Sox21についてのご議論 登場人物は、 Lさん、TSさん、一言居士さん


トップは、Lさんです。

(学とみ子から追加 コメンテイターからの書き込みの一部抜けていたので追加し、色をつけました。)

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一言居士さんが、私の昔のコメントを引っ張り出してきてくれたようですが、私の真意と異なる解釈になっています。学さんのコメント欄でも、関連したコメントをした記憶があるのですが、どこに書いたか思い出せないので、再度コメントしておきます。

私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現(タンパクではなくmRNAレベル)しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
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2019/3/22(金) 午前 7:59[ L ]返信する


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4細胞期の胚でSOX21発現が低い細胞では、CDX2の発現が上昇し、結果として胚外組織に分化していくとの報告があります。逆に、4細胞期にSOX21発現が上昇している細胞ではCDX2の発現が抑制され、胚内(ICM)への分化傾向を示すと考えられます。これをそのままES/TSに当てはめると、4細胞期にSOX21を高発現している細胞を培養するとES細胞になり、低発現細胞を培養するとTS細胞になる、というストーリーの方が想定しやすく、TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか?
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2019/3/22(金) 午前 8:00[ L ]返信する



Ts.Marker の返信を茶字で示します。
> Lさん
"Heterogeneity in Oct4 and Sox2 targets biases cell fate in 4 cell mouse embryo"

> TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
そ~なんですよね。
trophoblast stem cell になるまでにSox21がFGF4などの影響で増えてくる?

>GOF-ESと思われるサンプルはありますか?

残念ながらB6はCD45+と例のFI-SC。まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。
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2019/3/22(金) 午後 3:12[ Ts.Marker ]返信する

> Ts.Markerさん
どうもありがとうございます。B6のGOF-ESでSOX21が高発現していて、例のFI-SCサンプルにコンタミしていたなら、全て説明可能と考えていますが、GOF-ESのRNAseqデータがないので、これ以上の解釈は無理ですね。結局はマスター遺伝子であるCDX2で見ないと、物が言えないという事かと思います。

遠藤先生も、データ解析した時にSOX21がおかしい事には気づいただろうから、若山先生に伝えてGOF-ESでのSOX21発現を調べてもらえば良かったと思いますけどね。
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2019/3/23(土) 午前 8:44[ L ]返信する


> 一言居士さん
私の勝手な推測ですが、遠藤先生がSOX21をTSマーカーとして引っ張ってきた理由は、STAPでパブリックに出ているES及びTS細胞のRNAseqデータを比較し、発現レベルに極端な差がある遺伝子をマーカー候補として選別した結果ではないかと考えています。候補の中で、mRNAにB6/129のSNPが多く含まれる遺伝子としてSOX21をピックしたのではないかと、疑っていますが、そうであればメソッドにその旨記載すべきですね。MEFマーカーに関しては記載してますからね。
ES細胞株によって、SOX21を発現するものと、しないものがあるのではないかと考えており、たまたまSTAPでRNAseqに使われたES細胞では発現していなかったため、このような誤認識になったのではないかと思っています。遠藤論文のFig2cを見ると、ESのSOX21で検出できたSNPは1個だけのようで、少なくともこのESでは発現がかなり低かったと予想されます。この点は、Ts.Markerさんや感想さんも確認されていたように記憶してます。
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2019/3/23(土) 午前 9:36 [ L ] 返信する


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その昔、この件について、一研究者さんのところで、Ts.Markerさんと感想さんの議論がありました。
ttp://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/lite/archives/66461487/comments/1962089/

FI-SC TruseqのCdx2に検出可能なSNPがあれば、non-B6かどうか教えてもらえると参考になります。(Ts.Markerさん宛て)

STAP Truseqサンプルで、Oct4/Cdx2低発現にもかかわらずSox21が高発現になっている点は興味深い(上記の感想さんの議論でも触れられています)ですね。Human Protein Atlasのようなデータベースを見ると、ヒトでも扁桃(リンパ球主体)や脳でSox21が発現しているようです。マウス脾臓ではどうなんでしょうね?
このサンプルに関しては、以前、胚様体の議論がありましたが、例えば、笹井先生の無血清培養系で胚様体から脳神経系への分化を進めた場合、Sox21の発現はどうなるのか分かると、もう少し科学的な議論が可能になるかもしれませんね。
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2019/3/24(日) 午前 7:04 [ L ] 返信する


