こちらへの回答の方が、お互いの誤解や誤認がはっきりするような気がしますので、ここでコピペして、学とみ子の言い分(反論)を書きます。

2018612日に、ため息氏は、以下のような記事を投稿されました。
こちらへの回答の方が、お互いの誤解や誤認がはっきりするような気がしますので、ここでコピペして、学とみ子の言い分(反論)を書きます。
学とみ子:私は誤読などしてませんよ。むしろ、ため息氏が学とみ子がどこを誤読しているのかご指摘いただいた方が、私も答えやすいです。
反論は青字になります。iPS化という言葉の使い方がでたらめとの指摘です。iPS細胞化の略なのですが、それがけしからんということなので、iPS細胞化で統一します。
枠内は、ため息氏のブログで引用されている文章です。黒字は、ため息氏のブログに書かれている文章です。
活字体や濃さについては、調整の仕方がわからないので、そこは無視して、読んでください。
大変、煩雑なやり取りとなっていまい、読者には申し訳ないです。いばりちらすため息氏をご覧ください。
今回の議論の発端は、学とみ子氏が「キメラマウスは、…は認めたのです。」 で
..分化したT細胞は…細胞死に向かうタイプの細胞だからです。…
TCR再構成が見つかれば証拠になる”は理論的には正しいです。…
(ただし、実験上では達成不可能なので正しくない)…(学とみ子)
私は今もそう考えています。細胞の質を私なりに考えての推論・・(こうなるのではないかな?)・・です。
STAP実験の方法では、脾細胞からとってきた起源雑多な細胞(丹羽先生の説明通り)を、いれこんでいるので、キメラがT細胞からできたかどうかを確かめる術がありません。
この実験をもっとしっかりやるには、モノクローナルなT細胞だけを増やして、酸浴させ、それを胚に入れ込んでキメラができれば、分化細胞からキメラができたことになります。キメラのT細胞は、レシピエント胚が新たにつくったT細胞と混じってしまうかと思いますが、蛍光を発している細胞はドナーT細胞なので、それをしらべてTCRを確かめることはできると思います。
これまでの学とみ子氏の意見を要約すると;
TCR再構成したT細胞(分化したT細胞)はそもそも脆弱で、ある特定の条件がない限りどんどん自死していく運命にある。したがってSTAP実験のように元々の細胞が異なる複数の細胞からキメラ動物を作っても、この脆弱なT細胞は他の細胞との競争にやぶれ、キメラを構成する細胞になりえない。もしキメラ動物にTCR再構成が認められれば、STAP現象の証拠になりうるが、達成不可能なのだからできるはずがない。これを知らないNHKを含むマスコミ、遺伝学者が誤った推測を行った。TCR再構成を初期化の証拠とする実験を企画、実施したのも発生学を知らないからだ。
キメラマウスは、….認めたのです。
の記事から;
「まず、結論から申し上げると、(2)は正しいのですが、このような現象(キメラマウスに元TCR痕跡が残る)は、STAPの実験系では達成不可能と考えられます。

分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです。」
(続く)
(続き)
「遺伝子学をやっている研究者たちは、(2)が達成不可能であることを知らなかったと思いますね。」(学とみ子)
達成不可能と言っているのは学さんでしょ?
TCR検出方法論として「PCR増幅でのTCR検出ではダメ」かどうかは当方はわかりませんが、学さんの考えは検出方法がだめだから(2)が達成不可能なのではないでしょ。T細胞が細胞死に向かうからでしょ。そんな細胞を初期化しても、ほかの初期化された細胞にまけちゃうんでしょ。
(さらに続く)
(続き)
何故負けるかを「iPS化」という定義のわからない言葉で説明するからわからないんですよ。山中因子の導入による初期化された細胞=iPS細胞ではなく、学さんの言う元の細胞の性質を有するiPS化された細胞の例を教えてくださいな。
なにも、学とみ子氏があの理研の記事を誤読して解説しなくても、そもそも理研の記事は一般向けに書いたものなんだから、よけいなことをしてほしくないですね。なぜ、理研の記事を当方が引用したのか、全く理解できておらず、記事の解説をはじめましたよ。
他の黄色や青の飾りとは違って、T細胞がピンク飾りとするためには、自らの遺伝子DNAを切り取っておく必要があるわけです。(これをTCR再構成と呼びます。(学とみ子)
ため息氏:ちがいます。黄色や青の飾りのT細胞もピンク飾りのT細胞もTCR再構成を生じた細胞です。

学とみ子:ため息氏の書かれた「黄色や青の飾りのT細胞もピンク飾りのT細胞もTCR再構成を生じた細胞です」は正しいです。「ちがいます」はどこなのでしょうか?切り取ることは、再構成を意味していると、理解できないのでしょうか?
 
