ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。

すでに、レビュアー1,2の意見の一部を午前中に紹介しました。

午後は、レビュアー3の方の意見と、これら3人のレビュアーの査読文章に対して、自らのノフラーブログで、ノフラー氏自身が意見を書いています。
最初から、アンチSTAP色の強いノフラー氏の意見を紹介します。

学とみ子の印象では、レビュアー1の方は、一番アンチSTAPです。
緑フィルターは死細胞、STAPはES細胞の汚染の可能性と言っていて、最初からSTAPを認めようとしません。査読者としては、著者に対して礼を失しているという印象を持ちます。

レビュアー2は、午前中に紹介しましたが、一番熱心にSTAP論文を評価して意見をくれています。
学とみ子の印象では、決してSTAP細胞を否定しているわけではなく、CD45細胞の中に多能性の幹細胞が混じっていたのではないかの疑惑を懸念しています。
しかし、STAP細胞すなわち CD45細胞を酸浴した後に、多能性の細胞が生まれた事実を否定していません。

レフェリー2の査読者とて、キメラを構成した細胞を知っているわけではありませんが、レビュアー1のようなES汚染といった失礼なコメントではありません。

レフェリー2の査読者は、TCRの項目でも、PCRで増幅してはいけないと言っていますし、TCR痕跡のあるT細胞がクローナルな増殖をした場合のキメラ構成と、限定条件をつけています。ここでも、酸浴後に多能性細胞が生まれた可能性を否定しているわけではありません。しかし、著者らのおこなったTCR実験は間違いであると言っています。体細胞をPCRで増幅したら、細胞汚染が起きると言っています。

レビュアー2は、キメラ形成には、TCR痕跡のあるT細胞がクローナルに増えた可能性は考えにくく、もっと多能性の能力の高い細胞が他にあって、キメラを構成したことを考慮せよ!と言うことなのでしょう。
どのタイプの細胞が酸浴後に多能性を持つ細胞に変換し、キメラを構成したのかを、誰も特定できない段階で書かれた論文だからです。

レビュアー2の方のさらなる要求は高いのですが、ここの記述を読むと、幹細胞の培地条件についての質問などが書かれていていて、なぜACTHを入れているのか?栄養源は何なのか?と質問が繰り出されています。

幹細胞に関する実験は若山研究室でのクレジットであること、すなわち、笹井氏の関与していない多くの実験があったことがわかります。
レビュアー2の方自身は、STAP論文内で疑問に思うことが多くあり、いろいろ質問をしているのです。貴重な記録と思いました。

レビュアー3は一番好意的で、基本的にSTAP細胞を認めていると思います。

私がこう書くとES論の日本では、反論が書き込まれるかもしれませんが、少なくとも、学とみ子にはそのように感じるということです。

しかし、ノフラー氏に言わせると、3人すべてのレビュアーは3人共、STAP細胞を全く認めていない!となります。
研究界は、論文完成前から激しい研究者間の抗争があり、それが査読という作業にも、強く反映されているということなのでしょう。

ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。

まず、レビュアー3の査読文を書きます。青字

The finding described in this manuscript is very unusual and unexpected. Under certain circumstances, it appears that a non-physiological non-specific stress can trigger reprogramming of terminally differentiated cells, such that the cells enter a pluripotent stem cell-like state. If these results are repeatable, a paradigm of developmental biology would be changed. Currently, that paradigm is that terminally differentiated states are set and cannot be reset. Although Yamanaka broke this biological rule by overexpressing pluripotency-associated factors, that system is highly artificial. The authors of the present manuscript propose that cells have an intrinsic capacity to reprogram. I found the manuscript to be clearly written and concise, although sometimes mildly unorthodox in terms of literature cited.
However, the methods and cell protocols used must be described in far more detail. For example, the section on Oct4 should state how many cells were sorted and describe the appearance of the cells. Is it possible that rare populations of cells pre-exist or are already apparent on day 1 (thus, what are the “dots” of Fig. 1?). The authors will argue that, indeed, under certain circumstances, they were able to reprogram terminally differentiated cells, and that this was attributable to TCR recombination. I think, ideally, that the cells should be experimentally tagged and traced. This would unequivocally clarify the source of the cells and, further, would exclude the possibility that some cells pre-existed in a pluripotent state.
Critically, it is necessary to determine whether SAC cells can propagate stably in culture and whether such cells can be passaged. CD45.2 cells from the spleen are differentiated and, unless activated by an antigen, are supposed to be in G0. Do these cells re-enter the cell cycle? The cells should be further characterized.
Some negative controls are missing. See Figs. 2A, S3B, S3C, S5A, and S5B. Unstressed cultured cells should be used as negative controls.
In Figs. 3C and D, it would be interesting to see the ATP and ROS levels in both ES and SAC cells.
In Figs. 3C and D, it is apparent that mES cells show rises in ATP and ROS levels, and in mtDNA copy number. These results should be compared to other publications.
In Fig. 2, Nanog is not located in the nucleus. Also, do the authors have data on staining of Oct4 in this experimental context

参考
レビュアー3
この論文原稿に記載されている発見は、今まで想定されてきた事実を超えている。特定の状況下では、非生理学的非特異的ストレスが、末梢分化細胞の再プログラミングを誘発し、細胞が多能性幹細胞様状態に戻る事を示唆する。
これらの結果が再現可能であれば、発達生物学のパラダイムが変わるだろう。

現在の認識では、細胞パラダイムは、最終的に決定された状態が設定され、リセットすることができないことになっている。
山中氏は多能性関連因子を過剰発現させることによってこの生物学的ルールを破ったが、これは高度に人工的な改変条件を加えたからである。

この原稿の著者は、細胞が再プログラムできる本来的能力を保有すると言っている。この事実が、論文原稿に明確かつ簡潔に書かれている。

しかしながら、使用される方法および細胞プロトコールは、より詳細に記載されなければならない。
たとえば、Oct4は、ソートされたセルの数を記述し、セルの外観を記述する必要がある。細胞のまれな集団が1日目からすでに存在するのか、その可能性はあるのか?(したがって、図1の「ドット」は何か?)

