この事実はとても大事と思うので、もう一度、この笹井氏証言を、世の中に発信していく必要があると思います。

xyzさんが”結論ありきのブログ”のコメントで、 2016年08月30日以下のように書き込まれています。

NHKが言ったScience原稿からの進展、追加図は論文2本に分けたことによって、すでに若山研時代にとってあったデータを掘り起こして、図とし、追加したものが大半と考えるのが、妥当のように思うのですが。
・・・・・
沢山の実験行っていたことは否定しませんが、論文の9割以上(75/80)が若山研時代のものだったというのも、また事実と思います。私は笹井さんの言葉を信じるので。同じソースですが、下記の通り、笹井研での追加実験は、「STAP現象のライブ・セル・イメージングや、試験管内の評価に関する実験」が中心ではないかと。結局、あやふやで印象操作が批判されているNHK番組を根拠として議論されても不毛なのでは?笹井さんの寄与云々と書いたのは、別記事(「質問募集」)の方のコメントでも、ちょうどそちらの話題のようだったのでそう書きました、他意はありませんので。

xyzさんは、以下の笹井氏の会見の書き起こしから情報を得ています。
以下の青字は書き起こし文章です。

第1段階は、ハーバード大学及び若山研究所の担当でした。第2段階の実験の実施のほとんどは若山研究室で、これは論文に含まれる80実験パネルのうちの75が、当時客員研究員だった小保方さんと若山さんを中心に行ったものです。第3段階も若山研で、小保方さんにより行われました。

 私が参加したのはその後の第4段階、論文の書き上げの段階です。
私が参加したのはその後の第4段階、論文の書き上げの段階です。今回、問題の中心となっているarticle論文については、私が参加する以前に小保方さんと若山さんにより論文として一度書かれており、それは2012年春にネイチャー誌に一度投稿されていました。しかし、厳しいレビュアーのコメントとともに却下された経緯がございました。したがって、私の今回の役割は、論文文章の改良による書き直しの協力でした。また、それを行うために、論文の筋立てにそって、複数の図表を組み合わせて作るfigureの論理の再整理にも協力しました。
・・・・・
これを2013年4月上旬から小保方ユニットリーダーを中心に行われましたが、この過程で必要となった追加実験や技術指導も参加しました。
以上、引用終わり

この投稿に応じてアノ姐さん、が以下のように書かれています。茶字
2014年2月上旬の笹井先生から須田桃子さんへのメール
「2013年4月には、厳しいコメントや追加データの要求を受けながらも、なんとかreviseに入り、そこから2013年12月のacceptまで、山のようなreviseのための実験(もう二つくらい普通の論文がかけるほどの量)を、小保方さんは私や丹羽さんとも相談しながら、着実にこなして、三回のreviseを経て、acceptになっています。」
 (「捏造の科学者」p118)

誰がどこで実験したのかについて、桂調査委員会は説明を避けたため、多くの実験実態が不明な状態となっています。すべて、小保方氏が実験実態を提出しないので不正判定ができないと報告書で処理された部分です。

実際の論文を私が読むと、幹細胞の実験は、若山研究室において、若山、小保方氏が行っていた可能性が極めて高いと想像します。

つまり、FI実験、薬剤試験、ES,TS,STAP、STAP幹細胞、FI幹細胞のトランスクリプトーム解析などは、若山研究室でやられていたと考えるのが普通です。
なぜなら、幹細胞の性質を確かめる実験は、樹立実験と一連の実験だからです。

幹細胞とは、人工培地で一定の分化条件を変化させず増殖する能力をもった細胞ですが、極めて人工的な細胞なのです。
ですから、人工的に制御できるか細胞かどうかの実験をしっかりやらなければ幹細胞樹立とは言えません。幹細胞になっていないと、勝手に細胞が変化していってしまいます。この時に得られたSTAP細胞で、チップセックなどの遺伝子解析サンプルがGRASに持ち込まれています。

私は研究者ではありませんが、興味があって論文を見ていけれる人なら、読者は論文から、遺伝子解析を含めて一連の幹細胞実験が若山研でやられたのではないか?と考えます。
「あの日」を読んで、さらにそうだったと思います。

笹井研で、若山氏のいない時点で小保方氏が行ったであろう実験は、その後に出てきます。
この実験では、幹細胞は使われていません。
幹細胞が登場しない実験であれば、小保方氏は再度、STAPを作って実験をすることができます。

幹細胞実験は、細胞の遺伝子配列がわからない小保方氏が、若山氏のいない時点で実験を組んで遺伝子も解析するのはできないと思います。つまり、実験ノートは出せないということです。
この実験の実態は、それぞれの実験者は知っているはずですが、世の中に明らかになっていません。明らかになっていないということが、とても大事です。

もう一度、この笹井氏証言を、世の中に発信していく必要があると思います。

現状では、小保方氏が実験実態をコメントするのは難しいかもしれないと思います。
xyzさん、再度、このブログへコメントいただけませんか?


