◎オホホポエムTCR エアキメラマウスからエアF1を秘密工場で作ったからシングルバンドとプロダクティブTCR配列1つだけで楽勝だとおもったのにぃぃ。

三つ前の当ブログ記事で、ヤフー知恵袋を紹介した。
そのタイトル「そのESそのものを使うなんていう捏造をしていないとすると、そのマウス個体からとったES細胞か、その類似細胞がSTAP細胞となります。 2018/7/13(金) 午後 8:22

上記のヤフー知恵袋や、オホホポエムには、本当にすごい事がかいてあると、読むたびに感心する。
小保方捏造論を信じている人でも、これを読んでねつ造の考えが変わるということはありえると思う。

今回は、”気分はアスリートさん”の紹介してくれた、以下のオホホポエムで語られたTCRについてふれてみる。
https://blogs.yahoo.co.jp/sun_room47/26564898.html
2015/4/21(火) 午前 0:06

オホホポエムの書き手は、科学者・実験者の職種であろうし、実際に実験室で手を動かす人であろうと思う。
ポエム作者さんは小保方氏になったつもりで、STAP実験をしながら書いているスタイルをとっている。
このポエム作者さんが理解できないことは、理解できないとオホホポエムに書いてくれる。
おかげで、ポエム作者さんは、どこがかわらないのかが読み手にわかる。

ポエム作者さんは、TCRがわからないようである。
その部分を読んでみよう。青字

幸運のスッポンさんの友達のチャンピン亀君がオホホ細胞が寄与したキメラマウスからジャームラインとおったF1は同腹兄弟とはいえ決して同じ組換えアレルを持つことはないって言うの。末梢リンパ球を酢風呂につけてオホホ細胞用にしたんだけど、末梢リンパ球がほぼ無限のレパートリーを持つせいでヘテロな集団オホホ細胞は1つ1つの細胞が絶対異なる組換えアレルを持つせいだ、なんて。もうわけワカメぇぇぇ。

だからお願いして簡単な例をあげてもらったら、あるF1マウスはB細胞ゆらいで同腹兄弟はT細胞ゆらいなんてことになるんだよって優しく教えてくれたの。

TCRなりBCRの組換えアレルを全身に持つエアマウスなら持ってるもんって思ってたの。ステム化オホホ細胞ゆらいエアキメラマウスからエアF1を秘密工場で作ったからシングルバンドとプロダクティブTCR配列1つだけで楽勝だとおもったのにぃぃ。

あっ、なんだ、末梢血ゲノムテンプレートでTCRなりBCRなり増幅してプラスミドに入れて大腸菌君ライブラリ作ったコロニーをエアマウスにしてタイピングすればレパートリーをみせられる!幸運のスッポンさんありがとう。

この記事では、TCRなりBCRの組換え済の遺伝子を全身に持つエアマウスについて書いている。
2Nキメラであれば、かなりの臓器において、T細胞由来STAP細胞が増殖できたことを示す。
STAP細胞は、2Nキメラにおいて、組織や臓器形成に貢献できた。

さらに、4Nキメラなら、全身の細胞がすべてSTAP細胞由来となり、ある部分はT細胞由来、ある部分はB細胞由来、あるいはその他起源のSTAP細胞由来となるのであろう。

そして、その細胞の混じり方は、キメラマウスごとに違う。ポエム作者は、このキメラマウスを頭の中でつくりあげて、あるとした想像の実験結果を論文に書いているとの想定だ。

末梢リンパ球がほぼ無限のレパートリーを持つせいでヘテロな集団オホホ細胞は1つ1つの細胞が絶対異なる組換えアレルを持つせいだ、なんて。もうわけワカメぇぇぇ。

ポエム作家さんがこのように書いているのは、それぞれT細胞ごとに異なる遺伝子選択の結果として、各T細胞ごとにTCR-DNA配列が異なることが理解ができず、ポエム作家さんはヒステリーが起こしたからであろう。

TCR再構成とは、TCR遺伝子のDNA配列に見られる共通の痕跡であると、ポエム作者さんの頭は刷り込まれてしまったようである。つまり、以下の記述でも明らかなように、ポエム作者さんは、TCR再構成とは、TCR遺伝子に見られる共通的な変化であると誤解してしまったようだ。

「シングルバンドとプロダクティブTCR配列1つだけで楽勝だとおもったのにぃぃ。」
と書いている。

限定した1か所あるいは2か所のDNAの共通変化であると、一部の基礎学者たちが間違って認識していた事実が良くわかるような上記の記載である。

伝言ゲームに参加した人たちが同じ間違い言葉が伝わると同じように、ES派や一部の基礎学者の人たちは、間違った理解をしていたのである。

さらに、ポエム作者さんは、Fig2Cのメチル化検査と混同して理解しているような記述である。TCR, BCRのDNA配列を大腸菌で増幅させれば、見えるのではないかと言っているようである。

STAP論文では、Oct4 や Nanog のプロモーター部分を大腸菌で増殖させているようである。
これと同じ方法で、TCRを増殖させようと考えているようだ。
ポエム作者さんは、こうした実験が得意なのかもしれない。

On day 7, unlike CD45 cells and like ES cells, low-pH-induced Oct4GFP1 cells displayed extensive demethylation at the Oct4 and Nanog promoter areas (Fig.2c),indicating that these cells underwent a substantial reprogramming of epigenetic status in these key genes for pluripotency.

