Cdx2、Sox21に関する続きの議論です。 まず、遠藤論文について、和モガさんの解説記事から始めます。

和モガさんの、Sox21に関連した記事の一部を、参考引用します。

「STAP細胞事件」-STAP細胞もキメラもSTAP幹細胞もFI幹細胞も全てある
2017.03.15 Wed
・・・・・
STAP細胞は保存がきかないので現物はないが、FI幹細胞はちゃんと保存されているので、「STAP細胞はない、ES細胞だ」というのであれば、FI幹細胞の遺伝子発現パターンを調べES細胞と同じでしたと言えばよかった。しかし、調査委員会はただゲノムを解析しているだけで、FI幹細胞の遺伝子発現パターンは調べていない。

調査委員会が調べたFI幹細胞はCTSという細胞株でゲノム解析した結果、FI幹細胞CTSはFES1由来であるとしている。他に調べたFI幹細胞には公共データベースに登録されたChIP-seqデータとRNA-seqデータがある。公共データベースは実験中に持ち込んだ生データが登録されたもので、ChIP-seqデータは「129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP」であり、RNA-seqデータは「B6 Oct4-GFP+α(アルファ)」とゲノム解析されている。

α(アルファ)の部分だが、このFI幹細胞について調査報告書は次のように書いている。

大多数のアレルはB6ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度をもつSNPs箇所が多く認められる。これは大部分のRNA-seqがB6ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得されたRNA-seqサンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっているいると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞のRNA-seqデータ(CD1系統)と酷似している)。

RNA-seqでは遺伝子発現時にDNAから転写されるmRNAの配列と量を解読し、その遺伝子の発現量を定量的に調べることができる。また、DNAの塩基配列の特定の箇所には、その塩基を調べればマウスの系統が分かるSNP(一塩基多型)が存在する。遺伝子を発現するDNA領域にSNPを含んでいるものがあり、転写されたmRNAのその箇所を調べると、どのマウス系統からどのくらいの量の遺伝子が発現しているかを知ることができる。

遠藤氏はSNPを使って、公共データベースに登録されたFI幹細胞のRNA-seqデータを解析した
論文を投稿している。下の図は、遠藤氏の論文の図に解説を加えたものである。遠藤氏は対比のため、同じく公共データベースに登録されていたES細胞の解析も載せている。

イメージ 1


http://blog-imgs-102.fc2.com/w/a/m/wamoga/2017030821461781c.png

まず、ES細胞で特異的に発現する遺伝子Sall4とKlf4であるが、一番上のSNP(ID=rs33341561)の塩基はC(シトシン)とT(チミン)があり、B6系はCで非B6系はTである。発現量としてはB6系と非B6系でそれぞれ同等(面積比がほぼ同じ)に発現している。これはES細胞が129B6F1マウスだからである。129系DNAからのmRNAとB6系DNAからのmRNAがそれぞれ同等に発現していることになる。一方、FI幹細胞の方では全てB6なので、発現しているのはB6ホモの細胞であることになる。

TS細胞で特異的に発現する遺伝子Elf5とSox21については129B6F1のES細胞については、一つを除いて発現していない。この遺伝子はES細胞では発現しない遺伝子だと分かる。一方、FI幹細胞は、B6系と非B6系がそれぞれ発現している。ES細胞なら発現しないはずだから、CD1がB6とのF1だったという可能性が考えられる。しかし、CD1B6F1であれば、それぞれの発現量は同じになるはずだが、各発現量をみるとバラバラである。従って、これはCD1ホモとB6ホモがそれぞれ発現していることになる。すると、B6ホモの細胞はES細胞の特異的遺伝子とTS細胞の特異的遺伝子をどちらも発現していることになる。この遺伝子発現パターンはFI幹細胞に他ならないということになる。

調査委員会が論文に書かれていたが見つからなかったとした、Oct4-GFPのB6ホモのFI幹細胞が公共データベースに登録されていたのである。
・・・・
以上で、和モガさんブログからの引用を終わります。





学とみ子ブログの前エントリーで丹羽氏の論文で書かれている事を紹介した。
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/051201_niwa_cdx2.html
Oct3/4は、内部細胞塊に働き胎児形成へ、Cdx2は胎盤形成へと誘導するための重要な転写因子である。
Cdx2は転写レベルで自己活性化しており、この自己転写活性化がOct3/4によって抑制されているが、Oct3/4とCdx2は一方的な抑制関係ではなく、Oct3/4とCdx2は、相互に抑制的な転写因子であることがわかっている。
このように、Oct3/4とCdx2は、転写レベルでの相互抑制の関係であるが、さらに、蛋白レベルの局在性の解析においても、両転写因子は複合体を形成して相互で抑制し合う。
さらに、Cdx2は栄養外胚葉を積極的に誘導しているわけではないらしい。
Cdx2を欠損すると、栄養外胚葉性幹細胞が自己増殖能を欠損するが、重要な別の分子、EomesoがCdx2非存在下で栄養外胚葉を誘導する。EomesoはOct3/4に対する抑制能が無く、栄養外胚葉を別の経路で誘導しているらしい。

