先生が正しいと判断したものに、なぜ、生徒の分際で、根拠なく反論するのか?これを言う人は、常識的で正義感があふれる人かもしれません。

狸氏が新記事を発表されました。
http://giveme5.hateblo.jp/
今回も、示唆に富む著作です。
はてなブログさんが、狸氏の引退を認めないのも、うなずけます。

これからも、STAPネタを披露されるということで、学とみ子は楽しみにしたいと思います。
狸氏は、以下のようにおっしゃっています。茶字

>「小保方捏造」が、小保方さんがES細胞を意図的に混入させてSTAP幹細胞やキメラを捏造したという意味ならば、私はその説を信じていません。しかしまた、その説に疑問を感じることもありません。 というのもそれが一番、ありそうなことだと私には思えるからです。もちろん、それは私の妄想です。

学とみ子は、少し、視野を広げて考えてみます。

宿題を出された子どもたちの間で、子供たちが一生懸命に答えを探している状況を仮定しました。
先生からの問題が難しかったために、それぞれの子供たちの宿題の答えが違ってしまいました。
どの子供の答えが正しいのか?わからなくなってしまった状況とします。

子どもたちが混乱している場に、先生が登場します。
当然、宿題を出した先生ですから、正解について、子どもたちに説明するのです。
子どもたちは納得します。親御さんも含め、何の問題もありません。

先生は、いつでも子供たちより良くできる人であり、先生の答えが間違っているなんて普通はありません。

桂報告書は、上記に登場する先生の答えのように、正確で信頼に足るものであるべきです。
しかし、そのためには、多くの知識と調査が必要になります。

桂報告書を作った第三者委員たちは、皆、すぐれた学者たちでしょう。
第三者委員たちは、理研調査員からの報告文書を受けて、STAP関係者たちと面接をし、ES混入説を結論しました。

この時の調査にあたった理研内調査員、委員会委員たちは、研究者を等しく扱うということはありません。調査委員が、若山氏の業績を認め、若山氏の方が科学者として信頼できる人と考えていたなら、それは小保方氏にとって圧倒的に不利になると、前ブログに書きました。

実際は、どういう状態であったのかは、学とみ子にはわかりません。

しかし、出てきた報告書を見ると、(小保方有利につながる)遺伝子発現解析の結果はなく、各種の実験の実施者責任については、調査された形跡がありません。
実験担当者同志の対立点も、明らかにされていません。

桂委員会は、科学者の将来を考え、実験ノートの未公開など、若山氏には配慮しました。
一方、小保方氏はファックスの使い方が未熟と明記したり、以下の記述(青字)を入れたりとか、科学者としての小保方氏の将来を全く奪い取ったという書きぶりをしました。

>たまたま小保方氏と共同研究する立場にはなかった大部分の研究者も、もし自分が共同研 究をしていたらどうなったかを考えると、身につまされることが多いだろう。(桂報告書31頁)

上記に書いた宿題の正解についての話題に戻りますが、STAP実験を計画し、実験をしたのは、一流の学者たちです。

さらに、実験結果を著者らで何度ももんで、超一流の三誌に投稿しているのです。
この時、三誌にアクセプトされずとも、レビューワーに廻るだけのインパクトのある内容なのです。

その後、笹井先生が参加して、さらにSTAP細胞のコンセプトが磨かれました。
STAP論文は、その分野の超一流の学者たちによって作られました。

その後に、論文疑義が出て、論文の正誤をさばくために調査委員会が発足し、委員となった学者たちが、再度、頭を突き合わせていろいろと科学的に調査しました。

その結果、ES混入の可能性が極めて高いと結論したのです。
その結論に導くために、桂報告書に書かれた調査で、十分、その結論が導けると、調査委員たちは判断しました。

桂報告書は、委員たちの科学的判断です。
生徒の答えを先生が教えるとの上記の話とは訳が違います。いわば、先生が出した宿題に別の先生が答えたという状況です。

ですから、調査した先生たちに対し、間違った答えであるから再調査して欲しいと、他の先生たちが声をあげ、あるいは、よくできる生徒たちが声をあげると言う展開はありなのです。

しかし、学とみ子がこうした事を言うと、不快感をあらわにする人がいます。
STAPの調査はしかるべき学者たちによってお墨付きを得た結論で、こうしたものに根拠なく反論する人は、良識ある人でないとの理屈です。

先生が正しいと判断したものに、なぜ、生徒の分際で、根拠なく反論するのか?
こうした文句を言う人は、極めて常識的で正義感があふれる人かもしれません。

しかし、先生だって間違えることがあるのです。
STAP実験を行ったのは、生徒ではなく、先生たちです。
STAP実験を行ったのは、STAP細胞を見ている先生たちです。
一方、調査委員の先生たちは、STAP細胞を見ていていません。

