すでにTSさんも知っていることかもしれませんが、コピペしておきます。

学とみ子:以前に、TSさんが、TCRについて質問をしてきたことがありました。
以下のサイトを見つけました。


ものづくりのための研究ノート043:STAP細胞=ES細胞でない??「kahoの日記」の意外な結末!!

2014-06-04 12:48:21 | ものづくりのための研究ノート


 (以下の図参照 一番上:コントロール細胞(別論文の細胞)とES細胞の比較、2番目CD45+細胞とES細胞の比較、3番目STAP幹細胞とES細胞の比較。図のような染色体全体のリード数のパターンをみていると、CD45+細胞とES細胞は極端に違うこと(2番目)、またES細胞とSTAP幹細胞(4番目)は同様のパターンであることはわかるのですが、STAP細胞(3番目)に関してはCD45+細胞とES細胞もしくはSTAP幹細胞細胞の真ん中(というか足して2で割った)のような特徴があります。図でも目で見てわかる程度にパターンが違います。)。

ネットブックで行うNGS解析007:ちょいしょぼ解析覚書。。

2014-10-18 02:25:11 | ネットブックで行うNGS解析
 共同研究でRNA-seqデーター解析をしており、性懲りもなくデーターをもらってきて勉強がてら解析してみることにした(*)。




コメント(3)
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ゲノム上の位置は、どのあたりでしょうか? 削除
2018/7/13(金) 午後 2:07 [ Ts.Marker ] 返信する
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> Ts.Markerさん

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/21577
ハツカネズミのTCRβ遺伝子の場所についての情報です。参考になりますでしょうか?

別件です。
WikiPathologica の情報です。ただし、これはヒトの話です。
http://www.ft-patho.net/index.php?T-cell%20receptor(TCR)%20gene
•TCRβ遺伝子は7q34に685kbにわたり局在している。TCRγ, TCRδ遺伝子と異なり, β遺伝子のV領域はより複雑となっている。約65のVβ遺伝子エレメントが存在し、名称のつけ方には2通り(Ardenら, Weiら)がある。Vβ遺伝子は34のファミリーに分類される。異なる名称のつけ方がRowenらにより提唱され, この30のVβ遺伝子サブグループはIMGTにより採用されている。(IMGT: the international ImmunoGeneTics database-->IMGT web page) 削除
2018/7/13(金) 午後 9:52 学とみ子
返信する
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今回、紹介したアラフォーさんは、STAP細胞のTCR遺伝子発現パターンを以下のように説明しています。
STAP細胞(3番目)に関してはCD45+細胞とES細胞もしくはSTAP幹細胞細胞の真ん中(というか足して2で割った)のような特徴があります。

これは、CD45+細胞のTCRは、一方のアレルが再構成済であり、片方はGLパターンをとりますね。STAPは種類の異なる細胞が混じっているので、様相が異なります。ES細胞は、両アレルとも、TCR再構成とはまったくないので、STAP細胞とは異なることが示されているように思いますが、どうでしょうか? 削除
2018/7/13(金) 午後 10:08 学とみ子
返信する




 
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コメント

No title

学とみ子
今回、紹介したアラフォーさんは、STAP細胞のTCR遺伝子発現パターンを以下のように説明しています。
STAP細胞(3番目)に関してはCD45+細胞とES細胞もしくはSTAP幹細胞細胞の真ん中(というか足して2で割った)のような特徴があります。

これは、CD45+細胞のTCRは、一方のアレルが再構成済であり、片方はGLパターンをとりますね。STAPは種類の異なる細胞が混じっているので、様相が異なります。ES細胞は、両アレルとも、TCR再構成とはまったくないので、STAP細胞とは異なることが示されているように思いますが、どうでしょうか?

No title

学とみ子
> Ts.Markerさん

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/21577
ハツカネズミのTCRβ遺伝子の場所についての情報です。参考になりますでしょうか?

別件です。
WikiPathologica の情報です。ただし、これはヒトの話です。
http://www.ft-patho.net/index.php?T-cell%20receptor(TCR)%20gene
•TCRβ遺伝子は7q34に685kbにわたり局在している。TCRγ, TCRδ遺伝子と異なり, β遺伝子のV領域はより複雑となっている。約65のVβ遺伝子エレメントが存在し、名称のつけ方には2通り(Ardenら, Weiら)がある。Vβ遺伝子は34のファミリーに分類される。異なる名称のつけ方がRowenらにより提唱され, この30のVβ遺伝子サブグループはIMGTにより採用されている。(IMGT: the international ImmunoGeneTics database-->IMGT web page)

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Ts.Marker
ゲノム上の位置は、どのあたりでしょうか?
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