レフェリーコメントを読んでの重要性は、STAPキメラの構成細胞については、世界中に答えがないということを理解することだと思います。

Plusさんご紹介のサイトにアクセスしてみました。
相変わらず、周回遅れの当ブログですが、参考になればと思いRetraction Watch

レフェリー2の方が詳細に論文を評価してくれていて、参考になります。
レフェリー2の方は、STAPキメラが幼弱マウス由来の細胞であったことで、何らかの幹細胞の混入によりキメラ形成能をも可能になったのでは?との可能性を論じています。

(小保方氏らは、過去の実験結果で、体性分化細胞においてもSTAP現象がみられることを経験していますので、今回も分化したリンパ球由来STAP細胞からキメラができた可能性を論じています。過去に小保方氏がつくったSTAP細胞では、多能性は高くなくキメラ形成能は限定的でした。)

レフェリーコメントを読んでの重要性は、STAPキメラの構成細胞については、世界中に答えがないということを理解することだと思います。これが新規論文の宿命です。

幼弱マウス脾細胞からキメラができたという現象を説明するためには、いろいろな考え方をする必要があると思います。笹井先生が使った言葉“仮説”の意味するところです。

レフェリー1青字
This is such an extraordinary claim that a very high level of proof is required to sustain it and I do not think this level has been reached. I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.
I believe that the green transformation is indeed due to stress as reporters are often upregulated in stressed or dying cells. But the cells that go green may not be the ones in the later green colonies. I think these are more likely to be ES cells acquired by cross contamination and selected for growth by the B27-LlF medium.

The claim about all the other tissues being similarly reprogrammed by low pH treatment is truly extraordinary. Much more detail needs to be provided about the nature of the cells and the culture conditions. Otherwise this is simply not credible, since the principal cell type of several of these tissues is postmitotic.

参考
STAP論文を説得させるためには、高いレベルの証拠が必要であり、今のSTAP論文ではこのレベルに達したとは思わない。 以下のartifactsな現象が懸念される。
(1)GFPレポーターを持つ細胞が死にかけて緑になる傾向
(2)同じ研究室で維持された細胞系の交差汚染の可能性

私は、細胞が緑色に形質転換する現象は実際に細胞ストレスに起因すると考えています。しばしばストレスを受けた細胞や瀕死の細胞でアップレギュレーションされます。 しかし、緑色になる細胞は、後で緑色のコロニーになる細胞ではないかもしれません。

私はこれらが汚染により獲得され、B27-L1F培地による増殖のために選択されたES細胞である可能性が高いと考えます。

The DNA analysis of the chimeric mice is the only piece of data that does not fit with the contamination theory. But the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. This assay is not properly explained. If it is just an agarose gel then the small bands could be anything. Moreover this figure has been reconstructed. It is normal practice to insert thin white lines between lanes taken from different gels (lanes 3 and 6 are spliced in). Also I find the leading edge of the GL band suspiciously sharp in #2-#5.
 
参考
キメラマウスのDNA分析は、ES汚染では説明できない唯一のデータです。 しかし、キメラのDNA断片は、リンパ球のDNA断片と同じに見えません。 このアッセイは適切に説明されていません。 アガロースゲルで実験したなら、小さなバンドは何でもかまいません。 さらに、この図は作り直されています。 異なるゲルから取ったレーン間に細い白線を挿入するのが通常の方法です(レーン3とレーン6はスプライスインされます)。 また、#2-5でGLバンドの先端が疑惑を持たれるような鋭さとなっています。


レフェリー2
Unfortunately, the paper presents only a superficial description of many critical aspects of the work. A detailed description of the methods used to induce and maintain SACs was not provided, and the mechanisms and explanations are either not compelling or poorly defined (Figure 3). Given the novelty of the claims, a thorough characterization of the SACs is warranted. as is some probing of the mechanisms. This would necessitate a more sophisticated genomic analysis of SACs, through microarray or RNA-seq, and genome-wide DNA methylation analysis — analyses that other pluripotent stem cell lines have been routinely subjected to and for which methods for smaller cell numbers have been developed.

