ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。

2018/6/10(日) 午前 0:29 Ooboe氏が、学への揚げ足応答に関するヤッパリ氏の専従活動を紹介してくれました。茶字

ある日のヤッパリ氏のコメント履歴です
午後お昼御飯も食べず
0.11 0.21 0.34 0.48
 0.50 1.02 1.11
 1.12 1.23 1.30
 1.50 1.52 3.15
 3.20 3.31 3.37
 3.50
すさまじいpcにはりついての書き込みでしたね。

これを受けて、ヤッパリ氏考を書いてみました。
以下のような書き込みを見ますと、Ooboeさんご指摘のように、ヤッパリ氏がプロの研究者と思われる部分ですね。
2018/6/6(水) 午前 8:16[ yap*ari*w*katt*na* ]青字
Nature論文が、他の細胞のデータはほとんど出さずに造血系細胞のデータ主体にしたのは、「TCR再構成を根拠に、選択ではなく初期化であることを示したかったからだと考えるのが妥当だと思いますが。


実は、ヤッパリ氏は当ブログへいろいろ情報提供をしてくれていて、お世話になっています。
しかし、学とみ子を否定する最近の書き込みは目にあまるようになりました。

私がでたらめを書いているわけではないことをここに書かなければいけないのですが、やはり、そこを強調するためには、私以外の方からの書き込みの応援がありがたいです。

そうした意味で、Kさんからの以下のタイトル記事への書き込みがあり、私は助かりました。青字
[ K ] 2018/6/9(土) 午後 9:46
TCRのデータは若山指導論文の残渣だろう。
そもそもTCRは西川氏のアドバイスを受けて若山がこだわったことではないか。当初STAP幹細胞で若山研スタッフが確認した報告があって、その後追試で失敗したことを知りながらも無視した。TCR問題は完全に若山の責任。

ブログは、公開の不特定多数が見るツールである限り、ブログ主は誰かから「当ブログがでたらめ情報である」と書き込まれたら反論したくなります。

逆に、書き込まれた情報の方が正しければ、ブログ主は訂正をしたいと思います。

ブログ主が、誰かからの情報の方がでたらめと判断できる場合は、当然、訂正はいたしません。
ブログ主にでたらめかどうかの判断能力が無ければ、ブログはそのままになります。

Lさんも、学とみ子情報がでたらめな部分と思うことがありましたら、よろしくご指摘をお願いします。それでないと、チャンネル5に書き込まれているように、学とみ子情報は全部でたらめになってしまいますので・・・。

さて、Ooboe氏がヤッパリ氏の素性に興味を持たれており、やっぱり氏考を続けます。

長年、学者をされてきた方であるのは間違いないとは思いますが、社会的にどこまで上り詰めた方なのか、すでに研究所を引退している身分なのか、今はどのようなお仕事についているのでしょうか?

もしかすると、ES論者をまとめているスターブレインからもしれませんね。
いずれにしろ、見ず知らずの不特定多数に対して、これだけいばって不遜な態度をとれるということはすごいです。
一方で、ヤッパリ氏は、ご自身より明らかに知識が少ないと思う相手に対しては、やさしく親切であることは、皆さまの良く知るところです。

威張る人は、結局、威張る人自らが間違った時には、言い訳がつかなくなり、いくら謝っても、社会は許してくれないということになります。

私たちが他人に寛容でありたいと思うのは、いつでも、自分自身にもミスがあるかもしれないと思っているからです。
しかし、社会的身分が高くなると、まわりの人たちは偉い人に遠慮して、間違いを指摘しません。かつて偉かった人が偉くなくなってしまった時には、社会から孤立しやすいです。

チャンネル5の紹介をしてくれた方がいらっしゃいましたが、ここを読むと、学とみ子が用語を間違って使った!との書き込みがあります。

この書き込みは複数です。
チャンネル5の書き込みによると、同じ意味の言葉なのに、違う言葉のように学とみ子が説明しているということらしいです。

iPS化と初期化は同じ意味なのに、学とみ子はそんな事もしらない!馬鹿丸出し!アハハ!
学とみ子がいかに無能ででたらめを書いているかを知らしめたい方がそここにおられます。

