議論のためのスペース用です


記事欄には二万字書けます。コメントをここに貼り付けますので、よろしくお願いいたします。

ため息さんはすでにブログをお持ちなのでそちらにお願いいたします。

他にブログをお持ちの方は、そちらに主たる内容を、こちらにまとめ版で、ご協力お願いいたします。
わがまま言ってすみません。

追加
28日14時、ブログ主が追加します。
せっかく、構想したスペースでしたが、ため息氏以外からのアクセスがありません。
ため息氏は、次々と、学とみ子批判のコメントを書き込んできます。
いづれも未承認ですが、最初の分だけアップしました。

記事に、「ため息さんはご自身のブログをお持ちなので、そちらでお願いします」
と、書いてあるにもかかわらず、堂々とここへ書き込むため息氏です。

教授とかのポストにいた高齢男性の中には、こうした傍若無人な行動を平気でとれる方がいますね。

多くの忙しい人たちが集まる評議会などで、延々とどうでもよい話を始める元教授とか、たまにいますね。
こうした人は、奥様もだめな人で、暴走をとめないタイプのご夫婦に多いのでは・・・と思います。

(奥様が)
「あなた、みっともないから、お止めになって!」
と注意してくれる奥様を持つことが大事です。
若い時から、奥様とフェアな人間関係を築ける人ではないと、高齢になってからでは、男性はもう無理ですね。お酒が男性をだめにします。

今回、うっかり体内時計さん批判を書き込んでしまった学とみ子ですが、数10分後にやめとこ!と(自ら)思って消したのですが、すでに時遅く、体内さんが待機していたようです。
さっそく、引用されてしまっていましたので、コメントを復活しました。

こうした状況で、体内時計さんを守らんと、必死で書き込むため息氏です。

ため息氏のような特殊な方を除けば、普通の感覚の人なら、コメントを止められた人が、そのサイトには書き込まないでしょう。

ブログ主が勝手な都合で設定しても、書き手には書き手の都合があります。
学とみ子もバカなことをしていまいました。
考えてみれば、それが普通の人の普通反応だと思いました。

ブログのコメントは、書き手の意思にピュアに依存してます。
書きたい時に書きたい場所に書き、書きたくない時は書かないです。
ですから、そうした書き手の意思を尊重すれば、書き込む場を設定しても、書き手の意思とはそぐわないということでした。

又、ひとつ、学とみ子の人間理解が進み、自らの未熟性を反省しました。


追加です。17時
ため息氏からの抗議がありました。
私は、属する学会の総会や評議員会で、こうした行動をする高齢な元教授の話を思い出してかきました。ため息氏とは無関係です。
ため息氏はご自身と関係ある文章だと勝手に読んで、学とみ子に謝罪要求をすること自体が常識外れです。

毎日、中傷、罵倒、嘘つき呼ばわりのコメントや記事を書いているため息氏自身の行動の方がよっぽど謝罪ものです。
そちらのブログの全員が、毎日のように学とみ子を貶める記事を書いています。
そうした人たちは、謝罪を要求する立場にはなれません。

コメント(52)

oTakeさんのコメントです。

>『TCR遺伝子再構成のあるT細胞由来のiPS細胞がキメラマウスがどうなるか』

以前は、お世話になりました。

あなたの言う決着の意味がわからない。
STAPキメラには、血液コンタミで無さそうなTCRバンドが出てるじゃない?あくまでも見た目ですけど。

iPS細胞なら体細胞にTCRを持つ細胞は作れると思います。過去に、アルイミ氏から、BCRで議論を吹き掛けられて、学とみ子はピラニア川におちたじゃあない?

oTakeさん、アノときのBCR議論を追って見て!

ため息氏グループは、当時、(そして今も)議論の意味がわからず、学とみ子をおとしめたのよ。つまり、人を食いつけるピラニアではなくて、学とみ子は這い上がったの。削除
2019/5/28(火) 午前 7:17学とみ子
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そして、京大の先生方に聞いて欲しいの。なぜ、そこにある小保方捏造の証拠は消されたのか?小保方氏がサンプル調整あるいはその後の実験に関わらなかったからではないですか?

STAPキメラのTCRは、なぜ、消されたのか?を、京大学派がどう評価してるか?聞いて欲しいです。

ここに、事件を解決する鍵があります。理研だって、一度はアップしてしまったのだから責任があると思います。

理研が、桂報告書に書き込んだ増殖とメチル化実験は、小保方氏が実施した証拠だてができるけど、その他の実験は、理研は証拠を示せない?
それらは、小保方氏がデータを隠した、あるいはもともと無い!とした。
訴訟になったら理研は困るからなのか?と、学とみ子の想像です。

キメラTCRは、論文にないからとの理由で調査しないのでしょうけど、この図に矛盾があることは、ES派は気付いているのでしょうか?削除
2019/5/28(火) 午前 8:01学とみ子
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> 学とみ子さん


