前エントリー記事の続きです。TCRに関して、学とみ子とやっぱり氏の攻防をまとめています。

前エントリー記事に続きます。議論には流れがありますので、学とみ子とやっぱり氏の議論について、それぞれの赤字で示したタイトルに戻って、両者の議論の流れをたしかめてください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。


ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]

2018/6/8(金) 午前 9:04
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> Lさん
>しかし、検証実験で得られたデータについては、信頼性が高いと考えて良いと思っています。
 >よって、検証実験のデータについては、「誰が何を言っているか」ではなく、「データが何を語っているか」で判断するのが、研究者の仕事だと思います
 これについては、同意します。
 私が言及したのは、Nature論文に記載されている実験結果、データを真正のものとして扱うのは危険である、ということですので。
 >桂報告書を読めば誰でもわかる事ではなく、データをしっかり読まないと見えてこない事をコメントしたいと思っています
 これも了解です。 期待しております。
ただ、論文だけでは見えてこない経緯等の情報も、ある程度重要と思っています。 先に紹介した時系列ですが、CDB自己点検検証によれば、
 「2012年の3月に西川GDのアドバイスを受けた小保方氏は、2012年中ごろ、STAP細胞を含む細胞の塊及び一部のSTAP 幹細胞にTCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを若山研究室内で報告していた。」とありますので。 ご参考まで。


ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか?となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 8:51
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> Lさん
>検証実験がプランされた段階では、STAP論文の不正はそこまで明らかになっていなかったので、ある程度はきちんと実験されたとの前提に立って、問題点をクリアにするための実験を組むべきだったと思います。
 Lさんのお考えは、それはそれで妥当だと思いますが、検証実験においては、単に疑義のあったTCRやCD45の解明だけにフォーカスせず、もっと広く「STAP細胞は本当にできるのか?」という目的があったように思えます。
Nature論文には無いATP刺激も試みたのは、そのような意図を感じる部分です。同じく論文にはない肝細胞ーCreシステムを使って初期化の検証を試みたのも理解できます。
 当時の丹羽氏の場合、例のプロトコルでSTAP幹細胞にはTCR再構成が無かったという事実に対して、TCR再構成のあるSTAP細胞は生存に不利で淘汰されたとの説明仮説を挙げていただけに、TCR再構成だけで初期化を示すストーリーに不安もあったのではないでしょうか?
Creに対してLさんが「失望、ミスジャッジ」とまで言うのは、Lさんの造血細胞仮説を重視するあまりではないかと思えるのですが



キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午後 7:56
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やっぱり、学さんは遺伝子とタンパクの違いが認識できていないようですね。
T細胞のアポトーシスは非常に複雑な制御があるようですが、そのアポトーシスは基本的に細胞膜上にタンパクとして存在しているTCRを介して起こるのですね。
 遺伝子配列上ではTCR再構成があってもタンパクとしてTCRを発現していない多能性細胞に対しては、T細胞のようなアポトーシスは起こらないという発想ができないのでしょう。



キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yuu*ach*_h*g*rashi ]
2018/6/7(木) 午後 6:25
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学さん
>遺伝子挿入しないでT細胞が初期化されたというのが無いでしょうから…
えつ! 小保方氏の擁護者だと思ってたら、STAP細胞全否定ですか?



キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 9:06
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つまり、学さんがエラそうに述べている
>分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです
 というのは、T細胞に分化してから起きる事であり、
ただ単に遺伝子配列上でTCR再構成があるだけで、タンパクとしてのTCRを発現しない細胞には関係のない話です。
 発生が進んで、このTCR再構成された多能性細胞からT細胞になった際には免疫不全の状態になるのではないか? というのが吉村先生らの疑問だったと理解してますが、、

 学さんは、TCRをタンパクとして発現しているT細胞の話を、ただ単に遺伝子配列上にTCR再構成を残していてタンパクとしては発現していない多能性細胞に、間違って当てはめているのではないでしょうか?


キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:55
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学さん
 やっぱり、学さんは根本的に判っていないのですね。
 >元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。

 「分化したT細胞」からキメラを作ろうとしたのではありませんよ。
 「分化したT細胞から作られたSTAP細胞」からキメラを作ろうとしたのです。
Nature論文著者らの主張によれば、「STAP細胞は三胚葉のいずれにも分化しうる多能性細胞であり、皮下に埋めこめばテラトーマを形成し、初期胚に移植すればキメラマウスになる多能性細胞である」ということです。

すなわち、ES細胞やiPS細胞のような多能性細胞であって、T細胞ではないのですよ。 そこが理解できていないのではないですか?


(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:38
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学さんのいつもの手口で、厳しい指摘コメントは未承認にして逃げ回るのでしょうが、、、
 改めて、指摘しておきます。

 私のコメントについて、勝手に学さんが捻じ曲げておいて、私が意見をすり替えたなどと非難して騒ぎ出す。
NHKスペシャルの説明についても、科学的に正しいことを述べているのに、学さんが勝手に脳内変換で捻じ曲げて、この学者は間違っているとか騒ぎだす。

ES混入についても、混入の対象はキメラやテラトーマだというものなのに、学さんが勝手に脳内変換して「STAPとESの比較実験はES混入では説明できないのでES説は破たんしている」などと、気が狂ったような説を持ち出して騒ぎ出す。

こんなのばっかりですよ。
 他人の意見や報告書の内容を、もう少しまともに理解してくださいね。


(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:31
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なぜか、後ろの数文字が消えてますが、まあ、意味は通じるでしょう。

 学さんの(1)(2)は、科学的には少し不正確な記述ですが、まあ、大意はかわらないので、そのまま使わせていただきますが、、
すなわち、私は最初から(2)であることを説明しているのに、勝手に学さんが脳内変換で捻じ曲げて、「貴方の意見は(1)なんですね」と聞いてきたので、 「どこをどう読んだら(1)になるのか理解できない、私は最初から(2)だと言っている」という回答をしていた訳ですよ。
にもかかわらず、その説明が理解できないのか、さらに脳内変換で捻じ曲げたのか判りませんが、私の主張が(1)から(2)にすり替えたように感じた、という、寝ぼけたことを学さんが書いているのです。
 理解できませんか???

(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:26
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(当該部分です)
2018/5/21(月) 午後 8:33 学とみ子
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね
2018/5/21(月) 午後 8:43[ yap*ari*w*katt*na* ]
 > 学とみ子さん
人の意見を勝手に捻じ曲げるのはやめてほしいですね。
 私の意見は本日午後0:54のコメントの通りです。下記に再掲します。貴方の捻じ曲げとの違いが分かりますか?

そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったT細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきとい


(1)TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない(2) TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:24
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> 学とみ子さん
>>「(1) にすり替えた」とは、誰がすり替え たのかを示さない限り、
 >やっぱりさんとの議論で、すり替えたとかんじました、。その議論の記録がのこっています、5月16日のタイトル「この事実は…」のコメントの真ん中あたりですね。

おやおや、もう学さんの記憶って、滅茶苦茶なんですね。
 学さんが勝手に、私の意見を(1)ですね、と誤解してきたので、
そのことを明確に否定したのに、、
 大丈夫ですか?
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