キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。

狸様、ご機嫌伺いさせていただきます。
貴ブログに、以下のNスぺのナレーションを載せていただきありがとうございます。
又、以前の貴ブログに書かれましたTCRの記事を読ませていただきました。
http://giveme5.hateblo.jp/entry/2018/06/05/131802
http://giveme5.hateblo.jp/entry/2014/08/03/114909

以下の(1)(2)の違いが改めて重要であることを説明させてください。

(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない
 (2)TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える

まず、結論から申し上げると、(2)は正しいのですが、このような現象(キメラマウスに元TCR痕跡が残る)は、STAPの実験系では達成不可能と考えられます。

笹井氏、丹羽氏もこの考えを支持しており、小保方氏との議論と思われる部分も「あの日」に書かれています。そこを当ブログでも記事にしています。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15534662.html

つまり、元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。
分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです。

しかし、こうしたTCRの命運をしらない学者は、(2)がだめな場合は、(1)にもっていけると短絡的に考えたのです。

この誤解が正しいことであると信じ、NHKに吹き込んだと思います。
すなわち、(2)が達成できないSTAPは偽物の証拠である(つまり1)と主張したのです。

狸様の記録ナレーションは以下のようです。青字
TCR再構成が見つかれば証拠になるが、それは調べた、という1文しか論文にない。証明が十分できていなかったのではないか。
科学者として立ち止まるポイントじゃなかったか?

確かに、“TCR再構成が見つかれば証拠になる”は理論的には正しいです。、(2)です。
(ただし、実験上では達成不可能なので正しくない)

しかし、次のナレーションはどうでしょうか?
このナレーションは、(2)が達成できていないのだから、(1)であるかのように持っていこうとする印象操作と考えられます。
そこで、私は、あえて、当ブログには、わかりやすいように以下のように書きました。
“TCR痕跡がなければ、それはSTAPが偽物を意味するという説明でした。”

NHKの以下の2文のナレーションは、(1)のように持っていくように操作していませんか?
証明が十分できていなかったのではないか。
科学者として立ち止まるポイントじゃなかったか?

狸様が引用された(実際にはサイトにアクセスできない)慶応大学医学部教授の吉村昭彦博士の考えは間違っていると想像します。

というか、STAPを潰したい学者たちの本音はわかりませんが、
ある学者は、(2)が達成できると考えていた(間違った考えをもっていた、動物発生学を知らなかった)であろうし、ある学者は、(2)が達成不可能としっていてそれでも、(2)から(1)へとすりかえたと思います。

遺伝子学をやっている研究者たちは、(2)が達成不可能であることを知らなかったと思いますね。
なぜなら、基礎の細胞学者ですから、かなりの人が(2)が達成不可能であることを知らなかったのですから・・・。だから、あれだけ騒いだのです。

STAPは、TCRの機能、動物発生学をしらない学者の層によって潰されたのです。

キメラマウスは緑に光っていました。
これは、STAP-T細胞からできたのかは不明ですが、STAPからできたのは確かです。
ですから、ネーチャー編集部は、これをもって、論文をアクセプトしたのです。
キメラマウスは、分化したT細胞からできたとの証明がない状態で、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを認めたのです。
認めたのは、査読者とネーチャー編集部です。

笹井先生の説明はそういう意味です。

どういう細胞間のせめぎあいの結果、キメラができたのかについては、今後の研究にゆだねるということではないでしょうか?

以上は、私の推論です。
皆様方のご意見をいただきたいです。



コメント(34)
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学さん

やっぱり、学さんは根本的に判っていないのですね。

>元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。


「分化したT細胞」からキメラを作ろうとしたのではありませんよ。

「分化したT細胞から作られたSTAP細胞」からキメラを作ろうとしたのです。

Nature論文著者らの主張によれば、「STAP細胞は三胚葉のいずれにも分化しうる多能性細胞であり、皮下に埋めこめばテラトーマを形成し、初期胚に移植すればキメラマウスになる多能性細胞である」ということです。


すなわち、ES細胞やiPS細胞のような多能性細胞であって、T細胞ではないのですよ。 そこが理解できていないのではないですか?削除
2018/6/7(木) 午前 8:55[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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「元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。
分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです。」

上記が真であると仮定すると、STAP細胞は元の細胞由来のライフサイクルなどの性質を保持しているということで、初期化していないか、贔屓目に見ても部分的ということになりますね。
また、T細胞由来のSTAP細胞はじき死滅して多能性に寄与しないのであれば、Nature論文でTCR再構成があると示した実験には意味がないことになります。多能性の由来はいよいよ不明であって、セレクションまたはコンタミである可能性が高まるということになります。
仮にこれを著者が投稿前に認識していたなら研究不正だし、特許も虚偽申請でしょう。