以上のように、胎盤形成に大いなる機能をもつCdx2であるが、このCdx2に関して、以下のエントリー記事のコメント欄で議論があった。

LさんとTSさんの直近の議論です。
胎盤形成には、重要な働きをするCdx2であるが、B6ホモが親であるFI細胞においても、混じっているとされたTS細胞(非B6)由来ではない、FI細胞本来のB6サイドからのCdx2の発現が、TSさんの解析でわかりました。
2019/3/27(水) 午前 10:25 [ Ts.Markr ]  
2019/3/28(木) 午前 4:18 [ L ]
但し、Lさんは、ES細胞でも種類によってはこのような現象がありうるかも・・ともおっしゃっています。
                                                                                                                                                                     
では、その部分のコメントを読んでみましょう。
以下は、議論コメントのコピペです。
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> Lさん
Cdx2

SNP-ID,pos,Ref B6,FI-SC Tru-seq rep1

rs29524356,Chr5:147300476, T, T
rs33553399,Chr5:147300702, T, no-read
rs29679715,Chr5:147301538, T, T/A (12:13)
rs32379528,Chr5:147301947, G, G/C (8:2)
rs33432214,Chr5:147302654, G, no-read
...
削除
                                                
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...
rs33266465,Chr5:147303376, T, no-read
rs29675405,Chr5:147303466, T, no-read
rs46763758,Chr5:147303539, A, no-read
rs33739221,Chr5:147303696, A, no-read
rs32380504,Chr5:147303697, A, no-read
rs32380507,Chr5:147304564, G, no-read
rs33585982,Chr5:147308721, C, no-read
rs29589988,Chr5:147308742, T, no-read
rs33714082,Chr5:147308945, C, no-read
rs29557224,Chr5:147309188, G, no-read

(参照 http://www.informatics.jax.org/snp)
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2019/3/27(水) 午前 10:26 [ Ts.Marker ] 返信する

                       
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> Ts.Markerさん

どうもありがとうございます。RNAseqなので、検出できたのは3UTRのrs29679715と exon-3のrs32379528だけになるようですが、データとしては面白いですよね。Cdx2でも、non-B6だけでなくB6からの発現が相当あるようなので、それがES由来であったとしても、ただのESではなさそうです。FGF4でES細胞を培養すると、Cdx2を含めたTSマーカーの発現が上がるのかもしれませんね。通常の培養で維持されたGOF-ESと比較したデータを見てみたいですが、パブリックに出てないのが残念です。
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2019/3/28(木) 午前 4:18 [ L ] 返信する




         コメント(96)
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生体内では、未知の現象に溢れています。そのほとんどがまだ解明されていません。

遠藤論文では、SNIPs解析による親マウスの推定は、人工的に改変細胞では難しいことを、自ら期せずして、明らかにしてしまったのではないでしょうか?

STAP細胞は、まさに、人工的に改変させられた細胞です。
まず、どうなったのか?の状態を解明し、なぜ、そうなったのか?の理由の解明となります。

もはや、STAP細胞捏造を支持する人たちは、直接この事件にかかわって方向性を決めた人たちのみとなり、彼らはSTAPはESで正しいと言い続けるでしょう。彼らは、そう信じているからと主張できます。

若山氏の言葉で
「私はその時、あると思った」
と同様に、ES派の学者の言い分は、
「私はその時、ないと思った」です。

STAP派が証拠なるものを示しても、研究者間での信頼関係はひっくり返せません。

それ以外の科学者層の人たちは、コメントをひかえるという状態が当分、続くと思います。削除
2019/3/29(金) 午前 7:14学とみ子
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STAP事件は、単に不正研究問題ということでなく、研究界で働く人たちに大いなる教訓を残しました。つまり、研究者間で信頼関係は無くなった時、当事者たちはそう考え、どう行動するか?です。そのためにも、自らの研究については不正の無いようにし、他人まかせにしないことが求められるということでしょう。特に、新人のうちは、守ってくれる上司が必ずしもいるわけでは無く、逆に押し付けられる恐れすらあるということでしょう(一般論です)。

研究不正がなくても、あったかのように策略されることもあります。いわゆる研究妨害です。秀才が集まる激しい競争の世界ですから、注意しておかないといけません。

そうしたことがないためには、研究者間の信頼関係をむすぶ、相手を信用する気持ち以外に、策は無いように思います。お互いの信頼感が基本にないと、この世界に入って行こうとする人は、どんどん減ってしまいます。