著者らは、特定の状況下では、最終分化細胞を再プログラムすることができると述べ、TCR組換からもそれを示唆すると主張する。

理想的には、細胞は実験的にタグ付けされ、追跡されるべきだと私は思う。
そうすることで、細胞の供給源を明らかにし、さらに、多能性状態の細胞が予め存在する可能性を排除できる。

重要なことに、SAC細胞が培養中で安定して増殖することができるかどうか、およびそのような細胞が継代され得るか否かが大事である。
脾臓由来のCD45.2細胞は分化しており、抗原によって活性化されない限り、G0にあると考えられる。これらの細胞は細胞周期に再び入るのか?その細胞現象をさらに特徴付けるべきである。

いくつかのネガティブコントロールが欠けている。
図を参照してください。 2A、S3B、S3C、S5A、S5Bを含む。ストレスのない培養細胞をネガティブコントロールとして使用すべきである。

また、図3CおよびDに示すように、ESおよびSAC細胞の両方においてATPレベルおよびROSレベルを見ることは興味深い。

また、図3CおよびDに示すように、mES細胞はATPおよびROSレベルの上昇およびmtDNAコピー数の上昇を示すことは明らかである。これらの結果は、既出論文と比較されるべきである。

図2において、Nanogは核内に位置していない。また、著者らは、この実験
においてOct4の染色データを有している。

サイエンス誌における、この3人の査読者のレビューについて、ノフラー氏は、ノフラーブログで以下のように書いています。茶字
As a result of reading the Science reviews, today we know what the reviewers at Science thought in 2012 of this proto-STAP paper and this sheds much light on what went so terribly wrong with STAP overall. There were many big red flags. Keep in mind that the Nature reviewers would not know about the Science reviews unless by chance one or more of the reviewers for Nature had also participated in the review process at Science.
This early generation STAP paper was entitled “Stress altered somatic cells capable of forming an embryo”.
There was no “STAP” acronym at that point. Instead, the stress-produced stem cells were called “SACs”, an acronym presumably standing for “stress-activated somatic cells” or “stress-altered stem cells”. Therefore, let’s call this proto-STAP paper, the SAC paper.
All three Science reviewers had serious doubts about the SAC paper and pointed out numerous specific concerns.
For example, Reviewer 1 right away early in their review pointed out that the SAC phenomenon was probably not real and was instead explainable by two simple experimental problems: stress-associated GFP reporter activation and cell culture cross contamination.
Crucially, this same reviewer noticed the gel splice, later present in the accepted Nature STAP article Figure 1. However, apparently the STAP/SAC team did not take that concern or most of the other reviewer issues to heart.
Reviewer 2 was extremely skeptical of SAC as well, listing twenty-one specific problems/issues to be addressed. Unfortunately, it seems that most of these concerns also remained unaddressed in the later accepted Nature STAP papers. It is fair to say that although 21 issues seems like a lot that these concerns seem reasonable and not overly harsh.
What else did the reviewers say?
Both Reviewers 1 and 2 had the shared concern that pluripotency-related gene expression seemed abnormally high in the SAC cells. Way way too high.
Reviewer 2 wanted much more data before being convinced. For example, they wrote:

Given the novelty of the claims, a thorough characterization of the SACs is warranted, as is some probing of the mechanisms. This would necessitate a more sophisticated genomic analysis of SACs, through microarray or RNA-seq, and genome-wide DNA methylation analysis — analyses that other pluripotent stem cell lines have been routinely subjected to and for which methods for smaller cell numbers have been developed.
Reviewer 3 was not as detailed with their concerns, but more generally identified some areas of concern such as those articulated in this paragraph:

the methods and cell protocols used must be described in far more detail. For example, the section on Oct4 should state how many cells were sorted and describe the appearance of the cells. Is it possible that rare populations of cells pre-exist or are already apparent on day 1 (thus, what are the “dots” of Fig. 1?). The authors will argue that, indeed, under certain circumstances, they were able to reprogram terminally differentiated cells, and that this was attributable to TCR recombination. I think, ideally, that the cells should be experimentally tagged and traced. This would unequivocally clarify the source of the cells and, further, would exclude the possibility that some cells pre-existed in a pluripotent state.
Critically, it is necessary to determine whether SAC cells can propagate stably in culture and whether such cells can be passaged.