また、SCIENCEの査読者No1の見解は当たりであったということですね。キメラでTCR再構成が認められたという図表はパチもんだということですから。削除
2018/6/7(木) 午前 9:05[ plus99% ]返信する
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つまり、学さんがエラそうに述べている

>分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです

というのは、T細胞に分化してから起きる事であり、
ただ単に遺伝子配列上でTCR再構成があるだけで、タンパクとしてのTCRを発現しない細胞には関係のない話です。

発生が進んで、このTCR再構成された多能性細胞からT細胞になった際には免疫不全の状態になるのではないか? というのが吉村先生らの疑問だったと理解してますが、、


学さんは、TCRをタンパクとして発現しているT細胞の話を、ただ単に遺伝子配列上にTCR再構成を残していてタンパクとしては発現していない多能性細胞に、間違って当てはめているのではないでしょうか?削除
2018/6/7(木) 午前 9:06[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学さん

「元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです。」の根拠をご提示ください。
長くなるので ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=12149 に当方の意見を書きました。
狸さんが説明を求めていますということを書いたので、当方の意見も書きましたのでご参考までに。削除
2018/6/7(木) 午前 9:51[ ため息 ]返信する

> ため息さん

>がん細胞を 特異的に殺すT細胞からi PS細胞を作製するととも に、そのiPS細胞から同 じがん抗原と反応するT細 胞を大量に分化誘導…

先生、質問ありがとうございます。

この研究は、がん患者のT細胞を人工的に改変させて又戻すという治療だと思います。患者本人のT細胞は、患者の体内で、がん抗原という刺激を受けて増殖維持されるとのストーリーです。

STAPーT細胞は別の生き物に注入する実験です。

当方、今は携帯で打ち込んでいるので、うまく書けません。削除
2018/6/7(木) 午後 1:46学とみ子
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>TCR再構成されたT細胞が初期化されたら 寿命がどうなるかを調べた報告はないで しょ?

無いでしょうね。遺伝子挿入しないでT細胞が初期化されたというのが無いでしょうから…削除
2018/6/7(木) 午後 4:21学とみ子
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学さん

>遺伝子挿入しないでT細胞が初期化されたというのが無いでしょうから…

えつ! 小保方氏の擁護者だと思ってたら、STAP細胞全否定ですか?削除
2018/6/7(木) 午後 6:25[ yuu*ach*_h*g*rashi ]返信する
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なに、とぼけた返事なの?
(2)が達成不可能であることの根拠は何?と聞いているんですよ。T細胞は寿命が短いからと言うから、初期化されたら寿命が変わる可能性があるでしょ?と聞いたんですよ。
TCR再構成後のT細胞が山中因子で初期化されたら、増殖し3種類の胚葉になる(ttps://www.jst.go.jp/pr/announce/20130104-3/index.html)のだからキメラ動物になる可能性があるでしょ?もし酸などのストレスがTCR再構成後のT細胞を初期化するんだったら同様に3種類の胚葉になる可能性があるし、キメラ動物になる可能性があるでしょ?こういう可能性を考えて実験したんでしょうが。

証明にTCR再構成を利用しようとした西川、笹井、丹羽先生等、あるいは慶應の吉村先生も、学さんとは違いできるはずがないのを知らない、無知な方々だったと言うんですね。削除
2018/6/7(木) 午後 6:37[ ため息 ]返信する

やっぱり、学さんは遺伝子とタンパクの違いが認識できていないようですね。

T細胞のアポトーシスは非常に複雑な制御があるようですが、そのアポトーシスは基本的に細胞膜上にタンパクとして存在しているTCRを介して起こるのですね。

遺伝子配列上ではTCR再構成があってもタンパクとしてTCRを発現していない多能性細胞に対しては、T細胞のようなアポトーシスは起こらないという発想ができないのでしょう。削除
2018/6/7(木) 午後 7:56[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
そういう話はしていません。
もう、かみ合わないのですからやめませんか?

T細胞は、持ち主の中でしか働かないMHC拘束性の細胞で、(他に移されるとかで)人工的に持ち主からT細胞をはなしてしまうと、T細胞はアポトーシスで死ぬ細胞だと言っています。削除
2018/6/7(木) 午後 9:14学とみ子
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ちょっと臨床の話をすると、白血病などの治療法として、同種骨髄移植という治療があります。HLA(ヒトにおけるMHC)ミスマッチの同種骨髄移植では、人工的にMHCが異なる他人に移された造血幹細胞が、移植先でT細胞に分化し、死ぬ事なく生存する結果、移植された患者さんの皮膚、肝臓、消化管などを「他人」と判断して免疫攻撃する病態がよく知られています(GVHDと呼ばれています)。なので、T細胞は人工的に他者に移されても、生存し免疫細胞として機能すると思いますよ。削除
2018/6/8(金) 午前 6:25[ L ]返信する
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> 学とみ子さん

>そういう話はしていません。
>もう、かみ合わないのですからやめませんか?