STAP派が反社会的な人たちと考えるES支持派は、先生だって間違える!との視点でもう一度、STAP派の言い分を聞いてみてください。

そして、STAP派の言い分が理解できた時、理解できた人は、あらためて、桂報告書が及ぼした社会への影響力の大きさに驚くことになるのではないでしょうか?
間違ってはいけないはずの先生の答えが、間違っていたことを知る事になるのです。

ES混入を単独犯で行うためには、最初から最後まで実験にかかわれる人でなくてはなりません。それは、小保方氏しかいません。つまり、ES混入説とは、犯人を特定する説であると思います。

そして、ES混入説は、人的操作の及ばない細胞の動態を否定することでもあります。

STAP事件は、意図的な人的操作の状況も不明ですし、自然に起きる細胞動態についても、何もわかっていません。STAP細胞がどのような細胞であったかは、人類の知恵がまだ及ばない未知の領域です。
だから、ES混入と決めることができないのです。

犯人特定となるES混入説に対して、調査委員会の司法委員たちから、どのような見解が出されたのかは、桂報告書からは窺い知ることができません。




         コメント(32)
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あれ、止めるのやめたの?そうすると、地縛霊じゃなくてゾンビだな。削除
2018/9/27(木) 午後 7:55[ 水晶玉 ]返信する
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ttps://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(08)00447-9
B-iPS(B-Cell由来のiPS細胞)では、この論文を読む限り、キメラアッセイで生存に不利(陣取り合戦)というようなことは全く書かれてないように思えます。
またキメラのtailから得たDNAを用いて、サザンブロットで「遺伝子再構成のあるB細胞由来」であることを確認しています。Fig2のFがそれです。
学さんの説では、ホスト(レシピエント)のB細胞がウジャウジャいてドナーのそれと区別出来ないから、キメラ体細胞からの起源(B細胞由来)の確認は不可能ということだったと思います。
またこの説は、片瀬氏や詫摩氏を深く考えずに追認しているに思えます。意見を同じくしていけないということはないですが、正直、引き摺られている……という印象です。
この論文は、STAP論文アーティクルの方でリファレンスに載っています。削除
2018/9/28(金) 午前 3:03[ aruimiouji ]返信する
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続きです。
またこの説は、片瀬氏や詫摩氏を深く考えずに追認しているに思えます。意見を同じくしていけないということはないですが、正直、引き摺られている……という印象です。
この論文は、STAP論文アーティクルの方でリファレンスに載っています。
学さんにとっては自分の仮説の反証にならないのでしょうか?。
僭越ですが、少し学さんの仮説を整理させて貰います。
「免疫細胞由来で遺伝子再構成バンドを持つ多能性細胞はキメラアッセイで生存に不利。
キメラ寄与率が他の体細胞由来のそれと比べてかなり低くなる。または、全く寄与しない。」
学さんの仮説ですから、違うと思えば、当たり前ですが思うままに改訂して下さい。
ジェイコブ・ハンナの論文は学さんの仮説の反証にはならないのでしょうか?。
また自分の仮説を支持するような論文を学さんはご存知ですか?。
正直、そういう論文はこの世に存在しないように思えます。
学さんの仮説は、既知のいくつかの報告と全く相反するからこそ、研究経験者から反撥を買っているとは考えないのですか?。無知な人たちに対して、社会的な責任があるとは思わないのですか?。削除
2018/9/28(金) 午前 3:07[ aruimiouji ]返信する
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ttps://twilog.org/aruimiouji/month-1806/nomen-2
この辺で言いたいことを言っております。
学さんには、不愉快千万だとは承知しています。
ご容赦を。削除
2018/9/28(金) 午前 3:11[ aruimiouji ]返信する

> aruimioujiさん
コメントありがとうございます。

>キメラアッセイで生存に不利

BCR欠損の免疫不全症の方がいます。その病型も多彩です。生まれてくる場合もありますが、胚、胎児の増殖時点で、BCR、TCR遺伝子がインタクトでない細胞は、生存増殖競争には不利であることにはかわりないです。TCRはBCRより不利です。さらに、iPSと比較してはいけないと思います。削除
2018/9/28(金) 午前 6:50学とみ子
返信する

>学さんの説では、ホスト(レシピエント)のB細胞がウジャウジャいてドナーのそれと区別出来ないから、キメラ体細胞からの起源(B細胞由来)の確認は不可能

私はB細胞、BCRには触れたことはありません。

STAP細胞の元となったT細胞のTCRのDNA配列は、T細胞ごとに異なります。どのTCR配列を持つ元T細胞が、どの部分で、どの位増殖できたか?キメラの体細胞で調べるのは大変でしょう。元のTCRの配列がわかっていませんし----。

