今回の件でわかるように、バンドの型の問題で、重要な所見が見逃され、どうでもいいことが騒がれたと思うんです。

結論ありきブログで、ヤッパリさんはLさんに質問をしています。 http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/7445342.html#comments
 この質問は次に続くLさんの答え5260で、やっぱりさんは納得して終わってしまいます。
ヤッパリ氏は以前にも質問したかも?と言っています。
彼の仲間内では、長いこと、小保方捏造の証拠としてファイルしてきたゲル図だったのでしょう。

STAP騒動が起きた時、STAP論文の図表の問題点につき、科学者層からさまざまな疑問がだされていましたね。 ほとんど、すべての図表に問題があるとされ、図表の多くは若山研究室総出で仕上げられたものでありながら、実験責任が明らかにされぬまま、図表の疑義はすべて小保方氏の未熟と不正に帰せられました。

当初の状況は、学とみ子は詳しくないのですが、その時から、ゲル図のバンドの形がおかしいとかは世間で騒がれていました。やれ、バンドが上向きだとか、下向きだとかも言われていたと思います。

ヤッパリさんたちは、仲間内で何人も集まり、図表を拡大して、しみじみとバンドを見て、ここもおかしい、あそこもおかしいと騒ぎまくったのでしょうね。 それらはマスコミにも公開され、すべて、小保方氏に不利に働きました。


今回、当ブログで問題になったことで重要なことは、当時騒がれたバンドの型の問題より、それ以外の部位に問題があったことです。
 当初は、特許図20は出回っていませんが、石井氏が出したゲル2問題はすでにあったはずです。 しかし、そこを問題視した人は少なかったのです。 そこに大変なねつ造の証拠があったのに、その事実は隠されてしまいました。

ゲル2図は、小保方氏の要望で公開中止となったとアナウンスされたようです。
その要請に応じて、ゲル2は簡単に引っ込められてしまったのです。

多くの人が小保方捏造を騒いていて、それを直接的に示すことのできるゲル2図が公開されたのですから、世間は騒ぐはずです。 しかし、この重要問題は見逃されたのです。

 その後も、この問題が熱くマスコミを含め、議論された様子はありません。 詫摩氏は、ゲル図の読み方はわからないと言いました。
陰性コントロールが無いから評価できないという理由も出ました。

少なくとも、石井調査委員会は、ゲル1とゲル2は同時にされた実験である立場で、話をしていたと思います。
ゲル1とゲル2は、石井氏が同じ条件で行ったものとして扱っている事から、GLの位置は同一と思われます。コントロールレーンも存在します。

しかし、小保方氏が公開中止要請をしようが、すでに公開されてしまったデータについて、一般人から熱い議論が起きるのは自由です。
 それこそ、いろいろな立場の人たちの自由議論です。
 調査委員会は、論文以外は調べないというのは、とってつけた言い訳に聞こえます。

この重要な所見が見逃され、どうでもいいことが騒がれたと思うんです。
 当時、STAPの新規性が分からない人たち、TCRとは何かということがわからない人たちが、見当はずれに小保方捏造を騒ぎ、この重要点が見逃されたと考えます。

ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
  これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
 そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。

酸浴したリンパ球のTCRがどのような影響を受けるのかは、世界で誰も知りません。 ですから、実験をやった人のみ知ることができます。
やっぱりさんのような部外者が、あれこれ言えることではありませんし、ご自身の検討はずれを今は、反省されているのでしょうか?

前書きはこの位にして、5257. yap*ari*w*katt*na*  の質問を抜粋してみましょう。     茶字                     
2019年06月03日 17:39
・・・・・
そして、Ext Fig 2gですが、、
(これは以前にもLさんにお聞きしたかもしれませんが、回答いただいたかどうかも記憶にないので、すみません。)
400%くらいに拡大して、レーン2とレーン3を見比べていただきたいのですが、、  あまりにも、TCR再構成を示す部分のバンドが酷似していると思われませんか?  相対位置も相対濃度も、ほぼ完全に一致するレベルです。
仮にレーン2のリンパ球そのものを材料にしてレーン3のSTAP細胞を作成したのだとしても、複数のTCR再構成を有するT細胞を酸性処理して、生き残った20-30%の細胞塊から分離してきたSTAP細胞において、その複数のTCR再構成の比率が完璧に一致するとは考え難いと思います。
要するに、レーン2とレーン3、少なくともラベルとサンプルは一致しないし、もしかすると同じサンプルを流して画像修正を行った捏造画像ではないかと思うのですが、、
いかがでしょうか?