いえいえ、T細胞由来のSTAP細胞から作成されるキメラマウスの話をしているのですから、話はずれてはいませんよ。

噛み合わないのは、学さんが肝心な部分から逃げ回って、話をすり替えているからではないでしょうか?


>T細胞は、持ち主の中でしか働かないMHC拘束性の細胞で、(他に移されるとかで)人工的に持ち主からT細胞をはなしてしまうと、T細胞はアポトーシスで死ぬ細胞だと言っています。


そんなことは判っています。 これはT細胞の話ですね。
キメラマウスは、「T細胞」から作成したのではなく、「T細胞を初期化して得られたSTAP細胞」から作成された、という話なんですよ。

T細胞のアポトーシスの話は関係ありませんね。


まさか、「TCRを介してアポトーシスを起こす」というT細胞の性質が、「三胚葉どの組織の細胞にも分化しうる多能性細胞であるSTAP細胞」にも残っていると思っているのですか?削除
2018/6/8(金) 午前 9:30[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学さん

>T細胞は、持ち主の中でしか働かないMHC拘束性の細胞で・・

T細胞から作ったSTAP細胞(有ればですが)は、T細胞ではない(T細胞の痕跡を持つSTAP細胞)という簡単な事実も理解できませんか?削除
2018/6/8(金) 午前 10:04[ yuu*ach*_h*g*rashi ]返信する

Lさん

臓器移植の場合は、臓器内にあるド ナーT細胞が作用することがありま すが、長期的にはレシピエントT細 胞が移 植臓器を攻撃します。

つまり、他者からのT細胞は不利で す。

骨髄、臓器移植をする時に、患者さ んの免 疫力を落とすとかの処理が あると思い ます。移植後も、ズー と免疫抑制剤を使い、コントロール します。これらは、レシピエントのT 細胞の働きを抑えるためです。

MHCの違いをどこまで許 容してド ナーを選ぶとかの問題もあります。

理研の研究も、患者のT細胞を活性 化させることを治療目的としていま す。患者胸腺でT細胞を教育させると ありますね。削除
2018/6/8(金) 午前 11:54学とみ子
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学さん

>臓器移植の場合は、臓器内にあるド ナーT細胞が作用することがありま すが・・

また話がズレてますよ、上のコメント(2018/6/8(金) 午前 9:30 [yap*ari*w*katt*na* ] )
でも指摘されてますが、また逃げる気ですか?削除
2018/6/8(金) 午後 3:31[ カブ ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
>キメラマウスは、「T細胞」から作成したのではなく、「T細胞を初期化して得られたSTAP細胞」から作成された、という話なんですよ。

T細胞を初期化して得られたSTAP細胞は、多能性を獲得し、元の起源の細胞が持っていた機能を捨て去り、一度も分化したことのないESのようなまっさらな状態にならなきゃおかしいとの主張ですか?

遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、そうならなきゃ、おかしいだろうと言うのがES派の主張ですか?削除
2018/6/8(金) 午後 6:52学とみ子
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> Lさん
>T細胞は人工的に他者に移されても、生存し免疫細胞として機能すると思いますよ。
骨髄移植の場合、ドナーの血液系は免疫抑制しておいて、ドナーの骨髄移植細胞に血液ごと入れ替わると言う治療ですね。つまり、ドナーの血液をレシピエントの血液と入れ替えるということです。。だから、元ドナーの血液がレシピエントの臓器を攻撃するとなりますが、血液細胞は攻撃されません。特殊な条件なので、T細胞が生存できるのではないでしょうか?削除
2018/6/8(金) 午後 9:33学とみ子
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学とみ子さん

>遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、そうならなきゃ、おかしいだろうと言うのがES派の主張ですか?


遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、

そうなったという結果がでなかったなら、そうなったと主張したらいかんでしょ、

とNスペの科学者の方々は言っているんだと思いますが。
そうなったと言えない結果がでたときには、立ち止まって徹底的に調べるべきだと、それでもそういう結果がでないとなったら論文掲載させちゃいかんでしょ、と。
TCR再構成をどう考えるかには関係なく、これは筋の通った言い分だと思いますよ。削除
2018/6/9(土) 午前 0:25[ plus99% ]返信する
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> 学とみ子さん
ちょっと面白い議論ですね(本題とは大きくずれますが)。一般の臓器移植とは異なり、骨髄移植では免疫系も入れ替えることになるので、ドナーのT細胞はレシピエントの免疫による攻撃を受けません。

本題に少し寄せて、T細胞をMHCが異なるマウス胚に注入した場合どうなるかを、もう一回考えてみましょう。この場合、注入されたT細胞が排除されるメカニズムは、免疫によると考えますか? マウス胚で、リンパ球による免疫が育ってくるのは、胎生後期になるので、注入して数日間は、レシピエントからの免疫反応による排除機構が働くとは考えにくいです。骨髄移植の場合と同じになると思いませんか?