2018年5月17日追記
当ブログへのxyzさんのコメントに応じての本日の追加です。
xyzさん、ありがとう。
若山氏は謙遜しすぎる方と感じていました。
しかし、実験には謙虚に向き合う方で、小保方氏との関係もとてもよかったであろうと思います。
しかし、何かが起きた!
ここは永久にわからないと思いますが、小保方氏はご自身が混ぜていないとの主張とは、別にしていけると思います。

123.xyz

2016年09月13日 00:31

私の勝手な理解ですが、下記のように考えれば、捏造の科学者の記載も含めておかしな点はないように思います。

「大部分はCDBで行った解析結果」→若山研在籍時の実験だが、CDB内の若山研以外で行った(ただし笹井研で行った実験ではない、あくまで責任者(当時の所属研究室のボス)は若山さん)
「解析結果など自分自身が理解できない難しい論文」→同上もしくは若山研での実験データの新たな解釈や、それに基づいて笹井さんが再構成した図表の話(話はずれるが、皮肉でなく世界的な研究者である若山さんのこの言葉を額面通りとっていいのか大いに疑問)
「僕の研究室では不可能な実験のデータがたくさんLetter 論文に含まれている」→同上(なお、若山研時代での若山さんと小保方さんは、共同研究者というより、指導者とポスドクの関係であったのでは?)






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コメント(183)
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学さん

手短ですみません。
結論ありきブログの2016年9月10日の記事のコメント109あたりから、いろいろ議論(賛同ゼロ(^_^;)?)になってます。
私なりの根拠資料とか、時系列の解釈とかも書いたつもりで、ご参考になれば幸いです。
実験担当割り振りの小保方さんの言い分としては、「あの日」の6章の終わりあたりにかなり記載があると思います。削除
2018/5/17(木) 午前 2:07[ xyz ]返信する
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あとは、梶原しげる氏が若山さんにしたインタビューで、下記のコメントがあります。「ここは無視」の人が多いように思いますが、気のせいでしょうか?

若山教授「いや、それがわたしも小保方さんもこれにはさほど揺さぶられませんでした。だって、実際に実験で確実に証明できているわけですから。後は審査員の方達の注文に一つひとつ応える。時にはキッチリ反論する。この作業を1年ぐらいやりましたかねえ。

普通はネイチャーできつくダメ出しされるとあきらめて、もっと論文の通りやすい学会誌に提出して、そこで通ればそれで満足、という人もいるんです。考え方は人様々です。でも我々にとっては、これまでの実験検証の過程に比べればこの審査に答えるのは何でもない。

疑問→答え。これを繰り返すうち、ありがたいことに論文の質も量もグッと高まってきました。結果的には異例のネイチャーに論文2本同時掲載という、研究者冥利に尽きることとなり、注目度も増したというわけです」削除
2018/5/17(木) 午前 2:14[ xyz ]返信する
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> xyzさん
早速の対応ありがとうございます。
オールスター登場の熱い議論がありますね。
参考になります。削除
2018/5/17(木) 午前 5:50学とみ子
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> xyzさん

当時、私も若山先生と小保方さんの関係を、「指導者とポスドク」と捉えていたのですが、「結論ありき」ブログでの議論を経て、小保方さんの指導者はVacanti氏だったと考え直しました。

データの出所については、9割方の図表が若山研時代の実験を元にするという笹井先生のコメントを支持します。リバイスの過程でこれらのデータを掘り起こしてまとめ直すのが、笹井先生の仕事で、それを補完するための実験は、小保方さんが笹井研で行ったのだろうと思います。削除
2018/5/17(木) 午後 5:51[ L ]返信する
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Lさん

Lさんもいけずw。削除
2018/5/18(金) 午前 10:24[ plus99% ]返信する
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学さん

上の梶原さんのインタビューでの、若山さんのコメント「この作業を1年ぐらいやりましたかねえ。 」はごく普通に考えて、2012年4月投稿バージョン(リジェクト)から、2013年3月再投稿バージョンの間と思います。
一方、この3月再投稿バージョンに対する査読意見が流出したが、これに対する追加データが最終論文にはほとんど見当たらないという指摘がある(→笹井さんの会見コメントと符号)。

結局、笹井さんが論文に参加した2012年12月時点のバージョンに、若山研時代のデータを基にした75のテーブルのほとんどが載っていたのだと、私は推測します。
大体、笹井さんが会見で主張した5つの追加テーブル、会見で、その5つ挙げてくれって質問される可能性が十分にあったわけです。もっと言えば、毎日も日経サイエンスもNHKもこのことは少なくとも会見後には確認したはずと思う(してなければ、無能+怠慢)。削除
2018/5/18(金) 午前 11:27[ xyz ]返信する
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特にNHKは若山さんにあれだけ取材しているのだから、2012年12月時点の原稿内容(笹井さんが、論文化のベースにした内容)を確認していたはずです(もしそれをしてなかったら、これまた恐るべき無能)。

