単一のBCRを持つB-iPS細胞を数種作製して、ハンナさんは以後の実験をしています。

aruimiouji氏から情報提供されたジェイコブ・ハンナ氏のセル誌の論文の一部です。

単一のBCRを持つB-iPS細胞を数種作製して、ハンナさんは以後の実験をしています。
ウイルスで転写因子を強制的に注入して、B細胞に初期化と増殖能力を獲得させています。
B細胞を初期化するのは難しいらしく、2回にわたりウイルスを使って転写因子の導入を行い、培地の工夫をしています。

胚盤胞の時点で、注入された単一のBCR再構成済の細胞と、ホスト細胞が競合してキメラの臓器を作りますが、図6Cは、再編成済の細胞で臓器ができた証拠が示されています。
キメラ率が高く、図で示された臓器はB-iPS細胞で作られています。
B-iPS細胞が増殖しない時は、ホスト細胞の増殖によりその部分の臓器を構成したのでしょうが、それはゲル図に載せていないのでしょう。4Nなら、全細胞に元になった単一のBCRが検出できます。つまり、BCRを単一化しないと、このようなゲル図は見れません。

一方、STAP細胞の元T細胞のTCRはさまざまな再構成パターンで構成されています。
最初に脾臓から採取したT細胞のTCRは個々の細胞で違います。
B細胞も入るし、その他の細胞も同時に胚盤胞に入ります。
つまり、STAP実験は、ここがハンナさんの実験とは根幹で異なります。

ハンナさんの実験では、B-iPS細胞ですから、iPS細胞の強力な細胞改変能力がB細胞に導入されています。
一方、STAP細胞は、環境変化に伴う細胞の持つポテンシャルに依存しています。
ここにも、人工的操作か、そうでないかで、思考の変更を必要する部分です。




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コメント

No title

学とみ子
> gen**ronさん
貴重な情報をありがとうございます。

本庶佑先生は、厳格なプロ科学者としての発言で、彼にとっての正論でしょう。

これが、一般人に誤解を与えたかもしれません。

本庶佑先生は、ご自身で確かめるまでは信用しないと発言しています。論文も多くは信用できないとおっしゃっています。

いろいろな状況がわかってきた現時点では、人々の知識は変化しました。さらに先生のノーベル賞受賞となると、STAP細胞の再考のチャンスとみたいですね。

社会的事件として、いろいろな立場の人が、STAP事件を再度考えてほしいと思います。

No title

gen**ron
先日ノーベル医学生理学賞を受賞した本庶佑先生が、以前「STAP論文問題私はこう考える」(「新潮45」2014年7月号、新潮社)で以下のように書かれていますね。

「実は、大変驚いたことに再現性に疑問が浮上した後に(3月5日)小保方、笹井、丹羽によるプロトコール即ちSTAP細胞を作成するための詳細な実験手技を書いたものが、ネイチャー・プロトコール・エクスチェンジというネット誌に発表されました。これには、STAP細胞として最終的に取れた細胞にはT細胞受容体の再構成が見られなかったと明確に書いてあります。もしこの情報を論文の発表(1月30日)の段階で知っていたとすると、ネイチャー論文の書き方は極めて意図的に読者を誤解させる書き方です。この論文の論理構成は該博な知識を駆使してSTAP細胞が分化した細胞から変換によって生じ「すでにあった幹細胞の選択ではない」ということを強く主張しております。しかし、その根本のデータが全く逆であるとプロトコールでは述べており、捏造の疑いが高いと思います。」

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WAINSHUTAIN
> 学とみ子さん

>「AならばB」という命題が真である場合、
「BでなければAではない」は真であるが、
「BならばA」と「AでなければBではない」は必ずしも真とはいえない。
このような論理学の基本中の基本も身についていない故と思われますね.

この文章の下から2行目は命題と必要条件が入れ替わっていますね。
「馬ならば動物」なら「動物でなければ馬ではない」は必ず真ですね。

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ため息
> 学とみ子さん

「こんな自明な事を、学とみ子が理解してない!」と言われるのは学さんが、

「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15683730.html
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子
一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」と発言するからです。

どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか?具体的に提示してください。学さんの妄想でしょ。仮にいたとしても誤りなのは学さんも認めているんでしょ。何故あえてこのようなことを言うのでしょうか?藁人形を作って自説が正しいことを示そうとしているとしか思えませんね。

No title

学とみ子
>キメラマウスの体細胞にTCR再構成があれば初期化の証明になる」ということと「キメラマウスの体細胞にTCR再構成がなければ初期化ではない」ということは論理的に別モノです。

こんな話、必要条件、十分条件が理解できる年齢になれば誰にもわかります。こんな自明な事を、学とみ子が理解してない!なんて、やっぱり氏以外は誰も言いません。
というか、やっぱり氏の下手な情報操作だこと----。あきれます。

No title

学とみ子
> Jさん
やっぱり氏は元科学関連の人でしょうが、いまだに、すでに解決済み(自明の事実)を、以下のように偉そうに書いてきます(>以後の文章)。
そして、相変わらず、彼はTCRを理解してない。
plus氏もため息氏も同様です。
だから、彼らは学とみ子を攻撃します。当たり前の事を、学とみ子が理解できて無い!と書いてきます。情報操作です。

