

2018/4/11(水) 午後 10:30  hidetarouさんからの投稿です。青字

太田論文記載の親マウスのオスメス表記が桂調査委員会報告書ではオスメス表記が逆になっているという事らしいですね。調査報告書の3Pのスタップ細胞株一覧表があるのですが、ntES1、ntES2FES1、2株のB6マウスの親マウスがオスメス表記が桂調査委員会報告書では逆になっているようなのです。自分は素人なので詳しい事は分かりませんが、調査委員会が出したES細胞の混入説の結論が崩れるという事らしいです。

2015年の日経サイエンス特集号では、核移植ES (ntESG1、2)は、雌雄が違うので、すりかえ候補のESではないとされた細胞です。
以前、和モガさんがこの点を指摘していました。
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-125.html

今回の2018/4/8(日) 午前 1:48[ Ooboeさんからのコメントで、以下のような知見があったとのご指摘です。コメント欄ではみにくいので、ここに貼り付けます。赤紫色字

 桂報告書3ペ-ジに調査サンプルをゲノム解析した一覧表がございます。
 上から、5段目、FESt1、2、7段目、129B6F1ES1は、予備調査時に理研に取り寄せました。

上から9、10、11、12段目のそれぞれ
FES1、
FES2、
ntESG1、
ntESG2、
は、STAP幹細胞FLSなどが6月25日acr.cagGFP共挿入であることが判明したことから、その同じ共挿入であった比較サンプル候補として京都大学、研究者が保管していた上記サンプルを取り寄せたとされています。

京都大学、研究者から取り寄せたとされる4サンプルの内、論文研究に使用され、論文において いろいろ説明記載されたサンプルはntESG1だけです。

この論文は現京都大学の研究者が神戸理研CDB時代の若山研に所属していた2008年に2本発表されています。

さて論文では、2本とも、ntESG1サンプル(129B6F1G1)のacr.cagGFP共挿入、B6マウスは雄、♂です。
ところが桂報告書3ペ-ジ一覧表ntESG1サンプルのacr.cagGFP共挿入、B6マウスは雌、♀に逆さまです。(B6N129ter)

このことは、理研CDB解析担当部署は2008年論文に使用されたntESG1とは中身が違うサンプルをゲノム解析した結果だったことになります。

論文の方の記載ミスは、特許に係わる論文ですから、考えられませんので論文と中身が違う調査サンプルそのものが真正な調査サンプルでなかったという疑議、疑惑となります。

Lさん
このことは、相沢先生に3月パートナーはお逢し、確認してもらいました。

Lさん
この一例の重大性から、 他の比較調査のために取り寄せた、サンプル試料についても
桂調査報告での、その真正性は厳格なものでなかったのでは?との疑惑となります。

現京都大学研究者の神戸理研CDB時代の若山研での2008年論文2本のタイトル
Generation of mice derived from embryonic stem cellsusing blastocysts different
 developmental ages

もう一本は
Increasing the Cell Nunber of Host Tetraploid Embryos Can Improve the Production of mice Derived from Embryonic stem Cells
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コメント

No title

Ooboe
ブータンさん

ブータンさんの、そんな感覚になるのは
なんとなく、理解できます。

パートナが3年前から、入手してきた
公文書資料の報告をして来ましたが、

その資料そのもの、やパートナという
人物の信用性は、ネットでは
あやふやなもので、デマ資料と思われたりしました。
私はそのため資料の丸写しまでしましたが、それさえ、捏造と思われるものです

今回4月14日のパートナ資料閲覧会は
その資料の客観的存在を示しました。
同時に、パートナという実在人物の
存在も示しました。しかし今の段階で
パートナの固有名義は表示できません。

各機関から、パートナ宛に文書が存在
しますから。各機関は、パートナという
存在は、当然認識しています。

「頑張れ小保方FB」に
パートナ資料閲覧会の様子がUPされてますので、ご覧下さい。
第三者にその眼で、公文書の確認を
してもらいました。

No title

ブータン
ooboeさん

パートナーってなんですか?
世間には通用しないというか、
まったくわかりません。
ooboeさんのすべてを否定するつもりはありませんが
騒がせてる割に、伝え方に著しく問題あると感じています。

No title

Ooboe
Lさんへ

齟齬の発見者であるところの
「Stap問題全解に向け」したらば掲示板
その22の213コメントで、分身さんが

Lさんの再所見に
再再所見をコメントされてます。
私が引用するより、直接ご覧いただいたほうが良いと思います。

私は、桂報告書の比較調査のため
取り寄せた、ES関連サンプル自体の
真正性が担保されていなかったのでは?の多くの疑議を客観的公文書から指摘
してきました。その資料閲覧会て
第三者に資料実物を確認してもらいました。その関連で
このオス、メス問題を捉えています。

Lさんには、ご自分の研究に忙しい中
わざわざ論文の確認作業をしてくださいましたことに、深く感謝申し上げます。
所見は違うことがあっても、
その誠意に敬意を抱いています。

No title

Ooboe
Lさんへ

私から投げ掛けておきながら
丁寧な所見を返して下さったことに
お礼が遅くなり、失礼いたしました。
ありがとうございました。

パートナは「したらば分身」さんが
発見した齟齬について
論文を
相沢先生に確認して貰いました。
そして、
重大な齟齬が存在するとの
認識を示されましたが、
英語が分からないパートナには
具体的な説明はされませんでした。