しかし、笹井さんの会見後のNスぺ番組では、2012年4月投稿版と最終採録版を比較しているにも関わらず、若山さんの寄与を完全に無視してます。ひどい偏向報道と思います。私は、NHKは意図的にやってる確信犯と思う。
笹井さんの寄与を明らかにするのなら、報道すべきだったのは、2012年12月時点の原稿内容と最終採録版の比較だったはずです。(下記の24分30秒あたりと、27分50秒あたり)
ttp://www.at-douga.com/?p=11686削除
2018/5/18(金) 午前 11:31[ xyz ]返信する

> xyzさん
有用な情報をありがとう。
又、よろしくお願いします。削除
2018/5/18(金) 午前 11:45学とみ子
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学とみ子さん

いったいどこに行こうとしているのだろうね。
あれもこれも実験は若山研で行われた。小保方氏が関わった実験ではない。
小保方氏が理解していない実験であった。
ほぼ全ての実験は若山氏主導であった。

そして若山氏は計画的に小保方氏に伝えた実験計画と違うことをしていたのではないか


そして数少ない小保方氏が自分でやった実験も、実は自分が考えたのとは違う材料を使い、違う実験をしていた。

ということは、STAP論文の大部分は、論文にかかれたのとは違う実験が行われ、論文にある図表は違う実験のデータなんであり、なにも表していないし、なにも証明していない、まったく意味のないものである。小保方氏がたてた仮説はまだなにも実験がされていないただの机上の仮説なのである。
こういうことになるわけだが。

それでいいんならいいんでしょう。削除
2018/5/18(金) 午後 1:35[ plus99% ]返信する
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Lさん

先ほど、「頑張れFB」にて
パートナPCR資料がUpされました。
前回は、2014年7月14日分でしたが
今回は、
10月23日分です
パートナの素人判断ですが
数値が桁違いに大きいとのことです。

しかし、何故か、前回分PCR資料や
緑色赤色分離画像も外部からは
現在、PCでは閲覧出来ない状態です。

今回分も外部からPCでは閲覧出来なく
なるかも知れません。
Upされている今の内に
バックアップして下さいませ。

取り急ぎ、報告まで
スマホなら前回分も閲覧できます。削除
2018/5/18(金) 午後 6:08[ Ooboe ]返信する
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> xyzさん

TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です(元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている)。

ここに集まった学者たちは、そんな説明をしたとは思わないけど、TCR説明に続けて、教授たちに「もっと、検証が必要」と言わせています。ですから、ここの情報操作がひどいです。恐らく、あまり細胞にくわしくない別の学者のアドバイスを入れてこんなとぼけた説明になったのではないでしょうか?そして、その場で議論していた教授たちの言葉をその後につなげたのです。削除
2018/5/18(金) 午後 10:11学とみ子
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教授たちの話し合いは、「それだけで立証できたとは言えない」「なんで徹底的に調べないのか?」などは、別の話題での議論だと思います。TCRなんで、その後の丹羽先生の説明になったように、STAP細胞の起源とするに単なる参考でしかありません。NHKに間違った説明をした誰かたち(学者?)により、STAP細胞がESとなり、世論も政治家も動かしてしまい、小保方ES混入のストリーで終わらせたということなんですね(涙)。

多くの図表が間違いであるとの説明もありましたが、図表間違い解説一覧なども、専門家の間に回っていたのではないか?と疑いますね。

動画を改めて今見ると感慨深いです。削除
2018/5/18(金) 午後 10:57学とみ子
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> Ooboeさん

お疲れ様です!

FBですが、フェースブックでログインすると見れるようですね。
はっきりとはわかりませんが、以前にも同じような現象が有った気がします。
何なのかは正直、自分にもよく解りませんが不思議です。
何なんでしょうね。削除
2018/5/18(金) 午後 11:54[ m ]返信する
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ちなみに、FBで記載された写真はこの問題の核心をついていると思います。すなわち小保方さんは何かを発見したのは事実だと思います!削除
2018/5/18(金) 午後 11:59[ m ]返信する
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mさん

コメントありがとうございます
緑色、赤色の分離画像は

一般の方々にも、理解しやすい資料です
他のパートナ資料も順次Upされる予定
ですが、すでに詳しい方には重要資料
ではありますが、一般の方々には
よほど興味を抱かなければ、食い付け
ない資料ばかりです。詳細資料が
ネットに記録されることになった事の
意義は時間を掛けて検証されるべき
歴史的に貴重なものと思います。

