前記事の文章が切れてしまいます。すみません。こちらに同じ内容でテキスト化しました。

前記事にコピペさせてもらったヤッパリ氏の12分割コメントより前に、当ブログへ寄せられたやっぱり氏ののコメントをまとめています。
誰がどこを言ったのかについて、ご興味ある方は、元のサイトに飛んでお確かめください。

議論には流れがありますので、学とみ子とやっぱり氏の議論について、それぞれの赤字で示したタイトルに戻って、両者の議論の流れをたしかめてください。リンクははられていません。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。

当ブログタイトルは赤に下線でしましました。
わかりにくくてすみません。
ネット周りに弱い学とみ子が最大、努力できることです。

本日21日の学とみ子の最新コメントは、茶字でしめします。

T細胞レセプターの多様性により、一種類のT細胞レセプターを分取するためには、それぞれのT細胞レセプターを持つT細胞株を樹立し、その各々からT細胞レセプターを単離することが必須となる。
万能細胞 iPS ES STAP
 
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/13(水) 午後 1:46
 
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STAP論文におけるTCRの意義に関して、
 頭がぐちゃぐちゃになっているのは、学さんと、科学知識のないooboeさんだけでしょうね。
 (最初から頭がぐちゃぐちゃの多ハン虫は対象外)
 最近、ここに投稿しているほぼ全ての人は、学さんの考え方が生物学的に間違っている、論理的に破たんしているということを理解していますよ。
また勝手に誤解するといけないので補足しておきますが、
 T細胞に関する教科書にあるのと同様の説明や、理研のT細胞-ips細胞の研究に関する記載通りの説明について、間違っているといっているのではなく、
 「T細胞由来のSTAP細胞から作成されるキメラマウス」に関する学さんの説が、生物学的に間違っており、T細胞の教科書的説明や理研のIPS細胞の説明からは論理的に破たんしているということです。


ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。
万能細胞 iPS ES STAP
 
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/13(水) 午前 9:07
 
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ため息さんが ips細胞の事例を持ってきたに対して、学さんが頓珍漢な返信をしているので、話がずれているようにも見えますが、、
 「T遺伝子配列上にTCR再構成を有しているが、T細胞の性質を示すタンパクを発現していない多能性細胞」は、T細胞の特徴(活性化、分化、制御、細胞死など)は有していない、という事例として示されたものです。
 参考までに、Tadaらの下記研究を挙げておきます。
これは、ES細胞とT細胞を融合させて多能性細胞を作成する方法ですが、遺伝子配列上にTCR再構成を有していて、三胚葉に分化できキメラマウスもできる多能性細胞の例ですね。
Curr Biol. 2001 Oct 2;11(19):1553-8.
 Nuclear reprogramming of somatic cells by in vitro hybridization with ES cells.
 Tada M1, Takahama Y, Abe K, Nakatsuji N, Tada T.


ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。
万能細胞 iPS ES STAP
 
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/13(水) 午前 8:51
 
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> 学とみ子さん
L >TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。
 > 分割という考え方があるのでしょうか?

 Lさんは、(ため息さんもplus99%さんもxyzさんも)私のコメントを理解されていて、同じことを別の表現で書かれただけのようですね。
 「分割」という言葉を使ったので、学さんが理解できず混乱しているだけで、ずーーーっと何度も何度も私が書いてきたことと同じことです。
 即ち、T細胞由来の多能性細胞には「遺伝子配列としてのTCR再構成」はあっても、T細胞の性質はなく、T細胞に分化誘導されて初めてT細胞特異的なタンパクの発現を介してT細胞の性質を示す、ということですよ。
 「遺伝子配列がある」ということと「タンパクとして発現する」は、分けて考えるということです。 学さんはこれを混同して、間違ってたことばかり書いているのですよ。



6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
学とみ子は誤解などしていません。
Lさんが分割という言葉を用いた時、学とみ子にはその意味が理解できませんでした。
DNA情報からタンパク合成まで、学とみ子にとっては一連の細胞イベントだったからです。
でも、この分割との考え方は、初心者向けの解説にすぎないことに気づきました。
ですから、そのように弁明しました。

やっぱり氏は、ご自身の誤解の結果、”学とみ子は誤解している人”にしています。
誤解しているのは、やっぱり氏の方です。

ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。
万能細胞 iPS ES STAP
  [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/12(火) 午後 3:19
 