参考
2012年にサイエンスの査読者が、このproto-STAPの論文をどのように評価したかを、私(ノフラー氏)は知ることができ、STAPの全体像の間違いが明らかになりました。
大きな赤い旗がたくさん立ったのです。
Natureの査読者の一人以上がScienceの査読にも参加していなければ、Nature査読者は、Scienceにおける査読経緯を知ることができませんでした。

この初期の頃のSTAP論文原稿は、「胚を形成することができるストレス変化した体細胞」と題されたものです。
その時点では "STAP"頭文字はありませんでした。代わりに、ストレスによって産生された幹細胞は、「ストレス活性化体細胞」または「ストレス改変幹細胞」の略である「SAC」と呼ばれました。したがって、このproto-STAP論文、SAC論文と呼ぶことにしましょう。

3人の査読者はすべてSAC論文に深刻な疑念を持ち、多くの具体的な懸念を指摘しています。

例えば、レビューアー1は、レビューの早い段階でSAC現象がおそらく実際ではなく、代わりにストレス関連GFPレポーター活性化と細胞培養汚染の2つの単純な実験的問題によって説明できると指摘しました。

しかし、STAP / SACチームは、査読者が指摘した問題をほとんど、心に留めていませんでした。

レビューア2は、SACについて非常に懐疑的であり、取り組むべき21の具体的な問題/課題を列挙しています。残念なことに、これらの懸案事項の大部分は、後に受け入れられたNature STAPの論文でも扱われていないようです。 21の問題は多くのように思えますが、これらの懸念は過度に過酷ではないと思われます。

レビューア1および2の両者は、多能性関連遺伝子発現がSAC細胞において異常に高いとの共通の懸念を表していました。

レビュアー2は、論文を確かなものとするには、はるかにさらなる多くのデータを必要とするとしていました。たとえば、彼らは次のように書いています。
・・・

レビュアー3は、懸念事項について詳しくは述べられていませんでしたが、この段落で明記されているSTAP論文の問題点を特定しました。

参考訳として示した日本語は、機械翻訳を併用しています。疑問に思う方、参考訳の間違いを指摘したいと思う方は、ご自身の信じる考え方や実際の訳をお示しください。



コメント(127)
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> ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。

Nature誌がアクセプトしたのは、論文著者に笹井氏と丹羽氏が参加していたことが大きかったのでしょうね。
笹井氏と丹羽氏が名前を出したのは、小保方氏によるSTAP様細胞塊の作製と多能性の確認作業を目の前で実際に目撃し、その存在を確認したからだと思います。

2012年4月 小保方氏ら「ネイチャー」誌に最初の投稿、不採択。
2012年6月 小保方氏ら「セル」誌に投稿、不採択。
2012年7月 小保方氏ら「サイエンス」誌に投稿、不採択。
2012年12月 笹井氏「ネイチャー」誌論文作成に参加。
2013年1月 丹羽氏「ネイチャー」誌論文作成に参加。
2013年3月10日 小保方氏ら「ネイチャー」誌に2回目の投稿。
2013年12月20日 「ネイチャー」誌2本の論文を受理。削除
2018/6/3(日) 午後 7:18[ gen**ron ]返信する
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学とみ子さん

レビュアー3のhoweverで始まる段落は文章のキモですからね。
自動翻訳まんまの、日本語として意味の通らない翻訳文のままでは読んだことにならんと思いますよ。
レビュアー3は、論文の中心的な意義をあげ、それを証明不足としているので、それほど好意的ではないんじゃないですかね。削除
2018/6/3(日) 午後 9:14[ plus99% ]返信する

> plus99%さん
母国語ですら書き手の真意はわからない…。ましてや査読は本音と建前がある。

自動翻訳でこれで良いと思えばそのまま、ダメだと思えば直す。自動翻訳に教わる事もある。

訳者ごとに背景となる知識も違う。だから、訳とは明らかな間違い以外は指摘しても意味無い…。

あなたは、こうした情報をたくさん持っているのに、なんで私に先を越されるの?

どんどん訳して皆さんに紹介してくださいよ。

日本では大事な情報が出ていません。専門家が言わない、マスコミが言わないからです。仕方なく、私のような非専門家が背伸びをする事になる。

今回のあなたの情報は、ES論者の間違いを指摘できたんです。若山研究室でのデータがいろいろある事もわかりました。
それが何よりの成果だったと思います。
情報をありがとう。削除
2018/6/4(月) 午前 6:41学とみ子
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確かにレビュアー1のコメントは敬意を欠いてますが、これくらいの査読を見かけることは、結構あります。

レビュアー2の「造血幹細胞起源セオリー」については、私もこの論文を読んだ当初に考え、異なる手法での追実験の準備をしていました。最終論文のデータが正しければ、STAPの起源として有力だったと思います。理研でも、もう少し詳しい追実験をすべきだったと思います。

レビュアー3は、「不十分なメソッド記載」と「ネガコンの不備」という、最終のNatureバージョンでも特徴となっている問題点を指摘してます。ここで真摯に対応すべきだったと思います。

査読全体を通して、初期化ではなく選択ではないか、というトーンが強いです。この辺りが、NatureバージョンからTCRを完全に外す事ができなかった理由でしょうか。論文作成における誠実さが欠けていたのではないかと、感じますね。削除
2018/6/4(月) 午前 7:00[ L ]返信する

査読者が何ヵ所かで誉めてくれれば、全ての指摘をクリアしなくても、アクセプトしてくれるものです。査読者がライバル研究者で無い場合はですが…。削除
2018/6/4(月) 午前 7:08学とみ子
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> Lさん
専門家立場のコメントありがとう。削除
2018/6/4(月) 午前 7:58学とみ子
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> plus99%さん

>レビュアー3のhoweverで始まる段 落は文章のキモですからね。

キモは前の文章部分です。査読者3は、この推論を確かなものとするためには、もっとしっかり検討してねと言ってます。

あなたに意味が通じないのは、あなたの問題です。日本語でも不完全な文章に遭遇したら、皆、言葉を補足して考えざるを得ないでしょう。それでダメなら、日本語のせいではありません。削除
2018/6/4(月) 午前 9:07学とみ子
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学とみ子さん

however「しかしながら」の前と後で、話題になっていることが同一ですから、however以降が本題であろうというのが論理的な把握ですね。
これはエンドユーザー向けに書かれた文章ではないのです。第2段落までは著者が論文で主張している要点であって、わざわざエディターに解説してあげなければならないことではないでしょう。ましてや 論文を書いた著者に対してです。
第2段落までで「証明されたなら」パラダイム変換を迫る内容であると賞賛気味に述べた「体細胞のリプログラミング」について、第3段落で「証明するためには」まだまだなさねばならないことが沢山あると述べているのですね。
要するに第3段落からが本題であって、第2段落まではレビュアーがつけた注文が、枝葉末節のイチャモンではなく、この論文にとっていかに重要な点であるかを筆者にわからせるためにわざわざかいたのだと思いますよ。削除
2018/6/4(月) 午前 10:22[ plus99% ]返信する

