専門家と言われる人たちも、間違ってしまった領域なんですね。でも、科学は皆のものですから、少しづつでも理解が進むと、視野が広がります。

やっぱり氏や、ため息氏、そしてL氏、ES派の方々の攻撃が続いています。
当ブログに浴びせられるやっぱり氏のスタンスを少し、まとめてみました。

やっぱり氏は、学とみ子は誤解しているとのメッセージを流し続けています。
正直、議論していることが、本当に専門領域に入り込んでいます。
TCRに関しては、専門家と言われる人たちも、間違ってしまった領域なんですね。
でも、科学は皆のものですから、少しづつでも理解が進むと、科学的視野が広がります。

TCR議論が始まった頃の、yap*ari*さんは、このようにコメント(青字)しています。
2018/5/21(月) 午後 0:54
. STAP研究におけるTCR再構成の意義を(学とみ子が)まるで理解されていない、あるいは大きく誤解されているのではないでしょうか?

・・酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったT細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
・・・

すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきという指摘されていたわけです。
この対象はT細胞ではありませんよ。

STAP細胞由来のあらゆる細胞には、STAP細胞のDNA配列が複製されているはずなので、それを調べろという意味です。

学さんが主張しているのは、キメラマウスでもT細胞は作られているということですが 話が滅茶苦茶になっていることに気が付きませんか?

学とみ子注釈:学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっているが、やっぱり氏は、学とみ子がそのように考えているとは言わず、間違って解釈していると決めつける。
やっぱり氏は、誤解の証拠として、学とみ子がT細胞のことを言っていると指摘する。
私はそんなことは言っていないです。
ゲノム情報ならコピーされていくが、学とみ子はそれが理解できていないと決めつける。
印象操作の典型的な文章です。

2018/5/21(月) 午後 8:43
.そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったT細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、

すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきという指摘されていたわけです。

学とみ子注釈:ここも、STAP細胞、キメラ、テラトーマも、TCRがなければいけないと読める文章がならんでいます。これは、以前に議論されていた(1))(キメラにもTCR再構成が必要)の考え方であり、この頃のやっぱり氏は、この説を強調していました。

そこで、学とみ子は以下の様に質問しました。2018/5/21(月) 午後 8:33
.キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。
つまり、(1))(キメラにもTCR再構成が必要)説でなければいけないのか?と聞いてみました。

[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/5/21(月) 午後 6:52
学さんってもしかしたら、「T細胞の細胞膜上に発現しているタンパクとしての抗原受容体分子TCRと「そのTCRをコードしている遺伝子配列の再構成の区別がついていないのではないでしょうか?
STAP細胞でPCRを使って調べられているのは「再構成された遺伝子配列部分」ですよ。大丈夫ですか?

学とみ子は、理解できていないと、決めつけました。学とみ子は、TCRをタンパクのことと間違えたと言います。ヤッパリ氏は、誤解しているふりをしています。
学とみ子がゲノム変化だと言っているのに、そこを認めないやっぱり氏の卑怯な戦法が見えます。

 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/5/22(火) 午前 8:06
「TCR再構成されたT細胞から作成したSTAP細胞を用いて、テラトーマやキメラマウスを作成して、そこの細胞にTCR再構成が見られればSTAP細胞は初期化された細胞であることの証明になる」
というのは、そもそもNature論文の主張でもあるわけです。

学とみ子注釈:ここが、最初(1)(キメラにもTCR再構成が必要)と、やっぱり氏が主張をしていたのに、(2)(キメラに再構成があればSTAP由来と言える)へと、やっぱり氏が主張を切り替えた時点です。
そして、学とみ子がまちがっていると主張し続けます。

2018/5/21(月) 午後 10:47
いやもう、学さんは自分が間違っていることを全く理解できないようですね。
もはや、放置するしかないようですな

2018/5/22(火) 午前 8:52
もしそうならば、基本的に通常の細胞の増殖においては、30億塩基対はほぼ正確に複製されますので、キメラマウスの中のSTAP細胞由来の細胞には、この再構成されたTCR遺伝子配列は残り続けます。
また、もしTCRのタンパクの話なら、そもそもSTAP論文におけるTCR再構成の意味がまるで理解できていないおばかさんということですね。いずれにしても、学さんは間違っているということです。