酸浴で初期化されたT細胞はキメラに寄与できずiPS細胞としたT細胞は寄与できるというのが学とみ子様の考えのようですが、なぜ酸浴の初期化ではだめなのかの根拠をおきかせください。何回も聞いているのですが、お答えがありません。

「STAPキメラには、血液コンタミで無さそうなTCRバンドが出てるじゃない?」→ それでは、ゲル2の3本、特許申請書図20の9本の2NキメラのTCR電気泳動写真は、学とみ子様はどのように解釈しているのでしょうか。根拠を添えてお聞かせください。
当方の考える可能性はhttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=15576#comment-44254にあり、これに対するplus99%さんのご意見が続いてあります。これらの意見をふまえたご意見だとわかりやすくなりますが、勿論、全く異なるご意見でも結構ですのでお願いします。これも何回かお聞きしたのですが、お答えがありません。削除
2019/5/28(火) 午前 8:04[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

「京大の先生方に聞いて欲しいの。なぜ、そこにある小保方捏造の証拠は消されたのか?」→ えええ?小保方氏が捏造したとのお考えなのですか?それともこの実験結果は小保方氏が捏造した証拠であるとES派はすべきなのに、それをしないのは何故か?という質問なのですか?単純に読むと前者ですけど。学とみ子様の文章は言葉足らずのことが多く、我々下々の者には理解しがたいことがあるので、確認です。お答えくださると嬉しいです。

「小保方氏がサンプル調整あるいはその後の実験に関わらなかったからではないですか?」→ 石井委員会でゲル2の2Nキメラのレーンの写真の公開を止めたのは小保方氏側から、未公開のデータ(http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140314_1/)だから公開しないでほしいという要請があったからです。小保方氏がこれらの実験に関わったからですね。特許申請書に(同じものではないにしろ)あるのだから止めなくてもいいのに、石井委員会は特許申請書は関知しないからだったんでしょうか。
(続く)削除
2019/5/28(火) 午前 8:49[ ため息 ]返信する
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(続き)
「その他の実験は、理研は証拠を示せない?....それらは、小保方氏がデータを隠した、あるいはもともと無い!とした。」→ 小保方氏に実験が行われたことを証明する責任があるのであって、理研や桂委員会にはあるわけではありません。必然的な結論は、実験がなかったかデータを何故か隠したで、訴訟になるかならないかは関係なく、当時の理研の規則ではデータを開示しない場合、捏造と断定はできず、不問にせざるを得なかったわけです。もう5年も前の議論と結論で、いまさら何を言っているんでしょ。

「この図に矛盾があることは、ES派は気付いているのでしょうか? 」→ だから学とみ子様はどのような矛盾があるのかを、学とみ子様のこのTCRのレーンの解釈を聞いているのです。削除
2019/5/28(火) 午前 8:50[ ため息 ]返信する

体内時計さんがコメントしました。

>2014年4月1日前後の「2ちゃんねる」を探して確認されてみたらいいと思います。
もちろん、あの図に矛盾があることを気づいている方はいらっしゃいました。当然ですが。

学とみ子には、探し方わかりません。体内時計さんが、いろいろ拾い読みして、そちらで示したりはなさらないでしょうけど、どのコメントが[当然]なの?

理解できてない科学をピックアップすることは難しいので、引用魔の体内さんも躊躇するでしょう。体内さんは、わかったふりをいつかやめられますかね?

あなたは、いろいろ情報持ってて、それでも躊躇するご自身をどう自己評価してるの?例えば、情けないとか?ですがーー

お詫び
一旦アップし、削除して、再アップしました。削除
2019/5/28(火) 午前 10:17学とみ子
返信する

上記、体内時計さんへの非難コメント、学とみ子の大人げなさを反省し、一旦、削除しましたが、すでに体内さんに引用されていました。
仕方なく、再掲しました。消したままだと、嘘つき呼ばわりの材料にされますので。

体内さんのような思い込みの激しい人は、関わらずが良いです。

体内さんは、人間のくずと言ったのははじめてだそうです。これからも、体内持論と違う人に対しては、くず呼ばわりをする人になるでしょう。

>今回の学さんの詫摩氏への行為は許されるべきではないと思います。

そんなに悔しいなら、科学的に擁護してあげなさい。

そもそも、ここで許されてる事を、体内さんが許されない!と叫んで、どうなるものでもないでしょう。ヒステリックな人として、周りに相手にされなくなるだけです。

詫摩さんは、決して学とみ子との議論に乗ってこないですよ。削除
2019/5/28(火) 午前 10:40学とみ子
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> 体内時計さん

>ーー方がいるのですから、どうぞ、彼にお尋ねください。

だから、そう意味ではなくて、玉石混交の2ちゃんねるの中から、体内さんは玉を見つけられないでしょう?と、学とみ子は問うてます。

一言居士さんに聞いたら?などと、話を切り替えて、答をごまかすなんて、愚かしくない?