この指摘を受けて、学とみ子は、ここの言訳をします。

幸いなことに、今回も、ため息ブログで、例のアノ姐さんが解説してくれていますので、その部分を貼り付けました。青字

アノ姐 2018年6月9日 6:46 PM  
 管理者さま
 お疲れ様でした。
 女医さんの
「初期化ではなくiPS化です。」には笑わせていただきました。
 山中4因子と言われる4つの遺伝子の働きを利用して初期化したのがiPS細胞であること、さらに最近では、遺伝子そのものを挿入しなくても、これらの遺伝子が作るたんぱく質や他の科学物質を利用してiPS細胞ができるようになっていること程度はド素人の私でも理解しているのに、女医さんのオツムはどうなっているんでしょ。

学とみ子の理解では、iPS化と初期化の厳密な科学的な使い分けは無いとおもうのですが、私はわかりやすいように、以下の様に解釈して言葉を使い分けました。

iPS化は、ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま、遺伝子を挿入して無限に増殖できるように、改変したもの。現在、臨床応用に向けて研究されているのはこの方向であり、ESクローンやキメラ動物をつくるのが目的はない。

理研のがん研究も、三胚葉に分化させたのは、この能力があることを確認するための傍証である。がん抗原に反応できる特異的TCRを発現するT細胞を大量に得る事が目的である。
これを学とみ子はiPS化と呼んだ。

一方、初期化は、初期化遺伝子(山中因子)を入れて、ES細胞並みのキメラやテラトーマ形成能を持つように改変したもので、iPS化より幅広い言葉として使って良いのではないだろうか?

つまり、iPS化という言葉は、初期化という現象に限定的な条件を持たせたものと、私は解釈しています。
違う見解もあるかと思いますので、私の理解に対してご意見あれば、よろしくお願いいたします。

ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子が意図した”iPS化”とさせていただきます。
アノ姐 より:        
この違いについてのため息先生への解説作業をアノ姐さんに託してもよろしいでしょうか?
お手数ですが、よろしくお願いいたします。

参考までに、ウィキペディアのiPS細胞の説明は以下です。
ES細胞(胚性幹細胞)のように非常に多くの細胞に分化できる分化万能性 (pluripotency)[注 3]と、分裂増殖を経てもそれを維持できる自己複製能を持たせた細胞のこと。



ント(27)
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>学さん

もう止めようとおもっているのですが、ちとひどいので。
「iPS化」というのは学さんが作った言葉ですね?誰も使っていませんよね?
学さんによる定義は:
「iPS化は、ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま、遺伝子を挿入して無限に増殖できるように、改変したもの。」
ということですね。
しかし、オリジナルのiPS細胞とは「体細胞に、ごく少数の因子を導入し、培養することによって、様々な組織や臓器の細胞に分化する能力とほぼ無限に増殖する能力をもつ多能性幹細胞」ですね。ttps://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/faq/faq_ips.html
多能性幹細胞にすることをリプログラミング=初期化ということですね。ttps://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/1551.html
(続く)削除
2018/6/10(日) 午後 3:12[ ため息 ]返信する
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(続き)
学さんの言う「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」というiPS細胞があるのなら、その例をあげてください。

理研の記事(ttps://www.jst.go.jp/pr/announce/20130104-3/index.html)はT細胞を山中因子でiPS細胞にしてさらにT細胞に分化誘導した報告ですよ。分化誘導しなければ元のT細胞の性質は発現していないものですよ(図6の漫画を御覧ください)。

すでにある言葉を拡大解釈、間違って使う、あらたな定義のはっきりしない混乱するような言葉を作って説明・議論するので、皆さんが批判するのです。削除
2018/6/10(日) 午後 3:12[ ため息 ]返信する
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> ため息先生

ちとひどいのは、お互いさまです。

>遺伝子を挿入して無限に増殖できるように

断るまでもなく、挿入するのは山中4因子です。これだけいれれば初期化に十分とする遺伝子です。

>「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」というiPS細胞があるのなら、その例をあげてください。

これこそ、元のTCR再構成を残したがん抗原認識T細胞の誘導研究が、その例ではないのですか?

