脾臓由来の多様な細胞も一緒に混ぜて注入されたからこそ、キメラができた可能性があると考えるのが普通か?と考えました。

昨日のアップで、まずますLさんの気持ちを損ねてしまったと反省しています。
しかし、学とみ子が一旦アップしてしまったものは、自己責任であり、これからも私は茨の道か?と感じています。

Lさんには、何度か過去に学術的なアドバイスをいただきましたので、大変、感謝していることはお伝えしたいと思います。

誰でもでもそうだと思いますが、それぞれの人ごとの自論や自尊心があります。
極端な言い方が許されるなら、”一寸の虫にも五分の魂”となります。
学とみ子は細胞実験の専門家でないのですが、考えることはあります。

今年、6月28日にLさんからご教授のコメントをいただいています。
Lさんご本人がアップしないで欲しいとの要望があり、公開されていません。
内容は、純粋に学問的なものです。
ES細胞を胚盤胞に入れる場合、造血系に遺伝子欠損があるES細胞では、キメラマウスとなった時に、その細胞からは造血系の細胞はできない、ホスト由来の送血細胞になるはずとの説明です。

これは、その分野の研究者にとっては一般的な解説としてありがたく読みました。
つまり、STAPの場合も、元T細胞から体細胞はできるはずとの説明になると、Lさんは示唆されたのでしょう。このあたり、いくら学とみ子に言っても聞き入れないとの、Lさんのご指摘の点かもしれません。

従来、T細胞からの初期化は難しいと学とみ子は言っていて、これが当ブログにおいて、喧々諤々、ため息氏グループの人たちと、お互いにののしりあう論争となっていました。

ここで、当ブログ主のエントリー権を使うようで申し訳ないですが、学とみ子の理屈を書かせてください。

まず、上記の説明は、ES細胞の場合だということです。
由来同一のES細胞なら同じ細胞ですから、お互いのES細胞の増殖能力は一緒で、生存競争はフェアと予想します。

上記の場合、ES同士の遺伝子条件が一部で違う場合はどうなるでしょうか?
血液系遺伝子異常のあるESは、正常ESと同じ起源のESなのでしょうか?
つまり、これらのESは同じ胚盤胞由来か?ですが・・・。
同じ胚盤胞から取り出した、正常ES細胞のうち、一部のES細胞の血液系遺伝子を欠損させて、それを増殖させ、元の仲間のESと混ぜて同時に胚盤胞へ注入させ、増殖させキメラを得るという実験系だと思います。

この場合は、造血系遺伝子の一部異常の細胞は、全く胚内での増殖に影響がないのでしょうか?遺伝子欠損部位が大きくなるほど、生存には不利ではないでしょうか?
造血系遺伝子の一部異常のある細胞成分が多ければ、キメラで生まれる確率は低下しないのでしょうか?

もし、起源の違う2種類のESを同時に同じ胚盤胞にいれたら、ESの質でキメラの陣地取りがどのように進むかはわからないだろうと思います。
それぞれESにもキメラ構成能力にかなり差があるもののでしょう?(強いESが弱いESに負ける?)

さらに、これはES細胞の話で、STAP細胞とは実験系が違います。
まず、酸浴実験では、ES並みの初期化が得られたかどうかについては研究半ばでした。
エピジェネティクス状態もES並みであるかは保証されない実験系だったのではないですか?

実験のたびに毎回作られるSTAPは、その初期化能が一定ではないことが、遺伝子発現解析でも指摘されています。
初期化の程度と質が毎回、変わっていたと思います。
なにより材料となったマウスの質により大きな影響を受けた可能性があります。

iPS細胞の場合でも、元の体細胞が何であったかにより、iPS細胞のエピジェネティクス状態に影響すると言われています。

TCR,BCRを持つ細胞は特別のミッションを持った細胞で、抗原刺激が細胞生存に必須と考えらており、その条件を凌駕するのが人工的な初期化因子の導入でした。
つまり、T細胞、B細胞から作られる元TCR,BCRを持ったiPS細胞です。

aruimiouji氏から情報提供されたジェイコブ・ハンナ氏のセル誌の論文の一部です。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(08)00447-9

ハンナ氏のBCRを持った細胞をiPS細胞とする場合にも、著者はいろいろ工夫をしています。
まず繊維芽細胞に山中4因子をいれてキメラを作製し、そのキメラ骨髄から未熟B細胞(preBCR, proBCR)を取り出し、培養条件と転写因子の工夫によりiPS細胞となった未熟B細胞(iB-iPS)を得ています。

次に、IgM+IgDのBCRをもったキメラ脾臓由来最終分化B細胞からも、iPS細胞を得ています(B-iPS)。このiPS細胞の作成はさらに困難でした。結局、モノクロール化させてBCR図を得ています。アルイミ氏の解説あります。
下記に引用します。茶字