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> Lさん
Cdx2

SNP-ID,pos,Ref B6,FI-SC Tru-seq rep1

rs29524356,Chr5:147300476, T, T
rs33553399,Chr5:147300702, T, no-read
rs29679715,Chr5:147301538, T, T/A (12:13)
rs32379528,Chr5:147301947, G, G/C (8:2)
rs33432214,Chr5:147302654, G, no-read
...
削除
2019/3/27(水) 午前 10:25 [ Ts.Marker ] 返信する 
                       
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...
rs33266465,Chr5:147303376, T, no-read
rs29675405,Chr5:147303466, T, no-read
rs46763758,Chr5:147303539, A, no-read
rs33739221,Chr5:147303696, A, no-read
rs32380504,Chr5:147303697, A, no-read
rs32380507,Chr5:147304564, G, no-read
rs33585982,Chr5:147308721, C, no-read
rs29589988,Chr5:147308742, T, no-read
rs33714082,Chr5:147308945, C, no-read
rs29557224,Chr5:147309188, G, no-read

(参照
http://www.informatics.jax.org/snp) 削除
2019/3/27(水) 午前 10:26 [ Ts.Marker ] 返信する


Lさんのコメントと前後しますが、Sox21に関する一言居士のコメントです。

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一言居士さん、紫字で示します。
[連投1]
>> Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。Sox21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。
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2019/3/23(土) 午後 10:44 [ 一言居士 ] 返信する
                       
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[連投2]
>> 学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSox21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のものでなければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあってはなりませんよね。
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2019/3/23(土) 午後 10:45 [ 一言居士 ] 返信する
                       
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[連投4]
>> Ts.Markerさん
あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?

そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565,566です。無論あなたも解析されている。これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。
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2019/3/23(土) 午後 10:46 [ 一言居士 ] 返信する
                       
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[連投5]
そして、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にあるようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに一般的でないSox21を入れたのか
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2019/3/23(土) 午後 10:47 [ 一言居士 ] 返信する
                       
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[連投6]
現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、この話も今はやらないようにしましょう。




以下、学とみ子です。
参考 遠藤論文Fig2(C) 話題のSox21

まず、(B)をみてみましょう。
FI幹細胞のESマーカー遺伝子SNPsでは、B6がすべて占めていて、FI細胞はB6を親にすると考えられます。

次に(C)に移ります。
ここのSox21一番下のを見ていただくと、(TSマーカー遺伝子とされた)rs249072619のSNPにおいて、ES細胞では、B6と非B6が、それぞれ半分づつ出ているのがわかります。

一方、FI細胞のTSマーカー遺伝子rs249072619SNPでは非B6が1-2割位あることから、TSの混入があるだろうと遠藤氏は指摘しています。
FI細胞にはTS細胞が混じっているとされた根拠です。


 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4231238/

イメージ 1



ここで、Lさんと TSさん、一言居士さんとの議論から離れます。
ご両人の議論の方向性を知るためのお勉強教室を以下に作りました。
ここでは、OctとCdxの話題で、Sox21の話はありません。

以下、お勉強のための解説です。紫字
ソースは理研にいたころの丹羽先生の論文です。

CDBの丹羽仁史チームリーダー(多能性幹細胞研究チーム)らは、Oct3/4とCdx2と呼ばれる2つの分子の相互作用が、栄養外胚葉と内部細胞塊の分化をもたらしていことを明らかにした。この研究は、神戸大学とCREST(戦略的創造研究推進事業、JST)、Mount Sinai Hospital(カナダ)との共同で行われ、Cell誌の12月号に発表された。