ちなみに、GVHDには輸血製剤に混入するT細胞によって起きるものも知られています。他人のT細胞が、immunocompetentなレシピエントに入る場合も、除去されずにレシピエントを免疫攻撃する事になります。なので、輸血製剤は、原則放射線をかけて、混入リンパ球を完全に殺してから使用されます。削除
2018/6/9(土) 午前 6:12[ L ]返信する
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> Lさん

>原則放射線をかけて、混入リンパ球を完全に殺してから使用されます。

そうですね。これは、急性のGVHDでしょう。

胚は、免疫寛容状態でしょうから、キメラができますね。血液細胞ができてこないとGVHDはおきないでしょうから、キメラのどの時点でどちらの細胞由来とかの話になると思いますが・・・。

いづれにしろ、胚は免疫不全状態でないとキメラはできないですね。
キメラの構成細胞はどうなっていたのでしょうかね?痕跡TCR細胞も一部まじっていたかもしれません。しかし、私は増殖力では不利と考えましたが、あくまで想像です。構成部分によって元の細胞起源が異なるかも・・の可能性も考えられますよね。どうなのでしょうか。
STAP実験では、私は蛍光だけで十分だと思うのですが。削除
2018/6/9(土) 午前 6:50学とみ子
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> plus99%さん
>論文掲載させちゃいかんでしょ、

緑のキメラができたらSTAP由来細胞がキメラ構成に貢献したのです。それだけで十分ではないでではないですか?構成細胞は何でもよいのです。
毎回、毎回で、キメラの構成細胞は違うかもしれません。
笹井氏もこらからの仮説と言っていたし・・。

早く、早くが新規論文の世界だと思います。
先を越されたら、論文になりません。

若手実験者が書いた感想文章を読むと、そのあせりが感じられます。削除
2018/6/9(土) 午前 6:59学とみ子
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学とみ子さん

キメラを作ったことで十分か否かという問題と

「遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張した」
そうなったという結果がでなかったのに、そうなったと論文に記述する

というのは別の問題です。

「キメラができた」というだけではNature掲載にいたらなかったであろうということはSCIENCE、Natureの査読から推測できます。

そうなったという実験結果がでていないのにそうなったと論文に記述したなら不正行為です。
「これからの仮説」はこれからの仮説であるとわかるように論文に書かねばならないことでしょう。
先を越されたら論文にならないからこそ、エディターに誤認させて掲載させたなら大問題であり、それがSTAP論文の非難されたことです。削除
2018/6/9(土) 午前 9:52[ plus99% ]返信する
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学とみ子さん

キメラの構成細胞が材料となったマウスのどの部分であるかは、

a)実際に胚に挿入されキメラに貢献する細胞は数個であるから、確率的な問題であり、T細胞由来の細胞が確認できなくても不思議はない

ということと、

b)T細胞由来のものはSTAP細胞になった後、必ず選択的に死滅しキメラに貢献しないであろう

では全く違います。
また、

c) T細胞由来のものは 生存に不利であるからキメラで観測できることは確率的に非常に低い

という推論もb)とは全く意味がちがいます。(つづく)削除
2018/6/9(土) 午前 9:57[ plus99% ]返信する
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(つづき)
b)であるなら、STAP細胞のTCR再構成実験から全くの無意味であり、執筆時にすでにb)の認識があったなら、TCR再構成が何か意味のあることのように論文に記述することがすでに不正だと思いますね。

これまでこのブログに引用された文章からは丹羽氏はa)の立場であるように思いますね。
同じく引用された範囲では笹井氏もSTAP細胞への「なりやすさ」が細胞の種類ごとにちがうことは述べているようですが、STAP細胞に変化して後の生存の有利不利について述べていないように思いますね。

また、学とみ子さんの意見はいつの間にかb)からc)にシフトしているように思いますね。削除
2018/6/9(土) 午前 9:58[ plus99% ]返信する

> plus99%さん

>エディターに誤認させて掲載 させたなら大問題であり、それがST AP論文の非難されたことです。

プロであるエディターも査読者も、TCRが無くても良いと判断しました。

ES論者は、TCRは論文の根幹に関わるとの誤った情報を流しました。アクロシン問題の重要性に比べれば、TCRは修正されており問題では無くなってるのです。

しかし、何が大事なのか?一般人にはわかりません。あなたも未だに理解できてないです。

TCR問題は、若山時代に多くの実験がされていた事を証明するものとして重要性があります。削除
2018/6/9(土) 午後 2:18学とみ子
返信する
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学とみ子さん