イメージ 1





下図は参考までに、ネーチャーアーテイクル論文のFig1iです。

イメージ 2

5260. L 2019年06月04日 10:39 やっぱりさん、STAP論文で、ピュアな「リンパ球」をサンプルとする実験は一つもありません。筆頭著者がリンパ球と思っていたのは、脾臓のCD45陽性細胞で、非リンパ球を含んでいます。造血系の専門家が、著者に一人もいなかったのが致命的ですが、西川先生にちょっと見てもらえば、こんな基本的なミスは防げたと思いますよ。

筆頭著者にとっての「リンパ球」の定義は一貫している(リンパ球=脾臓のCD45陽性細胞)ので、ラベリングの問題でデータの信頼性が損なわれるとは、私は考えません。バンドのパターンが異なる理由は不明ですが、Fig 1iのバンドの方が、TCR再構成バンドとしては典型的と思います。Ext Fig 2gの方が非典型的ですが、ここで効いてくるのが、レジェンドの "confirmed by sequencing" になります。「非典型的だけどシーケンスを読んであるなら良いですよ」となるわけです。私がレビュアーだったらシーケンスの結果を図に含めるよう要求したかもしれませんし、サザンをやれと要求した査読者も実際いましたね。

レーン2とレーン3の類似については、同じサンプルを流したのであれば、一番上のバンドを切り取った痕跡がレーン3で見られるはずですが、そのような指摘がこれまでにありますか? なければ、同じサンプルという立場には立てません。



このヤッパリコメントに、(私から言わせれば)おもしろいコメントが続きました。
 Wilsonさん、あなたは何者?
全く、科学の部外者か?それとも、印象操作に必死のES派の科学者?
いや!(やっぱり氏ではないが)やっぱり、学者層の関係者だな?
科学の部外者だったら、学とみ子ブログに意味があるのか?ないのか?も全くわからないだろうし、そもそも、こんな奥まで出没しないだろうし!

表面的には、ため息ブログ批判を装い、本心は学とみ子ブログを根幹から否定する事を目指す。意地悪ES派研究層の攻め方なんだろな。
                            
5258. Wilson 2019年06月03日 20:35 ため息ブログの面々、余程STAP議論が終わってしまうのが嫌なんだな。

学とみ子ブログなんてなんの影響力も信用性もなく、放っておけば他の擁護ブログと同じように沈殿するしかない、って分かってるくせに、一々細かいことにいちゃもんつけて、議論を終わらせないようにしてる。しかも、著者らから新たな情報発信はないから、過去に議論された内容の繰り返し。

自分の染み付いた日課を終わらせるのが怖いだけなのに、擁護が暴走しないように、とか、社会が問題提起することに意味がある、とか、大仰な大義名分を拵えて自分に言い聞かせてるんだろうな。

どう考えても、学とみ子ブログなんて、放っておけばそのうちネタ切れするし、万が一にも社会的に影響を及ぼすことなんてないって。



a
コメント(37)
顔アイコン
ため息氏がコメントしてますね。

>yap*ari*w*katt*na*さんの指摘コメントに対しては、怒り狂った学とみ子のコメントがいくつか続いています。否定できない事が図星だと怒り狂う学とみ子がよく現れた事件でした。


体内時計さんとか、ヤッパリさんとか、ため息氏も同様ですが、学とみ子の言っている事が理解できずに、「答えていない!」「でたらめ言ってる!」と連呼してます。

体内さんは、学とみ子に「自信があるなら答えよ!」とすごみました。

学とみ子が、ここまで答えたのだから、今度は相手も理解するだろうと思っていても、相手から「答えがない。答えがないのは理解してないからだ」
と返されると、ええっとなりますね・

学とみ子側は、相手も理解してほしいとの気持ちがあるためか?どうやったらわかってもらえるかを言い方を考えてしまいます。
相手から返り血をあび無いよう、学とみ子が傷つかないように、作戦を考えます。

でも、返り血を浴びないためのアイデアが浮かばないと、いいや!ほっとけ!となります。(相手は)わからなきゃ、わからないままでいろ!と。削除
2019/6/4(火) 午後 7:30学とみ子
返信する
顔アイコン
「理由はこうなのです」と、学とみ子が答えると、
「そんなことは聞いてない。そんなことは最初からわかっている。」
「学とみ子はでたらめ言っている。」「本当を指摘されて怒り狂っている」と返ってきます。
学とみ子が正論を言っても、
「それは正しくないね」「何にも知らないね」と返してきます。
どうにもならない人たちです。