2018/5/22(火) 午前 8:46
一番目の文章におけるTCRは、再構成された遺伝子配列のことですね。 学さんは遺伝子欠損とも言われてますが、30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百?の塩基対が欠損しただけのことで、ES細胞並みの多能性を獲得していたのなら、キメラマウスとして誕生する可能性は十分にあるでしょうね。

ここの記載は、下線部分で、やっぱり氏はまちがっていますね。
再構成について、やっぱり氏の知識が十分ではありません。
なんのために、TCR再構成が起こるのかの理由もわかっていないでしょう。
TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません。
複数の染色体に及んで存在している100種をこれる遺伝子機能を持つDNA遺伝子配列の中から、組み合わせ1種が特別に選ばれてくる壮大な現象が、TCR再構成の意味するところです。

2018/5/22(火) 午前 8:23
理研(丹羽氏)発表のプロトコルにおいて、STAP幹細胞にTRC再構成が見られなかったときの解釈を持ち出す方は、一体何の議論になっているのか、まるで理解できていないようですね。 この時の解釈は完全に理解した上での議論なんですが、、。

あいかわらず、学とみ子がまちがっているとの指摘をし続けます。
最近のコメントも同様に、学とみ子はいくら言っても理解しないと言い続けています。

2018/6/12(火) 午後 3:19
何度も何度も、学さんはTCRという言葉で、遺伝子配列とタンパクを混同していると指摘してきたのですが、まるで通じないし、他人のコメントまで捻じ曲げているのですよ。
いい加減にして下さいね。

皆さま、このような巧みなやっぱり氏の戦略を鑑賞しましょう。

数日前、図の説明として、学とみ子は、”DNAが隠し持った情報”と表現しましたが、これは、T細胞が抱えるTCR再構成を意味していました。
しかし、plusさんは、”DNAが隠し持った情報”と”TCR”は関係が無いでしょう?とおっしゃっいました。
同じ言葉であることを理解するのは、plusさんですら、難しいということですね。

このコメントを読んで、学とみ子は、みなさまの誤解が減らせるように、言葉の使い方にもっと気をつけないといけないと感じました。

言葉たくみなES派に、反ES論がつぶされないように、学とみ子は何とかふんばりたいと思います。



スポンサーサイト



コメント

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その12) (これで一段落)

それから、上記のような一連の学さんのコメントを改めてみると、
「キメラやテラトーマの構成細胞には遺伝子欠損があるはずとした査読者の考えは間違っています。」
なんて書いてますね。

やはり、この時期は「遺伝子配列上にTCR再構成を目印としてもつ多能性細胞から作製されたキメラやテラトーマの構成細胞には、TCR再構成の目印は残っている」という私たちの説明を理解していなかったようですね。


けど、6/14の記事では、

「TCR再構成は、ゲノムで作り直された情報なので、そののまま、キメラになっても、幹細胞になっても、TCR再構成は残っているという意味なのですけど・・・」

に変わってますね。

まあ、何回も何回も諦めずに説明した結果、ようやく学さんも少しだけ理解できたということで、嬉しい限りです。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その11) 学さんの過去コメントの続きです。


2018/5/21(月) 午後 10:10 学とみ子
DNAが切り取られたT細胞は、(周囲環境が変わり)抗原刺激がない状態では使い捨て細胞として死ぬのを知ってますか?



2018/5/21(月) 午後 9:17 学とみ子
この査読者も勘違いしていると思います。分化したT細胞をクローン化して注入したわけでもないのに、すでに遺伝子が切り取られて使い捨てになった細胞しかキメラをつくれなかった!との考えを持つんですかね。




さてさて、こうやって学さんのコメントを並べてみると、TCR再構成について、
「遺伝子の一部が切り取られた」、「遺伝子欠損のある細胞」というような記載が乱発されていますが、、

今回、学さんは「TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません」といって、私の下線部分の記載を批判しているのですよね。

何か、ご自身の過去のコメントについて言いたいことはありますか?