> 学とみ子さん
何度も何度も、学さんはTCRという言葉で、遺伝子配列とタンパクを混同していると指摘してきたのですが、まるで通じないし、他人のコメントまで捻じ曲げているのですよ。
いい加減にして下さいね。

ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/12(火) 午後 3:12

> 学とみ子さん
> 彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、

 出鱈目ばかり書くのはやめてほしいですね。
 私はすでに十数回も同じことを書いてます。よく読んで下さいね。
T細胞由来の多能性細胞は、TCR情報即ち再構成されたTCR遺伝子配列は有していても細胞膜上のタンパクとしてのTCRは発現していないので、学さんの主張する短命というT細胞の特徴(TCRを介するアポトーシス)は示さない、と言っているのです。


6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
T細胞由来の多能性細胞は、TCR情報即ちTCR遺伝子配列は再構成されてしまっています。
こうした遺伝子に傷のある細胞は、キメラの中での生存競争に弱いと考えるのは、あたりまえです。こうした細胞が生き残ってキメラになれると考える人は、生命科学の素人でしょう。
学とみ子が、遺伝子に傷のある細胞が、胎内で淘汰されやすいと言っているのに、やっぱり氏は理解できていません。
ヤッパリ氏は、STAP-T細胞表面の蛋白が出ていないのだから、他の細胞と変わらないと言います。つまり、生存できるはずとの考えです。
ここで、学とみ子が遺伝子DNAレベルの話をしていることを理解できていません。


胎児が遺伝子をコピーしつづけて体を作って行く段階で、大きな遺伝子コピーミスをした場合、その胎児の多くは流産してしまいます。
流産胎児は、さまざまな遺伝子異常を高率に抱えています(結果、流産する)。
流産した胎児における染色体異常の実態につき、専門に研究をしている医学者たちがいます。
ヤッパリ氏は、そうした発想をもてず、学とみ子がDNAと蛋白の区別ができていないとの主張から、一歩も進めません。
なぜ、学とみ子がキメラの中で、STAP-T細胞の生存が不利であると主張しているのかが理解できていません。STAP-T細胞は、TCR遺伝子のJエクソンの一部が切り取られているだけだから、たったそこだけで生存に不利はない!と、やっぱり氏は主張しています。

がんと闘える力が弱い(エフェクターTが弱い)体質の人は、がんが進行し転移します。
万能細胞 iPS ES STAP
  [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/11(月) 午後 2:01
 

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 > 学とみ子さん
横から失礼します。
 >>iPS細胞となったら=初 期化されたらこのT細胞独特の蛋白 を発現していないのです。
 > 当たり前です。
おやおや、当たり前だって、理解していたんですか????
ではお伺いしますが、タンパクとしてTCRを発現していない細胞が、T細胞と同じようにアポトーシスを起こすとお考えですか???

6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
上記のコメントも、やっぱり氏が他人をバカにする態度がよく現れたコメントです。

ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/11(月) 午後 1:56
 

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> Lさん
>STAP-SCにおけるTCR再構成バンドの検出についは、「弱いバンドが一時的に見られた」という事だったと思います。
TCR再構成バンドを見たというのは、小保方氏がそういっただけで、本当に存在していたのかは不明ですね。
 >よって、T細胞STAP-SCはできていたとしても、他の造血細胞由来のSTAP-SCと競合できるほどの増殖能力を持たないと判断されたと思います。
これは、小保方氏がTCR再構成バンドを見たというのが真実であったとした場合に、説明しうる仮説にしかすぎません。
 今の時点では、その「STAP-SC」が「FES-1」由来であることが解析の結果明らかになったのですから、そもそも「TCR再構成バンドを見た」という小保方氏の言葉が疑われる状況ではないですか?
 先に、Nature論文の実験結果・データを真正なものとして扱うのは危険であるとお話ししたと思いますが、Lさんの「自分だったらワクワクしますけどね。」を見ると、結局、判っていないのではないかと心配してします。
 



ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/11(月) 午後 1:48
 

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> Lさん
 なぜ、このようなコメントが来るのか理解に苦しみますが、、
2018/6/8(金) 午前 9:04のコメントで私が、CDB自己点検の情報を参考までとしてお示しした理由が誤解されてるようですね。
Nature論文では最初にTCR再構成で初期化を確認して、それから他の細胞でも同様にSTAP現象が見られたとなってるが、実際の経緯は他の細胞でのSTAP化研究が先で、TCR再構成は西川先生にアドバイスを受けて、それから2-3か月後に小保方氏が、西川先生のアドバイスに合う様なデータを持ってきたということを伝えたかったのです。
 即ち、Lさんが論文から受けた印象と実際の経緯は違うということです。