ヤッパリさんは言いました。
「学とみ子は、Lさんコメントをわざと止めて、その内容をぱくった!」と。
このやっぱりコメントは、ホントにみっともない言い方だと思いますよ。

かなりの人は、やっぱりさんの見当違いのコメントが分かっていると思います、この分野に興味を持つ人たちはレベルが高いから。

再度、言いますが、やっぱりさん及びそのお仲間の人たちは、意味のないゲルの型にこだわっても、TCRゲル図のどこに問題が起きているのかわからなかったのです。意味の無いゲルの型にこだわって、あなたご自身の価値を低めてしまっています。削除
2019/6/4(火) 午後 7:33学とみ子
返信する
顔アイコン
体内さん、
西川先生の記事読みました。
あまり、具体的な議論はないと感じました。

研究者たちは、初期化すら大変なことなのに、酸浴位で細胞が変化し、なぜ、幹細胞化やキメラ化まで至るのか?が謎でしたね。
普通は、研究者はそうだと思うでしょうね。特に、幹細胞化とキメラ形成は、本当なのか?というところでしょう。

西川先生は、T細胞キメラはできるだろうとのニュアンスのようですが、どの細胞から実際のキメラが出来たか?はわからないとの発言でした。

科学者の立場では、酸浴で初期化遺伝子が動くとの事実は受け入れても、幹細胞化やキメラ形成は無理だろう・・が一般的だったと思います。

nishikawa より:
2014年2月22日 7:27 AM
>現象と説明は別です。ほとんどの現象について合理的な説明はまだありません。

西川先生のこの言葉が印象的でした。削除
2019/6/4(火) 午後 8:05学とみ子
返信する
顔アイコン
西川先生から離れます。

ため息ブログの方は、学とみ子が、T細胞からキメラはできないと過去に言ったことをしきりと持ち出して、学とみ子を嘘つき呼ばわりしたいようですが、キメラ尻尾細胞にTCRと思われるバンドは出ていそう(コンタミとは明らかに違う)だの話です。

TCRバンドが4本より多様なので、キメラに入ったT細胞は2-3個か?(オリゴクローナル)とも、Lさんは予想しています。

ゲル2の27-28にはTCR(と思われる)バンドがでてますが、LさんはGL近くのシャープなバンドがおかしいと言っていて、基本のGLの型が変化していないかを、TCR遺伝子配列を読んで確かめるべきと言っています。

図20では、レーンは#1で、明らかなTCRバンドは出ているということです。削除
2019/6/4(火) 午後 9:35学とみ子
返信する

体内時計さん、TCRの理解ができなければ、STAPは語れません。

ため息さん、詫摩さん、やっぱりさんの理解は不十分なのがわかりますか?知ったかぶりで皆、突っ張ってますよ。細胞学者も知らないようです。

TCR多様パターンからの読める細胞背景、GLの予想位置、コンタミとの区別、TCRの場所すらわからずに、わかったふりの以下のため息コメントを味わってください。

>詫摩雅子氏が2014年3月20日 18:04に「ただ、実験条件が書かれていないので(また、私には電気泳動図を解読できるだけの知識が不十分なので)、これがTCR再構成のデータとなっているのかどうかがわかりません。」削除
2019/6/5(水) 午前 6:30学とみ子
返信する
顔アイコン
学さん

>当初の状況は、学とみ子は詳しくないのですが、その時から、ゲル図のバンドの形がおかしいとかは世間で騒がれていました。やれ、バンドが上向きだとか、下向きだとかも言われていたと思います。

>ヤッパリさんたちは、仲間内で何人も集まり、図表を拡大して、しみじみとバンドを見て、ここもおかしい、あそこもおかしいと騒ぎまくったのでしょうね。 それらはマスコミにも公開され、すべて、小保方氏に不利に働きました。 不正


学さんは詳しくないどころか、完全に間違っていますね。
ゲル図のバンドの形での疑義は、STAP論文ではなく、それ以前に出されていた小保方氏のTissue誌の論文ですね。バカンティがかかわる雑誌であったため、論文取り下げではなく修正で対応していたようですが。

私が違和感を感じているNature誌Article論文のExt Fig 2gのゲル図については、私の知る限り、マスコミどころか、個人ブログの類でも疑問視した動きはなかったと思いますよ。削除
2019/6/5(水) 午前 8:03[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学さん

>ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
> これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
> そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。


学さんは、私の疑問点をまるで理解できていないようですね。
私がExtFig2gで問題視しているのは、GLバンドの違いではなく、TCR再構成のバンドがあまりにも酷似していることなんですよ。

すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。
従って、ラダー状と称される複数のバンドは、異なるTCR再構成を有するT細胞が複数あることを示しているわけです。

すなわちレーン2と3では、異なるTCR再構成を有する細胞の比率がほぼ完全に一致しているということになります。

酸浴によって生き残る細胞は2-3割程度とされたはずですが、、
こんなことがあり得るのでしょうか? と削除
2019/6/5(水) 午前 8:08[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
(末尾が切れたので続けます)

酸浴によって生き残る細胞は2-3割程度とされたはずですが、、
過半数の細胞が死滅する状況において、異なるTCR再構成を有するT細胞がその比率を全く変えることなくSTAP細胞になるなんて、、そんなことがあり得るのでしょうか? という疑問案ですよ。

(それから、もう一つ、ExtFig2gでラダーバンドがほぼ完全一致していることが不自然な着眼点があるのですが、
まあ、これは実際に実験している人にしか分からないことでしょうから、触れないでおきましょう。)削除
2019/6/5(水) 午前 8:10[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

やっぱりさん、以下の問題あるコメント、引っ込めたいでしょうか?
この見当違いが、まさに、優先順位がわからない人と言われる所以です。実験の細かい手技的問題と、論文理解は別物です。もちろん、両方に詳しくあることが論文著者に求められます。
one of themの図表に、優先順位がつけられない事が、論文理解が不十分な状態である事がバレます。やっぱりね!

>学さんが必死に叫んでいるゲル2や特許図の#1なんてのは、その中の one of them に過ぎないんですけどね。

私が別の疑問に上げた、 Ext Fig 2g も、one of them であり、PCRの原理や電気泳動の原理を理解して画像生データを読める人ならば、一目で捏造が疑われる画像だということです。削除
2019/6/5(水) 午前 8:15学とみ子
返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたの投稿に気づかず上記コメントしました。

読みにくくなってしまってすみません。

この数年、やっぱりさんとTCRを議論しあってきました。そして、初めて、あなたの本気を見ました。D2J2で増幅できるTCRのDNA配列の話に、今までのやっぱりさん入ってきませんでした。

しかし、今度は言及してきました。やっと、土俵に乗ってくれましたね。疑問の解答は、あなた自身で解決できます。削除
2019/6/5(水) 午前 8:28学とみ子
返信する

やっぱりさんコメントです。

>ゲル図のバンドの形での疑義は、STAP論文ではなく、それ以前に出されていた小保方氏のTissue誌の論文ですね。

そうなのですね。すみません。学とみ子はTissue誌読んでいなくてすみません。

以前から、やっぱりさんたちは、TCRバンドの理解を間違えています。でもあなたはそこの議論を避けてきましたね。自信が無いから?

Lさん、吉村さんがD2J2プライマーで増幅できるパターンの可能性を解説してます。もう一度読んでください。

STAP論文の図表は一流学者が出したのです。おかしなところなどありません。本物を偽物が潰したのがSTAP事件です。削除
2019/6/5(水) 午前 8:48学とみ子
返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたのコメント
>すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。

上記コメントは、学とみ子は一度も言った事ないです。私が言ったのは、以下です。

1つのT細胞のTCR再構成のバンドパターンは1種類です。

こうした重要な間違えをするから、本物じゃ無い!と言われちゃうんですよ。削除
2019/6/5(水) 午前 8:54学とみ子
返信する

やっぱりさん、以下の文章はどっから来ている?

>ExtFig2gでは、レーン2と3で、GLバンドのすぐ下に変なバンドがある(非典型的?)
→ (混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGL関連? サイズ的にプライマーダイマーではないよね)

これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー削除
2019/6/5(水) 午後 1:09学とみ子
返信する
顔アイコン
学さん

何が問題なのか、意味不明ですね。


>今回のTCR議論は、STAPが元の脾臓細胞(リンパ球)由来のTCR再編成能を維持したままSTAP細胞となったかが議論の的。
学とみ子 2015/2/22(日) 午後 7:48


こうした重要な間違えをするから、出鱈目妄想婆さん!と言われちゃうんですよ。 (笑)削除
2019/6/5(水) 午後 1:17[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学さん

>これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー

一応、ExtFig2gの話ですよ。

プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。削除
2019/6/5(水) 午後 1:21[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん
再度、Lさんコメント貼ります。

>(2)Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、

T細胞以外のGLバンドが出た可能性が指摘されてますね。あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。