いつでも、体内さんは、ご自身を守る事が最優先です。自論からずれる事を言う相手と議論する時、正論を繰り出して対応せず、徹底的に相手を軽蔑して逃げる手を使います。

体内さんは、正論を多く抱えられるキャパがないのに、背伸びしてます。そして、自らの背伸びにも気付かない!
そうして、自己プライドを保ってます。

(学とみ子を)くずだ!と言えば、(体内さんは)自己擁護、自己弁護できるのでしょう。

詫摩さんミスの理解もできず、ミスの指摘をした人をくず呼ばわりするしか、今の体内さんは手段が無いのです。削除
2019/5/28(火) 午後 0:15学とみ子
返信する

続き
自分自身(体内さん)が情けない!
自分(体内さん)を変えたい!
反論できる自分(体内さん)になるゾ!

と思い直して頑張る事しか、体内さんが、そちらで生き延びる術がありませんよ。削除
2019/5/28(火) 午後 0:16学とみ子
返信する
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plusさんのコメントです。

>文書や発言を平気で改ざんするような人と「科学の議論」をしに来る人はいません。・・・・ 「科学の議論」がしたいなら既存の文書や発言をきちんと扱うことですよ。

plusさんは、学とみ子の言わんとしていることを理解できずに、ねつ造、改ざんというような言葉をすぐ使います。plusさんが細胞関連の「科学の議論」をするには不十分な人であることは、ここでのコメント合戦を見ていれば自明です。
学とみ子を理解できない時には、plusさんは、ねつ造、改ざんと表現することからも、彼の無理解がわかります。

学とみ子はとても変な奴なんだと、周りを説得させようとの言い方をします。マスコミ特有ですね。中身の説明はガタガタです。

恐らく、長いこと、討論相手を論破した形にみせたいとの、マスコミ思考が身についたせいでしょう。知識が無くて議論が追えない人をだますようなやり方だと思います。

正論の中身を説明したりはせず、ねつ造、改ざんなどの攻撃的言葉だけを駆使して、相手を貶めて論破しているようにみせるplus手法がいつもです。削除
2019/5/28(火) 午後 2:58学とみ子
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね1]
>> あのねさん

92-93Pの誤読の件はよろしいですね。小保方さんが知らされていないだけだという確認はされましたね。とてもまきらわしい書き方になってますでしょ。削除
2019/5/28(火) 午後 7:46[ 一言居士 ]返信する
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね2]
私がなぜ若山さんがリクルートのための一時的嘘をついたのだと申し上げているかの理由が確認できますでしょ。できたよと一時的嘘をついて、翌年の人事守秘義務の解ける3月あたりまで小保方さんを引き留めて置きたかったんですよ。ここで彼がやっと山梨大に転勤するから助手でついて来てくれと勧誘できる時期になったんです。ラボメンバーの次の行先があるのでいつまでも黙っていることはできません。ラボの解散の1年前にラボ内に知らせたんです。国立大の人事ですから文科省が手配してますね。他の人の人事もありますから若山さんは1年前からすでに内示されていたが口外できなかったんですね。
その問題と研究所建設の問題が絡んでいるんです。単なる転勤以上に箱物予算が付くと業者がうごめくし、何よりもその箱物には天下りの予定者達がくっついている。他の人の人事にも影響してしまいますから内示事項も絶対に指定された時期が来るまで口外できません。もともと学部そのものが新設なんですよね。若山さんを期待して作られている。削除
2019/5/28(火) 午後 7:46[ 一言居士 ]返信する
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね3]
若山さんの小保方細胞核使用ntES実験の真実は3月頃に助手条件で誘えば二つ返事で来てくれるはずだからその時に正直に伝えればいいと若山さんが思い込んでいたのに、論文が出るまではというヴァカンティの言葉が影響しているんでしょうね、現実には小保方さんは11月にヴァカンティの許に帰るまで若山さんに返事を保留していたんです。
助手で誘った時に二つ返事でなかったことによって若山さんはいわば引き留めるためだったんだよ言うネタ晴らしをする機会を失ってしまったんだと考えているんです。削除
2019/5/28(火) 午後 7:47[ 一言居士 ]返信する
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね4]
ただ、こういう人事の話はメンターである西川さんから竹市所長、野依理事長と執行部、文科省という順番で上がっていきますから、その間に若山さんが西川さんにどんな働きかけをしたかはわかりませんからね。若山さんが研究所所長兼務と内示されたのがいつの時点かはわかりませんが、最初からセットになっていたとしたら、渋谷さんの説のように小保方核使用ntES実験を予算獲得プロジェクトとして考えていたかもしれませんね。それだとヴァカンティとの関係でもっと悪質な事実隠蔽である可能性もありますね。その場合は小保方さんが二つ返事でなかったから真実を言うチャンスを逸したのではなくて、自分の研究成果をもう少し見極めるまではと嘘を引っ張っていた可能性も出て来ます。あのねさん、せっかく戻ってこられたのですから是非そのあたりの解明を期待したいところです。削除
2019/5/28(火) 午後 7:48[ 一言居士 ]返信する
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね5]
西川GDにアドバイスをもらうのは
①純粋な研究の為
②自分たちのやっている研究を上層部に知らしめる前行動の布石
③後にヒトSTAPの研究が上層部に知れ渡る布石
ということ以前に、時系列で考えてください。削除
2019/5/28(火) 午後 7:48[ 一言居士 ]返信する
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[学さん、こっちでやれと言う意味ですね6]
①小保方さんが震災のために一時腰掛けた時の上司許可は西川さんです。理研で一番初めに小保方さんの存在を知った最初の幹部が西川さんです。若山さんが報告したからです。
②何週間か後に若山さんが小保方さんを自分のラボに入れようとして提示した採用条件の内諾許可を出したのも西川さんです。
③ここからキメラができて4月に若山さんの指導の元、小保方さんが論文をネイチャーに発表するんですが、西川さんのTCR再構成を細胞追跡手段として使えというアドヴァイスを与えたのは西川さん本人によれば2012/3/12なんです。でも手記をお読みになれば、小保方さんが若山さんと一緒に西川さんのところに行ったのは4月のネイチャーリジェクト後です。自己点検報告によれば小保方さんをRULの公募に応募するようにヴァカンティとの連絡役にされたのは西川さんで、彼は以前イスラエルに居た時に電話で若山さんから相談を受けてアメリカのヴァカンティに電話をかけた経緯があったから、知人だということで連絡役にさせられたようです。削除
2019/5/28(火) 午後 7:49[ 一言居士 ]返信する
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> 一言居士さん
時系列には弱い学とみ子です。いろいろ詳しい方がいるので、学とみ子は、必要になったら聞くということにしています。