だから、単一TCR配列の細胞で体が構成される実験系でマウスを作る必要があります。iPSではそれができます。削除
2018/9/28(金) 午前 8:22学とみ子
返信する
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B細胞でもT細胞でも、本質が変わらないと思います。
遺伝子再構成が、キメラアッセイに於いて免疫細胞以外の体細胞から見つかればリプログラミングの証拠になるというのが実験の目的です。
違いますか?。
学さんは……人(他者)の質問に全然マトモに答えない。
ここは直接的に答えて貰えませんか?。
学さんが過去にBCRに触れたかどうかは全く問題になりませんよ。
上に述べた実験系の論文上の意図・目的がある訳ですから。削除
2018/9/28(金) 午前 9:18[ aruimiouji ]返信する
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>STAP細胞の元となったT細胞のTCRのDNA配列は、T細胞ごとに異なります。どのTCR配列を持つ元T細胞が、どの部分で、どの位増殖できたか?キメラの体細胞で調べるのは大変でしょう。元のTCRの配列がわかっていませんし----。

免疫細胞以外の体細胞には遺伝子再構成は表れません。
キメラの<免疫細胞以外の体細胞>から遺伝子再構成がある細胞を見付けて、それを示せれば、リプログラミングの証拠になる……これが基本的な実験の目的です。
STAPでもiPSでもこの基本は変わらないです。
これは同意しますか?。削除
2018/9/28(金) 午前 9:24[ aruimiouji ]返信する
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>BCR欠損の免疫不全症の方がいます。その病型も多彩です。生まれてくる場合もありますが、胚、胎児の増殖時点で、BCR、TCR遺伝子がインタクトでない細胞は、生存増殖競争には不利であることにはかわりないです。TCRはBCRより不利です。さらに、iPSと比較してはいけないと思います。

BCR欠損の免疫不全の人間にキメラアッセイをする訳にはいかないですよね?。
学さんのこの行の延長で行くと、免疫不全マウスをホストとしてキメラアッセイすれば、ドナー細胞が生存競争に勝ちますよね?。
BCR欠損の患者さんの<免疫細胞以外の体細胞>が、正常な人のそれと比べて生存競争に劣ることはどのような実験で確かめられますか?。
免疫細胞が機能不全で生存競争に劣るのは、<個体>ではないですか?。体細胞(免疫細胞以外)の単位で、増殖に不利と本当に言えますか?。削除
2018/9/28(金) 午前 9:43[ aruimiouji ]返信する
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続きです。
その患者さんを治すのに、学さんは「免疫不全のB細胞」を正常細胞に治すようにしますか?。生存競争に負ける、「免疫細胞以外の体細胞」を何某かの手段で生存競争に勝つようにしますか?。削除
2018/9/28(金) 午前 10:41[ aruimiouji ]返信する

>BCR欠損の患者さんの<免疫細胞以外の体細胞>が、正常な人のそれと比べて生存競争に劣る


<免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

体形成に関与する遺伝子と免疫関連遺伝子は、共通しますよね。胎児死亡も多いでしょう。削除
2018/9/28(金) 午前 10:46学とみ子
返信する

携帯で入力しているので、私のレスポンスが遅くてすみません。

>キメラの<免疫細胞以外の体細胞>から遺伝子再構成がある細胞を見付けて、それを示せれば、リプログラミングの証拠になる……これが基本的な実験の目的です。

ここは、誰もが認めています。TCRが証明できれば、リプログラミングの証明です。実験は完璧です。でも、一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。削除
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子
返信する
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><免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

その患者さんの場合、治療すべきは、欠損しているB細胞で<免疫細胞以外の体細胞>ではないですよね?。
失礼かもしれませんが、ここは直接的に端的に答えて貰えませんか?。

後ちょっともうすぐ忙しくなるので、いつ返事が出来るか分からないのはご了承ください。後、二回目の投稿で文章が重複していました。慣れないもので申し訳ありません。後……ま、いっか(^^A。削除
2018/9/28(金) 午後 2:11[ aruimiouji ]返信する
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><免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

体形成に関与する遺伝子と免疫関連遺伝子は、共通しますよね。胎児死亡も多いでしょう。

数コメント前を大々的に引用するのも気が引けますが……。
それが可能であれば、BCR欠損関連の遺伝子を治療して治しますよね?。
免疫学を応用して患者でも健常者でも変わらない<免疫細胞以外の体細胞>を治癒でもなく強化しよう……ナンセンスですよね?。
免疫学の常識が説くところでは、後者の余地はない。
脱線気味ですが……。
ふう~~ッ……。削除
2018/9/28(金) 午後 2:44[ aruimiouji ]返信する
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> aruimioujiさん

>治療すべきは、欠損しているB細胞で<免疫細胞以外の体細胞>ではないですよね?。
失礼かもしれませんが、ここは直接的に端的に答えて貰えませんか?。

別に失礼ではありませんよ。
当方は、わかっていることしかこたえられませんけど・・・。

TCR(BCR)がうまく作れないヒトの免疫異常は、Rag遺伝子の欠損が代表的ですよね。

再構成済のTCR,BCRを持つ分化細胞から多能性細胞をつくり、ヒトを作るという話ではないですし・・・。

TCR(BCR)がうまく作れない免疫異常の患者さんは、他の細胞は正常に機能している事が多いので、遺伝子治療のターゲットは、病因を持つ免疫細胞に絞られると思います。

