ヤッパリ氏曰く:何回も何回も諦めずに説明した結果、ようやく学さんも少しだけ理解できたということで、嬉しい限りです。

前回のエントリー記事がすごく、煩雑になってます。
TCRに関するヤッパリ氏と学とみ子のやりとりは、これより以前から引き続いている議論なので、ここで整理したいと思います。

学とみ子が大事だと思うヤッパリ氏のコメントを貼り付けておくことにしました。
以下よりコピペが始まります。

学さんへ(その1)

私のコメントを集めて文句を言うのは構わないのですが、、、酷いやり方ですね。

基本的に私のコメントは、学さんが科学的にあるいは論理的に間違った記載をしていた場合に間違いを指摘してきたものですので、その対象となる学さんの記載を合わせて示さなければ、私のコメントが正しいことが伝わりませんよ。

そして、そもそも学さんが何を書いていたのか、自分自身で良く確かめることですね。

まず私は一連のコメントにおいて、「STAP論文におけるTCR再構成の意義」という言葉を使うようにしています。
その理由は、学さんが、「STAP論文におけるTCR再構成」の話と、「免疫学における教科書的なTCR再構成」の話を度々混在させてコメントされるからです。
(特に良く見かけるのは、前者の議論をしているのに、些細な用語の使い方とかで後者のTCR再構成の知識を持ち出して、相手を素人扱いにする態度です。 学さん自身は「TCR再合成」なんて書いていても平気みたいですが。その結果、前者の議論が有耶無耶になったままというパターンが頻繁に見られます) 削除
2018/6/14(木) 午前 8:35 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その2)
学さんのコメントから、もともと学さんは「STAP論文におけるTCR再構成の意義」を理解していなかったことは明らかです。
そもそも、NatureやScienceのSTAP論文の査読内容が流出されていたことも知らず、私や他の皆さんから情報をもらって、3年ほど周回遅れでそれを読んで、査読で指摘されているTCR再構成に関して頓珍漢な理解をし始めたのですからね。

「STAP論文におけるTCR再構成の意義」というのは、「酸性処理によって得られた多能性細胞は、元々存在していた未分化細胞の『選択』ではなく、分化した体細胞の『初期化』によって得られたものである」というSTAP論文の主張の根拠として、「元は分化した体細胞(T細胞)であったことの、いわば目印として、「TCR再構成」を利用した、というものです。 削除
2018/6/14(木) 午前 8:36 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その3)
そして、私は一連のコメントで、「遺伝子配列上のTCR再構成」と「タンパクとして細胞膜上に発現しているTCR」いう言い方を使うようにしています。
これは、「TCR」というと普通は「T細胞の細胞膜上に発現している抗原受容体分子」のことですが、文脈によっては、そのTCRをコードしている遺伝子配列のことを示す場合もあるので、誤解をさけるためです。

学さんは、今頃になって、「学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっている」と強調してますが、(そもそもTCRは上記のように文脈次第で遺伝子配列のことだったり受容体タンパクのことだったりするので、この記載そのものも極めて曖昧でいい加減ですが)
では、この文章はどういう意味なのでしょうか?


2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、
キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。 削除
2018/6/14(木) 午前 8:41 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
顔アイコン
学さんへ(その4) (一段落)

では、この文章はどういう意味なのでしょうか?


2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、
キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。


このTCRが、受容体タンパクのことならば、(まずはSTAP細胞の時点でなくなっていると考えるものですが)、キメラマウスの細胞には無いだろうというのは妥当ですが、、、
遺伝子配列上の再構成されたTCRのゲノム情報だとすると、、 基本的に遺伝子は複製されるので、キメラマウスになっても元のTCR再構成のゲノム情報が無くなるとは考えられません。
そんな状況だったので、私た他の人が、「学さんは遺伝子とタンパクの話を混同している、理解できていない」という指摘をせざるをえなかったわけです。


はてさて、「学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっている」と強調してますが、この文章を書いた時点では、どちらの話をされていたのでしょうかねえ? 削除
2018/6/14(木) 午前 8:49 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する