日本では、STAP事件が研究不正の典型例などとして。大学で学生向けに講義することは、難しいと思いますね。一般人ですら、誰もがそんなに単純にものは考えませんから。教官もそんなことをやろうとは思わないでしょうね。削除
2019/3/29(金) 午前 7:52学とみ子
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[連投1]
>> 学さん
質問してくださって有難うございます。
>
卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか?クローン胚って?どういう状態ですか?
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する削除
2019/3/29(金) 午前 7:54[ 一言居士 ]返信する
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[連投2]
ご承知の通り、<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>といいます。そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。クローン胚から作るより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも若山さんの発見です。若山さんの研究室はそういう研究室です。
若山さんは、GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、キメラまではできないので、自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作り、通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたと考えています。説明の場を与えて下さって感謝いたします。削除
2019/3/29(金) 午前 7:54[ 一言居士 ]返信する
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[連投3]
>> あのねさん
>自分なりの一つの根拠としたのは、理研の論文で「一滴の血液からクローンマウスを誕生させることに成功」から、CD45+である白血球から取り分けリンパ球は使えないことです。

了解いたしました。ただし、使えないとは書かれていませんし、リンパ球からも作られているのではないですか。ただ再構成されているような不完全な白血球を選ぶより、非リンパ球を使った方がいいに決まっているけれども、今までは選別手段がなかったが、我々がわずかな大きさの違いを識別してFACS選別できることを示したと主張している報告なのではないですか。削除
2019/3/29(金) 午前 7:55[ 一言居士 ]返信する
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[連投4]
> 論文通りならFACSでリンパ球を選別すると、その余りの非リンパ球を取り出すことができます。一方で極論すれば、実験で使用のたくさんのマウスの死骸から血液をシリンジで吸って薬剤を加えて遠沈すれば、非リンパ球層は分画されます。

厳密に選別できてないと実用にならないので、かの報告の主張となるのではないですか。それと遠心分離も厳密でないのではないですか。死骸である必要はないと思いますけど後の推測ストーリーと関係してるんですね。削除
2019/3/29(金) 午前 7:56[ 一言居士 ]返信する
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[連投5]
> 「あの日」66pでキメリズムが少ないけど1匹のマウスに2種類の遺伝子を持つことが解析され若山氏に報告されていることです。若山氏も「このSTAP実験系は本物だ。作法は違うけど立派なキメラマウスを作ってやろう」と考えたと思います。

時系列が違っています。博論の実験では直接血液は使っていません。東京女子医大でB6のCAG-GFPマウスを購入してその骨髄からのスフィア塊を若山研に持ち込んでいます。若山さんの指示です。ティシュー論文でも骨髄を使っています。ただ、この事実はとんでもなく大きな問題をはらんでいます。削除
2019/3/29(金) 午前 7:56[ 一言居士 ]返信する
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[連投6]
丹羽検証によって真正のOct4遺伝子発現している細胞は30個のスフィア塊に最大12個程度しかないと分かっています。約3万個に12個です。2500個に一個の割合です。この時若山さんはトリプシンでばらして一個ずつ挿入している。二回の実験で300個程度のキメラ胚ですが、20個づつ入れたとして6000個の細胞をインジェクトしている。そこに当たって一本の毛が黒かったので剃毛して皮膚を見たらそこも黒かったということですね。削除
2019/3/29(金) 午前 7:57[ 一言居士 ]返信する
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[連投7]
骨髄には造血幹細胞があります。このころには成体幹細胞はインサイチュでその組織にしかならないとのみ考えられていて、それを外に取り出した人はいない。しかし、STAP論文が発表されて後、先に見つけられていたムーさんの筋肉細胞からインサイチュでリプログラムされていることが分かっていた幹細胞に、キンガ・ヴィニーツはiMuSCs(injury induced muscle-derived stem cell-like cells)という名前をつけ、それを外に取り出して、三胚葉に分化させ、テラトーマとキメラ形成させました。
ティシュー論文でもし小保方さんが造血幹細胞を三胚葉分化させていたのなら、世界で初めてそんな破天荒なことをした人は小保方さんであったということになるんでしょうね。ただし、小保方さんは実際には各由来組織からスフィアを作ってまたも三胚葉分化させています。確率的には成体幹細胞であったとも思えないところで、やはり刺激惹起かなとも思えますね。ただし、清成さんはできませんでした。こちらの原因も考えないといけませんね。削除
2019/3/29(金) 午前 7:58[ 一言居士 ]返信する
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[連投8]
私は別にntES論にこだわってはいません。事件の解明だけが目的で考えています。
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。(或いは若山さんの他の技術であっても、論文に書かれているものでない実験が行われていた。)
どれかですが①はもはや我々の間ではあり得ませんね。この①の否定はまだ0oboeさんとパートナー氏、そして楠本さんたちが追っておられますね。
②を主張する人たちはできているのになぜ若山さんが取り下げたのか、また、なぜ再現検証実験でキメラができなかったのかの理由を見つけなければなりません。③は手記にある小保方さんがリクルートされている事情との関連をよく説明できてるんです。私は今のところまだ③にいます。
連投するとリジェクトされるのでこの辺で以上とします。削除
2019/3/29(金) 午前 8:02[ 一言居士 ]返信する