他もiPS化した細胞種があり、すでに臨床応用に入っているのもあります。先生ご自身で調べてください。

先生は、元の元までもどっての説明を求めてくるのです。
当方が意図しないことまで、先生は誤認して指摘してくるので、私は面食らいます。

今回は、先生の質問の質、お仲間のコメントがひどいので、私も対抗処置を行いました。
しかし、先生との問答で、これ以上の時間をつかいたくありません。

このまま、憎悪の連鎖にならぬよう、天の声に従って、そちらはそちら、こちらはこちらで行きたいと思います。

どうか、説明しろ!とかを言いに来ないでください削除
2018/6/10(日) 午後 4:54学とみ子
返信する
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学さん

「これこそ、元のTCR再構成を残したがん抗原認識T細胞の誘導研究が、その例ではないのですか?」
ちがいます。 ゆっくり考えてくださいな。
引用した理研の記事の図6のiPS細胞にT細胞レセプターが発現していないのを見てください。漫画ですけど、初期化されたら元のT細胞の特徴は見えないわけですね。それが初期化なんだから。
その後T細胞に分化誘導するとTCRの遺伝子は再構成されているので、元のTCR再構成のあるT細胞だけになるというのがこの記事の骨子です。
つまり、初期化されたら、元の細胞の特徴は見えなくなるということですよ。分化誘導しないと元のT細胞の特徴がでてこないということですよ。
初期化されたのだから「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」(もちろんDNAは維持されているので潜在的能力はありますよ)のiPS細胞はないと、愚鈍な小生は思うところですが、学さんのお考えを根拠を持って、コメント欄では字数制限があるから、ブログで解説してくださるよう、しつこいですけど、伏してお願いするわけです。削除
2018/6/10(日) 午後 6:45[ ため息 ]返信する

> 学とみ子さん

>>「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」というiPS細胞があるのなら、その例をあげてください。

>これこそ、元のTCR再構成を残したがん抗原認識T細胞の誘導研究が、その例ではないのですか?


やはり、学さんは遺伝子とタンパクの関係が理解できずに混同しているのですね。

TCRの遺伝子があるだけでタンパクとして発現していない多能性細胞ではT細胞としての能力は発揮しません。T細胞まで分化誘導させてTCRをタンパクとして発現するようになってT細胞としての能力を発揮するのですよ。削除
2018/6/10(日) 午後 7:41[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん


> 学とみ子さん

>>「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」というiPS細胞があるのなら、その例をあげてください。

>これこそ、元のTCR再構成を残したがん抗原認識T細胞の誘導研究が、その例ではないのですか?


やはり、学さんは遺伝子とタンパクの関係が理解できずに混同しているのですね。

TCRの遺伝子があるだけでタンパクとして発現していない多能性細胞ではT細胞としての能力は発揮しません。T細胞まで分化誘導させてTCRをタンパクとして発現するようになってT細胞としての能力を発揮するのですよ。 削除

2018/6/10(日) 午後 7:41 [ yap*ari*w*katt*na* ]削除
2018/6/10(日) 午後 8:41学とみ子
返信する内緒
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学さん

専門家ではないので、議論に出しゃばるつもりはないのですが、興味はあるので、調べてみました。

iPS細胞に残る由来細胞の記憶
ttp://www.med.keio.ac.jp/gcoe-stemcell/treatise/2010/20100917_02.html

上記の記事に以下の記載があります。
「これらのことより、fES細胞やntES細胞と異なり、iPS細胞には元の細胞の記憶がepigenetic marksとして記憶されていることが分かりました。」
論点ずれなどでしたら、ご容赦ください。削除
2018/6/11(月) 午後 8:31[ xyz ]返信する
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> xyzさん
>iPS細胞は由来細胞種の系列に関係する因子が'ON'になったままで、他の細胞系列に関係する因子が'OFF'となっていることがわかったのです。以上に加えて、多能性に密接に関わる転写因子のDNA結合領域に関連するメチル化可変領域についても調べてみると、ntES細胞とfES細胞は多能性に関わるとても重要な転写因子結合部位で相違が少ない一方、F-iPS細胞はB-iPS細胞よりも高メチル化(つまり遺伝子発現が'OFF')であり、多能性に関わる重要な部分がしっかりと発現できてないことがわかりました。

貴重な情報をありがとう。
ここが大事ですかね。結局、iPSは人工的に強引に細胞改変させたものなので、元の細胞の特徴が出やすい状態にあるものの、血液系より繊維芽細胞の方が遺伝子発現しにくくなっている。iPSは継代で、自ら元の細胞情報を失っていく仕組みだという事のようです。削除
2018/6/11(月) 午後 10:27学とみ子
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そうしたことをから考えて良いのは、ESは多能性に関わる重要な部分がコントロールされているのに対し、アクロシン入りの人工的なSTAP細胞は、メチル化のしくみも狂っていて、ずるずるとESやTSの間を移行しやすい細胞だったということかもしれませんね。