ジェイコブ・ハンナのこの論文では、成熟細胞を普通のOSKMではiPS化出来なかったので、一旦、C /EBPαを過剰発現することでPax5を準ノックダウン状態にしてマクロファージ様細胞にしてから、成熟B細胞由来のB-iPS細胞を得ています。但し、幼若なB細胞からは普通にOSKMでB-iPSを得ています。
※論文中の略記として成熟B細胞由来のiPS細胞をB-iPS、未熟なB細胞由来をiB-iPSとしていますが、学さんのコメ欄で僕がB-iPSと書くときにはこれを踏襲している訳ではありません。
削除
2018/10/4(木) 午前 0:49 [ aruimiouji ]

手間ひまかけて、iB-iPSとB-iPSのそれぞれセルラインにしてからキメラを作製し、BCRサザンブロッティングのゲル図を得ています。

上でアルイミ氏は、幼弱なB細胞は普通にOSKMで初期化していると書いていますが、キメラ骨髄から採取した未熟B細胞(preBCR, proBCR)の場合でも、B細胞増殖をサポートするサイトカインを入れたり、骨髄ストローマ細胞を加えたりして、かなり苦労していると思います。
IgM+IgDのBCRをもつ成熟B細胞は、さらなる人工操作が加えられています。
成熟B細胞の初期化には、アルイミ氏の説明の様に転写因子を特別に調整して、初期化遺伝子の発現と増殖能の獲得に成功しています。

こうしたことを考えると、やはり元T細胞は簡単には体細胞にはならないと思います。
あくまで想像ですが、これだけ、手間ひまかけなければできないT細胞からの初期化を、なぜ、STAPは要求されたのでしょうか?
とりもなおさず、ES混入が最初から疑われていたからでしょう?
なぜ、ES混入が最初から疑われていたのですか?

こうした疑問を、素人はいろいろに持っているのです。
この素人の質問に対しても、プロは一笑に付さないで、何らかの答えを示唆しても良いと思います。(これはプロの科学者全体への質問です)

STAP細胞の初期化能の場合は、iPS細胞と同様に分化T細胞までを初期化に持っていけるかの証明は、まだ、できていません。
酸浴細胞の何がキメラになったのかすらわかりません。

TCRを持つ細胞が生き残るのは、困難であると学とみ子は考えました。
TCR遺伝子情報は、普通の体細胞では発現しないのだから、キメラ体細胞になる場合には不利ではないと結論してしまうことは危険ではないでしょうか?

脾臓由来の多様な細胞も一緒に混ぜて注入されたからこそ、キメラができた可能性があると考えるのが普通ではないのでしょうか?

そうした基礎研究がまだ全くない時点であるにもかかわらず、NHKでも「キメラでTCRが無ければ立ち止まるべき」などと一般向けの解説付きで放映されました。

こうした事実からわかるように、TCRはキメラで検出されるべきと誤解した人は少なくないと思います。

キメラマウスの尻尾細胞からTCRを持つ細胞が証明できないことを持って、キメラ実験での証明失敗、STAP細胞は著者らのごまかしであるとまで言われました。

小保方氏は、従来作られていたSTAP細胞にES並みの初期化能がないことを知っていました。そうしたことが「あの日」につづられています。

ハンナさんの論文は難しいので、わからない方は、下線部分のみインプットください。

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コメント

No title

xyz
また執拗とか憎しみ煽るとか言われかねないですが、ここまでくると、気の毒な人たちだという思いです。

「利用」という言葉問題視されてるようですが、
「他者に発する言葉は、自分の意識の裏返しになっている事を認識したらいかがでしょう。」という言葉は、そちらのブログで、以下のようなセリフを連発している方にも向けられたらいいのではと思います。

以下、一例として、
「ブログのコメント欄を、ため息やそのコメンテータを誹謗するだけに利用」

また私が問題と思ったのは、消された10月30日のコメント(氏名、年齢、大学を適当に推測して拡散)であって、ファイルうんぬんの話ではないです。ファイルのことにしたって、親切がしたいのなら、本ブログへのコメントとして連絡すればいいだけのことでしょう。
(学さん、上記コメント問題あれば気にせずボツで結構です)

No title

学とみ子
体内時計さんへ、

2018/11/1(木) 午前 6:11の学とみ子のコメントです。
>Lさんの立ち位置がクリアになったので、天の声とはならなくなりましたね。いつまでも都合良く利用できません。

この私のコメントについて、体内時計さんが誤解しています。Lコメントを都合よく利用してきたのは、ヤッパリ氏の方です。

Lさんが学とみ子が間違っているということを、ES派が都合よく利用してきたという意味です。Lさんは、ES派に引用されるのを承知で、学とみ子否定のコメントを書いたので、もはや、私にとっての天の声ではありません・・の意味です。

普通の人なら、そう読むと思いますけどね。
私の方から、利用できないなどと失礼な言葉を書くはずがないじゃないですか?