ところで、私がTCRを話題にしていても、STAP派の方からコメントがないのですが、どのように考えますか?

小保方氏も、あの日で、キメラTCRがアップされてしまったことを書いてませんよね。なぜですか?

そこにあるキメラ尻尾のTCRは、なぜ、皆さん騒がないのでしょうか?ES派は、なんらかの秘密を共有していて気づかないふりをしているのではないか?(ホントに知らない可能性もありますが・・・)

詫摩さんは、気づいたと思うのです。彼女はTCRのしくみは知らないと思いますが、尻尾ゲル図のレーンの一部が他の尻尾ゲル図とは違っていることに、詫摩さんは、気づいて学者に質問したと思います。学者の答えが。「だまっていてくれ」だったら、詫摩さんはそれを受けいれたのでしょうか?削除
2019/5/28(火) 午後 8:58学とみ子
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> yap*ari*w*katt*na*さん
これって、前と同じコメントじゃない?

詫摩さんが、TCRの説明で、超初歩的などの言葉を使ってます。超初歩的なんて表現は変ですよね。細胞学の専門家でも、なじみが少ないコンセプトだったみたいね。やっぱりさんもTCR理解に苦労したでしょう?

でも、ここでいろいろと解説が出てからは、あなたの理解も大丈夫でしょう。

やっぱりさんの指摘した図表はSTAP細胞のもので、ここにTCRがあるのは当たり前です。STAP実験の度に、違うTCRになり、二度と同じパターンをとることは無い!のも理解できましたね。

これらを見比べれば、尻尾細胞TCRも一目瞭然じゃない?そちらの皆さんに説明してあげて!削除
2019/5/29(水) 午後 1:00学とみ子
返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん

>例えば GLバンドとは何を意味するのか? とかの考察が必要になるでしょう。

やっぱり氏の理解は、私の理解方法とは違う。TCRを、DNAか?蛋白か?分けて考えないといけないとか、GLが何を意味するか?なんて言い方が素人っぽい。

そんなに事、いちいち区別しなくとも、各レーンの違いを瞬時に見比べてみるのが、普通じゃあないのかな?削除
2019/5/29(水) 午後 2:12学とみ子
返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん

相変わらず、でたらめなのはあなたです。
そうした虚勢はもうお止めなさい。

倍率で見比べて、あそこがおかしい、こちらがおかしいなど、いろいろ、あなた方は議論してたじゃあない!