ラダーバンドは一致しても良いと思います。同じサンプルの酸浴前、酸浴後で説明可能です。T細胞は生き残り凝集する場合、かたや、酸浴後はT細胞はいなくなっちゃう事もあるのかとーー。削除
2019/6/5(水) 午後 3:35学とみ子
返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん
8:08のコメントです。

>ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
> これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
> そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。

以上の学とみ子コメントに対し、やっぱりさんの返答です。

>学さんは、私の疑問点をまるで理解できていないようですね。
私がExtFig2gで問題視しているのは、GLバンドの違いではなく、TCR再構成のバンドがあまりにも酷似していることなんですよ。

学とみ子の返事です。
TCR再構成のバンドがあまりにも酷似している理由を、学とみ子は説明してるんですけどね。何で行き違えるのですかね?削除
2019/6/5(水) 午後 4:05学とみ子
返信する

学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

あれ???削除
2019/6/5(水) 午後 4:08[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

> yap*ari*w*katt*na*さん

>プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。

ここもおかしいです。

やっぱりさんご自身が書いた事が間違いと指摘されても、やっぱりさんはそれを認めず、私の方がでたらめであるとパフォーマンスしてます。
あなたの手法は、これからも変わらないでしょう。削除
2019/6/5(水) 午後 5:49学とみ子
返信する

学さん

> ここもおかしいです。

どこがどうおかしいのか、具体的に通じる日本語でお願いしますね。削除
2019/6/5(水) 午後 6:42[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する

軒下管理人さんが、ため息ブログに、2019年6月5日 8:11 PMにコメントあります。

同じサンプルを、酸浴前後で流すと、この結果で良いと思いませんか?GLを持つ細胞がより多く死んで、再構成済みのT細胞は、どのTCRバンドパターン細胞もそのまま平均的に残った可能性です。

当時、そうした意見がでて、議論が終息したのでしょうか?それとも、そのように理解した人はいなかったということですか?

yap*ari*w*katt*na*さんは、もう諦めました。どうぞ、あちらで専門家として頑張ってください。最強の生き残りテクニックです。削除
2019/6/5(水) 午後 9:18学とみ子
返信する
顔アイコン
[何でございましょうか2]
今の私の理解はD2を跨ぐ切り取りがあり得るのかということと、やっと相同染色体の両方で別々のDJリコンビネーションが起きるのかなと気づいたところで、その確認までは行ってませんが、吉村氏の説明と自分の理解が一応一致したばかりです。以下ですね。
>>
①GLの1バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)削除
2019/6/6(木) 午前 8:50[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[何でございましょうか3]
私にとってはntES仮説の否定に結末するかもしれない大事なところなのでゆっくに確認しています。今問題になっている2-gの2レーンのLimphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似はあなたと同様の解釈をしていましたが、そもそもGLラインとリアレンジメント領域が近くてゲル1,2とは違う実験ですね。ただし、マテメソに(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだとあるのでプライマーは同じだと思っています。特許図はいよいよ別の実験でプライマーも同じかどうかわかりませんね。
今、Limphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似は一つの試料を3等分して一つはPCR、二つは酸浴させて、#1と#2になったと考えるのはおかしいと気付いているところです。削除
2019/6/6(木) 午前 8:51[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[何でございましょうか4]
先に#2ですが、これは酸浴させて後に①②③④⑤のどれもOct4-GFPを発現しなかったということですね。ここには丹羽さんのGFPの漏れ出し現象や、GFP蛋白のみの残存(マクロファージの体内)もしくは最悪だと目視で蛍光している細胞だけ選択すると自家蛍光も混在し得ると思いますが、基本FACS( fluorescence-activated cell sorting=flow cytometers)選別ですから自家蛍光は無いと思いますね。あのねさんがGFP選別だとおっしゃってるが、私はそれだけでなく分子レヴェルでも光学選別できると聞きかじっているので、蛋白質の選別もできると思ってましたけどね。CD45+で選別するのはそれですよね。だからあるとしたら前者二つですね。
#1の場合は、GLに並んでいた細胞がOct4-GFPもしくはOct4蛋白選別で外れたと考えればいいとみていたわけです。削除
2019/6/6(木) 午前 8:52[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[何でございましょうか5]
でも根本に戻って、最初にひとつの試料を3等分した時の、三分の一の試料である2-gの2レーンのLimphocyteの中はほぼ7つのバンドが出ているわけです。元の試料の中には別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在していて、小保方さんのDβ2:とJβ2.6で挟んだ部位のみに再構成を起こしている断片が4から8個あったということです。そして残りの三分の二を二等分したものにもそれぞれ、別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在しているが、2-gの2レーンのLimphocyteの中で捕まった7バンドにでた再構成細胞と同じものは存在していませんから、Tcell STAP #1に同じレーンは出ませんね。そもそも小保方さんのプライマーで挟んだ狭い領域で存在し得る再構成の組み合わせは15通りとGLの再構成無しの断片を入れて16通りですが、最初に2-gの2レーンのLimphocyteの中で7つのバンドで捕まえたものは別の三分の二の中にはあり得ません。削除
2019/6/6(木) 午前 8:54[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[何でございましょうか6]
すると、これは同じものを3等分したのではないということになる。しかも別の実験だとしても、そもそも何兆という種類の再構成のあるTCR再構成で同じものは一つもありませんから、この実験の写真を撮ったのは誰かということが大問題になるわけです。私はど素人なんで考え落ちが無いかどうか慎重に確認しながら考えているんです。先生と違って、私には搦め手からの証拠もあるのでここだけの話しで、すべてを簡単にぺしゃんこにしてしまうことはできないんです。事件に関するいわば土器の破片はほぼすべて噛み合ってるんです。私にとっては今ここだけ噛み合わないという大問題が起きているんです。ここを嚙合わせると他の噛み合いに影響してきます。全体の修正も必要になってくるんです、慎重足らざるを得ないんです。以上です。削除
2019/6/6(木) 午前 8:55[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
> 一言居士さん