以前から、この細胞だけが持つ特徴なのではないか?と想像します。

STAP作製に使われたマウスは、細胞継代を繰り返した人工的な細胞から成っていたのだろうと・・・。この細胞マウスでSTAP実験をやれば、いろいろ再現できるのではないか?と思うのですが・・・。

実際に医学雑誌の研究者からのコメントには、同じマウスを用いよと書かれていることがあります。削除
2018/6/11(月) 午後 10:35学とみ子
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指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。

(1)一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。

(2)ただし、T細胞由来STAPやiPSでTCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと、100%断定はできないとも思います。少なくともSTAP論文では、T細胞由来STAPのTCRalpha/beta及びCD3発現を調べた図はなかったように思うのですが。引用されている理研の論文でも 初期化されたJKF6細胞でTCRの消失は確認してないと思います(CD3eの消失は確認しており、仮にTCRの発現が残ったとしてもTCR complexとしては機能しないと思われますが)。削除
2018/6/12(火) 午前 5:55[ L ]返信する
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(3)STAPの場合は幹細胞でのTCR実験が存在し、一過性の弱い発現を認めた後、消えたとの証言があります。すなわち、T細胞由来STAPは幹細胞培養において他の細胞由来のSTAPと競合できないことが示唆されます。キメラ体内でも同様の事が起きる可能性が高いと予想するのは自然な事であり、結果論として学さんの議論はそれほど外れていない(理論構築としては間違っていますが)と思います。今振り返るとES混入と分かった上での議論になりますが、当時はES混入はない前提だったはずで、ES混入ではないという立場を取り続ける学さんの議論は、当時のSTAPチームの思考過程を考える上で役立つと思います。

(4)Natureバージョンの著者チームは、この問題点を把握していたと思われます。それ故、検証実験ではTCRを使わなかったのでしょう。ここまで分かっていながら、あのように書いて論文を通しに行った事が悔やまれます。ここで、立ち止まって実験をやり直していれば、このような事にはならなかったでしょう。NHKの番組で指摘されていた通りです。削除
2018/6/12(火) 午前 5:57[ L ]返信する
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> Lさん
>ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です
彼らは誤解しています。

> TCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと

TCRは遺伝子再構成されて、遺伝子情報として残っているのです。それがコピーされていきます。初期化で消えません。

STAP幹細胞ではTCRが残っていないのだから、T細胞以外からつくられたということです。キメラもそうでしょう。ただし、ひとつひとつ構成細胞を調べないとないと、キメラ構成細胞に元T細胞がいるかどうかはわかりませんよね。
これを調べるのはとてもむずかしいと思います。緑の蛍光で十分です。

ここを理解していない人たちがたくさんいらっしゃるとおもいます。削除
2018/6/12(火) 午前 6:39学とみ子
返信する

> Lさん
>(理論 構築としては間違っていますが)

どこが間違いなのか教えてくれませんか?どこかがわかれば、反論させていただきますし、当方の誤解に気付けば、訂正します。

初期化ではTCR情報は消えません。遺伝子DNA配列の改変ですから…。

今、彼らはどうかはわかりません。もう気付いていれば、誤解は消えたでしょう。彼らはここを誤解されていましたけど…、削除
2018/6/12(火) 午前 7:19学とみ子
返信する

理研研究のコピペです。

>元のT細胞と同じ抗原 と反応するT細胞ばかりに なります。この原理が実際 に働くことは、マウスのN KT細胞 注8) からiPS 細胞を作製した研究で確認 されています(Watarai H et al, J Clin Invest

再構成された遺伝子情報は、その細胞をiPS細胞化の後、コピー増殖させたら、TCR情報は残っていて、かつ、機能すると書いてあります 。ここを利用したのが、この研究です。削除
2018/6/12(火) 午前 7:51学とみ子
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> L
書き方を間違えました。幹細胞のTCRを「発現」と書くのは間違いです。「TCR再構成バンド」を一過性に認めた、と訂正して下さい。削除
2018/6/12(火) 午前 8:08[ L ]返信する
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> 学とみ子さん
遺伝子(ゲノム)情報は初期化で消えませんが、発現(エピゲノム)情報は初期化でシャッフルされます。ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんはそうおっしゃっています。

