6月のLさん討議


2018/6/10(日) 午後 2:08

> 学とみ子さん
投稿がうまく行かないので、ダブっていたら適当に選別して下さい。

> 初期化で消えません。
私もそう思います。遺伝子(ゲノム)情報は初期化で消えませんが、発現(エピゲノム)情報はシャッフルされます。皆さんおっしゃっている通りです。


         コメント(18)
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私見です。申し訳ありませんが、学さんのご意見の中には、「間違っている」と言いきっていいレベルの部分があるのは確かです。しかし、自分としては理解済みの事だったりするので、そこの議論にストレートには加わらないようにしてます。聞き流してもいいかな、という感じです。

一方で、学さんのご意見の中には、他のブログでは見られない、ユニークな視点でのコメントが結構あります。それが正しいか間違っているか、ではなく、そこからどのような議論展開があるのか、という観点で興味深かったりするので、何となくここに来てます。

それなりのキャリアを積まれて来たであろうベテランのお医者さんが、専門外の領域の問題について、間違いを恐れる事なくユニークな視点で語られているのを目にするのは、たとえそれが間違った見解であったとしても、興味を引くものです。正確性を重要視する方には、受け入れ難い考え方かもしれませんが。削除
2018/6/9(土) 午前 7:16[ L ]返信する





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私は、何となく学さんが言わんとしている事が分かる気がします。笹井先生や丹羽先生のコメントから、初期化の証明はCD45陽性細胞を出発点とする事でほぼOK、と考えていたと私も感じます。キメラTCRのデータに色々問題があったため、最後のNatureバージョンでは大幅にカットしたのだろうと推測(サイエンス投稿バージョンの詳細が不明なので、あくまで推測です)します。しかし、そうであれば、TCRの記載は完全に取り除き、CD45ソートだけで論文を通しに行くべきだったと思うんですよ。初期化について断定的に論じるには不十分と、特にNatureレベルの査読では評価される可能性が高かったと思いますが、どこのジャーナルに通すかよりも、科学として筋を通すことの方を、優先して欲しかったと思います。

キメラTCRの検出法については、査読者2の指摘にあるようにサザンブロットを用いれば、PCRによる非特異増幅のリスクを避ける事ができますが、検出感度は下がるかもしれません。PCR増幅産物のDNA配列を読んで、TCR再構成である事を確定するのが、最善だったと、個人的には思います。削除
2018/6/9(土) 午前 5:47[ L ]返信する



> TCRが残っていないのだから、T細胞以外から
これも、その通りと思います。

> ひとつひとつ構成細胞を調べないと
これも、その通りです。それ故、感度の高い検出法が必要だったわけです。STAP当時では、TCR再構成のPCR検出の感度が一番高かったのではないかと思います。この場合、特異性が問題なので、きちんとしたネガコンを設定する事と、バンドの特異性を配列で確認する事が重要だったのですが、どちらもデータで示されていないです(ひょっとしたらサイエンス版には入っていたかもしれませんが)。削除
2018/6/12(火) 午前 8:47[ L ]返信する


> Lさん
私は、キメラが、T細胞からできたことを証明する必要はないと思います。酸浴しない細胞からは、キメラが出来ないのですから。


ため息やyap*ari*w*katt*na*さ んはそうおっしゃっています。

Lさんも彼らと同じように、TCRに関する情報もエピゲノムとしてまっさらになると考えているでいいですか?削除
2018/6/12(火) 午前 8:55学とみ子
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> Lさん

投稿ご足労かけてすみません。

>発 現(エピゲノム)情報はシャ ッフル されます。皆さんおっしゃ っている 通りです。

確認です。彼らは、TCR情報がシャッフ ル(まっさらになる)されると言ってますが、それを支 持するでいいですか?削除
2018/6/12(火) 午前 9:09学とみ子
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> 学とみ子さん
TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。削除
2018/6/12(火) 午後 4:38[ L ]返信する

> L
書き方を間違えました。幹細胞のTCRを「発現」と書くのは間違いです。「TCR再構成バンド」を一過性に認めた、と訂正して下さい。削除
2018/6/12(火) 午前 8:08[ L ]返信する

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指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。

(1)一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。

(2)ただし、T細胞由来STAPやiPSでTCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと、100%断定はできないとも思います。少なくともSTAP論文では、T細胞由来STAPのTCRalpha/beta及びCD3発現を調べた図はなかったように思うのですが。引用されている理研の論文でも 初期化されたJKF6細胞でTCRの消失は確認してないと思います(CD3eの消失は確認しており、仮にTCRの発現が残ったとしてもTCR complexとしては機能しないと思われますが)。削除
2018/6/12(火) 午前 5:55[ L ]返信する
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(3)STAPの場合は幹細胞でのTCR実験が存在し、一過性の弱い発現を認めた後、消えたとの証言があります。すなわち、T細胞由来STAPは幹細胞培養において他の細胞由来のSTAPと競合できないことが示唆されます。キメラ体内でも同様の事が起きる可能性が高いと予想するのは自然な事であり、結果論として学さんの議論はそれほど外れていない(理論構築としては間違っていますが)と思います。今振り返るとES混入と分かった上での議論になりますが、当時はES混入はない前提だったはずで、ES混入ではないという立場を取り続ける学さんの議論は、当時のSTAPチームの思考過程を考える上で役立つと思います。

(4)Natureバージョンの著者チームは、この問題点を把握していたと思われます。それ故、検証実験ではTCRを使わなかったのでしょう。ここまで分かっていながら、あのように書いて論文を通しに行った事が悔やまれます。ここで、立ち止まって実験をやり直していれば、このような事にはならなかったでしょう。NHKの番組で指摘されていた通りです。削除
2018/6/12(火) 午前 5:57[ L ]返信する


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