[何でございましょうか6]はアップしました。

先生は、私のことですか?ここでは、STAP実在を信じる一般人の役割なので、先生の呼称は白けるでしょう。

結論ありきで、Lさんがヤッパリさんをたしなめているので、必見です。

[何でございましょうか1]はアップしません。
理由は、ため息ブログから嘘つき呼ばわりされるからです。

来てないコメントに対し、来たつもりになっている哀れな妄想老婆とため息氏らは言うでしょう。

彼らにとって、学とみ子を否定できるものは何でもOKです。学とみ子が又、嘘をついている!で、学とみ子封じ込め作戦です。

今回、複数の間違いを書いてしまっても、ヤッパリさんは訂正もせず、平気なんですね。削除
2019/6/6(木) 午後 0:43学とみ子
返信する
顔アイコン
やっぱりさんの内心は、「学問が深い私(やっぱりさん)にとって、学とみ子の学問的浅さは、どうにも我慢ができません」でしょうか?
そう思うのは勝手ですが、ヤッパリさんご自身で、間違いを見つけられる人になって欲しいと思います。

やっぱりさんは、TCRは特に不得意のようなので、早くマスターしてほしいです。

やっぱりさんは、他の分野では、参考になる科学的意見を披露しているので、このやっぱり解説が通じる世界で、これからもがんばってほしいと思います。

ヤッパリさんの最近の言動は、STAP論文のコンセプトが理解できないまま、多くの科学者たちが、論文のミスの追及で奔走した過去の経過がわかって、私には興味深いです。

STAP論を理解してしまったES派(学者)は追及を止めて今はだんまりを決め込み、まだ、理解しきれてないES派(学者)は成仏しきれないで、論文不正を騒いでいるのかもしれませんね。削除
2019/6/6(木) 午後 0:53学とみ子
返信する
顔アイコン
学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

私の記載とLさんの記載で何か意味が違いますか?

私が「GLバンドでは無い」と書いたというのは、学さんの脳内世界の話ですか? こんな出鱈目な方とまとも議論できるとは思えませんね。削除
2019/6/6(木) 午後 1:09[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
桂報告書が決定した小保方氏の不正行為は、本人が抗議しない限り、正しいこととして通用するのが社会のルールです。

つまり、彼女はねつ造した人となりますが、ES派が悪意を持って広げたESねつ造とは全く質の異なる研究不正です。

特に増殖実験は、複数回で複数の人たちが関係して出したデータかもしれません。こうした実験責任に対し、小保方氏が一切触れないのは、本人しかわからない事情があると思います。






スポンサーサイト



コメント

No title

学とみ子
桂報告書が決定した小保方氏の不正行為は、本人が抗議しない限り、正しいこととして通用するのが社会のルールです。

つまり、彼女はねつ造した人となりますが、ES派が悪意を持って広げたESねつ造とは全く質の異なる研究不正です。

特に増殖実験は、複数回で複数の人たちが関係して出したデータかもしれません。こうした実験責任に対し、小保方氏が一切触れないのは、本人しかわからない事情があると思います。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

私の記載とLさんの記載で何か意味が違いますか?