> STAP幹細胞ではTCRが残っていないのだから、T細胞以外からつくられた
私もそう思いますよ。

> ひとつひとつ構成細胞を調べないとないと、キメラ構成細胞に元T細胞がいるかどうかはわかりません
これも、その通りと思いますよ。感度の高い検出法を使う必要があるので、TCR再構成のPCRが最適と考えます。ただし、検出力を上げると、非特異反応のリスクも上がるので、ネガコンをきちんと準備するとともに、増幅産物の配列を確認する必要があります。緑の蛍光ではT細胞以外のSTAPと区別がつかないので、全くダメです。削除
2018/6/12(火) 午前 8:29[ L ]返信する
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> 学とみ子さん
投稿がうまく行かないので、ダブっていたら適当に選別して下さい。

> 初期化で消えません。
私もそう思います。遺伝子(ゲノム)情報は初期化で消えませんが、発現(エピゲノム)情報はシャッフルされます。皆さんおっしゃっている通りです。

> TCRが残っていないのだから、T細胞以外から
これも、その通りと思います。

> ひとつひとつ構成細胞を調べないと
これも、その通りです。それ故、感度の高い検出法が必要だったわけです。STAP当時では、TCR再構成のPCR検出の感度が一番高かったのではないかと思います。この場合、特異性が問題なので、きちんとしたネガコンを設定する事と、バンドの特異性を配列で確認する事が重要だったのですが、どちらもデータで示されていないです(ひょっとしたらサイエンス版には入っていたかもしれませんが)。削除
2018/6/12(火) 午前 8:47[ L ]返信する

> Lさん
私は、キメラが、T細胞からできたことを証明する必要はないと思います。酸浴しない細胞からは、キメラが出来ないのですから。


ため息やyap*ari*w*katt*na*さ んはそうおっしゃっています。

Lさんも彼らと同じように、TCRに関する情報もエピゲノムとしてまっさらになると考えているでいいですか?削除
2018/6/12(火) 午前 8:55学とみ子
返信する

> Lさん

投稿ご足労かけてすみません。

>発 現(エピゲノム)情報はシャ ッフル されます。皆さんおっしゃ っている 通りです。

確認です。彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、それを支 持するでいいですか?削除
2018/6/12(火) 午前 9:09学とみ子
返信する

> 学とみ子さん

> 彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、


出鱈目ばかり書くのはやめてほしいですね。

私はすでに十数回も同じことを書いてます。よく読んで下さいね。

T細胞由来の多能性細胞は、TCR情報即ち再構成されたTCR遺伝子配列は有していても細胞膜上のタンパクとしてのTCRは発現していないので、学さんの主張する短命というT細胞の特徴(TCRを介するアポトーシス)は示さない、と言っているのです。削除
2018/6/12(火) 午後 3:12[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

> 学とみ子さん

何度も何度も、学さんはTCRという言葉で、遺伝子配列とタンパクを混同していると指摘してきたのですが、まるで通じないし、他人のコメントまで捻じ曲げているのですよ。
いい加減にして下さいね。削除
2018/6/12(火) 午後 3:19[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん
TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。削除
2018/6/12(火) 午後 4:38[ L ]返信する
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> Lさん

>TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。

分割という考え方があるのでしょうか?
TCR,BCRは、体細胞で唯一、ゲノム上での処理が行われます。その他の細胞機能については、ゲノム変化はありません。削除
2018/6/12(火) 午後 6:08学とみ子
返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん

>学さんの主張する短命というT細 胞の特徴(TCRを介するアポトーシ ス)は示さない、

短命なのは、STAPのように他の体内に移されてしまった場合です。

T細胞は、重症感染症やがんがある人であれば、それを殺傷するために増殖します。T細胞のアポトーシスは抑えられます。

重症感染因子やがん細胞を見分けるのが抗原提示細胞で、TCRを介してT細胞がその情報をもらい増殖します。

他の動物胚に入れ込まれたSTAPーTとは違います。削除
2018/6/12(火) 午後 7:04学とみ子
返信する
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> 学とみ子さん

まったく返信のポイントがずれていますね。

>短命なのは、STAPのように他の体内に移されてしまった場合です。

その「短命」という特徴は、(環境によっては必ずしも短命でないことも含めて)、細胞膜上にTCRをタンパクとして発現しているT細胞の特徴であって、遺伝子配列としてTCR再構成されていてもタンパクとしてTCRを発現していない多能性細胞には、そんな特徴はないでしょ、と言っているのですが、、、

まだ理解できないのでしょうか???削除
2018/6/13(水) 午前 8:34[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん

L >TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。

> 分割という考え方があるのでしょうか?