> plus99%さん

著者と査読者というプロどうしのやり取りにいろいろな駆け引きはあります。

あなたがノフラー氏に同感なら、それでいいでしょう。
私は、そう思わないで終わり。

レフェリー3氏の玉虫色の論評については、意見は有るだろうけど、著者の立場では、誉め言葉がいくつかあれば嬉しいものです。

いづれにしろ、この問題で、あなたと議論しても仕方ありません。

承認がかかっていないのでplus版での訳を御願いしますよ削除
2018/6/4(月) 午後 0:20学とみ子
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学とみ子さん

STAP論文を原語で読んだと豪語しているのだから、自力で意味の通る日本語にしたら良いと思いますよ。

詩や純文学ではないのです。内容を正確に伝えることが目的の文章ですから原文と解釈を並べて載せて、その解釈が恣意的であれば、ネイティブ相手に論評で食っているノフラー氏のような人はすぐに名声を失うことでしょう。

駆け引きがどうこうというのも妄想ですね。
論文が世間に出たなら質問や反対意見が上がりそうなことを事前に指摘して、可能であればブラッシュアップすることが査読のひとつの目的なわけですが、掲載されたSTAP論文は査読者がまさに指摘したことで潰れてしまったのですから、査読者の指摘は至極親切だったということです。
もっと真面目に対応していればとLさんのいう通りでしょうよ。削除
2018/6/4(月) 午後 1:50[ plus99% ]返信する
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> 掲載されたSTAP論文は査読者がまさに指摘したことで潰れてしまったのですから

ものすごい妄想力ですね(笑)。削除
2018/6/4(月) 午後 3:49[ gen**ron ]返信する

> plus99%さん

>もっと真面目に対応していればとL さんのいう通りでしょうよ。

あなたの挑発にのっても意味がないと思いつつ…。

小保方氏は自らの酸浴実験は真面目にやった。そして、指示された通りに必死で論文を書いた。しかし、彼女は他人の実験内容に精通しているわけでは無い。査読者の助言に従って実験をやり直せる立場でもない。素直な小保方氏だから、皆のためになると信じて、ここまで無理して論文を仕上げた。

発表後、大変な落とし穴があるかもしれない事も、小保方氏はある程度に予想していたと思います。
そうした意味で聡明な人だと思います。

Plusさんは、査読者の意見を解説して、私の間違いを指摘したかのような状況を作りたいのだろうけど、今のあなたの人生経験では無理 !

普通の人なら、自らの能力の限界を知ってるから、こうした行動はとらないわね。あなたは自分が判らずチャレンジを続ける人生なんでしょう。

そんなあなたに、小保方氏をけなされると、ほんと腹立たしいわ。削除
2018/6/4(月) 午後 4:00学とみ子
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> 学とみ子さん
however の前ー後について、私なりの感想を書いてみました。よかったらどうぞ。ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=12103削除
2018/6/4(月) 午後 4:38[ ため息 ]返信する
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学とみ子さん

そういう想像のお話ではないですね。
石井調査報告にたいする不服申し立てと、不服申し立てに関する審査の結果の報告等をお読みになったらいかがでしょうか。
主に電気泳動の切り貼りの件に関連してscienceの査読を小保方氏がどうしたか書いてありますよ。削除
2018/6/4(月) 午後 5:06[ plus99% ]返信する

> ため息先生

登場するのが遅すぎませんか? TCR議論にため息先生が参戦してく るのを、アノ姐さんも、体内時計さ んも、皆さん待ってったと思います よ。

査読者コメントの真意を、研究現場 にいない、実験にも関わらない第三 者同志で議論しても意味無いでしょ う。

先生なら先生として、大事な本題の 議論に参加してください。削除
2018/6/4(月) 午後 6:04学とみ子
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> 学とみ子さん
TCR再合成などとおっしゃる方とは議論したくないです。あきえかっているだけですので、あしからず。
研究現場に学さんはいるのですか?そうでなければ意味がないとおっしゃるのだから議論しなければいいのでは?削除
2018/6/4(月) 午後 6:11[ ため息 ]返信する

レフェリー3の方の要求の一部は、小保方氏自身で再評価できる可能性がある。

However以後の指摘も、議論のすり合わせ、再実験が可能であるかも含め、全て要求を満たさなくとも、この査読者には脈の可能性があると、学とみ子には読めるんですよ。最初の誉め言葉だけで、もの申しているわけでは無いです。

そう読めないというなら、それはその方の意見ですよ。それで終わりです。
ここは議論するような大事な争点では無いです。

科学者たちのTCRの誤解と若山研究室の関与の証拠の重大性に比べたらね。

査読者2の指摘を理解できなかったES論者が未だにいる事も暴露されました。

STAP事件の根幹に関わることですので…。削除
2018/6/4(月) 午後 6:32学とみ子
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当事者が脈はないと判断したのでScience をあきらめNatureにしたんでしょ。学とみ子さんが脈を読めて、いきり立ってもしょうがないのでは?
科学者たちはTCRを誤解してなく、学さんだけが誤解しているとしかみえないんですけど。
もうSTAP事件は科学的には終了し、残る問題は、学さんとかmjもんた君のような方々の存在だけと思っています。お二方も影響力はないので、放置するのが正しいと思っていますが、あまりにも、ひどいのでこうやって暇にまかせて、ちょっかいをかけています。ご迷惑様でした。削除
2018/6/4(月) 午後 7:22[ ため息 ]返信する
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ため息さん