私が「GLバンドでは無い」と書いたというのは、学さんの脳内世界の話ですか? こんな出鱈目な方とまとも議論できるとは思えませんね。

No title

学とみ子
やっぱりさんの内心は、「学問が深い私(やっぱりさん)にとって、学とみ子の学問的浅さは、どうにも我慢ができません」でしょうか?
そう思うのは勝手ですが、ヤッパリさんご自身で、間違いを見つけられる人になって欲しいと思います。

やっぱりさんは、TCRは特に不得意のようなので、早くマスターしてほしいです。

やっぱりさんは、他の分野では、参考になる科学的意見を披露しているので、このやっぱり解説が通じる世界で、これからもがんばってほしいと思います。

ヤッパリさんの最近の言動は、STAP論文のコンセプトが理解できないまま、多くの科学者たちが、論文のミスの追及で奔走した過去の経過がわかって、私には興味深いです。

STAP論を理解してしまったES派(学者)は追及を止めて今はだんまりを決め込み、まだ、理解しきれてないES派(学者)は成仏しきれないで、論文不正を騒いでいるのかもしれませんね。

No title

学とみ子
> 一言居士さん

[何でございましょうか6]はアップしました。

先生は、私のことですか?ここでは、STAP実在を信じる一般人の役割なので、先生の呼称は白けるでしょう。

結論ありきで、Lさんがヤッパリさんをたしなめているので、必見です。

[何でございましょうか1]はアップしません。
理由は、ため息ブログから嘘つき呼ばわりされるからです。

来てないコメントに対し、来たつもりになっている哀れな妄想老婆とため息氏らは言うでしょう。

彼らにとって、学とみ子を否定できるものは何でもOKです。学とみ子が又、嘘をついている!で、学とみ子封じ込め作戦です。

今回、複数の間違いを書いてしまっても、ヤッパリさんは訂正もせず、平気なんですね。

No title

一言居士
[何でございましょうか6]
すると、これは同じものを3等分したのではないということになる。しかも別の実験だとしても、そもそも何兆という種類の再構成のあるTCR再構成で同じものは一つもありませんから、この実験の写真を撮ったのは誰かということが大問題になるわけです。私はど素人なんで考え落ちが無いかどうか慎重に確認しながら考えているんです。先生と違って、私には搦め手からの証拠もあるのでここだけの話しで、すべてを簡単にぺしゃんこにしてしまうことはできないんです。事件に関するいわば土器の破片はほぼすべて噛み合ってるんです。私にとっては今ここだけ噛み合わないという大問題が起きているんです。ここを嚙合わせると他の噛み合いに影響してきます。全体の修正も必要になってくるんです、慎重足らざるを得ないんです。以上です。

No title

一言居士
[何でございましょうか5]
でも根本に戻って、最初にひとつの試料を3等分した時の、三分の一の試料である2-gの2レーンのLimphocyteの中はほぼ7つのバンドが出ているわけです。元の試料の中には別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在していて、小保方さんのDβ2:とJβ2.6で挟んだ部位のみに再構成を起こしている断片が4から8個あったということです。そして残りの三分の二を二等分したものにもそれぞれ、別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在しているが、2-gの2レーンのLimphocyteの中で捕まった7バンドにでた再構成細胞と同じものは存在していませんから、Tcell STAP #1に同じレーンは出ませんね。そもそも小保方さんのプライマーで挟んだ狭い領域で存在し得る再構成の組み合わせは15通りとGLの再構成無しの断片を入れて16通りですが、最初に2-gの2レーンのLimphocyteの中で7つのバンドで捕まえたものは別の三分の二の中にはあり得ません。

No title

一言居士
[何でございましょうか4]
先に#2ですが、これは酸浴させて後に①②③④⑤のどれもOct4-GFPを発現しなかったということですね。ここには丹羽さんのGFPの漏れ出し現象や、GFP蛋白のみの残存(マクロファージの体内)もしくは最悪だと目視で蛍光している細胞だけ選択すると自家蛍光も混在し得ると思いますが、基本FACS( fluorescence-activated cell sorting=flow cytometers)選別ですから自家蛍光は無いと思いますね。あのねさんがGFP選別だとおっしゃってるが、私はそれだけでなく分子レヴェルでも光学選別できると聞きかじっているので、蛋白質の選別もできると思ってましたけどね。CD45+で選別するのはそれですよね。だからあるとしたら前者二つですね。
#1の場合は、GLに並んでいた細胞がOct4-GFPもしくはOct4蛋白選別で外れたと考えればいいとみていたわけです。