答えの的がはずれていたらすみません。削除
2018/9/28(金) 午後 10:35学とみ子
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実際の動物では、奇形などもろもろの異常が起きないように、胚や胎児の細胞が分化増殖する時点で、細胞同志でお互いの遺伝子構造をチェックするようになっていると思います。だから、遺伝子再構成後の元T細胞、元B細胞に由来するSTAP細胞が、キメラマウスの体細胞の一部になれる可能性は低いと想像してます。
そうでないとのご意見やエビデンスは知りたいです。

最終分化まで進んだ体細胞を、iPS細胞に持ってくのは、大変というのはあると思います。体細胞でも、iPS細胞になりやすい、なりにくいというのはあって、繊維芽細胞はなりやすく、T,B細胞は特異的抗原刺激下で存続する細胞なので、iPS細胞にはなりにくいのでしょう?

B細胞にいろいろ遺伝子を入れ込んだり、人為的操作を加えて多能性細胞に変化させて、それでキメラマウスを作る場合、胎児マウスの中で多能性細胞が競合するのは、ホストの細胞だけです、一方、STAP細胞の場合は、別のタイプの細胞もblastcyteに入れ込んでますので、入れ込んだ細胞同志で競合になりませんか?削除
2018/9/28(金) 午後 10:55学とみ子
返信する
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ジェイコブ・ハンナの論文では普通にB-iPSは2Nキメラで、B細胞由来が確認されています。若干不利だったとしても、リプログラミングの証明を阻害するものではないようですし……その辺りのリプログラミング細胞がホストと比べて増殖に不利というようなデータは、論文には全くないと思います。興味もなかったのでしょう。申し訳ないけれど、その学さんの発想がどこから来るのかの方が不思議です。
高々、TCR再構成やBCR再構成があるだけで、細胞同士の生存競争で大きな(?)不利を被る……僕には、無理のある主張にしか思えません。
逆に学さんの主張を示す論文はありますか?……という話になります。
T-iPSとMEF-iPSで一緒に胚盤胞注入してみますか?。
学さんの主張を実証する実験ということで間違いないと思いますが。
多少の有意な差が出たとしても、リプログラミングの証明を不可能にするとは思えません。まあ、やってみないと何とも言えませんが……。
だって、2Nキメラが成立するんですよ?。
多分、iPSの研究者なら、やらなくても分かると即答すると思います。
学さんに端的な錯誤があると思います。削除
2018/9/29(土) 午前 0:51[ aruimiouji ]返信する
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意地悪な人は……プロトコルエクスチェンジで付け加えられた培養系での「増殖の不利があったから、TCR遺伝子再構成の目印が消えてしまった」と混同しているのだと言うでしょう。正直、そういう印象を僕も持ちます。もう一つは、人間を対象とした免疫学の知識が豊富であることが仇になっていること。免疫学の知識がない普通の多能性幹細胞や発生学の研究者なら、免疫不全マウスが普通に発生しているってだけで……余り学さんのように難しくは考えないでしょう。
ちょっとリップサーヴィスを入れたかもしれません(^^A。削除
2018/9/29(土) 午前 1:13[ aruimiouji ]返信する
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>僭越ですが、少し学さんの仮説を整理させて貰います。
「免疫細胞由来で遺伝子再構成バンドを持つ多能性細胞はキメラアッセイで生存に不利。
キメラ寄与率が他の体細胞由来のそれと比べてかなり低くなる。または、全く寄与しない。」
学さんの仮説ですから、違うと思えば、当たり前ですが思うままに改訂して下さい。
ジェイコブ・ハンナの論文は学さんの仮説の反証にはならないのでしょうか?。

結局、元の場所に戻る訳ですが……。
2NキメラでB-iPS細胞でB細胞由来が確かめられているので、学さんの仮説に十分ではないとしても(T-iPSとMEF-iPSのダヴル胚盤胞インジェクションキメラが必要でしょうか?)、大抵の人は反証になっていると考えると思います。……役員仕事をしないといけないので、以降、返信は遅れます(そう予告しながら、今までは返信してましたが……)。削除
2018/9/29(土) 午前 1:24[ aruimiouji ]返信する

> aruimioujiさん

>リプログラミング細胞がホストと比べて増殖に不利というようなデータは、論文には全くないと思います。

B-iPSでは、体細胞を形成できるということだと思います。B-iPSを胚盤胞に入れ込む時に、元のBCRの遺伝子再構成のパターンを知ることができますよね?