自らの遺伝子DNAを切り取っておく必要がある(学とみ子)
ため息氏:ちがいます。切り取るだけではなく又、つなげることを含んでいます。

学とみ子:両者共、TCRの再構成を論じているのですから、不必要なDNA配列を切り取り、かつ残りのDNA配列をつなげるという作業を意味していると思います。切り取るという言葉を誤解しているのは、そちらです。切り取るという言葉は、TCR再構成を説明する時、良く使われます。このイメージがつかめないのではないですか?

ピンク飾り細胞曰く 「しかたねえなあ、俺しかいないなら、俺がピンクの仲間を増やしてがん退治に行くよ」(学とみ子)

ため息氏:アホか。ピンク飾り細胞が自発的に動いたのではないでしょ。ちゃんと図の説明をしろよ。体細胞を初期化してT細胞を誘導分化させるのは効率が悪く、TCR再構成ができた該当するT細胞を初期化して誘導分化したほうがいいことを説明しろよ。これがこの記事の「キモ」だろうが。

学とみ子:アホではありません。ちゃんと図の説明をしています。どこにも間違いはありません。ピンク飾り細胞ががん殺傷能力があるので、それを人工的に増やすという話ですけど・・・。これをやるのは人間(著者ら)です。
この図をたとえて、がん患者へ説明をする場面としましょう。この場合、ピンク飾り細胞を(患者自身で)増やしてがんと闘わせることのできる人はがんが治り、ピンク飾り細胞を増やせない人であれば、がん死するという話になります。
今は、ここは論じていません。
人間は、たくさんのTCRを持つT細胞から、…..iPS細胞化の対象とします。(学とみ子)
ため息氏:主語は一般的な「人間」ではない。この記事の論文の著者たちだ。どうしてここで一般化するんだろ。

学とみ子:わかりにくければ、すみません。がんを治すのは、本人の免疫力及び、人工的な治療の両方です。

扱っている研究内容は難しいものですが、相手の質問にその都度答え、簡単な言葉で解説することで、一般人でも理解できるんです。
これが科学のすばらしさです。(学とみ子)
ため息氏:すごいよね、学とみ子氏は。堂々といい加減な解説をして、自画自賛ですよ。呆れ返るという言葉の他になにがあるでしょ?自分が解説していることに酔っています。

学とみ子:この説明がでたらめで、聞き手が理解できるわけがないだろうとため息氏は考えているのでしょうが、この話は、学とみ子のサイドでの経験談です。だから、嘘ではありません。

ため息氏は、三胚葉分化にこだわっていました。(学とみ子)

ため息氏:失礼な。なにも理解できていない。学とみ子氏は「TCTR再構成を生じ分化したT細胞を酸浴で初期化しても増殖能力が低く、他の細胞由来のSTAP細胞に負けて死んでいく」というから、「そんなことはない、山中因子で初期化されたTCTR再構成を生じ分化したT細胞は3種類の胚葉にまで分化できるほど増殖能力がある」という例を示したのだ。ご理解できなようですね。

学とみ子:iPS細胞化は特別な人工的条件を入れ込んでいる事と、最初から1種類のT細胞を材料として選んでいるという、二つの条件がSTAPと違います。この違いを、ため息氏は考慮していません。

酸浴細胞は、iPS細胞と何が違うかの研究など行われていないのに、iPS細胞化と全く同じにならなければSTAPは、偽物というのが、ES論者です。
 
ため息氏:だから酸浴T細胞が初期化されたのならこの細胞からキメラができる可能性があり、やってみる価値があると西川氏が示唆したんでしょ(西川氏がこの理研の記事の内容を知っていたかどうかは関係ないです。知らなくても発想はできますからね)。できたらSTAP現象の大きな証拠になると、考えたんでしょ。できなくてもSTAP現象の否定にならない、ほかの理由が考えられるということで、事実、TCR再構成がなかったと丹羽氏が発表し、その理由を確率で説明したんでしょ。