Stap事件は科学的には、小保方さんが
心身ともバッシングダメージから
回復されましたから、終了でなく
これからが、再スタートなんですよ

これから終了するのはね、
桂報告ES混入説と
なっていきますのよ。

いきなりの論文撤回呼び掛け直前の
若山先生のインタビュー4件を
根本さんプログ、基本資料リンク集の
「2」をご閲覧くださいな!削除
2018/6/4(月) 午後 9:00[ Ooboe ]返信する
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>そう読めないというなら、それはその方の意見ですよ。それで終わりです。
>査読者2の指摘を理解できなかったES論者が未だにいる事も暴露されました。

別にいいんじゃないですか。
学氏の英語力も国語力も、もう言及の要はないと思うので。削除
2018/6/4(月) 午後 9:07[ plus99% ]返信する
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> plus99%さん

>学氏の英語力も国語力も、もう言及の要はないと思うので。
>別にいいんじゃないですか。

その言葉、お待ちしていました。がまんしたかいがありました。削除
2018/6/4(月) 午後 9:24学とみ子
返信する
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イーエス信徒
鼻息弱まり
ダ メ 息か削除
2018/6/4(月) 午後 9:59[ Ooboe ]返信する
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ほんとうは
学びの園は
大好きよ
心うらはら
ひっつき虫は削除
2018/6/4(月) 午後 10:13[ Ooboe ]返信する
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> ため息先生、

>科学者たちはTCRを誤解してなく、学さんだけが誤解しているとしかみえないんですけど。
もうSTAP事件は科学的には終了し、残る問題は、学さんとかmjもんた君のような方々の存在だけと思っています。お二方も影響力はないので、放置するのが正しいと思っていますが、あまりにも、ひどいのでこうやって暇にまかせて、ちょっかいをかけています。2018/6/4(月) 午後 7:22 [ ため息 ]

こんなこと言っちゃっていいんですか?お弟子さんの中には、すでにTCRの意義に気づいている人がいるかも・・・。

せっかくの先生の誤解、もったいないので、ここに貼っておきます。削除
2018/6/4(月) 午後 10:35学とみ子
返信する
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素早くも
そと海 から(空)の
流れ弾
ふらふらの ぼるか
白旗近し削除
2018/6/4(月) 午後 10:53[ Ooboe ]返信する
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597 名前:名無しゲノムのクローンさん (ワッチョイ fab0-Lfho) 2018/06/04(月) 22:21:10.35 ID:eQKoFMdx0
594
plus氏など反論してる人たちは根拠を示してるのに、学たちは妄想と曲解しかないのがよくわかるw

小保方メインの研究、実験でそこに本人主導の詐欺があったのに、
受け身だった、やらされてた、まじめにやってたというのは無理がある。

小保方のすでに失われた名誉に、泥を塗り続けてる擁護の典型だねw削除
2018/6/4(月) 午後 10:54[ お話にならない ]返信する

> お話にならないさん
>plus氏など反論してる人たちは根拠 を示してるのに、学たちは妄想と曲 解しかないのがよくわかるw

正しくは
>plus氏は根拠無い無理解 を示してるの対し、学たちは無理解を気付かせたくて努力しているのがよくわかるw削除
2018/6/4(月) 午後 11:16学とみ子
返信する
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> お話にならないさん


お話にならない のはあなただと思う。

>plus氏など反論してる人たちは根拠を示してるのに、学たちは妄想と曲解しかないのがよくわかる

相手に伝わらないものを「屁理屈」と呼びます。
文章とは、相手の心に響かなければ意味が無いと教わりました。
心に響かない機械的な文章は全く意味が無いと思います。
そういう意味で、あなたのコメントは機械的で意味が無いと思います。削除
2018/6/4(月) 午後 11:16[ m ]返信する
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先行きは
イーエス信徒の
トリプシン
塊成るか
再構成削除
2018/6/4(月) 午後 11:33[ Ooboe ]返信する
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お話しも
心に響くは
L氏のみ削除
2018/6/4(月) 午後 11:40[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
mさん
仰るとうりですね
言葉、 言の葉、 ふみ(文)には
大和の古来より、言の葉には
言霊が宿ると言われて来ました

論文撤回呼び掛け前での
若山先生のインタビューへの受け答え
には、端々(葉し葉し)に(言霊)からの
(真)の響きを感じ取ることができます。

専門用語が分からなくても、
前後の(ふみ)の流れから響いてくる
心のあり方の人間性が伝わって来ます

Lさんの科学的内容は理解出来なくとも
その(ふみ)には人間性の高さと(真)を
感じ取ることができます。

科学的内容が分かる方であれば
たとえ所見が違っていても
その根拠内容に素直に向き合える
気持ちになれると思います。削除
2018/6/5(火) 午前 0:17[ Ooboe ]返信する
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> 学とみ子さん

>学とみ子は、NHKによるTCRの説明は間違っているとの主張をズーとしてきています。

学さんのいう、「NHKによるTCRの説明」とは、どこにあるのでしょうか?