(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/11(月) 午後 1:42
 

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> Lさん
>学さんとの間で、話が噛み合わないようなので、少し違う視点で議論しようと思い、T細胞の寿命の話をして見ました。
 Lさん、その話をする前に、明確に学さんが間違っている部分を指摘してあげてくださいよ。 私の説明は聞こうともしないのでね。
 T細胞の寿命は、非常に複雑な調整をされているらしいことは少し調べて見つけましたが、、 結局は 「細胞膜上にタンパクとして発現してるTCRを介してのアポトーシス」のようですね。
そうなると、T細胞の性能とか寿命と言う議論は、タンパクとしてTCRを発現していない細胞には当てはめられない、すなわち学さんの主張する「T細胞由来のSTAP細胞」にはT細胞の寿命の話には当てはめられない、ということなんですが、、
ここに関するLさんの見解を明確にしていただけませんか?
 (即ち、TCR再構成のあるキメラマウスができるかという疑問に対して、T細胞の寿命の話を当てはめるのは学さんはナンセンスだと)

6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
上記のコメントからもわかりますが、DNA再構成済のSTAP-T細胞が、外にとりだされて他のマウスの胚にいれられてしまった時に、キメラづくりのための生き残りに向けて、STAP-T細胞が不利との学とみ子推論をやっぱり氏は理解できてません。

ため息先生は、iPS化の説明を求めておられましたので、アノ姐さんがため息ブログ後半に書いてくれた説明をもって、学とみ子のiPS化の説明とさせていただきます。
万能細胞 iPS ES STAP
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/10(日) 午後 7:41
 
 > 学とみ子さん
>>「ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま」というiPS細胞があるのなら、その例をあげてください。
 >これこそ、元のTCR再構成を残したがん抗原認識T細胞の誘導研究が、その例ではないのですか?

やはり、学さんは遺伝子とタンパクの関係が理解できずに混同しているのですね。
TCRの遺伝子があるだけでタンパクとして発現していない多能性細胞ではT細胞としての能力は発揮しません。T細胞まで分化誘導させてTCRをタンパクとして発現するようになってT細胞としての能力を発揮するのですよ。
 

間違ったことをしてけしからん!と警察からのチェックを受けているようなドキドキした気分に私はいます。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午後 2:35
 

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> 学とみ子さん
>がん抗原と反応できるTCRを持つ特異的T細胞を、iPS技術を用いて、TCRを維持してがん反応も確保したままで増やすという話であると私は理解してます。
>先生が初期化という言葉を使うから、私は話がわからなくなるのでする。これはiPS化です。
 学さんが間違っていますよ。
ips細胞化=初期化 と考えて良いのです。
 従って、このT細胞由来のips細胞は三胚葉の様々な細胞に分化することも確認されています。
で、問題は、というか、学さんがやっぱり判っていないのは、このT細胞由来ips細胞をそのまま使うのではなく、T細胞に分化誘導させて使うのですよ。
 T細胞に分化させたら、元々のT細胞に有った特異的TCRが発現してくるので、例えば癌細胞特異的なT細胞を大量に作成することができるという訳です。
この研究でキモなのは、「T-ips細胞をT細胞に分化誘導させる」ところです。 T細胞に分化して初めて、免疫細胞として機能するのです。 当たり前の話ですが、ただ単に遺伝子配列上にTCR再構成があるだけのT-ips細胞にはT細胞としての機能はあり


(切れたので、続きです)
この研究でキモなのは、「T-ips細胞をT細胞に分化誘導させる」ところです。 T細胞に分化して初めて、免疫細胞として機能するのです。 当たり前の話ですが、ただ単に遺伝子配列上にTCR再構成があるだけのT-ips細胞にはT細胞としての機能はありません。
 学さんは、遺伝子配列とタンパク、分化細胞と未分化細胞の区別がつかずに、間違ったことばかり書かれているように思えますね。


キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yuu*ach*_h*g*rashi ]
2018/6/8(金) 午前 10:04
 

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学さん
>T細胞は、持ち主の中でしか働かないMHC拘束性の細胞で・・
T細胞から作ったSTAP細胞(有ればですが)は、T細胞ではない(T細胞の痕跡を持つSTAP細胞)という簡単な事実も理解できませんか?
 