彼らはマウスのES細胞(内部細胞塊を培養したもの)を用いた以前の研究で、Oct3/4と呼ばれる転写因子の発現を抑制すると、ES細胞から栄養外胚葉を誘導できることを明らかにしていた。また、別の転写因子Cdx2が栄養外胚葉の分化に重要な役割を持つことも示していた。これらの知見を元に彼らは、内部細胞塊ではOct3/4が栄養外胚葉の分化に働くCdx2を抑制しているというモデルを想定した。そこでまず、ES細胞でCdx2を過剰発現させる実験を行ったところ、Oct3/4を発現抑制した時と同様に、ES細胞から栄養外胚葉が誘導された。さらにこの細胞を胚盤胞に注入すると実際に胎盤にのみ寄与することも分かった。また、Cdx2は転写レベルで自己活性化していることが知られるが、この自己転写活性化がOct3/4によって抑制されることも明らかになった。これらの結果は、Oct3/4がCdx2を抑制することで内部細胞塊を誘導・維持している可能性を強く示唆しており、予想通りの結果と言えた。しかし一方で、Cdx2を発現させたES細胞では、Oct3/4の転写活性化能も抑制されているという予想外の結果も得られた。つまり、Oct3/4とCdx2は相互に抑制的に働いていることが明らかになったのである。
続いてOct3/4とCdx2の局在解析を行ったところ、これらの分子をES細胞で共発現させると、共に核の転写不活性領域に移動することが分かった。実際に、彼らが続けて行った免疫沈降実験では、Oct3/4とCdx2が直接相互作用していることが明らかになった。これは転写レベルでの相互抑制に加え、タンパク質レベルでの複合体形成による機能抑制機構が存在することを示唆している。
もう一つの興味深い結果は、Cdx2は栄養外胚葉を積極的に誘導しているわけではないらしい、ということである。彼らは、Cdx2を欠損したES細胞でもOct3/4を抑制すれば、栄養外胚葉へと分化することを示したのである。それでは、Cdx2はいったい何をしているのだろうか。彼らは、Cdx2を欠損しながらもOct3/4の抑制によって誘導された栄養外胚葉を詳しく調べたところ、これらの元になる栄養外胚葉性幹細胞が自己増殖能を欠損していることが分かった。そして別の分子、EomesoがCdx2非存在下で栄養外胚葉を誘導していることが分かったが、しかし、EomesoはOct3/4に対する抑制能を持たないことから、別の経路で栄養外胚葉を誘導しているらしい。
栄養外胚葉と内部細胞塊の分化メカニズムを知るには、発生過程においてOct3/4とCdx2がいつ何処で発現するのかを知る必要がある。彼らは、桑実胚から胚盤胞にかけてのこれら2つの分子の発現を追跡した。すると、初期桑実胚では、全ての細胞核に両方の分子が発現していたが、10~16細胞期の桑実胚になるとCdx2の発現は外側の細胞にのみ見られた。胚盤胞期になるとこの発現パターンは明確になり、Cdx2は外側の細胞層のみで、Oct3/4は内部の細胞のみで発現していた。これらの結果は、一部の細胞がCdx2の発現を失うことがきっかけとなって、Oct3/4を発現する内部細胞塊とCdx2を発現する栄養外胚葉の分化が誘導されることを物語っている。
しかし、どのようにしてCdx2とOct3/4の発現のバランスが崩れるのだろうか。Eomesoはどの様にして栄養外胚葉を誘導するのだろうか。Cdx2と栄養外胚葉性幹細胞の自己複製能とはどの様な関係にあるのだろうか。新たな発見は常に新たな疑問を生むが、Cdx2とOct3/4の相互作用が栄養外胚葉を誘導する、という今回の発見がそれらの答えにやがて繋がっていくだろう。