STAP実験だと、STAP細胞の元は、CD45細胞というおおきなくくりです。

STAP実験の場合、元T細胞、元B細胞のTCR、BCRパターンが不明なので、できたキメラで確かめるのはできないと思います。

STAP実験の場合、CD45細胞間でキメラ形成における競合がどうなのかはデータはないですね、(偽物となってしまったので・・、しばらく誰もやらない・・・)

人工的操作で動物が生まれるか?を競い合う世界に、自然淘汰の考え方が入るので、議論が噛み合いません。
でも、ご質問に感謝します。削除
2018/9/29(土) 午前 8:02学とみ子
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ttps://www.cell.com/cms/10.1016/j.cell.2008.03.028/attachment/4a9029be-979e-4441-bfba-fe15abc01079/mmc1.pdf
キメリズム(キメラ寄与率)のデータは補足データにありました。
学さん言うところの「陣取り合戦」が問題になっているようには思えません。が、一般のMEF-iPSのキメラの成功率を元々知らないですけれど……成功率はかなり低いように思えます。削除
2018/9/29(土) 午前 8:40[ aruimiouji ]返信する
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>STAP実験だと、STAP細胞の元は、CD45細胞というおおきなくくりです。

STAP実験の場合、元T細胞、元B細胞のTCR、BCRパターンが不明なので、できたキメラで確かめるのはできないと思います。

B-iPSやNKT-SCNT(?)のように特殊なことをしない限り、<免疫細胞以外の体細胞>に遺伝子再構成が表れることはありません。その基礎中の基礎知識があるから、「<免疫細胞以外の体細胞>からB細胞であれT細胞であれ遺伝子再構成が見つかれば、リプログラムの証拠になる」……ここには同意して頂けたのではなかったですか?。
元の細胞(リプログラミング前の細胞)の遺伝子再構成の型と照合する必要はありません。
STAPとiPSは違います(^^A。
ご自身でもSTAPとiPSとは違うと言いながら、何故、そこでiPSの「リプログラミング証明」との同一性を不必要に追うのですか?。
応用の仕方で、何故に躓くのか分かりません。削除
2018/9/29(土) 午前 8:44[ aruimiouji ]返信する

> aruimioujiさん
>ここには同意して頂けたのではなかったですか?。

同意してますよ。iPSでは問題ありません。

STAP実験の場合は、尻尾細胞でTCRを増幅してゲル展開してましたが、元となったTCRが多様だから.この実験方法では見れないと言いたいだけです。削除
2018/9/29(土) 午前 9:00学とみ子
返信する
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もう一度伺います。
「免疫細胞以外の体細胞には遺伝子再編成は通常表れない」
これに同意出来る訳ですよね?。
従って、「STAPキメラの<免疫細胞以外の体細胞>から遺伝子再編成が見つかれば、リプログラミングの証拠になる。」
後半もご同意頂ける訳ですよね?。
2Nキメラのゲル図が何故論文で使われなかったのかは僕には謎です。
いろいろ想像を巡らせることは出来ますが。削除
2018/9/29(土) 午前 10:52[ aruimiouji ]返信する

> aruimioujiさん
>後半もご同意頂ける訳ですよね?。
同意します。

STAPも、キメラ体細胞でTCR再構成が証明できれば完璧だけど、証明できなかった----。
STAP細胞は、どのような初期化だったのかはわかりません。

STAP細胞のリプログラミングの質は、iPSとどう異なるか?は今後の課題とするで良いと思います、
この考え方は許容できますか?

STAP実験の場合、酸浴後の単一TCR(モノクローナル)T細胞を、注入細胞として使えば完璧でしょうが、増殖させるのは難しいと聞きます。削除
2018/9/29(土) 午後 0:14学とみ子
返信する
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STAPに増殖能はなかったし(韓国特許で再現)、「雑多な集団」という基本的な特徴を色眼鏡で見ずに素直に受け入れれば良いだけだと思います。
クローナリティーはSTAP-SCで。
事実そうなのだから、仕方がないと思います。
先ずは自然のありのままの姿を受け入れることだと。
そこは、リプログラミングの質かもしれませんが……単純に考えることは出来ません。STAPには非常に難しい特性があると思います。
あれだけ遠藤高帆氏や理研の解析でES細胞と断定された(公共データベースの遺伝子プロファイルによっての話です。桂報告書のゲノムワイドなDNAの一致不一致ではありません)SMARTer_STAPですら(ESCとの相関係数は異常に高いですが)、例えば自前の解析では神経系全般の大元になる前駆細胞で発現する「Pax6」が発現しています(博論時にも検出されているようです)。そうかと思えば、B細胞で常に発現するPax5は発現していない。それ自体は、当然としても不可解なことにCD45+細胞の方にもなかった。削除
2018/9/29(土) 午後 0:59[ aruimiouji ]返信する
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続きです。
素直にこの事実を受け入れると、CD45+の段階で何かの特別な下処理があったとしか思えません。他にも、ES細胞と明らかに異なる特徴も(今のもそうですが)、いくつかあります。aqp3という遺伝子がES細胞と比べて高発現しています。一筋縄では行きません。単純に「混ぜる」では……すぐに矛盾が生じる。捏造を説くのなら最早、データの切り貼りしか選択肢はないと思いますが……まあ、難しいです。
こちらは全くの素人ですし。削除
2018/9/29(土) 午後 1:00[ aruimiouji ]返信する