そもそも、STAP論文におけるTCR再構成(再合成じゃないよ)の意義を理解していなかった学さんが、何をどう誤解しているのか、良く判りません。

そして、今、STAP論文が読めてTCR再構成の意義が理解できるだけの科学的知識のある方々は、ほぼ全員、学さんが誤解していると見ています。
学さんを支持しているのは、科学的知識もなく感情論だけで小保方氏を擁護している人だけのようですね。削除
2018/6/5(火) 午後 0:10[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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STAP論文の最大の主張点は、「刺激によって体細胞が初期化された」というものであることは、理解されているのでしょうか?

ポイントは、「未分化細胞の選択」ではなく「分化した体細胞の初期化」です。

STAP論文に先んじて論文発表された「MUSE細胞」は、生体内の様々な組織に存在するストレス耐性のある多能性細胞であり、長時間トリプシン処理など他の細胞が死滅する条件下に置くことで「選択」されることが報告されています。
STAP細胞も多くの細胞が死滅する酸性条件下で得られており、MUSE細胞と同様の細胞で、「選択」によって得られたのではないかとの疑問は当然でてきます。

さらにまた、バカンティ氏小保方氏はSTAP論文の前の研究で、様々な組織からピペッティングによって「多能性細胞」を「選択」したという論文をTissue Engineering誌に投稿していました。削除
2018/6/5(火) 午後 0:21[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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(続き)
すなわち、それまで「選択」によって多能性細胞を得たと言ってきた研究室が、今度は、それは選択ではなく「初期化」だと主張を変えたのですから、その科学的な根拠は厳密に示されねばならないのは当然ですね。(増えてる感じがするから、、という感覚では科学的な説明にはならない)

そこで(これは西川先生の提案だという話だったはずですが)、「T細胞を材料として、TCR再構成を目印にすれば、STAP細胞は「選択」ではなく、分化した細胞が「初期化」したものだと証明できる」ということで、STAP論文が書かれたわけですね。

まさに、例の改ざん電気泳動ゲルで著者らが示したのは、「STAP細胞にはTCR再構成が見られる=初期化である」ということでした。

しかし、確実にSTAP細胞は「初期化」で得られたことを証明するのは、そのTCR再構成のある細胞から作成されたテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成があることを示す必要があったのですが、、、
残念ながら、そのようなデータは論文には示されていなかった、ということです。削除
2018/6/5(火) 午後 0:34[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん
2018/6/5(火) 午後 0:10 [ yap*ari*w*katt*na* ]さん のご意見に同じです。
NHKの説明がなんだかわからないので答えられません。もしTCR 再構成が見られないのなら、分化した細胞からできたという証明にならないというのがNHKの説明なら、NHKの説明は妥当だと思います。もう4年前の議論で、決着が付いていると思っていますのでいまさら議論するに足るなにかを示していただかないと誰も議論しないでしょ。削除
2018/6/5(火) 午後 0:41[ ため息 ]返信する
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(続き)
ここで重要なのは、「キメラマウスにTCR再構成があれば、STAP細胞は初期化された多能性細胞である」というのは、著者らの主張に当ることですが、そのことを証明できるデータは示されなかった、ということであり、「初期化」だと主張するのなら、その科学的根拠となるデータを示さねばならない。ということです。

論理学の基本中の基本が理解できない方が、このことを「TCR再構成がないから初期化ではないとか、STAP論文は出鱈目だ」と指摘されていると何故か誤解しているようですが、、 なぜ理解できないのか不明ですね。削除
2018/6/5(火) 午後 0:48[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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(続き)
関連して、STAP幹細胞にTCR再構成が見られなかったという丹羽氏の発表について、笹井氏らは可能性のある仮説を示していましたが、あくまで説明しうる仮説と言うだけで、その仮説が正しいという科学的根拠は示されていません。

また、もし仮に、笹井氏の仮説が正しくて、TCR再構成のあるSTAP細胞は幹細胞化の過程で淘汰されるとか、これから想像を膨らませて、TCR再構成のあるSTAP細胞はキメラマウスには寄与しないということがあったとしても、
「キメラマウスにTCR再構成があれば初期化の証明となる」という主張についての科学的根拠は何ら示されていない、ということは全く変わらないのですが、、。

まあ、理解できない人、理解したくない人は、永遠にそのままでも構いませんけどね。
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コメント

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

>STAP-SCにおけるTCR再構成バンドの検出についは、「弱いバンドが一時的に見られた」という事だったと思います。

TCR再構成バンドを見たというのは、小保方氏がそういっただけで、本当に存在していたのかは不明ですね。


>よって、T細胞STAP-SCはできていたとしても、他の造血細胞由来のSTAP-SCと競合できるほどの増殖能力を持たないと判断されたと思います。

これは、小保方氏がTCR再構成バンドを見たというのが真実であったとした場合に、説明しうる仮説にしかすぎません。

今の時点では、その「STAP-SC」が「FES-1」由来であることが解析の結果明らかになったのですから、そもそも「TCR再構成バンドを見た」という小保方氏の言葉が疑われる状況ではないですか?