ここは、私の理解の問題だと思うのですが、だからこそ、TCRのできかたを、間違うはないのです。
間違いようがないです。
TCR..BCRは、普段でも考えますので…。 削除
2018/6/14(木) 午前 9:02 学とみ子
返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その5)
さて、再開しますが、繰り返しになりますが、念のためにもう一度書いておくと、元々の議論の対象は「STAP論文におけるTCR再構成」ですので、その意義は、「分化した体細胞由来であることの目印」ですので、極端に言えば、受容体タンパクとしてのTCRは全く議論には不要になります。 (そのSTAP細胞がT細胞まで分化していった場合に、目印であるTCR再構成の遺伝子配列がどのように発現して免疫機構に影響するのかという疑問はありますが、そもそもTCRをタンパクとして発現しない細胞については無関係と言えます)

また、TCR再構成は、酸性処理する前のT細胞において遺伝子配列として出来上がっており、酸処理以降は目印として残ったままですので、「TCR再構成がどこでどのように行われるか」ということも全く議論には無関係です。
(学さんが、この辺のことで教科書の通りの説明を振りかざして、自分は正しいと叫び、論点はズレていることも認識せず、、専門家と言われる人たちも間違ってると騒いでいるのが如何に滑稽かということですね) 削除
2018/6/14(木) 午後 0:59 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
顔アイコン
学さんへ(その6)

さて、先の学さんの記載の続きも見てみましょう。

2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
> キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です(元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている)。
この学さんのコメントに再三出てくる「TCR」は、はたして「ゲノム情報」のことなのでしょうか?

●キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、新たなTCRを構成する
●新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします

まあ、これらはゲノム情報ではなく、受容体タンパクのことでしょうね。
○この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です

????? 削除
2018/6/14(木) 午後 1:01 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その7)
そもそも、「STAP細胞は、(MUSE細胞のような元から存在していた)未分化細胞の『選択』ではなく、分化した体細胞が『初期化』によって得られた多能性細胞だ」というのは、STAP論文著者らの主張です。
その主張の根拠として、TCR再構成を目印にして実験を行っていたのです。

科学的には、「遺伝子配列上にTCR再構成のあるSTAP細胞からキメラマウスを作成し、そのキメラマウスの細胞にも遺伝子配列上にTCR再構成があれば、STAP細胞は初期化された多能性細胞である」という証明ができます。

まずは、STAP細胞のDNAのTCR部分をPCRで増幅することで、TCR再構成が残っていることを示しました。
そして、STAP細胞から作成したキメラマウスについても尻尾から採取した細胞でTCR再構成があるかどうか調べたと、Nature論文のMETHODの部分にと書いてあります。

しかし、「調べた」と書いてあるだけで、どこにも結果が示されていませんでした。
論文をしっかり読んでいた査読者から、その点を指摘されるのは当然だったでしょうね。 削除
2018/6/14(木) 午後 1:01 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
> 学とみ子さん (番外です)
>ここは、私の理解の問題だと思うのですが、だからこそ、TCRのできかたを、間違うはないのです。
>間違いようがないです。

このように、どのコメントのどこの部分へのレスなのか、理解困難なコメントをされるのは混乱するだけなので、止めましょう。

「TCRのできかたを、間違うはないのです」といいますが、「STAP論文におけるTCR再構成の意義」を議論する際には、「TCRのでき方」は全く不要です。

それから現時点で、 学さんへ(その4) 以降が未承認ですが、、、
学さんには耳の痛い話でしょうが、過去の事実確認をしないと、学さんがますますおかしな方向に走っていくようなので、、
よろしくお願いしますね。 削除
2018/6/14(木) 午後 1:46 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その8)
さて、この部分にも触れておきましょう。

(私のコメントについて学さんが付けた下線部分)
「30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百?の塩基対が欠損しただけのことで、」

>ここの記載は、下線部分で、やっぱり氏はまちがっていますね。
> 再構成について、やっぱり氏の知識が十分ではありません。
>なんのために、TCR再構成が起こるのかの理由もわかっていないでしょう。
>TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません。