>彼らは、そう信じているからと主張できます。

ES論の主張の場、マスコミ人の手柄話の場で、STAP派の人が違うだろうとわめいても意味がないです。人生、無駄な努力です。

そんなことは、最初から見えています。だから、STAP派が講演会に行かないのは当然ですが、そうは予想出来ない人がいるんだなあ~と。。削除
2019/3/29(金) 午前 8:30学とみ子
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枯れ木も山の賑わい
との言葉があります。

講演に出席した聴衆が、枯れ木でしかない講演会はむなしいものです。

意味ある講演会は、聴衆も優れています。優れた聴衆が集まる事が大事です。

そうした講演会においては、その聴衆の中に演者より格上の人もいて、その人が何を言うかに聴衆が釘付けとなります。

しかし、今回の講演会はどのような質のものだったのでしょうか?
優れた講演会だったのですか?

やっぱりさんにとっては、自らは枯れ木にすぎない立場で座っていることに耐えられなかったのではありませんか?

STAP派の戦略を知り尽くしたやっぱりさんが講演された方が、よっぽど、実のあるものになったと思いますけどね。削除
2019/3/29(金) 午前 10:55学とみ子
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> 一言居士さん

①②③のどれであるかわかりません。当事者は沈黙してますから。

しかし、実は、ここが一番大事なんです。何があったのか明らかにされないまま、小保方氏はESで捏造したとの話になっちゃったんです。

STAP細胞の不可思議な点を、小保方氏の悪行に持ってかれちゃったんです。

CDB挙げての大捏造でなければ、ES説は可能になりません。ここを多くの一般人にわかって欲しいです。削除
2019/3/29(金) 午前 11:09学とみ子
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どの研究が優れているか?評価は難しいです。美人コンテストのように、いづれあやめかかきつばたの世界でしょうし----。

ただ、研究に対する評価が美人コンテストと決定的に違うのは、コンテストに応募する個人の資質が生まれつきか?、努力で得たものか?とかが違う点かなあ~。

いづれにしろ、研究の質を評価する組織がしかるべき人たちで構成されていない点が、日本の問題だと思います。

お金を配る立場の人が、そのためのの資質を持っているのか?です。

ここを、評価する仕組みがないのでは?削除
2019/3/29(金) 午前 11:29学とみ子
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2014年、STAPが何ものか?がまだ、分からない時点で、アンチSTAP論を支持していた大学教官で、現在もSTAPはESの偽物と公言している人って、どなたでしょうか?

STAP事件の時に、大手をふるって偽物論を展開した、マスコミ寄りの榎本氏、上昌広氏は今も、ES説を支持して、何かお書きになっているのでしょうか?

終わった事件、解決した事件だから、学術層は興味を持たないという推論は嘘だと思いますね。一般人でも、この事件はどこかおかしいと思えるのですから・・・。

桂報告書は、犯人を特定できないにもかかわらず、小保方個人の資質を強く批判しました。こうした書きぶりを見れば、学術層の知識人なら、あれっ?と思うのではないでしょうか?これだけ、一個人をけなす報告書っておかしいでしょう?
この内容について、あれっと思った学術層は、その後は何も言わなくなるのではないでしょうか?

事件当時、ES論を信じて、現在もES論を支持して何かを書いている(事件関係者以外の)学者について、何か情報があるでしょうか?削除
2019/3/29(金) 午後 7:34学とみ子
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[連投1]
この場を借りてガンバレの楠本さんへの連絡をさせてください。
>>
学さんのブログで漏れ出し現象について言及しておられますが、OCT4-GFPが強く発現している画像とそうでない画像があると思うのですが、どう思われますか。