学とみ子:丹羽氏の意図はわかりませんが、丹羽氏も確率だけを考えていたのではないと思います。キメラの細胞の一部で蛍光の細胞塊の一部は、元T細胞だったかもしれないですが、その検索はとても大変でしょう(あれば、T細胞から分化の証明になりますけど・・・)。

著者らは、今回の実験から、蛍光を証明できたキメラをもって、体細胞から分化したとの証拠になるとしたのです。それで十分と考えたのは、ネーチャー編集部と査読者です。

STAPだって、T細胞がキメラをつくれてしかるべき
そんな主張はしていない。可能性があるといっているんだよ。きちんと他人の書いた文書を読みなさい。

学とみ子:お互い、対等な立場で議論しています。私はあなたの学生ではないですよ。

元の細胞情報をもったままiPS細胞化することができるとの、学とみ子の説明

ため息氏:大嘘つきめ。そんなことをあんたは説明してこなかったろ。TCR再構成が生じたT細胞でも「元の遺伝子情報」をもったままのiPS細胞ができる可能性が高い(事実、この理研の記事のようにできている)ことは、あんたが言わなくてもわかっているから、このような議論をしているんだろうが。「元の細胞情報」とはなんだよ。なんだか理解できない言葉を使うなよな。

学とみ子:多分、ここが、私とため息氏、両者の間の大きな誤解です。ため息説では、T細胞を初期化した後、どうやって、その細胞に元のTCRを思い出させるのですか?

遺伝子一部が切り取られる作業を意味するTCR再構成がどこで起きているのかがわからなかった(学とみ子)

ため息氏:ものすごく失礼な話だな。だいたい、TCR再構成がどこで起きたかは、この問題と関係ないだろうが。そんなのが議論の対象になるのかよ。

学とみ子:ここに誤解があるように思いますよ。ため息氏は、TCR再構成がどこで起きていると考えているのでしょうか?ここが議論のキモだと思いますが・・・。

漫画では丸坊主になっているものの、ピンク飾りTCRをつくるためには、T細胞は、自らの切り取ったDNA配列情報を持っている事が必要です。
この考え方を誰もが理解するのは、少し難しいのだろうとおもいました。(学とみ子)

ため息氏:あんたが理解できていないだけさ。高校生だってそんなことは説明されなくてもわかっているさ。ピンク飾りTCRDNAの情報からつくられたタンパクだからな。「自らの切り取ったDNA配列情報」じゃないよ。切り取ったら無くなっちゃうだろうが。再構成だよ。アレルギーの専門医なのに免疫の基礎がわかってないがら、「再合成」なんて言葉を使ってきたんだろうが。

学とみ子:説明理解をしやすいように、再編成も、再合成も、これらの言葉を用いるのは許されると思います。但し、学術用語としてTCRにつなげる時は、「TCR再構成」と決められていると思います。この言葉の使い分けで、表現が混じっていると突っ込むのは、ヤボです。

学とみ子:ため息氏は、「自らの切り取ったDNA配列情報」じゃないよ。切り取ったら無くなっちゃうだろうが。再構成だよ。」と書いています。
切り取ったという言葉は、再構成のことですよ。この再構成がいつ、どこでおきているかで、両者、食い違っているのではないでしょう?

この隠し持ったDNA情報をT細胞が持っていることを理解できていれば、STAPTCR問題の何が問題なのか?についても理解することができます。
実際には、マスコミ関係者は理解できていませんでした。

あんただけだよ、理解できてなかったのは。何故TCR再構成T細胞が初期化の証明に使えるのかはマスコミだってわかってたのさ。最初はそれがあるというのですごいということになったんだろうが。

学とみ子:日本で公表された時点では、TCR再構成は、STAP細胞にあるのは論文内でしたが、キメラに無いことは、論文外だったと思います。
論文には無いのに、マスコミは、STAP細胞から作られたキメラにTCRが無いことを騒いだと思います。

キメラからTCRが証明できないとの過去の実験結果を知っている人がいて、その情報をSTAP偽物説の証拠として、マスコミに流したのではないでしょうか?そして、須田氏をはじめ、大騒ぎをしたのです。