>プロであるエディターも査読者も、TCRが無くても良いと判断しました。

論文にはSTAP細胞でTCR再構成が確認されたときちんと書いてありますよ。
キメラと幹細胞に関してはぼやかしたのです。

そして「修正されて問題ではなくなって」はいません。
TCR再構成の疑惑よりもっと明確に、STAP細胞が実在しなかったと疑わせる疑義がたくさん見つかり、相対的に重要度が下がったというだけです。
笹井氏、丹羽氏の言い訳は
「STAP幹細胞でTCR再構成が見られなかったことはありえることであって、隠蔽していたことで即、STAP細胞は存在しないという論理に結びつけないでくれ」
と言っているだけで、STAP幹細胞でTCR再構成が確認できなくて何が悪い、とは言っていないと思いますが。
(つづく)削除
2018/6/9(土) 午後 3:45[ plus99% ]返信する
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(つづき)
論文作成時にSTAP細胞ができていたとは信じていない人には問題ではなくなっていますね。確かに。
仮にSTAP細胞があった可能性を少しなりとも信じる立場をとるなら、問題であることは変わっていないと思いますよ。

そうでないというなら、狸氏の、論文に記述されているキメラマウスの尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験はなんの目的で行い、何が判明したんでしょうね、という疑問に正面から答えて見せるといいと思いますね。削除
2018/6/9(土) 午後 3:46[ plus99% ]返信する

> plus99%さん

>STAP細胞でTCR再構成が確 認されたときちんと書いてあります よ。

STAPは人工培地、キメラは生き物。
条件が全く違う。

こうした区別がつかないのは、残念だね。

前にも書いたけど、最終論文で、STAPのTCRゲルを消せない理由があったのでは…。

例えば、西川先生、若山先生、
実験担当者に対する遠慮とか…。削除
2018/6/9(土) 午後 4:22学とみ子
返信する

> plus99%さん

>キメラマウスの 尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験は なんの目的で行い、何が判明したん でしょうね、

私の推論は何度か、すでに書いてます。

西川先生のアドバイスで、若山時代に、誰かが実験したのでないでしょうか?
若山時代の実験の実態は、小保方氏は語りません。

STAP細胞まではTCRがあったのですが、キメラではTCR実験結果の解釈がよくわからなくなった…。サイエンスの査読者にミスとも言われた…。

以前に引用した「あの日」がそのTCRに関する議論を書いたものかは決めつける事はできませんが、可能性は高いと思います。ここを読むと、若山先生は登場しません。笹井先生、丹羽先生の考えで削除したと思います。

Plusさんは、どう思うのですか?削除
2018/6/9(土) 午後 5:17学とみ子
返信する
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学とみ子さん

>STAPは人工培地、キメラは生き物。
条件が全く違う。
>こうした区別がつかないのは、残念だね。

そうですよ、学とみ子さん、まさにそれが重要なことなんですよ。

人工培地上でどんなマーカー値がでたところで、それは多能性細胞の判定としては不十分です。
それと同じように、TCR再構成痕のある細胞が人工培地上でどんなマーカー値がでたところで、それは多能性細胞の判定としては不十分です。
キメラでTCR再構成痕のある細胞が観察できなければ、TCR再構成痕のある細胞が多能性を獲得したということはできないわけです。(つづく)削除
2018/6/9(土) 午後 5:21[ plus99% ]返信する
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(つづき)
これは、なにがしかの方法でTCR再構成の痕跡を持つ細胞とそうでない細胞を完全に分ける方法があったなら、という思考実験をしてみればこの問題の意味することが理解できるでしょう。

TCR再構成痕跡がある細胞のみを使用してキメラ実験が成功しなかった時にはそれをどう判定するかという問いになります。
その時は判別法に従い、TCR再構成痕跡のあるSTAP細胞は多能性がない、ということになり、完全に分化した細胞からリプログラミングによってSTAP細胞がつくることができたという証明は無に帰すことになります。


遠慮で目的のない実験を論文に記載して不正に問われてしまうなど阿呆の極みだと思いますよ。削除
2018/6/9(土) 午後 5:22[ plus99% ]返信する
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学とみ子さん

>私の推論は何度か、すでに書いてます。

どこに書いてあるやら私にはわかりません。狸氏もわからないようですよ。

再度説明するもしないもどうぞご随意に。

私は、これまでの議論から、筋の通った説明があるという期待は全然しておりません。

ただ、かなり論理の把握力のある狸氏がわからないと書いたのだから大半の人には分からないでしょう。


>西川先生のアドバイスで、若山時代に、誰かが実験したのでないでしょうか?
>若山時代の実験の実態は、小保方氏は語りません。
>笹井先生、丹羽先生の考えで削除したと思います。

誰の考えで、どのような過程で、という話ではないと思いますよ。
論文という形で発表したのですから、その主要な主張を支える実験データがあるような、ないような、
ということが許されるかどうかという話だと思いますね。削除
2018/6/9(土) 午後 5:59[ plus99% ]返信する
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学とみ子さん

>Plusさんは、どう思うのですか?