しかし、今私達が目指しているのは

Stapは、ESだったの大報道や
再現実験でも再現出来なかった報道
により、一般の方々は、腑に落ちない
ながらも、なんとなく
受け入れたままの認識です

そんな一般の方々でも
緑色、赤色分離画像は
小保方さんは、再現実験で未来への
可能性を示していた事が
見た目で分かりやすい資料です。

ほとんどの一般の方々は
再現失敗の認識のままですので
広く一般の方々に知っていただければ
小保方さんへの力となると思います。削除
2018/5/19(土) 午前 9:13[ Ooboe ]返信する
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学とみ子さん

学とみ子説が正しいとすると、最初から、学氏のご説のような書き方をすれば良かったはずなのになぜなんでしょうね。
査読者はなぜSTAP幹細胞のTCR再構成も調べるべきとコメントしたのでしょうね。笹井氏はなぜ、ぼかした書き方をしてnatureをごまかす必要があったのでしょうね。丹羽氏はなぜTCR再構成を盛り込むことに慎重であるべきと意見したのでしょうね。

結果的に誤魔化したような書き方はたくさんの科学関係者のSTAP論文への疑惑をより強いものにしました。
不正調査報告書はプロトコルエクスチェンジで訂正したので「意図的な隠蔽」ではないとし不正とは認定しないとしたということは、論文掲載の段階では隠蔽しているということなのですね。削除
2018/5/19(土) 午前 10:54[ plus99% ]返信する

> xyzさん

>20 12年12月時点のバージョンに、若 山研時代のデータを基にした75のテ ーブルのほとんどが載っていた

こうしたデータが極めて大事だとしても、そこをアドバイスしてくれる専門家がやっぱりNHKに必要だったと思います。まともなアドバイスがあれば、何が笹井研究室で追加されたかがわかりますが、偏向した情報しか入らない状況なら、マスコミ人だけでここの重要性には気付け無いらしいです。

このブログを批判対象としている人たちの言い分を聞いていても、そう感じます。削除
2018/5/19(土) 午後 0:12学とみ子
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> Ooboeさん

>再現失敗の認識のままですので 広く一般の方々に知っていただけれ ば 小保方さんへの力となると思います

ご自身のやった実験についての発言は出てくると思いますが、他人のやった実験については、彼女は話さないつもりかな?と感じます。削除
2018/5/19(土) 午後 0:18学とみ子
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学さん、

同感です!
ご自分以外の方々の実験について
手記や日記、今回の文春から
その深い心配りの思いが、
伝わってきます。削除
2018/5/19(土) 午後 0:59[ Ooboe ]返信する
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987 名前:名無しゲノムのクローンさん 2018/05/19(土) 08:18:09.94 ID:ZHiThWFL0
学はキメラというものを全く理解していないな。これは。
医学教育を受けている人なのに恥ずかしいよ。



学のブログ

TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、
キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。


988 名前:名無しゲノムのクローンさん 2018/05/19(土) 09:01:26.46 ID:ZHiThWFL0
何~も分かってない人が何であんな口調で書けるのか不思議でたまらん。削除
2018/5/19(土) 午後 1:54[ 恥ずかしい ]返信する

> 恥ずかしいさん
ウィキを読んでみて!
多分、あなたは最初の説明から、文章の意味が全くわからない人でしょう。988番さんも…。

>これらのメ カニズムにより1個体が持つTCRの 多様性の総数は計算上10 18 (10の18乗)を超え る。
ウィキ説明の一部

知らないことは恥ずかしいことではないけど、知らないことを他人言わせて探りを入れるのは、恥ずかしいかも…。

TCRは生物にとって、何のためのものか、世の中の危険性物質を見極めて反応するため。新たなマウスが出来たら、そのマウス自身でTCRを作り反応し始めるわけ。用がなくなればT細胞は死ぬわけ…。でも、ウィキには書いていないわね。

笹井氏がこの件でNHKに反応しなかったのは、説明がデタラメだったから、怒ったからと想像します。削除
2018/5/19(土) 午後 3:08学とみ子
返信する

ウィキのTCRの説明は、ちょっと知りたい人向けでないわね。このウィキ説明は理解がむずかしい。そもそも、TCRが何なのかがわからない…。もしかすると、一般人向けのTCR説明が無いことに、STAPの誤解も関連あったのかも…。須田氏もいつまでも理解出来て無い様子でした。

とにかく、記者会見は極めて専門的な方向によじれてしまい、マスコミが大事な情報を発信出来ない状態でした。これも情報氾濫のマイナス面かと…

TCR知識でもみられたように、間違った情報をマスコミにたれながした人の責任は重いですが、誰からも問題点を追求されません。

恥ずかしいさんも同じに、恥をかくことなく、当方の否定に頑張ってますね。削除
2018/5/19(土) 午後 6:29学とみ子
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いつから「TCR再構成が”キメラ”に見られなかった」って話になったの?発表では「STAP幹細胞」に見られなかったんじゃなかった?理研の発表は既に削除されているようだけど、根本さんのこの記事が参考になるね。

blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/15782886.html?__ysp=dGNy5YaN5qeL5oiQIHN0YXA%3D削除
2018/5/20(日) 午前 1:19[ TCR再構成 ]返信する
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恥ずかしいさんの引いたコメントの言いたいことはよく分かりますね。
STAP細胞は初期化され、三胚葉のどれにもなれるというのが論文の主張なんですね。だからキメラを作ったならば、T細胞以外にも骨やら毛やら眼やら胃やらどの細胞にも寄与する可能性があるということですね。
であるから、リンパ球由来の、TCR再構成が起こったSTAP細胞がキメラのリンパ球にしか寄与しないがごとく言う学とみ子さんの説はキメラを理解していないということが言いたいのでしょうね。削除
2018/5/20(日) 午前 2:46[ plus99% ]返信する
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> plus99%さん