先に、Nature論文の実験結果・データを真正なものとして扱うのは危険であるとお話ししたと思いますが、Lさんの「自分だったらワクワクしますけどね。」を見ると、結局、判っていないのではないかと心配してします。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

なぜ、このようなコメントが来るのか理解に苦しみますが、、

2018/6/8(金) 午前 9:04のコメントで私が、CDB自己点検の情報を参考までとしてお示しした理由が誤解されてるようですね。

Nature論文では最初にTCR再構成で初期化を確認して、それから他の細胞でも同様にSTAP現象が見られたとなってるが、実際の経緯は他の細胞でのSTAP化研究が先で、TCR再構成は西川先生にアドバイスを受けて、それから2-3か月後に小保方氏が、西川先生のアドバイスに合う様なデータを持ってきたということを伝えたかったのです。
即ち、Lさんが論文から受けた印象と実際の経緯は違うということです。

No title

L
> yap*ari*w*katt*na*さん
STAP-SCにおけるTCR再構成バンドの検出についは、「弱いバンドが一時的に見られた」という事だったと思います。よって、T細胞STAP-SCはできていたとしても、他の造血細胞由来のSTAP-SCと競合できるほどの増殖能力を持たないと判断されたと思います。ここで、はっきり結論をつけるための実験を組むべきだったという事です。CD3ソートを可能な限り高純度で行い、そこからSTAP-SCを作成してTCRを追跡すべきだった(同時にキメラも作ってTCR解析を胎生早期で行うべきだった)と思います。特にNatureバージョンであのように記載するのであれば、裏を取る実験をきちんとやるべきだったという事です。

それでTCRが陰性だったとしても、それにより新たな仮説が生まれる事になるわけで、自分だったらワクワクしますけどね。

No title

Ooboe
いずれこの齟齬の客観的公文書が順次
Upされることになりますから

桂調査委員会報告書を盾にされての
小保方Stap否定論は
いまのうち、お控えになられたら
いかがでしょうか?

No title

Ooboe
パトナ情報概略の続きです。

その齟齬、食い違いとは?

桂調査委員会報告書3ページに
調査サンプル表があります。

齟齬情報に於いては以下です。

9段目、11段目の【FES1、とntESG1】
は山梨大学若山教授から
取り寄せ

10段目、12段目【FES2、とntESG2】
は山梨大学若山教授とは別のところから
取り寄せ

しかし
これら4サンプルは、
桂調査報告書14ページ
日経サイエンスに於いては
現京都大学、大田浩氏から取り寄せた
ことになっています。

なぜこんな齟齬が発生していたか?
について、パートナはなかなか
その真相の整合的がつかなかったのですが整合的な資料が揃いましたので
いずれ順次、「頑張れFB」にてUpして
行くとのことです。

No title

Ooboe
パトナ情報概略の続きです。

その齟齬、食い違いとは?

桂調査委員会報告書3ページに
調査サンプル表があります。

齟齬情報に於いては以下です。

9段目、11段目の【FES1、とntESG1】
は山梨大学若山教授から
取り寄せ

10段目、12段目【FES2、とntESG2】
は山梨大学若山教授とは別のところから
取り寄せ

しかし
これら4サンプルは、
桂調査報告書14ページ
日経サイエンスに於いては
現京都大学、大田浩氏から取り寄せた
ことになっています。

なぜこんな齟齬が発生していたか?
について、パートナはなかなか
その真相の整合的がつかなかったのですが整合的な資料が揃いましたので
いずれ順次、「頑張れFB」にてUpして
行くとのことです。

No title

Ooboe
パートナ情報概略

桂調査委員会報告書や
日経サイエンス記事に於いて

小保方Stapを結果的に否定できた
最重要根拠を導いた調査サンプルは

【FES1】というES細胞でした。

この調査サンプルは外部から
取り寄せたとされています。

この小保方Stapを否定できた
このサンプル取り寄せ手続き事実に
於いて重大な齟齬、食い違いが
複数発生しています。

No title

Ooboe
学さん

小保方Stapを否定したい論者はよく
桂調査委員会報告書を根拠にされます。

私は、これまでも、桂報告書の
真正な調査手続きが為されていなかった
ことの根拠をもって
桂調査報告解析結果の信頼、信用性は
担保されていなかったと
主張して来ました。

その結果的重大な疑議根拠をパートナは
今年になって把握していましたが
このたびその疑議を更に整合的に説明できる情報を得られたとのことです。

詳細はいずれお伝えできると思いますが
概略を取り敢えず報告したいと
思います。

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>西川GDのアドバイスを受けた小保方氏は、2012年中ごろ、STAP細胞を含む細胞の塊及び一部のSTAP 幹細胞にTCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを若山研究室内で報告していた。」とありますので。 ご参考まで。

若山研究室で、かなりの実験がやられていたとの証拠につながりますね。

No title

Ooboe
Lさん

「検証実験のデータについては
誰が何を言っているかでなくデータが
何を語っているか」で判断するのが
科学の仕事だと思います。

格調高い研究者スタンスのお言葉に
感銘です。
すでにチャレンジなさっておられると
思いますが検証実験における
PCR紙データの遺伝子発現計算の報告を
お待ちいたします。

No title

Ooboe
やはり、ヤッパリさんは、
分生学の専門家みたいですね
Lさんなどとの応答から感じられます
詳しい素人科学マニアのタイプではないと思えます。
私の推察が当たっているなら
堂々と専門家であることを明示なさいませ。当たっていないなら結構です。

No title

Ooboe
学さん

了解しました
極端な例えをしてしまいましたね
科学的考察に絡めて立ち入らないことをを心してきた積もりでしたが勇み足です
反省!

No title

yap*ari*w*katt*na*
> gen**ronさん

>あなたはなぜ若山氏に対して追求するのを避けようとしているのですか。

話の流れが無茶苦茶なのは、理解されていますか?

桂報告書の内容に沿った私のコメントに対して、貴方が「デマ」だと決めて付けてきた。
その根拠を聞き返したら、「小保方氏があの日で遠回しに否定している」「自分は知らないが、『真相』はある」といういい加減な回答しか来ない。

どこの誰とも判らない人が、自分も知らない「真相」があるとか、妄想めいたことを書いてるだけで、なぜ私がそのあるかどうかも分からない「真相」を見ず知らずの若山氏に聞く必要があるのでしょうか?