この辺りの議論では、「体細胞由来であることの遺伝子配列上の目印としてのTCR再構成」の話をしているわけで、TCR再構成の生体反応とか免疫上の意義の話なんてしていません。
とにかく私に対して反論したくて、こんなイチャモンを付けてきたのでしょうけど、一体、私の下線部分のどこがどう間違っているというのでしょうか?
むしろ学さんの記載に比べて、より正確に記載したつもりなんですけどね。 削除
2018/6/15(金) 午前 8:38 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その9)
むしろ学さんの記載に比べて、より正確に記載したつもりなんですけどね。
学さんは、自分自身が何を書いたのかの記憶も自覚も無いようなので、私のこのコメントの前後にある学さんのコメントから、TCR再構成がどのように記載されているのかをいくつか抜き出してみましょう。

2018/5/20(日) 午前 10:55 学とみ子
でも、もし、何らかの別の方法で、元のマウス由来T細胞が確認できたら、遺伝子の一部が切り取られた細胞が生き残り、遺伝子欠損のまま増殖し、かつ次の生き物になれるというすごい発見になりますね。そう思いませんか?

2018/5/20(日) 午前 11:44 学とみ子
TCR再合成の無いマウスは生まれない(胎内で淘汰、流産する)と考えるのが普通ですけどね。

2018/5/21(月) 午後 1:29 学とみ子
もし、遺伝子が切り取られたT細胞で、キメラ部分が構成されていたら、元マウス由来T細胞がその部分を作ったことになり、4Nだったら全胎児を作ったことになりますね。
こうしたマウスは生まれてこないと考えます。

2018/6/15(金) 午前 8:41 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する                        
顔アイコン
学さんへ(その10) 学さんの過去コメントの続きです。

2018/5/21(月) 午後 8:10 学とみ子
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。ホント、あきれますね。
ここまできたら、「私(yap*ari*w*katt*na*さん)は専門家ではない」と言って逃げるのは許されませんよ。

2018/5/21(月) 午後 8:33 学とみ子
私にこうした質問をなげてくることが、あなた自身の無知を表してしまうことなのよ。T細胞の切り取られた部分はDNA配列なのよ。
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね

2018/5/21(月) 午後 9:56 学とみ子
キメラやテラトーマの構成細胞には遺伝子欠損があるはずとした査読者の考えは間違っています。

2018/5/21(月) 午後 10:10 学とみ子
DNAが切り取られたT細胞は、(周囲環境が変わり)抗原刺激がない状態では使い捨て細胞として死ぬのを知って 削除
2018/6/15(金) 午前 8:45 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その11) 学さんの過去コメントの続きです。

2018/5/21(月) 午後 10:10 学とみ子
DNAが切り取られたT細胞は、(周囲環境が変わり)抗原刺激がない状態では使い捨て細胞として死ぬのを知ってますか?

2018/5/21(月) 午後 9:17 学とみ子
この査読者も勘違いしていると思います。分化したT細胞をクローン化して注入したわけでもないのに、すでに遺伝子が切り取られて使い捨てになった細胞しかキメラをつくれなかった!との考えを持つんですかね。

さてさて、こうやって学さんのコメントを並べてみると、TCR再構成について、
「遺伝子の一部が切り取られた」、「遺伝子欠損のある細胞」というような記載が乱発されていますが、、

今回、学さんは「TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません」といって、私の下線部分の記載を批判しているのですよね。

何か、ご自身の過去のコメントについて言いたいことはありますか? 削除
                        
2018/6/15(金) 午前 8:47 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
                       
顔アイコン
学さんへ(その12) (これで一段落)
それから、上記のような一連の学さんのコメントを改めてみると、
「キメラやテラトーマの構成細胞には遺伝子欠損があるはずとした査読者の考えは間違っています。」
なんて書いてますね。

やはり、この時期は「遺伝子配列上にTCR再構成を目印としてもつ多能性細胞から作製されたキメラやテラトーマの構成細胞には、TCR再構成の目印は残っている」という私たちの説明を理解していなかったようですね。
けど、6/14の記事では、
「TCR再構成は、ゲノムで作り直された情報なので、そののまま、キメラになっても、幹細胞になっても、TCR再構成は残っているという意味なのですけど・・・」
に変わってますね。

まあ、何回も何回も諦めずに説明した結果、ようやく学さんも少しだけ理解できたということで、嬉しい限りです。 削除
2018/6/15(金) 午前 8:51 [ yap*ari*w*katt*na* ]
スポンサーサイト



コメント

非公開コメント

トラックバック