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コメント

No title

plus99%
細胞の記憶ですが、山中因子を与えられた瞬間に細胞膜や細胞質が全て新品に変わるということはないですよね。分裂するごとに薄れていくことでしようけれど、何十何百分の一かは最初の細胞の膜と細胞質をつれていくことになるように思いますが。それらの器官の機能はいつまでかは知りませんがそれなりに生きているなら分化に微妙に影響を与えるのではないですかね。そうなら核の振る舞いが完全に初期化されたとしても細胞全体では記憶を引きずるのではないでしょうか。継代すると記憶が薄れるというのにも一致します。
まあ、素人の考えることから休むに似たりですが。

No title

plus99%
Lさん

この場合は、生体内に攻撃したい対象があり、攻撃しているT細胞があるのですから、体内のそのT細胞へと変わる現場で交わされているシグナルを与えてやるのではないですかね。
体がある活動を推進しようとしているのですから、抗原提示細胞とか、求める細胞を作り出すのに最適なものが体内のその現場では作られているのではないでしょうか。分化誘導というのは大雑把に言うとそこで取り交わされているタンパクなどのシグナルと接触させるのだと素人は理解しているのですが。体内でのこの接触が数量や機能の調節能を兼ねているなら、そこから人工的にいく種類かのシグナルだけを取り出したなら、できるものには偏りができるのではないでしょうか。

No title

ちょっと立ち寄り
(承前)
>ただ、こうした個人批判の言葉尻をとらえて、そこを強調するのは、あなたの悪い癖ですよ。
・突然の話題転換で読み手は混乱します。
・「こうした個人批判の言葉尻」って、どこを指していますか?
・「そこ」って、何ですか?
・「あなた」って、どなたですか?ため息さん?
・何を「強調」していますか?

ブログ主様のコメントは、読み手にとって、このくらい分からないことだらけです。文章の推敲を希望します。

理解できないことを読み手のせいにしてはいけません。読み手に理解しやすい文章を書くのは、ブログ主の責務です。
(終わり)

No title

ちょっと立ち寄り
(承前)
>メスオス混ぜたマウスから作られたSTAP関連細胞が単一細胞パターンというのはおかしいでしょう。
・突然の話題転換で読み手は混乱します。
・私も、「STAP関連細胞が単一細胞パターンというのはおかしい」と考えます。間違っていますか?間違っているなら、その根拠をお示しください。

>こうした事実があれば、遺伝学者はねつ造を疑います。
・「遺伝学者」って、誰ですか?
・「こうした事実」=「STAP関連細胞が単一細胞パターン」があるから、「ねつ造を疑」われたのではないですか?

>でも、マスコミに登場する学者たちはひどいですよ。
・突然の話題転換で読み手は混乱します。
・「マスコミに登場する学者」って、誰ですか?
・何に対して「ひどい」と仰っていますか?
(続く)

No title

ちょっと立ち寄り
ブログ主様が何を仰りたいのか分からないということを、2018/6/12(火) 午後 8:14のコメントで説明します。

>研究者たちは、当時、本気でSTAPがESだと信じていたと思います。
・突然の書き出しで読み手は混乱します。この文は、どこのコメントを受けているのでしょう?前のコメント?だとしても、どの文?
・「研究者たち」って、誰ですか?
・「当時」って、いつですか?
・「本気でSTAPがESだと信じていた」信じるも何も、調査委員会の結論です。それとも、「研究者たち」は、STAP発表「当時」、「本気で>STAPがESだと信じていた」と仰りたいのですか?
・私は、多くの「研究者たち」は、STAP発表「当時」、半信半疑ではあるけれど「STAPは本物」と思っていたと考えます。
(続く)

No title

L
> T細胞を初期化した後、どうやって元のCTR(TCR)を思い出させるのですか?

これについては、学さんとは別の視点で、興味深いと思っています。通常のT細胞発生では、第一段階としてTCRの初期バージョンが細胞表面に出るプロセスが重要です。元からTCRが再構成されている幹細胞からT細胞に分化してくる場合、この初期バージョンのプロセスがどうなっているのか気になります。

もう一点興味深いのは、引用論文のCD8+T細胞由来のiPS細胞の再分化で、結論としては、分化誘導によりほとんどがCD8+T細胞になるようです。何故CD4+T細胞にはならないんでしょう? xyzさんがおっしゃっている「細胞の記憶」があって、元の細胞に戻るのでしょうか? であれば、このiPS細胞は三胚葉への分化能を持っていても、完全には初期化されたとは言えないのかな?