>TCR再構成が起こったSTAP細胞がキメラのリンパ球にしか寄与しないがごとく言う学とみ子さんの説

そのようなことを言っていません。私はNHKによる間違った説明が、世論に影響を与たことを言っています。キメラを構成する細胞にまで元のT細胞の影響があるかどうかを調べるべきとの説明は、全くナンセンスであると言っています。
これも、あなたの私に対する挑発(私は藁人形)だと思います。
ですから、こうしたでたらめを言ったりして、私の説明を邪魔をしないで!。

このでたらめな説明がなぜ当時、問題にならななかったのか?教授たちからNHKへ抗議もあったかと思うのですが、マスコミ自身が情報を選択できるので、マスコミは都合の良いことだけ報道して、世の中が騙されたということです。

行き着くところ、偏向マスコミを信じて世の中を動かしてしまった権力者たちの罪です。

研究者層の人たちは、本心かどうかは別にして、「STAPが本当にESだと思った」と逃げてしまうことが可能です。

今からでも、この部分を問題視することは意味があります。削除
2018/5/20(日) 午前 6:13学とみ子
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つづき
あなたも質問をしたいなら、私を藁人形にすることなく、もっと自然な形の質問にしてください。

例えば、質問したいなら「私の理解ではこうなのだければ、あなたはどう思いますか?」でしょ。削除
2018/5/20(日) 午前 6:14学とみ子
返信する

> 学とみ子さん
TCR再構成さん 根本さんの記事みました。ご紹介あ りがとうございます。

これは今まで読んでいなかったです 。根本さん、克明に記録されていて 下線もつけて、やはり観察力がすば らしいですね。 この中で、まともな発言は、最初の 丸山氏のものだけです。生物分野、 特に生きた細胞のリンパ球について の知識があるかどうかが良くわかり ます。丸山氏の発言はその後、細胞 を混ぜた方向に行ってしまうのです が、そういう方向で行くようにとの 編集者からの要請があったかもしれ ません。

以前に、難波先生という方もいろい ろSTAPネガティブコメントしてい ましたが、免疫不全マウスができる ?との話をしたのですから、この方 も専門家とは言えないでしょう。

榎本氏は病理学者と言えど、この分 野の素人であることがわかります。

だから、彼らはES説を本気で信じた のでしょう。そうした人達を集めて 、マスコミは情報操作をしたのです削除
2018/5/20(日) 午前 7:22学とみ子
返信する内緒
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> 学とみ子さん
>キメラを構成する細胞にまで元のT細胞の影響があるかどうかを調べるべきとの説明は、全くナンセンスであると言っています。

いえ、これは本質的な、しかも重要な意味がある実験ですよ。
理由は上でキメラについて plus99% さんの仰った通りのことです。

事実、STAP論文ではキメラマウスの尻尾の先からDNAを抽出して、TCR遺伝子の再構成部位をPCRで増やしてその塩基配列を決めたそうですから。著者たちにもそういうロジックがしっかりあったということです。削除
2018/5/20(日) 午前 8:50[ みずどり ]返信する
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> みずどりさん
>尻尾の先からDNAを抽出して、TCR遺伝子の再構成部位をPCRで増やしてその塩基配列を決めたそうですから・・・

それは、論文に書いてあるのですか?
もし、そうなら、遺伝子が切り取られた状態のT細胞由来のSTAP細胞がマウスの胚で分化増殖する時、遺伝子の一部が切り取られた細胞ても、残りの正常な遺伝子発現が可能となり、他の細胞にもなれたということを意味しますよね。

尻尾の細胞は、どこからの話ですか?
どこからの情報なのでしょうか?
STAP論文にこの話があるなら、世界中の誰もがSTAPはESだなんて言えないですよ。削除
2018/5/20(日) 午前 9:09学とみ子
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再度、論文を読み直しましたが、そんな話書いていないです。削除
2018/5/20(日) 午前 9:27学とみ子
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> 学とみ子さん

STAP論文のMETHODSの中に書いてあります。
TCR-b chain gene rearrangement analysisの項のところです。

奇妙なことに、論文には筆者らはその結果の図を出していません。

特許申請書にはその図がありましたが、その図はレーンの切り貼りだらけで、しかもそこで示されたDNAラダーは原理上その本数が多すぎて、尻尾の中にあった血液のT細胞の混入結果だとされています。削除
2018/5/20(日) 午前 9:35[ みずどり ]返信する
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> みずどりさん
情報をありがとう。