でも、一目でわかるゲル2所見は指摘されてないのよ。

あなたも、ささっと、一目でわかるTCRの違いをため息氏グループに、説明してあげなさいよ。削除
2019/5/29(水) 午後 2:30学とみ子
返信する

やっぱりさんは、ゲル2の説明ができないようです。

STAP論文のSTAP細胞TCRは出ていて当たり前です。それ以上の説明は必要無いです。

詫摩さんが、「TCR再構成 ~超初心者向け:STAP細胞よもやま話~」で書いたTCRの説明は、超初心者がいくら読んでも理解できません。

超初心者に興味をもってもらうには、詫摩さんご自身が真に理解する事、ごまかさない事です。

詫摩さんが超初心者にTCRを理解させようと本気で考えたら、あのような説明にはなりません。

彼女は、説明したふりをしただけです。だから、実際の問題点となってるゲル図2の解説ができません。やっぱりさんも同じく読めない?削除
2019/5/29(水) 午後 3:13学とみ子
返信する

やっぱりさんのコメントは、いつもと同じ、学とみ子を出鱈目呼ばわりをしてますので、ここでは承認されません。削除
2019/5/29(水) 午後 3:18学とみ子
返信する

ため息氏の新記事見ました。大事なゲル図二本、再掲ありがとうございます。

この図を見比べた不特定多数の中には、学とみ子が説明した通りに、ゲル図の尻尾細胞TCR意味を理解して、その方も説明してくれるででょう。削除
2019/5/29(水) 午後 4:33学とみ子
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ため息さんのところのやり取りを見ると、そろそろSTAPのお話も終わりそうな雰囲気ですね。ゲル2と特許図20について改めてコメントした上で、個人的な総括をしておきます。

ゲル2と特許図20は、いずれも再構成バンドのサイズが不明(ゲル2にはマーカーがありますが、マーカーのサイズが不明)なので、一番小さいバンドが再構成バンドなのかプライマーダイマーなのか分かりません。ゲル2にはGLコントロールもないので、一番大きいバンドがGLかどうかも分かりません。ゲル2のキメラから(と思われる)のサンプルがどのように採取されたかも不明です。特許図20では「2Nキメラ由来SAC」となっているので、キメラから再度STAP細胞塊を作って解析した可能性もあります。サンプル作成及び解析条件の詳細が分からないと、厳密な議論は不可能です。削除
2019/5/30(木) 午前 8:39[ L ]返信する
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これらの状況をふまえた上で、あえてコメントするならば、ゲル2のレーン27・28のバンドパターンは、純化したT細胞由来サンプル(レーン16-19)とは明らかに異なります。 レーン20・21のCD45細胞のサンプルで見られる一番大きなサイズのバンドをGLと仮定(コントロールがないので断定不能ですが)すると、それより少し小さなサイズのバンドが、レーン27・28では最低でも2本見られますが、レーン16-19では見られません。サイズから考えて、これらが再構成バンドとは考えにくく、非特異増幅あるいは再構成とは異なる形での欠失が生じた結果である可能性などがあり、バンドを切り出して配列を読むか、PCR-サザンでTCRb領域由来の増幅産物であるか確認するか、何らかの追加実験が必要だったと思います。削除
2019/5/30(木) 午前 8:40[ L ]返信する
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また、他のレーンで見られる、小さい方から2番目のバンドが、レーン27・28では見られません。結果として、これらのサンプルでは、再構成バンドと思われるバンドは4本まで絞られる可能性があり、オリゴクローナルなT細胞(2ないし3クローン)の寄与で説明できるかもしれません。レーン27・28で見られる各バンドの配列を読めば、決定的なデータが得られたかもしれません。

特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「2Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来2Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。

なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。削除
2019/5/30(木) 午前 8:41[ L ]返信する
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plus99%さんの最近のコメントを見ると、概念的には私の考えとあまり変わらない気もします(一緒にされるとplusさんは不愉快かもしれませんが)。不正は不正ですが、公正な裁きが行われたのか疑問です。一部の人(たち)に責任が集中しているのはアンフェアではないか? これだけ騒いだ結果として、何がどのように改善されたのか、総括されているのか? 喉元過ぎれば忘れ去り、何も改善していないのではないか?

あまり後味の良いものではありません。

サラリーマン生活さんの疑問についての 私見としては、研究者全体のシステム的な問題と、小保方さん一個人の問題とは、分けて考える必要があると思っています。一個人の問題に関しては、あくまで「小保方さんご自身の問題」であり、ご本人が動かない状況で他人が何を言っても仕方ないですよね。木星さんのところなどは、ご本人が見ていた可能性が高かったわけで、あの時点でどのようなメッセージを出せば本人が動けたのか、という事でしょう。もう何も起きないと思う一方で、もし何か将来起きるならば、それはVacantiが特許を完全に諦めた時ではないかと思っています。削除
2019/5/30(木) 午前 8:42[ L ]返信する
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Lさん

特許図の左から1~5レーン、どこかで見たことはありませんか?