私の考えですか?
キメラマウスの 尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験は 、

酸性溶液につけて初期化を行い元のマウスの生体内にあった時の細胞の性質を失っても消えない痕跡として、T細胞の TCR再構成のDNA上の痕跡を追跡するという実験方法を考案したのですから、培地上のSTAP細胞だけではなく、キメラにおいてもこの痕跡が追跡できましたというのがこの実験の目標であったと思いますよ。

これがうまくできたなら、

元のマウスの体内で完全に分化しきった細胞からでもSTAP細胞がつくることができ、それは完全に初期化されており、キメラマウスの三胚葉すべてに寄与する

ということを証明するというのが目的ですね。

その場合わかることは、

STAP細胞は
マウスの体内に残っているまだ未分化細胞のセレクションである可能性と、各種の幹細胞が亜致死性刺激で部分的なリプログラミングを起こし多能性を獲得した可能性が排除され、MUSE細胞などの既知の多能性細胞とはまったく違うものであることがわかる

ということですね削除
2018/6/9(土) 午後 6:00[ plus99% ]返信する




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コメント

No title

plus99%
学とみ子さん

>Plusさんは、どう思うのですか?

私の考えですか?
キメラマウスの 尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験は 、

酸性溶液につけて初期化を行い元のマウスの生体内にあった時の細胞の性質を失っても消えない痕跡として、T細胞の TCR再構成のDNA上の痕跡を追跡するという実験方法を考案したのですから、培地上のSTAP細胞だけではなく、キメラにおいてもこの痕跡が追跡できましたというのがこの実験の目標であったと思いますよ。

これがうまくできたなら、

元のマウスの体内で完全に分化しきった細胞からでもSTAP細胞がつくることができ、それは完全に初期化されており、キメラマウスの三胚葉すべてに寄与する

ということを証明するというのが目的ですね。

その場合わかることは、

STAP細胞は
マウスの体内に残っているまだ未分化細胞のセレクションである可能性と、各種の幹細胞が亜致死性刺激で部分的なリプログラミングを起こし多能性を獲得した可能性が排除され、MUSE細胞などの既知の多能性細胞とはまったく違うものであることがわかる

ということですね

No title

plus99%
学とみ子さん

>私の推論は何度か、すでに書いてます。

どこに書いてあるやら私にはわかりません。狸氏もわからないようですよ。

再度説明するもしないもどうぞご随意に。

私は、これまでの議論から、筋の通った説明があるという期待は全然しておりません。

ただ、かなり論理の把握力のある狸氏がわからないと書いたのだから大半の人には分からないでしょう。


>西川先生のアドバイスで、若山時代に、誰かが実験したのでないでしょうか?
>若山時代の実験の実態は、小保方氏は語りません。
>笹井先生、丹羽先生の考えで削除したと思います。

誰の考えで、どのような過程で、という話ではないと思いますよ。
論文という形で発表したのですから、その主要な主張を支える実験データがあるような、ないような、
ということが許されるかどうかという話だと思いますね。

No title

plus99%
(つづき)
これは、なにがしかの方法でTCR再構成の痕跡を持つ細胞とそうでない細胞を完全に分ける方法があったなら、という思考実験をしてみればこの問題の意味することが理解できるでしょう。

TCR再構成痕跡がある細胞のみを使用してキメラ実験が成功しなかった時にはそれをどう判定するかという問いになります。
その時は判別法に従い、TCR再構成痕跡のあるSTAP細胞は多能性がない、ということになり、完全に分化した細胞からリプログラミングによってSTAP細胞がつくることができたという証明は無に帰すことになります。


遠慮で目的のない実験を論文に記載して不正に問われてしまうなど阿呆の極みだと思いますよ。

No title

plus99%
学とみ子さん

>STAPは人工培地、キメラは生き物。
条件が全く違う。
>こうした区別がつかないのは、残念だね。

そうですよ、学とみ子さん、まさにそれが重要なことなんですよ。

人工培地上でどんなマーカー値がでたところで、それは多能性細胞の判定としては不十分です。
それと同じように、TCR再構成痕のある細胞が人工培地上でどんなマーカー値がでたところで、それは多能性細胞の判定としては不十分です。
キメラでTCR再構成痕のある細胞が観察できなければ、TCR再構成痕のある細胞が多能性を獲得したということはできないわけです。(つづく)

No title

学とみ子
> plus99%さん

>キメラマウスの 尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験は なんの目的で行い、何が判明したん でしょうね、

私の推論は何度か、すでに書いてます。

西川先生のアドバイスで、若山時代に、誰かが実験したのでないでしょうか?
若山時代の実験の実態は、小保方氏は語りません。

STAP細胞まではTCRがあったのですが、キメラではTCR実験結果の解釈がよくわからなくなった…。サイエンスの査読者にミスとも言われた…。

以前に引用した「あの日」がそのTCRに関する議論を書いたものかは決めつける事はできませんが、可能性は高いと思います。ここを読むと、若山先生は登場しません。笹井先生、丹羽先生の考えで削除したと思います。

Plusさんは、どう思うのですか?