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その10) 学さんの過去コメントの続きです。


2018/5/21(月) 午後 8:10 学とみ子
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。ホント、あきれますね。
ここまできたら、「私(yap*ari*w*katt*na*さん)は専門家ではない」と言って逃げるのは許されませんよ。


2018/5/21(月) 午後 8:33 学とみ子
私にこうした質問をなげてくることが、あなた自身の無知を表してしまうことなのよ。T細胞の切り取られた部分はDNA配列なのよ。
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね


2018/5/21(月) 午後 9:56 学とみ子
キメラやテラトーマの構成細胞には遺伝子欠損があるはずとした査読者の考えは間違っています。


2018/5/21(月) 午後 10:10 学とみ子
DNAが切り取られたT細胞は、(周囲環境が変わり)抗原刺激がない状態では使い捨て細胞として死ぬのを知って

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その9)

むしろ学さんの記載に比べて、より正確に記載したつもりなんですけどね。
学さんは、自分自身が何を書いたのかの記憶も自覚も無いようなので、私のこのコメントの前後にある学さんのコメントから、TCR再構成がどのように記載されているのかをいくつか抜き出してみましょう。


2018/5/20(日) 午前 10:55 学とみ子
でも、もし、何らかの別の方法で、元のマウス由来T細胞が確認できたら、遺伝子の一部が切り取られた細胞が生き残り、遺伝子欠損のまま増殖し、かつ次の生き物になれるというすごい発見になりますね。そう思いませんか?


2018/5/20(日) 午前 11:44 学とみ子
TCR再合成の無いマウスは生まれない(胎内で淘汰、流産する)と考えるのが普通ですけどね。


2018/5/21(月) 午後 1:29 学とみ子
もし、遺伝子が切り取られたT細胞で、キメラ部分が構成されていたら、元マウス由来T細胞がその部分を作ったことになり、4Nだったら全胎児を作ったことになりますね。
こうしたマウスは生まれてこないと考えます。


(続

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その8)

さて、この部分にも触れておきましょう。

(私のコメントについて学さんが付けた下線部分)
「30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百?の塩基対が欠損しただけのことで、」

>ここの記載は、下線部分で、やっぱり氏はまちがっていますね。
> 再構成について、やっぱり氏の知識が十分ではありません。
>なんのために、TCR再構成が起こるのかの理由もわかっていないでしょう。
>TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません。



この辺りの議論では、「体細胞由来であることの遺伝子配列上の目印としてのTCR再構成」の話をしているわけで、TCR再構成の生体反応とか免疫上の意義の話なんてしていません。
とにかく私に対して反論したくて、こんなイチャモンを付けてきたのでしょうけど、一体、私の下線部分のどこがどう間違っているというのでしょうか?
むしろ学さんの記載に比べて、より正確に記載したつもりなんですけどね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん (番外です)

>ここは、私の理解の問題だと思うのですが、だからこそ、TCRのできかたを、間違うはないのです。
>間違いようがないです。


このように、どのコメントのどこの部分へのレスなのか、理解困難なコメントをされるのは混乱するだけなので、止めましょう。

「TCRのできかたを、間違うはないのです」といいますが、「STAP論文におけるTCR再構成の意義」を議論する際には、「TCRのでき方」は全く不要です。



それから現時点で、 学さんへ(その4) 以降が未承認ですが、、、
学さんには耳の痛い話でしょうが、過去の事実確認をしないと、学さんがますますおかしな方向に走っていくようなので、、
よろしくお願いしますね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その7)

そもそも、「STAP細胞は、(MUSE細胞のような元から存在していた)未分化細胞の『選択』ではなく、分化した体細胞が『初期化』によって得られた多能性細胞だ」というのは、STAP論文著者らの主張です。
その主張の根拠として、TCR再構成を目印にして実験を行っていたのです。