これ、例のNature論文で不正とされた Fig.1i ですよ。

何のサンプルを流したのか、どんな実験の画像を切り貼りして並べたのか、何にも信頼性のないゲル図で議論する意味はあるのでしょうか?削除
2019/5/30(木) 午後 2:16[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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やっぱりさん、もちろん分かってますよ。図20のリンパ球レーンは、ゲル2の#16の切り貼りで、純化したT細胞サンプルですよね。これはTCR再構成のPCRがワークしている事を示すためのポジコンですから、科学的な意味でのインパクトはないです(不正であることは間違いないですから、誤解ないようお願いします)。図20を見たとき、#1レーンも切り貼りではと疑い、ため息さんやoTakeさんに伺いましたが、この図の解像度でははっきりしないとのお答えだったように記憶してます。#1レーンの科学的な意味合いは非常に大きいですが、2Nキメラではありえないレベルの再構成なので、何らかの問題があると思います。この図を作った人(小保方氏?)だけでなく 、この特許に関わったシニアの誰一人としてこの図を問題視しなかった事は、STAP騒動の特徴をよく表してますよね。真摯にデータと向き合った笹井先生は、この問題に気づいて論文から外したのではと思いますが、そんな笹井先生が小保方氏と責任を一手に背負う事になってしまった事に、今でも理不尽を感じますよ。削除
2019/6/2(日) 午前 6:26[ L ]返信する
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[質問1]
>> Lさん
学さんから頂いた情報で、吉村さんのコメントは以下でしたが、"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのか。90%は何であるかについてご教授願えませんか。
>>
*ttps://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし1個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの1本のみ、GLと組み換えの2本、組み換えの2本、あるいは全く検出できない、となります。削除
2019/6/2(日) 午前 7:38[ 一言居士 ]返信する
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[質問2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述しています。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めませんので困っています。ご教授いただけませんか。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。削除
2019/6/2(日) 午前 7:38[ 一言居士 ]返信する
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ため息さんのところに、やっぱりさんからの質問があったので、お答えしておきます(もうそろそろ終わりにしたい気もしますが)。

Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル2の#16ですから、CD3で純化したT細胞(リンパ球とラベルするのは不適切)サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで6本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞(B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている)の所見として矛盾しないと思います。削除
2019/6/2(日) 午前 9:57[ L ]返信する
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Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない(TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている)と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。

ため息さんのところでplus99%さんからも私宛のコメントを頂いております(5月31日 11:48 AM)が、「結論ありき」の「雑談コーナー」に私見をコメントする事にしました。お手数ですが宜しくお願いします。削除
2019/6/2(日) 午前 10:02[ L ]返信する
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> 一言居士さん

D1J2で再構成すると、D2上流のプライマー結合配列が切り取られ、D2J2プライマーペアでは検出不能。よって両アレルでD1J2再構成だと0本。

学さんのallelic exclusionの説明を理解する事が先決。再構成は両方のアレルで同時進行し、機能性(インフレーム)のVDJ再構成が一方で完了したところで、もう一方の再構成が止まる。その後、胸腺から末梢(脾臓など)へ出る。この時点でDJ再構成までは両アレルで終了しており、DJ全体がGLであるT細胞は脾臓にはほとんど無い。ただし、D1J1で再構成した場合は、D2J2はGLで残る可能性があり、これが実験的に10%の末梢T細胞で見られるという事。

あなたにお答えするのは今回限り。過去のご自身の発言を振り返られた方が良い。物を聞く時のみ態度を変えるのはダメ。以前、一研究者ブログで感想さんが忠告されていた事を覚えてますから。以上。削除
2019/6/2(日) 午前 10:54[ L ]返信する






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コメント

No title

L
> 一言居士さん

D1J2で再構成すると、D2上流のプライマー結合配列が切り取られ、D2J2プライマーペアでは検出不能。よって両アレルでD1J2再構成だと0本。

学さんのallelic exclusionの説明を理解する事が先決。再構成は両方のアレルで同時進行し、機能性(インフレーム)のVDJ再構成が一方で完了したところで、もう一方の再構成が止まる。その後、胸腺から末梢(脾臓など)へ出る。この時点でDJ再構成までは両アレルで終了しており、DJ全体がGLであるT細胞は脾臓にはほとんど無い。ただし、D1J1で再構成した場合は、D2J2はGLで残る可能性があり、これが実験的に10%の末梢T細胞で見られるという事。

あなたにお答えするのは今回限り。過去のご自身の発言を振り返られた方が良い。物を聞く時のみ態度を変えるのはダメ。以前、一研究者ブログで感想さんが忠告されていた事を覚えてますから。以上。

No title

L
Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない(TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている)と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。

ため息さんのところでplus99%さんからも私宛のコメントを頂いております(5月31日 11:48 AM)が、「結論ありき」の「雑談コーナー」に私見をコメントする事にしました。お手数ですが宜しくお願いします。

No title

L
ため息さんのところに、やっぱりさんからの質問があったので、お答えしておきます(もうそろそろ終わりにしたい気もしますが)。

Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル2の#16ですから、CD3で純化したT細胞(リンパ球とラベルするのは不適切)サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで6本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞(B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている)の所見として矛盾しないと思います。

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一言居士
[質問2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述しています。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めませんので困っています。ご教授いただけませんか。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。