(参考)残念なことに、この論文は、多くの重要な側面については、表面的な説明しかされていない。
SACを誘導および維持の方法について、詳細な説明は提供されておらず、メカニズムおよび説明は説得力がないか、または定義されていない(図3)。

新規性を考慮すると、SACの特性についての徹底的な評価が必要です。
他の多能性細胞との比較、少数細胞での実験方法で、マイクロアレイ、RNA-seq、およびゲノム全体のDNAメチル化分析などの洗練されたゲノム分析で解析することがSACsに求められる。

1) From the experiments performed by the authors, it cannot be ruled out that rare multipotent progenitors are being selected for and expanded under stress conditions. While this in itself would be extremely interesting, it suggests a very concept [sic](*) than what is being claimed about reprogramming of “mature” adult somatic populations. It is unclear whether cells are harvested from any other stages than young (7-day old) mice. Might the cells in these young mice be errant migratory germ cells or some other stem cell-like progenitors? CD45+ cells are harvested from the spleens and these are called lymphocytes, but hematopoietic stem cells (HSCs) express CD45, and the spleen contains HSCs at this young age. Thus stress conditions may be acting on HSCs, rather than fully differentiated somatic cells, which would imply a very different main conclusion of this work. Should the authors wish to maintain their conclusion, they should rule out the potential germ cell or HSC origin of SACs. This could involve perhaps the examination of genomic imprints, or expression of c-Kit.

2) The analysis of TCRb gene rearrangement in fig S6 purporting to show derivation from fully mature T cells with TCRb rearrangement is flawed. If mice are clonally derived, they should have a single gene rearrangement, not a population of polyclonal rearrangements as appears in at least some of these animals. This analysis should be done using Southern Blots to avoid the problems of PCR contamination; see Hochedlinger and Jaenisch, Nature 2002.
注* 原文のまま《疑わしいまたは誤った原文をそのまま引用した際,引用語句の後に [sic] と記す》.

1)著者らの実験において、ストレス条件下で選択された稀な多分化能前駆細胞が増殖したことは否定できない。
観察された現象自体は非常に興味深いが、体細胞集団の再プログラミングは、”疑わしい示唆のまま”と言えるのではないか。

幼弱(7日齢)マウス由来細胞でない場合はどうなるかは不明である。
幼弱マウスの細胞は、移動性生殖細胞またはいくつかの他の幹細胞様前駆細胞であろうか?
CD45 +細胞は脾臓から採取され、これらはリンパ球と呼ばれるが、造血幹細胞(HSC)はCD45を発現し、脾臓はこの若年時にHSCを含む。したがって、完全に分化した体細胞よりもストレス状態がHSCに作用した可能性があり、この場合は、本研究の結論と異なる。

著者が結論としたい場合、SACの潜在的な生殖細胞またはHSC起源を除外すべきである。ゲノムインプリントやc-Kitの発現の可能性などを考慮してみるのはどうか。

2)完全に成熟したT細胞から誘導されたTCRb再編成を示すと言われている図S6のTCRb遺伝子再構成の分析には欠陥がある。
マウスがクローン的に誘導される場合、それらは、これらの動物の少なくともいくつかに現れるようなポリクローナル転位の集団ではなく、単一の遺伝子再構成を有するべきである。この分析は、PCRコンタミネーションの問題を避けるためにサザンブロットで行う必要がある。 HochedlingerとJaenisch、Nature 2002を参照されたい。



参考訳として示した日本語は、機械翻訳を併用しています。疑問に思う方、参考訳の間違いを指摘したいと思う方は、ご自身の信じる考え方や実際の訳をお示しください。
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コメント

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このサイエンスの査読は秀逸です。ここで指摘された問題点の数々に対し、小手先の対応ではなく、真摯に向き合っていれば、その後の経過は全く異なっていた事でしょう。改めて、残念です。
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