科学的には、「遺伝子配列上にTCR再構成のあるSTAP細胞からキメラマウスを作成し、そのキメラマウスの細胞にも遺伝子配列上にTCR再構成があれば、STAP細胞は初期化された多能性細胞である」という証明ができます。

まずは、STAP細胞のDNAのTCR部分をPCRで増幅することで、TCR再構成が残っていることを示しました。
そして、STAP細胞から作成したキメラマウスについても尻尾から採取した細胞でTCR再構成があるかどうか調べたと、Nature論文のMETHODの部分にと書いてあります。

しかし、「調べた」と書いてあるだけで、どこにも結果が示されていませんでした。
論文をしっかり読んでいた査読者から、その点を指摘されるのは当然だったでしょうね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その6)

さて、先の学さんの記載の続きも見てみましょう。

2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です(元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている)。


この学さんのコメントに再三出てくる「TCR」は、はたして「ゲノム情報」のことなのでしょうか?

●キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、新たなTCRを構成する
●新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします

まあ、これらはゲノム情報ではなく、受容体タンパクのことでしょうね。


○この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です

?????

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その5)

さて、再開しますが、繰り返しになりますが、念のためにもう一度書いておくと、元々の議論の対象は「STAP論文におけるTCR再構成」ですので、その意義は、「分化した体細胞由来であることの目印」ですので、極端に言えば、受容体タンパクとしてのTCRは全く議論には不要になります。 (そのSTAP細胞がT細胞まで分化していった場合に、目印であるTCR再構成の遺伝子配列がどのように発現して免疫機構に影響するのかという疑問はありますが、そもそもTCRをタンパクとして発現しない細胞については無関係と言えます)

また、TCR再構成は、酸性処理する前のT細胞において遺伝子配列として出来上がっており、酸処理以降は目印として残ったままですので、「TCR再構成がどこでどのように行われるか」ということも全く議論には無関係です。
(学さんが、この辺のことで教科書の通りの説明を振りかざして、自分は正しいと叫び、論点はズレていることも認識せず、、専門家と言われる人たちも間違ってると騒いでいるのが如何に滑稽かということですね)

No title

学とみ子
ここは、私の理解の問題だと思うのですが、だからこそ、TCRのできかたを、間違うはないのです。
間違いようがないです。
TCR..BCRは、普段でも考えますので…。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その4) (一段落)

では、この文章はどういう意味なのでしょうか?


2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、
キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。


このTCRが、受容体タンパクのことならば、(まずはSTAP細胞の時点でなくなっていると考えるものですが)、キメラマウスの細胞には無いだろうというのは妥当ですが、、、
遺伝子配列上の再構成されたTCRのゲノム情報だとすると、、 基本的に遺伝子は複製されるので、キメラマウスになっても元のTCR再構成のゲノム情報が無くなるとは考えられません。
そんな状況だったので、私た他の人が、「学さんは遺伝子とタンパクの話を混同している、理解できていない」という指摘をせざるをえなかったわけです。


はてさて、「学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっている」と強調してますが、この文章を書いた時点では、どちらの話をされていたのでしょうかねえ?

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その3)
そして、私は一連のコメントで、「遺伝子配列上のTCR再構成」と「タンパクとして細胞膜上に発現しているTCR」いう言い方を使うようにしています。
これは、「TCR」というと普通は「T細胞の細胞膜上に発現している抗原受容体分子」のことですが、文脈によっては、そのTCRをコードしている遺伝子配列のことを示す場合もあるので、誤解をさけるためです。

学さんは、今頃になって、「学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっている」と強調してますが、(そもそもTCRは上記のように文脈次第で遺伝子配列のことだったり受容体タンパクのことだったりするので、この記載そのものも極めて曖昧でいい加減ですが)

では、この文章はどういう意味なのでしょうか?