あなたの物事の捉え方や誤解の仕方は、複数にわたり問題あると思います。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

何度も同じような指摘をするのは疲れるのですが、、

私のコメントは
「STAP論文におけるTCRの意義を全く理解していない学さん」ですよ。

大事な部分を切り取って、「TCRの意義を全く理解していない学さんが」とするのは、悪質なやり口ですね。

私の5月ごろのコメントから、私の見解は終始一致しています。

STAP論文におけるTCRの意義は、「選択ではなく初期化であるという著者らの主張の証拠としての体細胞由来の目印」ということです。

それに対して、学さんが「免疫学におけるTCRの意義」という話をwikipediaなどを調べ調べして頓珍漢な反論をしてくるので、「学さんはSTAP論文におけるTCRの意義を理解していない」と指摘しているのですよ。

まだ理解できないのでしょうか????

タンパク質として表現されていない、単なる塩基配列上の目印にすぎないTCR再構成について、学さんがT細胞のアポトーシスなどを持ち出すから、遺伝子とタンパクの区別もついていないと指摘されているのですよ。

No title

匿名
>あなたは、世の中に無知なる事象についての扱いを知らない。

私は世の中の無知を知らなくても何も気にしませんが、あいかわらずズレた反論ですね。
私は「論文に書かなかったことは批判【されました】」と書いたのであって、実際に批判的だったのは、本庶先生を始め専門家の方々です。まぁ、学さんはどんな専門家を相手にしても自分の非を認めないだけの強靭なメンタルをお持ちですから、彼らのことを世間知らずかのように言うのかもしれませんね。

学さん、あなたが多くの人に対して礼を失しているのは、議論における基本的な作法を知らず、論理的会話を交わすスキルを持ち合わせていないことです。それに気づかずに、小学生みたいに嫉妬を撒き散らす姿は、率直に言って見苦しい限りです。

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>TCRの意義を全く理解していない学さんが

Lさんと合意が無い部分は、TCR理解のごく一部です。それを拡大解釈して、学とみ子を根幹から否定しているのがあなたです。

悪口だけで中身のないコメントの場合は、ご遠慮いただいています。

あなたの貴重なお時間をつかわせて申し訳無いですが、あなたには他にコメント公開の手段をお持ちなので、そちらでお願いします。

No title

yap*ari*w*katt*na*
> 学とみ子さん

>ここに反論あるなら、お願いします。

えーと、はやく私のコメントを承認してくださいね。

それから、学さんの間違いについてはすでに10/31(水) 午前 8:14、 8:34 で指摘しているので、それに対して何か学さんの意見があるのなら、分かるような日本語で記載してくださいね。


>STAPの新規性を理解できてない、TCRを知らないあなたレベルの科学者層が、STAPを潰したのです。

STAP論文におけるTCRの意義を全く理解していない学さんが、すでに潰れているSTAP論文を誤解したまま妄想を繰り広げているだけですよ。

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>などと間抜けなことを書いている

ご自身の理解が十分でないのに、何でこれだけ他人をけなせるんだか----不思議です。

Lさんの立ち位置がクリアになったので、天の声とはならなくなりましたね。いつまでも都合良く利用できません。

STAPの新規性を理解できてない、TCRを知らないあなたレベルの科学者層が、STAPを潰したのです。

ここに反論あるなら、お願いします。

No title

学とみ子
> hpl*****さん
ご指摘ありがとうございます。
確認しました。
ため息氏が言ったのか?と探してしまいましたが、当然、これからも学とみ子バッシングになりそうです。
こういう形でES派に利用されてしまう良い事例です。

No title

hpl*****
横から失礼します。
yap*ari*w*katt*na*さんの午前8時14分の投稿の最後のほうですよ。

No title

学とみ子
> カツラ報告書さん

>>私やLさんやその他大勢の科学的な理解ができる人間から、学さんは何も理解できていないと批判されているのです。

この文章は、ため息氏のものですか?これが書かれた場所はどこでしょうか?

No title

カツラ報告書
>私やLさんやその他大勢の科学的な理解ができる人間から、学さんは何も理解できていないと批判されているのです。

じゃあ、まず、ES混入がどのように起こったのか、科学的に説明してよ。そしたら、科学的な理解ができる人間と認めるから。何だか知らないがとにかくESが混入したじゃ、ただのオカルト信者だよ。

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>T細胞のTCR再構成を目印として使う方法を選んだのはSTAP論文の著者らなんですよ。

このコメントは興味深いです。実験したのは、若山研究室です。西川先生のアドバイスがあったとは言え、TCRで初期化を証明することの難しさを、若山研究室の人たち(小保方氏を含む)は理解していなかったのではないですか?