No title

学とみ子
> plus99%さん

>STAP細胞でTCR再構成が確 認されたときちんと書いてあります よ。

STAPは人工培地、キメラは生き物。
条件が全く違う。

こうした区別がつかないのは、残念だね。

前にも書いたけど、最終論文で、STAPのTCRゲルを消せない理由があったのでは…。

例えば、西川先生、若山先生、
実験担当者に対する遠慮とか…。

No title

plus99%
(つづき)
論文作成時にSTAP細胞ができていたとは信じていない人には問題ではなくなっていますね。確かに。
仮にSTAP細胞があった可能性を少しなりとも信じる立場をとるなら、問題であることは変わっていないと思いますよ。

そうでないというなら、狸氏の、論文に記述されているキメラマウスの尻尾のTCR-β鎖遺伝子再編成試験はなんの目的で行い、何が判明したんでしょうね、という疑問に正面から答えて見せるといいと思いますね。

No title

plus99%
学とみ子さん

>プロであるエディターも査読者も、TCRが無くても良いと判断しました。

論文にはSTAP細胞でTCR再構成が確認されたときちんと書いてありますよ。
キメラと幹細胞に関してはぼやかしたのです。

そして「修正されて問題ではなくなって」はいません。
TCR再構成の疑惑よりもっと明確に、STAP細胞が実在しなかったと疑わせる疑義がたくさん見つかり、相対的に重要度が下がったというだけです。
笹井氏、丹羽氏の言い訳は
「STAP幹細胞でTCR再構成が見られなかったことはありえることであって、隠蔽していたことで即、STAP細胞は存在しないという論理に結びつけないでくれ」
と言っているだけで、STAP幹細胞でTCR再構成が確認できなくて何が悪い、とは言っていないと思いますが。
(つづく)

No title

学とみ子
> plus99%さん

>エディターに誤認させて掲載 させたなら大問題であり、それがST AP論文の非難されたことです。

プロであるエディターも査読者も、TCRが無くても良いと判断しました。

ES論者は、TCRは論文の根幹に関わるとの誤った情報を流しました。アクロシン問題の重要性に比べれば、TCRは修正されており問題では無くなってるのです。

しかし、何が大事なのか?一般人にはわかりません。あなたも未だに理解できてないです。

TCR問題は、若山時代に多くの実験がされていた事を証明するものとして重要性があります。

No title

plus99%
(つづき)
b)であるなら、STAP細胞のTCR再構成実験から全くの無意味であり、執筆時にすでにb)の認識があったなら、TCR再構成が何か意味のあることのように論文に記述することがすでに不正だと思いますね。

これまでこのブログに引用された文章からは丹羽氏はa)の立場であるように思いますね。
同じく引用された範囲では笹井氏もSTAP細胞への「なりやすさ」が細胞の種類ごとにちがうことは述べているようですが、STAP細胞に変化して後の生存の有利不利について述べていないように思いますね。

また、学とみ子さんの意見はいつの間にかb)からc)にシフトしているように思いますね。

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plus99%
学とみ子さん

キメラの構成細胞が材料となったマウスのどの部分であるかは、

a)実際に胚に挿入されキメラに貢献する細胞は数個であるから、確率的な問題であり、T細胞由来の細胞が確認できなくても不思議はない

ということと、

b)T細胞由来のものはSTAP細胞になった後、必ず選択的に死滅しキメラに貢献しないであろう

では全く違います。
また、

c) T細胞由来のものは 生存に不利であるからキメラで観測できることは確率的に非常に低い

という推論もb)とは全く意味がちがいます。(つづく)

No title

plus99%
学とみ子さん

キメラを作ったことで十分か否かという問題と

「遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張した」
そうなったという結果がでなかったのに、そうなったと論文に記述する

というのは別の問題です。

「キメラができた」というだけではNature掲載にいたらなかったであろうということはSCIENCE、Natureの査読から推測できます。

そうなったという実験結果がでていないのにそうなったと論文に記述したなら不正行為です。
「これからの仮説」はこれからの仮説であるとわかるように論文に書かねばならないことでしょう。
先を越されたら論文にならないからこそ、エディターに誤認させて掲載させたなら大問題であり、それがSTAP論文の非難されたことです。

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学とみ子
> plus99%さん
>論文掲載させちゃいかんでしょ、

緑のキメラができたらSTAP由来細胞がキメラ構成に貢献したのです。それだけで十分ではないでではないですか?構成細胞は何でもよいのです。
毎回、毎回で、キメラの構成細胞は違うかもしれません。
笹井氏もこらからの仮説と言っていたし・・。