Lさんは、(ため息さんもplus99%さんもxyzさんも)私のコメントを理解されていて、同じことを別の表現で書かれただけのようですね。

「分割」という言葉を使ったので、学さんが理解できず混乱しているだけで、ずーーーっと何度も何度も私が書いてきたことと同じことです。

即ち、T細胞由来の多能性細胞には「遺伝子配列としてのTCR再構成」はあっても、T細胞の性質はなく、T細胞に分化誘導されて初めてT細胞特異的なタンパクの発現を介してT細胞の性質を示す、ということですよ。

「遺伝子配列がある」ということと「タンパクとして発現する」は、分けて考えるということです。 学さんはこれを混同して、間違ってたことばかり書いているのですよ。削除
2018/6/13(水) 午前 8:51[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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ため息さんが ips細胞の事例を持ってきたに対して、学さんが頓珍漢な返信をしているので、話がずれているようにも見えますが、、

「T遺伝子配列上にTCR再構成を有しているが、T細胞の性質を示すタンパクを発現していない多能性細胞」は、T細胞の特徴(活性化、分化、制御、細胞死など)は有していない、という事例として示されたものです。

参考までに、Tadaらの下記研究を挙げておきます。
これは、ES細胞とT細胞を融合させて多能性細胞を作成する方法ですが、遺伝子配列上にTCR再構成を有していて、三胚葉に分化できキメラマウスもできる多能性細胞の例ですね。

Curr Biol. 2001 Oct 2;11(19):1553-8.
Nuclear reprogramming of somatic cells by in vitro hybridization with ES cells.
Tada M1, Takahama Y, Abe K, Nakatsuji N, Tada T.削除
2018/6/13(水) 午前 9:07[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

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コメント

No title

yap*ari*w*katt*na*
ため息さんが ips細胞の事例を持ってきたに対して、学さんが頓珍漢な返信をしているので、話がずれているようにも見えますが、、

「T遺伝子配列上にTCR再構成を有しているが、T細胞の性質を示すタンパクを発現していない多能性細胞」は、T細胞の特徴(活性化、分化、制御、細胞死など)は有していない、という事例として示されたものです。

参考までに、Tadaらの下記研究を挙げておきます。
これは、ES細胞とT細胞を融合させて多能性細胞を作成する方法ですが、遺伝子配列上にTCR再構成を有していて、三胚葉に分化できキメラマウスもできる多能性細胞の例ですね。

Curr Biol. 2001 Oct 2;11(19):1553-8.
Nuclear reprogramming of somatic cells by in vitro hybridization with ES cells.
Tada M1, Takahama Y, Abe K, Nakatsuji N, Tada T.

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

L >TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。

> 分割という考え方があるのでしょうか?


Lさんは、(ため息さんもplus99%さんもxyzさんも)私のコメントを理解されていて、同じことを別の表現で書かれただけのようですね。

「分割」という言葉を使ったので、学さんが理解できず混乱しているだけで、ずーーーっと何度も何度も私が書いてきたことと同じことです。

即ち、T細胞由来の多能性細胞には「遺伝子配列としてのTCR再構成」はあっても、T細胞の性質はなく、T細胞に分化誘導されて初めてT細胞特異的なタンパクの発現を介してT細胞の性質を示す、ということですよ。

「遺伝子配列がある」ということと「タンパクとして発現する」は、分けて考えるということです。 学さんはこれを混同して、間違ってたことばかり書いているのですよ。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

まったく返信のポイントがずれていますね。

>短命なのは、STAPのように他の体内に移されてしまった場合です。

その「短命」という特徴は、(環境によっては必ずしも短命でないことも含めて)、細胞膜上にTCRをタンパクとして発現しているT細胞の特徴であって、遺伝子配列としてTCR再構成されていてもタンパクとしてTCRを発現していない多能性細胞には、そんな特徴はないでしょ、と言っているのですが、、、

まだ理解できないのでしょうか???

