サイエンス誌における、3人の査読者のレビューについて、ノフラー氏は、ノフラーブログで以下のように書いています。

過去の記事で、以前のサイエンスの査読文紹介に続いての、ノフラーブログの紹介がありましたので、ここに書きます。2018/6/3(日) 午後 6:31

学とみ子の今回の2019年紹介文章とは、大分、ニュアンスが異なるところにご注目ください。

サイエンス誌における、3人の査読者のレビューについて、ノフラー氏は、ノフラーブログで以下のように書いています。茶字
As a result of reading the Science reviews, today we know what the reviewers at Science thought in 2012 of this proto-STAP paper and this sheds much light on what went so terribly wrong with STAP overall. There were many big red flags. Keep in mind that the Nature reviewers would not know about the Science reviews unless by chance one or more of the reviewers for Nature had also participated in the review process at Science.
This early generation STAP paper was entitled “Stress altered somatic cells capable of forming an embryo”.
There was no “STAP” acronym at that point. Instead, the stress-produced stem cells were called “SACs”, an acronym presumably standing for “stress-activated somatic cells” or “stress-altered stem cells”. Therefore, let’s call this proto-STAP paper, the SAC paper.
All three Science reviewers had serious doubts about the SAC paper and pointed out numerous specific concerns.
For example, Reviewer 1 right away early in their review pointed out that the SAC phenomenon was probably not real and was instead explainable by two simple experimental problems: stress-associated GFP reporter activation and cell culture cross contamination.
Crucially, this same reviewer noticed the gel splice, later present in the accepted Nature STAP article Figure 1. However, apparently the STAP/SAC team did not take that concern or most of the other reviewer issues to heart.
Reviewer 2 was extremely skeptical of SAC as well, listing twenty-one specific problems/issues to be addressed. Unfortunately, it seems that most of these concerns also remained unaddressed in the later accepted Nature STAP papers. It is fair to say that although 21 issues seems like a lot that these concerns seem reasonable and not overly harsh.
What else did the reviewers say?
Both Reviewers 1 and 2 had the shared concern that pluripotency-related gene expression seemed abnormally high in the SAC cells. Way way too high.
Reviewer 2 wanted much more data before being convinced. For example, they wrote:

Given the novelty of the claims, a thorough characterization of the SACs is warranted, as is some probing of the mechanisms. This would necessitate a more sophisticated genomic analysis of SACs, through microarray or RNA-seq, and genome-wide DNA methylation analysis — analyses that other pluripotent stem cell lines have been routinely subjected to and for which methods for smaller cell numbers have been developed.
Reviewer 3 was not as detailed with their concerns, but more generally identified some areas of concern such as those articulated in this paragraph:

the methods and cell protocols used must be described in far more detail. For example, the section on Oct4 should state how many cells were sorted and describe the appearance of the cells. Is it possible that rare populations of cells pre-exist or are already apparent on day 1 (thus, what are the “dots” of Fig. 1?). The authors will argue that, indeed, under certain circumstances, they were able to reprogram terminally differentiated cells, and that this was attributable to TCR recombination. I think, ideally, that the cells should be experimentally tagged and traced. This would unequivocally clarify the source of the cells and, further, would exclude the possibility that some cells pre-existed in a pluripotent state.
Critically, it is necessary to determine whether SAC cells can propagate stably in culture and whether such cells can be passaged.

参考
2012年にサイエンスの査読者が、このproto-STAPの論文をどのように評価したかを、私(ノフラー氏)は知ることができ、STAPの全体像の間違いが明らかになりました。
大きな赤い旗がたくさん立ったのです。
Natureの査読者の一人以上がScienceの査読にも参加していなければ、Nature査読者は、Scienceにおける査読経緯を知ることができませんでした。

この初期の頃のSTAP論文原稿は、「胚を形成することができるストレス変化した体細胞」と題されたものです。
その時点では "STAP"頭文字はありませんでした。代わりに、ストレスによって産生された幹細胞は、「ストレス活性化体細胞」または「ストレス改変幹細胞」の略である「SAC」と呼ばれました。したがって、このproto-STAP論文、SAC論文と呼ぶことにしましょう。

3人の査読者はすべてSAC論文に深刻な疑念を持ち、多くの具体的な懸念を指摘しています。

例えば、レビューアー1は、レビューの早い段階でSAC現象がおそらく実際ではなく、代わりにストレス関連GFPレポーター活性化と細胞培養汚染の2つの単純な実験的問題によって説明できると指摘しました。

しかし、STAP / SACチームは、査読者が指摘した問題をほとんど、心に留めていませんでした。

レビューア2は、SACについて非常に懐疑的であり、取り組むべき21の具体的な問題/課題を列挙しています。残念なことに、これらの懸案事項の大部分は、後に受け入れられたNature STAPの論文でも扱われていないようです。 21の問題は多くのように思えますが、これらの懸念は過度に過酷ではないと思われます。

レビューア1および2の両者は、多能性関連遺伝子発現がSAC細胞において異常に高いとの共通の懸念を表していました。

レビュアー2は、論文を確かなものとするには、はるかにさらなる多くのデータを必要とするとしていました。たとえば、彼らは次のように書いています。
・・・

レビュアー3は、懸念事項について詳しくは述べられていませんでしたが、この段落で明記されているSTAP論文の問題点を特定しました。

参考訳として示した日本語は、機械翻訳を併用しています。疑問に思う方、参考訳の間違いを指摘したいと思う方は、ご自身の信じる考え方や実際の訳をお示しください。
スポンサーサイト



コメント

非公開コメント

トラックバック