No title

一言居士
[質問1]
>>Lさん
学さんから頂いた情報で、吉村さんのコメントは以下でしたが、"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのか。90%は何であるかについてご教授願えませんか。
>>
*ttps://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし1個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの1本のみ、GLと組み換えの2本、組み換えの2本、あるいは全く検出できない、となります。

No title

L
やっぱりさん、もちろん分かってますよ。図20のリンパ球レーンは、ゲル2の#16の切り貼りで、純化したT細胞サンプルですよね。これはTCR再構成のPCRがワークしている事を示すためのポジコンですから、科学的な意味でのインパクトはないです(不正であることは間違いないですから、誤解ないようお願いします)。図20を見たとき、#1レーンも切り貼りではと疑い、ため息さんやoTakeさんに伺いましたが、この図の解像度でははっきりしないとのお答えだったように記憶してます。#1レーンの科学的な意味合いは非常に大きいですが、2Nキメラではありえないレベルの再構成なので、何らかの問題があると思います。この図を作った人(小保方氏?)だけでなく 、この特許に関わったシニアの誰一人としてこの図を問題視しなかった事は、STAP騒動の特徴をよく表してますよね。真摯にデータと向き合った笹井先生は、この問題に気づいて論文から外したのではと思いますが、そんな笹井先生が小保方氏と責任を一手に背負う事になってしまった事に、今でも理不尽を感じますよ。

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yap*ari*w*katt*na*
Lさん

特許図の左から1~5レーン、どこかで見たことはありませんか?

これ、例のNature論文で不正とされた Fig.1i ですよ。

何のサンプルを流したのか、どんな実験の画像を切り貼りして並べたのか、何にも信頼性のないゲル図で議論する意味はあるのでしょうか?

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L
plus99%さんの最近のコメントを見ると、概念的には私の考えとあまり変わらない気もします(一緒にされるとplusさんは不愉快かもしれませんが)。不正は不正ですが、公正な裁きが行われたのか疑問です。一部の人(たち)に責任が集中しているのはアンフェアではないか? これだけ騒いだ結果として、何がどのように改善されたのか、総括されているのか? 喉元過ぎれば忘れ去り、何も改善していないのではないか?

あまり後味の良いものではありません。

サラリーマン生活さんの疑問についての 私見としては、研究者全体のシステム的な問題と、小保方さん一個人の問題とは、分けて考える必要があると思っています。一個人の問題に関しては、あくまで「小保方さんご自身の問題」であり、ご本人が動かない状況で他人が何を言っても仕方ないですよね。木星さんのところなどは、ご本人が見ていた可能性が高かったわけで、あの時点でどのようなメッセージを出せば本人が動けたのか、という事でしょう。もう何も起きないと思う一方で、もし何か将来起きるならば、それはVacantiが特許を完全に諦めた時ではないかと思っています。

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L
また、他のレーンで見られる、小さい方から2番目のバンドが、レーン27・28では見られません。結果として、これらのサンプルでは、再構成バンドと思われるバンドは4本まで絞られる可能性があり、オリゴクローナルなT細胞(2ないし3クローン)の寄与で説明できるかもしれません。レーン27・28で見られる各バンドの配列を読めば、決定的なデータが得られたかもしれません。

特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「2Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来2Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。

なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。

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L
これらの状況をふまえた上で、あえてコメントするならば、ゲル2のレーン27・28のバンドパターンは、純化したT細胞由来サンプル(レーン16-19)とは明らかに異なります。 レーン20・21のCD45細胞のサンプルで見られる一番大きなサイズのバンドをGLと仮定(コントロールがないので断定不能ですが)すると、それより少し小さなサイズのバンドが、レーン27・28では最低でも2本見られますが、レーン16-19では見られません。サイズから考えて、これらが再構成バンドとは考えにくく、非特異増幅あるいは再構成とは異なる形での欠失が生じた結果である可能性などがあり、バンドを切り出して配列を読むか、PCR-サザンでTCRb領域由来の増幅産物であるか確認するか、何らかの追加実験が必要だったと思います。

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L
ため息さんのところのやり取りを見ると、そろそろSTAPのお話も終わりそうな雰囲気ですね。ゲル2と特許図20について改めてコメントした上で、個人的な総括をしておきます。

ゲル2と特許図20は、いずれも再構成バンドのサイズが不明(ゲル2にはマーカーがありますが、マーカーのサイズが不明)なので、一番小さいバンドが再構成バンドなのかプライマーダイマーなのか分かりません。ゲル2にはGLコントロールもないので、一番大きいバンドがGLかどうかも分かりません。ゲル2のキメラから(と思われる)のサンプルがどのように採取されたかも不明です。特許図20では「2Nキメラ由来SAC」となっているので、キメラから再度STAP細胞塊を作って解析した可能性もあります。サンプル作成及び解析条件の詳細が分からないと、厳密な議論は不可能です。

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学とみ子
ため息氏の新記事見ました。大事なゲル図二本、再掲ありがとうございます。