GFPの漏れ出しは丹羽さんの発見で、Oct4-GFP人工遺伝子が発現して、GFPという蛍光蛋白質が製造されて、紫外線を当てると緑色蛍光しているにも関わらず、肝心なOct4遺伝子そのものが発現してないという現象で、こちらはPCRで遺伝子の発現を確認し、発現していてもOct4蛋白が製造されているか否かは免疫染色で確認しますが、まずPCRでOct4遺伝子のmRNAが発現していないと言ってるんです。削除
2019/3/30(土) 午前 11:15[ 一言居士 ]返信する
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[連投2]
漏れ出しの発見はそれ自体が一つの科学的発見で、だれかが興味を持ったら調べるでしょうから、丹羽さんはInterestingly と書いているんでしょうね。この調査を通して大発見が無いとも限りません。
どんな遺伝子も先頭にプロモーター配列がくっついていて、このプロモーターが体内の特定の蛋白質の増減に反応して本体の遺伝子が発現したりしなかったりする仕組みになっています。削除
2019/3/30(土) 午前 11:16[ 一言居士 ]返信する
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[連投3]
Oct4蛋白質を製造する設計図であるOct4遺伝子にもそれを稼働させるプロモーター配列があります。対してGFP遺伝子はご承知の如くオワンクラゲが蛍光蛋白質を製造する仕組みを利用して目的の遺伝子の発現と対応させて光らせる人工遺伝子で、Oct4遺伝子がターゲットなら人工遺伝子をOct4遺伝子のプロモーター部位につなげたものをヴィルスベクターを使って核内の染色体に感染挿入させる。これで、内在性Oct4遺伝子が発現するときには、同時にGFP遺伝子も発現するという仕組みができる(人工遺伝子に対して内在性遺伝子と呼び分けている)。これがGOFマウスと呼ばれているものだと理解しています。削除
2019/3/30(土) 午前 11:17[ 一言居士 ]返信する
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[連投4]
若山研ではこのマウスを使ってES細胞の研究をしていましたので、必要があって自家繁殖させていました。PCRでの発現確認はとても面倒なものなので、小保方さんはOct4の発現をリアルタイムで確認できるGOFマウスでやってみたかったという動機と震災の偶然が重なって、若山さんのところでこのGOFマウスを使っての酸浴実験を始めたら、たくさん光るようになったわけです。無論、若山さんも小保方さんもGFPの漏れ出しなんて、この時には知らないんです。削除
2019/3/30(土) 午前 11:17[ 一言居士 ]返信する
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[連投5]
三胚様分化する細胞であるということに加えて事件のもう一つの原因になったのがこのGFPの漏れ出しというアーティファクトだったわけです。自家蛍光を識別できないなんて児戯です。博士さんたちですよ。蛍光顕微鏡の見方なんて一般教養レベルではないのですかね。この未知のアーティファクトがなかったら若山さんはこの細胞をntES化しようとは思わなかったでしょうね。博論の実験ですでに小保方さんのスフィア塊からはまともなキメラはできないと分かっていました。削除
2019/3/30(土) 午前 11:18[ 一言居士 ]返信する
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[連投6]
小保方さんの三胚様分化実験でも20個に1個、50個に1個の成功率で、しかもティシュー論文では一個のスフィア塊の構成細胞が2000個以上とされている中のどの細胞が分化したのかすらわからないのですから、そのままでもう一度やろうとは思いませんね。フロリダ会議で"できてきている"のではないかと方向転換した実験の中で多数GFP蛍光が出た。この組み合わせで、若山さんはスタンダードなやり方ではキメラができないと結論された後に、ntES化を試そうという気になったのだと推測しています。このGFP確認された細胞ならクローン胚に入れられる。削除
2019/3/30(土) 午前 11:19[ 一言居士 ]返信する
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[連投7]
若山さんは既に最初のGOFの実験時に同時並行でGOFのntES化を初めていると思います。最初からF1でやることはないでしょうね。ただ沢山光っているから、形態判断でF1も次にやってみて、小保方さんに最初に成功だと見せた胎児はCAG入りだということはレター論文のExtended Data Figure1-aを見ればわかる。しかもPCのプロパティに2011/11/28の4Nキメラとあって、加えて桂報告書によれば「129/Sv×B6GFP」が正しい書き方だと言ってるんですからGFPがヘテロに入っていると言ってることになる。
>>
なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。(21P)削除
2019/3/30(土) 午前 11:20[ 一言居士 ]返信する
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[連投8]
このCAGはAcr-CAGだというのはそのあとの12/27テラトーマからアクロシンが出ていることで分かります。これは小保方さんが渡米しているときに若山さんが上から注射したんで、小保方さんはGOFマウスのSTAP細胞を使っていますから、捏造するなら学生のGOF-ESを使うに決まっています。小保方さんは捏造なんてしませんし、無論若山さんはなおさらです。若山さんは当時内示はされていたが、まだ山梨大に行くということが人事秘で誰にも言えなかったので、小保方さんに助手の条件を提示できないままアメリカに帰られそうになるのを止めるために一時的に"できた"と言っただけなんですよ。削除
2019/3/30(土) 午前 11:20[ 一言居士 ]返信する
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[連投9]
ご質問の主旨はExtended Data Figure4-dですよね。dimからはできない。FACS選別したOct4-GFP+細胞からは3/20できた。目視でよく光ってる塊のまま入れたら8/20できたというものですね。
無論、このテラトーマ作成はヴァカンティ足場を使ったものだから、ほとんど三胚様分化実験をシャーレごと皮下に埋めたようなテラトーマで、ES細胞のスタンダードなプロトコルによるテラトーマとは違います。ティシュー論文と博論でもヴァカンティ足場を使ってます。理研でも12/27テラトーマは実験ノートにもそう書かれている。問題はNOD/SCIDが理研でも使われているのかどうかですが、少なくとも12/27テラトーマはヌードマウスですね。ティシュー論文と博論では明確にNOD/SCIDです。削除
2019/3/30(土) 午前 11:21[ 一言居士 ]返信する
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[連投10]
問題は12/27テラトーマ以外はどうだったのかということですが、情報がありません。ここは査読者の質問もあってなぜNOD/SCIDなのかと問われていてアーティクルのマテメソにも炎症を防ぐためと書き込んでます。12/27テラトーマは最初使っていませんから、他の実験事実がそうだったのか、今までの実験のすべてを纏めるときにNOD/SCIDで代表させたのか、小保方さんの意識の中でどういう区別になっているのかはわかりません。以上です。削除
2019/3/30(土) 午前 11:22[ 一言居士 ]返信する