> aruimioujiさん
>こちらは全くの素人ですし。

誰も素人とは思っていません。未知なる細胞と格闘している科学者とお見受けします。知識がある方は、今までの理論と合わない状況に直面するとと混乱します。どこにも答がないですね。

ESを混ぜただけでは説明できないとのご説明は、STAPが雑多なものであった証拠になりますよね。

いろいろ、書き込んでくれてありがとうございます。

他の方にも参考になると思います。削除
2018/9/29(土) 午後 1:27学とみ子
返信する

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コメント

No title

学とみ子
> aruimioujiさん
>こちらは全くの素人ですし。

誰も素人とは思っていません。未知なる細胞と格闘している科学者とお見受けします。知識がある方は、今までの理論と合わない状況に直面するとと混乱します。どこにも答がないですね。

ESを混ぜただけでは説明できないとのご説明は、STAPが雑多なものであった証拠になりますよね。

いろいろ、書き込んでくれてありがとうございます。

他の方にも参考になると思います。

No title

aruimiouji
続きです。
素直にこの事実を受け入れると、CD45+の段階で何かの特別な下処理があったとしか思えません。他にも、ES細胞と明らかに異なる特徴も(今のもそうですが)、いくつかあります。aqp3という遺伝子がES細胞と比べて高発現しています。一筋縄では行きません。単純に「混ぜる」では……すぐに矛盾が生じる。捏造を説くのなら最早、データの切り貼りしか選択肢はないと思いますが……まあ、難しいです。
こちらは全くの素人ですし。

No title

aruimiouji
STAPに増殖能はなかったし(韓国特許で再現)、「雑多な集団」という基本的な特徴を色眼鏡で見ずに素直に受け入れれば良いだけだと思います。
クローナリティーはSTAP-SCで。
事実そうなのだから、仕方がないと思います。
先ずは自然のありのままの姿を受け入れることだと。
そこは、リプログラミングの質かもしれませんが……単純に考えることは出来ません。STAPには非常に難しい特性があると思います。
あれだけ遠藤高帆氏や理研の解析でES細胞と断定された(公共データベースの遺伝子プロファイルによっての話です。桂報告書のゲノムワイドなDNAの一致不一致ではありません)SMARTer_STAPですら(ESCとの相関係数は異常に高いですが)、例えば自前の解析では神経系全般の大元になる前駆細胞で発現する「Pax6」が発現しています(博論時にも検出されているようです)。そうかと思えば、B細胞で常に発現するPax5は発現していない。それ自体は、当然としても不可解なことにCD45+細胞の方にもなかった。

No title

学とみ子
> aruimioujiさん
>後半もご同意頂ける訳ですよね?。
同意します。

STAPも、キメラ体細胞でTCR再構成が証明できれば完璧だけど、証明できなかった----。
STAP細胞は、どのような初期化だったのかはわかりません。

STAP細胞のリプログラミングの質は、iPSとどう異なるか?は今後の課題とするで良いと思います、
この考え方は許容できますか?

STAP実験の場合、酸浴後の単一TCR(モノクローナル)T細胞を、注入細胞として使えば完璧でしょうが、増殖させるのは難しいと聞きます。

No title

aruimiouji
もう一度伺います。
「免疫細胞以外の体細胞には遺伝子再編成は通常表れない」
これに同意出来る訳ですよね?。
従って、「STAPキメラの<免疫細胞以外の体細胞>から遺伝子再編成が見つかれば、リプログラミングの証拠になる。」
後半もご同意頂ける訳ですよね?。
2Nキメラのゲル図が何故論文で使われなかったのかは僕には謎です。
いろいろ想像を巡らせることは出来ますが。

No title

学とみ子
> aruimioujiさん
>ここには同意して頂けたのではなかったですか?。

同意してますよ。iPSでは問題ありません。

STAP実験の場合は、尻尾細胞でTCRを増幅してゲル展開してましたが、元となったTCRが多様だから.この実験方法では見れないと言いたいだけです。

No title

aruimiouji
>STAP実験だと、STAP細胞の元は、CD45細胞というおおきなくくりです。

STAP実験の場合、元T細胞、元B細胞のTCR、BCRパターンが不明なので、できたキメラで確かめるのはできないと思います。

B-iPSやNKT-SCNT(?)のように特殊なことをしない限り、<免疫細胞以外の体細胞>に遺伝子再構成が表れることはありません。その基礎中の基礎知識があるから、「<免疫細胞以外の体細胞>からB細胞であれT細胞であれ遺伝子再構成が見つかれば、リプログラムの証拠になる」……ここには同意して頂けたのではなかったですか?。
元の細胞(リプログラミング前の細胞)の遺伝子再構成の型と照合する必要はありません。
STAPとiPSは違います(^^A。
ご自身でもSTAPとiPSとは違うと言いながら、何故、そこでiPSの「リプログラミング証明」との同一性を不必要に追うのですか?。
応用の仕方で、何故に躓くのか分かりません。