コメント(8)
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[連投1]
>> 学さん
ティシュー論文のFig.2のコントロールのESにそのCdx2の発現があることになっていて、対する各組織細胞から採取された細胞のスフィア塊からはいずれにも見られません。
The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers
(*ttps://www.researchgate.net/profile/Karen_Westerman/publication/47154811_The_Potential_of_Stem_Cells_in_Adult_Tissues_Representative_of_the_Three_Germ_Layers/links/556637fc08aefcb861d19869/The-Potential-of-Stem-Cells-in-Adult-Tissues-Representative-of-the-Three-Germ-Layers.pdf) 削除
2019/3/28(木) 午前 9:56 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投2]
この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒ですらあったと思っていますが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラはできないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術でキメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。 削除
2019/3/28(木) 午前 9:56 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投3]
ティシュー論文のすごいのは発見事実です。逆にその論理の運びはど素人が読んでも変ですね。笹井さんが12/11ヴァージョン原稿を初めて見た時の感想はこのティシュー論文を読むことで推察可能ではないでしょうか。彼女はFig2でただESとスフィアは違う多能性細胞だということを言うためにこの遺伝子発現解析比較をしている。このやり方は転じてネイチャー論文ではCdx2がES細胞では見られず、TS細胞は無論、STAP細胞とFI-SCには見られるという論理になってるんです。彼女はその矛盾に気づいていません。彼女が見ているのはスフィア細胞が三胚様分化したという事実、STAP細胞からキメラができたという事実、その胎盤が光ったという事実です。彼女の論理は個別の事実に対して"分かりやすい"説明可能なデータをつけることです。 削除
2019/3/28(木) 午前 9:57 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投4]
そしておそらく"生もの"は死に向かって"川の流れのように"経過して行くものである以上、何事も厳密には繰り返し得ないものなのだという形而上学的な裏事情(エントロピー増大則ととらえればフィジカルかもしれませんが)を反映して、どんなデータでも何回も取り直していたら論理構成に都合のいいデータは得られるのがこの細胞生物学という怪しげな科学分野の陥穽なのだということは、西川さんもどこかで書いておられたのではなかったでしょうかね。自分も学生たちにもう少し頑張ってみろと指示したと。ガンバルって、何でしょうかね。 削除
2019/3/28(木) 午前 9:58 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投5]
論文のキメラが嘘だと言われて通らないときには、論理をいじるのではなくて、何度でもキメラを作って見せたらいいだけです。それだけの話しで、論文の書き方が悪いから通らないのだと誰がいいだしたのか。理研の罪が一番大きいんですね。だから、本当のことを報告できないで、灰色のままに多くの人々を放り出して不幸にしてしまったんではありませんかね。理研という組織の罪は理事長が引責辞任された。しかし個別の個人の誰が悪いとも言えません。 削除
2019/3/28(木) 午前 9:59 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投6]
若山さんは苦しかったでしょうけど、小保方さんをリクルートしたくてちょっと一時的に嘘をついていたのがこんなになってしまったと8月時点で言うべきだったでしょうかね。でも、それもあの時点ではこんな論文はリジェクトされるはずだという期待がありましたね。リジェクトされていれば何もなかったことです。仏教的縁起というものなのか、運命というものなのか。以上です。 削除
2019/3/28(木) 午前 10:00 [ 一言居士 ] 返信する

> 一言居士さん
格調ある熱弁ありがとうございます。

学とみ子は、核移植には懐疑的ですが、おおむね、納得です。

私が、一番罪作りと思う人たちは、小保方犯行説を広めた人(特に陰で画策し名前の出てない人)、その小保方捏造説を信じた非専門家知識人、権力者たちです。

STAP細胞の親がどうあってもSTAP論文の主旨に影響が出ないと私は思いますが、遠藤氏はそうは考えていないようです。彼は、[STAP細胞の親が論文記載と違うから、STAP細胞は存在しないはず]とのSTAPナイナイ持論と直結させました。 削除
2019/3/28(木) 午前 11:35 学とみ子
返信する

遠藤論文の大事な事は、他の科学者たちの議論にあるように、iPS細胞を解析して、遺伝子発現の不均等性を示した事です。

酸浴細胞にどのような遺伝子制御の狂いが生じたか?が不明である限り、SNIPを用いた解析には限界があります。

STAP著者らは、複数の親マウスから、その都度、STAP細胞を作成したのですから、そこを強調すれば、遠藤氏からの追及はかわせます。

マウスの種類をきちんと記録してないことで、小保方氏は罪を背負ったのでしょう。 削除
2019/3/28(木) 午前 11:56 学とみ子
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コメント