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コメント

No title

あのね
> 一言居士さん

山梨にリクルートされる為に理研に来たのではないし…。若山研では他の研究者の前でも公然とその能力をいつも誉めたたえていた情景を想像しますが、このことは恋愛の感情の応対に似ています。つまりは無碍に断ることができなかったと考えるのが妥当だと考えます。彼女の意識としてハーバードの教授の秘蔵っ子の自負はあったろうし、田舎大学の助教よりももっといろんな青写真を描いていたはずです。若山氏の要請に返事を返さないのが返事だと言うことだと思います。前にお尋ねした、笹井氏が加わる前の論文は若山氏が最初からリバイスされる気持ちはなかったとお考えでしょうか?

No title

あのね
> 一言居士さん

>ところが小保方さんはどうも日本の研究室の因習が好きでなかったようですね。ヴァカンティのもとに帰ってしまった。助手の誘いをちゃんと断らないままにプイとヴァカンティの元に帰った。これは小保方さんを擁護する私であってもいくらなんでも礼儀を知らんと内心怒るでしょうね。ここは若気の至りも過ぎてると思いますね。礼を尽くして説明して断らないと失礼ですね。あれだけ世話になっておきながら、黙って帰るのか。そして他者の口を通して断ってくるのか。今まで引き延ばしてきていたのは何だったのか。 削除
2019/4/3(水) 午前 7:07 [ 一言居士 ] 返信する

一言さん、この件に関しては若山氏の立場に肩入れされているように感じます。因習の好き嫌いとは別に、小保方さんはハーバード所属の人ですから共同研究をやっていても自分の進路に関して一概に決められない立場ですよ。彼女は手記にもあるように、「10年後の自分を描いている…」研究者です。

No title

Ooboe
私の昨晩の続きは、4月1日エントリ
(ESでは説明出来ない~)にて書き込みたいと思います。
私達の《若山先生は、キメラ作製成功していたのでは?》のシグナルを「あの日」の若山氏描写記述から引用 致します。

No title

Ooboe
私は検証項目のこまかな確認のための
視点から「あの日」を輪切り読みをよくします、その際にその項目考察に不用と思う記述は流し読みをしていた事が解りました、それは
一気読みというザックリ読み方をしてみたら、とても重要な情報記述が盲点になっていたことに気付きました。細かな正確な確認に視点が囚われているため不用部分と思う情景描写記述を思考スルーしてしまうのです。その情景描写となった
若山氏の魂の深層胸中が自然に表に表出されて来たものでは?と、受け止め捉え直してみました。

No title

Ooboe
一言居士さん
私達は、この分野の非専門家であっても、一言居士さんのように、入手した専門知見をただちに把握し凄い記憶力で考察する能力には足下にも及びません
私達は、文系的状況資料根拠をペースに
「あの日」を受け止めていますが、
その文系的考察根拠に
最低限必要な科学的情報を把握するのにも四苦八苦しています。それでも
居士さんや学さん、Lさん、あのねさん
に食らい付いて行きたいと思います。
最大の相違点は、細かな事でなくやはり小保方「あの日」の
若山氏への情景描写の状況根拠から
若山先生は、Stapキメラ作製に成功
していたのでは?の強いシグナルを感じています。