No title

aruimiouji
ttps://www.cell.com/cms/10.1016/j.cell.2008.03.028/attachment/4a9029be-979e-4441-bfba-fe15abc01079/mmc1.pdf
キメリズム(キメラ寄与率)のデータは補足データにありました。
学さん言うところの「陣取り合戦」が問題になっているようには思えません。が、一般のMEF-iPSのキメラの成功率を元々知らないですけれど……成功率はかなり低いように思えます。

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学とみ子
> aruimioujiさん

>リプログラミング細胞がホストと比べて増殖に不利というようなデータは、論文には全くないと思います。

B-iPSでは、体細胞を形成できるということだと思います。B-iPSを胚盤胞に入れ込む時に、元のBCRの遺伝子再構成のパターンを知ることができますよね?

STAP実験だと、STAP細胞の元は、CD45細胞というおおきなくくりです。

STAP実験の場合、元T細胞、元B細胞のTCR、BCRパターンが不明なので、できたキメラで確かめるのはできないと思います。

STAP実験の場合、CD45細胞間でキメラ形成における競合がどうなのかはデータはないですね、(偽物となってしまったので・・、しばらく誰もやらない・・・)

人工的操作で動物が生まれるか?を競い合う世界に、自然淘汰の考え方が入るので、議論が噛み合いません。
でも、ご質問に感謝します。

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aruimiouji
>僭越ですが、少し学さんの仮説を整理させて貰います。
「免疫細胞由来で遺伝子再構成バンドを持つ多能性細胞はキメラアッセイで生存に不利。
キメラ寄与率が他の体細胞由来のそれと比べてかなり低くなる。または、全く寄与しない。」
学さんの仮説ですから、違うと思えば、当たり前ですが思うままに改訂して下さい。
ジェイコブ・ハンナの論文は学さんの仮説の反証にはならないのでしょうか?。

結局、元の場所に戻る訳ですが……。
2NキメラでB-iPS細胞でB細胞由来が確かめられているので、学さんの仮説に十分ではないとしても(T-iPSとMEF-iPSのダヴル胚盤胞インジェクションキメラが必要でしょうか?)、大抵の人は反証になっていると考えると思います。……役員仕事をしないといけないので、以降、返信は遅れます(そう予告しながら、今までは返信してましたが……)。

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aruimiouji
意地悪な人は……プロトコルエクスチェンジで付け加えられた培養系での「増殖の不利があったから、TCR遺伝子再構成の目印が消えてしまった」と混同しているのだと言うでしょう。正直、そういう印象を僕も持ちます。もう一つは、人間を対象とした免疫学の知識が豊富であることが仇になっていること。免疫学の知識がない普通の多能性幹細胞や発生学の研究者なら、免疫不全マウスが普通に発生しているってだけで……余り学さんのように難しくは考えないでしょう。
ちょっとリップサーヴィスを入れたかもしれません(^^A。

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aruimiouji
ジェイコブ・ハンナの論文では普通にB-iPSは2Nキメラで、B細胞由来が確認されています。若干不利だったとしても、リプログラミングの証明を阻害するものではないようですし……その辺りのリプログラミング細胞がホストと比べて増殖に不利というようなデータは、論文には全くないと思います。興味もなかったのでしょう。申し訳ないけれど、その学さんの発想がどこから来るのかの方が不思議です。
高々、TCR再構成やBCR再構成があるだけで、細胞同士の生存競争で大きな(?)不利を被る……僕には、無理のある主張にしか思えません。
逆に学さんの主張を示す論文はありますか?……という話になります。
T-iPSとMEF-iPSで一緒に胚盤胞注入してみますか?。
学さんの主張を実証する実験ということで間違いないと思いますが。
多少の有意な差が出たとしても、リプログラミングの証明を不可能にするとは思えません。まあ、やってみないと何とも言えませんが……。
だって、2Nキメラが成立するんですよ?。
多分、iPSの研究者なら、やらなくても分かると即答すると思います。
学さんに端的な錯誤があると思います。

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学とみ子
実際の動物では、奇形などもろもろの異常が起きないように、胚や胎児の細胞が分化増殖する時点で、細胞同志でお互いの遺伝子構造をチェックするようになっていると思います。だから、遺伝子再構成後の元T細胞、元B細胞に由来するSTAP細胞が、キメラマウスの体細胞の一部になれる可能性は低いと想像してます。
そうでないとのご意見やエビデンスは知りたいです。

最終分化まで進んだ体細胞を、iPS細胞に持ってくのは、大変というのはあると思います。体細胞でも、iPS細胞になりやすい、なりにくいというのはあって、繊維芽細胞はなりやすく、T,B細胞は特異的抗原刺激下で存続する細胞なので、iPS細胞にはなりにくいのでしょう?