つまり、D2J2領域に共通的に出てくる現象がTCR再構成であるかとかの誤解ですが----?

No title

yap*ari*w*katt*na*
(切れたので続けます)

他者に逆切れする前に、よく自省した方がよいですよ。


それから、相変わらずWAINSHUTAINさんはピントのずれたコメントですね。

>命題論理やベン図では太刀打ちできません。

私の指摘ポイントを理解できず、勝手に勘違いしてベン図を持ち出したのは学さんですよ。

私の指摘は簡単です。 学さんが勝手に他人の意見を捻じ曲げているということです。

Sighさんの簡略表現を借用しますが、

「TCRがあれば初期化である(A)」と言った人はいますが、
「TCRがなければ初期化ではない(裏)」と言った人はいない。

学さんは(A)とあるのを勝手に(裏)に捻じ曲げて批判・反論しているので、それがおかしいと言っているのです。
論理的な思考ができないために、(A)と(裏)が同じものと誤解しているのかもしれませんが、、
「吉村先生がそう言った」などと間抜けなことを書いているセイヤさんも同様のようですね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

>こうしたことを考えると、やはり元T細胞は簡単には体細胞にはならないと思います。
>あくまで想像ですが、これだけ、手間ひまかけなければできないT細胞からの初期化を、なぜ、STAPは要求されたのでしょうか?


あのーー 学さんは本当にSTAP論文を読んで理解できたのでしょうか???

T細胞の初期化だと主張したのは、STAP論文の著者らですよ。外から要求されたことではありません。

酸性処理によって得られたとされる多能性細胞が、果たして元々組織中に存在していた多能性細胞の「選択」なのか、分化した体細胞の「初期化」なのか、という重要な科学的論点に関して、初期化であるという主張の証拠として、T細胞のTCR再構成を目印として使う方法を選んだのはSTAP論文の著者らなんですよ。

そういう根本的な論文の理解もできないで、「とりもなおさず、ES混入が最初から疑われていたからでしょう?」などという奇妙奇天烈な妄想を走らせるから、私やLさんやその他大勢の科学的な理解ができる人間から、学さんは何も理解できていないと批判されているのです。

他者に逆切れする前に、よ

No title

学とみ子
> 匿名さん

>その(目的からするとネガティブな)結果を、論文に書かなかったことは批判されました。

失敗した実験は載せないです。
但し、Disccusionで言及したり、学会でライバルから追及されたら答えるかもしれないし、隠すかもしれません。そこは著者の胸一つでしょうね。

あなたは、世の中に無知なる事象についての扱いを知らない。

No title

学とみ子
> WAINSHUTAINさん

>先に現象を理解することが大事ですね。
生物学は先に現象がありきですね。

>学とみこさんを怒らすと

学とみ子は怒ったのではなく、嘆いたのです。ズーと間違っていると言われてきている学とみ子に対して、天の声から[理解できてない]と言われてしまったのですから----。総論的に否定されるとこたえます。

学とみ子は、遺伝子と蛋白の区別もついていない人にされたら悲しいです。

No title

匿名
今回はその一つの実験が計画通りに行かず、初期化の証明には寄与しなかっただけです。但し、その(目的からするとネガティブな)結果を、論文に書かなかったことは批判されました。

No title

匿名
>こうしたことを考えると、やはり元T細胞は簡単には体細胞にはならないと思います。

結局学さんの推測ですか。別に仮説を立てることは悪くないですが、証明されていない仮説であれば、それに基づいて「TCR再構成の検出により初期化を証明しようとすること自体無意味」かのような学さんの説もまた仮説です。それに「ES派はTCRがないから初期化ではないと言った」という学さんの主張にも全く無関係です。(結局誰がどのように言ったのかは示せないままで、学さんの誤解の可能性が極めて高いです。)

>あくまで想像ですが、これだけ、手間ひまかけなければできないT細胞からの初期化を、なぜ、STAPは要求されたのでしょうか?とりもなおさず、ES混入が最初から疑われていたからでしょう?

著者らが初期化の証明に必要または有用と判断したからこそ実験したのでしょう?ES混入が【疑われたから】実験したのではなく、ES混入という【第三者からの疑問を排除するために】実験したのでしょう。初期化を証明するためには、様々な場合分けをMECEに想定し、それに対する疑問に極力答える実験が計画されるのではないですか?

No title

WAINSHUTAIN
>学とみこさん

学とみこさんを怒らすと桂報告書がバイブルのES派は、ますます不利に
なりますね。

命題論理やベン図では太刀打ちできません。
科学のことは、現象が先にあってそれを人がみて論理式、方程式、漸化式などを
作った訳で、式の通りに現象が起こった訳ではないので、先に現象を理解する
ことが大事ですね。
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