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>学さんの主張する短命というT細 胞の特徴(TCRを介するアポトーシ ス)は示さない、

短命なのは、STAPのように他の体内に移されてしまった場合です。

T細胞は、重症感染症やがんがある人であれば、それを殺傷するために増殖します。T細胞のアポトーシスは抑えられます。

重症感染因子やがん細胞を見分けるのが抗原提示細胞で、TCRを介してT細胞がその情報をもらい増殖します。

他の動物胚に入れ込まれたSTAPーTとは違います。

No title

学とみ子
> Lさん

>TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。

分割という考え方があるのでしょうか?
TCR,BCRは、体細胞で唯一、ゲノム上での処理が行われます。その他の細胞機能については、ゲノム変化はありません。

No title

L
> 学とみ子さん
TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

何度も何度も、学さんはTCRという言葉で、遺伝子配列とタンパクを混同していると指摘してきたのですが、まるで通じないし、他人のコメントまで捻じ曲げているのですよ。
いい加減にして下さいね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

> 彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、


出鱈目ばかり書くのはやめてほしいですね。

私はすでに十数回も同じことを書いてます。よく読んで下さいね。

T細胞由来の多能性細胞は、TCR情報即ち再構成されたTCR遺伝子配列は有していても細胞膜上のタンパクとしてのTCRは発現していないので、学さんの主張する短命というT細胞の特徴(TCRを介するアポトーシス)は示さない、と言っているのです。

No title

学とみ子
> Lさん

投稿ご足労かけてすみません。

>発 現(エピゲノム)情報はシャ ッフル されます。皆さんおっしゃ っている 通りです。

確認です。彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、それを支 持するでいいですか?

No title

学とみ子
> Lさん
私は、キメラが、T細胞からできたことを証明する必要はないと思います。酸浴しない細胞からは、キメラが出来ないのですから。


ため息やyap*ari*w*katt*na*さ んはそうおっしゃっています。

Lさんも彼らと同じように、TCRに関する情報もエピゲノムとしてまっさらになると考えているでいいですか?

No title

L
> 学とみ子さん
投稿がうまく行かないので、ダブっていたら適当に選別して下さい。

> 初期化で消えません。
私もそう思います。遺伝子(ゲノム)情報は初期化で消えませんが、発現(エピゲノム)情報はシャッフルされます。皆さんおっしゃっている通りです。

> TCRが残っていないのだから、T細胞以外から
これも、その通りと思います。

> ひとつひとつ構成細胞を調べないと
これも、その通りです。それ故、感度の高い検出法が必要だったわけです。STAP当時では、TCR再構成のPCR検出の感度が一番高かったのではないかと思います。この場合、特異性が問題なので、きちんとしたネガコンを設定する事と、バンドの特異性を配列で確認する事が重要だったのですが、どちらもデータで示されていないです(ひょっとしたらサイエンス版には入っていたかもしれませんが)。

No title

L
> 学とみ子さん
遺伝子(ゲノム)情報は初期化で消えませんが、発現(エピゲノム)情報は初期化でシャッフルされます。ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんはそうおっしゃっています。

> STAP幹細胞ではTCRが残っていないのだから、T細胞以外からつくられた
私もそう思いますよ。

> ひとつひとつ構成細胞を調べないとないと、キメラ構成細胞に元T細胞がいるかどうかはわかりません
これも、その通りと思いますよ。感度の高い検出法を使う必要があるので、TCR再構成のPCRが最適と考えます。ただし、検出力を上げると、非特異反応のリスクも上がるので、ネガコンをきちんと準備するとともに、増幅産物の配列を確認する必要があります。緑の蛍光ではT細胞以外のSTAPと区別がつかないので、全くダメです。

No title

L
> L
書き方を間違えました。幹細胞のTCRを「発現」と書くのは間違いです。「TCR再構成バンド」を一過性に認めた、と訂正して下さい。

No title

学とみ子
理研研究のコピペです。

>元のT細胞と同じ抗原 と反応するT細胞ばかりに なります。この原理が実際 に働くことは、マウスのN KT細胞 注8) からiPS 細胞を作製した研究で確認 されています(Watarai H et al, J Clin Invest

再構成された遺伝子情報は、その細胞をiPS細胞化の後、コピー増殖させたら、TCR情報は残っていて、かつ、機能すると書いてあります 。ここを利用したのが、この研究です。