早く、早くが新規論文の世界だと思います。
先を越されたら、論文になりません。

若手実験者が書いた感想文章を読むと、そのあせりが感じられます。

No title

学とみ子
> Lさん

>原則放射線をかけて、混入リンパ球を完全に殺してから使用されます。

そうですね。これは、急性のGVHDでしょう。

胚は、免疫寛容状態でしょうから、キメラができますね。血液細胞ができてこないとGVHDはおきないでしょうから、キメラのどの時点でどちらの細胞由来とかの話になると思いますが・・・。

いづれにしろ、胚は免疫不全状態でないとキメラはできないですね。
キメラの構成細胞はどうなっていたのでしょうかね?痕跡TCR細胞も一部まじっていたかもしれません。しかし、私は増殖力では不利と考えましたが、あくまで想像です。構成部分によって元の細胞起源が異なるかも・・の可能性も考えられますよね。どうなのでしょうか。
STAP実験では、私は蛍光だけで十分だと思うのですが。

No title

L
> 学とみ子さん
ちょっと面白い議論ですね(本題とは大きくずれますが)。一般の臓器移植とは異なり、骨髄移植では免疫系も入れ替えることになるので、ドナーのT細胞はレシピエントの免疫による攻撃を受けません。

本題に少し寄せて、T細胞をMHCが異なるマウス胚に注入した場合どうなるかを、もう一回考えてみましょう。この場合、注入されたT細胞が排除されるメカニズムは、免疫によると考えますか? マウス胚で、リンパ球による免疫が育ってくるのは、胎生後期になるので、注入して数日間は、レシピエントからの免疫反応による排除機構が働くとは考えにくいです。骨髄移植の場合と同じになると思いませんか?

ちなみに、GVHDには輸血製剤に混入するT細胞によって起きるものも知られています。他人のT細胞が、immunocompetentなレシピエントに入る場合も、除去されずにレシピエントを免疫攻撃する事になります。なので、輸血製剤は、原則放射線をかけて、混入リンパ球を完全に殺してから使用されます。

No title

plus99%
学とみ子さん

>遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、そうならなきゃ、おかしいだろうと言うのがES派の主張ですか?


遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、

そうなったという結果がでなかったなら、そうなったと主張したらいかんでしょ、

とNスペの科学者の方々は言っているんだと思いますが。
そうなったと言えない結果がでたときには、立ち止まって徹底的に調べるべきだと、それでもそういう結果がでないとなったら論文掲載させちゃいかんでしょ、と。
TCR再構成をどう考えるかには関係なく、これは筋の通った言い分だと思いますよ。

No title

学とみ子
> Lさん
>T細胞は人工的に他者に移されても、生存し免疫細胞として機能すると思いますよ。
骨髄移植の場合、ドナーの血液系は免疫抑制しておいて、ドナーの骨髄移植細胞に血液ごと入れ替わると言う治療ですね。つまり、ドナーの血液をレシピエントの血液と入れ替えるということです。。だから、元ドナーの血液がレシピエントの臓器を攻撃するとなりますが、血液細胞は攻撃されません。特殊な条件なので、T細胞が生存できるのではないでしょうか?

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん
>キメラマウスは、「T細胞」から作成したのではなく、「T細胞を初期化して得られたSTAP細胞」から作成された、という話なんですよ。

T細胞を初期化して得られたSTAP細胞は、多能性を獲得し、元の起源の細胞が持っていた機能を捨て去り、一度も分化したことのないESのようなまっさらな状態にならなきゃおかしいとの主張ですか?

遺伝子挿入もせず、簡単な酸浴で、臓器細胞すべて(特にT細胞)がES並みに巻き戻ることを示したのがSTAP細胞だと著者らが主張したのだから、そうならなきゃ、おかしいだろうと言うのがES派の主張ですか?

No title

カブ
学さん

>臓器移植の場合は、臓器内にあるド ナーT細胞が作用することがありま すが・・

また話がズレてますよ、上のコメント(2018/6/8(金) 午前 9:30 [yap*ari*w*katt*na* ] )
でも指摘されてますが、また逃げる気ですか?

No title

学とみ子
Lさん

臓器移植の場合は、臓器内にあるド ナーT細胞が作用することがありま すが、長期的にはレシピエントT細 胞が移 植臓器を攻撃します。

つまり、他者からのT細胞は不利で す。

骨髄、臓器移植をする時に、患者さ んの免 疫力を落とすとかの処理が あると思い ます。移植後も、ズー と免疫抑制剤を使い、コントロール します。これらは、レシピエントのT 細胞の働きを抑えるためです。

MHCの違いをどこまで許 容してド ナーを選ぶとかの問題もあります。

理研の研究も、患者のT細胞を活性 化させることを治療目的としていま す。患者胸腺でT細胞を教育させると ありますね。
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