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Ooboe
現在一言居士さん考察の連投が続いています。「あの日」に於ける小保方さんの
時系列的な研究状況記述の文献批判的検証をペースに、各局面、局面での状況、情景描写を
手掛かりに詳細に整合的に組み合わせ
真摯に論考して来た考察過程を(アンチ小保方派)は一言で否定可能な便利な用語《妄想》と斬り捨ててきます。
私達も一言居士さんほどの、詳細検証はとても出来てませんが、
小保方さんの各局面情景描写の状況根拠から一定の仮説的所見を概ね
私達も形成していますが、一言居士さんとは受け取り方所見に相違があります。各局面、局面での受け止め方の相違点を提示する作業もしたいのですが、重大局面についてのみ、相違点をいずれ提示したいと思います。

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学とみ子
> 一言居士さん
今、ため息ブログで議論されている、事件後のCDB解体の話も、あなたは興味深いはずです。

これこそ、STAP事件が、単なる研究不正の問題ではなかった事を疑わせますが、今後、ここの解説もよろしくお願いいたします。

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一言居士
[連投16]
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。更に2012年8月にはAC129の実験で小保方さんがそれをコンタミしたとしているが、この時の実験は小保方さんはキメラができていてローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれません。というのもFLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロールES株129B6F1ES-1で作られている。AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるんですね。木星リストの謎となってDORAさんが疑義していたところですね。以上です。私は先頭のJAKiのスレッドに行きます。こここそ、私の本当に知りたかったところなんです。
学さんにお願いですが、あまりどんどん先に進まないでください。私は応答するのに書き込み量制限があるんです。以上です。明日JAKiのスレッドに行きます。

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一言居士
[連投15]
ネイチャー論文ではマウス背景はGFPに関してヘテロだけしかありません。小保方さんはホモであった可能性を若山さんからにおわされて試料ラベルに+/-表示をしていますね。実際にはヘテロに結果が来たんですから論文にヘテロ表示している。ではホモであったということはいつ分かったのかというと、事件後の若山記者会見の席上です。僕のマウスはホモだったと言い出した。それならどうして論文を早く修正させなかったのかと言いたくなりますよね。責任著者でしかも実験の実行者じゃないか。
論文原稿も修正させず、ジャームラインがホモのはずがヘテロに来たと小保方さんに口頭でいっただけで事件化するまで何も言わなかった。なぜか。この言い訳は小保方さんが山梨についてきてくれていたらヴァカンティにする予定だった言い訳だからです。竹市さんが小保方さんを論文ごとURLにして奪い去った後にする予定だったものではないが、もはやそれしか道が無くなっていたんですよ。

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一言居士
[連投14]
2013年8月に笹井さんにレターの件をむにゃむにゃと話したが、理解してもらえなかったということで、笹井さんにも責任著者の一人になってもらって、いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、11jigenにもリークしておいたということで、だから記者会見発表後すぐに大騒ぎになったわけです。
では若山さんはいつからそんな準備をしていたのか。最初はヴァカンティの特許仮申請ですね。あれは何かのコンタミだったようだという言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。ヴァカンティに対してはキメラができたのはコンタミだったと説明し得るようにするためですね。これはFLSのジャームライントランスミッション実験で、キメラの成長を待って行いますから5月から6月頃です。

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一言居士
[連投13]
入れ替えは一方的に若山さんが悪い。でも、相手は自分に対してあんなことしたやつだよということになるでしょう。万が一論文が通ってしまって、捏造だと騒がれたときはどうするのか。キメラは自分がntESで作ってしまっている。これはESコンタミだったと言い逃れるしかないですね。よく小保方さんに対してそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが若山さんに対して何をしたかを思い出さないといけませんよね。だからああいう下世話なことも考えておく必要があるわけです。
若山さんは本心では論文が通らずにうやむやになることを望んでいたと思います。でも、内偵させていることにもなっている小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いていますよね。

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一言居士
[連投12]
こういう話は巷にあふれていて珍しくもない話ですが、そういう下世話なことも考えておかないと事件の全体像はつかめないかもしれませんね。
追い詰められて仕方なかったとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えています。この入れ替えが無いということが証明されていたら犯人は小保方さんですよ。その意味では桂チームの細胞の由来に関する解析結果は見事なものです。ただ、入れ替えがなかったことが一切証明されていないばかりか、理研はそれに関する問い合わせに対して言を左右にして答えませんから、この解析結果はA=Aだという馬鹿げた結果しか意味し得なくなっているんです。

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一言居士
[連投11]
手記239Pに相沢さんが小保方さんに対して「身から出たサビだ」というくだりがあります。小保方さんは再現実験中に相沢さんのチームに所属していて、相沢さんは大学の大先輩だということもあっていわゆるベイビーシッター役を仰せつかっていますから、小保方さんから今までの経緯を聞いていて、気づくところがあったんではないですか。孫くらいの年の差です。
ここはどんな経緯なのかの調査がありませんから一方的な言い分だけを強調するのはよくないかもしれませんが、若山さんは総じてずっと小保方さんに対して優しいですよね。人に対して優しくて、相手のわがままに対して宏量の人ほど一旦憤ると内心収まりませんね。こういう人は我慢強いので本心を表情や語気に出したりはしませんよね。