No title

学とみ子
遠藤論文の大事な事は、他の科学者たちの議論にあるように、iPS細胞を解析して、遺伝子発現の不均等性を示した事です。

酸浴細胞にどのような遺伝子制御の狂いが生じたか?が不明である限り、SNIPを用いた解析には限界があります。

STAP著者らは、複数の親マウスから、その都度、STAP細胞を作成したのですから、そこを強調すれば、遠藤氏からの追及はかわせます。

マウスの種類をきちんと記録してないことで、小保方氏は罪を背負ったのでしょう。

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学とみ子
> 一言居士さん
格調ある熱弁ありがとうございます。

学とみ子は、核移植には懐疑的ですが、おおむね、納得です。

私が、一番罪作りと思う人たちは、小保方犯行説を広めた人(特に陰で画策し名前の出てない人)、その小保方捏造説を信じた非専門家知識人、権力者たちです。

STAP細胞の親がどうあってもSTAP論文の主旨に影響が出ないと私は思いますが、遠藤氏はそうは考えていないようです。彼は、[STAP細胞の親が論文記載と違うから、STAP細胞は存在しないはず]とのSTAPナイナイ持論と直結させました。

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一言居士
[連投6]
若山さんは苦しかったでしょうけど、小保方さんをリクルートしたくてちょっと一時的に嘘をついていたのがこんなになってしまったと8月時点で言うべきだったでしょうかね。でも、それもあの時点ではこんな論文はリジェクトされるはずだという期待がありましたね。リジェクトされていれば何もなかったことです。仏教的縁起というものなのか、運命というものなのか。以上です。

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一言居士
[連投5]
論文のキメラが嘘だと言われて通らないときには、論理をいじるのではなくて、何度でもキメラを作って見せたらいいだけです。それだけの話しで、論文の書き方が悪いから通らないのだと誰がいいだしたのか。理研の罪が一番大きいんですね。だから、本当のことを報告できないで、灰色のままに多くの人々を放り出して不幸にしてしまったんではありませんかね。理研という組織の罪は理事長が引責辞任された。しかし個別の個人の誰が悪いとも言えません。

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一言居士
[連投4]
そしておそらく"生もの"は死に向かって"川の流れのように"経過して行くものである以上、何事も厳密には繰り返し得ないものなのだという形而上学的な裏事情(エントロピー増大則ととらえればフィジカルかもしれませんが)を反映して、どんなデータでも何回も取り直していたら論理構成に都合のいいデータは得られるのがこの細胞生物学という怪しげな科学分野の陥穽なのだということは、西川さんもどこかで書いておられたのではなかったでしょうかね。自分も学生たちにもう少し頑張ってみろと指示したと。ガンバルって、何でしょうかね。

No title

一言居士
[連投3]
ティシュー論文のすごいのは発見事実です。逆にその論理の運びはど素人が読んでも変ですね。笹井さんが12/11ヴァージョン原稿を初めて見た時の感想はこのティシュー論文を読むことで推察可能ではないでしょうか。彼女はFig2でただESとスフィアは違う多能性細胞だということを言うためにこの遺伝子発現解析比較をしている。このやり方は転じてネイチャー論文ではCdx2がES細胞では見られず、TS細胞は無論、STAP細胞とFI-SCには見られるという論理になってるんです。彼女はその矛盾に気づいていません。彼女が見ているのはスフィア細胞が三胚様分化したという事実、STAP細胞からキメラができたという事実、その胎盤が光ったという事実です。彼女の論理は個別の事実に対して"分かりやすい"説明可能なデータをつけることです。

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一言居士
[連投2]
この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒ですらあったと思っていますが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラはできないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術でキメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。

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一言居士
[連投1]
>>学さん
ティシュー論文のFig.2のコントロールのESにそのCdx2の発現があることになっていて、対する各組織細胞から採取された細胞のスフィア塊からはいずれにも見られません。
The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers
(*ttps://www.researchgate.net/profile/Karen_Westerman/publication/47154811_The_Potential_of_Stem_Cells_in_Adult_Tissues_Representative_of_the_Three_Germ_Layers/links/556637fc08aefcb861d19869/The-Potential-of-Stem-Cells-in-Adult-Tissues-Representative-of-the-Three-Germ-Layers.pdf)
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