ポエム作者さんは、TCR, BCRが、細胞1個ごとに異なる多様なDNA配列の変化であることを知らないようだ。

TCR, BCRの多彩な形を見たいのなら、レパトワ解析という方法があるが、その前に、多彩な形のTCRやBCRを保有するCD45細胞が、キメラマウスの主たる構成細胞になっていなければならない。

キメラマウスの主たる構成細胞としては、TCR保有細胞だけでも、BCR保有細胞だけでも良いが、そうしたマウスは本当にできるのか?(学とみ子は難しいと思うとすでに当ブログで記述した)
まずは、その議論から始めなければならないと思う。
以下の茶字の記事はすでに書いたのだが、参考までに再度載せておく。
核移植では、普通はリンパ球は使わないようである。

(補)核移植では、ドナーとしてT細胞を用いることが少ないというが、NKT細胞をドナー核に用いた場合でも、マウスは生存可能であるという。(既出)

NKT細胞のTCRα 鎖はほぼ一義的であってマウスの場合は Vα1 4-Jα18、
ヒトの場合は Vα2 4-Jα18である.一方,β 鎖においても,そのレパト ワーにおける使用頻度の偏りが観察され,Vβ8,7,2 が主に使用されている.NKT 細胞由来クローンマウスは そのゲノム DNA においてTCRα 鎖遺伝子座およびβ鎖遺 伝子座において遺伝子再構成が終了した配列を有してお り,これらは独立してその子孫に遺伝する.


難しい記載ではあるが、NKT細胞とは、TCR再構成の時に選ぶ遺伝子の種類が限られている。
α鎖では、TCR遺伝子のうちVα1 4番、Jα18番のみを選ぶ、Vβ鎖も、8,7,2 番を選ぶ。
一方、一般的なT細胞は、α、β鎖のVもJも、それぞれ数十種類のうちからランダムに選ぶ。

以下は、研究者、教育者のブログであるが、彼も又、TCRには詳しくない。
査読者もネイチャー編集部も、キメラが初期化T細胞から出来たなんて思っていない。
査読者は、幹細胞にTCRは無くてもかまわないと思ったからアクセプトしたでしょう。

幹細胞のTCRで騒いでいるのは、日本だけだと思う。
外国のES派は、いつまでもES説で騒ぐのは、研究上のライバルだからだろうけど・・・。

コメンテイター(農学系さん)から、「丹羽先生のプロトコール論文はおかしくない」とのコメントをもらっていながら、以下のような記事を書いている。青字

http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/2014-05-12.html
 また、丹羽先生のプロトコールの論文も極めて問題であり、すぐに撤回すべきだ。「親論文の撤回」という理由以外にも、小保方さんの結果と異なる結果であることを承知しながら、「小保方さんの方法の詳細な解説」として発表している(小保方さんは「STAP細胞ではTCR再構成が起こっている」という結果だったのに対して、丹羽先生の論文は「起こっていない」という結論である)。「最も重要な結果が異なっていることを「認識」していながら、あたかも「同一の結果が得られているかのように記載」しているとすれば、これは倫理面において問題となりうる行為だ。

http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/2014-05-14.html
もし丹羽先生の結果、すなわち「8系統のSTAP幹細胞にはTCRの再構成は確認できなかった」という事実が、小保方さんの最初のNature論文に記載されていたら、論文はアクセプトされていただろうか?
 
 答えはおそらく「ノー」であろう。論文の審査委員は、「それでは、STAP細胞が、細胞の「リプログラミング」でできたという証拠に乏しい。キメラマウスのTCR再構成も調べなさい」とコメントするだろう。そしてキメラマウスでもTCR再構成が確認されなかったら、こう決断を下すだろう。「この論文は、分化した細胞が「酸処理」という簡単な操作で「リプログラミング」される可能性を示した極めて興味深い論文である。しかしながら、STAP幹細胞やキメラマウスの基となった細胞が、「リプログラミング」によって生じた細胞か、CD45+細胞(白血球細胞)内に含まれる未知の幹細胞が酸処理によって「セレクション」されたのかは不明である。「選択」ではなく、「リプログラミング」であることの「確固たる証拠」を得てから再度投稿すべきである。」
スポンサーサイト



コメント

No title

学とみ子
TCRについてのポエム作家さんと同じ間違いをしていた方に、⚪️⚪️⚪️⚪️さんがいます。

この方は、今も、ご自身が正しく、学とみ子が間違っていると言ってます。又、あちらに書き込むかもしれません。

学とみ子の認知症と書くでしょうが、どちらが正しいか?は、読者のTCR理解次第です。

多くの基礎が間違った伝言ゲームをしてしまい、STAPにとても不利になりました。

専門学者による正しい説明は、マスコミは出しませんでした。
非公開コメント

トラックバック