B細胞にいろいろ遺伝子を入れ込んだり、人為的操作を加えて多能性細胞に変化させて、それでキメラマウスを作る場合、胎児マウスの中で多能性細胞が競合するのは、ホストの細胞だけです、一方、STAP細胞の場合は、別のタイプの細胞もblastcyteに入れ込んでますので、入れ込んだ細胞同志で競合になりませんか?

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学とみ子
> aruimioujiさん

>治療すべきは、欠損しているB細胞で<免疫細胞以外の体細胞>ではないですよね?。
失礼かもしれませんが、ここは直接的に端的に答えて貰えませんか?。

別に失礼ではありませんよ。
当方は、わかっていることしかこたえられませんけど・・・。

TCR(BCR)がうまく作れないヒトの免疫異常は、Rag遺伝子の欠損が代表的ですよね。

再構成済のTCR,BCRを持つ分化細胞から多能性細胞をつくり、ヒトを作るという話ではないですし・・・。

TCR(BCR)がうまく作れない免疫異常の患者さんは、他の細胞は正常に機能している事が多いので、遺伝子治療のターゲットは、病因を持つ免疫細胞に絞られると思います。

答えの的がはずれていたらすみません。

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aruimiouji
><免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

体形成に関与する遺伝子と免疫関連遺伝子は、共通しますよね。胎児死亡も多いでしょう。

数コメント前を大々的に引用するのも気が引けますが……。
それが可能であれば、BCR欠損関連の遺伝子を治療して治しますよね?。
免疫学を応用して患者でも健常者でも変わらない<免疫細胞以外の体細胞>を治癒でもなく強化しよう……ナンセンスですよね?。
免疫学の常識が説くところでは、後者の余地はない。
脱線気味ですが……。
ふう~~ッ……。

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aruimiouji
><免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

その患者さんの場合、治療すべきは、欠損しているB細胞で<免疫細胞以外の体細胞>ではないですよね?。
失礼かもしれませんが、ここは直接的に端的に答えて貰えませんか?。

後ちょっともうすぐ忙しくなるので、いつ返事が出来るか分からないのはご了承ください。後、二回目の投稿で文章が重複していました。慣れないもので申し訳ありません。後……ま、いっか(^^A。

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学とみ子
携帯で入力しているので、私のレスポンスが遅くてすみません。

>キメラの<免疫細胞以外の体細胞>から遺伝子再構成がある細胞を見付けて、それを示せれば、リプログラミングの証拠になる……これが基本的な実験の目的です。

ここは、誰もが認めています。TCRが証明できれば、リプログラミングの証明です。実験は完璧です。でも、一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。

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学とみ子
>BCR欠損の患者さんの<免疫細胞以外の体細胞>が、正常な人のそれと比べて生存競争に劣る


<免疫細胞以外の体細胞>は、正常に機能しているから、人は生きています。しかし、感染、がんなどに対する防御は不利です。これらの侵襲因子を排除できなければ、人は生きていられないです。免疫不全の程度はまちまちで、生後、間もなく死亡するタイプもあります。

体形成に関与する遺伝子と免疫関連遺伝子は、共通しますよね。胎児死亡も多いでしょう。

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aruimiouji
続きです。
その患者さんを治すのに、学さんは「免疫不全のB細胞」を正常細胞に治すようにしますか?。生存競争に負ける、「免疫細胞以外の体細胞」を何某かの手段で生存競争に勝つようにしますか?。

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aruimiouji
>BCR欠損の免疫不全症の方がいます。その病型も多彩です。生まれてくる場合もありますが、胚、胎児の増殖時点で、BCR、TCR遺伝子がインタクトでない細胞は、生存増殖競争には不利であることにはかわりないです。TCRはBCRより不利です。さらに、iPSと比較してはいけないと思います。

BCR欠損の免疫不全の人間にキメラアッセイをする訳にはいかないですよね?。
学さんのこの行の延長で行くと、免疫不全マウスをホストとしてキメラアッセイすれば、ドナー細胞が生存競争に勝ちますよね?。
BCR欠損の患者さんの<免疫細胞以外の体細胞>が、正常な人のそれと比べて生存競争に劣ることはどのような実験で確かめられますか?。
免疫細胞が機能不全で生存競争に劣るのは、<個体>ではないですか?。体細胞(免疫細胞以外)の単位で、増殖に不利と本当に言えますか?。
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