No title

L
> モノクローナルなT細胞だけ増やして
モノクローナルなら再構成の検出は容易になりますが、正常のT細胞をモノクローナルで十分量得るには、特殊なマウスが必要です。普通のマウスからポリクローナルなT細胞をソートで純化し、STAP処理した後4Nキメラで評価し、2NキメラのTCR再構成でだめ押し、の方が現実的だったと思います。論文記載の技術で十分できるので、査読で要求されれば断れないでしょう。やっていればT細胞 STAPに多能性がない事が確認できたはずで、ストーリーは大きく変わったはずです。

> T細胞はそもそも脆弱
これはその通りで、幹細胞用の培地で培養しても1週間持たないでしょう。なので、T細胞脆弱性の問題があるとすれば、初期化後ではなく、初期化される前の培養の過程だと思います。マクロファージや線維芽細胞は、普通の培地で十分生存するので、STAP培養においてアドバンテージがあったと思います。引用されている理研の研究では、MART1を特異的に認識するCD8+T細胞をモノクローナルに細胞株化した特殊なT細胞を用いており、 T細胞脆弱性を論じるには不向きです。

No title

ちょっと立ち寄り
ブログ主様は、記事にしろ、コメントにしろ、この分野で使われる専門用語以外の『用語』を使われるので、一般ピープルには理解しにくいです。

また、文章も論理的には読めません。例えば、「AはBである。BはCである。よって、AはCである。」と、ロジカルに書いていただきたいです。前提として、A、B、Cは、学術用語か、別途明確に定義された用語を使っていただきたいです。

あと、投稿されたコメントの中での問い掛けに対しては、1対1で回答を書いていただきたいです。

矛盾も困ります。

【例】
>扱っている研究内容は難しいものですが、相手の質問をその都度答え、簡単な言葉で解説することで、一般人でも理解できるんです。これが科学のすばらしさです。(学とみ子)
>この考え方を誰もが理解するのは、少し難しいのだろうとおもいました。(学とみ子)

No title

学とみ子
研究者たちは、当時、本気でSTAPがESだと信じていたと思います。メスオス混ぜたマウスから作られたSTAP関連細胞が単一細胞パターンというのはおかしいでしょう。
こうした事実があれば、遺伝学者はねつ造を疑います。

でも、マスコミに登場する学者たちはひどいですよ。

ただ、こうした個人批判の言葉尻をとらえて、そこを強調するのは、あなたの悪い癖ですよ。

No title

学とみ子
> ため息さん

私たち一般人は、学者たちがとおしで何を言ったのかは知る事ができません。マスコミを通じた情報では、マスコミの操作が入ります。ですから、いろいろ条件をつけて、学者がしゃべったとしても、そうした前後情報がカットされてしまいます。

Nスペもそうでしたが、竹市先生が、NHKのインタビューで、竹市先生の言葉として、
「たとえ、STAPが99%が正しくなくて、1%しか正しくないとしても、(検証実験を)やってみる必要があるでしょう」
が流れていました。

これでは、STAPが99%正しくないと、竹市先生が言った印象になります。

もう少し長く言葉を聞かないと、どのような前後関係での言葉なのかはわかりません。

遺伝学というのは、遺伝子情報を専門に研究している人で、笹井氏も丹羽氏もそうした人ではありません。

遠藤氏は、遺伝子の研究者だと思いますけど・・・。ただ、彼もTCRを最後は問題としていないので、彼の中で解決したと思います。彼の最後の言葉は、しごく正当なる疑問だと思います。

No title

ため息
>学さん

TCR再構成のあるT細胞を使って体細胞の初期化の証明に使うといいうアイデアを出した西川氏、計画・実施した笹井、丹羽氏、結果を評価した慶應の吉村氏等は、遺伝子学をやっている研究者達で達成不可能なことを知らないトンデモさんだったんですね?
「キメラマウスは、...編集部は認めたのです。ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15540428.html」を読むとそうしか解釈できないのです。
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