この図を見比べた不特定多数の中には、学とみ子が説明した通りに、ゲル図の尻尾細胞TCR意味を理解して、その方も説明してくれるででょう。

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学とみ子
やっぱりさんのコメントは、いつもと同じ、学とみ子を出鱈目呼ばわりをしてますので、ここでは承認されません。

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学とみ子
やっぱりさんは、ゲル2の説明ができないようです。

STAP論文のSTAP細胞TCRは出ていて当たり前です。それ以上の説明は必要無いです。

詫摩さんが、「TCR再構成 ~超初心者向け:STAP細胞よもやま話~」で書いたTCRの説明は、超初心者がいくら読んでも理解できません。

超初心者に興味をもってもらうには、詫摩さんご自身が真に理解する事、ごまかさない事です。

詫摩さんが超初心者にTCRを理解させようと本気で考えたら、あのような説明にはなりません。

彼女は、説明したふりをしただけです。だから、実際の問題点となってるゲル図2の解説ができません。やっぱりさんも同じく読めない?

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学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

相変わらず、でたらめなのはあなたです。
そうした虚勢はもうお止めなさい。

倍率で見比べて、あそこがおかしい、こちらがおかしいなど、いろいろ、あなた方は議論してたじゃあない!

でも、一目でわかるゲル2所見は指摘されてないのよ。

あなたも、ささっと、一目でわかるTCRの違いをため息氏グループに、説明してあげなさいよ。

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学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>例えば GLバンドとは何を意味するのか? とかの考察が必要になるでしょう。

やっぱり氏の理解は、私の理解方法とは違う。TCRを、DNAか?蛋白か?分けて考えないといけないとか、GLが何を意味するか?なんて言い方が素人っぽい。

そんなに事、いちいち区別しなくとも、各レーンの違いを瞬時に見比べてみるのが、普通じゃあないのかな?

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学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん
これって、前と同じコメントじゃない?

詫摩さんが、TCRの説明で、超初歩的などの言葉を使ってます。超初歩的なんて表現は変ですよね。細胞学の専門家でも、なじみが少ないコンセプトだったみたいね。やっぱりさんもTCR理解に苦労したでしょう?

でも、ここでいろいろと解説が出てからは、あなたの理解も大丈夫でしょう。

やっぱりさんの指摘した図表はSTAP細胞のもので、ここにTCRがあるのは当たり前です。STAP実験の度に、違うTCRになり、二度と同じパターンをとることは無い!のも理解できましたね。

これらを見比べれば、尻尾細胞TCRも一目瞭然じゃない?そちらの皆さんに説明してあげて!

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学とみ子
> 一言居士さん
時系列には弱い学とみ子です。いろいろ詳しい方がいるので、学とみ子は、必要になったら聞くということにしています。

ところで、私がTCRを話題にしていても、STAP派の方からコメントがないのですが、どのように考えますか?

小保方氏も、あの日で、キメラTCRがアップされてしまったことを書いてませんよね。なぜですか?

そこにあるキメラ尻尾のTCRは、なぜ、皆さん騒がないのでしょうか?ES派は、なんらかの秘密を共有していて気づかないふりをしているのではないか?(ホントに知らない可能性もありますが・・・)

詫摩さんは、気づいたと思うのです。彼女はTCRのしくみは知らないと思いますが、尻尾ゲル図のレーンの一部が他の尻尾ゲル図とは違っていることに、詫摩さんは、気づいて学者に質問したと思います。学者の答えが。「だまっていてくれ」だったら、詫摩さんはそれを受けいれたのでしょうか?

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一言居士
[学さん、こっちでやれと言う意味ですね6]
①小保方さんが震災のために一時腰掛けた時の上司許可は西川さんです。理研で一番初めに小保方さんの存在を知った最初の幹部が西川さんです。若山さんが報告したからです。
②何週間か後に若山さんが小保方さんを自分のラボに入れようとして提示した採用条件の内諾許可を出したのも西川さんです。
③ここからキメラができて4月に若山さんの指導の元、小保方さんが論文をネイチャーに発表するんですが、西川さんのTCR再構成を細胞追跡手段として使えというアドヴァイスを与えたのは西川さん本人によれば2012/3/12なんです。でも手記をお読みになれば、小保方さんが若山さんと一緒に西川さんのところに行ったのは4月のネイチャーリジェクト後です。自己点検報告によれば小保方さんをRULの公募に応募するようにヴァカンティとの連絡役にされたのは西川さんで、彼は以前イスラエルに居た時に電話で若山さんから相談を受けてアメリカのヴァカンティに電話をかけた経緯があったから、知人だということで連絡役にさせられたようです。

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一言居士
[学さん、こっちでやれと言う意味ですね5]
西川GDにアドバイスをもらうのは
①純粋な研究の為
②自分たちのやっている研究を上層部に知らしめる前行動の布石
③後にヒトSTAPの研究が上層部に知れ渡る布石
ということ以前に、時系列で考えてください。
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