間違ったことをしてけしからん!と警察からのチェックを受けているようなドキドキした気分に私はいます。
万能細胞 iPS ES STAP
 [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 9:42
 

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学さん
>ため息先生は、なに、とぼけた返事なの?と怒っておられるようです。
 >ため息先生のお怒りが学とみ子にはよくわかりません。
 横からの推測ですみませんが、おそらくため息先生は
(2)が達成不可能であることの根拠は何?
という質問にまともに回答していないことに怒っているのではないでしょうか?
ため息先生も、この質問だけシンプルに再度質問すればよかったのかもしれませんが、、
 >吉村先生のご意見はくわしくはしりませんが、他の方の話によると、T細胞からキメラができないとおかしい?とおっしゃっているようです。
 >そうなら、私は「そこは間違っていると思う」は言えます。
 学さんが誤解しています。
 私は何度も書いたはずですが、、理解できなかったのでしょうか?
TCR再構成のあるSTAP細胞からキメラマウスを作成した場合、それが発生、成長していく段階でT細胞に分化した際に、本来のT細胞の機能が正常に働かずに免疫不全になるのではないか? ということですよ。


6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
>他の方の話によると、T細胞からキメラができないとおかしい?とおっしゃっているようです。

免疫学をやっている教授と呼ばれる人が、「キメラはT細胞からできているべきなど」と発言することが、おかしいと思います。

吉村氏は、「T細胞以外からできたのは認める」とのお立場ですが、それが、「T細胞からできたのではければ、おかしい」との世論になってしまった例ですね。
つまり、以前ここで議論になった(2)論から(1)論へのすり替えに似たような状況です。

T細胞がキメラ構成細胞になるには、遺伝子構成変化をすでに生じている分化細胞は圧倒的に不利です。細胞増殖のせめぎあいの時に、遺伝子構成変化細胞は、検出されて除去されてしまう可能が高いです。生体内では、異常細胞は除去されます。
ヤッパリ氏の考えているJエクソンどころの変化ではないですからね。

ため息氏やヤッパリ氏は、T細胞に遺伝子挿入やら、ESとの融合やらの特殊な人工操作したT細胞が生き残るといった話をします。
これは、T細胞を集めてきて人工的遺伝子操作した場合の話で、STAP実験の場合とは違います。
STAPの場合は、ヨーイドンで、T細胞に他の細胞と陣地取り合戦をさせて勝てるか?という話です。ヤッパリ氏は、T細胞は、Jエクソンの僅かな変化だから競争力は変わらないと言います(まさか!)
条件が全く違います。


キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
.[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 9:30
.
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> 学とみ子さん
>そういう話はしていません。
 >もう、かみ合わないのですからやめませんか?
いえいえ、T細胞由来のSTAP細胞から作成されるキメラマウスの話をしているのですから、話はずれてはいませんよ。
 噛み合わないのは、学さんが肝心な部分から逃げ回って、話をすり替えているからではないでしょうか?

 >T細胞は、持ち主の中でしか働かないMHC拘束性の細胞で、(他に移されるとかで)人工的に持ち主からT細胞をはなしてしまうと、T細胞はアポトーシスで死ぬ細胞だと言っています。

そんなことは判っています。 これはT細胞の話ですね。
キメラマウスは、「T細胞」から作成したのではなく、「T細胞を初期化して得られたSTAP細胞」から作成された、という話なんですよ。
 T細胞のアポトーシスの話は関係ありませんね。


まさか、「TCRを介してアポトーシスを起こす」というT細胞の性質が、「三胚葉どの組織の細胞にも分化しうる多能性細胞であるSTAP細胞」にも残っていると思っているのですか?




(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
. [ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 9:21
.
 顔アイコン
Lさん
横から失礼します。
 T細胞の寿命の話ですが、これらはあくまで「細胞膜上にタンパクとしてTCRを発現しているT細胞」の話ですよね。
そのT細胞を「初期化」して得られた多能性細胞である「STAP細胞」においても、T細胞の寿命の話が適用できると思われますか?
 「T細胞から得られたSTAP細胞」からキメラマウスを作成する際に、「T細胞」の寿命(アポトーシス)の話は、全く無関係だと思うのですが。

6月21日の時点で、番外で、学とみ子が臨時コメント追加です。
ヤッパリ氏のコメントを読むと、初期化されたSTAP-T細胞において、学とみ子がたんぱくにこだわっていると言い続けていますね。
学とみ子は、初期化(まっさら)T細胞で残っているTCR遺伝子情報は、その後の生き残りで不利になると言っているのですが、T細胞についての知識がないので、その意味がわからないのです。
ヤッパリ氏は、




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