>キメラマウスの体細胞にTCR再構成があれば初期化の証明になる」ということと「キメラマウスの体細胞にTCR再構成がなければ初期化ではない」ということは論理的に別モノです。
頭蓋骨の中に脳味噌の代わりに糞が詰まっている人は、この論理的思考ができないのが問題なんですね。

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aruimiouji
>一方、ハンナさんの実験では、人工的に遺伝子で改変させた均一性の高いBCRを持つB細胞を使ってキメラを作成しています。ここにホスト細胞由来のBCRがあったとしても、臓器細胞のTCRに比べて数が少ないので無視できます。

余りにも酷いので端的に。
僕の風邪も酷いので(^^A。
MEF-iPSの方に免疫細胞の汚染はないようにしか見えませんけれど、これにかんしてはどのように説明できますか?。
※二つのサザンブロットのドットとスメアは勿論、視認しています。

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J
> 学とみ子さん

数字君は無視が良いですわ
どう考えても裏が有りすぎや。
ため君と、なぜあそこまて一心同体なんやか不思議やは(笑)

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ため息
> 学とみ子さん

plus99%さんは、学さんの「STAP論文の方法ではできないです。」という発言は、「キメラでも試したと論文に明記し」ているのだから学さんが「著者らは出鱈目を記述した」と言っているのに等しいと解釈できるとしているのであって、「学とみ子がSTAP全体を否定した」などとは解釈していませんよ。しっかり読んでください。

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学とみ子
plus99%さんが、ため息ブログに、2018年10月3日 9:34 PM
学とみ子さんはとうとう
「STAP論文の方法ではできないです。」

とありますが、これは特許図のPCR増幅ゲル図では、元キメラのTCRは見れないという意味ですね。

それを、学とみ子がSTAP全体を否定したというように触れ回るのですね。ホント、たいした連中です。

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aruimiouji
「地動説」って書くべきところを「天動説」って書いてしまった。
……修正して公開して貰えると幸いです。
こっちは残して良いよ(^^A。

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aruimiouji
成熟したB細胞ではそのままでは上手く行かずに、B細胞のほとんどで発現するPsx5を準ノックダウンして(C /EBPαの過剰発現)、一旦、他の細胞…マクロファージ様細胞……に変えてから、B-iPSを得ています。
『我々の結果は、C /EBPαによる形質導入が成熟B細胞を感作してOct4、Sox2、c-MycおよびKlf4の発現に応答し、多能性マーカーを再発現することを示唆している。我々は、Dox添加およびC /EBPα形質導入の14日後に成体脾臓およびリンパ節からのIgM + IgD + B細胞を含有する独立した組織培養ウェルから採取した120個のiPS系統を樹立し、成熟脾臓から得られた-6および成体リンパ節からの7-9)。以下、これらの細胞系を「B-iPS」細胞(成熟「B」細胞由来のiPS細胞)と呼ぶ。』

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aruimiouji
先ず、幼若なB細胞ではOSKMで成功していることを押さえて下さい。
それが分かる引用をします。『最初の実験では、Dox処理の14日後に8週齢の成体キメラ骨髄に由来する選別されたPreおよびPro-B細胞サブセットの培養物においてAP陽性コロニーを検出した(図 2A)。……以下では、これらの細胞系を「iB-iPS」細胞(PreおよびPro B細胞を含む「未成熟」非完全分化B細胞由来のiPS細胞)と呼ぶ。』

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aruimiouji
単純に言えば、敢えてポリクローナルなポピュレーションを選んで、この右側が奇麗に揃わないような……用いられたプライマーでは四種類の遺伝子再構成が最大検出できるけれど、全てが検出できていたとして……そうしたサザンブロット図を用いたとしても、B-iPS由来の2Nキメラが出来たことの証明力は微塵も薄まらないということです。
どこかで学さんの考え方にはボタンの掛け違いがあります。
ほとんどの人はもう気付いていると思いますが……。

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aruimiouji
それから記事の本筋とはあまり関係ないですけれど……SMARTer_STAPでPax5が発現していないばかりか、SMARTer_CD45+にも発現していない。
Lさん、どう思います?。……マトモに答えられるのは、おぼさんがいないのでLさんしかいない。それにマクロファージですから(爆。
ジェイコブ・ハンナのこの論文では、成熟細胞を普通のOSKMではiPS化出来なかったので、一旦、C /EBPαを過剰発現することでPax5を準ノックダウン状態にしてマクロファージ様細胞にしてから、成熟B細胞由来のB-iPS細胞を得ています。但し、幼若なB細胞からは普通にOSKMでB-iPSを得ています。
※論文中の略記として成熟B細胞由来のiPS細胞をB-iPS、未熟なB細胞由来をiB-iPSとしていますが、学さんのコメ欄で僕がB-iPSと書くときにはこれを踏襲している訳ではありません。

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aruimiouji
左側のMEF-iPSでは見事に遺伝子再編成が一つも現れていないのをちゃんと認識してこの記事を書いていますか?。
少し学さんが受け入れやすいようにリップサーヴィスしてしまったけれど、普通の体細胞に遺伝再編成は表れないというのは、天動説のように強い一種の公理です。証明論のロジックに強い人は、蛇足は言い過ぎだとしても、同一性証明は余計な付け足しと感じます。
この辺は……公理の独立性とか、聞きかじりでも「数学基礎論」的な世界を知らないと感覚的に掴むのは難しい話かもしれません。
何でも良いんですよ。
学さんの言い方では汚くていいんです。
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