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一言居士
[連投11]
繰り返しになりますが、若山さんは小保方さんに惚れ込んでいて山梨大に連れて行きたかった。向こうに連れて行ったら本当のことが言える。そしてちゃんとした論文を書かせてやろうと思っている。でも、ヴァカンティの手前、あれは何かのコンタミだったんだよと言い訳する準備もしておかなければならない。ところが小保方さんはどうも日本の研究室の因習が好きでなかったようですね。ヴァカンティのもとに帰ってしまった。助手の誘いをちゃんと断らないままにプイとヴァカンティの元に帰った。これは小保方さんを擁護する私であってもいくらなんでも礼儀を知らんと内心怒るでしょうね。ここは若気の至りも過ぎてると思いますね。礼を尽くして説明して断らないと失礼ですね。あれだけ世話になっておきながら、黙って帰るのか。そして他者の口を通して断ってくるのか。今まで引き延ばしてきていたのは何だったのか。

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一言居士
[連投10]
情報は寺下さんからも入るんですね。無論寺下さんは若山先生方と単なる電話での会話をしているだけですね。それだけで情報は伝わる。
小保方さんが米国に帰ったところまでで何もとりたてて世間を騒がせるようになる要素はなかったところに、竹市さんがたまたま倫理委員会の席上で興味を持っていたところに、西川さんから小保方さんが米国に帰ったという話を聞いてURLに採用したらといったことが、オホホ・ポエムが<「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」>と言っている真意でしょうね。本音がでてますね。でも、因縁ですよね。倫理委員会で検討されたのは若山さんが自分の血液でSTAP細胞を小保方さんに作らせたことが機縁ですよね。因果は巡る。西川さんが最初に理研を辞任したのもこのURLの契機を作ったことが後ろめたかったんでしょうね。無論、こういうのは偶然に過ぎない。躓いたのは道端にあった石が悪いのかに類した話にしかならない。

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一言居士
[連投9]
若山さんは真実を語るべきチャンスを逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって仏教の言うところの縁起ですよね。利害関係者らしいオホホ・ポエムに以下のようにありますね。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」
「CDBの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり」
「もうホント馬鹿じゃないかと」
「で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。CDBは5月末になってからやっと細胞の調査を始めた」
「けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のESが同定www」

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一言居士
[連投8](昨日の続きです)
>>楠本さん、Ooboeさん

加えて、後の丹羽論文が発見した小保方細胞に関する新知見は、GFPの発現とは離れて、一回の実験で約30個のスフィア塊ができ、ひとつの細胞塊が約千個の細胞で構成されているとして、30000個の細胞総数ですが、その中で内在性Oct4遺伝子の発現量は、スフィア塊30個の20%、すなわち6個のスフィア塊の中に散在し、細胞個数に換算して6から12個分だということです。
小保方さんはハーヴァード時代に一回にこの30個程度のスフィア塊をたくさん作り、ひとつづつシャーレで培養してそのなかの20個に一つ50個に一ついう確率で三胚様分化を導きました(手記53P)。この結果は丹羽さんのPCR検証結果と一致していますね。このハーヴァード時代の細胞が何であったかはまだ分かっていません。小保方さんは震災がなかったらその研究を進めていたことでしょうね。

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学とみ子
>漏れ出し現象発見として今後の研究テーマにしていくのが適切と思います。

適切ではありません。ここを議論しても何も生まれない事に気づかないとだめです。ここは、大事ではないです。
STAP細胞を理解するには、大事な事と、無駄な事のメリハリをしっかりつけられるようになることです。

一般人は、専門家の実験が間違っていると言ったり、否定できる力はありません。一般人は、その論文の学術的位置付けを評価する事もできませんし、展望も示せません。

但し、実験の方法論や結果解釈について、一般人が疑問を呈する事はできます。

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学とみ子
> Ooboeさん

>Oct4がよく発光していると錯誤し、本格的に若山研挙げて
キメラ作製に取り組んだことになります。

錯誤とかの言葉をつかってはだめです。そこは大事な事では無いのです。

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Ooboe
私が思うに、
丹羽検証実験は、若山研時代の小保方スフェアの能力にも達していなかったのでは?その検証データは小保方スフェアと比較して、いまだ、不充分だった可能性も考慮し不確定参考資料と捉えたいと
思います。そんな中での漏れ出し現象発見として今後の研究テーマにしていくのが適切と思います。
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