私は、そんな「真相」なんてあるとも思ってないし、それがあると主張するなら、貴方が客観的な証拠を示すべき話ですよ。


>そのことが不思議でなりません(まあだいたいの想像はついていますが)。

なぜ不思議に思うのか、その方が不思議なんですけどね。
まあ、( )を見れば、貴方が歪んだ妄想しかできない憐れな人物であることは良く判りますけどね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

>しかし、検証実験で得られたデータについては、信頼性が高いと考えて良いと思っています。

>よって、検証実験のデータについては、「誰が何を言っているか」ではなく、「データが何を語っているか」で判断するのが、研究者の仕事だと思います

これについては、同意します。
私が言及したのは、Nature論文に記載されている実験結果、データを真正のものとして扱うのは危険である、ということですので。

>桂報告書を読めば誰でもわかる事ではなく、データをしっかり読まないと見えてこない事をコメントしたいと思っています

これも了解です。 期待しております。

ただ、論文だけでは見えてこない経緯等の情報も、ある程度重要と思っています。 先に紹介した時系列ですが、CDB自己点検検証によれば、
「2012年の3月に西川GDのアドバイスを受けた小保方氏は、2012年中ごろ、STAP細胞を含む細胞の塊及び一部のSTAP 幹細胞にTCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを若山研究室内で報告していた。」とありますので。 ご参考まで。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> Lさん

>検証実験がプランされた段階では、STAP論文の不正はそこまで明らかになっていなかったので、ある程度はきちんと実験されたとの前提に立って、問題点をクリアにするための実験を組むべきだったと思います。

Lさんのお考えは、それはそれで妥当だと思いますが、検証実験においては、単に疑義のあったTCRやCD45の解明だけにフォーカスせず、もっと広く「STAP細胞は本当にできるのか?」という目的があったように思えます。
Nature論文には無いATP刺激も試みたのは、そのような意図を感じる部分です。同じく論文にはない肝細胞ーCreシステムを使って初期化の検証を試みたのも理解できます。

当時の丹羽氏の場合、例のプロトコルでSTAP幹細胞にはTCR再構成が無かったという事実に対して、TCR再構成のあるSTAP細胞は生存に不利で淘汰されたとの説明仮説を挙げていただけに、TCR再構成だけで初期化を示すストーリーに不安もあったのではないでしょうか?

Creに対してLさんが「失望、ミスジャッジ」とまで言うのは、Lさんの造血細胞仮説を重視するあまりではないかと思えるのですが

No title

学とみ子
> Ooboeさん

>砂糖を解析した積もりが 中身は塩だった。と

理解の範疇を広げすぎると、理論的でなくなります。

>疑議されても仕方ない 杜撰な調査手続きがパートナにより どんどん資料により判明して来てい ます

ここでの議論からわかるように、専門家と言われる人でも、意見が別れています。

資料の調査結果は、科学的考察に立ち入らないほうが、一般人の賛同が得られるような気がします。調査した人が、直接説明して欲しいです。

No title

L
> yap*ari*w*katt*na*さん
もちろん、今となっては、STAPの実験に色々問題があった事が明らかになっていますので、元論文内のデータに基づく議論は注意が必要です。しかし、検証実験で得られたデータについては、信頼性が高いと考えて良いと思っています。

よって、検証実験のデータについては、「誰が何を言っているか」ではなく、「データが何を語っているか」で判断するのが、研究者の仕事だと思います。桂報告書を読めば誰でもわかる事ではなく、データをしっかり読まないと見えてこない事をコメントしたいと思っています。

No title

L
> yap*ari*w*katt*na*さん
検証実験がプランされた段階では、STAP論文の不正はそこまで明らかになっていなかったので、ある程度はきちんと実験されたとの前提に立って、問題点をクリアにするための実験を組むべきだったと思います。TCRやCD45起源(選択か初期化か)が問題点の一つであった以上、それに即した実験を組むべきで、その意味でアルブミンCreはミスジャッジだったと思います。

西川先生からのアドバイスを受けて、TCRを初期化の決め手とするならば、そのストーリーに合わせて実験をやり直す(CD3ソートのT細胞でキメラと幹細胞樹立実験をやり直す)べきだったという事で、時系列的には問題ないと思います。ここで功を焦るのではなく、急がば回るのが正解だったと思います。

No title

Ooboe
Gen**ronさん

仰るとうり、公的文書
理研調査報告書、(桂調査委員会報告)
はそもそも
調査サンプルそのものに
真正性が担保されていない試料に
基ずいて解析されていました。

分かりやすく例えると

砂糖を解析した積もりが
中身は塩だった。と

疑議されても仕方ない
杜撰な調査手続きがパートナにより
どんどん資料により判明して来ています

そんな報告書を依り処とはできない日が
近くなるでしょう。

No title

gen**ron
> yap*ari*w*katt*na*さん
> 理研の公式な不正調査報告書に基づく記載に対してこの程度の根拠で「デマ」と言い切ってしまうとは。

理研の公式な不正調査報告書=桂調査委員会報告書がそもそも不十分、不正確、不徹底で、科学的にも、事実認定の面でも、多くの疑義が出されており、デマの温床になっていますからね。

何度も言いますが、「メチル化実験」の真相については、若山氏に問いただすのがいちばんと思いますが、あなたはなぜ若山氏に対して追求するのを避けようとしているのですか。
そのことが不思議でなりません(まあだいたいの想像はついていますが)。
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