>STAP論文のMETHODSの中に書いてあります

ここはあくまで、方法論を示した部分です。STAP細胞においてPCRbandの存在を調べた方法が書いてありますが、尻尾の細胞については書いてありません。

>しかもそこで示されたDNAラダーは原理上その本数が多すぎて
当たり前だと思います。新たなT細胞は無数の抗原に反応してTCRを構成するのだから、キメラの尻尾にも無数のTCRをもった細胞がいるのです。むしろ、実験は記載とおりにやられたということでしょう。この実験はあくまで
”やってみました”
的な、参考までの付属的な実験でしょう。
ここが大事だと思うことが間違いですが、これを見た(非専門の)研究者たちが、ここもまた、STAPがESと勘違いする原因になったような気がします。

生体内T細胞の生存機能についての無知を暴露しないよう、もう一度、お仲間たちと議論するのが必要と、私は感じます。誤解を修正できる人がいないと、STAPはESとの誤解の深みにはまり込んでしまいます。削除
2018/5/20(日) 午前 10:41学とみ子
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> tai*****さん
情報をありがとう。投稿が前後しました。
まさに、貼り付けてくれた部分が大事な部分です。

PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.

尻尾細胞については、書いてありません。
特許の方には、尻尾細胞のリアレンジメントの複雑なラダーが載っているということです。元のT細胞のラダーが残っているとは普通考えないですよ。尻尾細胞にもさまざまな新たに作られたT細胞がいると考えるのが普通です。

でも、もし、何らかの別の方法で、元のマウス由来T細胞が確認できたら、遺伝子の一部が切り取られた細胞が生き残り、遺伝子欠損のまま増殖し、かつ次の生き物になれるというすごい発見になりますね。そう思いませんか?削除
2018/5/20(日) 午前 10:55学とみ子
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> みずどりさん
情報が前後してごめんなさいね。
全部、出ています。ボタンを押すタイミングなのです。ごめんなさいね。削除
2018/5/20(日) 午前 10:59学とみ子
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> TCR再構成さん
根本さんの記事みました。ご紹介ありがとうございます。

根本さん、克明に記録されて下線もつけて、やはり観察力がすばらしいですね。
この対談では、 生物分野、特に生きた細胞のリンパ球動態についての知識があるかどうかが問われます。丸山氏の発言は良かったのですが、その後、細胞を混ぜた方向に行ってしまうのですが、そういう方向で行くようにとの 編集者からの要請があったかもしれません。結局、方向性を出すのは編集部でしょうから・・。

以前に、難波先生という方もいろいろSTAPネガティブコメントしていましたが、彼の意見では、免疫不全マウスができる ?とありましたね。
彼のイメージは、
”遺伝子一部が無いT細胞からマウスができたなら、免疫不全だろう”
と考えたのでしょうかね。

TCR再合成の無いマウスは生まれない(胎内で淘汰、流産する)と考えるのが普通ですけどね。削除
2018/5/20(日) 午前 11:44学とみ子
返信する
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T細胞はあくまでSTAP細胞までで、その先は、STAP細胞塊のどの細胞がどのようにせめぎあって次世代マウスをつくるのか?は、今後の研究次第です。”

キメラマウスは、何からの免疫不全があるからこそ、他の遺伝子構造細胞を寛容してしまうだろうと想像できます。
クローンマウスの技術課題は、免疫異常がなく、正常寿命を全うしうる個体を作ることにあるのでしょうね。

結局、マスコミがふれまわった専門家なる人たちが、ES説を本気で信じたのか、うわべだけなのかは不明として、マスコミによる情報操作は明らかであり、そうした意味で、どの方の発言も興味深いですね。削除
2018/5/20(日) 午前 11:45学とみ子
返信する
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> 学とみ子さん
>生体内T細胞の生存機能についての無知を暴露しないよう、もう一度、お仲間たちと議論するのが必要と、私は感じます。

誰が無知なのですか?お仲間たちって誰ですか?
特許申請書にその図を載せたSTAP論文の著者たちのことですか?削除
2018/5/20(日) 午後 0:28[ みずどり ]返信する

> みずどりさん
何かしら、当方の誤解ならご免なさい。私は、あなたが複雑なラダーをみて、申請者がごまかしたみたいな言い方をしたので、反論したまでです。

あなたと同じに、申請者が考えて、尻尾のデータを出したつもりではないかもしれません。私は申請書を見ていません。

この実験の意味について、あなたの周りは誤解しているかも…というところです。だから、議論してほしいという意味です。

まわりはなく、あなたの独自の考えなら、ご自身で再考してみてと言いたいです。削除
2018/5/20(日) 午後 1:16学とみ子
返信する
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> 学とみ子さん

あれは反論ですか?
驚いた。何にどう反論しているというのでしょう??