2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、
キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その2)

学さんのコメントから、もともと学さんは「STAP論文におけるTCR再構成の意義」を理解していなかったことは明らかです。
そもそも、NatureやScienceのSTAP論文の査読内容が流出されていたことも知らず、私や他の皆さんから情報をもらって、3年ほど周回遅れでそれを読んで、査読で指摘されているTCR再構成に関して頓珍漢な理解をし始めたのですからね。


「STAP論文におけるTCR再構成の意義」というのは、「酸性処理によって得られた多能性細胞は、元々存在していた未分化細胞の『選択』ではなく、分化した体細胞の『初期化』によって得られたものである」というSTAP論文の主張の根拠として、「元は分化した体細胞(T細胞)であったことの、いわば目印として、「TCR再構成」を利用した、というものです。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さんへ(その1)

私のコメントを集めて文句を言うのは構わないのですが、、、酷いやり方ですね。

基本的に私のコメントは、学さんが科学的にあるいは論理的に間違った記載をしていた場合に間違いを指摘してきたものですので、その対象となる学さんの記載を合わせて示さなければ、私のコメントが正しいことが伝わりませんよ。

そして、そもそも学さんが何を書いていたのか、自分自身で良く確かめることですね。

まず私は一連のコメントにおいて、「STAP論文におけるTCR再構成の意義」という言葉を使うようにしています。
その理由は、学さんが、「STAP論文におけるTCR再構成」の話と、「免疫学における教科書的なTCR再構成」の話を度々混在させてコメントされるからです。
(特に良く見かけるのは、前者の議論をしているのに、些細な用語の使い方とかで後者のTCR再構成の知識を持ち出して、相手を素人扱いにする態度です。 学さん自身は「TCR再合成」なんて書いていても平気みたいですが。その結果、前者の議論が有耶無耶になったままというパターンが頻繁に見られます)

No title

Ooboe
学さん

隣のスレでもコメントしましたが
彼らとの問答とは、切り離して
学さんの、この科学的事案の
解説をまず理解したいのです。
学さんに於いては自明なことでも
彼らが絡んだ問答内容からは
複雑な専門領域を彼らによって
さらに複雑にされてしまっているので
肝心の学さんの所見がわかりにくく
なっていると思います。

いちど私達閲覧者のため彼らの議論を
離れての解説を重ねてお願いいたします
その上で彼らとの問答が分かりやすく
なると思います。

それから、Lさんは、学さんへの攻撃の
ご意図はないと思います。あくまで
ご自分の科学的データ把握からの所見と
学さんとは違う部分とのまともな議論
スタンスですから、彼らと同じ所見のところがあっても、取り組む精神性は
彼らとは全くレベルが違う方と思います

No title

plus99%
(つづき)

Nスペの科学者たちが話題にしているのは
「この隠し持ったDNA情報」のことですね。
T細胞レセプターのことではありませんよ。 
ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15546929.html
2018/6/12(火) 午前 1:46 [ plus99% ]

ーーーーーー引用終わりーーーーーー

No title

plus99%
(つづき)
===ここから引用===
TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です(元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている)。

ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15511898.html
2018/5/18(金) 午後 10:11学とみ子
===引用ここまで===

これが始まり。覚えていますかね。 
2018/6/12(火) 午前 1:32 [ plus99% ]
(文字数制限のため分割 つづく 引用も継続)

No title

plus99%
学とみ子さん

>数日前、図の説明として、学とみ子は、”DNAが隠し持った情報”と表現しましたが、これは、T細胞が抱えるTCR再構成を意味していました。
しかし、plusさんは、”DNAが隠し持った情報”と”TCR”は関係が無いでしょう?とおっしゃっいました。
同じ言葉であることを理解するのは、plusさんですら、難しいということですね。


幾人も幾人もの人に繰り返し指摘されているように、他人のコメントを捏造しないで下さいね。

私のコメントは
ーーーーーこれより引用ーーーーーー
>この隠し持ったDNA情報をT細胞が持っていることを理解できていれば、STAPのTCR問題の何が問題なのか?についても理解することができます。

まあ、みなさんいままでの文章も読めますからね。(文字数制限のため分割 つづく 引用も継続)
非公開コメント

トラックバック