この認識の上で先生がどう対応なさるかについては、科学事案から離れることに
なりますので
パートナは先生との約束が
ありますからお聞きしていません。

No title

Ooboe
ブータンさん

ブータンさんが危惧されておられること
について、

私は、以前から、パートナが
相沢先生との質問応答を報告して
来ています。

相沢先生とは始めの約束でパートナに
科学的事案についてなら、
いくらでもお答えしますが

Stap問題の組織的、人事的な社会面の
事柄には、お答えしない。
と釘を刺されています。

パートナは何度も直接お会いしたり
手紙で質問したりしています。
相沢先生は、明確なことは、断言なさり
ますが、明確でない事象には
「分からない」と答えます。
私が、これまでの報告においても
この区別を付けてきました。

例えば、小保方ホームページの
緑、赤分離画像は先生も確認したと
しかし、遺伝子発現グラフについては
確証的に判定出来ません。と

今回の資料閲覧会の開催は、パートナ
資料がデマでないことの証です。
ご理解下さいませ。

No title

ブータン
他人の名前をあげる以上は、Lさんの疑問は至極ごもっとも。

それ以前に、ooboeさんにおいては、そんなにやたらと人の名前を出してもいいのかという疑問があります。(相澤さんは迷惑をしていないのか、承諾をされたのか、など。)

Lさんも同じように名前を使われることを当然、警戒されることと推察します。

その辺は擁護であっても明確にしていただかないと、否定派のどこぞのデマと変わらなくなってしまいかねません。

No title

L
個人的には、相澤先生のレスポンスが知りたいですね。調査の信頼性に関わる重要な問題とおっしゃったのでしょうか?

No title

L
桂報告書には、ntESG1が「2008年の論文記載の」129B6F1G1とは書かれていません。129B6F1G1という名前のつけ方が、単に129B6あるいはB6129 F1からの核移植ESの総称として使われていれば、同じ名前でオスメスが逆になっている核移植ES細胞があってもおかしくないですから、若山先生か大田先生に確認しないと何とも言えません。何れにせよ、ntESG1にはFES1、129/GFP ES、FLSで見られた欠失がないわけで、この細胞のバックグランドが129B6でもB6129でも、大勢に影響ないと思います。問題があるとすれば、 桂調査委ではなく、ntESG1を調査委に提出した側になりますが、不正調査の信頼性に影響するようなマターではないと思いますよ。

No title

L
で、2008年の論文メソッドの 続きを見ると、メスの129/SvとオスのB6岡部マウスの交配で得た、オスのマウスについて記載されています。しかし、このマウスから核移植ESのドナーとなったセルトリ細胞が採取されたかどうかも記載されておらず、メソッドの記載としては今ひとつの感じです。まあ意味を汲み取って無理につなげれば、メスの129/SvとオスのB6岡部マウスの交配で得たF1からセルトリ細胞を採取し、その核を用いて核移植(2005年の論文に記載されている方法で)し、その核移植胚から樹立したES細胞が、129B6F1G1である、と読めなくもないです。

No title

L
ちゃんと読んだつもりなんですが、どこか間違ってます? 2008年の論文の2本目の方の、メソッドのES Cell Linesと題されたパラグラフの事をおっしゃっているんだと思うのですが、「129B6F1G1 は、129B6F1バックグランドでGFPが入っているセルトリ細胞を用いて、我々のラボで以前に樹立された核移植ES細胞です」と書かれてます。詳しくは論文13を参照との意味で2005年の論文が引用されているので、本来2005年の論文を読めばどのようにこの核移植ES細胞が樹立されたか分かるようになっているはずなのですが、引用論文では核移植までしか記載されていないので、この核移植胚から樹立されたESが129B6F1G1 なのかどうか分かりません。

No title

Ooboe
Lさんに

もう一度、論文を確認して欲しいとのことです。それは

1)2008年論文の
Cell Linesの項を最後まで
読んでください。

2)2005年論文の
Miceの項を最後まで
読んで下さい。

とのことです。
取り急いだための読み取り所見
だったのでは?と、思われています。

No title

Ooboe
Lさん、学さん

この齟齬を発見しました。

STAPしたらば分身さんから

したらばさんが、Lさんの所見について
指摘されていまして、
伝言しても良いとの了承を頂きましたので、そのままお伝えいたします。

したらば分身さんによりますと、
Lさんが、取り敢えず流し読みされた
ことからの
所見では?と推測されてます。
続きます

No title

学とみ子
> Lさん
ご足労をおかけしています。
Ooboさんの文章をそのまま張り付けています。
Lさんのおかげで情報が進むと思います。

No title

L
何故に私が名指しされているのか、理解し難いのですが、ご指摘の点について、論文を遡ってみました。2008年論文記載の、129B6F1バックグラウンドのセルトリ細胞からの核移植で作られたES細胞は、2005年の論文を引用する形で説明されています。ところが、その2005年の論文を見ても、核移植の過程しか記載されておらず、そこからES細胞を樹立したとは書かれてないように思うのですが。桂報告書では129B6F1G1の樹立日は2007年8月となっており、時期も一致しません。単に、桂報告書で記載されている129B6F1G1と、2008年の論文に記載されている129B6F1G1が、異なる細胞であるという事ではないですかね? あるいは、2008年の論文に記載されている129B6F1G1は、2005年の論文に記載されているセルトリ細胞の核移植由来ではなく、別の機会にB6N129terバックグラウンドの核移植で作成されたES細胞という理解で良いのではないでしょうか。個人的には大した問題とは感じませんが、相澤先生の反応はどんな感じだったのでしょう?
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