>まわりはなく、あなたの独自の考えなら、ご自身で再考してみてと言いたいです。

上に書いた通りです。わたしの独自な考えなんかはありませんよ。

ただ、論文で笹井さんをはじめとした論文筆者たちが、キメラマウスにおいてTCRの再構成部位を配列で決めたと言っている以上、彼らの中にそれを決める意義を見出した科学的論理があるとだけ、言ったのです。笹井さんは一流のサイエンティストでしょう?違いますか?削除
2018/5/20(日) 午後 2:03[ みずどり ]返信する

> みずどりさん
笹井氏の話しではありません。
なぜ、申請者に尻尾の細胞のTCRデータがあるのか?はわかりませんが、多数のラダーをみたときに、あなたはおかしいと思ったのでしょう?問題はそこだけだとおもうけけど…。

あなたが複雑なラダーを見て、おか
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コメント

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plus99%
学とみ子さん

>Plusさんは、ウエブに載ったサイエンス誌の査読コメントのコピぺを持ってるんでしょうか

先に示した日本の科学と技術のページに生きているリンクがありますよ。
そこを見ずとも検索すればすぐ出ますがね。
まあそんなことだろうと思っていましたが、自分で何一つ調べる気はないんですね。

No title

学とみ子
> plus99%さん

>査読コメントで白線云々と同じパラ グラフにあることは気になりません か

Plusさんは、ウエブに載ったサイエンス誌の査読コメントのコピぺを持ってるんでしょうか?一旦、サイエンス誌ではどのような扱いで、問題コメントが載ったのですか?あなたのことだから、しっかり文章を保存したはずでしょう?

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

>査読の件は、サイエンスの話だったと記憶してます。キメラのTCR再構成データに対する査読者のコメントがあるので、そのようなデータがサイエンスバージョンでは入っていたという事だと理解しています。

私の方で見たのは、サイエンス誌に掲載されていた、Nature誌の査読なんですが、、
キメラのTCR再構成データが示されていないという指摘は、まさに取り下げられたNature論文で、Methodにはキメラマウスの尻尾から採取した細胞を調べたと記載しながら、そのデータと結果がどこにもないことを指摘したものだと認識していました。

まあ、これだけでも、今から見ればおかしな論文ですよね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

>初期の小保方さんの会見で、CD45 2Nキメラのサンプルを用いたTCRb再構成のPCRが、他のサンプルのゲル写真に紛れて提示されていたんですが、

そうなんですか。 それは知りませんでした。

ただし、それらしいゲルの写真については、上の方でみずどりさんがコメントされています。

「特許申請書にはその図がありましたが、その図はレーンの切り貼りだらけで、しかもそこで示されたDNAラダーは原理上その本数が多すぎて、尻尾の中にあった血液のT細胞の混入結果だとされています。」


Lさんが見た記憶がある2NキメラのTCR再構成のゲル画像は、これかもしれませんね。

なお、特許申請書の画像については、これまた上の方で tai*****さんが書かれていますが、

特許情報プラットフォーム(https://www.j-platpat.inpit.go.jp/web/all/top/BTmTopPage)にアクセスし、「多能性細胞のデノボ生成」を入力して検索すれば簡単に見つかるし、誰でも見られる状態ですので、時間があればご確認されるとよいかと思います。

No title

plus99%
Lさん

賽の河原の石積みというか、のような気がしますね。

査読コメントで白線云々と同じパラグラフにあることは気になりませんか?

No title

L
> yap*ari*w*katt*na*さん
査読の件は、サイエンスの話だったと記憶してます。キメラのTCR再構成データに対する査読者のコメントがあるので、そのようなデータがサイエンスバージョンでは入っていたという事だと理解しています。おそらく、小保方さんの会見で一時的に見られたデータが、サイエンスのバージョンに入っていたのではないかと推測しますが、このデータの詳細はもう分からないですね。

Natureバージョンでは調べたと記載だけして、データがなかったですね。このような形になった裏には、何らかの事情があったと思われますが、こちらも詳細不明です。小保方さんからすれば、こういう点についてHome Pageで発信するという方法もあったと思うんですけどね。

No title

L
> yap*ari*w*katt*na*さん

初期の小保方さんの会見で、CD45 2Nキメラのサンプルを用いたTCRb再構成のPCRが、他のサンプルのゲル写真に紛れて提示されていたんですが、すぐに除去されてしまって、理研のサイトでは見れなくなったと記憶しています。何本かバンドが出ていたのですが、CD45STAPにおけるT細胞の比率から考えて、そんなにたくさんバンドが出るはずがないから、ホストのT細胞由来のTCR再構成を見ていると、当時解釈されていたと思います。