No title

一言居士
[何でございましょうか3]
私にとってはntES仮説の否定に結末するかもしれない大事なところなのでゆっくに確認しています。今問題になっている2-gの2レーンのLimphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似はあなたと同様の解釈をしていましたが、そもそもGLラインとリアレンジメント領域が近くてゲル1,2とは違う実験ですね。ただし、マテメソに(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだとあるのでプライマーは同じだと思っています。特許図はいよいよ別の実験でプライマーも同じかどうかわかりませんね。
今、Limphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似は一つの試料を3等分して一つはPCR、二つは酸浴させて、#1と#2になったと考えるのはおかしいと気付いているところです。

No title

一言居士
[何でございましょうか2]
今の私の理解はD2を跨ぐ切り取りがあり得るのかということと、やっと相同染色体の両方で別々のDJリコンビネーションが起きるのかなと気づいたところで、その確認までは行ってませんが、吉村氏の説明と自分の理解が一応一致したばかりです。以下ですね。
>>
①GLの1バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)

No title

学とみ子
軒下管理人さんが、ため息ブログに、2019年6月5日 8:11 PMにコメントあります。

同じサンプルを、酸浴前後で流すと、この結果で良いと思いませんか?GLを持つ細胞がより多く死んで、再構成済みのT細胞は、どのTCRバンドパターン細胞もそのまま平均的に残った可能性です。

当時、そうした意見がでて、議論が終息したのでしょうか?それとも、そのように理解した人はいなかったということですか?

yap*ari*w*katt*na*さんは、もう諦めました。どうぞ、あちらで専門家として頑張ってください。最強の生き残りテクニックです。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

> ここもおかしいです。

どこがどうおかしいのか、具体的に通じる日本語でお願いしますね。

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

>プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。

ここもおかしいです。

やっぱりさんご自身が書いた事が間違いと指摘されても、やっぱりさんはそれを認めず、私の方がでたらめであるとパフォーマンスしてます。
あなたの手法は、これからも変わらないでしょう。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

あれ???

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん
8:08のコメントです。

>ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
> これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
> そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。

以上の学とみ子コメントに対し、やっぱりさんの返答です。

>学さんは、私の疑問点をまるで理解できていないようですね。
私がExtFig2gで問題視しているのは、GLバンドの違いではなく、TCR再構成のバンドがあまりにも酷似していることなんですよ。

学とみ子の返事です。
TCR再構成のバンドがあまりにも酷似している理由を、学とみ子は説明してるんですけどね。何で行き違えるのですかね?

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん
再度、Lさんコメント貼ります。

>(2)Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、

T細胞以外のGLバンドが出た可能性が指摘されてますね。あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。

ラダーバンドは一致しても良いと思います。同じサンプルの酸浴前、酸浴後で説明可能です。T細胞は生き残り凝集する場合、かたや、酸浴後はT細胞はいなくなっちゃう事もあるのかとーー。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

>これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー

一応、ExtFig2gの話ですよ。

プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。

No title

yap*ari*w*katt*na*
学さん

何が問題なのか、意味不明ですね。


>今回のTCR議論は、STAPが元の脾臓細胞(リンパ球)由来のTCR再編成能を維持したままSTAP細胞となったかが議論の的。
学とみ子 2015/2/22(日) 午後 7:48


こうした重要な間違えをするから、出鱈目妄想婆さん!と言われちゃうんですよ。 (笑)

No title

学とみ子
やっぱりさん、以下の文章はどっから来ている?

>ExtFig2gでは、レーン2と3で、GLバンドのすぐ下に変なバンドがある(非典型的?)
→ (混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGL関連? サイズ的にプライマーダイマーではないよね)

これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー

No title

学とみ子
> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたのコメント
>すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。

上記コメントは、学とみ子は一度も言った事ないです。私が言ったのは、以下です。

1つのT細胞のTCR再構成のバンドパターンは1種類です。

こうした重要な間違えをするから、本物じゃ無い!と言われちゃうんですよ。

No title

学とみ子
やっぱりさんコメントです。

>ゲル図のバンドの形での疑義は、STAP論文ではなく、それ以前に出されていた小保方氏のTissue誌の論文ですね。

そうなのですね。すみません。学とみ子はTissue誌読んでいなくてすみません。

以前から、やっぱりさんたちは、TCRバンドの理解を間違えています。でもあなたはそこの議論を避けてきましたね。自信が無いから?

Lさん、吉村さんがD2J2プライマーで増幅できるパターンの可能性を解説してます。もう一度読んでください。

STAP論文の図表は一流学者が出したのです。おかしなところなどありません。本物を偽物が潰したのがSTAP事件です。
非公開コメント

トラックバック