No title

学とみ子
> Lさん
>(理論 構築としては間違っていますが)

どこが間違いなのか教えてくれませんか?どこかがわかれば、反論させていただきますし、当方の誤解に気付けば、訂正します。

初期化ではTCR情報は消えません。遺伝子DNA配列の改変ですから…。

今、彼らはどうかはわかりません。もう気付いていれば、誤解は消えたでしょう。彼らはここを誤解されていましたけど…、

No title

学とみ子
> Lさん
>ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です
彼らは誤解しています。

> TCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと

TCRは遺伝子再構成されて、遺伝子情報として残っているのです。それがコピーされていきます。初期化で消えません。

STAP幹細胞ではTCRが残っていないのだから、T細胞以外からつくられたということです。キメラもそうでしょう。ただし、ひとつひとつ構成細胞を調べないとないと、キメラ構成細胞に元T細胞がいるかどうかはわかりませんよね。
これを調べるのはとてもむずかしいと思います。緑の蛍光で十分です。

ここを理解していない人たちがたくさんいらっしゃるとおもいます。

No title

L
(3)STAPの場合は幹細胞でのTCR実験が存在し、一過性の弱い発現を認めた後、消えたとの証言があります。すなわち、T細胞由来STAPは幹細胞培養において他の細胞由来のSTAPと競合できないことが示唆されます。キメラ体内でも同様の事が起きる可能性が高いと予想するのは自然な事であり、結果論として学さんの議論はそれほど外れていない(理論構築としては間違っていますが)と思います。今振り返るとES混入と分かった上での議論になりますが、当時はES混入はない前提だったはずで、ES混入ではないという立場を取り続ける学さんの議論は、当時のSTAPチームの思考過程を考える上で役立つと思います。

(4)Natureバージョンの著者チームは、この問題点を把握していたと思われます。それ故、検証実験ではTCRを使わなかったのでしょう。ここまで分かっていながら、あのように書いて論文を通しに行った事が悔やまれます。ここで、立ち止まって実験をやり直していれば、このような事にはならなかったでしょう。NHKの番組で指摘されていた通りです。

No title

L
指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。

(1)一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。

(2)ただし、T細胞由来STAPやiPSでTCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと、100%断定はできないとも思います。少なくともSTAP論文では、T細胞由来STAPのTCRalpha/beta及びCD3発現を調べた図はなかったように思うのですが。引用されている理研の論文でも 初期化されたJKF6細胞でTCRの消失は確認してないと思います(CD3eの消失は確認しており、仮にTCRの発現が残ったとしてもTCR complexとしては機能しないと思われますが)。

No title

学とみ子
そうしたことをから考えて良いのは、ESは多能性に関わる重要な部分がコントロールされているのに対し、アクロシン入りの人工的なSTAP細胞は、メチル化のしくみも狂っていて、ずるずるとESやTSの間を移行しやすい細胞だったということかもしれませんね。

以前から、この細胞だけが持つ特徴なのではないか?と想像します。

STAP作製に使われたマウスは、細胞継代を繰り返した人工的な細胞から成っていたのだろうと・・・。この細胞マウスでSTAP実験をやれば、いろいろ再現できるのではないか?と思うのですが・・・。

実際に医学雑誌の研究者からのコメントには、同じマウスを用いよと書かれていることがあります。

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学とみ子
> xyzさん
>iPS細胞は由来細胞種の系列に関係する因子が'ON'になったままで、他の細胞系列に関係する因子が'OFF'となっていることがわかったのです。以上に加えて、多能性に密接に関わる転写因子のDNA結合領域に関連するメチル化可変領域についても調べてみると、ntES細胞とfES細胞は多能性に関わるとても重要な転写因子結合部位で相違が少ない一方、F-iPS細胞はB-iPS細胞よりも高メチル化(つまり遺伝子発現が'OFF')であり、多能性に関わる重要な部分がしっかりと発現できてないことがわかりました。

貴重な情報をありがとう。
ここが大事ですかね。結局、iPSは人工的に強引に細胞改変させたものなので、元の細胞の特徴が出やすい状態にあるものの、血液系より繊維芽細胞の方が遺伝子発現しにくくなっている。iPSは継代で、自ら元の細胞情報を失っていく仕組みだという事のようです。
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