このサンプルを採取したキメラの胎齢が、ホスト由来T細胞の混入を考える上で重要ですが、情報がありません。ここでみられたバンドが本当に再構成バンドなのかどうか塩基配列を読んで確認する事も重要です。みずどりさんの情報が確かであれば有用と思ったのですが。

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Ooboe
ご免なさい、
つい悪のりしたくなりました。

晴れ晴れと
天の風受く 笹の葉よ
さらさら頬に
撫で来たるかな

「あの日」125ページ
笹井先生は
そんな私を見て
「でもこの論文さえおわれば、若山さんへのご奉公も終わり、自分のやりたかった研究を思い切りすることができる。
アティクル論文の主題はStap現象の発見であるとの主張を変えずに、
うまく文章化していけるるように
僕も力のかぎり協力します。
だから最後まで投げださずに
頑張りましょう」と励ましてくださった

きっと今も、彼女の心のなかに
帰来して励ましてくださっていると
思います。

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Ooboe
学さん

小保方さんへの心の連鎖、ありがとう!

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学とみ子
いにしえの大宮人ではありませんが 、こんなのも浮かびました。

論文の 比較実験 触れもみで 悲しか らずや イエス得く君

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Ooboe
下級官人や民の和歌が万葉集に
納められた経緯を想像しました。

文字を書けない民の和歌は
口頭で詠み上げていたでしょう

その歌を耳にし共鳴した民から民へ
民から下級官人へ
そして下級官人から、上級官人へと
共鳴が上り、文字に書き留められ、
都の貴族へと流れていったのでしょう

交通手段のない遠い地方からでも
都に流れ伝わったのは
立場を越えて、純粋に心から心へと
共鳴して行った連鎖があったからと
思います。

私たちは、小保方さん手記にある
おばあちゃんの言葉を今も心に刻んで
居られていると思います。
私たちは、記者会見や
「あの日」の記述に流れる言の葉の
「真」に連鎖共鳴していきたいと
思います。

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Ooboe
少し脱線させて下さい

川柳や、落語などの庶民文化の下地は
遠く「万葉集」にあるように感じています。

万葉集の編纂は、天皇も関与していた
とのことですが
絶対的権威の和歌と共に同じ文書に
下級官人や、民の和歌も納められて
いるなんて、素晴らしいです。
権威ある和歌文書に民の素人和歌として
無視されず、同列に尊び受け止めた、
編纂者や天皇の心の広さに
日本文化の奥深さを感じます。

和歌の前においては、
あまねく立場を越えてフラットに
扱われていたんですね、

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Ooboe
学さんへ

わぉっ!座布団3枚よ、

川柳や、落語など日本独特の庶民文化ね

物事をワンクッション置いて
受け止めることが出来ていた江戸庶民は貧しくとも心は豊かだったんですね
世界に誇れる庶民文化と思います。

豪快だ うしろタックル STOP派
Stapつぶし 今やあやうし

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学とみ子
> Ooboeさん

>定かなき 再構成で 巻き返し 話し続けよ Stopダメ

この句は動きがあって、素敵です

私からも一句、
再構成、誤解の上に 又誤解

No title

学とみ子
> Lさん
この記事コメントを追っていくと、みずとりさんが論文に無い事を書き込み、やっぱりさんが引用した経過です。学とみ子を否定する悪口コメントの数々をご覧ください。


認知症、馬鹿デタラメと、罵倒する、そんなブログに、何故に又くる

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plus99%
Lさん

このコメント欄の
2018/5/20(日) 午前 8:50[ みずどり ]
2018/5/20(日) 午前 9:35[ みずどり ]
のあたりではないですかね。そのあとしばらくも。

論文内のTCR再構成の意味と学氏が話題にしているT細胞のライフサイクルとの指し示されているものの違いを強調するためにそういう書き方になっただけかと。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

私もつい、そのまま引用してしまいましたが、

「塩基配列」を決定した というのは間違いで、
電気泳動で分子量の異なるバンドを観察しただけでしょうね。

不注意に誤解を増幅させたようで、申し訳ありません。


なお、この話は査読者のコメントの話から発生したもので、Nature論文のMETHODの 「TCR-b chain gene rearrangement analysis.」の部分には、キメラマウスの細胞も調べたとの記述はありますが、そのデータがどこにも無いことが指摘されていたのですが、、


>キメラ組織のゲノムDNAのTCR領域をPCRで増幅し、ゲルに流した写真しか記憶にありません。

こんな写真、ありましたっけ?

No title

plus99%
珍説と 烙印しつつ 鼻柱
鏡に写る 我れ知らず

これはいいね。鏡に映る我知らず。よくできている。

No title

Ooboe
イエス信徒の冬景色かな

さ霧消ゆる 桂江の
舟に白し朝の霜

ただミズトリの声はして
いまだ覚めず
岸東大

ただミズトリの声はして
いまだ覚めず
桂の書

No title

Ooboe
定かなき 再構成で 巻き返し
話し続けよ Stopダメ
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